src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import static jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID;
  24
  25 import jalview.api.AlignViewportI;
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.bin.Jalview;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileFormat;
  31 import jalview.io.FileFormatException;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FileFormats;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36 import jalview.io.IdentifyFile;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.io.JalviewFileView;
  39 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  40 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  41 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  42 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  43 import jalview.util.ImageMaker;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.util.Platform;
  46 import jalview.util.UrlConstants;
  47 import jalview.util.dialogrunner.RunResponse;
  48 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  49 import jalview.ws.params.ParamManager;
  50 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  51
  52 import java.awt.BorderLayout;
  53 import java.awt.Color;
  54 import java.awt.Dimension;
  55 import java.awt.FontMetrics;
  56 import java.awt.Graphics;
  57 import java.awt.GridLayout;
  58 import java.awt.Point;
  59 import java.awt.Rectangle;
  60 import java.awt.Toolkit;
  61 import java.awt.Window;
  62 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  63 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  64 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  65 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  66 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  67 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  68 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  69 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  70 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  71 import java.awt.event.ActionEvent;
  72 import java.awt.event.ActionListener;
  73 import java.awt.event.InputEvent;
  74 import java.awt.event.KeyEvent;
  75 import java.awt.event.MouseAdapter;
  76 import java.awt.event.MouseEvent;
  77 import java.awt.event.WindowAdapter;
  78 import java.awt.event.WindowEvent;
  79 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  80 import java.beans.PropertyChangeListener;
  81 import java.io.BufferedInputStream;
  82 import java.io.File;
  83 import java.io.FileOutputStream;
  84 import java.io.IOException;
  85 import java.net.URL;
  86 import java.util.ArrayList;
  87 import java.util.Hashtable;
  88 import java.util.List;
  89 import java.util.ListIterator;
  90 import java.util.StringTokenizer;
  91 import java.util.Vector;
  92 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  93 import java.util.concurrent.Executors;
  94 import java.util.concurrent.Semaphore;
  95
  96 import javax.swing.AbstractAction;
  97 import javax.swing.Action;
  98 import javax.swing.ActionMap;
  99 import javax.swing.Box;
 100 import javax.swing.BoxLayout;
 101 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 102 import javax.swing.DesktopManager;
 103 import javax.swing.InputMap;
 104 import javax.swing.JButton;
 105 import javax.swing.JCheckBox;
 106 import javax.swing.JComboBox;
 107 import javax.swing.JComponent;
 108 import javax.swing.JDesktopPane;
 109 import javax.swing.JFrame;
 110 import javax.swing.JInternalFrame;
 111 import javax.swing.JLabel;
 112 import javax.swing.JMenuItem;
 113 import javax.swing.JPanel;
 114 import javax.swing.JPopupMenu;
 115 import javax.swing.JProgressBar;
 116 import javax.swing.KeyStroke;
 117 import javax.swing.SwingUtilities;
 118 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 119 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 120 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 121 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 122 import javax.swing.event.MenuEvent;
 123 import javax.swing.event.MenuListener;
 124
 125 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 126
 127 /**
 128  * Jalview Desktop
 129  *
 130  *
 131  * @author $author$
 132  * @version $Revision: 1.155 $
 133  */
 134 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 135         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 136         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 137 {
 138   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 139
 140   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 141
 142   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 143
 144   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 145
 146   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 147
 148   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 149
 150   /**
 151    * news reader - null if it was never started.
 152    */
 153   private BlogReader jvnews = null;
 154
 155   private File projectFile;
 156
 157   /**
 158    * @param listener
 159    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 160    */
 161   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 162           PropertyChangeListener listener)
 163   {
 164     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 165   }
 166
 167   /**
 168    * @param propertyName
 169    * @param listener
 170    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 171    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 172    */
 173   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 174           PropertyChangeListener listener)
 175   {
 176     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 177   }
 178
 179   /**
 180    * @param propertyName
 181    * @param listener
 182    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 183    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 184    */
 185   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 186           PropertyChangeListener listener)
 187   {
 188     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 189             listener);
 190   }
 191
 192   /** Singleton Desktop instance */
 193   public static Desktop instance;
 194
 195   public static MyDesktopPane desktop;
 196
 197   public static MyDesktopPane getDesktop()
 198   {
 199     // BH 2018 could use currentThread() here as a reference to a
 200     // Hashtable<Thread, MyDesktopPane> in JavaScript
 201     return desktop;
 202   }
 203
 204   static int openFrameCount = 0;
 205
 206   static final int xOffset = 30;
 207
 208   static final int yOffset = 30;
 209
 210   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 211
 212   public static Object[] jalviewClipboard;
 213
 214   public static boolean internalCopy = false;
 215
 216   static int fileLoadingCount = 0;
 217
 218   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 219   {
 220
 221     private DesktopManager delegate;
 222
 223     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 224     {
 225       this.delegate = delegate;
 226     }
 227
 228     @Override
 229     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 230     {
 231       try
 232       {
 233         delegate.activateFrame(f);
 234       } catch (NullPointerException npe)
 235       {
 236         Point p = getMousePosition();
 237         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 238       }
 239     }
 240
 241     @Override
 242     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 243     {
 244       delegate.beginDraggingFrame(f);
 245     }
 246
 247     @Override
 248     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 249     {
 250       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 251     }
 252
 253     @Override
 254     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 255     {
 256       delegate.closeFrame(f);
 257     }
 258
 259     @Override
 260     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 261     {
 262       delegate.deactivateFrame(f);
 263     }
 264
 265     @Override
 266     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 267     {
 268       delegate.deiconifyFrame(f);
 269     }
 270
 271     @Override
 272     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 273     {
 274       if (newY < 0)
 275       {
 276         newY = 0;
 277       }
 278       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 279     }
 280
 281     @Override
 282     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 283     {
 284       delegate.endDraggingFrame(f);
 285       desktop.repaint();
 286     }
 287
 288     @Override
 289     public void endResizingFrame(JComponent f)
 290     {
 291       delegate.endResizingFrame(f);
 292       desktop.repaint();
 293     }
 294
 295     @Override
 296     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 297     {
 298       delegate.iconifyFrame(f);
 299     }
 300
 301     @Override
 302     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 303     {
 304       delegate.maximizeFrame(f);
 305     }
 306
 307     @Override
 308     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 309     {
 310       delegate.minimizeFrame(f);
 311     }
 312
 313     @Override
 314     public void openFrame(JInternalFrame f)
 315     {
 316       delegate.openFrame(f);
 317     }
 318
 319     @Override
 320     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 321             int newHeight)
 322     {
 323       if (newY < 0)
 324       {
 325         newY = 0;
 326       }
 327       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 328     }
 329
 330     @Override
 331     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 332             int newWidth, int newHeight)
 333     {
 334       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 335     }
 336
 337     // All other methods, simply delegate
 338
 339   }
 340
 341   /**
 342    * Creates a new Desktop object.
 343    */
 344   public Desktop()
 345   {
 346     /**
 347      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 348      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 349      * constructor.
