src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.regex.Pattern;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26 import java.awt.image.*;
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.io.*;
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class AnnotationLabels extends JPanel implements MouseListener,
  39         MouseMotionListener, ActionListener
  40 {
  41   static String TOGGLE_LABELSCALE = "Scale Label to Column";
  42
  43   static String ADDNEW = "Add New Row";
  44
  45   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  46
  47   static String HIDE = "Hide This Row";
  48
  49   static String DELETE = "Delete This Row";
  50
  51   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  52
  53   static String OUTPUT_TEXT = "Export Annotation";
  54
  55   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  56
  57   boolean resizePanel = false;
  58
  59   Image image;
  60
  61   AlignmentPanel ap;
  62
  63   AlignViewport av;
  64
  65   boolean resizing = false;
  66
  67   MouseEvent dragEvent;
  68
  69   int oldY;
  70
  71   int selectedRow;
  72
  73   int scrollOffset = 0;
  74
  75   Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  76
  77   private boolean hasHiddenRows;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new AnnotationLabels object.
  81    *
  82    * @param ap
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.ap = ap;
  88     av = ap.av;
  89     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  90
  91     java.net.URL url = getClass().getResource("/images/idwidth.gif");
  92     Image temp = null;
  93
  94     if (url != null)
  95     {
  96       temp = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  97     }
  98
  99     try
 100     {
 101       MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
 102       mt.addImage(temp, 0);
 103       mt.waitForID(0);
 104     } catch (Exception ex)
 105     {
 106     }
 107
 108     BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 109             temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 110     Graphics2D g = (Graphics2D) bi.getGraphics();
 111     g.rotate(Math.toRadians(90));
 112     g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this);
 113     image = (Image) bi;
 114
 115     addMouseListener(this);
 116     addMouseMotionListener(this);
 117   }
 118
 119   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 120   {
 121     this.av = av;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * DOCUMENT ME!
 126    *
 127    * @param y
 128    *          DOCUMENT ME!
 129    */
 130   public void setScrollOffset(int y)
 131   {
 132     scrollOffset = y;
 133     repaint();
 134   }
 135
 136   /**
 137    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 138    * y
 139    *
 140    * @param y
 141    *          coordinate position to search for a row
 142    */
 143   void getSelectedRow(int y)
 144   {
 145     int height = 0;
 146     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 147     selectedRow = -2;
 148     if (aa != null)
 149     {
 150       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 151       {
 152         selectedRow = -1;
 153         if (!aa[i].visible)
 154         {
 155           continue;
 156         }
 157
 158         height += aa[i].height;
 159
 160         if (y < height)
 161         {
 162           selectedRow = i;
 163
 164           break;
 165         }
 166       }
 167     }
 168   }
 169
 170   /**
 171    * DOCUMENT ME!
 172    *
 173    * @param evt
 174    *          DOCUMENT ME!
 175    */
 176   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 177   {
 178     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 179
 180     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 181     {
 182       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 183               null, new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]);
 184
 185       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 186       {
 187         return;
 188       }
 189
 190       ap.av.alignment.addAnnotation(newAnnotation);
 191       ap.av.alignment.setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 192     }
 193     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 194     {
 195       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 196       repaint();
 197     }
 198     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 199     {
 200       aa[selectedRow].visible = false;
 201     }
 202     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 203     {
 204       ap.av.alignment.deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 205     }
 206     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 207     {
 208       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 209       {
 210         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 211         {
 212           aa[i].visible = true;
 213         }
 214       }
 215     }
 216     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 217     {
 218       new AnnotationExporter().exportAnnotations(ap,
 219               new AlignmentAnnotation[]
 220               { aa[selectedRow] }, null, null);
 221     }
 222     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 223     {
 224       SequenceI cons = null;
 225       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 226       {
 227         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 228       }
 229       else
 230       {
 231         cons = av.getConsensusSeq();
 232       }
 233       if (cons != null)
 234       {
 235         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 236       }
 237
 238     }
 239     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 240     {
 241       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 242     }
 243
 244     ap.validateAnnotationDimensions(false);
 245     ap.addNotify();
 246     ap.repaint();
 247     //validate();
 248     //ap.paintAlignment(true);
 249   }
 250
 251   /**
 252    * DOCUMENT ME!
 253    *
 254    * @param e
 255    *          DOCUMENT ME!
