src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.rbvi.chimera;
  22
  23 import java.io.File;
  24 import java.io.FileOutputStream;
  25 import java.io.IOException;
  26 import java.io.PrintWriter;
  27 import java.net.BindException;
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.Collections;
  30 import java.util.Iterator;
  31 import java.util.LinkedHashMap;
  32 import java.util.List;
  33 import java.util.Map;
  34
  35 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager;
  36 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
  37 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  38 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  39 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  40 import jalview.bin.Cache;
  41 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  42 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  43 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  44 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  45 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  46 import jalview.datamodel.SequenceI;
  47 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  48 import jalview.httpserver.AbstractRequestHandler;
  49 import jalview.io.DataSourceType;
  50 import jalview.structure.AtomSpec;
  51 import jalview.structure.AtomSpecModel;
  52 import jalview.structure.StructureCommand;
  53 import jalview.structure.StructureCommandI;
  54 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  55 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  56
  57 public abstract class JalviewChimeraBinding extends AAStructureBindingModel
  58 {
  59   public static final String CHIMERA_SESSION_EXTENSION = ".py";
  60
  61   public static final String CHIMERA_FEATURE_GROUP = "Chimera";
  62
  63   /*
  64    * Object through which we talk to Chimera
  65    */
  66   private ChimeraManager chimeraManager;
  67
  68   /*
  69    * Object which listens to Chimera notifications
  70    */
  71   private AbstractRequestHandler chimeraListener;
  72
  73   /*
  74    * Map of ChimeraModel objects keyed by PDB full local file name
  75    */
  76   protected Map<String, List<ChimeraModel>> chimeraMaps = new LinkedHashMap<>();
  77
  78   String lastHighlightCommand;
  79
  80   /**
  81    * Returns a model of the structure positions described by the Chimera format atomspec
  82    * @param atomSpec
  83    * @return
  84    */
  85   protected  AtomSpec parseAtomSpec(String atomSpec)
  86   {
  87     return AtomSpec.fromChimeraAtomspec(atomSpec);
  88   }
  89
  90   /**
  91    * Open a PDB structure file in Chimera and set up mappings from Jalview.
  92    *
  93    * We check if the PDB model id is already loaded in Chimera, if so don't reopen
  94    * it. This is the case if Chimera has opened a saved session file.
  95    *
  96    * @param pe
  97    * @return
  98    */
  99   public boolean openFile(PDBEntry pe)
 100   {
 101     String file = pe.getFile();
 102     try
 103     {
 104       List<ChimeraModel> modelsToMap = new ArrayList<>();
 105       List<ChimeraModel> oldList = chimeraManager.getModelList();
 106       boolean alreadyOpen = false;
 107
 108       /*
 109        * If Chimera already has this model, don't reopen it, but do remap it.
 110        */
 111       for (ChimeraModel open : oldList)
 112       {
 113         if (open.getModelName().equals(pe.getId()))
 114         {
 115           alreadyOpen = true;
 116           modelsToMap.add(open);
 117         }
 118       }
 119
 120       /*
 121        * If Chimera doesn't yet have this model, ask it to open it, and retrieve
 122        * the model name(s) added by Chimera.
