src/jalview/gui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.io.FileFormat;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.util.Comparison;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.util.Platform;
  37
  38 import java.awt.Color;
  39 import java.awt.Cursor;
  40 import java.awt.Dimension;
  41 import java.awt.Font;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.Graphics2D;
  45 import java.awt.RenderingHints;
  46 import java.awt.Toolkit;
  47 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  48 import java.awt.event.ActionEvent;
  49 import java.awt.event.ActionListener;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.awt.geom.AffineTransform;
  54 import java.util.Arrays;
  55 import java.util.Collections;
  56 import java.util.Iterator;
  57
  58 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  59 import javax.swing.JMenuItem;
  60 import javax.swing.JPanel;
  61 import javax.swing.JPopupMenu;
  62 import javax.swing.SwingUtilities;
  63 import javax.swing.ToolTipManager;
  64
  65 /**
  66  * The panel that holds the labels for alignment annotations, providing
  67  * tooltips, context menus, drag to reorder rows, and drag to adjust panel
  68  * height
  69  */
  70 public class AnnotationLabels extends JPanel
  71         implements MouseListener, MouseMotionListener, ActionListener
  72 {
  73   private static final String HTML_END_TAG = "</html>";
  74
  75   private static final String HTML_START_TAG = "<html>";
  76
  77   /**
  78    * width in pixels within which height adjuster arrows are shown and active
  79    */
  80   private static final int HEIGHT_ADJUSTER_WIDTH = 50;
  81
  82   /**
  83    * height in pixels for allowing height adjuster to be active
  84    */
  85   private static int HEIGHT_ADJUSTER_HEIGHT = 10;
  86
  87   private static final Font font = new Font("Arial", Font.PLAIN, 11);
  88
  89   private static final String TOGGLE_LABELSCALE = MessageManager
  90           .getString("label.scale_label_to_column");
  91
  92   private static final String ADDNEW = MessageManager
  93           .getString("label.add_new_row");
  94
  95   private static final String EDITNAME = MessageManager
  96           .getString("label.edit_label_description");
  97
  98   private static final String HIDE = MessageManager
  99           .getString("label.hide_row");
 100
 101   private static final String DELETE = MessageManager
 102           .getString("label.delete_row");
 103
 104   private static final String SHOWALL = MessageManager
 105           .getString("label.show_all_hidden_rows");
 106
 107   private static final String OUTPUT_TEXT = MessageManager
 108           .getString("label.export_annotation");
 109
 110   private static final String COPYCONS_SEQ = MessageManager
 111           .getString("label.copy_consensus_sequence");
 112
 113   private final boolean debugRedraw = false;
 114
 115   private AlignmentPanel ap;
 116
 117   AlignViewport av;
 118
 119   private MouseEvent dragEvent;
 120
 121   private int oldY;
 122
 123   private int selectedRow;
 124
 125   private int scrollOffset = 0;
 126
 127   private boolean hasHiddenRows;
 128
 129   private boolean resizePanel = false;
 130
 131   /**
 132    * Creates a new AnnotationLabels object
 133    *
 134    * @param ap
 135    */
 136   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
 137   {
 138     this.ap = ap;
 139     av = ap.av;
 140     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 141
 142     addMouseListener(this);
 143     addMouseMotionListener(this);
 144     addMouseWheelListener(ap.getAnnotationPanel());
 145   }
 146
 147   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 148   {
 149     this.av = av;
 150   }
 151
 152   /**
 153    * DOCUMENT ME!
