src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.analysis.NJTree;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureColourI;
  29 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  30 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.commands.CommandI;
  34 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  35 import jalview.datamodel.Alignment;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  38 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  39 import jalview.datamodel.SearchResults;
  40 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  41 import jalview.datamodel.Sequence;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  45 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  46 import jalview.structure.CommandListener;
  47 import jalview.structure.SelectionSource;
  48 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  49 import jalview.structure.VamsasSource;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  52 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  53
  54 import java.awt.Container;
  55 import java.awt.Dimension;
  56 import java.awt.Font;
  57 import java.awt.Rectangle;
  58 import java.util.ArrayList;
  59 import java.util.Hashtable;
  60 import java.util.List;
  61 import java.util.Vector;
  62
  63 import javax.swing.JInternalFrame;
  64 import javax.swing.JOptionPane;
  65
  66 /**
  67  * DOCUMENT ME!
  68  *
  69  * @author $author$
  70  * @version $Revision: 1.141 $
  71  */
  72 public class AlignViewport extends AlignmentViewport implements
  73         SelectionSource, CommandListener
  74 {
  75   Font font;
  76
  77   NJTree currentTree = null;
  78
  79   boolean cursorMode = false;
  80
  81   boolean antiAlias = false;
  82
  83   private Rectangle explodedGeometry;
  84
  85   String viewName;
  86
  87   /*
  88    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  89    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  90    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  91    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  92    * view is created.
  93    */
  94   private boolean gatherViewsHere = false;
  95
  96   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  97
  98   /**
  99    * Creates a new AlignViewport object.
 100    *
 101    * @param al
 102    *          alignment to view
 103    */
 104   public AlignViewport(AlignmentI al)
 105   {
 106     setAlignment(al);
 107     init();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 112    *
 113    * @param al
 114    * @param seqsetid
 115    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 116    */
 117   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 118   {
 119     this(al, seqsetid, null);
 120   }
 121
 122   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 123   {
 124     sequenceSetID = seqsetid;
 125     viewId = viewid;
 126     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 127     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 128     {
 129       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 130               + sequenceSetID);
 131     }
 132     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 133     {
 134       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 135     }
 136     setAlignment(al);
 137     init();
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 142    *
 143    * @param al
 144    *          AlignmentI
 145    * @param hiddenColumns
 146    *          ColumnSelection
 147    */
 148   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns)
 149   {
 150     setAlignment(al);
 151     if (hiddenColumns != null)
 152     {
 153       colSel = hiddenColumns;
 154     }
 155     init();
 156   }
 157
 158   /**
 159    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 160    *
 161    * @param al
 162    * @param hiddenColumns
 163    * @param seqsetid
 164    *          (may be null)
 165    */
 166   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
 167           String seqsetid)
 168   {
 169     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 170   }
 171
 172   /**
 173    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 174    *
 175    * @param al
 176    * @param hiddenColumns
 177    * @param seqsetid
 178    *          (may be null)
 179    * @param viewid
 180    *          (may be null)
 181    */
 182   public AlignViewport(AlignmentI al, ColumnSelection hiddenColumns,
 183           String seqsetid, String viewid)
 184   {
 185     sequenceSetID = seqsetid;
 186     viewId = viewid;
 187     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 188     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 189     {
 190       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 191               + sequenceSetID);
 192     }
 193     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 194     {
 195       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 196     }
 197     setAlignment(al);
 198     if (hiddenColumns != null)
 199     {
 200       colSel = hiddenColumns;
 201     }
 202     init();
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Apply any settings saved in user preferences
 207    */
 208   private void applyViewProperties()
 209   {
 210     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
 211
 212     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 213     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 214
 215     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 216     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 217     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 218
 219     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 220     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 221     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 222     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 223     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 224     viewStyle.setShowUnconserved(Cache
