src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Container;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.FontMetrics;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.Graphics2D;
  31 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  32 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  33 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  34 import java.awt.event.ComponentEvent;
  35 import java.awt.print.PageFormat;
  36 import java.awt.print.Printable;
  37 import java.awt.print.PrinterException;
  38 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  39 import java.beans.PropertyChangeListener;
  40 import java.io.File;
  41 import java.io.FileWriter;
  42 import java.io.PrintWriter;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46
  47 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  48 import jalview.api.AlignViewportI;
  49 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  50 import jalview.bin.Cache;
  51 import jalview.bin.Console;
  52 import jalview.bin.Jalview;
  53 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  54 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  55 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  56 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  57 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  58 import jalview.datamodel.SequenceI;
  59 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  60 import jalview.io.HTMLOutput;
  61 import jalview.jbgui.GAlignmentPanel;
  62 import jalview.math.AlignmentDimension;
  63 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  64 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  65 import jalview.util.Comparison;
  66 import jalview.util.ImageMaker;
  67 import jalview.util.MessageManager;
  68 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  69 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  70
  71 /**
  72  * DOCUMENT ME!
  73  *
  74  * @author $author$
  75  * @version $Revision: 1.161 $
  76  */
  77 @SuppressWarnings("serial")
  78 public class AlignmentPanel extends GAlignmentPanel implements
  79         AdjustmentListener, Printable, AlignmentViewPanel, ViewportListenerI
  80 {
  81   /*
  82    * spare space in pixels between sequence id and alignment panel
  83    */
  84   private static final int ID_WIDTH_PADDING = 4;
  85
  86   public AlignViewport av;
  87
  88   OverviewPanel overviewPanel;
  89
  90   private SeqPanel seqPanel;
  91
  92   private IdPanel idPanel;
  93
  94   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  95
  96   public AlignFrame alignFrame;
  97
  98   private ScalePanel scalePanel;
  99
 100   private AnnotationPanel annotationPanel;
 101
 102   private AnnotationLabels alabels;
 103
 104   private int hextent = 0;
 105
 106   private int vextent = 0;
 107
 108   /*
 109    * Flag set while scrolling to follow complementary cDNA/protein scroll. When
 110    * false, suppresses invoking the same method recursively.
 111    */
 112   private boolean scrollComplementaryPanel = true;
 113
 114   private PropertyChangeListener propertyChangeListener;
 115
 116   private CalculationChooser calculationDialog;
 117
 118   /**
 119    * Creates a new AlignmentPanel object.
 120    *
 121    * @param af
 122    * @param av
 123    */
 124   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
 125   {
 126     // setBackground(Color.white); // BH 2019
 127     alignFrame = af;
 128     this.av = av;
 129     setSeqPanel(new SeqPanel(av, this));
 130     setIdPanel(new IdPanel(av, this));
 131
 132     setScalePanel(new ScalePanel(av, this));
 133
 134     idPanelHolder.add(getIdPanel(), BorderLayout.CENTER);
 135     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 136     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 137
 138     setAnnotationPanel(new AnnotationPanel(this));
 139     setAlabels(new AnnotationLabels(this));
 140
 141     annotationScroller.setViewportView(getAnnotationPanel());
 142     annotationSpaceFillerHolder.add(getAlabels(), BorderLayout.CENTER);
 143
 144     scalePanelHolder.add(getScalePanel(), BorderLayout.CENTER);
 145     seqPanelHolder.add(getSeqPanel(), BorderLayout.CENTER);
 146
 147     setScrollValues(0, 0);
 148
 149     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 150     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 151
 152     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 153     {
 154       @Override
 155       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 156       {
 157         // reset the viewport ranges when the alignment panel is resized
 158         // in particular, this initialises the end residue value when Jalview
 159         // is initialised
 160         ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 161         if (av.getWrapAlignment())
 162         {
 163           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(
 164                   getSeqPanel().seqCanvas.getWidth());
 165           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 166         }
 167         else
 168         {
 169           int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth()
 170                   / av.getCharWidth();
 171           int heightInSeq = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 172                   / av.getCharHeight();
 173
 174           ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 175           ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 176         }
 177       }
 178
 179     });
 180
 181     final AlignmentPanel ap = this;
 182     propertyChangeListener = new PropertyChangeListener()
 183     {
 184       @Override
 185       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 186       {
 187         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 188         {
 189           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 190           alignmentChanged();
 191         }
 192       }
 193     };
 194     av.addPropertyChangeListener(propertyChangeListener);
 195
 196     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 197     fontChanged();
 198     adjustAnnotationHeight();
 199     updateLayout();
 200   }
 201
 202   @Override
 203   public AlignViewportI getAlignViewport()
 204   {
 205     return av;
 206   }
 207
 208   public void alignmentChanged()
 209   {
 210     av.alignmentChanged(this);
 211
 212     if (getCalculationDialog() != null)
 213     {
 214       getCalculationDialog().validateCalcTypes();
 215     }
 216
 217     alignFrame.updateEditMenuBar();
 218
 219     // no idea if we need to update structure
 220     paintAlignment(true, true);
 221
 222   }
 223
 224   /**
 225    * DOCUMENT ME!
 226    */
 227   public void fontChanged()
 228   {
 229     // set idCanvas bufferedImage to null
 230     // to prevent drawing old image
 231     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 232
 233     // update the flag controlling whether the grid is too small to render the
 234     // font
 235     av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 236
 237     scalePanelHolder.setPreferredSize(
 238             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 239     idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(
 240             new Dimension(10, av.getCharHeight() + fm.getDescent()));
 241     idwidthAdjuster.invalidate();
 242     scalePanelHolder.invalidate();
 243     // BH 2018 getIdPanel().getIdCanvas().gg = null;
 244     getSeqPanel().seqCanvas.img = null;
 245     getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 246
 247     Dimension d = calculateIdWidth();
 248     getIdPanel().getIdCanvas().setPreferredSize(d);
 249     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(d);
 250
 251     repaint();
 252   }
 253
 254   /**
 255    * Calculates the width of the alignment labels based on the displayed names
 256    * and any bounds on label width set in preferences. The calculated width is
 257    * also set as a property of the viewport.
 258    *
 259    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 260    *         that should be used.
