src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  30 \r
  31 import java.awt.*;\r
  32 import java.awt.event.*;\r
  33 import java.awt.image.*;\r
  34 import java.awt.print.*;\r
  35 \r
  36 import java.io.*;\r
  37 \r
  38 import javax.imageio.*;\r
  39 \r
  40 import javax.swing.*;\r
  41 \r
  42 \r
  43 /**\r
  44  * DOCUMENT ME!\r
  45  *\r
  46  * @author $author$\r
  47  * @version $Revision$\r
  48  */\r
  49 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel\r
  50     implements AdjustmentListener, Printable\r
  51 {\r
  52     AlignViewport av;\r
  53     OverviewPanel overviewPanel;\r
  54     SeqPanel seqPanel;\r
  55     IdPanel idPanel;\r
  56     IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;\r
  57 \r
  58     /** DOCUMENT ME!! */\r
  59     public AlignFrame alignFrame;\r
  60     ScalePanel scalePanel;\r
  61     AnnotationPanel annotationPanel;\r
  62     AnnotationLabels alabels;\r
  63 \r
  64     // this value is set false when selection area being dragged\r
  65     boolean fastPaint = true;\r
  66     int hextent = 0;\r
  67     int vextent = 0;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new AlignmentPanel object.\r
  71      *\r
  72      * @param af DOCUMENT ME!\r
  73      * @param av DOCUMENT ME!\r
  74      */\r
  75     public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)\r
  76     {\r
  77         alignFrame = af;\r
  78         this.av = av;\r
  79         seqPanel = new SeqPanel(av, this);\r
  80         idPanel = new IdPanel(av, this);\r
  81 \r
  82         scalePanel = new ScalePanel(av, this);\r
  83 \r
  84         idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);\r
  85         idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);\r
  86         idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);\r
  87 \r
  88         annotationPanel = new AnnotationPanel(this);\r
  89         alabels = new AnnotationLabels(this);\r
  90 \r
  91         annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  92         annotationScroller.setPreferredSize(annotationPanel.getPreferredSize());\r
  93         annotationScroller.setViewportView(annotationPanel);\r
  94         annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         fontChanged();\r
  97 \r
  98         scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);\r
  99         seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);\r
 100 \r
 101         setScrollValues(0, 0);\r
 102 \r
 103         hscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 104         vscroll.addAdjustmentListener(this);\r
 105 \r
 106         setFocusable(true);\r
 107         addKeyListener(new KeyAdapter()\r
 108             {\r
 109                 public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 110                 {\r
 111                     switch (evt.getKeyCode())\r
 112                     {\r
 113                     case 27: // escape key\r
 114                         av.setSelectionGroup(null);\r
 115                         repaint();\r
 116 \r
 117                         break;\r
 118 \r
 119                     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 120                         alignFrame.moveSelectedSequences(false);\r
 121 \r
 122                         break;\r
 123 \r
 124                     case KeyEvent.VK_UP:\r
 125                         alignFrame.moveSelectedSequences(true);\r
 126 \r
 127                         break;\r
 128 \r
 129                     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 130                     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 131                       alignFrame.cut_actionPerformed(null);\r
 132                       break;\r
 133                     }\r
 134 \r
 135                 }\r
 136             });\r
 137     }\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * DOCUMENT ME!\r
 141      */\r
 142     public void fontChanged()\r
 143     {\r
 144         // set idCanvas bufferedImage to null\r
 145         // to prevent drawing old image\r
 146         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 147 \r
 148         scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 149                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 150         idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10,\r
 151                 av.charHeight + fm.getDescent()));\r
 152 \r
 153         idPanel.idCanvas.gg = null;\r
 154         annotationPanel.adjustPanelHeight();\r
 155 \r
 156         Dimension d = calculateIdWidth();\r
 157         d.setSize(d.width + 4, d.height);\r
 158         idPanel.idCanvas.setPreferredSize(d);\r
 159         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);\r
 160         repaint();\r
 161     }\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * DOCUMENT ME!\r
 165      *\r
 166      * @return DOCUMENT ME!\r
 167      */\r
 168     public Dimension calculateIdWidth()\r
 169     {\r
 170       Container c = new Container();\r
 171 \r
 172         FontMetrics fm = c.getFontMetrics(av.font);\r
 173         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 174 \r
