src/jalview/gui/AnnotationPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.AlphaComposite;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Graphics2D;
  29 import java.awt.Image;
  30 import java.awt.Rectangle;
  31 import java.awt.RenderingHints;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  35 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.MouseListener;
  38 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  39 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  40 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.util.ArrayList;
  44 import java.util.Collections;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.Scrollable;
  51 import javax.swing.ToolTipManager;
  52
  53 import jalview.api.AlignViewportI;
  54 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  55 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  56 import jalview.datamodel.Annotation;
  57 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  58 import jalview.datamodel.ContactListI;
  59 import jalview.datamodel.ContactRange;
  60 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  61 import jalview.datamodel.SequenceI;
  62 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  63 import jalview.renderer.AnnotationRenderer;
  64 import jalview.renderer.AwtRenderPanelI;
  65 import jalview.renderer.ContactGeometry;
  66 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  67 import jalview.util.Comparison;
  68 import jalview.util.MessageManager;
  69 import jalview.util.Platform;
  70 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  71 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  72
  73 /**
  74  * AnnotationPanel displays visible portion of annotation rows below unwrapped
  75  * alignment
  76  *
  77  * @author $author$
  78  * @version $Revision$
  79  */
  80 public class AnnotationPanel extends JPanel implements AwtRenderPanelI,
  81         MouseListener, MouseWheelListener, MouseMotionListener,
  82         ActionListener, AdjustmentListener, Scrollable, ViewportListenerI
  83 {
  84   enum DragMode
  85   {
  86     Select, Resize, Undefined, MatrixSelect
  87   };
  88
  89   String HELIX = MessageManager.getString("label.helix");
  90
  91   String SHEET = MessageManager.getString("label.sheet");
  92
  93   /**
  94    * For RNA secondary structure "stems" aka helices
  95    */
  96   String STEM = MessageManager.getString("label.rna_helix");
  97
  98   String LABEL = MessageManager.getString("label.label");
  99
 100   String REMOVE = MessageManager.getString("label.remove_annotation");
 101
 102   String COLOUR = MessageManager.getString("action.colour");
 103
 104   public final Color HELIX_COLOUR = Color.red.darker();
 105
 106   public final Color SHEET_COLOUR = Color.green.darker().darker();
 107
 108   public final Color STEM_COLOUR = Color.blue.darker();
 109
 110   /** DOCUMENT ME!! */
 111   public AlignViewport av;
 112
 113   AlignmentPanel ap;
 114
 115   public int activeRow = -1;
 116
 117   public BufferedImage image;
 118
 119   public volatile BufferedImage fadedImage;
 120
 121   // private Graphics2D gg;
 122
 123   public FontMetrics fm;
 124
 125   public int imgWidth = 0;
 126
 127   boolean fastPaint = false;
 128
 129   // Used For mouse Dragging and resizing graphs
 130   int graphStretch = -1;
 131
 132   int mouseDragLastX = -1;
 133
 134   int mouseDragLastY = -1;
 135
 136   int firstDragX = -1;
 137
 138   int firstDragY = -1;
 139
 140   DragMode dragMode = DragMode.Undefined;
 141
 142   boolean mouseDragging = false;
 143
 144   // for editing cursor
 145   int cursorX = 0;
 146
 147   int cursorY = 0;
 148
 149   public final AnnotationRenderer renderer;
 150
 151   private MouseWheelListener[] _mwl;
 152
 153   /**
 154    * Creates a new AnnotationPanel object.
 155    *
 156    * @param ap
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    */
 159   public AnnotationPanel(AlignmentPanel ap)
 160   {
 161     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 162     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 163     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 164     this.ap = ap;
 165     av = ap.av;
 166     this.setLayout(null);
 167     addMouseListener(this);
 168     addMouseMotionListener(this);
 169     ap.annotationScroller.getVerticalScrollBar()
 170             .addAdjustmentListener(this);
 171     // save any wheel listeners on the scroller, so we can propagate scroll
 172     // events to them.
 173     _mwl = ap.annotationScroller.getMouseWheelListeners();
 174     // and then set our own listener to consume all mousewheel events
 175     ap.annotationScroller.addMouseWheelListener(this);
 176     renderer = new AnnotationRenderer();
 177
 178     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 179   }
 180
 181   public AnnotationPanel(AlignViewport av)
 182   {
 183     this.av = av;
 184     renderer = new AnnotationRenderer();
 185   }
 186
 187   @Override
 188   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 189   {
 190     if (e.isShiftDown())
 191     {
 192       e.consume();
 193       double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
 194       if (wheelRotation > 0)
 195       {
 196         av.getRanges().scrollRight(true);
 197       }
 198       else if (wheelRotation < 0)
 199       {
 200         av.getRanges().scrollRight(false);
 201       }
 202     }
 203     else
 204     {
 205       // TODO: find the correct way to let the event bubble up to
 206       // ap.annotationScroller
 207       for (MouseWheelListener mwl : _mwl)
 208       {
 209         if (mwl != null)
 210         {
 211           mwl.mouseWheelMoved(e);
 212         }
 213         if (e.isConsumed())
 214         {
 215           break;
 216         }
 217       }
 218     }
 219   }
 220
 221   @Override
 222   public Dimension getPreferredScrollableViewportSize()
 223   {
 224     Dimension ps = getPreferredSize();
 225     return new Dimension(ps.width, adjustForAlignFrame(false, ps.height));
 226   }
 227
 228   @Override
 229   public int getScrollableBlockIncrement(Rectangle visibleRect,
 230           int orientation, int direction)
 231   {
 232     return 30;
 233   }
 234
 235   @Override
 236   public boolean getScrollableTracksViewportHeight()
 237   {
 238     return false;
 239   }
 240
 241   @Override
 242   public boolean getScrollableTracksViewportWidth()
 243   {
 244     return true;
 245   }
 246
 247   @Override
 248   public int getScrollableUnitIncrement(Rectangle visibleRect,
 249           int orientation, int direction)
 250   {
 251     return 30;
 252   }
 253
 254   /*
 255    * (non-Javadoc)
 256    *
 257    * @see
 258    * java.awt.event.AdjustmentListener#adjustmentValueChanged(java.awt.event
 259    * .AdjustmentEvent)
 260    */
 261   @Override
 262   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 263   {
 264     // update annotation label display
 265     ap.getAlabels().setScrollOffset(-evt.getValue());
 266   }
 267
 268   /**
 269    * Calculates the height of the annotation displayed in the annotation panel.