 123        */
 124       if (!alreadyOpen)
 125       {
 126         chimeraManager.openModel(file, pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL);
 127         addChimeraModel(pe, modelsToMap);
 128       }
 129
 130       chimeraMaps.put(file, modelsToMap);
 131
 132       if (getSsm() != null)
 133       {
 134         getSsm().addStructureViewerListener(this);
 135       }
 136       return true;
 137     } catch (Exception q)
 138     {
 139       log("Exception when trying to open model " + file + "\n"
 140               + q.toString());
 141       q.printStackTrace();
 142     }
 143     return false;
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Adds the ChimeraModel corresponding to the given PDBEntry, based on model
 148    * name matching PDB id
 149    *
 150    * @param pe
 151    * @param modelsToMap
 152    */
 153   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
 154           List<ChimeraModel> modelsToMap)
 155   {
 156     /*
 157      * Chimera: query for actual models and find the one with
 158      * matching model name - already set in viewer.openModel()
 159      */
 160     List<ChimeraModel> newList = chimeraManager.getModelList();
 161     // JAL-1728 newList.removeAll(oldList) does not work
 162     for (ChimeraModel cm : newList)
 163     {
 164       if (cm.getModelName().equals(pe.getId()))
 165       {
 166         modelsToMap.add(cm);
 167       }
 168     }
 169   }
 170
 171   /**
 172    * Constructor
 173    *
 174    * @param ssm
 175    * @param pdbentry
 176    * @param sequenceIs
 177    * @param protocol
 178    */
 179   public JalviewChimeraBinding(StructureSelectionManager ssm,
 180           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs,
 181           DataSourceType protocol)
 182   {
 183     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
 184     boolean chimeraX = ViewerType.CHIMERAX.equals(getViewerType());
 185     chimeraManager = chimeraX ? new ChimeraXManager(new StructureManager(true)) : new ChimeraManager(new StructureManager(true));
 186     setStructureCommands(chimeraX ? new ChimeraXCommands() : new ChimeraCommands());
 187   }
 188
 189   @Override
 190   protected ViewerType getViewerType()
 191   {
 192     return ViewerType.CHIMERA;
 193   }
 194
 195   /**
 196    * Start a dedicated HttpServer to listen for Chimera notifications, and tell it
 197    * to start listening
 198    */
 199   public void startChimeraListener()
 200   {
 201     try
 202     {
 203       chimeraListener = new ChimeraListener(this);
 204       startListening(chimeraListener.getUri());
 205     } catch (BindException e)
 206     {
 207       System.err.println(
 208               "Failed to start Chimera listener: " + e.getMessage());
 209     }
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Close down the Jalview viewer and listener, and (optionally) the associated
 214    * Chimera window.
 215    */
 216   @Override
 217   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 218   {
 219     super.closeViewer(closeChimera);
 220     if (this.chimeraListener != null)
 221     {
 222       chimeraListener.shutdown();
 223       chimeraListener = null;
 224     }
 225
 226     /*
 227      * the following call is added to avoid a stack trace error in Chimera
 228      * after "stop really" is sent; Chimera > 1.14 will not need it; see also
 229      * http://plato.cgl.ucsf.edu/trac/chimera/ticket/17597
 230      */
 231     if (closeChimera && (getViewerType() == ViewerType.CHIMERA))
 232     {
 233       chimeraManager.getChimeraProcess().destroy();
 234     }
 235
 236     chimeraManager.clearOnChimeraExit();
 237     chimeraManager = null;
 238   }
 239
 240   /**
 241    * Helper method to construct model spec in Chimera format:
 242    * <ul>
 243    * <li>#0 (#1 etc) for a PDB file with no sub-models</li>
 244    * <li>#0.1 (#1.1 etc) for a PDB file with sub-models</li>
 245    * <ul>
 246    * Note for now we only ever choose the first of multiple models. This
 247    * corresponds to the hard-coded Jmol equivalent (compare {1.1}). Refactor in
 248    * future if there is a need to select specific sub-models.
 249    *
 250    * @param pdbfnum
 251    * @return
 252    */
 253   protected String getModelSpec(int pdbfnum)
 254   {
 255     if (pdbfnum < 0 || pdbfnum >= getPdbCount())
 256     {
 257       return "#" + pdbfnum; // temp hack for ChimeraX
 258     }
 259
 260     /*
 261      * For now, the test for having sub-models is whether multiple Chimera
 262      * models are mapped for the PDB file; the models are returned as a response
 263      * to the Chimera command 'list models type molecule', see
 264      * ChimeraManager.getModelList().