 261    */
 262   public Dimension calculateIdWidth()
 263   {
 264     int oldWidth = av.getIdWidth();
 265
 266     // calculate sensible default width when no preference is available
 267     Dimension r = null;
 268     if (av.getIdWidth() < 0)
 269     {
 270       int afwidth = (alignFrame != null ? alignFrame.getWidth() : 300);
 271       int idWidth = Math.min(afwidth - 200, 2 * afwidth / 3);
 272       int maxwidth = Math.max(IdwidthAdjuster.MIN_ID_WIDTH, idWidth);
 273       r = calculateIdWidth(maxwidth);
 274       av.setIdWidth(r.width);
 275     }
 276     else
 277     {
 278       r = new Dimension();
 279       r.width = av.getIdWidth();
 280       r.height = 0;
 281     }
 282
 283     /*
 284      * fudge: if desired width has changed, update layout
 285      * (see also paintComponent - updates layout on a repaint)
 286      */
 287     if (r.width != oldWidth)
 288     {
 289       idPanelHolder.setPreferredSize(r);
 290       validate();
 291     }
 292     return r;
 293   }
 294
 295   /**
 296    * Calculate the width of the alignment labels based on the displayed names
 297    * and any bounds on label width set in preferences.
 298    *
 299    * @param maxwidth
 300    *          -1 or maximum width allowed for IdWidth
 301    * @return Dimension giving the maximum width of the alignment label panel
 302    *         that should be used.
 303    */
 304   protected Dimension calculateIdWidth(int maxwidth)
 305   {
 306     Container c = new Container();
 307
 308     FontMetrics fm = c.getFontMetrics(
 309             new Font(av.font.getName(), Font.ITALIC, av.font.getSize()));
 310
 311     AlignmentI al = av.getAlignment();
 312     int i = 0;
 313     int idWidth = 0;
 314
 315     while ((i < al.getHeight()) && (al.getSequenceAt(i) != null))
 316     {
 317       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 318       String id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 319       int stringWidth = fm.stringWidth(id);
 320       idWidth = Math.max(idWidth, stringWidth);
 321       i++;
 322     }
 323
 324     // Also check annotation label widths
 325     i = 0;
 326
 327     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 328     {
 329       fm = c.getFontMetrics(getAlabels().getFont());
 330
 331       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 332       {
 333         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 334         int stringWidth = fm.stringWidth(label);
 335         idWidth = Math.max(idWidth, stringWidth);
 336         i++;
 337       }
 338     }
 339
 340     int w = maxwidth < 0 ? idWidth : Math.min(maxwidth, idWidth);
 341     w += ID_WIDTH_PADDING;
 342
 343     return new Dimension(w, 12);
 344   }
 345
 346   /**
 347    * Highlight the given results on the alignment
 348    *
 349    */
 350   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 351   {
 352     boolean scrolled = scrollToPosition(results, 0, false);
 353
 354     boolean fastPaint = !(scrolled && av.getWrapAlignment());
 355
 356     getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(results, fastPaint);
 357   }
 358
 359   /**
 360    * Scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 361    * (if any)
 362    *
 363    * @param searchResults
 364    * @return
 365    */
 366   public boolean scrollToPosition(SearchResultsI searchResults)
 367   {
 368     return scrollToPosition(searchResults, 0, false);
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Scrolls the view (if necessary) to show the position of the first
 373    * highlighted region in results (if any). Answers true if the view was
 374    * scrolled, or false if no matched region was found, or it is already
 375    * visible.
 376    *
 377    * @param results
 378    * @param verticalOffset
 379    *          if greater than zero, allows scrolling to a position below the
 380    *          first displayed sequence
 381    * @param centre
 382    *          if true, try to centre the search results horizontally in the view
 383    * @return
 384    */
 385   protected boolean scrollToPosition(SearchResultsI results,
 386           int verticalOffset, boolean centre)
 387   {
 388     int startv, endv, starts, ends;
 389     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 390
 391     if (results == null || results.isEmpty() || av == null
 392             || av.getAlignment() == null)
 393     {
 394       return false;
 395     }
 396     int seqIndex = av.getAlignment().findIndex(results);
 397     if (seqIndex == -1)
 398     {
 399       return false;
 400     }
 401     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex);
 402
 403     int[] r = results.getResults(seq, 0, av.getAlignment().getWidth());
 404     if (r == null)
 405     {
 406       return false;
 407     }
 408     int start = r[0];
 409     int end = r[1];
 410
 411     /*
 412      * To centre results, scroll to positions half the visible width
 413      * left/right of the start/end positions
 414      */
 415     if (centre)
 416     {
 417       int offset = (ranges.getEndRes() - ranges.getStartRes() + 1) / 2 - 1;
 418       start = Math.max(start - offset, 0);
 419       end = end + offset - 1;
 420     }
 421     if (start < 0)
 422     {
 423       return false;
 424     }
 425     if (end == seq.getEnd())
 426     {
 427       return false;
 428     }
 429
 430     if (av.hasHiddenColumns())
 431     {
 432       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 433       start = hidden.absoluteToVisibleColumn(start);
 434       end = hidden.absoluteToVisibleColumn(end);
 435       if (start == end)
 436       {
 437         if (!hidden.isVisible(r[0]))
 438         {
 439           // don't scroll - position isn't visible
 440           return false;
 441         }
 442       }
 443     }
 444
 445     /*
 446      * allow for offset of target sequence (actually scroll to one above it)
 447      */
 448     seqIndex = Math.max(0, seqIndex - verticalOffset);
 449     boolean scrollNeeded = true;
 450
 451     if (!av.getWrapAlignment())
 452     {
 453       if ((startv = ranges.getStartRes()) >= start)
 454       {
 455         /*
 456          * Scroll left to make start of search results visible
 457          */
 458         setScrollValues(start, seqIndex);
 459       }
 460       else if ((endv = ranges.getEndRes()) <= end)
 461       {
 462         /*
 463          * Scroll right to make end of search results visible
 464          */
 465         setScrollValues(startv + end - endv, seqIndex);
 466       }
 467       else if ((starts = ranges.getStartSeq()) > seqIndex)
 468       {
 469         /*
 470          * Scroll up to make start of search results visible
 471          */
 472         setScrollValues(ranges.getStartRes(), seqIndex);
 473       }
 474       else if ((ends = ranges.getEndSeq()) <= seqIndex)
 475       {
 476         /*
 477          * Scroll down to make end of search results visible
 478          */
 479         setScrollValues(ranges.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 480       }
 481       /*
 482        * Else results are already visible - no need to scroll
 483        */
 484       scrollNeeded = false;
 485     }
 486     else
 487     {
 488       scrollNeeded = ranges.scrollToWrappedVisible(start);
 489     }
 490
 491     paintAlignment(false, false);
 492
 493     return scrollNeeded;
 494   }
 495
 496   /**
 497    * DOCUMENT ME!
