src/jalview/gui/AppJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30
  31 import java.awt.Container;
  32 import java.util.Map;
  33
  34 import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  35 import org.jmol.java.BS;
  36 import org.openscience.jmol.app.jmolpanel.console.AppConsole;
  37
  38 public class AppJmolBinding extends JalviewJmolBinding
  39 {
  40   private AppJmol appJmolWindow;
  41
  42   private FeatureRenderer fr = null;
  43
  44   public AppJmolBinding(AppJmol appJmol, StructureSelectionManager sSm,
  45           PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains,
  46           String protocol)
  47   {
  48     super(sSm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  49     appJmolWindow = appJmol;
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  54   {
  55     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? appJmolWindow
  56             .getAlignmentPanel() : (AlignmentPanel) alignment;
  57     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  58     {
  59       if (fr == null)
  60       {
  61         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  62       }
  63       else
  64       {
  65         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  66       }
  67     }
  68
  69     return fr;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  74   {
  75     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  80   {
  81     if (console != null)
  82     {
  83       console.sendConsoleEcho(strEcho);
  84     }
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  89   {
  90     if (console != null && strStatus != null)
  91     // && !strStatus.equals("Script completed"))
  92     // should we squash the script completed string ?
  93     {
  94       console.sendConsoleMessage(strStatus);
  95     }
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public void showUrl(String url, String target)
 100   {
 101     try
 102     {
 103       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 104     } catch (Exception e)
 105     {
 106       Cache.log.error("Failed to launch Jmol-associated url " + url, e);
 107       // TODO: 2.6 : warn user if browser was not configured.
 108     }
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public void refreshGUI()
 113   {
 114     // appJmolWindow.repaint();
 115     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 116     {
 117       @Override
 118       public void run()
 119       {
 120         appJmolWindow.updateTitleAndMenus();
 121         appJmolWindow.revalidate();
 122       }
 123     });
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public void updateColours(Object source)
 128   {
 129     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 130     // ignore events from panels not used to colour this view
 131     if (!appJmolWindow.isUsedforcolourby(ap))
 132     {
 133       return;
 134     }
 135     if (!isLoadingFromArchive())
 136     {
 137       colourBySequence(ap);
 138     }
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 143   {
 144     // todo - script termination doesn't happen ?
 145     // if (console != null)
 146     // console.notifyScriptTermination(strStatus,
 147     // msWalltime);
 148   }
 149
 150   @Override
 151   public void showUrl(String url)
 152   {
 153     showUrl(url, "jmol");
 154   }
 155
 156   public void newJmolPopup(String menuName)
 157   {
 158     // jmolpopup = new JmolAwtPopup();
 159     // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public void selectionChanged(BS arg0)
 164   {
 165     // TODO Auto-generated method stub
 166
 167   }
 168
 169   @Override
 170   public void refreshPdbEntries()
 171   {
 172     // TODO Auto-generated method stub
 173
 174   }
 175
 176   @Override
 177   public void showConsole(boolean b)
 178   {
 179     appJmolWindow.showConsole(b);
 180   }
 181
 182   @Override
 183   protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 184           Container consolePanel, String buttonsToShow)
 185   {
 186     viewer.setJmolCallbackListener(this);
 187     return new AppConsole(viewer, consolePanel, buttonsToShow);
 188   }
 189
 190   @Override
 191   protected void releaseUIResources()
 192   {
 193     appJmolWindow = null;
 194     closeConsole();
 195   }
 196
 197   @Override
 198   public void releaseReferences(Object svl)
 199   {
 200     if (svl instanceof SeqPanel)
 201     {
 202       appJmolWindow.removeAlignmentPanel(((SeqPanel) svl).ap);
 203     }
 204   }
 205
 206   @Override
 207   public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 208   {
 209     // TODO Auto-generated method stub
 210     return null;
 211   }
 212
 213   @Override
 214   public JalviewStructureDisplayI getViewer()
 215   {
 216     return appJmolWindow;
 217   }
 218 }