 154    *
 155    * @param y
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    */
 158   public void setScrollOffset(int y)
 159   {
 160     scrollOffset = y;
 161     repaint();
 162   }
 163
 164   /**
 165    * sets selectedRow to -2 if no annotation preset, -1 if no visible row is at
 166    * y
 167    *
 168    * @param y
 169    *          coordinate position to search for a row
 170    */
 171   void getSelectedRow(int y)
 172   {
 173     int height = 0;
 174     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 175             .getAlignmentAnnotation();
 176     selectedRow = -2;
 177     if (aa != null)
 178     {
 179       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 180       {
 181         selectedRow = -1;
 182         if (!aa[i].visible)
 183         {
 184           continue;
 185         }
 186
 187         height += aa[i].height;
 188
 189         if (y < height)
 190         {
 191           selectedRow = i;
 192
 193           break;
 194         }
 195       }
 196     }
 197   }
 198
 199   /**
 200    * DOCUMENT ME!
 201    *
 202    * @param evt
 203    *          DOCUMENT ME!
 204    */
 205   @Override
 206   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 207   {
 208     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 209             .getAlignmentAnnotation();
 210
 211     boolean fullRepaint = false;
 212     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 213     {
 214       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation(null,
 215               null, new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 216
 217       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 218       {
 219         return;
 220       }
 221
 222       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 223       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 224       fullRepaint = true;
 225     }
 226     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 227     {
 228       String name = aa[selectedRow].label;
 229       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 230       if (!name.equalsIgnoreCase(aa[selectedRow].label))
 231       {
 232         fullRepaint = true;
 233       }
 234     }
 235     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 236     {
 237       aa[selectedRow].visible = false;
 238     }
 239     else if (evt.getActionCommand().equals(DELETE))
 240     {
 241       ap.av.getAlignment().deleteAnnotation(aa[selectedRow]);
 242       ap.av.getCalcManager().removeWorkerForAnnotation(aa[selectedRow]);
 243       fullRepaint = true;
 244     }
 245     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 246     {
 247       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 248       {
 249         if (!aa[i].visible && aa[i].annotations != null)
 250         {
 251           aa[i].visible = true;
 252         }
 253       }
 254       fullRepaint = true;
 255     }
 256     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 257     {
 258       new AnnotationExporter(ap).exportAnnotation(aa[selectedRow]);
 259     }
 260     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 261     {
 262       SequenceI cons = null;
 263       if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 264       {
 265         cons = aa[selectedRow].groupRef.getConsensusSeq();
 266       }
 267       else
 268       {
 269         cons = av.getConsensusSeq();
 270       }
 271       if (cons != null)
 272       {
 273         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 274       }
 275
 276     }
 277     else if (evt.getActionCommand().equals(TOGGLE_LABELSCALE))
 278     {
 279       aa[selectedRow].scaleColLabel = !aa[selectedRow].scaleColLabel;
 280     }
 281
 282     ap.refresh(fullRepaint);
 283
 284   }
 285
 286   /**
 287    * DOCUMENT ME!
 288    *
 289    * @param e
 290    *          DOCUMENT ME!
 291    */
 292   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 293   {
 294     // TODO i18n
 295     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 296             annotation.description, "       Annotation Name ",
 297             "Annotation Description ", "Edit Annotation Name/Description",
 298             ap.alignFrame);
 299
 300     if (!dialog.accept)
 301     {
 302       return false;
 303     }
 304
 305     annotation.label = dialog.getName();
 306
 307     String text = dialog.getDescription();
 308     if (text != null && text.length() == 0)
 309     {