 498    *
 499    * @return DOCUMENT ME!
 500    */
 501   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 502   {
 503     return overviewPanel;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * DOCUMENT ME!
 508    *
 509    * @param op
 510    *          DOCUMENT ME!
 511    */
 512   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 513   {
 514     overviewPanel = op;
 515   }
 516
 517   /**
 518    *
 519    * @param b
 520    *          Hide or show annotation panel
 521    *
 522    */
 523   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 524   {
 525     if (!av.getWrapAlignment())
 526     {
 527       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 528       annotationScroller.setVisible(b);
 529     }
 530     repaint();
 531   }
 532
 533   /**
 534    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 535    * ensuring the alignment is still visible.
 536    */
 537   @Override
 538   public void adjustAnnotationHeight()
 539   {
 540     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 541     // this is called after loading new annotation onto alignment
 542     if (alignFrame.getHeight() == 0)
 543     {
 544       System.out.println("NEEDS FIXING");
 545     }
 546     validateAnnotationDimensions(true);
 547     addNotify();
 548     // TODO: many places call this method and also paintAlignment with various
 549     // different settings. this means multiple redraws are triggered...
 550     paintAlignment(true, av.needToUpdateStructureViews());
 551   }
 552
 553   /**
 554    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 555    * need to do repaints/notifys afterwards.
 556    */
 557   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 558   {
 559     // BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
 560     // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
 561     // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
 562     // requiring a full re-layout of all parents and children.
 563     // Note in JComponent:
 564     // This method is called by the toolkit internally and should
 565     // not be called directly by programs.
 566     // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.
 567
 568     int annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
 569     annotationHeight = getAnnotationPanel()
 570             .adjustForAlignFrame(adjustPanelHeight, annotationHeight);
 571
 572     hscroll.addNotify();
 573     annotationScroller.setPreferredSize(
 574             new Dimension(annotationScroller.getWidth(), annotationHeight));
 575
 576     Dimension e = idPanel.getSize();
 577     alabels.setSize(new Dimension(e.width, annotationHeight));
 578
 579     annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 580             annotationSpaceFillerHolder.getWidth(), annotationHeight));
 581     annotationScroller.validate();
 582     annotationScroller.addNotify();
 583   }
 584
 585   /**
 586    * update alignment layout for viewport settings
 587    *
 588    * @param wrap
 589    *          DOCUMENT ME!
 590    */
 591   public void updateLayout()
 592   {
 593     fontChanged();
 594     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 595     boolean wrap = av.getWrapAlignment();
 596     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 597     ranges.setStartSeq(0);
 598     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 599     hscroll.setVisible(!wrap);
 600     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 601
 602     if (wrap)
 603     {
 604       annotationScroller.setVisible(false);
 605       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 606     }
 607     else if (av.isShowAnnotation())
 608     {
 609       annotationScroller.setVisible(true);
 610       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 611       validateAnnotationDimensions(false);
 612     }
 613
 614     int canvasWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
 615     if (canvasWidth > 0)
 616     { // may not yet be laid out
 617       if (wrap)
 618       {
 619         int widthInRes = getSeqPanel().seqCanvas
 620                 .getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
 621         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 622       }
 623       else
 624       {
 625         int widthInRes = (canvasWidth / av.getCharWidth());
 626         int heightInSeq = (getSeqPanel().seqCanvas.getHeight()
 627                 / av.getCharHeight());
 628
 629         ranges.setViewportWidth(widthInRes);
 630         ranges.setViewportHeight(heightInSeq);
 631       }
 632     }
 633
 634     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 635
 636     repaint();
 637   }
 638
 639   /**
 640    * Adjust row/column scrollers to show a visible position in the alignment.
 641    *
 642    * @param x
 643    *          visible column to scroll to
 644    * @param y
 645    *          visible row to scroll to
 646    *
 647    */
 648   public void setScrollValues(int xpos, int ypos)
 649   {
 650     int x = xpos;
 651     int y = ypos;
 652
 653     if (av == null || av.getAlignment() == null)
 654     {
 655       return;
 656     }
 657
 658     if (av.getWrapAlignment())
 659     {
 660       setScrollingForWrappedPanel(x);
 661     }
 662     else
 663     {
 664       int width = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 665       int height = av.getAlignment().getHeight();
 666
 667       hextent = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 668       vextent = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 669
 670       if (hextent > width)
 671       {
 672         hextent = width;
 673       }
 674
 675       if (vextent > height)
 676       {
 677         vextent = height;
 678       }
 679
 680       if ((hextent + x) > width)
 681       {
 682         x = width - hextent;
 683       }
 684
 685       if ((vextent + y) > height)
 686       {
 687         y = height - vextent;
 688       }
 689
 690       if (y < 0)
 691       {
 692         y = 0;
 693       }
 694
 695       if (x < 0)
 696       {
 697         x = 0;
 698       }
 699
 700       // update the scroll values
 701       hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 702       vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 703     }
 704   }
 705
 706   /**
 707    * Respond to adjustment event when horizontal or vertical scrollbar is
 708    * changed
 709    *
 710    * @param evt
 711    *          adjustment event encoding whether hscroll or vscroll changed
 712    */
 713   @Override
 714   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 715   {
 716     if (av.getWrapAlignment())
 717     {
 718       adjustScrollingWrapped(evt);
 719       return;
 720     }
 721
 722     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 723
 724     if (evt.getSource() == hscroll)
 725     {
 726       int oldX = ranges.getStartRes();
 727       int oldwidth = ranges.getViewportWidth();
 728       int x = hscroll.getValue();
 729       int width = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth() / av.getCharWidth();
 730
 731       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 732       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 733       // ranges values are the same
 734       if ((x == oldX) && (width == oldwidth))
 735       {
 736         return;
 737       }
 738       ranges.setViewportStartAndWidth(x, width);
 739     }
 740     else if (evt.getSource() == vscroll)
 741     {
 742       int oldY = ranges.getStartSeq();
 743       int oldheight = ranges.getViewportHeight();
 744       int y = vscroll.getValue();
 745       int height = getSeqPanel().seqCanvas.getHeight() / av.getCharHeight();
 746
 747       // if we're scrolling to the position we're already at, stop
 748       // this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 749       // ranges values are the same
 750       if ((y == oldY) && (height == oldheight))
 751       {
 752         return;
 753       }
 754       ranges.setViewportStartAndHeight(y, height);
 755     }
 756     repaint();
 757   }
 758
 759   /**
 760    * Responds to a scroll change by setting the start position of the viewport.