 175         int i = 0;\r
 176         int idWidth = 0;\r
 177         String id;\r
 178 \r
 179         while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))\r
 180         {\r
 181             SequenceI s = al.getSequenceAt(i);\r
 182 \r
 183             if (av.getShowFullId())\r
 184             {\r
 185                 id = s.getDisplayId();\r
 186             }\r
 187             else\r
 188             {\r
 189                 id = s.getName();\r
 190             }\r
 191 \r
 192             if (fm.stringWidth(id) > idWidth)\r
 193             {\r
 194                 idWidth = fm.stringWidth(id);\r
 195             }\r
 196 \r
 197             i++;\r
 198         }\r
 199 \r
 200         // Also check annotation label widths\r
 201         i = 0;\r
 202 \r
 203         if (al.getAlignmentAnnotation() != null)\r
 204         {\r
 205             fm = c.getFontMetrics(alabels.getFont());\r
 206 \r
 207             while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)\r
 208             {\r
 209                 String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;\r
 210 \r
 211                 if (fm.stringWidth(label) > idWidth)\r
 212                 {\r
 213                     idWidth = fm.stringWidth(label);\r
 214                 }\r
 215 \r
 216                 i++;\r
 217             }\r
 218         }\r
 219 \r
 220         return new Dimension(idWidth, 12);\r
 221     }\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * DOCUMENT ME!\r
 225      *\r
 226      * @param results DOCUMENT ME!\r
 227      */\r
 228     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 229     {\r
 230         seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);\r
 231 \r
 232         // do we need to scroll the panel?\r
 233         if (results != null)\r
 234         {\r
 235             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(results[0]);\r
 236             int start = seq.findIndex(results[1]) - 1;\r
 237             int end = seq.findIndex(results[2]) - 1;\r
 238 \r
 239             if ((av.getStartRes() > start) || (av.getEndRes() < end) ||\r
 240                     ((av.getStartSeq() > results[0]) ||\r
 241                     (av.getEndSeq() < results[0])))\r
 242             {\r
 243                 setScrollValues(start, results[0]);\r
 244             }\r
 245         }\r
 246     }\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * DOCUMENT ME!\r
 250      *\r
 251      * @return DOCUMENT ME!\r
 252      */\r
 253     public OverviewPanel getOverviewPanel()\r
 254     {\r
 255         return overviewPanel;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * DOCUMENT ME!\r
 260      *\r
 261      * @param op DOCUMENT ME!\r
 262      */\r
 263     public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)\r
 264     {\r
 265         overviewPanel = op;\r
 266     }\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * DOCUMENT ME!\r
 270      *\r
 271      * @param b DOCUMENT ME!\r
 272      */\r
 273     public void setAnnotationVisible(boolean b)\r
 274     {\r
 275         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);\r
 276         annotationScroller.setVisible(b);\r
 277     }\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      * DOCUMENT ME!\r
 281      *\r
 282      * @param wrap DOCUMENT ME!\r
 283      */\r
 284     public void setWrapAlignment(boolean wrap)\r
 285     {\r
 286         scalePanelHolder.setVisible(!wrap);\r
 287         hscroll.setVisible(!wrap);\r
 288         idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);\r
 289 \r
 290         av.setShowAnnotation(!wrap);\r
 291         annotationScroller.setVisible(!wrap);\r
 292         annotationSpaceFillerHolder.setVisible(!wrap);\r
 293         idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);\r
 294 \r
 295         repaint();\r
 296     }\r
 297 \r
 298     /**\r
 299      * DOCUMENT ME!\r
 300      */\r
 301     public void setColourScheme()\r
 302     {\r
 303         ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 304 \r
 305         if (av.getConservationSelected())\r
 306         {\r
 307             Alignment al = (Alignment) av.getAlignment();\r
 308             Conservation c = new Conservation("All",\r
 309                     ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
 310                     al.getWidth());\r
 311 \r
 312             c.calculate();\r
 313             c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 314 \r
 315             ConservationColourScheme ccs = new ConservationColourScheme(c, cs);\r
 316 \r
 317             av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 318         }\r
 319 \r
 320         repaint();\r
 321     }\r
 322 \r
 323     // return value is true if the scroll is valid\r
 324     public boolean scrollUp(boolean up)\r
 325     {\r
 326         if (up)\r
 327         {\r
 328             if (vscroll.getValue() < 1)\r
 329             {\r
 330                 return false;\r
 331             }\r
 332 \r
 333             fastPaint = false;\r
 334             vscroll.setValue(vscroll.getValue() - 1);\r
 335         }\r
 336         else\r
