src/jalview/gui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  25 import jalview.analysis.TreeModel;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureColourI;
  29 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  30 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  31 import jalview.api.ViewStyleI;
  32 import jalview.bin.Cache;
  33 import jalview.commands.CommandI;
  34 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  35 import jalview.datamodel.Alignment;
  36 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  37 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  38 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  39 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  40 import jalview.datamodel.SearchResults;
  41 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  42 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.renderer.ResidueShader;
  45 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  46 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  47 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  48 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  49 import jalview.structure.SelectionSource;
  50 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  51 import jalview.structure.VamsasSource;
  52 import jalview.util.MessageManager;
  53 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  54 import jalview.ws.params.AutoCalcSetting;
  55
  56 import java.awt.Container;
  57 import java.awt.Dimension;
  58 import java.awt.Font;
  59 import java.awt.FontMetrics;
  60 import java.awt.Rectangle;
  61 import java.util.ArrayList;
  62 import java.util.Hashtable;
  63 import java.util.List;
  64 import java.util.Vector;
  65
  66 import javax.swing.JInternalFrame;
  67
  68 /**
  69  * DOCUMENT ME!
  70  *
  71  * @author $author$
  72  * @version $Revision: 1.141 $
  73  */
  74 public class AlignViewport extends AlignmentViewport implements
  75         SelectionSource
  76 {
  77   Font font;
  78
  79   TreeModel currentTree = null;
  80
  81   boolean cursorMode = false;
  82
  83   boolean antiAlias = false;
  84
  85   private Rectangle explodedGeometry;
  86
  87   String viewName;
  88
  89   /*
  90    * Flag set true on the view that should 'gather' multiple views of the same
  91    * sequence set id when a project is reloaded. Set false on all views when
  92    * they are 'exploded' into separate windows. Set true on the current view
  93    * when 'Gather' is performed, and also on the first tab when the first new
  94    * view is created.
  95    */
  96   private boolean gatherViewsHere = false;
  97
  98   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  99
 100   /**
 101    * Creates a new AlignViewport object.
 102    *
 103    * @param al
 104    *          alignment to view
 105    */
 106   public AlignViewport(AlignmentI al)
 107   {
 108     super(al);
 109     init();
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Create a new AlignViewport object with a specific sequence set ID
 114    *
 115    * @param al
 116    * @param seqsetid
 117    *          (may be null - but potential for ambiguous constructor exception)
 118    */
 119   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid)
 120   {
 121     this(al, seqsetid, null);
 122   }
 123
 124   public AlignViewport(AlignmentI al, String seqsetid, String viewid)
 125   {
 126     super(al);
 127     sequenceSetID = seqsetid;
 128     viewId = viewid;
 129     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 130     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 131     {
 132       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 133               + sequenceSetID);
 134     }
 135     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 136     {
 137       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 138     }
 139     init();
 140
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Create a new AlignViewport with hidden regions
 145    *
 146    * @param al
 147    *          AlignmentI
 148    * @param hiddenColumns
 149    *          ColumnSelection
 150    */
 151   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns)
 152   {
 153     super(al);
 154     if (hiddenColumns != null)
 155     {
 156       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 157     }
 158     init();
 159   }
 160
 161   /**
 162    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id
 163    *
 164    * @param al
 165    * @param hiddenColumns
 166    * @param seqsetid
 167    *          (may be null)
 168    */
 169   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 170           String seqsetid)
 171   {
 172     this(al, hiddenColumns, seqsetid, null);
