src/jalview/gui/CalculationChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  25 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  26 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  27 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.BorderLayout;
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.Component;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FlowLayout;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.GridLayout;
  39 import java.awt.Insets;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.FocusEvent;
  43 import java.awt.event.FocusListener;
  44 import java.awt.event.MouseAdapter;
  45 import java.awt.event.MouseEvent;
  46 import java.beans.PropertyVetoException;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.BorderFactory;
  51 import javax.swing.ButtonGroup;
  52 import javax.swing.DefaultComboBoxModel;
  53 import javax.swing.JButton;
  54 import javax.swing.JCheckBox;
  55 import javax.swing.JComboBox;
  56 import javax.swing.JInternalFrame;
  57 import javax.swing.JLabel;
  58 import javax.swing.JLayeredPane;
  59 import javax.swing.JPanel;
  60 import javax.swing.JRadioButton;
  61 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  62 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  63
  64 /**
  65  * A dialog where a user can choose and action Tree or PCA calculation options
  66  */
  67 public class CalculationChooser extends JPanel
  68 {
  69   /*
  70    * flag for whether gap matches residue in the PID calculation for a Tree
  71    * - true gives Jalview 2.10.1 behaviour
  72    * - set to false (using Groovy) for a more correct tree
  73    * (JAL-374)
  74    */
  75   private static boolean treeMatchGaps = true;
  76
  77   private static final Font VERDANA_11PT = new Font("Verdana", 0, 11);
  78
  79   private static final int MIN_TREE_SELECTION = 3;
  80
  81   private static final int MIN_PCA_SELECTION = 4;
  82
  83   AlignFrame af;
  84
  85   JRadioButton pca;
  86
  87   JRadioButton neighbourJoining;
  88
  89   JRadioButton averageDistance;
  90
  91   JComboBox<String> modelNames;
  92
  93   JButton calculate;
  94
  95   private JInternalFrame frame;
  96
  97   private JCheckBox includeGaps;
  98
  99   private JCheckBox matchGaps;
 100
 101   private JCheckBox includeGappedColumns;
 102
 103   private JCheckBox shorterSequence;
 104
 105   final ComboBoxTooltipRenderer renderer = new ComboBoxTooltipRenderer();
 106
 107   List<String> tips = new ArrayList<>();
 108
 109   /*
 110    * the most recently opened PCA results panel
 111    */
 112   private PCAPanel pcaPanel;
 113
 114   /**
 115    * Constructor
 116    *
 117    * @param af
 118    */
 119   public CalculationChooser(AlignFrame alignFrame)
 120   {
 121     this.af = alignFrame;
 122     init();
 123     af.alignPanel.setCalculationDialog(this);
 124   }
 125
 126   /**
 127    * Lays out the panel and adds it to the desktop
 128    */
 129   void init()
 130   {
 131     setLayout(new BorderLayout());
 132     frame = new JInternalFrame();
 133     frame.setContentPane(this);
 134     this.setBackground(Color.white);
 135     frame.addFocusListener(new FocusListener()
 136     {
 137
 138       @Override
 139       public void focusLost(FocusEvent e)
 140       {
 141       }
 142
 143       @Override
 144       public void focusGained(FocusEvent e)
 145       {
 146         validateCalcTypes();
 147       }
 148     });
 149     /*
 150      * Layout consists of 3 or 4 panels:
 151      * - first with choice of PCA or tree method NJ or AV
 152      * - second with choice of score model
 153      * - third with score model parameter options [suppressed]
 154      * - fourth with OK and Cancel
 155      */
 156     pca = new JRadioButton(
 157             MessageManager.getString("label.principal_component_analysis"));
 158     pca.setOpaque(false);
 159
 160     neighbourJoining = new JRadioButton(
 161             MessageManager.getString("label.tree_calc_nj"));
 162     neighbourJoining.setSelected(true);
 163     neighbourJoining.setOpaque(false);
 164
 165     averageDistance = new JRadioButton(
 166             MessageManager.getString("label.tree_calc_av"));
 167     averageDistance.setOpaque(false);
 168
 169     JPanel calcChoicePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 170     calcChoicePanel.setOpaque(false);
 171
 172     // first create the Tree calculation's border panel
 173     JPanel treePanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 174     treePanel.setOpaque(false);
 175
 176     JvSwingUtils.createTitledBorder(treePanel,