 256    */
 257   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 258   {
 259     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 260             annotation.description, "       Annotation Name ",
 261             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 262             ap.alignFrame);
 263
 264     if (!dialog.accept)
 265     {
 266       return false;
 267     }
 268
 269     annotation.label = dialog.getName();
 270
 271     String text = dialog.getDescription();
 272     if (text != null && text.length() == 0)
 273     {
 274       text = null;
 275     }
 276     annotation.description = text;
 277
 278     return true;
 279   }
 280
 281   /**
 282    * DOCUMENT ME!
 283    *
 284    * @param evt
 285    *          DOCUMENT ME!
 286    */
 287   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 288   {
 289     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 290     oldY = evt.getY();
 291   }
 292
 293   /**
 294    * DOCUMENT ME!
 295    *
 296    * @param evt
 297    *          DOCUMENT ME!
 298    */
 299   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 300   {
 301     int start = selectedRow;
 302     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 303     int end = selectedRow;
 304
 305     if (start != end)
 306     {
 307       // Swap these annotations
 308       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.alignment
 309               .getAlignmentAnnotation()[start];
 310       if (end == -1)
 311       {
 312         end = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation().length - 1;
 313       }
 314       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[end];
 315
 316       ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 317       ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 318     }
 319
 320     resizePanel = false;
 321     dragEvent = null;
 322     repaint();
 323     ap.annotationPanel.repaint();
 324   }
 325
 326   /**
 327    * DOCUMENT ME!
 328    *
 329    * @param evt
 330    *          DOCUMENT ME!
 331    */
 332   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 333   {
 334     if (evt.getY() < 10)
 335     {
 336       resizePanel = true;
 337       repaint();
 338     }
 339   }
 340
 341   /**
 342    * DOCUMENT ME!
 343    *
 344    * @param evt
 345    *          DOCUMENT ME!
 346    */
 347   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 348   {
 349     if (dragEvent == null)
 350     {
 351       resizePanel = false;
 352       repaint();
 353     }
 354   }
 355
 356   /**
 357    * DOCUMENT ME!
 358    *
 359    * @param evt
 360    *          DOCUMENT ME!
 361    */
 362   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 363   {
 364     dragEvent = evt;
 365
 366     if (resizePanel)
 367     {
 368       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 369       int dif = evt.getY() - oldY;
 370
 371       dif /= ap.av.charHeight;
 372       dif *= ap.av.charHeight;
 373
 374       if ((d.height - dif) > 20)
 375       {
 376         ap.annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(d.width,
 377                 d.height - dif));
 378         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 379         ap.annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(
 380                 d.width, d.height - dif));
 381         ap.paintAlignment(true);
 382       }
 383
 384       ap.addNotify();
 385     }
 386     else
 387     {
 388       repaint();
 389     }
 390   }
 391
 392   /**
 393    * DOCUMENT ME!
 394    *
 395    * @param evt
 396    *          DOCUMENT ME!
 397    */
 398   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 399   {
 400     resizePanel = evt.getY() < 10;
 401
 402     getSelectedRow(evt.getY() - scrollOffset);
 403
 404     if (selectedRow > -1
 405             && ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 406     {
 407       AlignmentAnnotation aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 408
 409       StringBuffer desc = new StringBuffer();
 410       if (aa.description != null
 411               && !aa.description.equals("New description"))
 412       {
 413         // TODO: we could refactor and merge this code with the code in jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature tooltips
 414         desc.append(aa.getDescription(true).trim());
 415         // check to see if the description is an html fragment.
 416         if (desc.length()<6 || (desc.substring(0,6).toLowerCase().indexOf("<html>")<0))
 417         {
 418           // clean the description ready for embedding in html
 419           desc = new StringBuffer(Pattern.compile("<").matcher(desc).replaceAll("&lt;"));
 420           desc.insert(0, "<html>");
 421         } else {
 422                 // remove terminating html if any
 423                 int i=desc.substring(desc.length()-7).toLowerCase().lastIndexOf("</html>");
 424                 if (i>-1) {
 425                   desc.setLength(desc.length()-7+i);
 426                 }
 427         }
 428         if (aa.hasScore())
 429         {
 430           desc.append("<br/>");
 431         }
 432
 433
 434       } else {
 435         // begin the tooltip's html fragment
 436         desc.append("<html>");
 437       }
 438       if (aa.hasScore())
 439       {
 440         // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise doubles (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 441         desc.append(" Score: " + aa.score);
 442       }
 443
 444       if (desc.length() > 6)
 445       {
 446         desc.append("</html>");
 447         System.err.println(desc.toString());
 448         this.setToolTipText(desc.toString());
 449       }
 450       else
 451         this.setToolTipText(null);
 452     }
 453
 454   }
 455
 456   /**
 457    * DOCUMENT ME!
