src/jalview/gui/ColourMenuHelper.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  26 import jalview.schemes.ColourSchemeLoader;
  27 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  28 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  29 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.Component;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.MouseAdapter;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37
  38 import javax.swing.ButtonGroup;
  39 import javax.swing.JMenu;
  40 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  41
  42 public class ColourMenuHelper
  43 {
  44   public interface ColourChangeListener
  45   {
  46     /**
  47      * Change colour scheme to the selected scheme
  48      *
  49      * @param name
  50      *          the registered (unique) name of a colour scheme
  51      */
  52     void changeColour_actionPerformed(String name);
  53   }
  54
  55   /**
  56    * Adds items to the colour menu, as mutually exclusive members of a button
  57    * group. The callback handler is responsible for the action on selecting any
  58    * of these options. The callback method receives the name of the selected
  59    * colour, or "None" or "User Defined". This method returns the ButtonGroup to
  60    * which items were added.
  61    * <ul>
  62    * <li>None</li>
  63    * <li>Clustal</li>
  64    * <li>...other 'built-in' colours</li>
  65    * <li>...any user-defined colours</li>
  66    * <li>User Defined..(only for AlignFrame menu)</li>
  67    * </ul>
  68    *
  69    * @param colourMenu
  70    *          the menu to attach items to
  71    * @param client
  72    *          a callback to handle menu selection
  73    * @param coll
  74    *          the data the menu is being built for
  75    * @param simpleOnly
  76    *          if true, only simple per-residue colour schemes are included
  77    */
  78   public static ButtonGroup addMenuItems(final JMenu colourMenu,
  79           final ColourChangeListener client, AnnotatedCollectionI coll,
  80           boolean simpleOnly)
  81   {
  82     /*
  83      * ButtonGroup groups those items whose
  84      * selection is mutually exclusive
  85      */
  86     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();
  87
  88     if (!simpleOnly)
  89     {
  90       JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem(
  91               MessageManager.getString("label.none"));
  92       noColourmenuItem.setName(ResidueColourScheme.NONE);
  93       noColourmenuItem.addActionListener(new ActionListener()
  94       {
  95         @Override
  96         public void actionPerformed(ActionEvent e)
  97         {
  98           client.changeColour_actionPerformed(ResidueColourScheme.NONE);
  99         }
 100       });
 101       colourMenu.add(noColourmenuItem);
 102       colours.add(noColourmenuItem);
 103     }
 104
 105     /*
 106      * scan registered colour schemes (built-in or user-defined)
 107      * and add them to the menu (in the order they were registered)
 108      */
 109     Iterable<ColourSchemeI> colourSchemes = ColourSchemes.getInstance()
 110             .getColourSchemes();
 111     for (ColourSchemeI scheme : colourSchemes)
 112     {
 113       if (simpleOnly && !scheme.isSimple())
 114       {
 115         continue;
 116       }
 117
 118       /*
 119        * button text is i18n'd but the name is the canonical name of
 120        * the colour scheme (inspected in setColourSelected())
 121        */
 122       final String name = scheme.getSchemeName();
 123       String label = MessageManager.getStringOrReturn(
 124               "label.colourScheme_" + name.toLowerCase().replace(" ", "_"),
 125               name);
 126       final JRadioButtonMenuItem radioItem = new JRadioButtonMenuItem(
 127               label);
 128       radioItem.setName(name);
 129       radioItem.setEnabled(scheme.isApplicableTo(coll));
 130       if (scheme instanceof UserColourScheme)
 131       {
 132         /*
 133          * user-defined colour scheme loaded on startup or during the
 134          * Jalview session; right-click on this offers the option to
 135          * remove it as a colour choice (unless currently selected)
 136          */
 137         radioItem.addMouseListener(new MouseAdapter()
 138         {
 139           @Override
 140           public void mousePressed(MouseEvent evt)
 141           {
 142             if (evt.isPopupTrigger() && !radioItem.isSelected()) // Mac
 143             {
 144               offerRemoval();
 145             }
 146           }
 147
 148           @Override
 149           public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 150           {
 151             if (evt.isPopupTrigger() && !radioItem.isSelected()) // Windows
 152             {
 153               offerRemoval();
 154             }
 155           }
 156
 157           void offerRemoval()
 158           {
 159             ActionListener al = radioItem.getActionListeners()[0];
 160             radioItem.removeActionListener(al);
 161             int option = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(
 162                     Desktop.desktop,
 163                     MessageManager
 164                             .getString("label.remove_from_default_list"),
 165                     MessageManager