 173   }
 174
 175   /**
 176    * New viewport with hidden columns and an existing sequence set id and viewid
 177    *
 178    * @param al
 179    * @param hiddenColumns
 180    * @param seqsetid
 181    *          (may be null)
 182    * @param viewid
 183    *          (may be null)
 184    */
 185   public AlignViewport(AlignmentI al, HiddenColumns hiddenColumns,
 186           String seqsetid, String viewid)
 187   {
 188     super(al);
 189     sequenceSetID = seqsetid;
 190     viewId = viewid;
 191     // TODO remove these once 2.4.VAMSAS release finished
 192     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && seqsetid != null)
 193     {
 194       Cache.log.debug("Setting viewport's sequence set id : "
 195               + sequenceSetID);
 196     }
 197     if (Cache.log != null && Cache.log.isDebugEnabled() && viewId != null)
 198     {
 199       Cache.log.debug("Setting viewport's view id : " + viewId);
 200     }
 201
 202     if (hiddenColumns != null)
 203     {
 204       al.setHiddenColumns(hiddenColumns);
 205     }
 206     init();
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Apply any settings saved in user preferences
 211    */
 212   private void applyViewProperties()
 213   {
 214     antiAlias = Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false);
 215
 216     viewStyle.setShowJVSuffix(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 217     setShowAnnotation(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 218
 219     setRightAlignIds(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 220     setCentreColumnLabels(Cache.getDefault("CENTRE_COLUMN_LABELS", false));
 221     autoCalculateConsensus = Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true);
 222
 223     setPadGaps(Cache.getDefault("PAD_GAPS", true));
 224     setShowNPFeats(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 225     setShowDBRefs(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 226     viewStyle.setSeqNameItalics(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 227     viewStyle.setWrapAlignment(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 228     viewStyle.setShowUnconserved(Cache
 229             .getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 230     sortByTree = Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false);
 231     followSelection = Cache.getDefault("FOLLOW_SELECTIONS", true);
 232     sortAnnotationsBy = SequenceAnnotationOrder.valueOf(Cache.getDefault(
 233             Preferences.SORT_ANNOTATIONS,
 234             SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 235     showAutocalculatedAbove = Cache.getDefault(
 236             Preferences.SHOW_AUTOCALC_ABOVE, false);
 237     viewStyle.setScaleProteinAsCdna(Cache.getDefault(
 238             Preferences.SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, true));
 239   }
 240
 241   void init()
 242   {
 243     applyViewProperties();
 244
 245     String fontName = Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif");
 246     String fontStyle = Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + "");
 247     String fontSize = Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10");
 248
 249     int style = 0;
 250
 251     if (fontStyle.equals("bold"))
 252     {
 253       style = 1;
 254     }
 255     else if (fontStyle.equals("italic"))
 256     {
 257       style = 2;
 258     }
 259
 260     setFont(new Font(fontName, style, Integer.parseInt(fontSize)), true);
 261
 262     alignment
 263             .setGapCharacter(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-").charAt(0));
 264
 265     // We must set conservation and consensus before setting colour,
 266     // as Blosum and Clustal require this to be done
 267     if (hconsensus == null && !isDataset)
 268     {
 269       if (!alignment.isNucleotide())
 270       {
 271         showConservation = Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true);
 272         showQuality = Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true);
 273         showGroupConservation = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 274                 false);
 275       }
 276       showConsensusHistogram = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 277               true);
 278       showSequenceLogo = Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false);
 279       normaliseSequenceLogo = Cache.getDefault("NORMALISE_CONSENSUS_LOGO",
 280               false);
 281       showGroupConsensus = Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false);
 282       showConsensus = Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true);
 283