 270    * Callers should normally call the ap.adjustAnnotationHeight method to ensure
 271    * all annotation associated components are updated correctly.
 272    *
 273    */
 274   public int adjustPanelHeight()
 275   {
 276     int height = av.calcPanelHeight();
 277     this.setPreferredSize(new Dimension(1, height));
 278     if (ap != null)
 279     {
 280       // revalidate only when the alignment panel is fully constructed
 281       ap.validate();
 282     }
 283
 284     return height;
 285   }
 286
 287   /**
 288    * DOCUMENT ME!
 289    *
 290    * @param evt
 291    *          DOCUMENT ME!
 292    */
 293   @Override
 294   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 295   {
 296     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 297     if (aa == null)
 298     {
 299       return;
 300     }
 301     Annotation[] anot = aa[activeRow].annotations;
 302
 303     if (anot.length < av.getColumnSelection().getMax())
 304     {
 305       Annotation[] temp = new Annotation[av.getColumnSelection().getMax()
 306               + 2];
 307       System.arraycopy(anot, 0, temp, 0, anot.length);
 308       anot = temp;
 309       aa[activeRow].annotations = anot;
 310     }
 311
 312     String action = evt.getActionCommand();
 313     if (action.equals(REMOVE))
 314     {
 315       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 316       {
 317         if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 318         {
 319           anot[index] = null;
 320         }
 321       }
 322     }
 323     else if (action.equals(LABEL))
 324     {
 325       String exMesg = collectAnnotVals(anot, LABEL);
 326       String label = JvOptionPane.showInputDialog(
 327               MessageManager.getString("label.enter_label"), exMesg);
 328
 329       if (label == null)
 330       {
 331         return;
 332       }
 333
 334       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 335       {
 336         aa[activeRow].hasText = true;
 337       }
 338
 339       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 340       {
 341         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 342         {
 343           continue;
 344         }
 345
 346         if (anot[index] == null)
 347         {
 348           anot[index] = new Annotation(label, "", ' ', 0);
 349         }
 350         else
 351         {
 352           anot[index].displayCharacter = label;
 353         }
 354       }
 355     }
 356     else if (action.equals(COLOUR))
 357     {
 358       final Annotation[] fAnot = anot;
 359       String title = MessageManager
 360               .getString("label.select_foreground_colour");
 361       ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 362       {
 363         @Override
 364         public void colourSelected(Color c)
 365         {
 366           HiddenColumns hiddenColumns = av.getAlignment()
 367                   .getHiddenColumns();
 368           for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 369           {
 370             if (hiddenColumns.isVisible(index))
 371             {
 372               if (fAnot[index] == null)
 373               {
 374                 fAnot[index] = new Annotation("", "", ' ', 0);
 375               }
 376               fAnot[index].colour = c;
 377             }
 378           }
 379         };
 380       };
 381       JalviewColourChooser.showColourChooser(this, title, Color.black,
 382               listener);
 383     }
 384     else
 385     // HELIX, SHEET or STEM
 386     {
 387       char type = 0;
 388       String symbol = "\u03B1"; // alpha
 389
 390       if (action.equals(HELIX))
 391       {
 392         type = 'H';
 393       }
 394       else if (action.equals(SHEET))
 395       {
 396         type = 'E';
 397         symbol = "\u03B2"; // beta
 398       }
 399
 400       // Added by LML to color stems
 401       else if (action.equals(STEM))
 402       {
 403         type = 'S';
 404         int column = av.getColumnSelection().getSelectedRanges().get(0)[0];
 405         symbol = aa[activeRow].getDefaultRnaHelixSymbol(column);
 406       }
 407
 408       if (!aa[activeRow].hasIcons)
 409       {
 410         aa[activeRow].hasIcons = true;
 411       }
 412
 413       String label = JvOptionPane.showInputDialog(MessageManager
 414               .getString("label.enter_label_for_the_structure"), symbol);
 415
 416       if (label == null)
 417       {
 418         return;
 419       }
 420
 421       if ((label.length() > 0) && !aa[activeRow].hasText)
 422       {
 423         aa[activeRow].hasText = true;
 424         if (action.equals(STEM))
 425         {
 426           aa[activeRow].showAllColLabels = true;
 427         }
 428       }
 429       for (int index : av.getColumnSelection().getSelected())
 430       {
 431         if (!av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(index))
 432         {
 433           continue;
 434         }
 435
 436         if (anot[index] == null)
 437         {
 438           anot[index] = new Annotation(label, "", type, 0);
 439         }
 440
 441         anot[index].secondaryStructure = type != 'S' ? type
 442                 : label.length() == 0 ? ' ' : label.charAt(0);
 443         anot[index].displayCharacter = label;
 444
 445       }
 446     }
 447
 448     av.getAlignment().validateAnnotation(aa[activeRow]);
 449     ap.alignmentChanged();
 450     ap.alignFrame.setMenusForViewport();
 451     adjustPanelHeight();
 452     repaint();
 453
 454     return;
 455   }
 456
 457   /**
 458    * Returns any existing annotation concatenated as a string. For each
 459    * annotation, takes the description, if any, else the secondary structure
 460    * character (if type is HELIX, SHEET or STEM), else the display character (if
 461    * type is LABEL).