 225             .getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 226     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 227     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 228     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder.valueOf(Cache.getDefault(
 229             Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 230             SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 231     showAutocalculatedAbove = Cache.getDefault(
 232             Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 233     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(Cache.getDefault(
 234             Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 235   }
 236
 237   void init()
 238   {
 239     this.startRes = 0;
 240     this.endRes = alignment.getWidth() - 1;
 241     this.startSeq = 0;
 242     this.endSeq = alignment.getHeight() - 1;
 243     applyViewProperties();
 244
 245     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 246     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 247     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 248
 249     int style = 0;
 250
 251     if (fontStyle.equals("bold"))
 252     {
 253       style = 1;
 254     }
 255     else if (fontStyle.equals("italic"))
 256     {
 257       style = 2;
 258     }
 259
 260     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 261
 262     alignment
 263             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 264
 265     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 266     // as Blosum and Clustal require this to be done
 267     if (hconsensus == null && !isDataset)
 268     {
 269       if (!alignment.isNucleotide())
 270       {
 271         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 272         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 273         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 274                 false);
 275       }
 276       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 277               true);
 278       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 279       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 280               false);
 281       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 282       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 283     }
 284     initAutoAnnotation();
 285     String colourProperty = alignment.isNucleotide() ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 286             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 287     String propertyValue = Cache.getProperty(colourProperty);
 288     if (propertyValue == null)
 289     {
 290       // fall back on this property for backwards compatibility
 291       propertyValue = Cache.getProperty(Preferences.DEFAULT_COLOUR);
 292     }
 293     if (propertyValue != null)
 294     {
 295       globalColourScheme = ColourSchemeProperty.getColour(alignment,
 296               propertyValue);
 297
 298       if (globalColourScheme instanceof UserColourScheme)
 299       {
 300         globalColourScheme = UserDefinedColours.loadDefaultColours();
 301         ((UserColourScheme) globalColourScheme).setThreshold(0,
 302                 isIgnoreGapsConsensus());
 303       }
 304
 305       if (globalColourScheme != null)
 306       {
 307         globalColourScheme.setConsensus(hconsensus);
 308       }
 309     }
 310   }
 311
 312   /**
 313    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
 314    * row.
 315    *
 316    * @return consensus sequence as a new sequence object
 317    */
 318   public SequenceI getConsensusSeq()
 319   {
 320     if (consensus == null)
 321     {
 322       updateConsensus(null);
 323     }
 324     if (consensus == null)
 325     {
 326       return null;
 327     }
 328     StringBuffer seqs = new StringBuffer();
 329     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
 330     {
 331       if (consensus.annotations[i] != null)
 332       {
 333         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
 334         {
 335           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
 336         }
 337         else
 338         {
 339           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
 340         }
 341       }
 342     }
 343
 344     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
 345     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
 346             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 347     return sq;
 348   }
 349
 350   boolean validCharWidth;
 351
 352   /**
 353    * update view settings with the given font. You may need to call
 354    * alignPanel.fontChanged to update the layout geometry
 355    *
 356    * @param setGrid
 357    *          when true, charWidth/height is set according to font mentrics
 358    */
 359   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 360   {
 361     font = f;
 362
 363     Container c = new Container();
 364
 365     java.awt.FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 366     int w = viewStyle.getCharWidth(), ww = fm.charWidth('M'), h = viewStyle
 367             .getCharHeight();
 368     if (setGrid)
 369     {
 370       setCharHeight(fm.getHeight());
 371       setCharWidth(ww);
 372     }
 373     viewStyle.setFontName(font.getName());
 374     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 375     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 376
 377     validCharWidth = true;
 378   }
 379
 380   @Override
 381   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 382   {
 383     super.setViewStyle(settingsForView);
 384     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 385             viewStyle.getFontSize()), false);
 386
 387   }
 388
 389   /**
 390    * DOCUMENT ME!
 391    *
 392    * @return DOCUMENT ME!