 350      */
 351     instance = this;
 352     doVamsasClientCheck();
 353
 354     doConfigureStructurePrefs();
 355     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 356     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 357     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 358             false);
 359     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 360             false);
 361     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 362     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 363     desktop.setBackground(Color.white);
 364     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 365     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 366     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 367     // sp.getViewport().setView(desktop);
 368     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 369     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 370     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 371
 372     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 373     // if previous window was maximised
 374     desktop.setDesktopManager(
 375             new MyDesktopManager(
 376                     (Platform.isWindows() ? new DefaultDesktopManager()
 377                             : Platform.isAMac()
 378                                     ? new AquaInternalFrameManager(
 379                                             desktop.getDesktopManager())
 380                                     : desktop.getDesktopManager())));
 381
 382     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 383     if (dims != null)
 384     {
 385       setBounds(dims);
 386     }
 387     else
 388     {
 389       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 390       int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 391       int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 392       setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 393     }
 394     /**
 395      * BH 2018
 396      *
 397      * @j2sNative
 398      */
 399     {
 400
 401       jconsole = new Console(this, showjconsole);
 402       // add essential build information
 403       jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 404               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 405               + "Jalview Installation: "
 406               + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 407               + "\n" + "Build Date: "
 408               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 409               + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 410               + System.getProperty("os.arch") + " "
 411               + System.getProperty("os.name") + " "
 412               + System.getProperty("os.version"));
 413
 414       showConsole(showjconsole);
 415
 416       showNews.setVisible(false);
 417
 418       experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 419
 420       getIdentifiersOrgData();
 421
 422       checkURLLinks();
 423
 424       // Spawn a thread that shows the splashscreen
 425
 426       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 427       {
 428         @Override
 429         public void run()
 430         {
 431           new SplashScreen();
 432         }
 433       });
 434
 435       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 436       // takes to open it later on.
 437       new Thread(new Runnable()
 438       {
 439         @Override
 440         public void run()
 441         {
 442           Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 443           String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 444           JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 445                   fileFormat);
 446           Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 447         }
 448       }).start();
 449       // Add the service change listener
 450       changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 451               new PropertyChangeListener()
 452               {
 453
 454                 @Override
 455                 public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 456                 {
 457                   Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 458                           + evt.getNewValue());
 459                   JalviewServicesChanged(evt);
 460                 }
 461
 462               });
 463
 464     } // end BH 2018 ignore
 465
 466     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 467
 468     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 469     {
 470       @Override
 471       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 472       {
 473         quit();
 474       }
 475     });
 476
 477     MouseAdapter ma;
 478     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 479     {
 480       @Override
 481       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 482       {
 483         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 484         {
 485           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 486         }
 487       }
 488
 489       @Override
 490       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 491       {
 492         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 493         {
 494           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 495         }
 496       }
 497     });
 498     desktop.addMouseListener(ma);
 499
 500   }
 501
 502   /**
 503    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 504    * (on), else false
 505    *
 506    * @return
 507    */
 508   public boolean showExperimental()
 509   {
 510     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 511             Boolean.FALSE.toString());
 512     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 513   }
 514
 515   public void doConfigureStructurePrefs()
 516   {
 517     // configure services
 518     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 519             .getStructureSelectionManager(this);
 520     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 521     {
 522       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache
 523               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 524       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache
 525               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 526       ssm.setSecStructServices(
 527               jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 528     }
 529     else
 530     {
 531       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 532       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 533       ssm.setSecStructServices(false);
 534     }
 535   }
 536
 537   public void checkForNews()
 538   {
 539
 540     /**
 541      * BH 2018
 542      *
 543      * @j2sNative
 544      */
 545     {
 546     final Desktop me = this;
 547     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 548     addDialogThread(new Runnable()
 549     {
 550         @Override
 551         public void run()
 552         {
 553           Cache.log.debug("Starting news thread.");
 554
 555           jvnews = new BlogReader(me);
 556           showNews.setVisible(true);
 557           Cache.log.debug("Completed news thread.");
 558         }
 559     });
 560     }
 561   }
 562
 563   public void getIdentifiersOrgData()
 564   {
 565     // Thread off the identifiers fetcher
 566     addDialogThread(new Runnable()
 567     {
 568       @Override
 569       public void run()
 570       {
 571         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 572         UrlDownloadClient client = new UrlDownloadClient();
 573         try
 574         {
 575           client.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 576                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 577         } catch (IOException e)
 578         {
 579           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 580                   + e.getMessage());
 581         }
 582       }
 583     });
 584   }
 585
 586   @Override
 587   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 588   {
 589     showNews(showNews.isSelected());
 590   }
 591
 592   void showNews(boolean visible)
 593   {
 594     /**
 595      * BH 2018
 596      *
 597      * @j2sNative
 598      *
 599      */
 600     {
 601       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 602       showNews.setSelected(visible);
 603       if (visible && !jvnews.isVisible())
 604       {
 605         new Thread(new Runnable()
 606         {
 607           @Override
 608           public void run()
 609           {
 610             long now = System.currentTimeMillis();
 611             Desktop.instance.setProgressBar(
 612                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"),
 613                     now);
 614             jvnews.refreshNews();
 615             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 616             jvnews.showNews();
 617           }
 618         }).start();
 619       }
 620     }
 621   }
 622
 623   /**
 624    * recover the last known dimensions for a jalview window
 625    *
 626    * @param windowName
 627    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 628    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 629    *         window geom was known)
 630    */
 631   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 632   {
 633     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 634     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 635     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 636     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 637     String width = jalview.bin.Cache
 638             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 639     String height = jalview.bin.Cache
 640             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 641     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 642     {
 643       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 644               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 645       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 646       {
 647         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 648         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 649         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 650         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 651                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 652         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 653                 jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 654         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 655         ix = (int) (ix * sw);
 656         iw = (int) (iw * sw);
 657         iy = (int) (iy * sh);
 658         ih = (int) (ih * sh);
 659         while (ix >= screenSize.width)
 660         {
 661           jalview.bin.Cache.log.debug(
 662                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 663           ix -= screenSize.width;
 664         }
 665         while (iy >= screenSize.height)
 666         {
 667           jalview.bin.Cache.log.debug(
 668                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 669           iy -= screenSize.height;
 670         }
 671         jalview.bin.Cache.log.debug(
 672                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 673                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 674       }
 675       // return dimensions for new instance
 676       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 677     }
 678     return null;
 679   }
 680
 681   private void doVamsasClientCheck()
 682   {
 683     if (/** @j2sNative false && */ // BH 2018
 684     jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 685     {
 686       setupVamsasDisconnectedGui();
 687       VamsasMenu.setVisible(true);
 688       final Desktop us = this;
 689       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 690       {
 691         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 692         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 693         // reselected again.