 337         {\r
 338             if ((vextent + vscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getHeight())\r
 339             {\r
 340                 return false;\r
 341             }\r
 342 \r
 343             fastPaint = false;\r
 344             vscroll.setValue(vscroll.getValue() + 1);\r
 345         }\r
 346 \r
 347         fastPaint = true;\r
 348 \r
 349         return true;\r
 350     }\r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * DOCUMENT ME!\r
 354      *\r
 355      * @param right DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @return DOCUMENT ME!\r
 358      */\r
 359     public boolean scrollRight(boolean right)\r
 360     {\r
 361         if (right)\r
 362         {\r
 363             if (hscroll.getValue() < 1)\r
 364             {\r
 365                 return false;\r
 366             }\r
 367 \r
 368             fastPaint = false;\r
 369             hscroll.setValue(hscroll.getValue() - 1);\r
 370         }\r
 371         else\r
 372         {\r
 373             if ((hextent + hscroll.getValue()) >= av.getAlignment().getWidth())\r
 374             {\r
 375                 return false;\r
 376             }\r
 377 \r
 378             fastPaint = false;\r
 379             hscroll.setValue(hscroll.getValue() + 1);\r
 380         }\r
 381 \r
 382         fastPaint = true;\r
 383 \r
 384         return true;\r
 385     }\r
 386 \r
 387     /**\r
 388      * DOCUMENT ME!\r
 389      *\r
 390      * @param x DOCUMENT ME!\r
 391      * @param y DOCUMENT ME!\r
 392      */\r
 393     public void setScrollValues(int x, int y)\r
 394     {\r
 395         av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) -\r
 396             1);\r
 397 \r
 398         hextent = seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.charWidth;\r
 399         vextent = seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.charHeight;\r
 400 \r
 401         if (hextent > av.alignment.getWidth())\r
 402         {\r
 403             hextent = av.alignment.getWidth();\r
 404         }\r
 405 \r
 406         if (vextent > av.alignment.getHeight())\r
 407         {\r
 408             vextent = av.alignment.getHeight();\r
 409         }\r
 410 \r
 411         if ((hextent + x) > av.getAlignment().getWidth())\r
 412         {\r
 413             x = av.getAlignment().getWidth() - hextent;\r
 414         }\r
 415 \r
 416         if ((vextent + y) > av.getAlignment().getHeight())\r
 417         {\r
 418             y = av.getAlignment().getHeight() - vextent;\r
 419         }\r
 420 \r
 421         if (y < 0)\r
 422         {\r
 423             y = 0;\r
 424         }\r
 425 \r
 426         if (x < 0)\r
 427         {\r
 428             x = 0;\r
 429         }\r
 430 \r
 431         hscroll.setValues(x, hextent, 0, av.getAlignment().getWidth());\r
 432         vscroll.setValues(y, vextent, 0, av.getAlignment().getHeight());\r
 433     }\r
 434 \r
 435     public void this_mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 436     {\r
 437       if(e.getWheelRotation()>0)\r
 438         scrollUp(false);\r
 439       else\r
 440         scrollUp(true);\r
 441     }\r
 442 \r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * DOCUMENT ME!\r
 446      *\r
 447      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 448      */\r
 449     public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
 450     {\r
 451         int oldX = av.getStartRes();\r
 452         int oldY = av.getStartSeq();\r
 453 \r
 454         if (evt.getSource() == hscroll)\r
 455         {\r
 456             int x = hscroll.getValue();\r
 457             av.setStartRes(x);\r
 458             av.setEndRes((x +\r
 459                 (seqPanel.seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth())) - 1);\r
 460         }\r
 461 \r
 462         if (evt.getSource() == vscroll)\r
 463         {\r
 464             int offy = vscroll.getValue();\r
 465 \r
 466             if (av.getWrapAlignment())\r
 467             {\r
 468                 int rowSize = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 469                 av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);\r
 470                 av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);\r
 471             }\r
 472             else\r
 473             {\r
 474                 av.setStartSeq(offy);\r
 475                 av.setEndSeq(offy +\r
 476                     (seqPanel.seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight()));\r
 477             }\r
 478         }\r
 479 \r
 480         if (overviewPanel != null)\r
 481         {\r
 482             overviewPanel.setBoxPosition();\r
 483         }\r
 484 \r
 485         if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint)\r
 486         {\r
 487             repaint();\r
 488         }\r
 489         else\r
 490         {\r
 491             idPanel.idCanvas.fastPaint(av.getStartSeq() - oldY);\r
 492             seqPanel.seqCanvas.fastPaint(av.getStartRes() - oldX,\r
 493                 av.getStartSeq() - oldY);\r
 494 \r
 495             scalePanel.repaint();\r
 496 \r
 497             if (av.getShowAnnotation())\r