 393    */
 394   public Font getFont()
 395   {
 396     return font;
 397   }
 398
 399   /**
 400    * DOCUMENT ME!
 401    *
 402    * @param align
 403    *          DOCUMENT ME!
 404    */
 405   @Override
 406   public void setAlignment(AlignmentI align)
 407   {
 408     replaceMappings(align);
 409     super.setAlignment(align);
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 414    * viewport
 415    *
 416    * @param align
 417    */
 418   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 419   {
 420
 421     /*
 422      * Deregister current mappings (if any)
 423      */
 424     deregisterMappings();
 425
 426     /*
 427      * Register new mappings (if any)
 428      */
 429     if (align != null)
 430     {
 431       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 432               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 433       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 434     }
 435
 436     /*
 437      * replace mappings on our alignment
 438      */
 439     if (alignment != null && align != null)
 440     {
 441       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 442     }
 443   }
 444
 445   protected void deregisterMappings()
 446   {
 447     AlignmentI al = getAlignment();
 448     if (al != null)
 449     {
 450       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 451       if (mappings != null)
 452       {
 453         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 454                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 455         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 456         {
 457           if (noReferencesTo(acf))
 458           {
 459             ssm.deregisterMapping(acf);
 460           }
 461         }
 462       }
 463     }
 464   }
 465
 466   /**
 467    * DOCUMENT ME!
 468    *
 469    * @return DOCUMENT ME!
 470    */
 471   @Override
 472   public char getGapCharacter()
 473   {
 474     return getAlignment().getGapCharacter();
 475   }
 476
 477   /**
 478    * DOCUMENT ME!
 479    *
 480    * @param gap
 481    *          DOCUMENT ME!
 482    */
 483   public void setGapCharacter(char gap)
 484   {
 485     if (getAlignment() != null)
 486     {
 487       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 488     }
 489   }
 490
 491   /**
 492    * DOCUMENT ME!
 493    *
 494    * @param tree
 495    *          DOCUMENT ME!
 496    */
 497   public void setCurrentTree(NJTree tree)
 498   {
 499     currentTree = tree;
 500   }
 501
 502   /**
 503    * DOCUMENT ME!
 504    *
 505    * @return DOCUMENT ME!
 506    */
 507   public NJTree getCurrentTree()
 508   {
 509     return currentTree;
 510   }
 511
 512   /**
 513    * returns the visible column regions of the alignment
 514    *
 515    * @param selectedRegionOnly
 516    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 517    *          area
 518    * @return
 519    */
 520   public int[] getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 521   {
 522     int[] viscontigs = null;
 523     int start = 0, end = 0;
 524     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 525     {
 526       start = selectionGroup.getStartRes();
 527       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 528     }
 529     else
 530     {
 531       end = alignment.getWidth();
 532     }
 533     viscontigs = colSel.getVisibleContigs(start, end);
 534     return viscontigs;
 535   }
 536
 537   /**
 538    * get hash of undo and redo list for the alignment
 539    *
 540    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 541    */
 542   public long[] getUndoRedoHash()
 543   {
 544     // TODO: JAL-1126
 545     if (historyList == null || redoList == null)
 546     {
 547       return new long[] { -1, -1 };
 548     }
 549     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 550   }
 551
 552   /**
 553    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 554    * the undo and redo list.
 555    *
 556    * @param undoredo
 557    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 558    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 559    *         the stored hashcode array differs in size
 560    */
 561   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 562   {
 563     if (undoredo == null)
 564     {
 565       return true;
 566     }
 567     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 568     if (cstate.length != undoredo.length)
 569     {
 570       return true;
 571     }
 572
 573     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 574     {
 575       if (cstate[i] != undoredo[i])
 576       {
 577         return true;
 578       }
 579     }
 580     return false;
 581   }
 582
 583   public boolean followSelection = true;
 584
 585   /**
 586    * @return true if view selection should always follow the selections
 587    *         broadcast by other selection sources
 588    */
 589   public boolean getFollowSelection()
 590   {
 591     return followSelection;
 592   }
 593
 594   /**
 595    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 596    */
 597   @Override
 598   public void sendSelection()
 599   {
 600     jalview.structure.StructureSelectionManager
 601             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance).sendSelection(
 602                     new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 603                     new ColumnSelection(getColumnSelection()), this);
 604   }
 605
 606   /**
 607    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 608    * components currently handling the given viewport.