 694         boolean refresh = true;
 695
 696         @Override
 697         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 698         {
 699           refresh = true;
 700         }
 701
 702         @Override
 703         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 704         {
 705           refresh = true;
 706         }
 707
 708         @Override
 709         public void menuSelected(MenuEvent e)
 710         {
 711           if (refresh)
 712           {
 713             us.buildVamsasStMenu();
 714             refresh = false;
 715           }
 716         }
 717       });
 718       vamsasStart.setVisible(true);
 719     }
 720   }
 721
 722   void showPasteMenu(int x, int y)
 723   {
 724     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 725     JMenuItem item = new JMenuItem(
 726             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 727     item.addActionListener(new ActionListener()
 728     {
 729       @Override
 730       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 731       {
 732         paste();
 733       }
 734     });
 735
 736     popup.add(item);
 737     popup.show(this, x, y);
 738   }
 739
 740   public void paste()
 741   {
 742     try
 743     {
 744       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 745       Transferable contents = c.getContents(this);
 746
 747       if (contents != null)
 748       {
 749         String file = (String) contents
 750                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 751
 752         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 753                 DataSourceType.PASTE);
 754
 755         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 756
 757       }
 758     } catch (Exception ex)
 759     {
 760       System.out.println(
 761               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 762     }
 763   }
 764
 765   /**
 766    * Adds and opens the given frame to the desktop
 767    *
 768    * @param frame
 769    *          Frame to show
 770    * @param title
 771    *          Visible Title
 772    * @param w
 773    *          width
 774    * @param h
 775    *          height
 776    */
 777   public static synchronized void addInternalFrame(
 778           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 779   {
 780     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 781   }
 782
 783   /**
 784    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 785    *
 786    * @param frame
 787    *          Frame to show
 788    * @param title
 789    *          Visible Title
 790    * @param makeVisible
 791    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 792    *          setVisible themselves.
 793    * @param w
 794    *          width
 795    * @param h
 796    *          height
 797    */
 798   public static synchronized void addInternalFrame(
 799           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 800           int w, int h)
 801   {
 802     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 803   }
 804
 805   /**
 806    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 807    *
 808    * @param frame
 809    *          Frame to show
 810    * @param title
 811    *          Visible Title
 812    * @param w
 813    *          width
 814    * @param h
 815    *          height
 816    * @param resizable
 817    *          Allow resize
 818    */
 819   public static synchronized void addInternalFrame(
 820           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 821           boolean resizable)
 822   {
 823     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 824   }
 825
 826   /**
 827    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 828    *
 829    * @param frame
 830    *          Frame to show
 831    * @param title
 832    *          Visible Title
 833    * @param makeVisible
 834    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 835    *          setVisible themselves.
 836    * @param w
 837    *          width
 838    * @param h
 839    *          height
 840    * @param resizable
 841    *          Allow resize
 842    * @param ignoreMinSize
 843    *          Do not set the default minimum size for frame
 844    */
 845   public static synchronized void addInternalFrame(
 846           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 847           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 848   {
 849
 850     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 851     // bounds object).
 852     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 853     // the current window title
 854
 855     frame.setTitle(title);
 856     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 857     {
 858       frame.setSize(w, h);
 859     }
 860     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 861     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 862     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 863     // ///////////////////////////////////////////////
 864     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 865             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 866     {
 867       return;
 868     }
 869
 870     openFrameCount++;
 871
 872     if (!ignoreMinSize)
 873     {
 874       frame.setMinimumSize(
 875               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 876
 877       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 878       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 879       // hence,
 880       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 881       if (frame instanceof AlignFrame)
 882       {
 883         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 884                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 885       }
 886     }
 887
 888     frame.setVisible(makeVisible);
 889     frame.setClosable(true);
 890     frame.setResizable(resizable);
 891     frame.setMaximizable(resizable);
 892     frame.setIconifiable(resizable);
 893     frame.setOpaque(/** @j2sNative true || */
 894             false);
 895
 896     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 897     {
 898       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 899               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 900     }
 901
 902     /*
 903      * add an entry for the new frame in the Window menu
 904      * (and remove it when the frame is closed)
 905      */
 906     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 907     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 908     {
 909       @Override
 910       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 911       {
 912         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 913         if (itf != null)
 914         {
 915           if (itf instanceof AlignFrame)
 916           {
 917             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 918           }
 919           itf.requestFocus();
 920         }
 921       }
 922
 923       @Override
 924       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 925       {
 926         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 927
 928         /*
 929          * defensive check to prevent frames being
 930          * added half off the window
 931          */
 932         if (openFrameCount > 0)
 933         {
 934           openFrameCount--;
 935         }
 936
 937         /*
 938          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 939          */
 940         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 941         {
 942           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 943         }
 944         windowMenu.remove(menuItem);
 945       };
 946     });
 947
 948     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 949     {
 950       @Override
 951       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 952       {
 953         try
 954         {
 955           frame.setSelected(true);
 956           frame.setIcon(false);
 957         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 958         {
 959
 960         }
 961       }
 962     });
 963
 964     setKeyBindings(frame);
 965
 966     desktop.add(frame);
 967
 968     windowMenu.add(menuItem);
 969
 970     frame.toFront();
 971     try
 972     {
 973       frame.setSelected(true);
 974       frame.requestFocus();
 975     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 976     {
 977     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 978     {
 979       Cache.log.warn(
 980               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 981               cex);
 982     }
 983   }
 984
 985   /**
 986    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
 987    * the window
 988    *
 989    * @param frame
 990    */
 991   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
 992   {
 993     @SuppressWarnings("serial")
 994     final Action closeAction = new AbstractAction()
 995     {
 996       @Override
 997       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 998       {
 999         frame.dispose();
1000       }
1001     };
1002
1003     /*
1004      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
1005      */
1006     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1007             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1008     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1009             Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask());
1010
1011     InputMap inputMap = frame
1012             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1013     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1014     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1015     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1016
1017     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1018     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1019   }
1020
1021   @Override
1022   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1023   {
1024     if (!internalCopy)
1025     {
1026       Desktop.jalviewClipboard = null;
1027     }
1028
1029     internalCopy = false;
1030   }
1031
1032   @Override
1033   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1034   {
1035   }
1036
1037   @Override
1038   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1039   {
1040   }
1041
1042   @Override
1043   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1044   {
1045   }
1046
1047   @Override
1048   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1049   {
1050   }
1051
1052   /**
1053    * DOCUMENT ME!
1054    *
1055    * @param evt
1056    *          DOCUMENT ME!
1057    */
1058   @Override
1059   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1060   {
1061     boolean success = true;
1062     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1063     // Java's Transferable for native dnd
1064     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1065     Transferable t = evt.getTransferable();
1066     List<Object> files = new ArrayList<>();
1067     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1068
1069     try
1070     {
1071       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1072     } catch (Exception e)
1073     {
1074       e.printStackTrace();
1075       success = false;
1076     }
1077
1078     if (files != null)
1079     {
1080       try
1081       {
1082         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1083         {
1084           // BH 2018 File or String
1085           Object file = files.get(i);
1086           String fileName = file.toString();
1087           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1088                   ? DataSourceType.FILE
1089                   : protocols.get(i);
1090           FileFormatI format = null;
1091
1092           if (fileName.endsWith(".jar"))
1093           {
1094             format = FileFormat.Jalview;
1095
1096           }
1097           else
1098           {
1099             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1100           }
1101
1102           new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
1103
1104         }
1105       } catch (Exception ex)
1106       {
1107         success = false;
1108       }
1109     }
1110     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1111                                // transfered to any new windows created
1112   }
1113
1114   /**
1115    * DOCUMENT ME!
1116    *
1117    * @param e
1118    *          DOCUMENT ME!