 284       showOccupancy = Cache.getDefault(Preferences.SHOW_OCCUPANCY, true);
 285     }
 286     initAutoAnnotation();
 287     String colourProperty = alignment.isNucleotide() ? Preferences.DEFAULT_COLOUR_NUC
 288             : Preferences.DEFAULT_COLOUR_PROT;
 289     String schemeName = Cache.getProperty(colourProperty);
 290     if (schemeName == null)
 291     {
 292       // only DEFAULT_COLOUR available in Jalview before 2.9
 293       schemeName = Cache.getDefault(Preferences.DEFAULT_COLOUR,
 294               ResidueColourScheme.NONE);
 295     }
 296     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 297             alignment, schemeName);
 298     residueShading = new ResidueShader(colourScheme);
 299
 300     if (colourScheme instanceof UserColourScheme)
 301     {
 302       residueShading = new ResidueShader(
 303               UserDefinedColours.loadDefaultColours());
 304       residueShading.setThreshold(0, isIgnoreGapsConsensus());
 305     }
 306
 307     if (residueShading != null)
 308     {
 309       residueShading.setConsensus(hconsensus);
 310     }
 311   }
 312
 313   boolean validCharWidth;
 314
 315   /**
 316    * {@inheritDoc}
 317    */
 318   @Override
 319   public void setFont(Font f, boolean setGrid)
 320   {
 321     font = f;
 322
 323     Container c = new Container();
 324
 325     if (setGrid)
 326     {
 327       FontMetrics fm = c.getFontMetrics(font);
 328       int ww = fm.charWidth('M');
 329       setCharHeight(fm.getHeight());
 330       setCharWidth(ww);
 331     }
 332     viewStyle.setFontName(font.getName());
 333     viewStyle.setFontStyle(font.getStyle());
 334     viewStyle.setFontSize(font.getSize());
 335
 336     validCharWidth = true;
 337   }
 338
 339   @Override
 340   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView)
 341   {
 342     super.setViewStyle(settingsForView);
 343     setFont(new Font(viewStyle.getFontName(), viewStyle.getFontStyle(),
 344             viewStyle.getFontSize()), false);
 345   }
 346
 347   /**
 348    * DOCUMENT ME!
 349    *
 350    * @return DOCUMENT ME!
 351    */
 352   public Font getFont()
 353   {
 354     return font;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * DOCUMENT ME!
 359    *
 360    * @param align
 361    *          DOCUMENT ME!
 362    */
 363   @Override
 364   public void setAlignment(AlignmentI align)
 365   {
 366     replaceMappings(align);
 367     super.setAlignment(align);
 368   }
 369
 370   /**
 371    * Replace any codon mappings for this viewport with those for the given
 372    * viewport
 373    *
 374    * @param align
 375    */
 376   public void replaceMappings(AlignmentI align)
 377   {
 378
 379     /*
 380      * Deregister current mappings (if any)
 381      */
 382     deregisterMappings();
 383
 384     /*
 385      * Register new mappings (if any)
 386      */
 387     if (align != null)
 388     {
 389       StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 390               .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 391       ssm.registerMappings(align.getCodonFrames());
 392     }
 393
 394     /*
 395      * replace mappings on our alignment
 396      */
 397     if (alignment != null && align != null)
 398     {
 399       alignment.setCodonFrames(align.getCodonFrames());
 400     }
 401   }
 402
 403   protected void deregisterMappings()
 404   {
 405     AlignmentI al = getAlignment();
 406     if (al != null)
 407     {
 408       List<AlignedCodonFrame> mappings = al.getCodonFrames();
 409       if (mappings != null)
 410       {
 411         StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 412                 .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 413         for (AlignedCodonFrame acf : mappings)
 414         {
 415           if (noReferencesTo(acf))
 416           {
 417             ssm.deregisterMapping(acf);
 418           }
 419         }
 420       }
 421     }
 422   }
 423
 424   /**
 425    * DOCUMENT ME!
 426    *
 427    * @return DOCUMENT ME!
 428    */
 429   @Override
 430   public char getGapCharacter()
 431   {
 432     return getAlignment().getGapCharacter();
 433   }
 434
 435   /**
 436    * DOCUMENT ME!
 437    *
 438    * @param gap
 439    *          DOCUMENT ME!
 440    */
 441   public void setGapCharacter(char gap)
 442   {
 443     if (getAlignment() != null)
 444     {
 445       getAlignment().setGapCharacter(gap);
 446     }
 447   }
 448
 449   /**
 450    * DOCUMENT ME!
 451    *
 452    * @param tree
 453    *          DOCUMENT ME!
 454    */
 455   public void setCurrentTree(TreeModel tree)
 456   {
 457     currentTree = tree;
 458   }
 459
 460   /**
 461    * DOCUMENT ME!
 462    *
 463    * @return DOCUMENT ME!