 177             MessageManager.getString("label.tree"), true);
 178
 179     // then copy the inset dimensions for the border-less PCA panel
 180     JPanel pcaBorderless = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
 181     Insets b = treePanel.getBorder().getBorderInsets(treePanel);
 182     pcaBorderless.setBorder(
 183             BorderFactory.createEmptyBorder(2, b.left, 2, b.right));
 184     pcaBorderless.setOpaque(false);
 185
 186     pcaBorderless.add(pca, FlowLayout.LEFT);
 187     calcChoicePanel.add(pcaBorderless, FlowLayout.LEFT);
 188
 189     treePanel.add(neighbourJoining);
 190     treePanel.add(averageDistance);
 191
 192     calcChoicePanel.add(treePanel);
 193
 194     ButtonGroup calcTypes = new ButtonGroup();
 195     calcTypes.add(pca);
 196     calcTypes.add(neighbourJoining);
 197     calcTypes.add(averageDistance);
 198
 199     ActionListener calcChanged = new ActionListener()
 200     {
 201       @Override
 202       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 203       {
 204         validateCalcTypes();
 205       }
 206     };
 207     pca.addActionListener(calcChanged);
 208     neighbourJoining.addActionListener(calcChanged);
 209     averageDistance.addActionListener(calcChanged);
 210
 211     /*
 212      * score models drop-down - with added tooltips!
 213      */
 214     modelNames = buildModelOptionsList();
 215
 216     JPanel scoreModelPanel = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.CENTER));
 217     scoreModelPanel.setOpaque(false);
 218     scoreModelPanel.add(modelNames);
 219
 220     /*
 221      * score model parameters
 222      */
 223     JPanel paramsPanel = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
 224     paramsPanel.setOpaque(false);
 225     includeGaps = new JCheckBox("Include gaps");
 226     matchGaps = new JCheckBox("Match gaps");
 227     includeGappedColumns = new JCheckBox("Include gapped columns");
 228     shorterSequence = new JCheckBox("Match on shorter sequence");
 229     paramsPanel.add(new JLabel("Pairwise sequence scoring options"));
 230     paramsPanel.add(includeGaps);
 231     paramsPanel.add(matchGaps);
 232     paramsPanel.add(includeGappedColumns);
 233     paramsPanel.add(shorterSequence);
 234
 235     /*
 236      * OK / Cancel buttons
 237      */
 238     calculate = new JButton(MessageManager.getString("action.calculate"));
 239     calculate.setFont(VERDANA_11PT);
 240     calculate.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 241     {
 242       @Override
 243       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 244       {
 245         calculate_actionPerformed();
 246       }
 247     });
 248     JButton close = new JButton(MessageManager.getString("action.close"));
 249     close.setFont(VERDANA_11PT);
 250     close.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 251     {
 252       @Override
 253       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 254       {
 255         close_actionPerformed();
 256       }
 257     });
 258     JPanel actionPanel = new JPanel();
 259     actionPanel.setOpaque(false);
 260     actionPanel.add(calculate);
 261     actionPanel.add(close);
 262
 263     boolean includeParams = false;
 264     this.add(calcChoicePanel, BorderLayout.CENTER);
 265     calcChoicePanel.add(scoreModelPanel);
 266     if (includeParams)
 267     {
 268       scoreModelPanel.add(paramsPanel);
 269     }
 270     this.add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 271
 272     int width = 350;
 273     int height = includeParams ? 420 : 240;
 274
 275     setMinimumSize(new Dimension(325, height - 10));
 276     String title = MessageManager.getString("label.choose_calculation");
 277     if (af.getViewport().getViewName() != null)
 278     {
 279       title = title + " (" + af.getViewport().getViewName() + ")";
 280     }
 281
 282     Desktop.addInternalFrame(frame, title, width, height, false);
 283     calcChoicePanel.doLayout();
 284     revalidate();
 285     /*
 286      * null the AlignmentPanel's reference to the dialog when it is closed
 287      */
 288     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 289     {
 290       @Override
 291       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 292       {
 293         af.alignPanel.setCalculationDialog(null);
 294       };
 295     });
 296
 297     validateCalcTypes();
 298     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 299   }
 300
 301   /**
 302    * enable calculations applicable for the current alignment or selection.