 761    * Does
 762    *
 763    * @param evt
 764    */
 765   protected void adjustScrollingWrapped(AdjustmentEvent evt)
 766   {
 767     if (evt.getSource() == hscroll)
 768     {
 769       return; // no horizontal scroll when wrapped
 770     }
 771     final ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 772
 773     if (evt.getSource() == vscroll)
 774     {
 775       int newY = vscroll.getValue();
 776
 777       /*
 778        * if we're scrolling to the position we're already at, stop
 779        * this prevents infinite recursion of events when the scroll/viewport
 780        * ranges values are the same
 781        */
 782       int oldX = ranges.getStartRes();
 783       int oldY = ranges.getWrappedScrollPosition(oldX);
 784       if (oldY == newY)
 785       {
 786         return;
 787       }
 788       if (newY > -1)
 789       {
 790         /*
 791          * limit page up/down to one width's worth of positions
 792          */
 793         int rowSize = ranges.getViewportWidth();
 794         int newX = newY > oldY ? oldX + rowSize : oldX - rowSize;
 795         ranges.setViewportStartAndWidth(Math.max(0, newX), rowSize);
 796       }
 797     }
 798     else
 799     {
 800       // This is only called if file loaded is a jar file that
 801       // was wrapped when saved and user has wrap alignment true
 802       // as preference setting
 803       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 804       {
 805         @Override
 806         public void run()
 807         {
 808           // When updating scrolling to use ViewportChange events, this code
 809           // could not be validated and it is not clear if it is now being
 810           // called. Log warning here in case it is called and unforeseen
 811           // problems occur
 812           Console.warn(
 813                   "Unexpected path through code: Wrapped jar file opened with wrap alignment set in preferences");
 814
 815           // scroll to start of panel
 816           ranges.setStartRes(0);
 817           ranges.setStartSeq(0);
 818         }
 819       });
 820     }
 821     repaint();
 822   }
 823
 824   /* (non-Javadoc)
 825    * @see jalview.api.AlignmentViewPanel#paintAlignment(boolean)
 826    */
 827   @Override
 828   public void paintAlignment(boolean updateOverview,
 829           boolean updateStructures)
 830   {
 831     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 832             av.isShowAutocalculatedAbove());
 833     sorter.sort(getAlignment().getAlignmentAnnotation(),
 834             av.getSortAnnotationsBy());
 835     repaint();
 836
 837     if (updateStructures)
 838     {
 839       av.getStructureSelectionManager().sequenceColoursChanged(this);
 840     }
 841     if (updateOverview)
 842     {
 843
 844       if (overviewPanel != null)
 845       {
 846         overviewPanel.updateOverviewImage();
 847       }
 848     }
 849   }
 850
 851   @Override
 852   public void paintComponent(Graphics g)
 853   {
 854     invalidate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 855
 856     Dimension d = getIdPanel().getIdCanvas().getPreferredSize();
 857     idPanelHolder.setPreferredSize(d);
 858     hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(d.width, 12));
 859
 860     validate(); // needed so that the id width adjuster works correctly
 861
 862     /*
 863      * set scroll bar positions - tried to remove but necessary for split panel to resize correctly
 864      * though I still think this call should be elsewhere.
 865      */
 866     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 867     setScrollValues(ranges.getStartRes(), ranges.getStartSeq());
 868     super.paintComponent(g);
 869   }
 870
 871   /**
 872    * Set vertical scroll bar position, and number of increments, for wrapped
 873    * panel
 874    *
 875    * @param topLeftColumn
 876    *          the column position at top left (0..)
 877    */
 878   private void setScrollingForWrappedPanel(int topLeftColumn)
 879   {
 880     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 881     int scrollPosition = ranges.getWrappedScrollPosition(topLeftColumn);
 882     int maxScroll = ranges.getWrappedMaxScroll(topLeftColumn);
 883
 884     /*
 885      * a scrollbar's value can be set to at most (maximum-extent)
 886      * so we add extent (1) to the maxScroll value
 887      */
 888     vscroll.setUnitIncrement(1);
 889     vscroll.setValues(scrollPosition, 1, 0, maxScroll + 1);
 890   }
 891
 892   /**
 893    * DOCUMENT ME!
 894    *
 895    * @param pg
 896    *          DOCUMENT ME!
 897    * @param pf
 898    *          DOCUMENT ME!
 899    * @param pi
 900    *          DOCUMENT ME!
 901    *
 902    * @return DOCUMENT ME!
 903    *
 904    * @throws PrinterException
 905    *           DOCUMENT ME!
 906    */
 907   @Override
 908   public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 909           throws PrinterException
 910   {
 911     pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 912
 913     int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();
 914     int pheight = (int) pf.getImageableHeight();
 915
 916     if (av.getWrapAlignment())
 917     {
 918       return printWrappedAlignment(pwidth, pheight, pi, pg);
 919     }
 920     else
 921     {
 922       return printUnwrapped(pwidth, pheight, pi, pg, pg);
 923     }
 924   }
 925
 926   /**
 927    * Draws the alignment image, including sequence ids, sequences, and
 928    * annotation labels and annotations if shown, on either one or two Graphics
 929    * contexts.
 930    *
 931    * @param pageWidth
 932    *          in pixels
 933    * @param pageHeight
 934    *          in pixels
 935    * @param pageIndex
 936    *          (0, 1, ...)
 937    * @param idGraphics
 938    *          the graphics context for sequence ids and annotation labels
 939    * @param alignmentGraphics
 940    *          the graphics context for sequences and annotations (may or may not
 941    *          be the same context as idGraphics)
 942    * @return
 943    * @throws PrinterException
 944    */
 945   public int printUnwrapped(int pageWidth, int pageHeight, int pageIndex,
 946           Graphics idGraphics, Graphics alignmentGraphics)
 947           throws PrinterException
 948   {
 949     final int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
 950
 951     /*
 952      * Get the horizontal offset to where we draw the sequences.
 953      * This is idWidth if using a single Graphics context, else zero.
