src/jalview/gui/AssociatePdbFileWithSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.StructureSelectionManagerProvider;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.io.DataSourceType;
  27 import jalview.io.StructureFile;
  28 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  29 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 /**
  33  * GUI related routines for associating PDB files with sequences
  34  *
  35  * @author JimP
  36  *
  37  */
  38 public class AssociatePdbFileWithSeq
  39 {
  40
  41   /**
  42    * assocate the given PDB file with
  43    *
  44    * @param choice
  45    * @param sequence
  46    */
  47   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, DataSourceType file,
  48           SequenceI sequence, boolean prompt,
  49           StructureSelectionManagerProvider ssmp)
  50   {
  51     return associatePdbWithSeq(choice, file, sequence, prompt, ssmp,
  52             TFType.DEFAULT, null, true);
  53   }
  54
  55   public PDBEntry associatePdbWithSeq(String choice, DataSourceType file,
  56           SequenceI sequence, boolean prompt,
  57           StructureSelectionManagerProvider ssmp, TFType tft,
  58           String paeFilename, boolean doXferSettings)
  59   {
  60     PDBEntry entry = new PDBEntry();
  61     StructureFile pdbfile = StructureSelectionManager
  62             .getStructureSelectionManager(ssmp)
  63             .setMapping(false, new SequenceI[]
  64             { sequence }, null, choice, file, tft, paeFilename,
  65                     doXferSettings);
  66     if (pdbfile == null)
  67     {
  68       // stacktrace already thrown so just return
  69       return null;
  70     }
  71     if (pdbfile.getId() == null)
  72     {
  73       String reply = null;
  74
  75       if (prompt)
  76       {
  77         reply = JvOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
  78                 MessageManager
  79                         .getString("label.couldnt_find_pdb_id_in_file"),
  80                 MessageManager.getString("label.no_pdb_id_in_file"),
  81                 JvOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
  82       }
  83       if (reply == null)
  84       {
  85         return null;
  86       }
  87
  88       entry.setId(reply);
  89     }
  90     else
  91     {
  92       entry.setId(pdbfile.getId());
  93     }
  94     entry.setType(PDBEntry.Type.FILE);
  95
  96     if (pdbfile != null)
  97     {
  98       entry.setFile(choice);
  99       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 100       StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(ssmp)
 101               .registerPDBEntry(entry);
 102       entry.setStructureFile(pdbfile);
 103     }
 104     if (tft != null)
 105       entry.setProperty("TFType", tft.name());
 106     if (paeFilename != null)
 107       entry.setProperty("PAEFile", paeFilename);
 108     return entry;
 109   }
 110 }