 609    *
 610    * @param av
 611    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 612    *         reference
 613    */
 614   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 615   {
 616     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(this
 617             .getSequenceSetId());
 618     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 619     {
 620       if (aps[p].av == this)
 621       {
 622         return aps[p];
 623       }
 624     }
 625     return null;
 626   }
 627
 628   public boolean getSortByTree()
 629   {
 630     return sortByTree;
 631   }
 632
 633   public void setSortByTree(boolean sort)
 634   {
 635     sortByTree = sort;
 636   }
 637
 638   /**
 639    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 640    */
 641   @Override
 642   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 643   {
 644     return StructureSelectionManager
 645             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 646   }
 647
 648   /**
 649    *
 650    * @param pdbEntries
 651    * @return an array of SequenceI arrays, one for each PDBEntry, listing which
 652    *         sequences in the alignment hold a reference to it
 653    */
 654   public SequenceI[][] collateForPDB(PDBEntry[] pdbEntries)
 655   {
 656     List<SequenceI[]> seqvectors = new ArrayList<SequenceI[]>();
 657     for (PDBEntry pdb : pdbEntries)
 658     {
 659       List<SequenceI> choosenSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
 660       for (SequenceI sq : alignment.getSequences())
 661       {
 662         Vector<PDBEntry> pdbRefEntries = sq.getDatasetSequence()
 663                 .getAllPDBEntries();
 664         if (pdbRefEntries == null)
 665         {
 666           continue;
 667         }
 668         for (PDBEntry pdbRefEntry : pdbRefEntries)
 669         {
 670           if (pdbRefEntry.getId().equals(pdb.getId()))
 671           {
 672             if (pdbRefEntry.getChainCode() != null
 673                     && pdb.getChainCode() != null)
 674             {
 675               if (pdbRefEntry.getChainCode().equalsIgnoreCase(
 676                       pdb.getChainCode())
 677                       && !choosenSeqs.contains(sq))
 678               {
 679                 choosenSeqs.add(sq);
 680                 continue;
 681               }
 682             }
 683             else
 684             {
 685               if (!choosenSeqs.contains(sq))
 686               {
 687                 choosenSeqs.add(sq);
 688                 continue;
 689               }
 690             }
 691
 692           }
 693         }
 694       }
 695       seqvectors
 696               .add(choosenSeqs.toArray(new SequenceI[choosenSeqs.size()]));
 697     }
 698     return seqvectors.toArray(new SequenceI[seqvectors.size()][]);
 699   }
 700
 701   @Override
 702   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 703   {
 704     return normaliseSequenceLogo;
 705   }
 706
 707   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 708   {
 709     normaliseSequenceLogo = state;
 710   }
 711
 712   /**
 713    *
 714    * @return true if alignment characters should be displayed
 715    */
 716   @Override
 717   public boolean isValidCharWidth()
 718   {
 719     return validCharWidth;
 720   }
 721
 722   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<String, AutoCalcSetting>();
 723
 724   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 725   {
 726     return calcIdParams.get(calcId);
 727   }
 728
 729   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 730           boolean needsUpdate)
 731   {
 732     calcIdParams.put(calcId, settings);
 733     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 734     // restarted after load
 735     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 736     if (needsUpdate)
 737     {
 738       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 739     }
 740   }
 741
 742   /**
 743    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 744    * broadcast to here.