1119    */
1120   @Override
1121   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1122   {
1123     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1124     final JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1125             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1126
1127     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1128     chooser.setDialogTitle(
1129             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1130     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1131
1132     chooser.response(new RunResponse(JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1133     {
1134
1135       @Override
1136       public void run()
1137       {
1138         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1139         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1140
1141         FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1142
1143         /*
1144          * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1145          * Skip this step for dynamically added file formats, because
1146          * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1147          */
1148         if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1149         {
1150           try
1151           {
1152             format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1153                     DataSourceType.FILE);
1154           } catch (FileFormatException e)
1155           {
1156             // format = null; //??
1157           }
1158         }
1159
1160         new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile,
1161                 DataSourceType.FILE, format);
1162       }
1163     }).openDialog(this);
1164   }
1165
1166   /**
1167    * DOCUMENT ME!
1168    *
1169    * @param e
1170    *          DOCUMENT ME!
1171    */
1172   @Override
1173   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1174   {
1175     // This construct allows us to have a wider textfield
1176     // for viewing
1177     JLabel label = new JLabel(
1178             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1179
1180     JComboBox history = new JComboBox();
1181     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1182     panel.add(label);
1183     panel.add(history);
1184     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1185     history.setEditable(true);
1186     history.addItem("http://www.");
1187
1188     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1189
1190     StringTokenizer st;
1191
1192     if (historyItems != null)
1193     {
1194       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1195
1196       while (st.hasMoreTokens())
1197       {
1198         history.addItem(st.nextElement());
1199       }
1200     }
1201
1202     // BH 2018 -- providing a callback for SwingJS
1203     // dialogOption is just a simple way to provide
1204     // context for the modal-like response.
1205     // The only requirement is that desktop implement
1206     // PropertyChangeListener, which is used already in Java
1207     // for changes in input value and such within the dialogs.
1208
1209     String dialogOption = "label.input_alignment_from_url";
1210     desktop.dialogData = new Object[] { dialogOption, viewport, history };
1211     desktop.onDialogReturn(
1212             JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1213             MessageManager.getString(dialogOption),
1214             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));
1215
1216     // no code may follow this, as SwingJS will not block
1217     // callback in JavaScript comes via a property change event,
1218     // thus going into desktop.onDialogReturn(int) just the same as
1219     // in Java.
1220
1221   }
1222
1223
1224   /**
1225    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1226    *
1227    * @param viewPanel
1228    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1229    *          alignment; if null, to a new alignment window
1230    */
1231   @Override
1232   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1233           AlignmentViewPanel viewPanel)
1234   {
1235     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1236     cap.setForInput(viewPanel);
1237     Desktop.addInternalFrame(cap,
1238             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1239             600, 500);
1240   }
1241
1242   /*
1243    * Exit the program
1244    */
1245   @Override
1246   public void quit()
1247   {
1248     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1249     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1250             screen.width + "");
1251     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1252             screen.height + "");
1253     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1254             getWidth(), getHeight()));
1255
1256     if (jconsole != null)
1257     {
1258       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1259       jconsole.stopConsole();
1260     }
1261     if (jvnews != null)
1262     {
1263       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1264
1265     }
1266     if (dialogExecutor != null)
1267     {
1268       dialogExecutor.shutdownNow();
1269     }
1270     closeAll_actionPerformed(null);
1271
1272     if (groovyConsole != null)
1273     {
1274       // suppress a possible repeat prompt to save script
1275       groovyConsole.setDirty(false);
1276       groovyConsole.exit();
1277     }
1278     System.exit(0);
1279   }
1280
1281   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1282   {
1283     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1284             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1285             + " height:" + jc.height);
1286
1287     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1288     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1289     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1290     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1291   }
1292
1293   /**
1294    * DOCUMENT ME!
1295    *
1296    * @param e
1297    *          DOCUMENT ME!
1298    */
1299   @Override
1300   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1301   {
1302     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1303     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1304     //
1305     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1306     new Thread(new Runnable()
1307     {
1308       @Override
1309       public void run()
1310       {
1311         new SplashScreen(true);
1312       }
1313     }).start();
1314   }
1315
1316   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1317   {
1318     StringBuffer message = new StringBuffer();
1319     message.append("<html>");
1320     if (shortv)
1321     {
1322       message.append("<h1><strong>Version: "
1323               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1324               + "</strong></h1>");
1325       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1326               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1327               + "</em></strong>");
1328
1329     }
1330     else
1331     {
1332
1333       message.append("<strong>Version "
1334               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1335               + "; last updated: "
1336               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1337     }
1338
1339     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1340             .equals("Checking"))
1341     {
1342       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1343     }
1344     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1345             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1346     {
1347       boolean red = false;
1348       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1349               .indexOf("automated build") == -1)
1350       {
1351         red = true;
1352         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1353         // version is not a development build
1354         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1355       }
1356
1357       message.append("<br>!! Version "
1358               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1359                       "..Checking..")
1360               + " is available for download from "
1361               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1362                       "http://www.jalview.org")
1363               + " !!");
1364       if (red)
1365       {
1366         message.append("</div>");
1367       }
1368     }
1369     message.append("<br>Authors:  " + jalview.bin.Cache.getDefault(
1370             "AUTHORFNAMES",
1371             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1372             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1373             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1374             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1375             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1376             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1377             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1378             + "</html>");
1379     return message;
1380   }
1381
1382   /**
1383    * DOCUMENT ME!
1384    *
1385    * @param e
1386    *          DOCUMENT ME!
1387    */
1388   @Override
1389   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1390   {
1391     try
1392     {
1393       Help.showHelpWindow();
1394     } catch (Exception ex)
1395     {
1396     }
1397   }
1398
1399   @Override
1400   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1401   {
1402     // TODO show a progress bar while closing?