 498             {\r
 499                 annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);\r
 500             }\r
 501         }\r
 502     }\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      * DOCUMENT ME!\r
 506      *\r
 507      * @param g DOCUMENT ME!\r
 508      */\r
 509     public void paintComponent(Graphics g)\r
 510     {\r
 511         invalidate();\r
 512 \r
 513         Dimension d = idPanel.idCanvas.getPreferredSize();\r
 514         idPanelHolder.setPreferredSize(d);\r
 515         hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));\r
 516         validate();\r
 517 \r
 518         if (av.getWrapAlignment())\r
 519         {\r
 520             int max = av.alignment.getWidth() / seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getWidth());\r
 521             vscroll.setMaximum(max);\r
 522             vscroll.setUnitIncrement(1);\r
 523             vscroll.setVisibleAmount(1);\r
 524         }\r
 525         else\r
 526         {\r
 527             setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());\r
 528         }\r
 529     }\r
 530 \r
 531     /**\r
 532      * DOCUMENT ME!\r
 533      *\r
 534      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 535      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 536      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 537      *\r
 538      * @return DOCUMENT ME!\r
 539      *\r
 540      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 541      */\r
 542     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 543         throws PrinterException\r
 544     {\r
 545         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 546 \r
 547         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 548         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 549 \r
 550         if (av.getWrapAlignment())\r
 551         {\r
 552             return printWrappedAlignment(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 553         }\r
 554         else\r
 555         {\r
 556             return printUnwrapped(pg, pwidth, pheight, pi);\r
 557         }\r
 558     }\r
 559 \r
 560     /**\r
 561      * DOCUMENT ME!\r
 562      *\r
 563      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 564      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 565      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 566      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 567      *\r
 568      * @return DOCUMENT ME!\r
 569      *\r
 570      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 571      */\r
 572     public int printUnwrapped(Graphics pg, int pwidth, int pheight, int pi)\r
 573         throws PrinterException\r
 574     {\r
 575         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 576         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 577         int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 578 \r
 579         pg.setColor(Color.white);\r
 580         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 581         pg.setFont(av.getFont());\r
 582 \r
 583         ////////////////////////////////////\r
 584         /// How many sequences and residues can we fit on a printable page?\r
 585         int totalRes = (pwidth - idWidth) / av.getCharWidth();\r
 586 \r
 587         int totalSeq = (int) ((pheight - scaleHeight) / av.getCharHeight()) -\r
 588             1;\r
 589 \r
 590         int pagesWide = (av.getAlignment().getWidth() / totalRes) + 1;\r
 591 \r
 592         /////////////////////////////\r
 593         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 594         int startRes;\r
 595 \r
 596         /////////////////////////////\r
 597         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 598         int endRes;\r
 599 \r
 600         /////////////////////////////\r
 601         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 602         int startSeq;\r
 603 \r
 604         /////////////////////////////\r
 605         /// Only print these sequences and residues on this page\r
 606         int endSeq;\r
 607         startRes = (pi % pagesWide) * totalRes;\r
 608         endRes = (startRes + totalRes) - 1;\r
 609 \r
 610         if (endRes > (av.getAlignment().getWidth() - 1))\r
 611         {\r
 612             endRes = av.getAlignment().getWidth() - 1;\r
 613         }\r
 614 \r
 615         startSeq = (pi / pagesWide) * totalSeq;\r
 616         endSeq = startSeq + totalSeq;\r
 617 \r
 618         if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())\r
 619         {\r
 620             endSeq = av.getAlignment().getHeight();\r
 621         }\r
 622 \r
 623         int pagesHigh = ((av.alignment.getHeight() / totalSeq) + 1) * pheight;\r
 624 \r
 625         if (av.showAnnotation)\r
 626         {\r
 627             pagesHigh += annotationPanel.getHeight();\r
 628         }\r
 629 \r
 630         pagesHigh /= pheight;\r
 631 \r
 632         if (pi >= (pagesWide * pagesHigh))\r
 633         {\r
 634             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 635         }\r
 636 \r
 637         //draw Scale\r
 638         pg.translate(idWidth, 0);\r