 745    *
 746    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 747    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 748    * and then for each edit in turn:
 749    * <ul>
 750    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 751    * <li>apply the mapped edit</li>
 752    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source sequences</li>
 753    * </ul>
 754    *
 755    * @param command
 756    * @param undo
 757    * @param ssm
 758    */
 759   @Override
 760   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 761           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 762   {
 763     /*
 764      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 765      * with direct calls not via SSM.
 766      */
 767     if (source instanceof AlignViewportI
 768             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 769     {
 770       // ok to continue;
 771     }
 772     else
 773     {
 774       return;
 775     }
 776
 777     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 778             getGapCharacter());
 779     if (mappedCommand != null)
 780     {
 781       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 782       mappedCommand.doCommand(views);
 783       getAlignPanel().alignmentChanged();
 784     }
 785   }
 786
 787   /**
 788    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 789    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 790    * and protein linked.
 791    *
 792    * @param toAdd
 793    * @param title
 794    */
 795   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 796   {
 797     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 798
 799     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 800     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 801     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 802
 803     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 804     // this comment:
 805     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 806
 807     /*
 808      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 809      * mappings operate on dataset sequences
 810      */
 811     toAdd.setDataset(null);
 812
 813     /*
 814      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 815      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 816      */
 817     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 818
 819     /*
 820      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 821      * offer to open a split frame with linked alignments
 822      */
 823     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 824     {
 825       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 826       {
 827         if (openLinkedAlignment(toAdd, title))
 828         {
 829           return;
 830         }
 831       }
 832     }
 833
 834     /*
 835      * No mappings, or offer declined - add sequences to this alignment
 836      */
 837     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 838     // provenance) should share the same dataset sequence
 839
 840     AlignmentI al = getAlignment();
 841     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 842     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 843     {
 844       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 845       /*
 846        * experimental!
 847        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 848        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 849        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 850        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 851        */
 852       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 853       {
 854         al.addSequence(seq);
 855       }
 856     }
 857
 858     setEndSeq(getAlignment().getHeight());
 859     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 860   }
 861
 862   /**
 863    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 864    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 865    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 866    * declined the offer.
 867    *
 868    * @param al
 869    * @param title
 870    */
 871   protected boolean openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 872   {
 873     String[] options = new String[] {
 874         MessageManager.getString("action.no"),
 875         MessageManager.getString("label.split_window"),
 876         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 877     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 878             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 879     int response = JOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop, question,
 880             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 881             JOptionPane.DEFAULT_OPTION, JOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 882             options, options[0]);
 883
 884     if (response != 1 && response != 2)
 885     {
 886       return false;
 887     }
 888     final boolean openSplitPane = (response == 1);
 889     final boolean openInNewWindow = (response == 2);
 890
 891     /*
 892      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 893      * in a new split pane.
 894      */
 895     AlignmentI thisAlignment = openSplitPane ? new Alignment(getAlignment())
 896             : getAlignment();
 897     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 898     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 899
 900     /*
 901      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 902      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 903      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 904      * is a pre-requisite for building mappings.
 905      */
 906     al.setDataset(null);
 907     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 908
 909     /*
 910      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 911      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 912      */
 913     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 914             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 915     newAlignFrame.setTitle(title);
 916     newAlignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 917             "label.successfully_loaded_file", new Object[] { title }));
 918
 919     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 920     // we will need to add parameters to the stack.
 921     // if (!protocol.equals(AppletFormatAdapter.PASTE))
 922     // {
 923     // alignFrame.setFileName(file, format);
 924     // }
 925
 926     if (openInNewWindow)
 927     {
 928       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 929               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 930     }
 931
 932     try
 933     {
 934       newAlignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(
 935               "SHOW_FULLSCREEN", false));
 936     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 937     {
 938     }
 939
 940     if (openSplitPane)
 941     {
 942       al.alignAs(thisAlignment);
 943       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 944     }
 945
 946     return true;
 947   }
 948
 949   /**
 950    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 951    * alignments.
