src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.awt.image.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 \r
  30 public class AnnotationPanel\r
  31     extends JPanel implements MouseListener,\r
  32     MouseMotionListener, ActionListener, AdjustmentListener\r
  33 {\r
  34   static String HELIX = "Helix";\r
  35   static String SHEET = "Sheet";\r
  36   static String LABEL = "Label";\r
  37   static String REMOVE = "Remove Annotation";\r
  38   static String COLOUR = "Colour";\r
  39   static Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();\r
  40   static Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();\r
  41 \r
  42   public static int GRAPH_HEIGHT = 40;\r
  43   AlignViewport av;\r
  44   AlignmentPanel ap;\r
  45   int activeRow = -1;\r
  46   Vector activeRes;\r
  47   BufferedImage image;\r
  48   Graphics2D gg;\r
  49   FontMetrics fm;\r
  50   int imgWidth = 0;\r
  51   boolean fastPaint = false;\r
  52 \r
  53   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)\r
  54   {\r
  55     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  56     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  57     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  58     this.ap = ap;\r
  59     av = ap.av;\r
  60     this.setLayout(null);\r
  61     addMouseListener(this);\r
  62     addMouseMotionListener(this);\r
  63     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar().addAdjustmentListener(this);\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)\r
  67   {\r
  68     ap.alabels.setScrollOffset( -evt.getValue());\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void adjustPanelHeight()\r
  72   {\r
  73     // setHeight of panels\r
  74     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
  75     int height = 0;\r
  76 \r
  77     if (aa != null)\r
  78     {\r
  79       for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
  80       {\r
  81         if (!aa[i].visible)\r
  82         {\r
  83           continue;\r
  84         }\r
  85 \r
  86         aa[i].height = 0;\r
  87 \r
  88         if (aa[i].hasText)\r
  89         {\r
  90           aa[i].height += av.charHeight;\r
  91         }\r
  92 \r
  93         if (aa[i].hasIcons)\r
  94         {\r
  95           aa[i].height += 16;\r
  96         }\r
  97 \r
  98         if (aa[i].isGraph)\r
  99         {\r
 100           aa[i].height += GRAPH_HEIGHT;\r
 101         }\r
 102 \r
 103         if (aa[i].height == 0)\r
 104         {\r
 105           aa[i].height = 20;\r
 106         }\r
 107 \r
 108         height += aa[i].height;\r
 109       }\r
 110     }\r
 111     else\r
 112     {\r
 113       height = 20;\r
 114     }\r
 115 \r
 116     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));\r
 117   }\r
 118 \r
 119 \r
 120   public void removeEditableColumn(int col)\r
 121   {\r
 122     if (activeRow == -1)\r
 123     {\r
 124       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 125 \r
 126       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 127       {\r
 128         if (aa[j].editable)\r
 129         {\r
 130           activeRow = j;\r
 131           break;\r
 132         }\r
 133       }\r
 134     }\r
 135 \r
 136     if (activeRes != null && activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 137     {\r
 138       activeRes.removeElement(String.valueOf(col));\r
 139     }\r
 140     repaint();\r
 141   }\r
 142 \r
 143 \r
 144   public void addEditableColumn(int col)\r
 145   {\r
 146     if (activeRow == -1)\r
 147     {\r
 148       AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 149 \r
 150       for (int j = 0; j < aa.length; j++)\r
 151       {\r
 152         if (aa[j].editable)\r
 153         {\r
 154           activeRow = j;\r
 155           break;\r
 156         }\r
 157       }\r
 158     }\r
 159 \r
 160     if (activeRes == null)\r
 161       activeRes = new Vector();\r
 162 \r
 163     if (!activeRes.contains(String.valueOf(col)))\r
 164       activeRes.addElement(String.valueOf(col));\r
 165 \r
 166     repaint();\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 170   {\r
 171     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 172     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;\r
 173 \r
 174     if (evt.getActionCommand().equals(REMOVE))\r
 175     {\r
 176       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 177       {\r
 178         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 179         anot[Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString())] = null;\r