 310       text = null;
 311     }
 312     annotation.description = text;
 313
 314     return true;
 315   }
 316
 317   @Override
 318   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 319   {
 320     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 321     oldY = evt.getY();
 322     if (evt.isPopupTrigger())
 323     {
 324       showPopupMenu(evt);
 325     }
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Build and show the Pop-up menu at the right-click mouse position
 330    *
 331    * @param evt
 332    */
 333   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
 334   {
 335     evt.consume();
 336     final AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 337             .getAlignmentAnnotation();
 338
 339     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 340             MessageManager.getString("label.annotations"));
 341     JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 342     item.addActionListener(this);
 343     pop.add(item);
 344     if (selectedRow < 0)
 345     {
 346       if (hasHiddenRows)
 347       { // let the user make everything visible again
 348         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 349         item.addActionListener(this);
 350         pop.add(item);
 351       }
 352       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 353       return;
 354     }
 355     item = new JMenuItem(EDITNAME);
 356     item.addActionListener(this);
 357     pop.add(item);
 358     item = new JMenuItem(HIDE);
 359     item.addActionListener(this);
 360     pop.add(item);
 361     // JAL-1264 hide all sequence-specific annotations of this type
 362     if (selectedRow < aa.length)
 363     {
 364       if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 365       {
 366         final String label = aa[selectedRow].label;
 367         JMenuItem hideType = new JMenuItem();
 368         String text = MessageManager.getString("label.hide_all") + " "
 369                 + label;
 370         hideType.setText(text);
 371         hideType.addActionListener(new ActionListener()
 372         {
 373           @Override
 374           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 375           {
 376             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 377                     ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
 378                     null, false, false);
 379             ap.refresh(true);
 380           }
 381         });
 382         pop.add(hideType);
 383       }
 384     }
 385     item = new JMenuItem(DELETE);
 386     item.addActionListener(this);
 387     pop.add(item);
 388     if (hasHiddenRows)
 389     {
 390       item = new JMenuItem(SHOWALL);
 391       item.addActionListener(this);
 392       pop.add(item);
 393     }
 394     item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 395     item.addActionListener(this);
 396     pop.add(item);
 397     // TODO: annotation object should be typed for autocalculated/derived
 398     // property methods
 399     if (selectedRow < aa.length)
 400     {
 401       final String label = aa[selectedRow].label;
 402       if (!aa[selectedRow].autoCalculated)
 403       {
 404         if (aa[selectedRow].graph == AlignmentAnnotation.NO_GRAPH)
 405         {
 406           // display formatting settings for this row.
 407           pop.addSeparator();
 408           // av and sequencegroup need to implement same interface for
 409           item = new JCheckBoxMenuItem(TOGGLE_LABELSCALE,
 410                   aa[selectedRow].scaleColLabel);
 411           item.addActionListener(this);
 412           pop.add(item);
 413         }
 414       }
 415       else if (label.indexOf("Consensus") > -1)
 416       {
 417         addConsensusMenuOptions(ap, aa[selectedRow], pop);
 418
 419         final JMenuItem consclipbrd = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 420         consclipbrd.addActionListener(this);
 421         pop.add(consclipbrd);
 422       }
 423     }
 424     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 425   }
 426
 427   /**
 428    * A helper method that adds menu options for calculation and visualisation of
 429    * group and/or alignment consensus annotation to a popup menu. This is
 430    * designed to be reusable for either unwrapped mode (popup menu is shown on
 431    * component AnnotationLabels), or wrapped mode (popup menu is shown on
 432    * IdPanel when the mouse is over an annotation label).