 639         scalePanel.drawScale(pg, startRes, endRes, pwidth - idWidth, scaleHeight);\r
 640         pg.translate(-idWidth, scaleHeight);\r
 641 \r
 642         ////////////////\r
 643         // Draw the ids\r
 644         Color currentColor = null;\r
 645         Color currentTextColor = null;\r
 646 \r
 647         for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)\r
 648         {\r
 649             if ((av.getSelectionGroup() != null) &&\r
 650                     av.getSelectionGroup().sequences.contains(\r
 651                         av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 652             {\r
 653                 currentColor = Color.gray;\r
 654                 currentTextColor = Color.black;\r
 655             }\r
 656             else\r
 657             {\r
 658                 currentColor = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getColor();\r
 659                 currentTextColor = Color.black;\r
 660             }\r
 661 \r
 662             pg.setColor(currentColor);\r
 663             pg.fillRect(0, (i-startSeq) * av.charHeight, idWidth,\r
 664                 av.getCharHeight());\r
 665 \r
 666             pg.setColor(currentTextColor);\r
 667 \r
 668             String string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName();\r
 669 \r
 670             if (av.getShowFullId())\r
 671             {\r
 672                 string = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getDisplayId();\r
 673             }\r
 674 \r
 675             pg.drawString(string, 0,\r
 676                 (((i-startSeq) * av.charHeight) + av.getCharHeight()) -\r
 677                 (av.getCharHeight() / 5));\r
 678         }\r
 679 \r
 680         // draw main sequence panel\r
 681         pg.translate(idWidth, 0);\r
 682         seqPanel.seqCanvas.drawPanel(pg, startRes, endRes, startSeq, endSeq,\r
 683             startRes, startSeq, 0);\r
 684 \r
 685         if (av.showAnnotation && (endSeq == av.alignment.getHeight()))\r
 686         {\r
 687             pg.translate(-idWidth, (endSeq - startSeq) * av.charHeight);\r
 688             alabels.drawComponent((Graphics2D) pg);\r
 689             pg.translate(idWidth, 0);\r
 690             annotationPanel.drawComponent((Graphics2D) pg, startRes, endRes +\r
 691                 1);\r
 692         }\r
 693 \r
 694         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 695     }\r
 696 \r
 697     /**\r
 698      * DOCUMENT ME!\r
 699      *\r
 700      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 701      * @param pwidth DOCUMENT ME!\r
 702      * @param pheight DOCUMENT ME!\r
 703      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 704      *\r
 705      * @return DOCUMENT ME!\r
 706      *\r
 707      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 708      */\r
 709     public int printWrappedAlignment(Graphics pg, int pwidth, int pheight,\r
 710         int pi) throws PrinterException\r
 711     {\r
 712         int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 713 \r
 714         int resWidth = seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(pwidth -\r
 715                 idWidth);\r
 716         int totalHeight = totalHeight = (av.alignment.getHeight() + 2) * ((av.alignment.getWidth() / resWidth) +\r
 717                 1) * av.charHeight;\r
 718 \r
 719         pg.setColor(Color.white);\r
 720         pg.fillRect(0, 0, pwidth, pheight);\r
 721         pg.setFont(av.getFont());\r
 722 \r
 723         ////////////////\r
 724         // Draw the ids\r
 725         pg.setColor(Color.black);\r
 726 \r
 727         pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 728 \r
 729         pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, pheight);\r
 730 \r
 731         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 732 \r
 733         do\r
 734         {\r
 735             for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 736             {\r
 737                 SequenceI s = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 738                 String string = s.getName();\r
 739 \r
 740                 if (av.getShowFullId())\r
 741                 {\r
 742                     string = s.getDisplayId();\r
 743                 }\r
 744 \r
 745                 pg.drawString(string, 0,\r
 746                     ((i * av.charHeight) + ypos + av.charHeight) -\r
 747                     (av.charHeight / 5));\r
 748             }\r
 749 \r
 750             ypos += ((av.alignment.getHeight() + 2) * av.charHeight);\r
 751         }\r
 752         while (ypos < totalHeight);\r
 753 \r
 754         pg.translate(idWidth, 0);\r
 755 \r
 756         seqPanel.seqCanvas.drawWrappedPanel(pg, pwidth - idWidth, totalHeight, 0);\r
 757 \r
 758         if ((pi * pheight) < totalHeight)\r
 759         {\r
 760             return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 761         }\r
 762         else\r
 763         {\r
 764             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 765         }\r
 766     }\r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * DOCUMENT ME!\r
 770      */\r