 180       }\r
 181     }\r
 182     else if (evt.getActionCommand().equals(LABEL))\r
 183     {\r
 184       String label = JOptionPane.showInputDialog(this, "Enter Label ",\r
 185                                                  "Enter label",\r
 186                                                  JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);\r
 187 \r
 188       if (label == null)\r
 189         return;\r
 190 \r
 191       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 192       {\r
 193         aa[activeRow].hasText = true;\r
 194       }\r
 195 \r
 196       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 197       {\r
 198         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 199 \r
 200         if (anot[index] == null)\r
 201         {\r
 202           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);\r
 203         }\r
 204         anot[index].displayCharacter = label;\r
 205       }\r
 206     }\r
 207     else if (evt.getActionCommand().equals(COLOUR))\r
 208     {\r
 209       Color col = JColorChooser.showDialog(this,\r
 210                                            "Choose foreground colour",\r
 211                                            Color.black);\r
 212 \r
 213       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 214       {\r
 215         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 216 \r
 217         if (anot[index] == null)\r
 218         {\r
 219           anot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);\r
 220         }\r
 221 \r
 222         anot[index].colour = col;\r
 223       }\r
 224     }\r
 225     else // HELIX OR SHEET\r
 226     {\r
 227       char type = 0;\r
 228       String symbol = "\u03B1";\r
 229 \r
 230       if (evt.getActionCommand().equals(HELIX))\r
 231       {\r
 232         type = 'H';\r
 233       }\r
 234       else if (evt.getActionCommand().equals(SHEET))\r
 235       {\r
 236         type = 'E';\r
 237         symbol = "\u03B2";\r
 238       }\r
 239 \r
 240       if (!aa[activeRow].hasIcons)\r
 241       {\r
 242         aa[activeRow].hasIcons = true;\r
 243       }\r
 244 \r
 245       String label = JOptionPane.showInputDialog(\r
 246           "Enter a label for the structure?",\r
 247           symbol);\r
 248 \r
 249       if (label == null)\r
 250         return;\r
 251 \r
 252       if ( (label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)\r
 253       {\r
 254         aa[activeRow].hasText = true;\r
 255       }\r
 256 \r
 257       for (int i = 0; i < activeRes.size(); i++)\r
 258       {\r
 259         int index = Integer.parseInt(activeRes.get(i).toString());\r
 260 \r
 261         if (anot[index] == null)\r
 262         {\r
 263           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);\r
 264         }\r
 265 \r
 266         anot[index].secondaryStructure = type;\r
 267         anot[index].displayCharacter = label;\r
 268       }\r
 269     }\r
 270 \r
 271     adjustPanelHeight();\r
 272     activeRes = null;\r
 273     repaint();\r
 274 \r
 275     return;\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 279   {\r
 280     int height = 0;\r
 281     activeRow = -1;\r
 282     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 283 \r
 284     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 285     {\r
 286       height += aa[i].height;\r
 287 \r
 288       if (evt.getY() < height)\r
 289       {\r
 290         if (aa[i].editable)\r
 291            activeRow = i;\r
 292          else\r
 293            activeRes = null;\r
 294 \r
 295         break;\r
 296       }\r
 297     }\r
 298 \r
 299 \r
 300     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 301     {\r
 302       if (activeRes == null)\r
 303       {\r
 304         return;\r
 305       }\r
 306 \r
 307 \r
 308       JPopupMenu pop = new JPopupMenu("Structure type");\r
 309       JMenuItem item = new JMenuItem(HELIX);\r
 310       item.addActionListener(this);\r
 311       pop.add(item);\r
 312       item = new JMenuItem(SHEET);\r
 313       item.addActionListener(this);\r
 314       pop.add(item);\r
 315       item = new JMenuItem(LABEL);\r
 316       item.addActionListener(this);\r
 317       pop.add(item);\r
 318       item = new JMenuItem(COLOUR);\r
 319       item.addActionListener(this);\r
 320       pop.add(item);\r
 321       item = new JMenuItem(REMOVE);\r
 322       item.addActionListener(this);\r
 323       pop.add(item);\r
 324       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 325 \r
 326       return;\r
 327     }\r
 328 \r
 329 \r
 330     if (aa == null)\r
