src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.FeatureColourI;
  28 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  29 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  30 import jalview.api.ViewStyleI;
  31 import jalview.bin.Cache;
  32 import jalview.commands.CommandI;
  33 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  34 import jalview.datamodel.Alignment;
  35 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  36 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  37 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  38 import jalview.datamodel.SearchResults;
  39 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  40 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  41 import jalview.datamodel.SequenceI;
  42 import jalview.renderer.ResidueShader;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  45 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  46 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  47 import jalview.structure.SelectionSource;
  48 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  49 import jalview.structure.VamsasSource;
  50 import jalview.util.MessageManager;
  51 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  52 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  53
  54 import java.awt.Container;
  55 import java.awt.Dimension;
  56 import java.awt.Font;
  57 import java.awt.FontMetrics;
  58 import java.awt.Rectangle;
  59 import java.util.Hashtable;
  60 import java.util.Iterator;
  61 import java.util.List;
  62
  63 import javax.swing.JInternalFrame;
  64
  65 /**
  66  * DOCUMENT ME!
  67  *
  68  * @author $author$
  69  * @version $Revision: 1.141 $
  70  */
  71 public class AlignViewport extends AlignmentViewport
  72         implements SelectionSource
  73 {
  74   Font font;
  75
  76   boolean cursorMode = false;
  77
  78   boolean antiAlias = false;
  79
  80   private Rectangle explodedGeometry;
  81
  82   private String viewName;
  83
  84   /*
  85    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  86    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  87    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  88    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  89    * view is created.
  90    */
  91   private boolean gatherViewsHere = false;
  92
  93   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  94
  95   /**
  96    * Creates a new AlignViewport object.
  97    *
  98    * @param al
  99    *          alignment to view
 100    */
 101   public AlignViewport(AlignmentI al)
 102   {
 103     super(al);
 104     init();
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 109    *
 110    * @param al
 111    * @param seqsetid
 112    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 113    */
 114   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 115   {
 116     this(al, seqsetid, null);
 117   }
 118
 119   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 120   {
 121     super(al);
 122     sequenceSetID = seqsetid;
 123     viewId = viewid;
 124     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 125     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 126     {
 127       Cache.log.debug(
 128               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 129     }
 130     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 131     {
 132       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 133     }
 134     init();
 135
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 140    *
 141    * @param al
 142    *          AlignmentI
 143    * @param hiddenColumns
 144    *          ColumnSelection
 145    */
 146   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 147   {
 148     super(al);
 149     if (hiddenColumns != null)
 150     {
 151       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 152     }
 153     init();
 154   }
 155
 156   /**
 157    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 158    *
 159    * @param al
 160    * @param hiddenColumns
 161    * @param seqsetid
 162    *          (may be null)
 163    */
 164   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 165           String seqsetid)
 166   {
 167     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 172    *
 173    * @param al
 174    * @param hiddenColumns
 175    * @param seqsetid
 176    *          (may be null)
 177    * @param viewid
 178    *          (may be null)
 179    */
 180   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 181           String seqsetid, String viewid)
 182   {
 183     super(al);
 184     sequenceSetID = seqsetid;
 185     viewId = viewid;
 186     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 187     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 188     {
 189       Cache.log.debug(
 190               "Setting viewport's sequence set id : " + sequenceSetID);
 191     }
 192     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 193     {
 194       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 195     }
 196
 197     if (hiddenColumns != null)
 198     {
 199       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 200     }
 201     init();
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Apply any settings saved in user preferences
 206    */
 207   private void applyViewProperties()
 208   {
 209     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
 210
 211     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 212     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 213
 214     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 215     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 216     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 217
 218     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 219     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 220     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 221     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 222     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 223     viewStyle.setShowUnconserved(
 224             Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 225     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 226     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 227     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder
 228             .valueOf(Cache.getDefault(Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 229                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 230     showAutocalculatedAbove = Cache
 231             .getDefault(Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 232     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(
 233             Cache.getDefault(Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 234   }
 235
 236   void init()
 237   {
 238     applyViewProperties();
 239
 240     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 241     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 242     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 243
 244     int style = 0;
 245
 246     if (fontStyle.equals("bold"))
 247     {
 248       style = 1;
 249     }
 250     else if (fontStyle.equals("italic"))
 251     {
 252       style = 2;
 253     }
 254
 255     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 256
 257     alignment
 258             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 259
 260     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 261     // as Blosum and Clustal require this to be done
 262     if (hconsensus == null && !isDataset)
 263     {
 264       if (!alignment.isNucleotide())
 265       {
 266         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 267         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 268         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 269                 false);
 270       }
 271       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 272               true);
 273       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 274       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 275               false);
 276       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 277       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 278
 279       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 280     }
 281     initAutoAnnotation();
 282     String colourProperty = alignment.isNucleotide()
 283             ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 284             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 285     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 286     if (schemeName == null)
 287     {
 288       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 289       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 290               ResidueColourScheme.NONE);
 291     }
 292     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty
 293             .getColourScheme(this, alignment, schemeName);
 294     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 295
 296     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 297     {
 298       residueShading = new ResidueShader(
 299               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 300       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 301     }
 302
 303     if (residueShading != null)
 304     {
 305       residueShading.setConsensus(hconsensus);
 306     }
 307     setColourAppliesToAllGroups(true);
 308   }
 309
 310   boolean validCharWidth;
 311
 312   /**
 313    * {@inheritDoc}
 314    */
 315   @Override
 316   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 317   {
 318     font = f;
 319
 320     Container c = new Container();
 321
 322     if (setGrid)
 323     {
 324       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 325       int ww = fm.charWidth('M');
 326       setCharHeight(fm.getHeight());
 327       setCharWidth(ww);
 328     }
 329     viewStyle.setFontName(font.getName());
 330     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 331     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 332
 333     validCharWidth = true;
 334   }
 335
 336   @Override
 337   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 338   {
 339     super.setViewStyle(settingsForView);
 340     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 341             viewStyle.getFontSize()), false);
 342   }
 343
 344   /**
 345    * DOCUMENT ME!
 346    *
 347    * @return DOCUMENT ME!
 348    */
 349   public Font getFont()
 350   {
 351     return font;
 352   }
 353
 354   /**
 355    * DOCUMENT ME!
 356    *
 357    * @param align
 358    *          DOCUMENT ME!
 359    */
 360   @Override
 361   public void setAlignment(AlignmentI align)
 362   {
 363     replaceMappings(align);
 364     super.setAlignment(align);
 365   }
 366
 367   /**
 368    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 369    * viewport
 370    *
 371    * @param align
 372    */
 373   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 374   {
 375
 376     /*
 377      * Deregister current mappings (if any)
 378      */
 379     deregisterMappings();
 380
 381     /*
 382      * Register new mappings (if any)
 383      */
 384     if (align != null)
 385     {
 386       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 387               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 388       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 389     }
 390
 391     /*
 392      * replace mappings on our alignment
 393      */
 394     if (alignment != null && align != null)
 395     {
 396       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 397     }
 398   }
 399
 400   protected void deregisterMappings()
 401   {
 402     AlignmentI al = getAlignment();
 403     if (al != null)
 404     {
 405       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 406       if (mappings != null)
 407       {
 408         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 409                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 410         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 411         {
 412           if (noReferencesTo(acf))
 413           {
 414             ssm.deregisterMapping(acf);
 415           }
 416         }
 417       }
 418     }
 419   }
 420
 421   /**
 422    * DOCUMENT ME!
 423    *
 424    * @return DOCUMENT ME!
 425    */
 426   @Override
 427   public char getGapCharacter()
 428   {
 429     return getAlignment().getGapCharacter();
 430   }
 431
 432   /**
 433    * DOCUMENT ME!
 434    *
 435    * @param gap
 436    *          DOCUMENT ME!