 771     public void makeEPS(File epsFile)\r
 772     {\r
 773         if(epsFile == null)\r
 774         {\r
 775           jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 776               JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 777                   "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 778                                  {"eps"},\r
 779                                  new String[]\r
 780                                  {"Encapsulated Postscript"},\r
 781                                  "Encapsulated Postscript");\r
 782           chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 783           chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 784           chooser.setToolTipText("Save");\r
 785 \r
 786           int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 787 \r
 788           if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 789           {\r
 790             return;\r
 791           }\r
 792 \r
 793           epsFile = chooser.getSelectedFile();\r
 794 \r
 795           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 796                                         chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 797         }\r
 798 \r
 799         int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 800         int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 801 \r
 802         if (av.getWrapAlignment())\r
 803         {\r
 804           height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 805               av.chunkHeight;\r
 806           width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 807 \r
 808         }\r
 809 \r
 810 \r
 811         if (av.getShowAnnotation())\r
 812         {\r
 813             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 814         }\r
 815 \r
 816         try\r
 817          {\r
 818             FileOutputStream out = new FileOutputStream(epsFile);\r
 819             EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Example", out, 0, 0, width,\r
 820                     height);\r
 821 \r
 822             if (av.getWrapAlignment())\r
 823             {\r
 824                 printWrappedAlignment(pg, width, height, 0);\r
 825             }\r
 826             else\r
 827             {\r
 828                 printUnwrapped(pg, width, height, 0);\r
 829             }\r
 830 \r
 831             pg.flush();\r
 832             pg.close();\r
 833         }\r
 834         catch (Exception ex)\r
 835         {\r
 836             ex.printStackTrace();\r
 837         }\r
 838     }\r
 839 \r
 840 \r
 841     public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)\r
 842     {\r
 843       ///////ONLY WORKS WITH NONE WRAPPED ALIGNMENTS\r
 844       //////////////////////////////////////////////\r
 845       int idWidth = calculateIdWidth().width + 4;\r
 846       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 847       int scaleHeight = av.charHeight + fm.getDescent();\r
 848 \r
 849         // Gen image map\r
 850          //////////////////////////////////\r
 851          if(imgMapFile!=null)\r
 852          {\r
 853            try\r
 854            {\r
 855              PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));\r
 856              out.println(jalview.io.HTMLOutput.getImageMapHTML());\r
 857              out.println("<img src=\"" + imageName +\r
 858                        "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"\r
 859                        +"<map name=\"Map\">");\r
 860 \r
 861              for (int s = 0; s < av.alignment.getHeight(); s++)\r
 862              {\r
 863                SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(s);\r
 864                SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(seq);\r
 865                for (int i = 0; i < groups.length; i++)\r
 866                {\r
 867                  int sy = s * av.charHeight + scaleHeight;\r
 868                  for (int res = groups[i].getStartRes();\r
 869                       res < groups[i].getEndRes() + 1; res++)\r
 870                  {\r
 871                    int alIndex = seq.findPosition(res);\r
 872                    Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(\r
 873                        seq.getCharAt(res) + "");\r
 874                    if (obj == null)\r
 875                      continue;\r
 876 \r
 877                    String triplet = obj.toString();\r
 878 \r
 879                    out.println(\r
 880                        "<area shape=\"rect\" coords=\""\r
 881                        + (idWidth + res * av.charWidth) + ","\r
 882                        + sy + ","\r
 883                        + (idWidth + (res + 1) * av.charWidth) + ","\r
 884                        + (av.charHeight + sy) + "\""\r
 885                        + " onMouseOver=\"toolTip('"\r
 886                        + alIndex + " " + triplet +\r
 887                        "<br><em>" + groups[i].getName() +\r
 888                        "</em>')\"; onMouseOut=\"toolTip()\"; "\r
 889                        + " href=\"#\">");\r
 890                  }\r
 891                }\r
 892              }\r