 331     {\r
 332       return;\r
 333     }\r
 334 \r
 335 \r
 336     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 337 \r
 338     if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())\r
 339     {\r
 340       addEditableColumn(res);\r
 341     }\r
 342     else if (evt.isShiftDown())\r
 343     {\r
 344       if (activeRes == null)\r
 345       {\r
 346         activeRes = new Vector();\r
 347       }\r
 348       else\r
 349       {\r
 350         int start = Integer.parseInt(activeRes.get(activeRes.size() -\r
 351             1).toString());\r
 352         int end = res;\r
 353 \r
 354         if (end < start)\r
 355         {\r
 356           int temp = end;\r
 357           end = start;\r
 358           start = temp;\r
 359         }\r
 360 \r
 361         for (int n = start; n <= end; n++)\r
 362         {\r
 363           addEditableColumn(n);\r
 364         }\r
 365       }\r
 366     }\r
 367     else\r
 368     {\r
 369       activeRes = new Vector();\r
 370       activeRes.addElement(String.valueOf(res));\r
 371     }\r
 372 \r
 373     repaint();\r
 374   }\r
 375 \r
 376   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 377   {\r
 378   }\r
 379 \r
 380   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 381   {\r
 382   }\r
 383 \r
 384   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 385   {\r
 386   }\r
 387 \r
 388   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 389   {\r
 390   }\r
 391 \r
 392   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 393   {\r
 394     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 395 \r
 396     if (aa == null)\r
 397     {\r
 398       return;\r
 399     }\r
 400 \r
 401     int row = -1;\r
 402     int height = 0;\r
 403 \r
 404     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 405     {\r
 406       if (aa[i].visible)\r
 407       {\r
 408         height += aa[i].height;\r
 409       }\r
 410 \r
 411       if (evt.getY() < height)\r
 412       {\r
 413         row = i;\r
 414 \r
 415         break;\r
 416       }\r
 417     }\r
 418 \r
 419     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 420 \r
 421     if ( (row > -1) && (res < aa[row].annotations.length) &&\r
 422         (aa[row].annotations[res] != null))\r
 423     {\r
 424       this.setToolTipText(aa[row].annotations[res].description);\r
 425 \r
 426       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence position " +\r
 427                                            (res + 1) + "  " +\r
 428                                            aa[row].annotations[res].description);\r
 429       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 430     }\r
 431   }\r
 432 \r
 433   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 434   {\r
 435   }\r
 436 \r
 437   public void paintComponent(Graphics g)\r
 438   {\r
 439     g.setColor(Color.white);\r
 440     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 441 \r
 442     if (fastPaint)\r
 443     {\r
 444       g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 445       fastPaint = false;\r
 446 \r
 447       return;\r
 448     }\r
 449 \r
 450     imgWidth = (av.endRes - av.startRes + 1) * av.charWidth;\r
 451 \r
 452     image = new BufferedImage(imgWidth, ap.annotationPanel.getHeight(),\r
 453                               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 454     gg = (Graphics2D) image.getGraphics();\r
 455     gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 456                         RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 457 \r
 458     gg.setFont(av.getFont());\r
 459     fm = gg.getFontMetrics();\r
 460 \r
 461     drawComponent(gg, av.startRes, av.endRes + 1);\r
 462     g.drawImage(image, 0, 0, this);\r
 463   }\r
 464 \r
 465   public void fastPaint(int horizontal)\r
 466   {\r
 467     if ( (horizontal == 0) ||\r
 468         (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 469         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 470     {\r
 471       repaint();\r
 472 \r
 473       return;\r
 474     }\r
 475 \r
 476     gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(), -horizontal * av.charWidth, 0);\r
 477 \r
 478     int sr = av.startRes;\r
 479     int er = av.endRes + 1;\r
 480     int transX = 0;\r
 481 \r
 482     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 483     {\r
 484       transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 485       sr = er - horizontal;\r
 486     }\r
 487     else if (horizontal < 0)\r
 488     {\r