 464    */
 465   public TreeModel getCurrentTree()
 466   {
 467     return currentTree;
 468   }
 469
 470   /**
 471    * returns the visible column regions of the alignment
 472    *
 473    * @param selectedRegionOnly
 474    *          true to just return the contigs intersecting with the selected
 475    *          area
 476    * @return
 477    */
 478   public int[] getViewAsVisibleContigs(boolean selectedRegionOnly)
 479   {
 480     int[] viscontigs = null;
 481     int start = 0, end = 0;
 482     if (selectedRegionOnly && selectionGroup != null)
 483     {
 484       start = selectionGroup.getStartRes();
 485       end = selectionGroup.getEndRes() + 1;
 486     }
 487     else
 488     {
 489       end = alignment.getWidth();
 490     }
 491     viscontigs = alignment.getHiddenColumns().getVisibleContigs(start, end);
 492     return viscontigs;
 493   }
 494
 495   /**
 496    * get hash of undo and redo list for the alignment
 497    *
 498    * @return long[] { historyList.hashCode, redoList.hashCode };
 499    */
 500   public long[] getUndoRedoHash()
 501   {
 502     // TODO: JAL-1126
 503     if (historyList == null || redoList == null)
 504     {
 505       return new long[] { -1, -1 };
 506     }
 507     return new long[] { historyList.hashCode(), this.redoList.hashCode() };
 508   }
 509
 510   /**
 511    * test if a particular set of hashcodes are different to the hashcodes for
 512    * the undo and redo list.
 513    *
 514    * @param undoredo
 515    *          the stored set of hashcodes as returned by getUndoRedoHash
 516    * @return true if the hashcodes differ (ie the alignment has been edited) or
 517    *         the stored hashcode array differs in size
 518    */
 519   public boolean isUndoRedoHashModified(long[] undoredo)
 520   {
 521     if (undoredo == null)
 522     {
 523       return true;
 524     }
 525     long[] cstate = getUndoRedoHash();
 526     if (cstate.length != undoredo.length)
 527     {
 528       return true;
 529     }
 530
 531     for (int i = 0; i < cstate.length; i++)
 532     {
 533       if (cstate[i] != undoredo[i])
 534       {
 535         return true;
 536       }
 537     }
 538     return false;
 539   }
 540
 541   public boolean followSelection = true;
 542
 543   /**
 544    * @return true if view selection should always follow the selections
 545    *         broadcast by other selection sources
 546    */
 547   public boolean getFollowSelection()
 548   {
 549     return followSelection;
 550   }
 551
 552   /**
 553    * Send the current selection to be broadcast to any selection listeners.
 554    */
 555   @Override
 556   public void sendSelection()
 557   {
 558     jalview.structure.StructureSelectionManager
 559             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance).sendSelection(
 560                     new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 561                     new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 562                     new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()),
 563                     this);
 564   }
 565
 566   /**
 567    * return the alignPanel containing the given viewport. Use this to get the
 568    * components currently handling the given viewport.