 462    *
 463    * @param anots
 464    * @param type
 465    * @return
 466    */
 467   private String collectAnnotVals(Annotation[] anots, String type)
 468   {
 469     // TODO is this method wanted? why? 'last' is not used
 470
 471     StringBuilder collatedInput = new StringBuilder(64);
 472     String last = "";
 473     ColumnSelection viscols = av.getColumnSelection();
 474     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 475
 476     /*
 477      * the selection list (read-only view) is in selection order, not
 478      * column order; make a copy so we can sort it
 479      */
 480     List<Integer> selected = new ArrayList<>(viscols.getSelected());
 481     Collections.sort(selected);
 482     for (int index : selected)
 483     {
 484       // always check for current display state - just in case
 485       if (!hidden.isVisible(index))
 486       {
 487         continue;
 488       }
 489       String tlabel = null;
 490       if (anots[index] != null)
 491       { // LML added stem code
 492         if (type.equals(HELIX) || type.equals(SHEET) || type.equals(STEM)
 493                 || type.equals(LABEL))
 494         {
 495           tlabel = anots[index].description;
 496           if (tlabel == null || tlabel.length() < 1)
 497           {
 498             if (type.equals(HELIX) || type.equals(SHEET)
 499                     || type.equals(STEM))
 500             {
 501               tlabel = "" + anots[index].secondaryStructure;
 502             }
 503             else
 504             {
 505               tlabel = "" + anots[index].displayCharacter;
 506             }
 507           }
 508         }
 509         if (tlabel != null && !tlabel.equals(last))
 510         {
 511           if (last.length() > 0)
 512           {
 513             collatedInput.append(" ");
 514           }
 515           collatedInput.append(tlabel);
 516         }
 517       }
 518     }
 519     return collatedInput.toString();
 520   }
 521
 522   /**
 523    * Action on right mouse pressed on Mac is to show a pop-up menu for the
 524    * annotation. Action on left mouse pressed is to find which annotation is
 525    * pressed and mark the start of a column selection or graph resize operation.
 526    *
 527    * @param evt
 528    */
 529   @Override
 530   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 531   {
 532
 533     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 534     if (aa == null)
 535     {
 536       return;
 537     }
 538     mouseDragLastX = evt.getX();
 539     mouseDragLastY = evt.getY();
 540
 541     /*
 542      * add visible annotation heights until we reach the y
 543      * position, to find which annotation it is in
 544      */
 545     int height = 0;
 546     activeRow = -1;
 547     int yOffset = 0;
 548     // todo could reuse getRowIndexAndOffset ?
 549     final int y = evt.getY();
 550
 551     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 552     {
 553       if (aa[i].visible)
 554       {
 555         height += aa[i].height;
 556       }
 557
 558       if (y < height)
 559       {
 560         if (aa[i].editable)
 561         {
 562           activeRow = i;
 563         }
 564         else if (aa[i].graph != 0)
 565         {
 566           /*
 567            * we have clicked on a resizable graph annotation
 568            */
 569           graphStretch = i;
 570           yOffset = height - y;
 571         }
 572         break;
 573       }
 574     }
 575
 576     /*
 577      * isPopupTrigger fires in mousePressed on Mac,
 578      * not until mouseRelease on Windows
 579      */
 580     if (evt.isPopupTrigger() && activeRow != -1)
 581     {
 582       showPopupMenu(y, evt.getX());
 583       return;
 584     }
 585
 586     if (graphStretch != -1)
 587     {
 588
 589       if (aa[graphStretch].graph == AlignmentAnnotation.CUSTOMRENDERER)
 590       {
 591         if (evt.isAltDown() || evt.isAltGraphDown())
 592         {
 593           dragMode = DragMode.MatrixSelect;
 594           firstDragX = mouseDragLastX;
 595           firstDragY = mouseDragLastY;
 596         }
 597         else
 598         {
 599           int currentX = getColumnForXPos(evt.getX());
 600           ContactListI forCurrentX = av.getContactList(aa[graphStretch],
 601                   currentX);
 602           if (forCurrentX != null)
 603           {
 604             ContactGeometry cXcgeom = new ContactGeometry(forCurrentX,
 605                     aa[graphStretch].graphHeight);
 606             ContactGeometry.contactInterval cXci = cXcgeom.mapFor(yOffset,
 607                     yOffset);
 608             int fr, to;
 609             fr = Math.min(cXci.cStart, cXci.cEnd);
 610             to = Math.max(cXci.cStart, cXci.cEnd);
 611             for (int c = fr; c <= to; c++)
 612             {
 613               av.getColumnSelection().addElement(c);
 614             }
 615             av.getColumnSelection().addElement(currentX);
 616           }
 617         }
 618       }
 619     }
 620     else
 621     {
 622       ap.getScalePanel().mousePressed(evt);
 623     }
 624   }
 625
 626   /**
 627    * Construct and display a context menu at the right-click position
 628    *
 629    * @param y
 630    * @param x
 631    */
 632   void showPopupMenu(final int y, int x)
 633   {
 634     if (av.getColumnSelection() == null
 635             || av.getColumnSelection().isEmpty())
 636     {
 637       return;
 638     }
 639
 640     JPopupMenu pop = new JPopupMenu(
 641             MessageManager.getString("label.structure_type"));
 642     JMenuItem item;
 643     /*
 644      * Just display the needed structure options
 645      */
 646     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 647     {
 648       item = new JMenuItem(STEM);
 649       item.addActionListener(this);
 650       pop.add(item);
 651     }
 652     else
 653     {
 654       item = new JMenuItem(HELIX);
 655       item.addActionListener(this);
 656       pop.add(item);
 657       item = new JMenuItem(SHEET);
 658       item.addActionListener(this);
 659       pop.add(item);
 660     }
 661     item = new JMenuItem(LABEL);
 662     item.addActionListener(this);
 663     pop.add(item);
 664     item = new JMenuItem(COLOUR);
 665     item.addActionListener(this);
 666     pop.add(item);
 667     item = new JMenuItem(REMOVE);
 668     item.addActionListener(this);
 669     pop.add(item);
 670     pop.show(this, x, y);
 671   }
 672
 673   /**
 674    * Action on mouse up is to clear mouse drag data and call mouseReleased on
 675    * ScalePanel, to deal with defining the selection group (if any) defined by
 676    * the mouse drag
 677    *
 678    * @param evt
 679    */
 680   @Override
 681   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 682   {
 683     if (dragMode == DragMode.MatrixSelect)
 684     {
 685       matrixSelectRange(evt);
 686     }
 687     graphStretch = -1;
 688     mouseDragLastX = -1;
 689     mouseDragLastY = -1;
 690     firstDragX = -1;
 691     firstDragY = -1;
 692     mouseDragging = false;
 693     if (dragMode == DragMode.Resize)
 694     {
 695       ap.adjustAnnotationHeight();
 696     }
 697     dragMode = DragMode.Undefined;
 698     ap.getScalePanel().mouseReleased(evt);
 699
 700     /*
 701      * isPopupTrigger is set in mouseReleased on Windows
 702      * (in mousePressed on Mac)
 703      */
 704     if (evt.isPopupTrigger() && activeRow != -1)
 705     {
 706       showPopupMenu(evt.getY(), evt.getX());
 707     }
 708
 709   }
 710
 711   /**
 712    * DOCUMENT ME!