 433    *
 434    * @param ap
 435    * @param ann
 436    * @param pop
 437    */
 438   static void addConsensusMenuOptions(AlignmentPanel ap,
 439           AlignmentAnnotation ann,
 440           JPopupMenu pop)
 441   {
 442     pop.addSeparator();
 443
 444     final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 445             MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 446             (ann.groupRef != null) ? ann.groupRef.getIgnoreGapsConsensus()
 447                     : ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 448     final AlignmentAnnotation aaa = ann;
 449     cbmi.addActionListener(new ActionListener()
 450     {
 451       @Override
 452       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 453       {
 454         if (aaa.groupRef != null)
 455         {
 456           aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 457           ap.getAnnotationPanel()
 458                   .paint(ap.getAnnotationPanel().getGraphics());
 459         }
 460         else
 461         {
 462           ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 463         }
 464         ap.alignmentChanged();
 465       }
 466     });
 467     pop.add(cbmi);
 468
 469     if (aaa.groupRef != null)
 470     {
 471       /*
 472        * group consensus options
 473        */
 474       final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 475               MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 476               ann.groupRef.isShowConsensusHistogram());
 477       chist.addActionListener(new ActionListener()
 478       {
 479         @Override
 480         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 481         {
 482           aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 483           ap.repaint();
 484         }
 485       });
 486       pop.add(chist);
 487       final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 488               MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 489               ann.groupRef.isShowSequenceLogo());
 490       cprofl.addActionListener(new ActionListener()
 491       {
 492         @Override
 493         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 494         {
 495           aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 496           ap.repaint();
 497         }
 498       });
 499       pop.add(cprofl);
 500       final JCheckBoxMenuItem cproflnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 501               MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 502               ann.groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 503       cproflnorm.addActionListener(new ActionListener()
 504       {
 505         @Override
 506         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 507         {
 508           aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cproflnorm.getState());
 509           // automatically enable logo display if we're clicked
 510           aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 511           ap.repaint();
 512         }
 513       });
 514       pop.add(cproflnorm);
 515     }
 516     else
 517     {
 518       /*
 519        * alignment consensus options
 520        */
 521       final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 522               MessageManager.getString("label.show_histogram"),
 523               ap.av.isShowConsensusHistogram());
 524       chist.addActionListener(new ActionListener()
 525       {
 526         @Override
 527         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 528         {
 529           ap.av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 530           ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 531           ap.repaint();
 532         }
 533       });
 534       pop.add(chist);
 535       final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 536               MessageManager.getString("label.show_logo"),
 537               ap.av.isShowSequenceLogo());
 538       cprof.addActionListener(new ActionListener()
 539       {
 540         @Override
 541         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 542         {
 543           ap.av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 544           ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 545           ap.repaint();
 546         }
 547       });
 548       pop.add(cprof);
 549       final JCheckBoxMenuItem cprofnorm = new JCheckBoxMenuItem(
 550               MessageManager.getString("label.normalise_logo"),
 551               ap.av.isNormaliseSequenceLogo());
 552       cprofnorm.addActionListener(new ActionListener()
 553       {
 554         @Override
 555         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 556         {
 557           ap.av.setShowSequenceLogo(true);
 558           ap.av.setNormaliseSequenceLogo(cprofnorm.getState());
 559           ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 560           ap.repaint();
 561         }
 562       });
 563       pop.add(cprofnorm);
 564     }
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Reorders annotation rows after a drag of a label
 569    *
 570    * @param evt
 571    */
 572   @Override
 573   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 574   {
 575     if (evt.isPopupTrigger())
 576     {
 577       showPopupMenu(evt);
 578       return;
 579     }
 580
 581     int start = selectedRow;
 582     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 583     int end = selectedRow;
 584
 585     /*
 586      * if dragging to resize instead, start == end
 587      */
 588     if (start != end)
 589     {
 590       // Swap these annotations
 591       AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 592               .getAlignmentAnnotation()[start];
 593       if (end == -1)
 594       {
 595         end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 596       }
 597       AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 598               .getAlignmentAnnotation()[end];
 599
 600       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 601       ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 602     }
 603
 604     resizePanel = false;
 605     dragEvent = null;
 606     repaint();
 607     ap.getAnnotationPanel().repaint();
 608   }
 609
 610   /**
 611    * Removes the height adjuster image on leaving the panel, unless currently
 612    * dragging it
 613    */
 614   @Override
 615   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 616   {
 617     if (resizePanel && dragEvent == null)
 618     {
 619       resizePanel = false;
 620       repaint();
 621     }
 622   }
 623
 624   /**
 625    * A mouse drag may be either an adjustment of the panel height (if flag
 626    * resizePanel is set on), or a reordering of the annotation rows. The former
 627    * is dealt with by this method, the latter in mouseReleased.