 569    *
 570    * @param av
 571    * @return null or an alignPanel guaranteed to have non-null alignFrame
 572    *         reference
 573    */
 574   public AlignmentPanel getAlignPanel()
 575   {
 576     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(this
 577             .getSequenceSetId());
 578     for (int p = 0; aps != null && p < aps.length; p++)
 579     {
 580       if (aps[p].av == this)
 581       {
 582         return aps[p];
 583       }
 584     }
 585     return null;
 586   }
 587
 588   public boolean getSortByTree()
 589   {
 590     return sortByTree;
 591   }
 592
 593   public void setSortByTree(boolean sort)
 594   {
 595     sortByTree = sort;
 596   }
 597
 598   /**
 599    * Returns the (Desktop) instance of the StructureSelectionManager
 600    */
 601   @Override
 602   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 603   {
 604     return StructureSelectionManager
 605             .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 606   }
 607
 608   /**
 609    *
 610    * @param pdbEntries
 611    * @return an array of SequenceI arrays, one for each PDBEntry, listing which
 612    *         sequences in the alignment hold a reference to it
 613    */
 614   public SequenceI[][] collateForPDB(PDBEntry[] pdbEntries)
 615   {
 616     List<SequenceI[]> seqvectors = new ArrayList<SequenceI[]>();
 617     for (PDBEntry pdb : pdbEntries)
 618     {
 619       List<SequenceI> choosenSeqs = new ArrayList<SequenceI>();
 620       for (SequenceI sq : alignment.getSequences())
 621       {
 622         Vector<PDBEntry> pdbRefEntries = sq.getDatasetSequence()
 623                 .getAllPDBEntries();
 624         if (pdbRefEntries == null)
 625         {
 626           continue;
 627         }
 628         for (PDBEntry pdbRefEntry : pdbRefEntries)
 629         {
 630           if (pdbRefEntry.getId().equals(pdb.getId()))
 631           {
 632             if (pdbRefEntry.getChainCode() != null
 633                     && pdb.getChainCode() != null)
 634             {
 635               if (pdbRefEntry.getChainCode().equalsIgnoreCase(
 636                       pdb.getChainCode())
 637                       && !choosenSeqs.contains(sq))
 638               {
 639                 choosenSeqs.add(sq);
 640                 continue;
 641               }
 642             }
 643             else
 644             {
 645               if (!choosenSeqs.contains(sq))
 646               {
 647                 choosenSeqs.add(sq);
 648                 continue;
 649               }
 650             }
 651
 652           }
 653         }
 654       }
 655       seqvectors
 656               .add(choosenSeqs.toArray(new SequenceI[choosenSeqs.size()]));
 657     }
 658     return seqvectors.toArray(new SequenceI[seqvectors.size()][]);
 659   }
 660
 661   @Override
 662   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 663   {
 664     return normaliseSequenceLogo;
 665   }
 666
 667   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 668   {
 669     normaliseSequenceLogo = state;
 670   }
 671
 672   /**
 673    *
 674    * @return true if alignment characters should be displayed
 675    */
 676   @Override
 677   public boolean isValidCharWidth()
 678   {
 679     return validCharWidth;
 680   }
 681
 682   private Hashtable<String, AutoCalcSetting> calcIdParams = new Hashtable<String, AutoCalcSetting>();
 683
 684   public AutoCalcSetting getCalcIdSettingsFor(String calcId)
 685   {
 686     return calcIdParams.get(calcId);
 687   }
 688
 689   public void setCalcIdSettingsFor(String calcId, AutoCalcSetting settings,
 690           boolean needsUpdate)
 691   {
 692     calcIdParams.put(calcId, settings);
 693     // TODO: create a restart list to trigger any calculations that need to be
 694     // restarted after load
 695     // calculator.getRegisteredWorkersOfClass(settings.getWorkerClass())
 696     if (needsUpdate)
 697     {
 698       Cache.log.debug("trigger update for " + calcId);
 699     }
 700   }
 701
 702   /**
 703    * Method called when another alignment's edit (or possibly other) command is
 704    * broadcast to here.
 705    *
 706    * To allow for sequence mappings (e.g. protein to cDNA), we have to first
 707    * 'unwind' the command on the source sequences (in simulation, not in fact),
 708    * and then for each edit in turn:
 709    * <ul>
 710    * <li>compute the equivalent edit on the mapped sequences</li>
 711    * <li>apply the mapped edit</li>
 712    * <li>'apply' the source edit to the working copy of the source sequences</li>
 713    * </ul>
 714    *
 715    * @param command
 716    * @param undo
 717    * @param ssm
 718    */
 719   @Override
 720   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 721           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 722   {
 723     /*
 724      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 725      * with direct calls not via SSM.
 726      */
 727     if (source instanceof AlignViewportI
 728             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 729     {
 730       // ok to continue;
 731     }
 732     else
 733     {
 734       return;
 735     }
 736
 737     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 738             getGapCharacter());
 739     if (mappedCommand != null)
 740     {
 741       AlignmentI[] views = getAlignPanel().alignFrame.getViewAlignments();
 742       mappedCommand.doCommand(views);
 743       getAlignPanel().alignmentChanged();
 744     }
 745   }
 746
 747   /**
 748    * Add the sequences from the given alignment to this viewport. Optionally,
 749    * may give the user the option to open a new frame, or split panel, with cDNA
 750    * and protein linked.