 713    *
 714    * @param evt
 715    *          DOCUMENT ME!
 716    */
 717   @Override
 718   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 719   {
 720     this.mouseDragging = false;
 721     ap.getScalePanel().mouseEntered(evt);
 722   }
 723
 724   /**
 725    * On leaving the panel, calls ScalePanel.mouseExited to deal with scrolling
 726    * with column selection on a mouse drag
 727    *
 728    * @param evt
 729    */
 730   @Override
 731   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 732   {
 733     ap.getScalePanel().mouseExited(evt);
 734   }
 735
 736   /**
 737    * Action on starting or continuing a mouse drag. There are two possible
 738    * actions:
 739    * <ul>
 740    * <li>drag up or down on a graphed annotation increases or decreases the
 741    * height of the graph</li>
 742    * <li>dragging left or right selects the columns dragged across</li>
 743    * </ul>
 744    * A drag on a graph annotation is treated as column selection if it starts
 745    * with more horizontal than vertical movement, and as resize if it starts
 746    * with more vertical than horizontal movement. Once started, the drag does
 747    * not change mode.
 748    *
 749    * @param evt
 750    */
 751   @Override
 752   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 753   {
 754     /*
 755      * if dragMode is Undefined:
 756      * - set to Select if dx > dy
 757      * - set to Resize if dy > dx
 758      * - do nothing if dx == dy
 759      */
 760     final int x = evt.getX();
 761     final int y = evt.getY();
 762     if (dragMode == DragMode.Undefined)
 763     {
 764       int dx = Math.abs(x - mouseDragLastX);
 765       int dy = Math.abs(y - mouseDragLastY);
 766       if (graphStretch == -1 || dx > dy)
 767       {
 768         /*
 769          * mostly horizontal drag, or not a graph annotation
 770          */
 771         dragMode = DragMode.Select;
 772       }
 773       else if (dy > dx)
 774       {
 775         /*
 776          * mostly vertical drag
 777          */
 778         dragMode = DragMode.Resize;
 779
 780         /*
 781          * but could also be a matrix drag
 782          */
 783         if ((evt.isAltDown() || evt.isAltGraphDown()) && (av.getAlignment()
 784                 .getAlignmentAnnotation()[graphStretch].graph == AlignmentAnnotation.CUSTOMRENDERER))
 785         {
 786           /*
 787            * dragging in a matrix
 788            */
 789           dragMode = DragMode.MatrixSelect;
 790           firstDragX = mouseDragLastX;
 791           firstDragY = mouseDragLastY;
 792         }
 793       }
 794     }
 795
 796     if (dragMode == DragMode.Undefined)
 797
 798     {
 799       /*
 800        * drag is diagonal - defer deciding whether to
 801        * treat as up/down or left/right
 802        */
 803       return;
 804     }
 805
 806     try
 807     {
 808       if (dragMode == DragMode.Resize)
 809       {
 810         /*
 811          * resize graph annotation if mouse was dragged up or down
 812          */
 813         int deltaY = mouseDragLastY - evt.getY();
 814         if (deltaY != 0)
 815         {
 816           AlignmentAnnotation graphAnnotation = av.getAlignment()
 817                   .getAlignmentAnnotation()[graphStretch];
 818           int newHeight = Math.max(0, graphAnnotation.graphHeight + deltaY);
 819           graphAnnotation.graphHeight = newHeight;
 820           adjustPanelHeight();
 821           ap.paintAlignment(false, false);
 822         }
 823       }
 824       else if (dragMode == DragMode.MatrixSelect)
 825       {
 826         /*
 827          * TODO draw a rubber band for range
 828          */
 829         mouseDragLastX = x;
 830         mouseDragLastY = y;
 831         ap.paintAlignment(false, false);
 832       }
 833       else
 834       {
 835         /*
 836          * for mouse drag left or right, delegate to
 837          * ScalePanel to adjust the column selection
 838          */
 839         ap.getScalePanel().mouseDragged(evt);
 840       }
 841     } finally
 842     {
 843       mouseDragLastX = x;
 844       mouseDragLastY = y;
 845     }
 846   }
 847
 848   public void matrixSelectRange(MouseEvent evt)
 849   {
 850     /*
 851      * get geometry of drag
 852      */
 853     int fromY = Math.min(firstDragY, evt.getY());
 854     int toY = Math.max(firstDragY, evt.getY());
 855     int fromX = Math.min(firstDragX, evt.getX());
 856     int toX = Math.max(firstDragX, evt.getX());
 857
 858     int deltaY = toY - fromY;
 859     int deltaX = toX - fromX;
 860
 861     int[] rowIndex = getRowIndexAndOffset(fromY,
 862             av.getAlignment().getAlignmentAnnotation());
 863     int[] toRowIndex = getRowIndexAndOffset(toY,
 864             av.getAlignment().getAlignmentAnnotation());
 865
 866     if (rowIndex == null || toRowIndex == null)
 867     {