 628    *
 629    * @param evt
 630    */
 631   @Override
 632   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 633   {
 634     dragEvent = evt;
 635
 636     if (resizePanel)
 637     {
 638       Dimension d = ap.annotationScroller.getPreferredSize();
 639       int dif = evt.getY() - oldY;
 640
 641       dif /= ap.av.getCharHeight();
 642       dif *= ap.av.getCharHeight();
 643
 644       if ((d.height - dif) > 20)
 645       {
 646         ap.annotationScroller
 647                 .setPreferredSize(new Dimension(d.width, d.height - dif));
 648         d = ap.annotationSpaceFillerHolder.getPreferredSize();
 649         ap.annotationSpaceFillerHolder
 650                 .setPreferredSize(new Dimension(d.width, d.height - dif));
 651         ap.paintAlignment(true, false);
 652       }
 653
 654       ap.addNotify();
 655     }
 656     else
 657     {
 658       repaint();
 659     }
 660   }
 661
 662   /**
 663    * Updates the tooltip as the mouse moves over the labels
 664    *
 665    * @param evt
 666    */
 667   @Override
 668   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 669   {
 670     showOrHideAdjuster(evt);
 671
 672     getSelectedRow(evt.getY() - getScrollOffset());
 673
 674     if (selectedRow > -1 && ap.av.getAlignment()
 675             .getAlignmentAnnotation().length > selectedRow)
 676     {
 677       AlignmentAnnotation aa = ap.av.getAlignment()
 678               .getAlignmentAnnotation()[selectedRow];
 679
 680       String desc = getTooltip(aa);
 681       this.setToolTipText(desc);
 682     }
 683   }
 684
 685   /**
 686    * Answers a tooltip, formatted as html, containing the annotation description
 687    * (prefixed by associated sequence id if applicable), and the annotation
 688    * (non-positional) score if it has one. Answers null if neither description
 689    * nor score is found.
 690    *
 691    * @param aa
 692    * @return
 693    */
 694   static String getTooltip(AlignmentAnnotation aa)
 695   {
 696     if (aa == null)
 697     {
 698       return null;
 699     }
 700     StringBuilder tooltip = new StringBuilder();
 701     if (aa.description != null && !aa.description.equals("New description"))
 702     {
 703       // TODO: we could refactor and merge this code with the code in
 704       // jalview.gui.SeqPanel.mouseMoved(..) that formats sequence feature
 705       // tooltips
 706       String desc = aa.getDescription(true).trim();
 707       if (!desc.toLowerCase().startsWith(HTML_START_TAG))
 708       {
 709         tooltip.append(HTML_START_TAG);
 710         desc = desc.replace("<", "&lt;");
 711       }
 712       else if (desc.toLowerCase().endsWith(HTML_END_TAG))
 713       {
 714         desc = desc.substring(0, desc.length() - HTML_END_TAG.length());
 715       }
 716       tooltip.append(desc);
 717     }
 718     else
 719     {
 720       // begin the tooltip's html fragment
 721       tooltip.append(HTML_START_TAG);
 722     }
 723     if (aa.hasScore())
 724     {
 725       if (tooltip.length() > HTML_START_TAG.length())
 726       {
 727         tooltip.append("<br/>");
 728       }
 729       // TODO: limit precision of score to avoid noise from imprecise
 730       // doubles
 731       // (64.7 becomes 64.7+/some tiny value).