 751    *
 752    * @param toAdd
 753    * @param title
 754    */
 755   public void addAlignment(AlignmentI toAdd, String title)
 756   {
 757     // TODO: promote to AlignViewportI? applet CutAndPasteTransfer is different
 758
 759     // JBPComment: title is a largely redundant parameter at the moment
 760     // JBPComment: this really should be an 'insert/pre/append' controller
 761     // JBPComment: but the DNA/Protein check makes it a bit more complex
 762
 763     // refactored from FileLoader / CutAndPasteTransfer / SequenceFetcher with
 764     // this comment:
 765     // TODO: create undo object for this JAL-1101
 766
 767     /*
 768      * Ensure datasets are created for the new alignment as
 769      * mappings operate on dataset sequences
 770      */
 771     toAdd.setDataset(null);
 772
 773     /*
 774      * Check if any added sequence could be the object of a mapping or
 775      * cross-reference; if so, make the mapping explicit
 776      */
 777     getAlignment().realiseMappings(toAdd.getSequences());
 778
 779     /*
 780      * If any cDNA/protein mappings exist or can be made between the alignments,
 781      * offer to open a split frame with linked alignments
 782      */
 783     if (Cache.getDefault(Preferences.ENABLE_SPLIT_FRAME, true))
 784     {
 785       if (AlignmentUtils.isMappable(toAdd, getAlignment()))
 786       {
 787         if (openLinkedAlignment(toAdd, title))
 788         {
 789           return;
 790         }
 791       }
 792     }
 793
 794     /*
 795      * No mappings, or offer declined - add sequences to this alignment
 796      */
 797     // TODO: JAL-407 regardless of above - identical sequences (based on ID and
 798     // provenance) should share the same dataset sequence
 799
 800     AlignmentI al = getAlignment();
 801     String gap = String.valueOf(al.getGapCharacter());
 802     for (int i = 0; i < toAdd.getHeight(); i++)
 803     {
 804       SequenceI seq = toAdd.getSequenceAt(i);
 805       /*
 806        * experimental!
 807        * - 'align' any mapped sequences as per existing
 808        *    e.g. cdna to genome, domain hit to protein sequence
 809        * very experimental! (need a separate menu option for this)
 810        * - only add mapped sequences ('select targets from a dataset')
 811        */
 812       if (true /*AlignmentUtils.alignSequenceAs(seq, al, gap, true, true)*/)
 813       {
 814         al.addSequence(seq);
 815       }
 816     }
 817
 818     ranges.setEndSeq(getAlignment().getHeight());
 819     firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 820   }
 821
 822   /**
 823    * Show a dialog with the option to open and link (cDNA <-> protein) as a new
 824    * alignment, either as a standalone alignment or in a split frame. Returns
 825    * true if the new alignment was opened, false if not, because the user
 826    * declined the offer.
 827    *
 828    * @param al
 829    * @param title
 830    */
 831   protected boolean openLinkedAlignment(AlignmentI al, String title)
 832   {
 833     String[] options = new String[] {
 834         MessageManager.getString("action.no"),
 835         MessageManager.getString("label.split_window"),
 836         MessageManager.getString("label.new_window"), };
 837     final String question = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 838             MessageManager.getString("label.open_split_window?"));
 839     int response = JvOptionPane.showOptionDialog(Desktop.desktop, question,
 840             MessageManager.getString("label.open_split_window"),
 841             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null,
 842             options, options[0]);
 843
 844     if (response != 1 && response != 2)
 845     {
 846       return false;
 847     }
 848     final boolean openSplitPane = (response == 1);
 849     final boolean openInNewWindow = (response == 2);
 850
 851     /*
 852      * Identify protein and dna alignments. Make a copy of this one if opening
 853      * in a new split pane.
