src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.net.BindException;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.Iterator;
  31 import java.util.LinkedHashMap;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34
  35 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  36 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  37 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  38 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  39 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  40 import jalview.bin.Cache;
  41 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  42 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  43 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  44 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  45 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  48 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  49 import jalview.io.DataSourceType;
  50 import jalview.structure.AtomSpec;
  51 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  52 import jalview.structure.StructureCommand;
  53 import jalview.structure.StructureCommandI;
  54 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  55 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  56
  57 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  58 {
  59   public static final String CHIMERA_SESSION_EXTENSION = ".py";
  60
  61   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  62
  63   /*
  64    * Object through which we talk to Chimera
  65    */
  66   private ChimeraManager chimeraManager;
  67
  68   /*
  69    * Object which listens to Chimera notifications
  70    */
  71   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  72
  73   /*
  74    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  75    */
  76   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  77
  78   String lastHighlightCommand;
  79
  80   /**
  81    * Returns a model of the structure positions described by the Chimera format atomspec
  82    * @param atomSpec
  83    * @return
  84    */
  85   protected  AtomSpec parseAtomSpec(String atomSpec)
  86   {
  87     return AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec);
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  92    *
  93    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't reopen
  94    * it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  95    *
  96    * @param pe
  97    * @return
  98    */
  99   public boolean openFile(PDBEntry pe)
 100   {
 101     String file = pe.getFile();
 102     try
 103     {
 104       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
 105       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
 106       boolean alreadyOpen = false;
 107
 108       /*
 109        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 110        */
 111       for (ChimeraModel open : oldList)
 112       {
 113         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 114         {
 115           alreadyOpen = true;
 116           modelsToMap.add(open);
 117         }
 118       }
 119
 120       /*
 121        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 122        * the model name(s) added by Chimera.
 123        */
 124       if (!alreadyOpen)
 125       {
 126         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 127         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 128       }
 129
 130       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 131
 132       if (getSsm() != null)
 133       {
 134         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 135       }
 136       return true;
 137     } catch (Exception q)
 138     {
 139       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 140               + q.toString());
 141       q.printStackTrace();
 142     }
 143     return false;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 148    * name matching PDB id
 149    *
 150    * @param pe
 151    * @param modelsToMap
 152    */
 153   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 154           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 155   {
 156     /*
 157      * Chimera: query for actual models and find the one with
 158      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 159      */
 160     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 161     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 162     for (ChimeraModel cm : newList)
 163     {
 164       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 165       {
 166         modelsToMap.add(cm);
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Constructor
 173    *
 174    * @param ssm
 175    * @param pdbentry
 176    * @param sequenceIs
 177    * @param protocol
 178    */
 179   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 180           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 181           DataSourceType protocol)
 182   {
 183     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 184     boolean chimeraX = ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType());
 185     chimeraManager = chimeraX ? new ChimeraXManager(new StructureManager(true)) : new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 186     setStructureCommands(chimeraX ? new ChimeraXCommands() : new ChimeraCommands());
 187   }
 188
 189   @Override
 190   protected ViewerType getViewerType()
 191   {
 192     return ViewerType.CHIMERA;
 193   }
 194
 195   /**
 196    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell it
 197    * to start listening
 198    */
 199   public void startChimeraListener()
 200   {
 201     try
 202     {
 203       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 204       startListening(chimeraListener.getUri());
 205     } catch (BindException e)
 206     {
 207       System.err.println(
 208               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 209     }
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 214    * Chimera window.
 215    */
 216   @Override
 217   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 218   {
 219     super.closeViewer(closeChimera);
 220     if (this.chimeraListener != null)
 221     {
 222       chimeraListener.shutdown();
 223       chimeraListener = null;
 224     }
 225
 226     /*
 227      * the following call is added to avoid a stack trace error in Chimera
 228      * after "stop really" is sent; Chimera > 1.14 will not need it; see also
 229      * http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/17597
 230      */
 231     if (closeChimera && (getViewerType() == ViewerType.CHIMERA))
 232     {
 233       chimeraManager.getChimeraProcess().destroy();
 234     }
 235
 236     chimeraManager.clearOnChimeraExit();
 237     chimeraManager = null;
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 242    * <ul>
 243    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 244    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 245    * <ul>
 246    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 247    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 248    * future if there is a need to select specific sub-models.
 249    *
 250    * @param pdbfnum
 251    * @return
 252    */
 253   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 254   {
 255     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 256     {
 257       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 258     }
 259
 260     /*
 261      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 262      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 263      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 264      * ChimeraManager.getModelList().
 265      */
 266     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 267     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 268     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 273    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 274    * running, else false.
 275    *
 276    * @return
 277    */
 278   public boolean launchChimera()
 279   {
 280     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 281     {
 282       return true;
 283     }
 284
 285     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 286     if (launched)
 287     {
 288       startExternalViewerMonitor(chimeraManager.getChimeraProcess());
 289     }
 290     else
 291     {
 292       log("Failed to launch Chimera!");
 293     }
 294     return launched;
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 299    *
 300    * @return
 301    */
 302   protected List<String> getChimeraPaths()
 303   {
 304     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 309    * started.