 265      */
 266     List<ChimeraModel> maps = chimeraMaps.get(getStructureFiles()[pdbfnum]);
 267     boolean hasSubModels = maps != null && maps.size() > 1;
 268     return "#" + String.valueOf(pdbfnum) + (hasSubModels ? ".1" : "");
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 273    * running. Returns true if Chimera is successfully launched, or already
 274    * running, else false.
 275    *
 276    * @return
 277    */
 278   public boolean launchChimera()
 279   {
 280     if (chimeraManager.isChimeraLaunched())
 281     {
 282       return true;
 283     }
 284
 285     boolean launched = chimeraManager.launchChimera(getChimeraPaths());
 286     if (launched)
 287     {
 288       startExternalViewerMonitor(chimeraManager.getChimeraProcess());
 289     }
 290     else
 291     {
 292       log("Failed to launch Chimera!");
 293     }
 294     return launched;
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Returns a list of candidate paths to the Chimera program executable
 299    *
 300    * @return
 301    */
 302   protected List<String> getChimeraPaths()
 303   {
 304     return StructureManager.getChimeraPaths(false);
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Answers true if the Chimera process is still running, false if ended or not
 309    * started.
 310    *
 311    * @return
 312    */
 313   @Override
 314   public boolean isViewerRunning()
 315   {
 316     return chimeraManager.isChimeraLaunched();
 317   }
 318
 319   /**
 320    * Send a command to Chimera, and optionally log and return any responses.
 321    *
 322    * @param command
 323    * @param getResponse
 324    */
 325   @Override
 326   public List<String> executeCommand(final StructureCommandI command,
 327           boolean getResponse)
 328   {
 329     if (chimeraManager == null || command == null)
 330     {
 331       // ? thread running after viewer shut down
 332       return null;
 333     }
 334     List<String> reply = null;
 335     // trim command or it may never find a match in the replyLog!!
 336     String cmd = command.getCommand().trim();
 337     List<String> lastReply = chimeraManager
 338             .sendChimeraCommand(cmd, getResponse);
 339     if (getResponse)
 340     {
 341       reply = lastReply;
 342       Cache.log.debug(
 343               "Response from command ('" + cmd + "') was:\n" + lastReply);
 344     }
 345
 346     return reply;
 347   }
 348
 349   @Override
 350   public synchronized String[] getStructureFiles()
 351   {
 352     if (chimeraManager == null)
 353     {
 354       return new String[0];
 355     }
 356
 357     return chimeraMaps.keySet()
 358             .toArray(modelFileNames = new String[chimeraMaps.size()]);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Construct and send a command to highlight zero, one or more atoms. We do this
 363    * by sending an "rlabel" command to show the residue label at that position.
 364    */
 365   @Override
 366   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
 367   {
 368     if (atoms == null || atoms.size() == 0)
 369     {
 370       return;
 371     }
 372
 373     boolean forChimeraX = chimeraManager.isChimeraX();
 374     StringBuilder cmd = new StringBuilder(128);
 375     boolean first = true;
 376     boolean found = false;
 377
 378     for (AtomSpec atom : atoms)
 379     {
 380       int pdbResNum = atom.getPdbResNum();
 381       String chain = atom.getChain();
 382       String pdbfile = atom.getPdbFile();
 383       List<ChimeraModel> cms = chimeraMaps.get(pdbfile);
 384       if (cms != null && !cms.isEmpty())
 385       {
 386         if (first)
 387         {
 388           cmd.append(forChimeraX ? "label #" : "rlabel #");
 389         }
 390         else
 391         {
 392           cmd.append(",");
 393         }
 394         first = false;
 395         if (forChimeraX)
 396         {
 397           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 398                   .append("/").append(chain).append(":").append(pdbResNum);
 399         }
 400         else
 401         {
 402           cmd.append(cms.get(0).getModelNumber())
 403                   .append(":").append(pdbResNum);
 404           if (!chain.equals(" ") && !forChimeraX)
 405           {
 406             cmd.append(".").append(chain);
 407           }
 408         }
 409         found = true;
 410       }
 411     }
 412     String command = cmd.toString();
 413
 414     /*
 415      * avoid repeated commands for the same residue
 416      */
 417     if (command.equals(lastHighlightCommand))
 418     {
 419       return;
 420     }
 421
 422     /*
 423      * unshow the label for the previous residue
 424      */