1403     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1404     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1405     {
1406       try
1407       {
1408         frames[i].setClosed(true);
1409       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1410       {
1411       }
1412     }
1413     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1414     System.out.println("ALL CLOSED");
1415     if (v_client != null)
1416     {
1417       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1418     }
1419
1420     /*
1421      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1422      * when all windows are closed)
1423      */
1424     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1425             .getStructureSelectionManager(this);
1426     if (ssm != null)
1427     {
1428       ssm.resetAll();
1429     }
1430   }
1431
1432   @Override
1433   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1434   {
1435     reorderAssociatedWindows(false, false);
1436   }
1437
1438   @Override
1439   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1440   {
1441     reorderAssociatedWindows(true, false);
1442   }
1443
1444   void closeAssociatedWindows()
1445   {
1446     reorderAssociatedWindows(false, true);
1447   }
1448
1449   /*
1450    * (non-Javadoc)
1451    *
1452    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1453    * ActionEvent)
1454    */
1455   @Override
1456   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1457   {
1458     // We simply collect the garbage
1459     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1460     System.gc();
1461     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1462   }
1463
1464   /*
1465    * (non-Javadoc)
1466    *
1467    * @see
1468    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1469    * )
1470    */
1471   @Override
1472   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1473   {
1474     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1475   }
1476
1477   /*
1478    * (non-Javadoc)
1479    *
1480    * @see
1481    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1482    * )
1483    */
1484   @Override
1485   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1486   {
1487     showConsole(showConsole.isSelected());
1488   }
1489
1490   Console jconsole = null;
1491
1492   /**
1493    * control whether the java console is visible or not
1494    *
1495    * @param selected
1496    */
1497   void showConsole(boolean selected)
1498   {
1499     // TODO: decide if we should update properties file
1500     if (jconsole != null) // BH 2018
1501     {
1502       showConsole.setSelected(selected);
1503       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1504               Boolean.valueOf(selected).toString());
1505       jconsole.setVisible(selected);
1506     }
1507   }
1508
1509   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1510   {
1511     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1512     if (frames == null || frames.length < 1)
1513     {
1514       return;
1515     }
1516
1517     AlignmentViewport source = null, target = null;
1518     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1519     {
1520       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1521     }
1522     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1523     {
1524       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1525     }
1526     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1527     {
1528       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1529     }
1530     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1531     {
1532       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1533     }
1534
1535     if (source != null)
1536     {
1537       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1538       {
1539         target = null;
1540         if (frames[i] == null)
1541         {
1542           continue;
1543         }
1544         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1545         {
1546           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1547         }
1548         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1549         {
1550           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1551         }
1552         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1553         {
1554           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1555         }
1556         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1557         {
1558           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1559         }
1560
1561         if (source == target)
1562         {
1563           try
1564           {
1565             if (close)
1566             {
1567               frames[i].setClosed(true);
1568             }
1569             else
1570             {
1571               frames[i].setIcon(minimize);
1572               if (!minimize)
1573               {
1574                 frames[i].toFront();
1575               }
1576             }
1577
1578           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1579           {
1580           }
1581         }
1582       }
1583     }
1584   }
1585
1586   /**
1587    * DOCUMENT ME!
1588    *
1589    * @param e
1590    *          DOCUMENT ME!
1591    */
1592   @Override
1593   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1594   {
1595     new Preferences();
1596   }
1597
1598   /**
1599    * DOCUMENT ME!
1600    *
1601    * @param e
1602    *          DOCUMENT ME!
1603    */
1604   @Override
1605   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1606   {
1607     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1608
1609     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1610             "Jalview Project");
1611
1612     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1613     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1614
1615     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1616
1617     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1618     {
1619       final Desktop me = this;
1620       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1621       setProjectFile(choice);
1622
1623       new Thread(new Runnable()
1624       {
1625         @Override
1626         public void run()
1627         {
1628           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1629           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1630                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1631                   { choice.getName() }), choice.hashCode());
1632           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1633                   choice.getParent());
1634           // TODO catch and handle errors for savestate
1635           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1636           try
1637           {
1638             new Jalview2XML().saveState(choice);
1639           } catch (OutOfMemoryError oom)
1640           {
1641             new OOMWarning(
1642                     "Whilst saving current state to " + choice.getName(),
1643                     oom);
1644           } catch (Exception ex)
1645           {
1646             Cache.log.error(
1647                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1648                     ex);
1649             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1650                     MessageManager.formatMessage(
1651                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1652                             new Object[]
1653                             { choice.getName() }),
1654                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1655                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1656           }
1657           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1658         }
1659       }).start();
1660     }
1661   }
1662
1663   private void setProjectFile(File choice)
1664   {
1665     this.projectFile = choice;
1666   }
1667
1668   public File getProjectFile()
1669   {
1670     return this.projectFile;
1671   }
1672
1673   /**
1674    * DOCUMENT ME!
1675    *
1676    * @param e
1677    *          DOCUMENT ME!
1678    */
1679   @Override
1680   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1681   {
1682     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1683
1684     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1685             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1686             { "jvp", "jar" },
1687             new String[]
1688             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" },
1689             "Jalview Project");
1690     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1691     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1692
1693     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1694
1695     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1696     {
1697       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1698       setProjectFile(selectedFile);
1699       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1700       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1701       new Thread(new Runnable()
1702       {
1703         @Override
1704         public void run()
1705         {
1706           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1707                   "label.loading_jalview_project", new Object[]
1708                   { choice }), choice.hashCode());
1709           try
1710           {
1711             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1712           } catch (OutOfMemoryError oom)
1713           {
1714             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1715           } catch (Exception ex)
1716           {
1717             Cache.log.error(
1718                     "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1719             JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1720                     MessageManager.formatMessage(
1721                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1722                             new Object[]
1723                             { choice }),
1724                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1725                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1726           }
1727           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1728         }
1729       }).start();
1730     }
1731   }
1732
1733   @Override
1734   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1735   {
1736     new SequenceFetcher(this);
1737   }
1738
1739   JPanel progressPanel;
1740
1741   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1742
1743   public void startLoading(final Object fileName)
1744   {
1745     if (fileLoadingCount == 0)
1746     {
1747       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1748               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1749               { fileName })));
1750     }
1751     fileLoadingCount++;
1752   }
1753
1754   private JPanel addProgressPanel(String string)
1755   {
1756     if (progressPanel == null)
1757     {
1758       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1759       totalProgressCount = 0;
1760       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1761     }
1762     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1763     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1764     progressBar.setIndeterminate(true);
1765
1766     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1767
1768     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1769     progressPanel.add(thisprogress);
1770     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1771             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1772     ++totalProgressCount;
1773     instance.validate();
1774     return thisprogress;
1775   }
1776
1777   int totalProgressCount = 0;
1778
1779   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1780   {
1781     if (progressPanel != null)
1782     {
1783       synchronized (progressPanel)
1784       {
1785         progressPanel.remove(progbar);
1786         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1787         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1788         if (--totalProgressCount < 1)
1789         {
1790           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1791           progressPanel = null;
1792         }
1793       }
1794     }
1795     validate();
1796   }
1797
1798   public void stopLoading()
1799   {
1800     fileLoadingCount--;
1801     if (fileLoadingCount < 1)
1802     {
1803       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1804       {
1805         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1806       }
1807       fileLoadingPanels.clear();
1808       fileLoadingCount = 0;
1809     }
1810     validate();
1811   }
1812
1813   public static int getViewCount(String alignmentId)
1814   {
1815     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1816     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1817   }
1818
1819   /**
1820    *
1821    * @param alignmentId
1822    *          - if null, all sets are returned
1823    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1824    */
1825   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1826   {
1827     if (Desktop.desktop == null)
1828     {
1829       // no frames created and in headless mode
1830       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1831       return null;
1832     }
1833     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1834     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1835     if (frames == null)
1836     {
1837       return null;
1838     }
1839     for (AlignFrame af : frames)
1840     {
1841       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1842       {
1843         if (alignmentId == null
1844                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1845         {
1846           aps.add(ap);
1847         }
1848       }
1849     }
1850     if (aps.size() == 0)
1851     {
1852       return null;
1853     }
1854     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1855     return vap;
1856   }
1857
1858   /**
1859    * get all the viewports on an alignment.