 489       er = sr - horizontal;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     gg.translate(transX, 0);\r
 493 \r
 494     drawComponent(gg, sr, er);\r
 495 \r
 496     gg.translate( -transX, 0);\r
 497 \r
 498     fastPaint = true;\r
 499     repaint();\r
 500   }\r
 501 \r
 502   public void drawComponent(Graphics2D g, int startRes, int endRes)\r
 503   {\r
 504     g.setColor(Color.white);\r
 505     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.charWidth, getHeight());\r
 506 \r
 507     if ( (av.alignment.getAlignmentAnnotation() == null) ||\r
 508         (av.alignment.getAlignmentAnnotation().length < 1))\r
 509     {\r
 510       g.setColor(Color.white);\r
 511       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 512       g.setColor(Color.black);\r
 513       g.drawString("Alignment has no annotations", 20, 15);\r
 514 \r
 515       return;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();\r
 519 \r
 520     int j;\r
 521     int x = 0;\r
 522     int y = 0;\r
 523     char[] lastSS = new char[aa.length];\r
 524     int[] lastSSX = new int[aa.length];\r
 525     int iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 526     boolean validRes = false;\r
 527 \r
 528     //\u03B2 \u03B1\r
 529     for (int i = 0; i < aa.length; i++)\r
 530     {\r
 531       AlignmentAnnotation row = aa[i];\r
 532 \r
 533       if (!row.visible)\r
 534       {\r
 535         continue;\r
 536       }\r
 537 \r
 538       if (row.isGraph)\r
 539       {\r
 540         // this is so that we draw the characters below the graph\r
 541         y += row.height;\r
 542 \r
 543         if (row.hasText)\r
 544         {\r
 545           y -= av.charHeight;\r
 546         }\r
 547       }\r
 548 \r
 549       if (row.hasText)\r
 550       {\r
 551         iconOffset = av.charHeight / 2;\r
 552       }\r
 553       else\r
 554       {\r
 555         iconOffset = 0;\r
 556       }\r
 557 \r
 558       for (j = startRes; j < endRes; j++)\r
 559       {\r
 560         if ( (row.annotations.length <= j) ||\r
 561             (row.annotations[j] == null))\r
 562         {\r
 563           validRes = false;\r
 564         }\r
 565         else\r
 566         {\r
 567           validRes = true;\r
 568         }\r
 569 \r
 570         x = (j - startRes) * av.charWidth;\r
 571 \r
 572         if (activeRow == i)\r
 573         {\r
 574           g.setColor(Color.red);\r
 575 \r
 576           if (activeRes != null)\r
 577           {\r
 578             for (int n = 0; n < activeRes.size(); n++)\r
 579             {\r
 580               int v = Integer.parseInt(activeRes.get(n).toString());\r
 581 \r
 582               if (v == j)\r
 583               {\r
 584                 g.fillRect( (j - startRes) * av.charWidth, y,\r
 585                            av.charWidth, row.height);\r
 586               }\r
 587             }\r
 588           }\r
 589         }\r
 590 \r
 591         if (validRes &&\r
 592             (row.annotations[j].displayCharacter.length() > 0))\r
 593         {\r
 594           int charOffset = (av.charWidth -\r
 595                             fm.charWidth(row.annotations[j].displayCharacter.\r
 596                                          charAt(\r
 597                                              0))) / 2;\r
 598           g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 599 \r
 600           if (j == 0)\r
 601           {\r
 602               g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter,\r
 603                            x, y + iconOffset + 2);\r
 604           }\r
 605           else if (\r
 606                    ( (row.annotations[j - 1] == null) ||\r
 607                     (row.annotations[j].displayCharacter != row.annotations[j -\r
 608                      1].displayCharacter)))\r
 609           {\r
 610             g.drawString(row.annotations[j].displayCharacter, x,\r
 611                          y + iconOffset + 2);\r
 612           }\r
 613 \r
 614         }\r
 615 \r
 616         if (row.hasIcons)\r
 617         {\r
 618           if (!validRes ||\r
 619               (row.annotations[j].secondaryStructure != lastSS[i]))\r
 620           {\r
 621             switch (lastSS[i])\r
 622             {\r
 623               case 'H':\r
 624                 g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 625                 g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 626                                 x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 627 \r
 628                 break;\r
 629 \r
 630               case 'E':\r