 732       tooltip.append(" Score: ").append(String.valueOf(aa.score));
 733     }
 734
 735     if (tooltip.length() > HTML_START_TAG.length())
 736     {
 737       return tooltip.append(HTML_END_TAG).toString();
 738     }
 739
 740     /*
 741      * nothing in the tooltip (except "<html>")
 742      */
 743     return null;
 744   }
 745
 746   /**
 747    * Shows the height adjuster image if the mouse moves into the top left
 748    * region, or hides it if the mouse leaves the regio
 749    *
 750    * @param evt
 751    */
 752   protected void showOrHideAdjuster(MouseEvent evt)
 753   {
 754     boolean was = resizePanel;
 755     resizePanel = evt.getY() < HEIGHT_ADJUSTER_HEIGHT && evt.getX() < HEIGHT_ADJUSTER_WIDTH;
 756
 757     if (resizePanel != was)
 758     {
 759       setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(
 760               resizePanel ? Cursor.S_RESIZE_CURSOR
 761                       : Cursor.DEFAULT_CURSOR));
 762       repaint();
 763     }
 764   }
 765
 766   @Override
 767   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 768   {
 769     final AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 770             .getAlignmentAnnotation();
 771     if (!evt.isPopupTrigger() && SwingUtilities.isLeftMouseButton(evt))
 772     {
 773       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 774       {
 775         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 776         {
 777           if (evt.getClickCount() >= 2)
 778           {
 779             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 780             // click highlights/scrolls, second selects
 781             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 782             // process modifiers
 783             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 784             if (sg == null || sg == aa[selectedRow].groupRef
 785                     || !(Platform.isControlDown(evt) || evt.isShiftDown()))
 786             {
 787               if (Platform.isControlDown(evt) || evt.isShiftDown())
 788               {
 789                 // clone a new selection group from the associated group
 790                 ap.av.setSelectionGroup(
 791                         new SequenceGroup(aa[selectedRow].groupRef));
 792               }
 793               else
 794               {
 795                 // set selection to the associated group so it can be edited
 796                 ap.av.setSelectionGroup(aa[selectedRow].groupRef);
 797               }
 798             }
 799             else
 800             {
 801               // modify current selection with associated group
 802               int remainToAdd = aa[selectedRow].groupRef.getSize();
 803               for (SequenceI sgs : aa[selectedRow].groupRef.getSequences())
 804               {
 805                 if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt))
 806                 {
 807                   sg.addOrRemove(sgs, --remainToAdd == 0);
 808                 }
 809                 else
 810                 {
 811                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
 812                   // last added sequence ?
 813                   sg.addSequence(sgs, --remainToAdd == 0);
 814                 }
 815               }
 816             }
 817
 818             ap.paintAlignment(false, false);
 819             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 820             ap.av.sendSelection();
 821           }
 822           else
 823           {
 824             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(
 825                     aa[selectedRow].groupRef.getSequences(null));
 826           }
 827           return;
 828         }
 829         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 830         {
 831           if (evt.getClickCount() == 1)
 832           {
 833             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel()
 834                     .highlightSearchResults(Arrays.asList(new SequenceI[]
 835                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 836           }
 837           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 838           {
 839             ap.getSeqPanel().ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 840             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 841             if (sg != null)
 842             {
 843               // we make a copy rather than edit the current selection if no
 844               // modifiers pressed
 845               // see Enhancement JAL-1557
 846               if (!(Platform.isControlDown(evt) || evt.isShiftDown()))
 847               {
 848                 sg = new SequenceGroup(sg);
 849                 sg.clear();
 850                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 851               }
 852               else
 853               {
 854                 if (Platform.isControlDown(evt))
 855                 {
 856                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 857                 }
 858                 else
 859                 {
 860                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
 861                   // last added sequence ?