 310    *
 311    * @return
 312    */
 313   @Override
 314   public boolean isViewerRunning()
 315   {
 316     return chimeraManager.isChimeraLaunched();
 317   }
 318
 319   /**
 320    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 321    *
 322    * @param command
 323    * @param getResponse
 324    */
 325   @Override
 326   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 327           boolean getResponse)
 328   {
 329     if (chimeraManager == null || command == null)
 330     {
 331       // ? thread running after viewer shut down
 332       return null;
 333     }
 334     List<String> reply = null;
 335     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 336     String cmd = command.getCommand().trim();
 337     List<String> lastReply = chimeraManager
 338             .sendChimeraCommand(cmd, getResponse);
 339     if (getResponse)
 340     {
 341       reply = lastReply;
 342       if (Cache.log.isDebugEnabled()) {
 343         Cache.log.debug(
 344               "Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 345       }
 346     }
 347
 348     return reply;
 349   }
 350
 351   @Override
 352   public synchronized String[] getStructureFiles()
 353   {
 354     if (chimeraManager == null)
 355     {
 356       return new String[0];
 357     }
 358
 359     return chimeraMaps.keySet()
 360             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do this
 365    * by sending an "rlabel" command to show the residue label at that position.
 366    */
 367   @Override
 368   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 369   {
 370     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 371     {
 372       return;
 373     }
 374
 375     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 376     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 377     boolean first = true;
 378     boolean found = false;
 379
 380     for (AtomSpec atom : atoms)
 381     {
 382       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 383       String chain = atom.getChain();
 384       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 385       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 386       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 387       {
 388         if (first)
 389         {
 390           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 391         }
 392         else
 393         {
 394           cmd.append(",");
 395         }
 396         first = false;
 397         if (forChimeraX)
 398         {
 399           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 400                   .append("/").append(chain).append(":").append(pdbResNum);
 401         }
 402         else
 403         {
 404           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 405                   .append(":").append(pdbResNum);
 406           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 407           {
 408             cmd.append(".").append(chain);
 409           }
 410         }
 411         found = true;
 412       }
 413     }
 414     String command = cmd.toString();
 415
 416     /*
 417      * avoid repeated commands for the same residue
 418      */
 419     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 420     {
 421       return;
 422     }
 423
 424     /*
 425      * unshow the label for the previous residue
 426      */
 427     if (lastHighlightCommand != null)
 428     {
 429       chimeraManager.sendChimeraCommand("~" + lastHighlightCommand, false);
 430     }
 431     if (found)
 432     {
 433       chimeraManager.sendChimeraCommand(command, false);
 434     }
 435     this.lastHighlightCommand = command;
 436   }
 437
 438   /**
 439    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 440    */
 441   public void highlightChimeraSelection()
 442   {
 443     /*
 444      * Ask Chimera for its current selection
 445      */
 446     StructureCommandI command = getCommandGenerator().getSelectedResidues();
 447
 448     Runnable action = new Runnable()
 449     {
 450       @Override
 451       public void run()
 452       {
 453         List<String> chimeraReply = executeCommand(command, true);
 454
 455         List<String> selectedResidues = new ArrayList<>();
 456         if (chimeraReply != null)
 457         {
 458           /*
 459            * expect 0, 1 or more lines of the format either
 460            * Chimera:
 461            * residue id #0:43.A type GLY
 462            * ChimeraX:
 463            * residue id /A:89 name THR index 88
 464            * We are only interested in the atomspec (third token of the reply)
 465            */
 466           for (String inputLine : chimeraReply)
 467           {
 468             String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 469             if (inputLineParts.length >= 5)
 470             {
 471               selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 472             }
 473           }
 474         }
 475
 476         /*
 477          * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 478          * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 479          */
 480         List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 481                 selectedResidues);
 482
 483         /*
 484          * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 485          * selections)
 486          */
 487         getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 488
 489       }
 490     };
 491     new Thread(action).start();
 492   }
 493
 494   /**
 495    * Converts a list of Chimera(X) atomspecs to a list of AtomSpec representing the
 496    * corresponding residues (if any) in Jalview
 497    *
 498    * @param structureSelection
 499    * @return
 500    */
 501   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 502           List<String> structureSelection)
 503   {
 504     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 505     for (String atomSpec : structureSelection)
 506     {
 507       try
 508       {
 509         AtomSpec spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 510         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 511         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 512         atomSpecs.add(spec);
 513       } catch (IllegalArgumentException e)
 514       {
 515         Cache.log.error("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 516       }
 517     }
 518     return atomSpecs;
 519   }
 520
 521   /**
 522    * @param modelId
 523    * @return
 524    */
 525   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 526   {
 527     /*
 528      * Work out the pdbfilename from the model number
 529      */
 530     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 531     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 532     {
 533       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 534       {
 535         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 536         {
 537           pdbfilename = pdbfile;
 538           break findfileloop;
 539         }
 540       }
 541     }
 542     return pdbfilename;
 543   }
 544
 545   private void log(String message)
 546   {
 547     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 552    * features visible in Jalview.