 631                 g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 632                 g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 633                            x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 634                 g.fillPolygon(new int[]\r
 635                               {x - 4, x - 4, x},\r
 636                               new int[]\r
 637                               {\r
 638                               y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 639                               y + 8 + iconOffset\r
 640                 }, 3);\r
 641 \r
 642                 break;\r
 643 \r
 644               case 'C':\r
 645                 break;\r
 646 \r
 647               default:\r
 648                 g.setColor(Color.gray);\r
 649                 g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset,\r
 650                            x - lastSSX[i], 2);\r
 651 \r
 652                 break;\r
 653             }\r
 654 \r
 655             if (validRes)\r
 656             {\r
 657               lastSS[i] = row.annotations[j].secondaryStructure;\r
 658             }\r
 659             else\r
 660             {\r
 661               lastSS[i] = ' ';\r
 662             }\r
 663 \r
 664             lastSSX[i] = x;\r
 665           }\r
 666         }\r
 667 \r
 668         if (validRes && row.isGraph)\r
 669         {\r
 670           g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 671 \r
 672           int height = (int) ( (row.annotations[j].value / row.graphMax) *\r
 673                               GRAPH_HEIGHT);\r
 674 \r
 675           if (row.windowLength > 1)\r
 676           {\r
 677             int total = 0;\r
 678 \r
 679             for (int i2 = j - (row.windowLength / 2);\r
 680                  i2 < (j + (row.windowLength / 2)); i2++)\r
 681             {\r
 682               if ( (i2 < 0) || (i2 >= av.alignment.getWidth()))\r
 683               {\r
 684                 continue;\r
 685               }\r
 686 \r
 687               total += row.annotations[i2].value;\r
 688             }\r
 689 \r
 690             total /= row.windowLength;\r
 691             height = (int) ( (total / row.graphMax) * GRAPH_HEIGHT);\r
 692           }\r
 693 \r
 694           g.setColor(row.annotations[j].colour);\r
 695           g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 696         }\r
 697       }\r
 698 \r
 699       x += av.charWidth;\r
 700 \r
 701       if (row.hasIcons)\r
 702       {\r
 703         switch (lastSS[i])\r
 704         {\r
 705           case 'H':\r
 706             g.setColor(HELIX_COLOUR);\r
 707             g.fillRoundRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 708                             x - lastSSX[i], 7, 8, 8);\r
 709 \r
 710             break;\r
 711 \r
 712           case 'E':\r
 713             g.setColor(SHEET_COLOUR);\r
 714             g.fillRect(lastSSX[i], y + 4 + iconOffset,\r
 715                        x - lastSSX[i] - 4, 7);\r
 716             g.fillPolygon(new int[]\r
 717                           {x - 4, x - 4, x},\r
 718                           new int[]\r
 719                           {\r
 720                           y + iconOffset, y + 14 + iconOffset,\r
 721                           y + 7 + iconOffset\r
 722             }, 3);\r
 723 \r
 724             break;\r
 725 \r
 726           case 'C':\r
 727             break;\r
 728 \r
 729           default:\r
 730             g.setColor(Color.gray);\r
 731             g.fillRect(lastSSX[i], y + 6 + iconOffset, x - lastSSX[i], 2);\r
 732 \r
 733             break;\r
 734         }\r
 735       }\r
 736 \r
 737       if (row.isGraph && row.hasText)\r
 738       {\r
 739         y += av.charHeight;\r
 740       }\r
 741 \r
 742       if (!row.isGraph)\r
 743       {\r
 744         y += aa[i].height;\r
 745       }\r
 746     }\r
 747   }\r
 748 \r
 749   // used by overview window\r
 750   public void drawGraph(Graphics g, AlignmentAnnotation aa, int width, int y)\r
 751   {\r
 752     g.setColor(Color.white);\r
 753     g.fillRect(0, 0, width, y);\r
 754     g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 755 \r
 756     int x = 0;\r
 757 \r
 758     for (int j = 0; j < aa.annotations.length; j++)\r
 759     {\r
 760       g.setColor(new Color(0, 0, 180));\r
 761 \r
 762       int height = (int) ( (aa.annotations[j].value / aa.graphMax) *\r
 763                           GRAPH_HEIGHT);\r
 764       g.fillRect(x, y - height, av.charWidth, height);\r
 765       x += av.charWidth;\r
 766     }\r
 767   }\r
 768 }\r