 437    */
 438   public void setGapCharacter(char gap)
 439   {
 440     if (getAlignment() != null)
 441     {
 442       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 443     }
 444   }
 445
 446   /**
 447    * returns the visible column regions of the alignment
 448    *
 449    * @param selectedRegionOnly
 450    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 451    *          area
 452    * @return
 453    */
 454   public Iterator<int[]> getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 455   {
 456     int start = 0;
 457     int end = 0;
 458     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 459     {
 460       start = selectionGroup.getStartRes();
 461       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 462     }
 463     else
 464     {
 465       end = alignment.getWidth();
 466     }
 467     return (alignment.getHiddenColumns().getVisContigsIterator(start, end,
 468             false));
 469   }
 470
 471   /**
 472    * get hash of undo and redo list for the alignment
 473    *
 474    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 475    */
 476   public long[] getUndoRedoHash()
 477   {
 478     // TODO: JAL-1126
 479     if (historyList == null || redoList == null)
 480     {
 481       return new long[] { -1, -1 };
 482     }
 483     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 484   }
 485
 486   /**
 487    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 488    * the undo and redo list.
 489    *
 490    * @param undoredo
 491    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 492    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 493    *         the stored hashcode array differs in size
 494    */
 495   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 496   {
 497     if (undoredo == null)
 498     {
 499       return true;
 500     }
 501     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 502     if (cstate.length != undoredo.length)
 503     {
 504       return true;
 505     }
 506
 507     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 508     {
 509       if (cstate[i] != undoredo[i])
 510       {
 511         return true;
 512       }
 513     }
 514     return false;
 515   }
 516
 517   public boolean followSelection = true;
 518
 519   /**
 520    * @return true if view selection should always follow the selections
 521    *         broadcast by other selection sources
 522    */
 523   public boolean getFollowSelection()
 524   {
 525     return followSelection;
 526   }
 527
 528   /**
 529    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 530    */
 531   @Override
 532   public void sendSelection()
 533   {
 534     jalview.structure.StructureSelectionManager
 535             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance)
 536             .sendSelection(new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 537                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 538                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 539                     this);
 540   }
 541
 542   /**
 543    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 544    * components currently handling the given viewport.
 545    *
 546    * @param av
 547    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 548    *         reference
 549    */
 550   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 551   {
 552     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 553             .getAssociatedPanels(this.getSequenceSetId());
 554     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 555     {
 556       if (aps[p].av == this)
 557       {
 558         return aps[p];
 559       }
 560     }
 561     return null;
 562   }
 563
 564   public boolean getSortByTree()
 565   {
 566     return sortByTree;
 567   }
 568
 569   public void setSortByTree(boolean sort)
 570   {
 571     sortByTree = sort;
 572   }
 573
 574   /**
 575    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 576    */
 577   @Override
 578   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 579   {
 580     return StructureSelectionManager
 581             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 582   }
 583
 584   @Override
 585   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 586   {
 587     return normaliseSequenceLogo;
 588   }
 589
 590   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 591   {
 592     normaliseSequenceLogo = state;
 593   }
 594
 595   /**
 596    *
 597    * @return true if alignment characters should be displayed
 598    */
 599   @Override
 600   public boolean isValidCharWidth()
 601   {
 602     return validCharWidth;
 603   }
 604
 605   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<>();
 606
 607   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 608   {
 609     return calcIdParams.get(calcId);
 610   }
 611
 612   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 613           boolean needsUpdate)
 614   {
 615     calcIdParams.put(calcId, settings);
 616     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 617     // restarted after load
 618     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 619     if (needsUpdate)
 620     {
 621       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 622     }
 623   }
 624
 625   /**
 626    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 627    * broadcast to here.
 628    *
 629    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 630    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 631    * and then for each edit in turn:
 632    * <ul>
 633    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 634    * <li>apply the mapped edit</li>
 635    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source
 636    * sequences</li>
 637    * </ul>
 638    *
 639    * @param command
 640    * @param undo
 641    * @param ssm
 642    */
 643   @Override
 644   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 645           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 646   {
 647     /*
 648      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 649      * with direct calls not via SSM.