 862                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 863                 }
 864               }
 865             }
 866             else
 867             {
 868               sg = new SequenceGroup();
 869               sg.setStartRes(0);
 870               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth() - 1);
 871               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 872             }
 873             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 874             ap.paintAlignment(false, false);
 875             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 876             ap.av.sendSelection();
 877           }
 878
 879         }
 880       }
 881       return;
 882     }
 883   }
 884
 885   /**
 886    * do a single sequence copy to jalview and the system clipboard
 887    *
 888    * @param sq
 889    *          sequence to be copied to clipboard
 890    */
 891   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 892   {
 893     SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { sq };
 894     String[] omitHidden = null;
 895     SequenceI[] dseqs = new SequenceI[] { sq.getDatasetSequence() };
 896     if (dseqs[0] == null)
 897     {
 898       dseqs[0] = new Sequence(sq);
 899       dseqs[0].setSequence(AlignSeq.extractGaps(Comparison.GapChars,
 900               sq.getSequenceAsString()));
 901
 902       sq.setDatasetSequence(dseqs[0]);
 903     }
 904     Alignment ds = new Alignment(dseqs);
 905     if (av.hasHiddenColumns())
 906     {
 907       Iterator<int[]> it = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 908               .getVisContigsIterator(0, sq.getLength(), false);
 909       omitHidden = new String[] { sq.getSequenceStringFromIterator(it) };
 910     }
 911
 912     int[] alignmentStartEnd = new int[] { 0, ds.getWidth() - 1 };
 913     if (av.hasHiddenColumns())
 914     {
 915       alignmentStartEnd = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 916               .getVisibleStartAndEndIndex(av.getAlignment().getWidth());
 917     }
 918
 919     String output = new FormatAdapter().formatSequences(FileFormat.Fasta,
 920             seqs, omitHidden, alignmentStartEnd);
 921
 922     Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard()
 923             .setContents(new StringSelection(output), Desktop.instance);
 924
 925     HiddenColumns hiddenColumns = null;
 926
 927     if (av.hasHiddenColumns())
 928     {
 929       hiddenColumns = new HiddenColumns(
 930               av.getAlignment().getHiddenColumns());
 931     }
 932
 933     Desktop.jalviewClipboard = new Object[] { seqs, ds, // what is the dataset
 934                                                         // of a consensus
 935                                                         // sequence ? need to
 936                                                         // flag
 937         // sequence as special.
 938         hiddenColumns };
 939   }
 940
 941   /**
 942    * DOCUMENT ME!
 943    *
 944    * @param g1
 945    *          DOCUMENT ME!
 946    */
 947   @Override
 948   public void paintComponent(Graphics g)
 949   {
 950
 951     int width = getWidth();
 952     if (width == 0)
 953     {
 954       width = ap.calculateIdWidth().width + 4;
 955     }
 956
 957     Graphics2D g2 = (Graphics2D) g;
 958     if (av.antiAlias)
 959     {
 960       g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 961               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 962     }
 963
 964     drawComponent(g2, true, width);
 965
 966   }
 967
 968   /**
 969    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
 970    * cursor
 971    *
 972    * @param g
 973    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
 974    * @param width
 975    *          Width for scaling labels
 976    *
 977    */
 978   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 979   {
 980     drawComponent(g, false, width);
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Draw the full set of annotation Labels for the alignment at the given
 985    * cursor
 986    *
 987    * @param g
 988    *          Graphics2D instance (needed for font scaling)
 989    * @param clip
 990    *          - true indicates that only current visible area needs to be
 991    *          rendered
 992    * @param width
 993    *          Width for scaling labels
 994    */
 995   public void drawComponent(Graphics g, boolean clip, int width)
 996   {
 997     if (av.getFont().getSize() < 10)
 998     {
 999       g.setFont(font);
1000     }
1001     else
1002     {
1003       g.setFont(av.getFont());
1004     }
1005
1006     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(g.getFont());
1007     g.setColor(Color.white);
1008     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
1009
1010     g.translate(0, getScrollOffset());
1011     g.setColor(Color.black);
1012
1013     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
1014     int fontHeight = g.getFont().getSize();
1015     int y = 0;
1016     int x = 0;
1017     int graphExtras = 0;
1018     int offset = 0;
1019     Font baseFont = g.getFont();
1020     FontMetrics baseMetrics = fm;
1021     int ofontH = fontHeight;
1022     int sOffset = 0;