 868       System.out.println("Drag out of range. needs to be clipped");
 869
 870     }
 871     if (rowIndex[0] != toRowIndex[0])
 872     {
 873       System.out.println("Drag went to another row. needs to be clipped");
 874     }
 875
 876     // rectangular selection on matrix style annotation
 877     AlignmentAnnotation cma = av.getAlignment()
 878             .getAlignmentAnnotation()[rowIndex[0]];
 879
 880     int lastX = getColumnForXPos(fromX);
 881     int currentX = getColumnForXPos(toX);
 882     int fromXc = Math.min(lastX, currentX);
 883     int toXc = Math.max(lastX, currentX);
 884     ContactListI forFromX = av.getContactList(cma, fromXc);
 885     ContactListI forToX = av.getContactList(cma, toXc);
 886
 887     if (forFromX != null && forToX != null)
 888     {
 889       ContactGeometry lastXcgeom = new ContactGeometry(forFromX,
 890               cma.graphHeight);
 891       ContactGeometry.contactInterval lastXci = lastXcgeom
 892               .mapFor(rowIndex[1], rowIndex[1] - deltaY);
 893
 894       ContactGeometry cXcgeom = new ContactGeometry(forToX,
 895               cma.graphHeight);
 896       ContactGeometry.contactInterval cXci = cXcgeom.mapFor(rowIndex[1],
 897               rowIndex[1] - deltaY);
 898
 899       // mark rectangular region formed by drag
 900       System.err.println("Matrix Selection from last(" + fromXc + ",["
 901               + lastXci.cStart + "," + lastXci.cEnd + "]) to cur(" + toXc
 902               + ",[" + cXci.cStart + "," + cXci.cEnd + "])");
 903       int fr, to;
 904       fr = Math.min(lastXci.cStart, lastXci.cEnd);
 905       to = Math.max(lastXci.cStart, lastXci.cEnd);
 906       System.err.println("Marking " + fr + " to " + to);
 907       for (int c = fr; c <= to; c++)
 908       {
 909         if (cma.sequenceRef != null)
 910         {
 911           int col = cma.sequenceRef.findIndex(c);
 912           av.getColumnSelection().addElement(col);
 913         }
 914         else
 915         {
 916           av.getColumnSelection().addElement(c);
 917         }
 918       }
 919       fr = Math.min(cXci.cStart, cXci.cEnd);
 920       to = Math.max(cXci.cStart, cXci.cEnd);
 921       System.err.println("Marking " + fr + " to " + to);
 922       for (int c = fr; c <= to; c++)
 923       {
 924         if (cma.sequenceRef != null)
 925         {
 926           int col = cma.sequenceRef.findIndex(c);
 927           av.getColumnSelection().addElement(col);
 928         }
 929         else
 930         {
 931           av.getColumnSelection().addElement(c);
 932         }
 933       }
 934       fr = Math.min(lastX, currentX);
 935       to = Math.max(lastX, currentX);
 936
 937       System.err.println("Marking " + fr + " to " + to);
 938       for (int c = fr; c <= to; c++)
 939       {
 940         av.getColumnSelection().addElement(c);
 941       }
 942     }
 943
 944   }
 945
 946   /**
 947    * Constructs the tooltip, and constructs and displays a status message, for
 948    * the current mouse position
 949    *
 950    * @param evt
 951    */
 952   @Override
 953   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 954   {
 955     int yPos = evt.getY();
 956     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 957     int rowAndOffset[] = getRowIndexAndOffset(yPos, aa);
 958     int row = rowAndOffset[0];
 959
 960     if (row == -1)
 961     {
 962       this.setToolTipText(null);
 963       return;
 964     }
 965
 966     int column = getColumnForXPos(evt.getX());
 967
 968     AlignmentAnnotation ann = aa[row];
 969     if (row > -1 && ann.annotations != null
 970             && column < ann.annotations.length)
 971     {
 972       String toolTip = buildToolTip(ann, column, aa, rowAndOffset[1], av,
 973               ap);
 974       setToolTipText(toolTip == null ? null
 975               : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, toolTip));
 976       String msg = getStatusMessage(av.getAlignment(), column, ann,
 977               rowAndOffset[1], av);
 978       ap.alignFrame.setStatus(msg);
 979     }
 980     else
 981     {
 982       this.setToolTipText(null);
 983       ap.alignFrame.setStatus(" ");
 984     }
 985   }
 986
 987   private int getColumnForXPos(int x)
 988   {
 989     int column = (x / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 990     column = Math.min(column, av.getRanges().getEndRes());
 991
 992     if (av.hasHiddenColumns())
 993     {
 994       column = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 995               .visibleToAbsoluteColumn(column);
 996     }
 997     return column;
 998   }
 999
1000   /**
1001    * Answers the index in the annotations array of the visible annotation at the
1002    * given y position. This is done by adding the heights of visible annotations
1003    * until the y position has been exceeded. Answers -1 if no annotations are
1004    * visible, or the y position is below all annotations.