 303    */
 304   protected void validateCalcTypes()
 305   {
 306     int size = af.getViewport().getAlignment().getHeight();
 307     if (af.getViewport().getSelectionGroup() != null)
 308     {
 309       size = af.getViewport().getSelectionGroup().getSize();
 310     }
 311
 312     /*
 313      * disable calc options for which there is insufficient input data
 314      * return value of true means enabled and selected
 315      */
 316     boolean checkPca = checkEnabled(pca, size, MIN_PCA_SELECTION);
 317     boolean checkNeighbourJoining = checkEnabled(neighbourJoining, size,
 318             MIN_TREE_SELECTION);
 319     boolean checkAverageDistance = checkEnabled(averageDistance, size,
 320             MIN_TREE_SELECTION);
 321
 322     if (checkPca || checkNeighbourJoining || checkAverageDistance)
 323     {
 324       calculate.setToolTipText(null);
 325       calculate.setEnabled(true);
 326     }
 327     else
 328     {
 329       calculate.setEnabled(false);
 330     }
 331     updateScoreModels(modelNames, tips);
 332   }
 333
 334   /**
 335    * Check the input and disable a calculation's radio button if necessary. A
 336    * tooltip is shown for disabled calculations.
 337    *
 338    * @param calc
 339    *          - radio button for the calculation being validated
 340    * @param size
 341    *          - size of input to calculation
 342    * @param minsize
 343    *          - minimum size for calculation
 344    * @return true if size >= minsize and calc.isSelected
 345    */
 346   private boolean checkEnabled(JRadioButton calc, int size, int minsize)
 347   {
 348     String ttip = MessageManager
 349             .formatMessage("label.you_need_at_least_n_sequences", minsize);
 350
 351     calc.setEnabled(size >= minsize);
 352     if (!calc.isEnabled())
 353     {
 354       calc.setToolTipText(ttip);
 355     }
 356     else
 357     {
 358       calc.setToolTipText(null);
 359     }
 360     if (calc.isSelected())
 361     {
 362       modelNames.setEnabled(calc.isEnabled());
 363       if (calc.isEnabled())
 364       {
 365         return true;
 366       }
 367       else
 368       {
 369         calculate.setToolTipText(ttip);
 370       }
 371     }
 372     return false;
 373   }
 374
 375   /**
 376    * A rather elaborate helper method (blame Swing, not me) that builds a
 377    * drop-down list of score models (by name) with descriptions as tooltips.
 378    * There is also a tooltip shown for the currently selected item when hovering
 379    * over it (without opening the list).