 553    * <p>
 554    * The syntax is: setattr r &lt;attName&gt; &lt;attValue&gt; &lt;atomSpec&gt;
 555    * <p>
 556    * For example: setattr r jv_chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 557    *
 558    * @param avp
 559    * @return
 560    */
 561   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 562   {
 563     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 564
 565     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureValues = buildFeaturesMap(
 566             avp);
 567     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 568             .setAttributes(featureValues);
 569     if (commands.size() > 10)
 570     {
 571       sendCommandsByFile(commands);
 572     }
 573     else
 574     {
 575       for (StructureCommandI command : commands)
 576       {
 577         sendAsynchronousCommand(command, null);
 578       }
 579     }
 580     return commands.size();
 581   }
 582
 583   /**
 584    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open the
 585    * file as a commands script. For use when sending a large number of separate
 586    * commands would overload the REST interface mechanism.
 587    *
 588    * @param commands
 589    */
 590   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 591   {
 592     try
 593     {
 594       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 595       tmp.deleteOnExit();
 596       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 597       for (StructureCommandI command : commands)
 598       {
 599         out.println(command.getCommand());
 600       }
 601       out.flush();
 602       out.close();
 603       String path = tmp.getAbsolutePath();
 604       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 605               .openCommandFile(path);
 606       sendAsynchronousCommand(command, null);
 607     } catch (IOException e)
 608     {
 609       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 610               + e.getMessage());
 611     }
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 616    * the structure viewer
 617    * @return
 618    */
 619   protected String getCommandFileExtension()
 620   {
 621     return ".com";
 622   }
 623
 624   /**
 625    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 626    * residues.
 627    *
 628    * <pre>
 629    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 630    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 631    * or
 632    *     residue id #0:6.A isHelix None
 633    * </pre>
 634    *
 635    * @param attName
 636    * @param residues
 637    * @return the number of features added
 638    */
 639   protected int createFeaturesForAttributes(String attName,
 640           List<String> residues)
 641   {
 642     int featuresAdded = 0;
 643     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 644
 645     for (String residue : residues)
 646     {
 647       AtomSpec spec = null;
 648       String[] tokens = residue.split(" ");
 649       if (tokens.length < 5)
 650       {
 651         continue;
 652       }
 653       String atomSpec = tokens[2];
 654       String attValue = tokens[4];
 655
 656       /*
 657        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 658        */
 659       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 660               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 661       {
 662         continue;
 663       }
 664
 665       try
 666       {
 667         spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 668       } catch (IllegalArgumentException e)
 669       {
 670         Cache.log.error("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 671         continue;
 672       }
 673
 674       String chainId = spec.getChain();
 675       String description = attValue;
 676       float score = Float.NaN;
 677       try
 678       {
 679         score = Float.valueOf(attValue);
 680         description = chainId;
 681       } catch (NumberFormatException e)
 682       {
 683         // was not a float value
 684       }
 685
 686       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 687       spec.setPdbFile(pdbFile);
 688
 689       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 690
 691       /*
 692        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 693        */
 694       SearchResultsI sr = getSsm()
 695               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 696
 697       /*
 698        * expect one matched alignment position, or none
 699        * (if the structure position is not mapped)
 700        */
 701       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 702       {
 703         SequenceI seq = m.getSequence();
 704         int start = m.getStart();
 705         int end = m.getEnd();
 706         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 707                 start, end, score, featureGroup);
 708         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 709         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 710         if (seq.addSequenceFeature(sf))
 711         {
 712           featuresAdded++;
 713         }
 714       }
 715     }
 716     return featuresAdded;
 717   }
 718
 719   /**
 720    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 721    * Chimera attributes
 722    *
 723    * @return
 724    */
 725   protected String getViewerFeatureGroup()
 726   {
 727     // todo pull up to interface
 728     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 729   }
 730
 731   @Override
 732   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 733   {
 734     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 735     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 736     {
 737       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 738     }
 739     return "";
 740   }
 741
 742   /**
 743    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 744    * any which were added from Jalview
 745    *
 746    * @return
 747    */
 748   public List<String> getChimeraAttributes()
 749   {
 750     List<String> attributes = new ArrayList<>();
 751     StructureCommandI command = getCommandGenerator().listResidueAttributes();
 752     final List<String> reply = executeCommand(command, true);
 753     if (reply != null)
 754     {
 755       for (String inputLine : reply)
 756       {
 757         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 758         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 759         {
 760           String attName = lineParts[1];
 761           /*
 762            * exclude attributes added from Jalview
 763            */
 764           if (!attName.startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 765           {
 766             attributes.add(attName);
 767           }
 768         }
 769       }
 770     }
 771     return attributes;
 772   }
 773
 774   /**
 775    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.py)
 776    *
 777    * @return
 778    */
 779   @Override
 780   public String getSessionFileExtension()
 781   {
 782     return CHIMERA_SESSION_EXTENSION;
 783   }
 784
 785   @Override
 786   public String getHelpURL()
 787   {
 788     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 789   }
 790 }