 425     if (lastHighlightCommand != null)
 426     {
 427       chimeraManager.sendChimeraCommand("~" + lastHighlightCommand, false);
 428     }
 429     if (found)
 430     {
 431       chimeraManager.sendChimeraCommand(command, false);
 432     }
 433     this.lastHighlightCommand = command;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * Query Chimera for its current selection, and highlight it on the alignment
 438    */
 439   public void highlightChimeraSelection()
 440   {
 441     /*
 442      * Ask Chimera for its current selection
 443      */
 444     StructureCommandI command = getCommandGenerator().getSelectedResidues();
 445     List<String> chimeraReply = executeCommand(command, true);
 446     List<String> selectedResidues = new ArrayList<>();
 447     if (chimeraReply != null)
 448     {
 449       /*
 450        * expect 0, 1 or more lines of the format either
 451        * Chimera:
 452        * residue id #0:43.A type GLY
 453        * ChimeraX:
 454        * residue id /A:89 name THR index 88
 455        * We are only interested in the atomspec (third token of the reply)
 456        */
 457       for (String inputLine : chimeraReply)
 458       {
 459         String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 460         if (inputLineParts.length >= 5)
 461         {
 462           selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 463         }
 464       }
 465     }
 466
 467     /*
 468      * Parse model number, residue and chain for each selected position,
 469      * formatted as #0:123.A or #1.2:87.B (#model.submodel:residue.chain)
 470      */
 471     List<AtomSpec> atomSpecs = convertStructureResiduesToAlignment(
 472             selectedResidues);
 473
 474     /*
 475      * Broadcast the selection (which may be empty, if the user just cleared all
 476      * selections)
 477      */
 478     getSsm().mouseOverStructure(atomSpecs);
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Converts a list of Chimera(X) atomspecs to a list of AtomSpec representing the
 483    * corresponding residues (if any) in Jalview
 484    *
 485    * @param structureSelection
 486    * @return
 487    */
 488   protected List<AtomSpec> convertStructureResiduesToAlignment(
 489           List<String> structureSelection)
 490   {
 491     List<AtomSpec> atomSpecs = new ArrayList<>();
 492     for (String atomSpec : structureSelection)
 493     {
 494       try
 495       {
 496         AtomSpec spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 497         String pdbfilename = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 498         spec.setPdbFile(pdbfilename);
 499         atomSpecs.add(spec);
 500       } catch (IllegalArgumentException e)
 501       {
 502         Cache.log.error("Failed to parse atomspec: " + atomSpec);
 503       }
 504     }
 505     return atomSpecs;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * @param modelId
 510    * @return
 511    */
 512   protected String getPdbFileForModel(int modelId)
 513   {
 514     /*
 515      * Work out the pdbfilename from the model number
 516      */
 517     String pdbfilename = modelFileNames[0];
 518     findfileloop: for (String pdbfile : this.chimeraMaps.keySet())
 519     {
 520       for (ChimeraModel cm : chimeraMaps.get(pdbfile))
 521       {
 522         if (cm.getModelNumber() == modelId)
 523         {
 524           pdbfilename = pdbfile;
 525           break findfileloop;
 526         }
 527       }
 528     }
 529     return pdbfilename;
 530   }
 531
 532   private void log(String message)
 533   {
 534     System.err.println("## Chimera log: " + message);
 535   }
 536
 537   /**
 538    * Send a 'show' command for all atoms in the currently selected columns
 539    *
 540    * TODO: pull up to abstract structure viewer interface
 541    *
 542    * @param vp
 543    */
 544   public void highlightSelection(AlignmentViewPanel vp)
 545   {
 546     List<Integer> cols = vp.getAlignViewport().getColumnSelection()
 547             .getSelected();
 548     AlignmentI alignment = vp.getAlignment();
 549     StructureSelectionManager sm = getSsm();
 550     for (SequenceI seq : alignment.getSequences())
 551     {
 552       /*
 553        * convert selected columns into sequence positions
 554        */
 555       int[] positions = new int[cols.size()];
 556       int i = 0;
 557       for (Integer col : cols)
 558       {
 559         positions[i++] = seq.findPosition(col);
 560       }
 561       sm.highlightStructure(this, seq, positions);
 562     }
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Constructs and send commands to Chimera to set attributes on residues for
 567    * features visible in Jalview.