 166                             .getString("label.remove_user_defined_colour"),
 167                     JvOptionPane.YES_NO_OPTION);
 168             if (option == JvOptionPane.YES_OPTION)
 169             {
 170               ColourSchemes.getInstance()
 171                       .removeColourScheme(radioItem.getName());
 172               colourMenu.remove(radioItem);
 173               updatePreferences();
 174             }
 175             else
 176             {
 177               radioItem.addActionListener(al);
 178             }
 179           }
 180         });
 181       }
 182       radioItem.addActionListener(new ActionListener()
 183       {
 184         @Override
 185         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 186         {
 187           client.changeColour_actionPerformed(name);
 188         }
 189       });
 190       colourMenu.add(radioItem);
 191       colours.add(radioItem);
 192     }
 193
 194     /*
 195      * only add the option to load/configure a user-defined colour
 196      * to the AlignFrame colour menu
 197      */
 198     if (client instanceof AlignFrame)
 199     {
 200       final String label = MessageManager.getString("action.user_defined");
 201       JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem(
 202               label);
 203       userDefinedColour.setName(ResidueColourScheme.USER_DEFINED_MENU);
 204       userDefinedColour.addActionListener(new ActionListener()
 205       {
 206         @Override
 207         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 208         {
 209           client.changeColour_actionPerformed(
 210                   ResidueColourScheme.USER_DEFINED_MENU);
 211         }
 212       });
 213       colourMenu.add(userDefinedColour);
 214       colours.add(userDefinedColour);
 215     }
 216
 217     return colours;
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Marks as selected the colour menu item matching the given colour scheme, or
 222    * the first item ('None') if no match is found. If the colour scheme is a
 223    * user defined scheme, but not in the menu (this arises if a new scheme is
 224    * defined and applied but not saved to file), then menu option "User
 225    * Defined.." is selected.
 226    *
 227    * @param colourMenu
 228    * @param cs
 229    */
 230   public static void setColourSelected(JMenu colourMenu, ColourSchemeI cs)
 231   {
 232     String colourName = cs == null ? ResidueColourScheme.NONE
 233             : cs.getSchemeName();
 234
 235     JRadioButtonMenuItem none = null;
 236     JRadioButtonMenuItem userDefined = null;
 237
 238     /*
 239      * select the radio button whose name matches the colour name
 240      * (not the button text, as it may be internationalised)
 241      */
 242     for (Component menuItem : colourMenu.getMenuComponents())
 243     {
 244       if (menuItem instanceof JRadioButtonMenuItem)
 245       {
 246         JRadioButtonMenuItem radioButton = (JRadioButtonMenuItem) menuItem;
 247         String buttonName = radioButton.getName();
 248         if (buttonName.equals(colourName))
 249         {
 250           radioButton.setSelected(true);
 251           return;
 252         }
 253         if (ResidueColourScheme.NONE.equals(buttonName))
 254         {
 255           none = radioButton;
 256         }
 257         if (ResidueColourScheme.USER_DEFINED_MENU.equals(buttonName))
 258         {
 259           userDefined = radioButton;
 260         }
 261       }
 262     }
 263
 264     /*
 265      * no match by name; select User Defined.. if current scheme is a
 266      * user defined one, else select None
 267      */
 268     if (cs instanceof UserColourScheme && userDefined != null)
 269     {
 270       userDefined.setSelected(true);
 271     }
 272     else if (none != null)
 273     {
 274       none.setSelected(true);
 275     }
 276   }
 277
 278   /**
 279    * Updates the USER_DEFINE_COLOURS preference to remove any de-registered
 280    * colour scheme
 281    */
 282   static void updatePreferences()
 283   {
 284     StringBuilder coloursFound = new StringBuilder();
 285     String[] files = Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOURS").split("\\|");
 286
 287     /*
 288      * the property does not include the scheme name, it is in the file;
 289      * so just load the colour schemes and discard any whose name is not
 290      * registered
 291      */
 292     for (String file : files)
 293     {
 294       try
 295       {
 296         UserColourScheme ucs = ColourSchemeLoader.loadColourScheme(file);
 297         if (ucs != null
 298                 && ColourSchemes.getInstance().nameExists(ucs.getName()))
 299         {
 300           if (coloursFound.length() > 0)
 301           {
 302             coloursFound.append("|");
 303           }
 304           coloursFound.append(file);
 305         }
 306       } catch (Exception ex)
 307       {
 308         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 309       }
 310     }
 311
 312     if (coloursFound.toString().length() > 1)
 313     {
 314       Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOURS", coloursFound.toString());
 315     }
 316     else
 317     {
 318       Cache.applicationProperties.remove("USER_DEFINED_COLOURS");
 319     }
 320   }
 321 }