 458    *
 459    * @param evt
 460    *          DOCUMENT ME!
 461    */
 462   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 463   {
 464     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 465     if (SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 466     {
 467       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 468       {
 469         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 470         {
 471           if (evt.getClickCount() >= 2)
 472           {
 473             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first click highlights/scrolls, second selects
 474             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 475             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 476             aa[selectedRow].groupRef); // );
 477             ap.paintAlignment(false);
 478             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 479             ap.av.sendSelection();
 480           }
 481           else
 482           {
 483             ap.seqPanel.ap.idPanel
 484                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 485                             .getSequences(null));
 486           }
 487           return;
 488         }
 489         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 490         {
 491           Vector sr = new Vector();
 492           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 493           if (evt.getClickCount() == 1)
 494           {
 495             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 496           }
 497           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 498           {
 499             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 500             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 501             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 502             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 503             ap.av.sendSelection();
 504             ap.paintAlignment(false);
 505             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 506           }
 507
 508         }
 509       }
 510     }
 511     if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 512     {
 513       return;
 514     }
 515
 516     JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Annotations");
 517     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 518     item.addActionListener(this);
 519     pop.add(item);
 520     if (selectedRow < 0)
 521     {
 522       if (hasHiddenRows)
 523       { // let the user make everything visible again
 524         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 525         item.addActionListener(this);
 526         pop.add(item);
 527       }
 528       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 529       return;
 530     }
 531     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 532     item.addActionListener(this);
 533     pop.add(item);
 534     item = new JMenuItem(HIDE);
 535     item.addActionListener(this);
 536     pop.add(item);
 537     item = new JMenuItem(DELETE);
 538     item.addActionListener(this);
 539     pop.add(item);
 540     if (hasHiddenRows)
 541     {
 542       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 543       item.addActionListener(this);
 544       pop.add(item);
 545     }
 546     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 547     item.addActionListener(this);
 548     pop.add(item);
 549     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 550     // property methods
 551     if (selectedRow < aa.length)
 552     {
 553       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 554       {
 555         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 556         {
 557           // display formatting settings for this row.
 558           pop.addSeparator();
 559           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 560           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 561                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 562           item.addActionListener(this);
 563           pop.add(item);
 564         }
 565       }
 566       else if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 567       {
 568         pop.addSeparator();
 569         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 570         final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 571                 "Ignore Gaps In Consensus",
 572                 (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 573                         .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 574                         .getIgnoreGapsConsensus());
 575         final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 576         cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 577         {
 578           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 579           {
 580             if (aaa.groupRef != null)
 581             {
 582               // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 583               aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 584               ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 585             }
 586             else
 587             {
 588               ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 589             }
 590           }
 591         });
 592         pop.add(cbmi);
 593         // av and sequencegroup need to implement same interface for
 594         if (aaa.groupRef != null)
 595         {
 596           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 597                   "Show Group Histogram",
 598                   aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 599           chist.addActionListener(new ActionListener()
 600           {
 601             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 602             {
 603               // TODO: pass on reference
 604               // to ap
 605               // so the
 606               // view
 607               // can be
 608               // updated.
 609               aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 610               ap.repaint();
 611               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 612             }
 613           });
 614           pop.add(chist);
 615           final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 616                   "Show Group Logo",
 617                   aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 618           cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 619           {
 620             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 621             {
 622               // TODO: pass on reference
 623               // to ap
 624               // so the
 625               // view
 626               // can be
 627               // updated.
 628               aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 629               ap.repaint();
 630               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 631             }
 632           });
 633           pop.add(cprofl);
 634         }
 635         else
 636         {
 637           final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 638                   "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 639           chist.addActionListener(new ActionListener()
 640           {
 641             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 642             {
 643               // TODO: pass on reference
 644               // to ap
 645               // so the
 646               // view
 647               // can be
 648               // updated.
 649               av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 650               ap.repaint();
 651               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 652             }
 653           });
 654           pop.add(chist);
 655           final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 656                   "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 657           cprof.addActionListener(new ActionListener()
 658           {
 659             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 660             {
 661               // TODO: pass on reference
 662               // to ap
 663               // so the
 664               // view
 665               // can be
 666               // updated.