 954      */
 955     final int alignmentGraphicsOffset = idGraphics != alignmentGraphics ? 0
 956             : idWidth;
 957
 958     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 959     final int charHeight = av.getCharHeight();
 960     final int scaleHeight = charHeight + fm.getDescent();
 961
 962     idGraphics.setColor(Color.white);
 963     idGraphics.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
 964     idGraphics.setFont(av.getFont());
 965
 966     /*
 967      * How many sequences and residues can we fit on a printable page?
 968      */
 969     final int totalRes = (pageWidth - idWidth) / av.getCharWidth();
 970
 971     final int totalSeq = (pageHeight - scaleHeight) / charHeight - 1;
 972
 973     final int alignmentWidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
 974     int pagesWide = (alignmentWidth / totalRes) + 1;
 975
 976     final int startRes = (pageIndex % pagesWide) * totalRes;
 977     final int endRes = Math.min(startRes + totalRes - 1,
 978             alignmentWidth - 1);
 979
 980     final int startSeq = (pageIndex / pagesWide) * totalSeq;
 981     final int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 982     final int endSeq = Math.min(startSeq + totalSeq, alignmentHeight);
 983
 984     int pagesHigh = ((alignmentHeight / totalSeq) + 1) * pageHeight;
 985
 986     if (av.isShowAnnotation())
 987     {
 988       pagesHigh += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
 989     }
 990
 991     pagesHigh /= pageHeight;
 992
 993     if (pageIndex >= (pagesWide * pagesHigh))
 994     {
 995       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 996     }
 997     final int alignmentDrawnHeight = (endSeq - startSeq) * charHeight + 3;
 998
 999     /*
1000      * draw the Scale at horizontal offset, then reset to top left (0, 0)
1001      */
1002     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, 0);
1003     getScalePanel().drawScale(alignmentGraphics, startRes, endRes,
1004             pageWidth - idWidth, scaleHeight);
1005     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1006
1007     /*
1008      * Draw the sequence ids, offset for scale height,
1009      * then reset to top left (0, 0)
1010      */
1011     idGraphics.translate(0, scaleHeight);
1012     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
1013     List<SequenceI> selection = av.getSelectionGroup() == null ? null
1014             : av.getSelectionGroup().getSequences(null);
1015     idCanvas.drawIds((Graphics2D) idGraphics, av, startSeq, endSeq - 1,
1016             selection);
1017
1018     idGraphics.setFont(av.getFont());
1019     idGraphics.translate(0, -scaleHeight);
1020
1021     /*
1022      * draw the sequences, offset for scale height, and id width (if using a
1023      * single graphics context), then reset to (0, scale height)
1024      */
1025     alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset, scaleHeight);
1026     getSeqPanel().seqCanvas.drawPanelForPrinting(alignmentGraphics,
1027             startRes, endRes, startSeq, endSeq - 1);
1028     alignmentGraphics.translate(-alignmentGraphicsOffset, 0);
1029
1030     if (av.isShowAnnotation() && (endSeq == alignmentHeight))
1031     {
1032       /*
1033        * draw annotation labels; drawComponent() translates by
1034        * getScrollOffset(), so compensate for that first;
1035        * then reset to (0, scale height)
1036        */
1037       int offset = getAlabels().getScrollOffset();
1038       idGraphics.translate(0, -offset);
1039       idGraphics.translate(0, alignmentDrawnHeight);
1040       getAlabels().drawComponent(idGraphics, idWidth);
1041       idGraphics.translate(0, -alignmentDrawnHeight);
1042
1043       /*
1044        * draw the annotations starting at
1045        * (idOffset, alignmentHeight) from (0, scaleHeight)
1046        */
1047       alignmentGraphics.translate(alignmentGraphicsOffset,
1048               alignmentDrawnHeight);
1049       updateLayout();
1050       getAnnotationPanel().renderer.drawComponent(getAnnotationPanel(), av,
1051               alignmentGraphics, -1, startRes, endRes + 1);
1052     }
1053
1054     return Printable.PAGE_EXISTS;
1055   }
1056
1057   /**
1058    * Prints one page of an alignment in wrapped mode. Returns
1059    * Printable.PAGE_EXISTS (0) if a page was drawn, or Printable.NO_SUCH_PAGE if
1060    * no page could be drawn (page number out of range).
1061    *
1062    * @param pageWidth
1063    * @param pageHeight
1064    * @param pageNumber
1065    *          (0, 1, ...)
1066    * @param g
1067    *
1068    * @return
1069    *
1070    * @throws PrinterException
1071    */
1072   public int printWrappedAlignment(int pageWidth, int pageHeight,
1073           int pageNumber, Graphics g) throws PrinterException
1074   {
1075     getSeqPanel().seqCanvas.calculateWrappedGeometry(getWidth(),
1076             getHeight());
1077     int annotationHeight = 0;
1078     if (av.isShowAnnotation())
1079     {
1080       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1081     }
1082
1083     int hgap = av.getCharHeight();
1084     if (av.getScaleAboveWrapped())
1085     {
1086       hgap += av.getCharHeight();
1087     }
1088
1089     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1090             + annotationHeight;
1091
1092     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1093
1094     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1095
1096     int resWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1097             .getWrappedCanvasWidth(pageWidth - idWidth);
1098     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(0, resWidth);
1099
1100     int totalHeight = cHeight * (maxwidth / resWidth + 1);
1101
1102     g.setColor(Color.white);
1103     g.fillRect(0, 0, pageWidth, pageHeight);
1104     g.setFont(av.getFont());
1105     g.setColor(Color.black);
1106
1107     /*
1108      * method: print the whole wrapped alignment, but with a clip region that
1109      * is restricted to the requested page; this supports selective print of
1110      * single pages or ranges, (at the cost of repeated processing in the
1111      * 'normal' case, when all pages are printed)
1112      */
1113     g.translate(0, -pageNumber * pageHeight);
1114
1115     g.setClip(0, pageNumber * pageHeight, pageWidth, pageHeight);
1116
1117     /*
1118      * draw sequence ids and annotation labels (if shown)
1119      */
1120     IdCanvas idCanvas = getIdPanel().getIdCanvas();
1121     idCanvas.drawIdsWrapped((Graphics2D) g, av, 0, totalHeight);
1122
1123     g.translate(idWidth, 0);
1124
1125     getSeqPanel().seqCanvas.drawWrappedPanelForPrinting(g,
1126             pageWidth - idWidth, totalHeight, 0);
1127
1128     if ((pageNumber * pageHeight) < totalHeight)
1129     {
1130       return Printable.PAGE_EXISTS;
1131     }
1132     else
1133     {
1134       return Printable.NO_SUCH_PAGE;
1135     }
1136   }
1137
1138   /**
1139    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1140    * displayed using default settings
1141    *
1142    * @return
1143    */
1144   public int getVisibleIdWidth()
1145   {
