src/jalview/ext/forester/io/TreeParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
   4 import jalview.gui.AlignViewport;
   5 //import jalview.ext.treeviewer.ExternalTreeParserI;
   6 import jalview.gui.Desktop;
   7 import jalview.gui.JvOptionPane;
   8 import jalview.io.DataSourceType;
   9 import jalview.io.NewickFile;
  10 import jalview.util.MessageManager;
  11
  12 import java.io.File;
  13 import java.io.IOException;
  14
  15 import org.forester.util.ForesterUtil;
  16
  17 public class TreeParser // implements ExternalTreeParserI<MainFrame>
  18 {
  19   private final String filePath;
  20
  21   private final File file;
  22
  23   public TreeParser(final String treeFilePath)
  24   {
  25     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFilePath);
  26     if (possibleError != null)
  27     {
  28       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  29               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  30               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  31
  32     }
  33     filePath = treeFilePath;
  34     file = new File(filePath);
  35
  36   }
  37
  38   public TreeParser(final File treeFile) throws IOException
  39   {
  40     final String possibleError = ForesterUtil.isReadableFile(treeFile);
  41     if (possibleError != null)
  42     {
  43       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, possibleError,
  44               MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  45               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  46
  47     }
  48     file = treeFile;
  49     filePath = file.getCanonicalPath();
  50   }
  51
  52   public void loadTree(AlignViewport viewport)
  53   {
  54
  55     NewickFile fin = null; // old tree
  56       try
  57       {
  58         AptxInit.createInstanceFromFile(filePath, viewport);
  59
  60         fin = new NewickFile(filePath, DataSourceType.FILE);
  61         viewport.setCurrentTree(viewport.getAlignPanel().alignFrame
  62                 .showNewickTree(fin, filePath).getTree());
  63
  64       } catch (Exception ex)
  65       {
  66         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, ex.getMessage(),
  67                 MessageManager.getString("label.problem_reading_tree_file"),
  68                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  69         ex.printStackTrace();
  70       }
  71       if (fin != null && fin.hasWarningMessage())
  72       {
  73         JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
  74                 fin.getWarningMessage(),
  75                 MessageManager
  76                         .getString("label.possible_problem_with_tree_file"),
  77                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
  78       }
  79     }
  80   }
  81
  82
  83 //
  84 // @Override
  85 // public MainFrame loadTreeFile(AlignmentViewport viewport)
  86 // {
  87 // String[] AptxArgs = new String[] { "-c",
  88 // "_aptx_jalview_configuration_file", filePath };
  89 // MainFrame aptx = Archaeopteryx.main(AptxArgs);
  90 //
  91 // LoadedTreeAssociation bindAptxNodes = new LoadedTreeAssociation(
  92 // viewport.getAlignment().getSequencesArray(),
  93 // aptx.getMainPanel().getCurrentTreePanel().getPhylogeny());
  94 //
  95 // bindAptxNodes.associateLeavesToSequences();
  96 //
  97 // new JalviewBinding(aptx, viewport, bindAptxNodes.getAlignmentWithNodes(),
  98 // bindAptxNodes.getNodesWithAlignment());
  99 //
 100 // AptxInit.bindFrameToJalview(aptx);
 101 //
 102 // return aptx;
 103 //
 104 //
 105 // }
 106 // //
 107 // void readPhylogeniesFromURL() {
 108 // URL url = null;
 109 // Phylogeny[] phys = null;
 110 // final String message = "Please enter a complete URL, for example
 111 // \"http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S15480?format=nexus\"";
 112 // final String url_string = JOptionPane
 113 // .showInputDialog( this,
 114 // message,
 115 // "Use URL/webservice to obtain a phylogeny",
 116 // JOptionPane.QUESTION_MESSAGE );
 117 // boolean nhx_or_nexus = false;
 118 // if ( ( url_string != null ) && ( url_string.length() > 0 ) ) {
 119 // try {
 120 // url = new URL( url_string );
 121 // PhylogenyParser parser = null;
 122 // if ( url.getHost().toLowerCase().indexOf( "tolweb" ) >= 0 ) {
 123 // parser = new TolParser();
 124 // }
 125 // else {
 126 // parser = ParserUtils
 127 // .createParserDependingOnUrlContents( url,
 128 // getConfiguration().isValidatePhyloXmlAgainstSchema() );
 129 // }
 130 // if ( parser instanceof NexusPhylogeniesParser ) {
 131 // nhx_or_nexus = true;
 132 // }
 133 // else if ( parser instanceof NHXParser ) {
 134 // nhx_or_nexus = true;
 135 // }
 136 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 137 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setWaitCursor();
 138 // }
 139 // else {
 140 // _mainpanel.setWaitCursor();
 141 // }
 142 // final PhylogenyFactory factory =
 143 // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance();
 144 // phys = factory.create( url.openStream(), parser );
 145 // }
 146 // catch ( final MalformedURLException e ) {
 147 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 148 // "Malformed URL: " + url + "\n" + e.getLocalizedMessage(),
 149 // "Malformed URL",
 150 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 151 // }
 152 // catch ( final IOException e ) {
 153 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 154 // "Could not read from " + url + "\n"
 155 // + ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 156 // "Failed to read URL",
 157 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 158 // }
 159 // catch ( final Exception e ) {
 160 // JOptionPane.showMessageDialog( this,
 161 // ForesterUtil.wordWrap( e.getLocalizedMessage(), 80 ),
 162 // "Unexpected Exception",
 163 // JOptionPane.ERROR_MESSAGE );
 164 // }
 165 // finally {
 166 // if ( _mainpanel.getCurrentTreePanel() != null ) {
 167 // _mainpanel.getCurrentTreePanel().setArrowCursor();
 168 // }
 169 // else {
 170 // _mainpanel.setArrowCursor();
 171 // }
 172 // }
 173 // if ( ( phys != null ) && ( phys.length > 0 ) ) {
 174 // if ( nhx_or_nexus &&
 175 // getOptions().isInternalNumberAreConfidenceForNhParsing() ) {
 176 // for( final Phylogeny phy : phys ) {
 177 // PhylogenyMethods.transferInternalNodeNamesToConfidence( phy, "" );
 178 // }
 179 // }
 180 // AptxUtil.addPhylogeniesToTabs( phys,
 181 // new File( url.getFile() ).getName(),
 182 // new File( url.getFile() ).toString(),
 183 // getConfiguration(),
 184 // getMainPanel() );
 185 // _mainpanel.getControlPanel().showWhole();
 186 // }
 187 // }
 188 // activateSaveAllIfNeeded();
 189 // System.gc();
 190 // }
 191 //
 192 // }
 193 //
 194 //
 195 //
 196 //
 197 //
 198 //