1860    *
1861    * @param sequenceSetId
1862    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1863    *          case)
1864    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1865    */
1866   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1867   {
1868     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1869     if (desktop != null)
1870     {
1871       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1872
1873       for (AlignFrame afr : frames)
1874       {
1875         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1876                 .equals(sequenceSetId))
1877         {
1878           if (afr.alignPanels != null)
1879           {
1880             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1881             {
1882               if (sequenceSetId == null
1883                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1884               {
1885                 viewp.add(ap.av);
1886               }
1887             }
1888           }
1889           else
1890           {
1891             viewp.add(afr.getViewport());
1892           }
1893         }
1894       }
1895       if (viewp.size() > 0)
1896       {
1897         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1898       }
1899     }
1900     return null;
1901   }
1902
1903   /**
1904    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1905    *
1906    * @param af
1907    */
1908   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1909   {
1910     int size = af.alignPanels.size();
1911     if (size < 2)
1912     {
1913       return;
1914     }
1915
1916     for (int i = 0; i < size; i++)
1917     {
1918       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1919       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1920
1921       /*
1922        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1923        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1924        * position and size.
1925        */
1926       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1927       if (geometry != null)
1928       {
1929         newaf.setBounds(geometry);
1930       }
1931
1932       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1933
1934       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1935               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1936     }
1937
1938     af.alignPanels.clear();
1939     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1940
1941   }
1942
1943   /**
1944    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1945    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1946    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1947    * views. We take the lot.
1948    *
1949    * @param source
1950    */
1951   public void gatherViews(AlignFrame source)
1952   {
1953     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1954     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1955     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1956     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1957
1958     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1959     {
1960       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1961       {
1962         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1963         boolean gatherThis = false;
1964         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1965         {
1966           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1967           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1968           {
1969             gatherThis = true;
1970             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1971             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1972             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1973           }
1974         }
1975
1976         if (gatherThis)
1977         {
1978           af.alignPanels.clear();
1979           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1980         }
1981       }
1982     }
1983
1984   }
1985
1986   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1987
1988   @Override
1989   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1990   {
1991     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1992
1993     if (v_client == null)
1994     {
1995       // Load and try to start a session.
1996       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1997               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1998
1999       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2000       chooser.setDialogTitle(
2001               MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
2002       chooser.setToolTipText(MessageManager.getString(
2003               "label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
2004
2005       int value = chooser.showOpenDialog(this);
2006
2007       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2008       {
2009         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
2010         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
2011         {
2012           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2013                   MessageManager.formatMessage(
2014                           "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
2015                           new Object[]
2016                           { fle }),
2017                   MessageManager
2018                           .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
2019                   JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2020         }
2021       }
2022     }
2023     else
2024     {
2025       jalview.bin.Cache.log.error(
2026               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2027     }
2028   }
2029
2030   /**
2031    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2032    *
2033    * @param file
2034    * @return true if import was a success and a session was started.
2035    */
2036   public boolean vamsasImport(URL url)
2037   {
2038     // TODO: create progress bar
2039     if (v_client != null)
2040     {
2041
2042       jalview.bin.Cache.log.error(
2043               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2044       return false;
2045     }
2046
2047     try
2048     {
2049       // copy the URL content to a temporary local file
2050       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
2051       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
2052       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
2053       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
2054       byte[] buffer = new byte[2048];
2055       int ln;
2056       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
2057       {
2058         fos.write(buffer, 0, ln);
2059       }
2060       bis.close();
2061       fos.close();
2062       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
2063               url.toExternalForm());
2064     } catch (Exception ex)
2065     {
2066       jalview.bin.Cache.log.error(
2067               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
2068                       + url,
2069               ex);
2070       return false;
2071     }
2072     setupVamsasConnectedGui();
2073     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2074     return v_client.inSession();
2075   }
2076
2077   /**
2078    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
2079    *
2080    * @param file
2081    * @return true if import was a success and a session was started.
2082    */
2083   public boolean vamsasImport(File file)
2084   {
2085     if (v_client != null)
2086     {
2087
2088       jalview.bin.Cache.log.error(
2089               "Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2090       return false;
2091     }
2092
2093     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2094             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2095             { file.getName() }), file.hashCode());
2096     try
2097     {
2098       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2099     } catch (Exception ex)
2100     {
2101       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2102               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2103               { file.getName() }), file.hashCode());
2104       jalview.bin.Cache.log.error(
2105               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2106       return false;
2107     }
2108     setupVamsasConnectedGui();
2109     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2110     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2111             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
2112             { file.getName() }), file.hashCode());
2113     return v_client.inSession();
2114   }
2115
2116   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2117   {
2118     if (v_client != null)
2119     {
2120       throw new Error(MessageManager
2121               .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2122     }
2123     if (mysesid == null)
2124     {
2125       throw new Error(
2126               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2127     }
2128     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2129     setupVamsasConnectedGui();
2130     v_client.initial_update();
2131     return (v_client.inSession());
2132   }
2133
2134   @Override
2135   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2136   {
2137     if (v_client == null)
2138     {
2139       // Start a session.
2140       // we just start a default session for moment.
2141       /*
2142        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2143        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2144        *
2145        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2146        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2147        * chooser.setToolTipText("Import");
2148        *
2149        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2150        *
2151        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2152        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2153        */
2154       v_client = new VamsasApplication(this);
2155       setupVamsasConnectedGui();
2156       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2157     }
2158     else
2159     {
2160       // store current data in session.
2161       v_client.push_update(); // TODO: thread
2162     }
2163   }
2164
2165   protected void setupVamsasConnectedGui()
2166   {
2167     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2168     vamsasSave.setVisible(true);
2169     vamsasStop.setVisible(true);
2170     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2171     // not possible for vamsas-client-1.0.
2172   }
2173
2174   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2175   {
2176     vamsasSave.setVisible(false);
2177     vamsasStop.setVisible(false);
2178     vamsasImport.setVisible(true);
2179     vamsasStart
2180             .setText(MessageManager.getString("label.new_vamsas_session"));
2181   }
2182
2183   @Override
2184   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2185   {
2186     if (v_client != null)
2187     {
2188       v_client.end_session();
2189       v_client = null;
2190       setupVamsasDisconnectedGui();
2191     }
2192   }
2193
2194   protected void buildVamsasStMenu()
2195   {
2196     if (v_client == null)
2197     {
2198       String[] sess = null;
2199       try
2200       {
2201         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2202       } catch (Exception e)
2203       {
2204         jalview.bin.Cache.log.warn("Problem getting current sessions list.",
2205                 e);
2206         sess = null;
2207       }
2208       if (sess != null)
2209       {
2210         jalview.bin.Cache.log.debug(
2211                 "Got current sessions list: " + sess.length + " entries.");
2212         VamsasStMenu.removeAll();
2213         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2214         {
2215           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2216           sessit.setText(sess[i]);
2217           sessit.setToolTipText(MessageManager
2218                   .formatMessage("label.connect_to_session", new Object[]
2219                   { sess[i] }));
2220           final Desktop dsktp = this;
2221           final String mysesid = sess[i];
2222           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2223           {
2224
2225             @Override
2226             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2227             {
2228               if (dsktp.v_client == null)
2229               {
2230                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2231                 {
2232
2233                   @Override
2234                   public void run()
2235                   {
2236                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2237                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2238                     dsktp.v_client.initial_update();
2239                   }
2240
2241                 });
2242                 rthr.start();
2243               }
2244             };
2245           });
2246           VamsasStMenu.add(sessit);
2247         }
2248         // don't show an empty menu.