 854      */
 855     AlignmentI thisAlignment = openSplitPane ? new Alignment(getAlignment())
 856             : getAlignment();
 857     AlignmentI protein = al.isNucleotide() ? thisAlignment : al;
 858     final AlignmentI cdna = al.isNucleotide() ? al : thisAlignment;
 859
 860     /*
 861      * Map sequences. At least one should get mapped as we have already passed
 862      * the test for 'mappability'. Any mappings made will be added to the
 863      * protein alignment. Note creating dataset sequences on the new alignment
 864      * is a pre-requisite for building mappings.
 865      */
 866     al.setDataset(null);
 867     AlignmentUtils.mapProteinAlignmentToCdna(protein, cdna);
 868
 869     /*
 870      * Create the AlignFrame for the added alignment. If it is protein, mappings
 871      * are registered with StructureSelectionManager as a side-effect.
 872      */
 873     AlignFrame newAlignFrame = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 874             AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 875     newAlignFrame.setTitle(title);
 876     newAlignFrame.statusBar.setText(MessageManager.formatMessage(
 877             "label.successfully_loaded_file", new Object[] { title }));
 878
 879     // TODO if we want this (e.g. to enable reload of the alignment from file),
 880     // we will need to add parameters to the stack.
 881     // if (!protocol.equals(DataSourceType.PASTE))
 882     // {
 883     // alignFrame.setFileName(file, format);
 884     // }
 885
 886     if (openInNewWindow)
 887     {
 888       Desktop.addInternalFrame(newAlignFrame, title,
 889               AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 890     }
 891
 892     try
 893     {
 894       newAlignFrame.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault(
 895               "SHOW_FULLSCREEN", false));
 896     } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 897     {
 898     }
 899
 900     if (openSplitPane)
 901     {
 902       al.alignAs(thisAlignment);
 903       protein = openSplitFrame(newAlignFrame, thisAlignment);
 904     }
 905
 906     return true;
 907   }
 908
 909   /**
 910    * Helper method to open a new SplitFrame holding linked dna and protein
 911    * alignments.
 912    *
 913    * @param newAlignFrame
 914    *          containing a new alignment to be shown
 915    * @param complement
 916    *          cdna/protein complement alignment to show in the other split half
 917    * @return the protein alignment in the split frame
 918    */
 919   protected AlignmentI openSplitFrame(AlignFrame newAlignFrame,
 920           AlignmentI complement)
 921   {
 922     /*
 923      * Make a new frame with a copy of the alignment we are adding to. If this
 924      * is protein, the mappings to cDNA will be registered with
 925      * StructureSelectionManager as a side-effect.
 926      */
 927     AlignFrame copyMe = new AlignFrame(complement,
 928             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 929     copyMe.setTitle(getAlignPanel().alignFrame.getTitle());
 930
 931     AlignmentI al = newAlignFrame.viewport.getAlignment();
 932     final AlignFrame proteinFrame = al.isNucleotide() ? copyMe
 933             : newAlignFrame;
 934     final AlignFrame cdnaFrame = al.isNucleotide() ? newAlignFrame : copyMe;
 935     cdnaFrame.setVisible(true);
 936     proteinFrame.setVisible(true);
 937     String linkedTitle = MessageManager
 938             .getString("label.linked_view_title");
 939
 940     /*
 941      * Open in split pane. DNA sequence above, protein below.
 942      */
 943     JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(cdnaFrame, proteinFrame);
 944     Desktop.addInternalFrame(splitFrame, linkedTitle, -1, -1);
 945
 946     return proteinFrame.viewport.getAlignment();
 947   }
 948
 949   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 950   {
 951     return annotationColumnSelectionState;
 952   }
 953
 954   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 955           AnnotationColumnChooser currentAnnotationColumnSelectionState)
 956   {
 957     this.annotationColumnSelectionState = currentAnnotationColumnSelectionState;
 958   }
 959
 960   @Override
 961   public void setIdWidth(int i)
 962   {
 963     super.setIdWidth(i);
 964     AlignmentPanel ap = getAlignPanel();
 965     if (ap != null)
 966     {
 967       // modify GUI elements to reflect geometry change
 968       Dimension idw = getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas()
 969               .getPreferredSize();
 970       idw.width = i;
 971       getAlignPanel().getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(idw);
 972     }
 973   }
 974
 975   public Rectangle getExplodedGeometry()
 976   {
 977     return explodedGeometry;
 978   }
 979
 980   public void setExplodedGeometry(Rectangle explodedPosition)
 981   {
 982     this.explodedGeometry = explodedPosition;
 983   }
 984
 985   public boolean isGatherViewsHere()
 986   {
 987     return gatherViewsHere;
 988   }
 989
 990   public void setGatherViewsHere(boolean gatherViewsHere)
 991   {
 992     this.gatherViewsHere = gatherViewsHere;
 993   }
 994
 995   /**
 996    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 997    * complementary alignment to match this one.