1005    *
1006    * @param yPos
1007    * @param aa
1008    * @return
1009    */
1010   static int getRowIndex(int yPos, AlignmentAnnotation[] aa)
1011   {
1012     if (aa == null)
1013     {
1014       return -1;
1015     }
1016     return getRowIndexAndOffset(yPos, aa)[0];
1017   }
1018
1019   static int[] getRowIndexAndOffset(int yPos, AlignmentAnnotation[] aa)
1020   {
1021     int[] res = new int[2];
1022     res[0] = -1;
1023     res[1] = 0;
1024     if (aa == null)
1025     {
1026       return res;
1027     }
1028     int row = -1;
1029     int height = 0, lheight = 0;
1030     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
1031     {
1032       if (aa[i].visible)
1033       {
1034         lheight = height;
1035         height += aa[i].height;
1036       }
1037
1038       if (height > yPos)
1039       {
1040         row = i;
1041         res[0] = row;
1042         res[1] = height - yPos;
1043         break;
1044       }
1045     }
1046     return res;
1047   }
1048
1049   /**
1050    * Answers a tooltip for the annotation at the current mouse position, not
1051    * wrapped in &lt;html&gt; tags (apply if wanted). Answers null if there is no
1052    * tooltip to show.
1053    *
1054    * @param ann
1055    * @param column
1056    * @param anns
1057    * @param rowAndOffset
1058    */
1059   static String buildToolTip(AlignmentAnnotation ann, int column,
1060           AlignmentAnnotation[] anns, int rowAndOffset, AlignViewportI av,
1061           AlignmentPanel ap)
1062   {
1063     String tooltip = null;
1064     if (ann.graphGroup > -1)
1065     {
1066       StringBuilder tip = new StringBuilder(32);
1067       boolean first = true;
1068       for (int i = 0; i < anns.length; i++)
1069       {
1070         if (anns[i].graphGroup == ann.graphGroup
1071                 && anns[i].annotations[column] != null)
1072         {
1073           if (!first)
1074           {
1075             tip.append("<br>");
1076           }
1077           first = false;
1078           tip.append(anns[i].label);
1079           String description = anns[i].annotations[column].description;
1080           if (description != null && description.length() > 0)
1081           {
1082             tip.append(" ").append(description);
1083           }
1084         }
1085       }
1086       tooltip = first ? null : tip.toString();
1087     }
1088     else if (column < ann.annotations.length
1089             && ann.annotations[column] != null)
1090     {
1091       tooltip = ann.annotations[column].description;
1092     }
1093     // TODO abstract tooltip generator so different implementations can be built
1094     if (ann.graph == AlignmentAnnotation.CUSTOMRENDERER)
1095     {
1096       ContactListI clist = av.getContactList(ann, column);
1097       if (clist != null)
1098       {
1099         ContactGeometry cgeom = new ContactGeometry(clist, ann.graphHeight);
1100         ContactGeometry.contactInterval ci = cgeom.mapFor(rowAndOffset,
1101                 rowAndOffset);
1102         ContactRange cr = clist.getRangeFor(ci.cStart, ci.cEnd);
1103         tooltip = "Contact from " + clist.getPosition() + ", [" + ci.cStart
1104                 + " - " + ci.cEnd + "]" + "<br/>Mean:" + cr.getMean();
1105
1106         // ap.getStructureSelectionManager().mouseOverSequence(ann.sequenceRef,
1107         // new int[] {column, ci.cStart,ci.cEnd}, -1, null)
1108       }
1109     }
1110     return tooltip;
1111   }
1112
1113   /**
1114    * Constructs and returns the status bar message
1115    *
1116    * @param al
1117    * @param column
1118    * @param ann
1119    * @param rowAndOffset
1120    */
1121   static String getStatusMessage(AlignmentI al, int column,
1122           AlignmentAnnotation ann, int rowAndOffset, AlignViewportI av)
1123   {
1124     /*
1125      * show alignment column and annotation description if any
1126      */
1127     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
1128     text.append(MessageManager.getString("label.column")).append(" ")
1129             .append(column + 1);
1130
1131     if (column < ann.annotations.length && ann.annotations[column] != null)
1132     {
1133       String description = ann.annotations[column].description;
1134       if (description != null && description.trim().length() > 0)
1135       {
1136         text.append("  ").append(description);
1137       }
1138     }
1139
1140     /*
1141      * if the annotation is sequence-specific, show the sequence number
1142      * in the alignment, and (if not a gap) the residue and position
1143      */
1144     SequenceI seqref = ann.sequenceRef;
1145     if (seqref != null)
1146     {
1147       int seqIndex = al.findIndex(seqref);
1148       if (seqIndex != -1)
1149       {
1150         text.append(", ").append(MessageManager.getString("label.sequence"))
1151                 .append(" ").append(seqIndex + 1);
1152         char residue = seqref.getCharAt(column);
1153         if (!Comparison.isGap(residue))
1154         {
1155           text.append(" ");
1156           String name;
1157           if (al.isNucleotide())
1158           {
1159             name = ResidueProperties.nucleotideName
1160                     .get(String.valueOf(residue));
1161             text.append(" Nucleotide: ")
1162                     .append(name != null ? name : residue);
1163           }
1164           else
1165           {
1166             name = 'X' == residue ? "X"
1167                     : ('*' == residue ? "STOP"
1168                             : ResidueProperties.aa2Triplet
1169                                     .get(String.valueOf(residue)));
1170             text.append(" Residue: ").append(name != null ? name : residue);
1171           }
1172           int residuePos = seqref.findPosition(column);
1173           text.append(" (").append(residuePos).append(")");
1174         }
1175       }
1176     }
1177
1178     return text.toString();
1179   }
1180
1181   /**
1182    * DOCUMENT ME!
1183    *
1184    * @param evt
1185    *          DOCUMENT ME!
1186    */
1187   @Override
1188   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1189   {
1190     // if (activeRow != -1)
1191     // {
1192     // AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
1193     // AlignmentAnnotation anot = aa[activeRow];
1194     // }
1195   }
1196
1197   // TODO mouseClicked-content and drawCursor are quite experimental!