2249         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2250
2251       }
2252       else
2253       {
2254         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2255         VamsasStMenu.removeAll();
2256         VamsasStMenu.setVisible(false);
2257       }
2258     }
2259     else
2260     {
2261       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2262       VamsasStMenu.setVisible(false);
2263     }
2264   }
2265
2266   @Override
2267   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2268   {
2269     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
2270
2271     if (v_client != null)
2272     {
2273       // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2274       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("vdj",
2275               "Vamsas Document");
2276
2277       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2278       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2279               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2280
2281       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2282
2283       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2284       {
2285         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2286         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager
2287                 .formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2288                 { choice.getName() }));
2289         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2290         String warnmsg = null;
2291         String warnttl = null;
2292         try
2293         {
2294           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2295         } catch (Error ex)
2296         {
2297           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2298           warnmsg = ex.toString();
2299           jalview.bin.Cache.log
2300                   .error("Error Whilst saving document to " + choice, ex);
2301
2302         } catch (Exception ex)
2303         {
2304           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2305           warnmsg = ex.toString();
2306           jalview.bin.Cache.log.warn(
2307                   "Exception Whilst saving document to " + choice, ex);
2308
2309         }
2310         removeProgressPanel(progpanel);
2311         if (warnmsg != null)
2312         {
2313           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2314
2315                   warnmsg, warnttl, JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2316         }
2317       }
2318     }
2319   }
2320
2321   JPanel vamUpdate = null;
2322
2323   /**
2324    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2325    *
2326    * @param b
2327    *          true to hide gui, false to reveal gui
2328    */
2329   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2330   {
2331     Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2332             + (b ? "in progress" : "finished"));
2333
2334     if (vamUpdate != null)
2335     {
2336       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2337     }
2338     if (b)
2339     {
2340       vamUpdate = this.addProgressPanel(
2341               MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2342     }
2343     vamsasStart.setVisible(!b);
2344     vamsasStop.setVisible(!b);
2345     vamsasSave.setVisible(!b);
2346   }
2347
2348   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2349   {
2350     return desktop.getAllFrames();
2351   }
2352
2353   /**
2354    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2355    * should be informed of a new questionnaire.
2356    *
2357    * @param url
2358    */
2359   public void checkForQuestionnaire(String url)
2360   {
2361     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2362     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2363     new Thread(jvq).start();
2364   }
2365
2366   public void checkURLLinks()
2367   {
2368     // Thread off the URL link checker
2369     addDialogThread(new Runnable()
2370     {
2371       @Override
2372       public void run()
2373       {
2374         if (/** @j2sNative false && */ // BH 2018
2375         Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2376         {
2377           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2378           // bother with the warning
2379           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2380                   .getLinksForMenu();
2381
2382           // only need to check links if there is one with a
2383           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2384           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2385           boolean check = false;
2386           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2387           while (li.hasNext())
2388           {
2389             String link = li.next();
2390             if (link.contains(SEQUENCE_ID)
2391                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2392             {
2393               check = true;
2394               int barPos = link.indexOf("|");
2395               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2396                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2397                               + link.substring(barPos + 1);
2398               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2399             }
2400           }
2401           if (!check)
2402           {
2403             return;
2404           }
2405
2406           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2407           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2408           JPanel msgPanel = new JPanel();
2409           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2410           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2411           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2412                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2413           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2414                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2415           msgPanel.add(msg);
2416           for (JLabel url : urls)
2417           {
2418             msgPanel.add(url);
2419           }
2420           msgPanel.add(msg2);
2421
2422           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2423                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2424           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2425           {
2426             @Override
2427             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2428             {
2429               // update Cache settings for "don't show this again"
2430               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2431               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2432                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2433             }
2434           });
2435           msgPanel.add(jcb);
2436
2437           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2438                   MessageManager
2439                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2440                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2441         }
2442       }
2443     });
2444   }
2445
2446   /**
2447    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2448    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2449    * low.
2450    *
2451    * @author AMW
2452    */
2453   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane
2454           implements Runnable, PropertyChangeListener
2455   {
2456
2457     public Object[] dialogData;
2458
2459     // @Override
2460     @Override
2461     public void propertyChange(PropertyChangeEvent event)
2462     {
2463       Object val = event.getNewValue();
2464       String name = event.getPropertyName();
2465       System.out.println(name);
2466       switch (event.getSource().getClass().getName())
2467       {
2468       case "javax.swing.JOptionPane":
2469         switch (name)
2470         {
2471         case "inputValue":
2472           onDialogReturn(val);
2473           return;
2474         case "value":
2475           if (val instanceof Integer)
2476           {
2477             onDialogReturn(((Integer) val).intValue());
2478           }
2479           else
2480           {
2481             onDialogReturn(val);
2482           }
2483           return;
2484         }
2485         break;
2486       case "javax.swing.ColorChooserDialog":
2487         switch (name)
2488         {
2489         case "SelectedColor":
2490           onDialogReturn(val);
2491           return;
2492         }
2493         break;
2494       case "javax.swing.JFileChooser":
2495         switch (name)
2496         {
2497         case "SelectedFile":
2498           // in JavaScript, this File object will have a _bytes property,
2499           // because the file data has already been loaded
2500           onDialogReturn(new Object[] { (File) val });
2501           return;
2502         }
2503         break;
2504       }
2505       System.out.println(event.getSource().getClass().getName() + " "
2506               + event.getPropertyName() + ": " + event.getNewValue());
2507     }
2508
2509     // JSCOmponent.DialogCaller interface
2510     void onDialogReturn(Object value)
2511     {
2512       switch ((String) dialogData[0])
2513       {
2514       case "SelectedFile":
2515       case "runnable":
2516         dialogData[0] = value;
2517         ((Runnable) dialogData[1]).run();
2518         break;
2519       case "label.select_feature_colour":
2520         ((FeatureRenderer) dialogData[1]).processColorDialog((Color) value);
2521         break;
2522       }
2523     }
2524
2525     // JSCOmponent.DialogCaller interface
2526     void onDialogReturn(int value)
2527     {
2528       if (value != Math.floor(value))
2529       {
2530         // in JavaScript, this will be NaN, oddly enough
2531         return;
2532       }
2533
2534       switch ((String) dialogData[0])
2535       {
2536       case "runnable":
2537         dialogData[0] = Integer.valueOf(value);
2538         ((Runnable) dialogData[1]).run();
2539         break;
2540       case "label.input_alignment_from_url":
2541         // reconstruct the parameter data
2542         int reply = value;
2543         AlignViewport viewport = (AlignViewport) dialogData[1];
2544         JComboBox history = (JComboBox) dialogData[2];
2545         // the rest of this is unchangaed
2546         if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
2547         {
2548           return;
2549         }
2550
2551         String url = history.getSelectedItem().toString();
2552
2553         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
2554         {
2555           if (viewport != null)
2556           {
2557             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
2558                     FileFormat.Jalview);
2559           }
2560           else
2561           {
2562             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
2563                     FileFormat.Jalview);
2564           }
2565         }
2566         else
2567         {
2568           FileFormatI format = null;
2569           try
2570           {
2571             format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
2572           } catch (FileFormatException e)
2573           {
2574             // TODO revise error handling, distinguish between
2575             // URL not found and response not valid
2576           }
2577
2578           if (format == null)
2579           {
2580             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2581                     MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
2582                             new Object[]
2583                     { url }),
2584                     MessageManager.getString("label.url_not_found"),
2585                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2586
2587             return;
2588           }
2589
2590           if (viewport != null)
2591           {
2592             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