1146     return getVisibleIdWidth(true);
1147   }
1148
1149   /**
1150    * get current sequence ID panel width, or nominal value if panel were to be
1151    * displayed using default settings
1152    *
1153    * @param onscreen
1154    *          indicate if the Id width for onscreen or offscreen display should
1155    *          be returned
1156    * @return
1157    */
1158   protected int getVisibleIdWidth(boolean onscreen)
1159   {
1160     // see if rendering offscreen - check preferences and calc width accordingly
1161     if (!onscreen && Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false))
1162     {
1163       return calculateIdWidth(-1).width;
1164     }
1165     Integer idwidth = onscreen ? null
1166             : Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH");
1167     if (idwidth != null)
1168     {
1169       return idwidth.intValue() + ID_WIDTH_PADDING;
1170     }
1171
1172     int w = getIdPanel().getWidth();
1173     return (w > 0 ? w : calculateIdWidth().width);
1174   }
1175
1176   void makeAlignmentImage(ImageMaker.TYPE type, File file, String renderer)
1177   {
1178     makeAlignmentImage(type, file, renderer, 0.0f, 0, 0);
1179   }
1180
1181   /**
1182    * Builds an image of the alignment of the specified type (EPS/PNG/SVG) and
1183    * writes it to the specified file
1184    *
1185    * @param type
1186    * @param file
1187    * @param textrenderer
1188    * @param bitmapscale
1189    */
1190   void makeAlignmentImage(ImageMaker.TYPE type, File file, String renderer,
1191           float bitmapscale, int bitmapwidth, int bitmapheight)
1192   {
1193     final int borderBottomOffset = 5;
1194
1195     AlignmentDimension aDimension = getAlignmentDimension();
1196     // todo use a lambda function in place of callback here?
1197     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
1198     {
1199       @Override
1200       public void exportImage(Graphics graphics) throws Exception
1201       {
1202         if (av.getWrapAlignment())
1203         {
1204           printWrappedAlignment(aDimension.getWidth(),
1205                   aDimension.getHeight() + borderBottomOffset, 0, graphics);
1206         }
1207         else
1208         {
1209           printUnwrapped(aDimension.getWidth(), aDimension.getHeight(), 0,
1210                   graphics, graphics);
1211         }
1212       }
1213     };
1214
1215     String fileTitle = alignFrame.getTitle();
1216     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, alignFrame, type,
1217             fileTitle);
1218     int imageWidth = aDimension.getWidth();
1219     int imageHeight = aDimension.getHeight() + borderBottomOffset;
1220     String of = MessageManager.getString("label.alignment");
1221     exporter.doExport(file, this, imageWidth, imageHeight, of, renderer,
1222             bitmapscale, bitmapwidth, bitmapheight);
1223   }
1224
1225   /**
1226    * Calculates and returns a suitable width and height (in pixels) for an
1227    * exported image
1228    *
1229    * @return
1230    */
1231   public AlignmentDimension getAlignmentDimension()
1232   {
1233     int maxwidth = av.getAlignment().getVisibleWidth();
1234
1235     int height = ((av.getAlignment().getHeight() + 1) * av.getCharHeight())
1236             + getScalePanel().getHeight();
1237     int width = getVisibleIdWidth(false) + (maxwidth * av.getCharWidth());
1238
1239     if (av.getWrapAlignment())
1240     {
1241       height = getWrappedHeight();
1242       if (Jalview.isHeadlessMode())
1243       {
1244         // need to obtain default alignment width and then add in any
1245         // additional allowance for id margin
1246         // this duplicates the calculation in getWrappedHeight but adjusts for
1247         // offscreen idWith
1248         width = alignFrame.getWidth() - vscroll.getPreferredSize().width
1249                 - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right
1250                 - getVisibleIdWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1251       }
1252       else
1253       {
1254         width = getSeqPanel().getWidth() + getVisibleIdWidth(false);
1255       }
1256
1257     }
1258     else if (av.isShowAnnotation())
1259     {
1260       height += getAnnotationPanel().adjustPanelHeight() + 3;
1261     }
1262     return new AlignmentDimension(width, height);
1263
1264   }
1265
1266   public void makePNGImageMap(File imgMapFile, String imageName)
1267   {
1268     // /////ONLY WORKS WITH NON WRAPPED ALIGNMENTS
1269     // ////////////////////////////////////////////
1270     int idWidth = getVisibleIdWidth(false);
1271     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1272     int scaleHeight = av.getCharHeight() + fm.getDescent();
1273
1274     // Gen image map
1275     // ////////////////////////////////
1276     if (imgMapFile != null)
1277     {
1278       try
1279       {
1280         int sSize = av.getAlignment().getHeight();
1281         int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
1282         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(imgMapFile));
1283         out.println(HTMLOutput.getImageMapHTML());
1284         out.println("<img src=\"" + imageName
1285                 + "\" border=\"0\" usemap=\"#Map\" >"
1286                 + "<map name=\"Map\">");
1287
1288         for (int s = 0; s < sSize; s++)
1289         {
1290           int sy = s * av.getCharHeight() + scaleHeight;
1291
1292           SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(s);
1293           SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
1294           for (int column = 0; column < alwidth; column++)
1295           {
1296             StringBuilder text = new StringBuilder(512);
1297             String triplet = null;
1298             if (av.getAlignment().isNucleotide())
1299             {
1300               triplet = ResidueProperties.nucleotideName
1301                       .get(seq.getCharAt(column) + "");
1302             }
1303             else
1304             {
1305               triplet = ResidueProperties.aa2Triplet
1306                       .get(seq.getCharAt(column) + "");
1307             }
1308
1309             if (triplet == null)
1310             {
1311               continue;
1312             }
1313
1314             int seqPos = seq.findPosition(column);
1315             int gSize = groups.length;
1316             for (int g = 0; g < gSize; g++)
1317             {
1318               if (text.length() < 1)
1319               {
1320                 text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1321                         .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1322                         .append(",").append(sy).append(",")
1323                         .append((idWidth
1324                                 + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1325                         .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1326                         .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1327                         .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1328               }
1329