1198   public void drawCursor(Graphics graphics, SequenceI seq, int res, int x1,
1199           int y1)
1200   {
1201     int pady = av.getCharHeight() / 5;
1202     int charOffset = 0;
1203     graphics.setColor(Color.black);
1204     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth(), av.getCharHeight());
1205
1206     if (av.validCharWidth)
1207     {
1208       graphics.setColor(Color.white);
1209
1210       char s = seq.getCharAt(res);
1211
1212       charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
1213       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
1214               (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
1215     }
1216
1217   }
1218
1219   private volatile boolean imageFresh = false;
1220
1221   private Rectangle visibleRect = new Rectangle(),
1222           clipBounds = new Rectangle();
1223
1224   /**
1225    * DOCUMENT ME!
1226    *
1227    * @param g
1228    *          DOCUMENT ME!
1229    */
1230   @Override
1231   public void paintComponent(Graphics g)
1232   {
1233
1234     // BH: note that this method is generally recommended to
1235     // call super.paintComponent(g). Otherwise, the children of this
1236     // component will not be rendered. That is not needed here
1237     // because AnnotationPanel does not have any children. It is
1238     // just a JPanel contained in a JViewPort.
1239
1240     computeVisibleRect(visibleRect);
1241
1242     g.setColor(Color.white);
1243     g.fillRect(0, 0, visibleRect.width, visibleRect.height);
1244
1245     if (image != null)
1246     {
1247       // BH 2018 optimizing generation of new Rectangle().
1248       if (fastPaint
1249               || (visibleRect.width != (clipBounds = g
1250                       .getClipBounds(clipBounds)).width)
1251               || (visibleRect.height != clipBounds.height))
1252       {
1253
1254         g.drawImage(image, 0, 0, this);
1255         fastPaint = false;
1256         return;
1257       }
1258     }
1259     imgWidth = (av.getRanges().getEndRes() - av.getRanges().getStartRes()
1260             + 1) * av.getCharWidth();
1261     if (imgWidth < 1)
1262     {
1263       return;
1264     }
1265     Graphics2D gg;
1266     if (image == null || imgWidth != image.getWidth(this)
1267             || image.getHeight(this) != getHeight())
1268     {
1269       try
1270       {
1271         image = new BufferedImage(imgWidth,
1272                 ap.getAnnotationPanel().getHeight(),
1273                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
1274       } catch (OutOfMemoryError oom)
1275       {
1276         try
1277         {
1278           System.gc();
1279         } catch (Exception x)
1280         {
1281         }
1282         ;
1283         new OOMWarning(
1284                 "Couldn't allocate memory to redraw screen. Please restart Jalview",
1285                 oom);
1286         return;
1287       }
1288       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
1289
1290       if (av.antiAlias)
1291       {
1292         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
1293                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
1294       }
1295
1296       gg.setFont(av.getFont());
1297       fm = gg.getFontMetrics();
1298       gg.setColor(Color.white);
1299       gg.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
1300       imageFresh = true;
1301     }
1302     else
1303     {
1304       gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
1305
1306     }
1307
1308     drawComponent(gg, av.getRanges().getStartRes(),
1309             av.getRanges().getEndRes() + 1);
1310     gg.dispose();
1311     imageFresh = false;
1312     g.drawImage(image, 0, 0, this);
1313   }
1314
1315   /**
1316    * set true to enable redraw timing debug output on stderr
1317    */
1318   private final boolean debugRedraw = false;
1319
1320   /**
1321    * non-Thread safe repaint
1322    *
1323    * @param horizontal
1324    *          repaint with horizontal shift in alignment
1325    */
1326   public void fastPaint(int horizontal)
1327   {
1328     if ((horizontal == 0) || image == null
1329             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null
1330             || av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1
1331             || av.isCalcInProgress())
1332     {
1333       repaint();
1334       return;
1335     }
1336
1337     int sr = av.getRanges().getStartRes();
1338     int er = av.getRanges().getEndRes() + 1;
1339     int transX = 0;
1340
1341     Graphics2D gg = (Graphics2D) image.getGraphics();
1342
1343     if (imgWidth > Math.abs(horizontal * av.getCharWidth()))
1344     {
1345       // scroll is less than imgWidth away so can re-use buffered graphics
1346       gg.copyArea(0, 0, imgWidth, getHeight(),
1347               -horizontal * av.getCharWidth(), 0);
1348
1349       if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
1350       {
1351         transX = (er - sr - horizontal) * av.getCharWidth();
1352         sr = er - horizontal;
1353       }
1354       else if (horizontal < 0)
1355       {
1356         er = sr - horizontal;
1357       }
1358     }
1359     gg.translate(transX, 0);
1360
1361     drawComponent(gg, sr, er);
1362
1363     gg.translate(-transX, 0);
1364
1365     gg.dispose();
1366
1367     fastPaint = true;
1368
1369     // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
1370     // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the overview
1371     // window and others may be adversely affected.
1372     av.getAlignPanel().repaint();
1373   }
1374
1375   private volatile boolean lastImageGood = false;
1376
1377   /**
1378    * DOCUMENT ME!
1379    *
1380    * @param g
1381    *          DOCUMENT ME!
1382    * @param startRes
1383    *          DOCUMENT ME!
1384    * @param endRes
1385    *          DOCUMENT ME!
1386    */
1387   public void drawComponent(Graphics g, int startRes, int endRes)
1388   {
1389     BufferedImage oldFaded = fadedImage;
1390     if (av.isCalcInProgress())
1391     {
1392       if (image == null)
1393       {
1394         lastImageGood = false;
1395         return;
1396       }
1397       // We'll keep a record of the old image,
1398       // and draw a faded image until the calculation
1399       // has completed
1400       if (lastImageGood
1401               && (fadedImage == null || fadedImage.getWidth() != imgWidth
1402                       || fadedImage.getHeight() != image.getHeight()))
1403       {
1404         // System.err.println("redraw faded image ("+(fadedImage==null ?