 568    * <p>
 569    * The syntax is: setattr r &lt;attName&gt; &lt;attValue&gt; &lt;atomSpec&gt;
 570    * <p>
 571    * For example: setattr r jv_chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 572    *
 573    * @param avp
 574    * @return
 575    */
 576   public int sendFeaturesToViewer(AlignmentViewPanel avp)
 577   {
 578     // TODO refactor as required to pull up to an interface
 579
 580     Map<String, Map<Object, AtomSpecModel>> featureValues = buildFeaturesMap(
 581             avp);
 582     List<StructureCommandI> commands = getCommandGenerator()
 583             .setAttributes(featureValues);
 584     if (commands.size() > 10)
 585     {
 586       sendCommandsByFile(commands);
 587     }
 588     else
 589     {
 590       for (StructureCommandI command : commands)
 591       {
 592         sendAsynchronousCommand(command, null);
 593       }
 594     }
 595     return commands.size();
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Write commands to a temporary file, and send a command to Chimera to open the
 600    * file as a commands script. For use when sending a large number of separate
 601    * commands would overload the REST interface mechanism.
 602    *
 603    * @param commands
 604    */
 605   protected void sendCommandsByFile(List<StructureCommandI> commands)
 606   {
 607     try
 608     {
 609       File tmp = File.createTempFile("chim", getCommandFileExtension());
 610       tmp.deleteOnExit();
 611       PrintWriter out = new PrintWriter(new FileOutputStream(tmp));
 612       for (StructureCommandI command : commands)
 613       {
 614         out.println(command.getCommand());
 615       }
 616       out.flush();
 617       out.close();
 618       String path = tmp.getAbsolutePath();
 619       StructureCommandI command = getCommandGenerator()
 620               .openCommandFile(path);
 621       sendAsynchronousCommand(command, null);
 622     } catch (IOException e)
 623     {
 624       System.err.println("Sending commands to Chimera via file failed with "
 625               + e.getMessage());
 626     }
 627   }
 628
 629   /**
 630    * Returns the file extension required for a file of commands to be read by
 631    * the structure viewer
 632    * @return
 633    */
 634   protected String getCommandFileExtension()
 635   {
 636     return ".com";
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Create features in Jalview for the given attribute name and structure
 641    * residues.