 650      */
 651     if (source instanceof AlignViewportI
 652             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 653     {
 654       // ok to continue;
 655     }
 656     else
 657     {
 658       return;
 659     }
 660
 661     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 662             getGapCharacter());
 663     if (mappedCommand != null)
 664     {
 665       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 666       mappedCommand.doCommand(views);
 667       getAlignPanel().alignmentChanged();
 668     }
 669   }
 670
 671   /**
 672    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 673    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 674    * and protein linked.
 675    *
 676    * @param toAdd
 677    * @param title
 678    */
 679   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 680   {
 681     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 682
 683     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 684     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 685     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 686
 687     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 688     // this comment:
 689     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 690
 691     /*
 692      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 693      * mappings operate on dataset sequences
 694      */
 695     toAdd.setDataset(null);
 696
 697     /*
 698      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 699      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 700      */
 701     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 702
 703     /*
 704      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 705      * offer to open a split frame with linked alignments
 706      */
 707     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 708     {
 709       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 710       {
 711         openLinkedAlignment(toAdd, title);
 712         return;
 713       }
 714     }
 715     addDataToAlignment(toAdd);
 716   }
 717
 718   /**
 719    * adds sequences to this alignment
 720    *
 721    * @param toAdd
 722    */
 723   void addDataToAlignment(AlignmentI toAdd)
 724   {
 725     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 726     // provenance) should share the same dataset sequence
 727
 728     AlignmentI al = getAlignment();
 729     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 730     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 731     {
 732       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 733       /*
 734        * experimental!
 735        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 736        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 737        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 738        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 739        */
 740       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 741       {
 742         al.addSequence(seq);
 743       }
 744     }
 745
 746     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight());
 747     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 748   }
 749
 750   /**
 751    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 752    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 753    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 754    * declined the offer.
 755    *
 756    * @param al
 757    * @param title
 758    */
 759   protected void openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 760   {
 761     String[] options = new String[] { MessageManager.getString("action.no"),
 762         MessageManager.getString("label.split_window"),
 763         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 764     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 765             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 766     final AlignViewport us = this;
 767
 768     /*
 769      * options No, Split Window, New Window correspond to
 770      * dialog responses 0, 1, 2 (even though JOptionPane shows them
 771      * in reverse order)
 772      */
 773     JvOptionPane dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(Desktop.desktop)
 774             .setResponseHandler(0, new Runnable()
 775             {
 776               @Override
 777               public void run()
 778               {
 779                   addDataToAlignment(al);
 780               }
 781             }).setResponseHandler(1, new Runnable()
 782             {
 783               @Override
 784               public void run()
 785               {
 786                 us.openLinkedAlignmentAs(al, title, true);
 787               }
 788             }).setResponseHandler(2, new Runnable()
 789             {
 790               @Override
 791               public void run()
 792               {
 793                 us.openLinkedAlignmentAs(al, title, false);
 794               }
 795             });
 796         dialog.showDialog(question,
 797             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 798             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 799             options, options[0]);
 800   }
 801
 802   protected void openLinkedAlignmentAs(AlignmentI al, String title,
 803           boolean newWindowOrSplitPane)
 804     {
 805     /*
 806      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 807      * in a new split pane.
 808      */
 809     AlignmentI thisAlignment = newWindowOrSplitPane
 810             ? new Alignment(getAlignment())
 811             : getAlignment();
 812     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 813     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 814
 815     /*
 816      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 817      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 818      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 819      * is a pre-requisite for building mappings.
 820      */
 821     al.setDataset(null);
 822     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 823
 824     /*
 825      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 826      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 827      */
 828     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 829             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 830     newAlignFrame.setTitle(title);
 831     newAlignFrame.setStatus(MessageManager
 832             .formatMessage("label.successfully_loaded_file", new Object[]
 833             { title }));
 834
 835     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 836     // we will need to add parameters to the stack.
 837     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 838     // {
 839     // alignFrame.setFileName(file, format);
 840     // }
 841
 842     if (!newWindowOrSplitPane)
 843     {
 844       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 845               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 846     }
 847
 848     try
 849     {
 850       newAlignFrame.setMaximum(
 851               jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 852     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 853     {
 854     }
 855
 856     if (newWindowOrSplitPane)
 857     {
 858       al.alignAs(thisAlignment);
 859       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 860     }
 861   }
 862
 863   /**
 864    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 865    * alignments.