 380    */
 381   protected JComboBox<String> buildModelOptionsList()
 382   {
 383     final JComboBox<String> scoreModelsCombo = new JComboBox<>();
 384     scoreModelsCombo.setRenderer(renderer);
 385
 386     /*
 387      * show tooltip on mouse over the combobox
 388      * note the listener has to be on the components that make up
 389      * the combobox, doesn't work if just on the combobox
 390      */
 391     final MouseAdapter mouseListener = new MouseAdapter()
 392     {
 393       @Override
 394       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 395       {
 396         scoreModelsCombo.setToolTipText(
 397                 tips.get(scoreModelsCombo.getSelectedIndex()));
 398       }
 399
 400       @Override
 401       public void mouseExited(MouseEvent e)
 402       {
 403         scoreModelsCombo.setToolTipText(null);
 404       }
 405     };
 406     for (Component c : scoreModelsCombo.getComponents())
 407     {
 408       c.addMouseListener(mouseListener);
 409     }
 410
 411     updateScoreModels(scoreModelsCombo, tips);
 412
 413     /*
 414      * set the list of tooltips on the combobox's renderer
 415      */
 416     renderer.setTooltips(tips);
 417
 418     return scoreModelsCombo;
 419   }
 420
 421   private void updateScoreModels(JComboBox<String> comboBox,
 422           List<String> toolTips)
 423   {
 424     Object curSel = comboBox.getSelectedItem();
 425     toolTips.clear();
 426     DefaultComboBoxModel<String> model = new DefaultComboBoxModel<>();
 427
 428     /*
 429      * select the score models applicable to the alignment type
 430      */
 431     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
 432     List<ScoreModelI> models = getApplicableScoreModels(nucleotide,
 433             pca.isSelected());
 434
 435     /*
 436      * now we can actually add entries to the combobox,
 437      * remembering their descriptions for tooltips
 438      */
 439     boolean selectedIsPresent = false;
 440     for (ScoreModelI sm : models)
 441     {
 442       if (curSel != null && sm.getName().equals(curSel))
 443       {
 444         selectedIsPresent = true;
 445         curSel = sm.getName();
 446       }
 447       model.addElement(sm.getName());
 448
 449       /*
 450        * tooltip is description if provided, else text lookup with
 451        * fallback on the model name
 452        */
 453       String tooltip = sm.getDescription();
 454       if (tooltip == null)
 455       {
 456         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 457                 sm.getName());
 458       }
 459       toolTips.add(tooltip);
 460     }
 461
 462     if (selectedIsPresent)
 463     {
 464       model.setSelectedItem(curSel);
 465     }
 466     // finally, update the model
 467     comboBox.setModel(model);
 468   }
 469
 470   /**
 471    * Builds a list of score models which are applicable for the alignment and
 472    * calculation type (peptide or generic models for protein, nucleotide or
 473    * generic models for nucleotide).
 474    * <p>
 475    * As a special case, includes BLOSUM62 as an extra option for nucleotide PCA.
 476    * This is for backwards compatibility with Jalview prior to 2.8 when BLOSUM62
 477    * was the only score matrix supported. This is included if property
 478    * BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE is set to true in the Jalview properties file.
 479    *
 480    * @param nucleotide
 481    * @param forPca
 482    * @return
 483    */
 484   protected static List<ScoreModelI> getApplicableScoreModels(
 485           boolean nucleotide, boolean forPca)
 486   {
 487     List<ScoreModelI> filtered = new ArrayList<>();
 488
 489     ScoreModels scoreModels = ScoreModels.getInstance();
 490     for (ScoreModelI sm : scoreModels.getModels())
 491     {
 492       if (!nucleotide && sm.isProtein() || nucleotide && sm.isDNA())
 493       {
 494         filtered.add(sm);
 495       }
 496     }
 497
 498     /*
 499      * special case: add BLOSUM62 as last option for nucleotide PCA,
 500      * for backwards compatibility with Jalview < 2.8 (JAL-2962)
 501      */
 502     if (nucleotide && forPca
 503             && Cache.getDefault(Preferences.BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE,
 504                     false))
 505     {
 506       filtered.add(scoreModels.getBlosum62());
 507     }
 508
 509     return filtered;
 510   }
 511
 512   /**
 513    * Open and calculate the selected tree or PCA on 'OK'
 514    */
 515   protected void calculate_actionPerformed()
 516   {
 517     boolean doPCA = pca.isSelected();
 518     String modelName = modelNames.getSelectedItem().toString();
