src/jalview/fts/service/threedbeacons/TDB_FTSData.java

   1 package jalview.fts.service.threedbeacons;
   2
   3 import java.util.Map;
   4 import java.util.Objects;
   5
   6 import jalview.fts.api.FTSData;
   7
   8 /**
   9  * TDB result bean - holds filtered fields for GUI and essential metadata fields
  10  * for back end
  11  *
  12  * @author jprocter
  13  *
  14  */
  15 public class TDB_FTSData implements FTSData
  16 {
  17   String primaryKey;
  18
  19   Object[] summaryRowData;
  20
  21   /*
  22    * fields in the JSON object
  23    */
  24   public static String Uniprot_Id = "id";
  25
  26   public static String Uniprot_Start = "uniprot_start";
  27
  28   public static String Uniprot_End = "uniprot_end";
  29
  30   public static String Provider = "provider";
  31
  32   public static String Model_id = "model_identifier";
  33
  34   public static String Model_Category = "model_category";
  35
  36   public static String Model_Type = "model_type";
  37
  38   public static String Model_Title = "model_title";
  39
  40   public static String Resolution = "resolution";
  41
  42   public static String Confidence = "confidence_avg_local_score";
  43
  44   public static String Confidence_Score_Type = "confidence_type";
  45
  46   public static String Confidence_Score_Version = "confidence_version";
  47
  48   public static String Coverage = "coverage";
  49
  50   public static String Sequence_Identity = "sequence_identity";
  51
  52   public static String Created_Date = "created";
  53
  54   public static String UniProt_Accession = "uniprot_accession";
  55
  56   public static String Url = "model_url";
  57
  58   public static String Page_URL = "model_page_url";
  59
  60   public static String Ensemble_Sample_Url = "ensembl_sample_url";
  61
  62   /**
  63    * original response from server
  64    */
  65   Map<String, Object> tdb_entry;
  66
  67   public TDB_FTSData(String primaryKey,
  68           Map<String, Object> tdbJsonStructure, Object[] summaryData)
  69   {
  70     this.primaryKey = primaryKey;
  71     tdb_entry = tdbJsonStructure;
  72     this.summaryRowData = summaryData;
  73   }
  74
  75   public Object getField(String key)
  76   {
  77     return tdb_entry.get(key);
  78   }
  79
  80   @Override
  81   public Object[] getSummaryData()
  82   {
  83     return summaryRowData;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public Object getPrimaryKey()
  88   {
  89     return primaryKey;
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Returns a string representation of this object;
  94    */
  95   @Override
  96   public String toString()
  97   {
  98     StringBuilder summaryFieldValues = new StringBuilder();
  99     for (Object summaryField : summaryRowData)
 100     {
 101       summaryFieldValues
 102               .append(summaryField == null ? " " : summaryField.toString())
 103               .append("\t");
 104     }
 105     return summaryFieldValues.toString();
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Returns hash code value for this object
 110    */
 111   @Override
 112   public int hashCode()
 113   {
 114     return Objects.hash(primaryKey, this.toString());
 115   }
 116
 117   @Override
 118   public boolean equals(Object that)
 119   {
 120     return this.toString().equals(that.toString());
 121   }
 122
 123   public String getProvider()
 124   {
 125     return (String) getField(Provider);
 126   }
 127
 128   public String getModelViewUrl()
 129   {
 130     return (String) getField(Page_URL);
 131   }
 132
 133   public String getModelId()
 134   {
 135     return (String) getField(Model_id);
 136   }
 137
 138 }