 667               av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 668               ap.repaint();
 669               // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 670             }
 671           });
 672           pop.add(cprof);
 673         }
 674         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 675         consclipbrd.addActionListener(this);
 676         pop.add(consclipbrd);
 677       }
 678     }
 679     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 680   }
 681
 682   /**
 683    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 684    *
 685    * @param sq
 686    *          sequence to be copied to clipboard
 687    */
 688   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 689   {
 690     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 691     { sq };
 692     String[] omitHidden = null;
 693     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[]
 694     { sq.getDatasetSequence() };
 695     if (dseqs[0] == null)
 696     {
 697       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 698       dseqs[0].setSequence(jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps(
 699               jalview.util.Comparison.GapChars, sq.getSequenceAsString()));
 700
 701       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 702     }
 703     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 704     if (av.hasHiddenColumns)
 705     {
 706       omitHidden = av.getColumnSelection().getVisibleSequenceStrings(0,
 707               sq.getLength(), seqs);
 708     }
 709
 710     String output = new FormatAdapter().formatSequences("Fasta", seqs,
 711             omitHidden);
 712
 713     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 714             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 715
 716     Vector hiddenColumns = null;
 717     if (av.hasHiddenColumns)
 718     {
 719       hiddenColumns = new Vector();
 720       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 721       {
 722         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 723                 .elementAt(i);
 724
 725         hiddenColumns.addElement(new int[]
 726         { region[0], region[1] });
 727       }
 728     }
 729
 730     Desktop.jalviewClipboard = new Object[]
 731     { seqs, ds, // what is the dataset of a consensus sequence ? need to flag
 732         // sequence as special.
 733         hiddenColumns };
 734   }
 735
 736   /**
 737    * DOCUMENT ME!
 738    *
 739    * @param g1
 740    *          DOCUMENT ME!
 741    */
 742   public void paintComponent(Graphics g)
 743   {
 744
 745     int width = getWidth();
 746     if (width == 0)
 747     {
 748       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 749     }
 750
 751     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 752     if (av.antiAlias)
 753     {
 754       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 755               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 756     }
 757
 758     drawComponent(g2, width);
 759
 760   }
 761
 762   /**
 763    * DOCUMENT ME!
 764    *
 765    * @param g
 766    *          DOCUMENT ME!
 767    */
 768   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 769   {
 770     if (av.getFont().getSize() < 10)
 771     {
 772       g.setFont(font);
 773     }
 774     else
 775     {
 776       g.setFont(av.getFont());
 777     }
 778
 779     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
 780     g.setColor(Color.white);
 781     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 782
 783     g.translate(0, scrollOffset);
 784     g.setColor(Color.black);
 785
 786     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 787     int fontHeight = g.getFont().getSize();
 788     int y = 0;
 789     int x = 0;
 790     int graphExtras = 0;
 791     int offset = 0;
 792
 793     if (aa != null)
 794     {
 795       hasHiddenRows = false;
 796       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 797       {
 798         g.setColor(Color.black);
 799
 800         if (!aa[i].visible)
 801         {
 802           hasHiddenRows = true;
 803           continue;
 804         }
 805
 806         y += aa[i].height;
 807
 808         offset = -aa[i].height / 2;
 809
 810         if (aa[i].hasText)
 811         {
 812           offset += fm.getHeight() / 2;
 813           offset -= fm.getDescent();
 814         }
 815         else
 816           offset += fm.getDescent();
 817
 818         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 819
 820         if (aa[i].graphGroup > -1)
 821         {
 822           int groupSize = 0;
 823           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 824           {
 825             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 826             {
 827               groupSize++;
 828             }
 829           }
 830
 831           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
 832           {
 833             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8))) / 2;
 834           }
 835
 836           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
 837           {
 838             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
 839             {
 840               x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
 841               g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
 842               if (aa[gg].annotations[0] != null)
 843               {
 844                 g.setColor(aa[gg].annotations[0].colour);
 845               }
 846
 847               g.drawLine(x, y - graphExtras - 3,
 848                       x + fm.stringWidth(aa[gg].label), y - graphExtras - 3);
 849
 850               g.setColor(Color.black);
 851               graphExtras += fontHeight + 8;
 852             }
 853           }
 854         }
 855         else
 856         {
 857           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 858         }
 859       }
 860     }
 861
 862     if (resizePanel)
 863     {
 864       g.drawImage(image, 2, 0 - scrollOffset, this);
 865     }
 866     else if (dragEvent != null && aa != null)
 867     {
 868       g.setColor(Color.lightGray);
 869       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 870               dragEvent.getY() - scrollOffset);
 871     }
 872
 873     if ((aa == null) || (aa.length < 1))
 874     {
 875       g.drawString("Right click", 2, 8);
 876       g.drawString("to add annotation", 2, 18);
 877     }
 878   }
 879 }