 893 \r
 894              out.println("</map></body></html>");\r
 895              out.close();\r
 896 \r
 897            }\r
 898            catch (Exception ex)\r
 899            {\r
 900              ex.printStackTrace();\r
 901            }\r
 902          }///////////END OF IMAGE MAP\r
 903 \r
 904     }\r
 905 \r
 906     /**\r
 907      * DOCUMENT ME!\r
 908      */\r
 909     public void makePNG(File pngFile)\r
 910     {\r
 911       if(pngFile==null)\r
 912       {\r
 913         jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.\r
 914             JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 915                 "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 916                                {"png"},\r
 917                                new String[]\r
 918                                {"Portable network graphics"},\r
 919                                "Portable network graphics");\r
 920         chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 921         chooser.setDialogTitle("Create EPS file from alignment");\r
 922         chooser.setToolTipText("Save");\r
 923 \r
 924         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 925 \r
 926         if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 927         {\r
 928           return;\r
 929         }\r
 930 \r
 931         pngFile = chooser.getSelectedFile();\r
 932 \r
 933         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 934                                       chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 935       }\r
 936 \r
 937 \r
 938 \r
 939       int height = ( (av.alignment.getHeight() + 1) * av.charHeight) + 30;\r
 940       int width = idPanel.getWidth() + (av.alignment.getWidth() * av.charWidth);\r
 941 \r
 942       if (av.getWrapAlignment())\r
 943       {\r
 944         height = ( (av.alignment.getWidth() / av.getChunkWidth()) + 1) *\r
 945             av.chunkHeight;\r
 946         width = seqPanel.getWidth() + idPanel.getWidth();\r
 947 \r
 948       }\r
 949 \r
 950 \r
 951         if (av.getShowAnnotation())\r
 952         {\r
 953             height += annotationPanel.getPreferredSize().height;\r
 954         }\r
 955 \r
 956         try\r
 957         {\r
 958 \r
 959             FileOutputStream out = new FileOutputStream(pngFile);\r
 960 \r
 961             BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 962                     BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 963             Graphics2D png = (Graphics2D) bi.getGraphics();\r
 964 \r
 965             png.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 966                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 967 \r
 968             if (av.getWrapAlignment())\r
 969             {\r
 970                 printWrappedAlignment(png, width, height, 0);\r
 971             }\r
 972             else\r
 973             {\r
 974                 printUnwrapped(png, width, height, 0);\r
 975             }\r
 976 \r
 977             ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 978             out.close();\r
 979         }\r
 980         catch(OutOfMemoryError err)\r
 981         {\r
 982           System.out.println("########################\n"\r
 983                              +"OUT OF MEMORY "+pngFile+"\n"\r
 984                              +"########################");\r
 985         }\r
 986         catch (Exception ex)\r
 987         {\r
 988             ex.printStackTrace();\r
 989         }\r
 990     }\r
 991 }\r
 992 \r
 993 \r
 994 /**\r
 995  * DOCUMENT ME!\r
 996  *\r
 997  * @author $author$\r
 998  * @version $Revision$\r
 999  */\r
1000 class Preview extends JFrame\r
1001 {\r
1002     /**\r
1003      * Creates a new Preview object.\r
1004      *\r
1005      * @param image DOCUMENT ME!\r
1006      */\r
1007     public Preview(Image image)\r
1008     {\r
1009         setResizable(true);\r
1010         setSize(image.getWidth(this), image.getHeight(this));\r
1011         setVisible(true);\r
1012         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());\r
1013         getContentPane().add(new PreviewPanel(image), BorderLayout.CENTER);\r
1014         validate();\r
1015         repaint();\r
1016     }\r
1017 }\r
1018 \r
1019 \r
1020 /**\r
1021  * DOCUMENT ME!\r
1022  *\r
1023  * @author $author$\r
1024  * @version $Revision$\r
1025  */\r
1026 class PreviewPanel extends JPanel\r
1027 {\r
1028     Image image;\r
1029 \r
1030     /**\r
1031      * Creates a new PreviewPanel object.\r
1032      *\r
1033      * @param image DOCUMENT ME!\r
1034      */\r
1035     public PreviewPanel(Image image)\r
1036     {\r
1037         this.image = image;\r
1038     }\r
1039 \r
1040     /**\r
1041      * DOCUMENT ME!\r
1042      *\r
1043      * @param g DOCUMENT ME!\r
1044      */\r
1045     public void paintComponent(Graphics g)\r
1046     {\r
1047         if (image != null)\r
1048         {\r
1049             g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
1050         }\r
1051         else\r
1052         {\r
1053             System.out.println("DEBUG:image is null");\r
1054         }\r
1055     }\r
1056 }\r