1023     int visHeight = 0;
1024     int[] visr = (ap != null && ap.getAnnotationPanel() != null)
1025             ? ap.getAnnotationPanel().getVisibleVRange()
1026             : null;
1027     if (clip && visr != null)
1028     {
1029       sOffset = visr[0];
1030       visHeight = visr[1];
1031     }
1032     boolean visible = true, before = false, after = false;
1033     if (aa != null)
1034     {
1035       hasHiddenRows = false;
1036       int olY = 0;
1037       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
1038       {
1039         visible = true;
1040         if (!aa[i].visible)
1041         {
1042           hasHiddenRows = true;
1043           continue;
1044         }
1045         olY = y;
1046         y += aa[i].height;
1047         if (clip)
1048         {
1049           if (y < sOffset)
1050           {
1051             if (!before)
1052             {
1053               if (debugRedraw)
1054               {
1055                 System.out.println("before vis: " + i);
1056               }
1057               before = true;
1058             }
1059             // don't draw what isn't visible
1060             continue;
1061           }
1062           if (olY > visHeight)
1063           {
1064
1065             if (!after)
1066             {
1067               if (debugRedraw)
1068               {
1069                 System.out.println(
1070                         "Scroll offset: " + sOffset + " after vis: " + i);
1071               }
1072               after = true;
1073             }
1074             // don't draw what isn't visible
1075             continue;
1076           }
1077         }
1078         g.setColor(Color.black);
1079
1080         offset = -aa[i].height / 2;
1081
1082         if (aa[i].hasText)
1083         {
1084           offset += fm.getHeight() / 2;
1085           offset -= fm.getDescent();
1086         }
1087         else
1088         {
1089           offset += fm.getDescent();
1090         }
1091
1092         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
1093
1094         if (aa[i].graphGroup > -1)
1095         {
1096           int groupSize = 0;
1097           // TODO: JAL-1291 revise rendering model so the graphGroup map is
1098           // computed efficiently for all visible labels
1099           for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1100           {
1101             if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1102             {
1103               groupSize++;
1104             }
1105           }
1106           if (groupSize * (fontHeight + 8) < aa[i].height)
1107           {
1108             graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8)))
1109                     / 2;
1110           }
1111           else
1112           {
1113             // scale font to fit
1114             float h = aa[i].height / (float) groupSize, s;
1115             if (h < 9)
1116             {
1117               visible = false;
1118             }
1119             else
1120             {
1121               fontHeight = -8 + (int) h;
1122               s = ((float) fontHeight) / (float) ofontH;
1123               Font f = baseFont
1124                       .deriveFont(AffineTransform.getScaleInstance(s, s));
1125               g.setFont(f);
1126               fm = g.getFontMetrics();
1127               graphExtras = (aa[i].height - (groupSize * (fontHeight + 8)))
1128                       / 2;
1129             }
1130           }
1131           if (visible)
1132           {
1133             for (int gg = 0; gg < aa.length; gg++)
1134             {
1135               if (aa[gg].graphGroup == aa[i].graphGroup)
1136               {
1137                 x = width - fm.stringWidth(aa[gg].label) - 3;
1138                 g.drawString(aa[gg].label, x, y - graphExtras);
1139
1140                 if (aa[gg]._linecolour != null)
1141                 {
1142
1143                   g.setColor(aa[gg]._linecolour);
1144                   g.drawLine(x, y - graphExtras + 3,
1145                           x + fm.stringWidth(aa[gg].label),
1146                           y - graphExtras + 3);
1147                 }
1148
1149                 g.setColor(Color.black);
1150                 graphExtras += fontHeight + 8;
1151               }
1152             }
1153           }
1154           g.setFont(baseFont);
1155           fm = baseMetrics;
1156           fontHeight = ofontH;
1157         }
1158         else
1159         {
1160           g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
1161         }
1162       }
1163     }
1164
1165     if (!resizePanel && dragEvent != null && aa != null)
1166     {
1167       g.setColor(Color.lightGray);
1168       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
1169               dragEvent.getY() - getScrollOffset());
1170     }
1171
1172     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
1173     {
1174       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
1175       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
1176               18);
1177     }
1178   }
1179
1180   public int getScrollOffset()
1181   {
1182     return scrollOffset;
1183   }
1184
1185   @Override
1186   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1187   {
1188   }
1189 }