1405         // "null image" : "") + " lastGood="+lastImageGood+")");
1406         fadedImage = new BufferedImage(imgWidth, image.getHeight(),
1407                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
1408
1409         Graphics2D fadedG = (Graphics2D) fadedImage.getGraphics();
1410
1411         fadedG.setColor(Color.white);
1412         fadedG.fillRect(0, 0, imgWidth, image.getHeight());
1413
1414         fadedG.setComposite(
1415                 AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER, .3f));
1416         fadedG.drawImage(image, 0, 0, this);
1417
1418       }
1419       // make sure we don't overwrite the last good faded image until all
1420       // calculations have finished
1421       lastImageGood = false;
1422
1423     }
1424     else
1425     {
1426       if (fadedImage != null)
1427       {
1428         oldFaded = fadedImage;
1429       }
1430       fadedImage = null;
1431     }
1432
1433     g.setColor(Color.white);
1434     g.fillRect(0, 0, (endRes - startRes) * av.getCharWidth(), getHeight());
1435
1436     g.setFont(av.getFont());
1437     if (fm == null)
1438     {
1439       fm = g.getFontMetrics();
1440     }
1441
1442     if ((av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
1443             || (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length < 1))
1444     {
1445       g.setColor(Color.white);
1446       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
1447       g.setColor(Color.black);
1448       if (av.validCharWidth)
1449       {
1450         g.drawString(MessageManager
1451                 .getString("label.alignment_has_no_annotations"), 20, 15);
1452       }
1453
1454       return;
1455     }
1456     lastImageGood = renderer.drawComponent(this, av, g, activeRow, startRes,
1457             endRes);
1458     if (!lastImageGood && fadedImage == null)
1459     {
1460       fadedImage = oldFaded;
1461     }
1462     if (dragMode == DragMode.MatrixSelect)
1463     {
1464       g.setColor(Color.yellow);
1465       g.drawRect(Math.min(firstDragX, mouseDragLastX),
1466               Math.min(firstDragY, mouseDragLastY),
1467               Math.max(firstDragX, mouseDragLastX)
1468                       - Math.min(firstDragX, mouseDragLastX),
1469               Math.max(firstDragY, mouseDragLastY)
1470                       - Math.min(firstDragY, mouseDragLastY));
1471
1472     }
1473   }
1474
1475   @Override
1476   public FontMetrics getFontMetrics()
1477   {
1478     return fm;
1479   }
1480
1481   @Override
1482   public Image getFadedImage()
1483   {
1484     return fadedImage;
1485   }
1486
1487   @Override
1488   public int getFadedImageWidth()
1489   {
1490     return imgWidth;
1491   }
1492
1493   private int[] bounds = new int[2];
1494
1495   @Override
1496   public int[] getVisibleVRange()
1497   {
1498     if (ap != null && ap.getAlabels() != null)
1499     {
1500       int sOffset = -ap.getAlabels().getScrollOffset();
1501       int visHeight = sOffset + ap.annotationSpaceFillerHolder.getHeight();
1502       bounds[0] = sOffset;
1503       bounds[1] = visHeight;
1504       return bounds;
1505     }
1506     else
1507     {
1508       return null;
1509     }
1510   }
1511
1512   /**
1513    * Try to ensure any references held are nulled
1514    */
1515   public void dispose()
1516   {
1517     av = null;
1518     ap = null;
1519     image = null;
1520     fadedImage = null;
1521     // gg = null;
1522     _mwl = null;
1523
1524     /*
1525      * I created the renderer so I will dispose of it
1526      */
1527     if (renderer != null)
1528     {
1529       renderer.dispose();
1530     }
1531   }
1532
1533   @Override
1534   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1535   {
1536     // Respond to viewport range changes (e.g. alignment panel was scrolled)
1537     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1538     // both start and end points, but resize only changes end values.
1539     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1540     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1541     // vertical start value.
1542     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES))
1543     {
1544       fastPaint((int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1545     }
1546     else if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1547     {
1548       fastPaint(((int[]) evt.getNewValue())[0]
1549               - ((int[]) evt.getOldValue())[0]);
1550     }
1551     else if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
1552     {
1553       repaint();
1554     }
1555   }
1556
1557   /**
1558    * computes the visible height of the annotation panel
1559    *
1560    * @param adjustPanelHeight
1561    *          - when false, just adjust existing height according to other
1562    *          windows
1563    * @param annotationHeight
1564    * @return height to use for the ScrollerPreferredVisibleSize
1565    */
1566   public int adjustForAlignFrame(boolean adjustPanelHeight,
1567           int annotationHeight)
1568   {
1569     /*
1570      * Estimate available height in the AlignFrame for alignment +
1571      * annotations. Deduct an estimate for title bar, menu bar, scale panel,
1572      * hscroll, status bar, insets.
1573      */
1574     int stuff = (ap.getViewName() != null ? 30 : 0)
1575             + (Platform.isAMacAndNotJS() ? 120 : 140);
1576     int availableHeight = ap.alignFrame.getHeight() - stuff;
1577     int rowHeight = av.getCharHeight();
1578
1579     if (adjustPanelHeight)
1580     {
1581       int alignmentHeight = rowHeight * av.getAlignment().getHeight();
1582
1583       /*
1584        * If not enough vertical space, maximize annotation height while keeping
1585        * at least two rows of alignment visible
1586        */
1587       if (annotationHeight + alignmentHeight > availableHeight)
1588       {
1589         annotationHeight = Math.min(annotationHeight,
1590                 availableHeight - 2 * rowHeight);
1591       }
1592     }
1593     else
1594     {
1595       // maintain same window layout whilst updating sliders
1596       annotationHeight = Math.min(ap.annotationScroller.getSize().height,
1597               availableHeight - 2 * rowHeight);
1598     }
1599     return annotationHeight;
1600   }
1601 }