1330               if (groups[g].getStartRes() < column
1331                       && groups[g].getEndRes() > column)
1332               {
1333                 text.append("<br><em>").append(groups[g].getName())
1334                         .append("</em>");
1335               }
1336             }
1337
1338             if (text.length() < 1)
1339             {
1340               text.append("<area shape=\"rect\" coords=\"")
1341                       .append((idWidth + column * av.getCharWidth()))
1342                       .append(",").append(sy).append(",")
1343                       .append((idWidth + (column + 1) * av.getCharWidth()))
1344                       .append(",").append((av.getCharHeight() + sy))
1345                       .append("\"").append(" onMouseOver=\"toolTip('")
1346                       .append(seqPos).append(" ").append(triplet);
1347             }
1348             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(column)))
1349             {
1350               List<SequenceFeature> features = seq.findFeatures(column,
1351                       column);
1352               for (SequenceFeature sf : features)
1353               {
1354                 if (sf.isContactFeature())
1355                 {
1356                   text.append("<br>").append(sf.getType()).append(" ")
1357                           .append(sf.getBegin()).append(":")
1358                           .append(sf.getEnd());
1359                 }
1360                 else
1361                 {
1362                   text.append("<br>");
1363                   text.append(sf.getType());
1364                   String description = sf.getDescription();
1365                   if (description != null
1366                           && !sf.getType().equals(description))
1367                   {
1368                     description = description.replace("\"", "&quot;");
1369                     text.append(" ").append(description);
1370                   }
1371                 }
1372                 String status = sf.getStatus();
1373                 if (status != null && !"".equals(status))
1374                 {
1375                   text.append(" (").append(status).append(")");
1376                 }
1377               }
1378               if (text.length() > 1)
1379               {
1380                 text.append("')\"; onMouseOut=\"toolTip()\";  href=\"#\">");
1381                 out.println(text.toString());
1382               }
1383             }
1384           }
1385         }
1386         out.println("</map></body></html>");
1387         out.close();
1388
1389       } catch (Exception ex)
1390       {
1391         ex.printStackTrace();
1392       }
1393     } // /////////END OF IMAGE MAP
1394
1395   }
1396
1397   /**
1398    * Answers the height of the entire alignment in pixels, assuming it is in
1399    * wrapped mode
1400    *
1401    * @return
1402    */
1403   int getWrappedHeight()
1404   {
1405     int seqPanelWidth = getSeqPanel().seqCanvas.getWidth();
1406
1407     if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
1408             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
1409     {
1410       seqPanelWidth = alignFrame.getWidth() - getVisibleIdWidth()
1411               - vscroll.getPreferredSize().width
1412               - alignFrame.getInsets().left - alignFrame.getInsets().right;
1413     }
1414
1415     int chunkWidth = getSeqPanel().seqCanvas
1416             .getWrappedCanvasWidth(seqPanelWidth);
1417
1418     int hgap = av.getCharHeight();
1419     if (av.getScaleAboveWrapped())
1420     {
1421       hgap += av.getCharHeight();
1422     }
1423
1424     int annotationHeight = 0;
1425     if (av.isShowAnnotation())
1426     {
1427       hgap += SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP;
1428       annotationHeight = getAnnotationPanel().adjustPanelHeight();
1429     }
1430
1431     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight() + hgap
1432             + annotationHeight;
1433
1434     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
1435     if (av.hasHiddenColumns())
1436     {
1437       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1438               .absoluteToVisibleColumn(maxwidth) - 1;
1439     }
1440
1441     int height = ((maxwidth / chunkWidth) + 1) * cHeight;
1442
1443     return height;
1444   }
1445
1446   /**
1447    * close the panel - deregisters all listeners and nulls any references to
1448    * alignment data.
1449    */
1450   public void closePanel()
1451   {
1452     PaintRefresher.RemoveComponent(getSeqPanel().seqCanvas);
1453     PaintRefresher.RemoveComponent(getIdPanel().getIdCanvas());
1454     PaintRefresher.RemoveComponent(this);
1455
1456     closeChildFrames();
1457
1458     /*
1459      * try to ensure references are nulled
1460      */
1461     if (annotationPanel != null)
1462     {
1463       annotationPanel.dispose();
1464       annotationPanel = null;
1465     }
1466
1467     if (av != null)
1468     {
1469       av.removePropertyChangeListener(propertyChangeListener);
1470       propertyChangeListener = null;
1471       StructureSelectionManager ssm = av.getStructureSelectionManager();
1472       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1473       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1474       ssm.removeCommandListener(av);
1475       ssm.removeStructureViewerListener(getSeqPanel(), null);
1476       ssm.removeSelectionListener(getSeqPanel());
1477       av.dispose();
1478       av = null;
1479     }
1480     else
1481     {
1482       if (Console.isDebugEnabled())
1483       {
1484         Console.warn("Closing alignment panel which is already closed.");
1485       }
1486     }
1487   }
1488
1489   /**
1490    * Close any open dialogs that would be orphaned when this one is closed
1491    */
1492   protected void closeChildFrames()
1493   {
1494     if (overviewPanel != null)
1495     {
1496       overviewPanel.dispose();
1497       overviewPanel = null;
1498     }
1499     if (calculationDialog != null)
1500     {
1501       calculationDialog.closeFrame();
1502       calculationDialog = null;
1503     }
1504   }
1505
1506   /**
1507    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1508    */
1509   public void updateAnnotation()
1510   {
1511     updateAnnotation(false, false);
1512   }
1513
1514   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1515   {
1516     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1517   }
1518
1519   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1520           boolean preserveNewGroupSettings)
1521   {
1522     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1523             preserveNewGroupSettings);
1524     adjustAnnotationHeight();
1525   }
1526
1527   @Override
1528   public AlignmentI getAlignment()
1529   {
1530     return av == null ? null : av.getAlignment();
1531   }
1532
1533   @Override
1534   public String getViewName()
1535   {
1536     return av.getViewName();
1537   }
1538
1539   /**
1540    * Make/Unmake this alignment panel the current input focus
1541    *
1542    * @param b
1543    */
1544   public void setSelected(boolean b)