 642    *
 643    * <pre>
 644    * The residue list should be 0, 1 or more reply lines of the format:
 645    *     residue id #0:5.A isHelix -155.000836316 index 5
 646    * or
 647    *     residue id #0:6.A isHelix None
 648    * </pre>
 649    *
 650    * @param attName
 651    * @param residues
 652    * @return the number of features added
 653    */
 654   protected int createFeaturesForAttributes(String attName,
 655           List<String> residues)
 656   {
 657     int featuresAdded = 0;
 658     String featureGroup = getViewerFeatureGroup();
 659
 660     for (String residue : residues)
 661     {
 662       AtomSpec spec = null;
 663       String[] tokens = residue.split(" ");
 664       if (tokens.length < 5)
 665       {
 666         continue;
 667       }
 668       String atomSpec = tokens[2];
 669       String attValue = tokens[4];
 670
 671       /*
 672        * ignore 'None' (e.g. for phi) or 'False' (e.g. for isHelix)
 673        */
 674       if ("None".equalsIgnoreCase(attValue)
 675               || "False".equalsIgnoreCase(attValue))
 676       {
 677         continue;
 678       }
 679
 680       try
 681       {
 682         spec = parseAtomSpec(atomSpec);
 683       } catch (IllegalArgumentException e)
 684       {
 685         Cache.log.error("Problem parsing atomspec " + atomSpec);
 686         continue;
 687       }
 688
 689       String chainId = spec.getChain();
 690       String description = attValue;
 691       float score = Float.NaN;
 692       try
 693       {
 694         score = Float.valueOf(attValue);
 695         description = chainId;
 696       } catch (NumberFormatException e)
 697       {
 698         // was not a float value
 699       }
 700
 701       String pdbFile = getPdbFileForModel(spec.getModelNumber());
 702       spec.setPdbFile(pdbFile);
 703
 704       List<AtomSpec> atoms = Collections.singletonList(spec);
 705
 706       /*
 707        * locate the mapped position in the alignment (if any)
 708        */
 709       SearchResultsI sr = getSsm()
 710               .findAlignmentPositionsForStructurePositions(atoms);
 711
 712       /*
 713        * expect one matched alignment position, or none
 714        * (if the structure position is not mapped)
 715        */
 716       for (SearchResultMatchI m : sr.getResults())
 717       {
 718         SequenceI seq = m.getSequence();
 719         int start = m.getStart();
 720         int end = m.getEnd();
 721         SequenceFeature sf = new SequenceFeature(attName, description,
 722                 start, end, score, featureGroup);
 723         // todo: should SequenceFeature have an explicit property for chain?
 724         // note: repeating the action shouldn't duplicate features
 725         if (seq.addSequenceFeature(sf))
 726         {
 727           featuresAdded++;
 728         }
 729       }
 730     }
 731     return featuresAdded;
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Answers the feature group name to apply to features created in Jalview from
 736    * Chimera attributes
 737    *
 738    * @return
 739    */
 740   protected String getViewerFeatureGroup()
 741   {
 742     // todo pull up to interface
 743     return CHIMERA_FEATURE_GROUP;
 744   }
 745
 746   @Override
 747   public String getModelIdForFile(String pdbFile)
 748   {
 749     List<ChimeraModel> foundModels = chimeraMaps.get(pdbFile);
 750     if (foundModels != null && !foundModels.isEmpty())
 751     {
 752       return String.valueOf(foundModels.get(0).getModelNumber());
 753     }
 754     return "";
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Answers a (possibly empty) list of attribute names in Chimera[X], excluding
 759    * any which were added from Jalview
 760    *
 761    * @return
 762    */
 763   public List<String> getChimeraAttributes()
 764   {
 765     List<String> attributes = new ArrayList<>();
 766     StructureCommandI command = getCommandGenerator().listResidueAttributes();
 767     final List<String> reply = executeCommand(command, true);
 768     if (reply != null)
 769     {
 770       for (String inputLine : reply)
 771       {
 772         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 773         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 774         {
 775           String attName = lineParts[1];
 776           /*
 777            * exclude attributes added from Jalview
 778            */
 779           if (!attName.startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 780           {
 781             attributes.add(attName);
 782           }
 783         }
 784       }
 785     }
 786     return attributes;
 787   }
 788
 789   /**
 790    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.py)
 791    *
 792    * @return
 793    */
 794   @Override
 795   public String getSessionFileExtension()
 796   {
 797     return CHIMERA_SESSION_EXTENSION;
 798   }
 799
 800   @Override
 801   public String getHelpURL()
 802   {
 803     return "https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide";
 804   }
 805 }