 866    *
 867    * @param newAlignFrame
 868    *          containing a new alignment to be shown
 869    * @param complement
 870    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 871    * @return the protein alignment in the split frame
 872    */
 873   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 874           AlignmentI complement)
 875   {
 876     /*
 877      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 878      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 879      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 880      */
 881     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 882             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 883     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 884
 885     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 886     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 887             : newAlignFrame;
 888     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 889     cdnaFrame.setVisible(true);
 890     proteinFrame.setVisible(true);
 891     String linkedTitle = MessageManager
 892             .getString("label.linked_view_title");
 893
 894     /*
 895      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 896      */
 897     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 898     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 899
 900     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 901   }
 902
 903   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 904   {
 905     return annotationColumnSelectionState;
 906   }
 907
 908   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 909           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 910   {
 911     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 912   }
 913
 914   @Override
 915   public void setIdWidth(int i)
 916   {
 917     super.setIdWidth(i);
 918     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 919     if (ap != null)
 920     {
 921       // modify GUI elements to reflect geometry change
 922       Dimension idw = getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas()
 923               .getPreferredSize();
 924       idw.width = i;
 925       getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 926     }
 927   }
 928
 929   public Rectangle getExplodedGeometry()
 930   {
 931     return explodedGeometry;
 932   }
 933
 934   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 935   {
 936     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 937   }
 938
 939   public boolean isGatherViewsHere()
 940   {
 941     return gatherViewsHere;
 942   }
 943
 944   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 945   {
 946     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 947   }
 948
 949   /**
 950    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 951    * complementary alignment to match this one.
 952    */
 953   public void scrollComplementaryAlignment()
 954   {
 955     /*
 956      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 957      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 958      * is found, the result will be empty.
 959      */
 960     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 961     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 962     if (!sr.isEmpty())
 963     {
 964       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
 965       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
 966               .getAlignPanel();
 967       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
 968       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
 969       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
 970     }
 971   }
 972
 973   /**
 974    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
 975    *
 976    * @param acf
 977    * @return
 978    */
 979   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
 980   {
 981     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
 982     if (frames == null)
 983     {
 984       return true;
 985     }
 986     for (AlignFrame af : frames)
 987     {
 988       if (!af.isClosed())
 989       {
 990         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
 991         {
 992           AlignmentI al = ap.getAlignment();
 993           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
 994           {
 995             return false;
 996           }
 997         }
 998       }
 999     }
1000     return true;
1001   }
1002
1003   /**
1004    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1005    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1006    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1007    * way using the Feature Settings dialogue.
1008    *
1009    * @param featureSettings
1010    */
1011   @Override
1012   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1013   {
1014     if (featureSettings == null)
1015     {
1016       return;
1017     }
1018
1019     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1020             .getFeatureRenderer();
1021     fr.findAllFeatures(true);
1022     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1023     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1024     displayed.clear();
1025     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1026
1027     /*
1028      * set feature colour if specified by feature settings
1029      * set visibility of all features
1030      */
1031     for (String type : renderOrder)
1032     {
1033       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1034               .getFeatureColour(type);
1035       if (preferredColour != null)
1036       {
1037         fr.setColour(type, preferredColour);
1038       }
1039       if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1040       {
1041         displayed.setVisible(type);
1042       }
1043     }
1044
1045     /*
1046      * set visibility of feature groups
1047      */
1048     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1049     {
1050       fr.setGroupVisibility(group, featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1051     }
1052
1053     /*
1054      * order the features
1055      */
1056     if (featureSettings.optimiseOrder())
1057     {
1058       // TODO not supported (yet?)
1059     }
1060     else
1061     {
1062       fr.orderFeatures(featureSettings);
1063     }
1064     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1065   }
1066
1067   public String getViewName()
1068   {
1069     return viewName;
1070   }
1071
1072   public void setViewName(String viewName)
1073   {
1074     this.viewName = viewName;
1075   }
1076 }