1545   {
1546     try
1547     {
1548       if (alignFrame.getSplitViewContainer() != null)
1549       {
1550         /*
1551          * bring enclosing SplitFrame to front first if there is one
1552          */
1553         ((SplitFrame) alignFrame.getSplitViewContainer()).setSelected(b);
1554       }
1555       alignFrame.setSelected(b);
1556     } catch (Exception ex)
1557     {
1558     }
1559     if (b)
1560     {
1561       setAlignFrameView();
1562     }
1563   }
1564
1565   public void setAlignFrameView()
1566   {
1567     alignFrame.setDisplayedView(this);
1568   }
1569
1570   @Override
1571   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1572   {
1573     return av.getStructureSelectionManager();
1574   }
1575
1576   @Override
1577   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1578   {
1579     new OOMWarning(string, error, this);
1580   }
1581
1582   @Override
1583   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
1584   {
1585
1586     return new FeatureRenderer(this);
1587   }
1588
1589   @Override
1590   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
1591   {
1592     return seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer();
1593   }
1594
1595   public void updateFeatureRenderer(
1596           jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr)
1597   {
1598     fr.transferSettings(getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
1599   }
1600
1601   public void updateFeatureRendererFrom(jalview.api.FeatureRenderer fr)
1602   {
1603     if (getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer() != null)
1604     {
1605       getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().transferSettings(fr);
1606     }
1607   }
1608
1609   public ScalePanel getScalePanel()
1610   {
1611     return scalePanel;
1612   }
1613
1614   public void setScalePanel(ScalePanel scalePanel)
1615   {
1616     this.scalePanel = scalePanel;
1617   }
1618
1619   public SeqPanel getSeqPanel()
1620   {
1621     return seqPanel;
1622   }
1623
1624   public void setSeqPanel(SeqPanel seqPanel)
1625   {
1626     this.seqPanel = seqPanel;
1627   }
1628
1629   public AnnotationPanel getAnnotationPanel()
1630   {
1631     return annotationPanel;
1632   }
1633
1634   public void setAnnotationPanel(AnnotationPanel annotationPanel)
1635   {
1636     this.annotationPanel = annotationPanel;
1637   }
1638
1639   public AnnotationLabels getAlabels()
1640   {
1641     return alabels;
1642   }
1643
1644   public void setAlabels(AnnotationLabels alabels)
1645   {
1646     this.alabels = alabels;
1647   }
1648
1649   public IdPanel getIdPanel()
1650   {
1651     return idPanel;
1652   }
1653
1654   public void setIdPanel(IdPanel idPanel)
1655   {
1656     this.idPanel = idPanel;
1657   }
1658
1659   /**
1660    * Follow a scrolling change in the (cDNA/Protein) complementary alignment.
1661    * The aim is to keep the two alignments 'lined up' on their centre columns.
1662    *
1663    * @param sr
1664    *          holds mapped region(s) of this alignment that we are scrolling
1665    *          'to'; may be modified for sequence offset by this method
1666    * @param verticalOffset
1667    *          the number of visible sequences to show above the mapped region
1668    */
1669   protected void scrollToCentre(SearchResultsI sr, int verticalOffset)
1670   {
1671     scrollToPosition(sr, verticalOffset, true);
1672   }
1673
1674   /**
1675    * Set a flag to say do not scroll any (cDNA/protein) complement.
1676    *
1677    * @param b
1678    */
1679   protected void setToScrollComplementPanel(boolean b)
1680   {
1681     this.scrollComplementaryPanel = b;
1682   }
1683
1684   /**
1685    * Get whether to scroll complement panel
1686    *
1687    * @return true if cDNA/protein complement panels should be scrolled
1688    */
1689   protected boolean isSetToScrollComplementPanel()
1690   {
1691     return this.scrollComplementaryPanel;
1692   }
1693
1694   /**
1695    * Redraw sensibly.
1696    *
1697    * @adjustHeight if true, try to recalculate panel height for visible
1698    *               annotations
1699    */
1700   protected void refresh(boolean adjustHeight)
1701   {
1702     validateAnnotationDimensions(adjustHeight);
1703     addNotify();
1704     if (adjustHeight)
1705     {
1706       // sort, repaint, update overview
1707       paintAlignment(true, false);
1708     }
1709     else
1710     {
1711       // lightweight repaint
1712       repaint();
1713     }
1714   }
1715
1716   @Override
1717   /**
1718    * Property change event fired when a change is made to the viewport ranges
1719    * object associated with this alignment panel's viewport
1720    */
1721   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1722   {
1723     // update this panel's scroll values based on the new viewport ranges values
1724     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1725     int x = ranges.getStartRes();
1726     int y = ranges.getStartSeq();
1727     setScrollValues(x, y);
1728
1729     // now update any complementary alignment (its viewport ranges object
1730     // is different so does not get automatically updated)
1731     if (isSetToScrollComplementPanel())
1732     {
1733       setToScrollComplementPanel(false);
1734       av.scrollComplementaryAlignment();
1735       setToScrollComplementPanel(true);
1736     }
1737   }
1738
1739   /**
1740    * Set the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel. This
1741    * reference should be nulled when the dialog is closed.
1742    *
1743    * @param calculationChooser
1744    */
1745   public void setCalculationDialog(CalculationChooser calculationChooser)
1746   {
1747     calculationDialog = calculationChooser;
1748   }
1749
1750   /**
1751    * Returns the reference to the PCA/Tree chooser dialog for this panel (null
1752    * if none is open)
1753    */
1754   public CalculationChooser getCalculationDialog()
1755   {
1756     return calculationDialog;
1757   }
1758
1759   /**
1760    * Constructs and sets the title for the Overview window (if there is one),
1761    * including the align frame's title, and view name (if applicable). Returns
1762    * the title, or null if this panel has no Overview window open.
1763    *
1764    * @param alignFrame
1765    * @return
1766    */
1767   public String setOverviewTitle(AlignFrame alignFrame)
1768   {
1769     if (this.overviewPanel == null)
1770     {
1771       return null;
1772     }
1773     String overviewTitle = MessageManager
1774             .formatMessage("label.overview_params", new Object[]
1775             { alignFrame.getTitle() });
1776     String viewName = getViewName();
1777     if (viewName != null)
1778     {
1779       overviewTitle += (" " + viewName);
1780     }
1781     overviewPanel.setTitle(overviewTitle);
1782     return overviewTitle;
1783   }
1784
1785   /**
1786    * If this alignment panel has an Overview panel open, closes it
1787    */
1788   public void closeOverviewPanel()
1789   {
1790     if (overviewPanel != null)
1791     {
1792       overviewPanel.close();
1793       overviewPanel = null;
1794     }
1795   }
1796
1797 }