 952    *
 953    * @param newAlignFrame
 954    *          containing a new alignment to be shown
 955    * @param complement
 956    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 957    * @return the protein alignment in the split frame
 958    */
 959   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 960           AlignmentI complement)
 961   {
 962     /*
 963      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 964      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 965      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 966      */
 967     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement,
 968             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 969     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 970
 971     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 972     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 973             : newAlignFrame;
 974     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 975     cdnaFrame.setVisible(true);
 976     proteinFrame.setVisible(true);
 977     String linkedTitle = MessageManager
 978             .getString("label.linked_view_title");
 979
 980     /*
 981      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 982      */
 983     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 984     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 985
 986     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 987   }
 988
 989   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 990   {
 991     return annotationColumnSelectionState;
 992   }
 993
 994   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 995           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 996   {
 997     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 998   }
 999
1000   @Override
1001   public void setIdWidth(int i)
1002   {
1003     super.setIdWidth(i);
1004     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
1005     if (ap != null)
1006     {
1007       // modify GUI elements to reflect geometry change
1008       Dimension idw = getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas()
1009               .getPreferredSize();
1010       idw.width = i;
1011       getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
1012     }
1013   }
1014
1015   public Rectangle getExplodedGeometry()
1016   {
1017     return explodedGeometry;
1018   }
1019
1020   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
1021   {
1022     this.explodedGeometry = explodedPosition;
1023   }
1024
1025   public boolean isGatherViewsHere()
1026   {
1027     return gatherViewsHere;
1028   }
1029
1030   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
1031   {
1032     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
1033   }
1034
1035   /**
1036    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
1037    * complementary alignment to match this one.
1038    */
1039   public void scrollComplementaryAlignment()
1040   {
1041     /*
1042      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
1043      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
1044      * is found, the result will be empty.
1045      */
1046     SearchResultsI sr = new SearchResults();
1047     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
1048     if (!sr.isEmpty())
1049     {
1050       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
1051       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
1052               .getAlignPanel();
1053       complementPanel.setDontScrollComplement(true);
1054       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
1055     }
1056   }
1057
1058   /**
1059    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
1060    *
1061    * @param acf
1062    * @return
1063    */
1064   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
1065   {
1066     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1067     if (frames == null)
1068     {
1069       return true;
1070     }
1071     for (AlignFrame af : frames)
1072     {
1073       if (!af.isClosed())
1074       {
1075         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1076         {
1077           AlignmentI al = ap.getAlignment();
1078           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
1079           {
1080             return false;
1081           }
1082         }
1083       }
1084     }
1085     return true;
1086   }
1087
1088   /**
1089    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1090    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1091    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1092    * way using the Feature Settings dialogue.
1093    *
1094    * @param featureSettings
1095    */
1096   @Override
1097   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1098   {
1099     if (featureSettings == null)
1100     {
1101       return;
1102     }
1103
1104     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1105             .getFeatureRenderer();
1106     fr.findAllFeatures(true);
1107     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1108     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1109     displayed.clear();
1110     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1111
1112     /*
1113      * set feature colour if specified by feature settings
1114      * set visibility of all features
1115      */
1116     for (String type : renderOrder)
1117     {
1118       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1119               .getFeatureColour(type);
1120       if (preferredColour != null)
1121       {
1122         fr.setColour(type, preferredColour);
1123       }
1124       if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1125       {
1126         displayed.setVisible(type);
1127       }
1128     }
1129
1130     /*
1131      * set visibility of feature groups
1132      */
1133     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1134     {
1135       fr.setGroupVisibility(group, featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1136     }
1137
1138     /*
1139      * order the features
1140      */
1141     if (featureSettings.optimiseOrder())
1142     {
1143       // TODO not supported (yet?)
1144     }
1145     else
1146     {
1147       fr.orderFeatures(featureSettings);
1148     }
1149     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1150   }
1151
1152 }