 519     SimilarityParamsI params = getSimilarityParameters(doPCA);
 520
 521     if (doPCA)
 522     {
 523       openPcaPanel(modelName, params);
 524     }
 525     else
 526     {
 527       openTreePanel(modelName, params);
 528     }
 529
 530     // closeFrame();
 531   }
 532
 533   /**
 534    * Open a new Tree panel on the desktop
 535    *
 536    * @param modelName
 537    * @param params
 538    */
 539   protected void openTreePanel(String modelName, SimilarityParamsI params)
 540   {
 541     /*
 542      * gui validation shouldn't allow insufficient sequences here, but leave
 543      * this check in in case this method gets exposed programmatically in future
 544      */
 545     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 546     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 547     if (sg != null && sg.getSize() < MIN_TREE_SELECTION)
 548     {
 549       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
 550               MessageManager.formatMessage(
 551                       "label.you_need_at_least_n_sequences",
 552                       MIN_TREE_SELECTION),
 553               MessageManager.getString("label.not_enough_sequences"),
 554               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 555       return;
 556     }
 557
 558     String treeType = neighbourJoining.isSelected()
 559             ? TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING
 560             : TreeBuilder.AVERAGE_DISTANCE;
 561     af.newTreePanel(treeType, modelName, params);
 562   }
 563
 564   /**
 565    * Open a new PCA panel on the desktop
 566    *
 567    * @param modelName
 568    * @param params
 569    */
 570   protected void openPcaPanel(String modelName, SimilarityParamsI params)
 571   {
 572     AlignViewport viewport = af.getViewport();
 573
 574     /*
 575      * gui validation shouldn't allow insufficient sequences here, but leave
 576      * this check in in case this method gets exposed programmatically in future
 577      */
 578     if (((viewport.getSelectionGroup() != null)
 579             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() < MIN_PCA_SELECTION)
 580             && (viewport.getSelectionGroup().getSize() > 0))
 581             || (viewport.getAlignment().getHeight() < MIN_PCA_SELECTION))
 582     {
 583       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 584               MessageManager.formatMessage(
 585                       "label.you_need_at_least_n_sequences",
 586                       MIN_PCA_SELECTION),
 587               MessageManager
 588                       .getString("label.sequence_selection_insufficient"),
 589               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 590       return;
 591     }
 592
 593     /*
 594      * construct the panel and kick off its calculation thread
 595      */
 596     pcaPanel = new PCAPanel(af.alignPanel, modelName, params);
 597     new Thread(pcaPanel).start();
 598
 599   }
 600
 601   /**
 602    *
 603    */
 604   protected void closeFrame()
 605   {
 606     try
 607     {
 608       frame.setClosed(true);
 609     } catch (PropertyVetoException ex)
 610     {
 611     }
 612   }
 613
 614   /**
 615    * Returns a data bean holding parameters for similarity (or distance) model
 616    * calculation
 617    *
 618    * @param doPCA
 619    * @return
 620    */
 621   protected SimilarityParamsI getSimilarityParameters(boolean doPCA)
 622   {
 623     // commented out: parameter choices read from gui widgets
 624     // SimilarityParamsI params = new SimilarityParams(
 625     // includeGappedColumns.isSelected(), matchGaps.isSelected(),
 626     // includeGaps.isSelected(), shorterSequence.isSelected());
 627
 628     boolean includeGapGap = true;
 629     boolean includeGapResidue = true;
 630     boolean matchOnShortestLength = false;
 631
 632     /*
 633      * 'matchGaps' flag is only used in the PID calculation
 634      * - set to false for PCA so that PCA using PID reproduces SeqSpace PCA
 635      * - set to true for Tree to reproduce Jalview 2.10.1 calculation
 636      * - set to false for Tree for a more correct calculation (JAL-374)
 637      */
 638     boolean matchGap = doPCA ? false : treeMatchGaps;
 639
 640     return new SimilarityParams(includeGapGap, matchGap, includeGapResidue,
 641             matchOnShortestLength);
 642   }
 643
 644   /**
 645    * Closes dialog on Close button press
 646    */
 647   protected void close_actionPerformed()
 648   {
 649     try
 650     {
 651       frame.setClosed(true);
 652     } catch (Exception ex)
 653     {
 654     }
 655   }
 656
 657   public PCAPanel getPcaPanel()
 658   {
 659     return pcaPanel;
 660   }
 661 }