 998    */
 999   public void scrollComplementaryAlignment()
1000   {
1001     /*
1002      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
1003      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
1004      * is found, the result will be empty.
1005      */
1006     SearchResultsI sr = new SearchResults();
1007     int verticalOffset = findComplementScrollTarget(sr);
1008     if (!sr.isEmpty())
1009     {
1010       // TODO would like next line without cast but needs more refactoring...
1011       final AlignmentPanel complementPanel = ((AlignViewport) getCodingComplement())
1012               .getAlignPanel();
1013       complementPanel.setToScrollComplementPanel(false);
1014       complementPanel.scrollToCentre(sr, verticalOffset);
1015       complementPanel.setToScrollComplementPanel(true);
1016     }
1017   }
1018
1019   /**
1020    * Answers true if no alignment holds a reference to the given mapping
1021    *
1022    * @param acf
1023    * @return
1024    */
1025   protected boolean noReferencesTo(AlignedCodonFrame acf)
1026   {
1027     AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1028     if (frames == null)
1029     {
1030       return true;
1031     }
1032     for (AlignFrame af : frames)
1033     {
1034       if (!af.isClosed())
1035       {
1036         for (AlignmentViewPanel ap : af.getAlignPanels())
1037         {
1038           AlignmentI al = ap.getAlignment();
1039           if (al != null && al.getCodonFrames().contains(acf))
1040           {
1041             return false;
1042           }
1043         }
1044       }
1045     }
1046     return true;
1047   }
1048
1049   /**
1050    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
1051    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
1052    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
1053    * way using the Feature Settings dialogue.
1054    *
1055    * @param featureSettings
1056    */
1057   @Override
1058   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
1059   {
1060     if (featureSettings == null)
1061     {
1062       return;
1063     }
1064
1065     FeatureRenderer fr = getAlignPanel().getSeqPanel().seqCanvas
1066             .getFeatureRenderer();
1067     fr.findAllFeatures(true);
1068     List<String> renderOrder = fr.getRenderOrder();
1069     FeaturesDisplayedI displayed = fr.getFeaturesDisplayed();
1070     displayed.clear();
1071     // TODO this clears displayed.featuresRegistered - do we care?
1072
1073     /*
1074      * set feature colour if specified by feature settings
1075      * set visibility of all features
1076      */
1077     for (String type : renderOrder)
1078     {
1079       FeatureColourI preferredColour = featureSettings
1080               .getFeatureColour(type);
1081       if (preferredColour != null)
1082       {
1083         fr.setColour(type, preferredColour);
1084       }
1085       if (featureSettings.isFeatureDisplayed(type))
1086       {
1087         displayed.setVisible(type);
1088       }
1089     }
1090
1091     /*
1092      * set visibility of feature groups
1093      */
1094     for (String group : fr.getFeatureGroups())
1095     {
1096       fr.setGroupVisibility(group, featureSettings.isGroupDisplayed(group));
1097     }
1098
1099     /*
1100      * order the features
1101      */
1102     if (featureSettings.optimiseOrder())
1103     {
1104       // TODO not supported (yet?)
1105     }
1106     else
1107     {
1108       fr.orderFeatures(featureSettings);
1109     }
1110     fr.setTransparency(featureSettings.getTransparency());
1111   }
1112
1113 }