2593                     format);
2594           }
2595           else
2596           {
2597             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
2598           }
2599         }
2600
2601         break;
2602       }
2603
2604     }
2605
2606     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2607
2608     boolean showMemoryUsage = false;
2609
2610     Runtime runtime;
2611
2612     java.text.NumberFormat df;
2613
2614     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2615             percentUsage;
2616
2617     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2618     {
2619       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2620     }
2621
2622     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2623     {
2624       this.showMemoryUsage = showMemory;
2625       if (showMemory)
2626       {
2627         Thread worker = new Thread(this);
2628         worker.start();
2629       }
2630       repaint();
2631     }
2632
2633     public boolean isShowMemoryUsage()
2634     {
2635       return showMemoryUsage;
2636     }
2637
2638     @Override
2639     public void run()
2640     {
2641       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2642       df.setMaximumFractionDigits(2);
2643       runtime = Runtime.getRuntime();
2644
2645       while (showMemoryUsage)
2646       {
2647         try
2648         {
2649           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2650           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2651           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2652           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2653
2654           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2655
2656           // if (percentUsage < 20)
2657           {
2658             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2659             // Color.red);
2660             // instance.set.setBorder(border1);
2661           }
2662           repaint();
2663           // sleep after showing usage
2664           Thread.sleep(3000);
2665         } catch (Exception ex)
2666         {
2667           ex.printStackTrace();
2668         }
2669       }
2670     }
2671
2672     @Override
2673     public void paintComponent(Graphics g)
2674     {
2675       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2676       {
2677         if (percentUsage < 20)
2678         {
2679           g.setColor(Color.red);
2680         }
2681         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2682         if (fm != null)
2683         {
2684           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2685                   new Object[]
2686                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2687                       df.format(percentUsage) }),
2688                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2689         }
2690       }
2691     }
2692   }
2693
2694
2695   /**
2696    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2697    *
2698    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2699    */
2700   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2701   {
2702     if (Jalview.isHeadlessMode())
2703     {
2704       // Desktop.desktop is null in headless mode
2705       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2706     }
2707
2708     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2709
2710     if (frames == null)
2711     {
2712       return null;
2713     }
2714     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2715     // REVERSE ORDER
2716     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2717     {
2718       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2719       {
2720         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2721       }
2722       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2723       {
2724         /*
2725          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2726          */
2727         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2728         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2729         {
2730           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2731         }
2732         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2733         {
2734           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2735         }
2736       }
2737     }
2738     if (avp.size() == 0)
2739     {
2740       return null;
2741     }
2742     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2743     return afs;
2744   }
2745
2746   /**
2747    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2748    *
2749    * @return
2750    */
2751   public GStructureViewer[] getJmols()
2752   {
2753     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2754
2755     if (frames == null)
2756     {
2757       return null;
2758     }
2759     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2760     // REVERSE ORDER
2761     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2762     {
2763       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2764       {
2765         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2766         avp.add(af);
2767       }
2768     }
2769     if (avp.size() == 0)
2770     {
2771       return null;
2772     }
2773     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2774     return afs;
2775   }
2776
2777   /**
2778    * Add Groovy Support to Jalview
2779    */
2780   @Override
2781   public void groovyShell_actionPerformed()
2782   {
2783     try
2784     {
2785       openGroovyConsole();
2786     } catch (Exception ex)
2787     {
2788       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2789       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2790
2791               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2792               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2793               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2794     }
2795   }
2796
2797   /**
2798    * Open the Groovy console
2799    */
2800   void openGroovyConsole()
2801   {
2802     if (groovyConsole == null)
2803     {
2804       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2805       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2806       groovyConsole.run();
2807
2808       /*
2809        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2810        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2811        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2812        * opened, and the reverse when it is closed
2813        */
2814       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2815       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2816       {
2817         @Override
2818         public void windowClosed(WindowEvent e)
2819         {
2820           /*
2821            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2822            */
2823           addQuitHandler();
2824           enableExecuteGroovy(false);
2825         }
2826       });
2827     }
2828
2829     /*
2830      * show Groovy console window (after close and reopen)
2831      */
2832     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2833
2834     /*
2835      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2836      * and disable opening a second console
2837      */
2838     enableExecuteGroovy(true);
2839   }
2840
2841   /**
2842    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2843    * binding when opened
2844    */
2845   protected void addQuitHandler()
2846   {
2847     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2848             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2849                     Toolkit.getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2850                     "Quit");
2851     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2852     {
2853       @Override
2854       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2855       {
2856         quit();
2857       }
2858     });
2859   }
2860
2861   /**
2862    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2863    *
2864    * @param enabled
2865    *          true if Groovy console is open
2866    */
2867   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2868   {
2869     /*
2870      * disable opening a second Groovy console
2871      * (or re-enable when the console is closed)
2872      */
2873     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2874
2875     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2876     if (alignFrames != null)
2877     {
2878       for (AlignFrame af : alignFrames)
2879       {
2880         af.setGroovyEnabled(enabled);
2881       }
2882     }
2883   }
2884
2885   /**
2886    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2887    */
2888   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2889
2890   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2891
2892   /*
2893    * (non-Javadoc)
2894    *
2895    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2896    */
2897   @Override
2898   public void setProgressBar(String message, long id)
2899   {
2900     if (progressBars == null)
2901     {
2902       progressBars = new Hashtable<>();
2903       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2904     }
2905
2906     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2907     {
2908       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2909       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2910       {
2911         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2912       }
2913       removeProgressPanel(panel);
2914     }
2915     else
2916     {
2917       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2918     }
2919   }
2920
2921   /*
2922    * (non-Javadoc)
2923    *
2924    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2925    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2926    */
2927   @Override
2928   public void registerHandler(final long id,
2929           final IProgressIndicatorHandler handler)
2930   {
2931     if (progressBarHandlers == null
2932             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2933     {
2934       throw new Error(MessageManager.getString(
2935               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2936     }
2937     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2938     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2939     if (handler.canCancel())
2940     {
2941       JButton cancel = new JButton(
2942               MessageManager.getString("action.cancel"));
2943       final IProgressIndicator us = this;
2944       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2945       {
2946
2947         @Override
2948         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2949         {
2950           handler.cancelActivity(id);
2951           us.setProgressBar(MessageManager
2952                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2953                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2954                   id);
2955         }
2956       });
2957       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2958     }
2959   }
2960
2961   /**
2962    *
2963    * @return true if any progress bars are still active
2964    */
2965   @Override
2966   public boolean operationInProgress()
2967   {
2968     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2969     {
2970       return true;
2971     }
2972     return false;
2973   }
2974
2975   /**
2976    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2977    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2978    * av.
2979    *
2980    * @param viewport
2981    * @return alignFrame for viewport
2982    */
2983   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2984   {
2985     if (desktop != null)
2986     {
2987       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2988               viewport.getSequenceSetId());
2989       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2990       {
2991         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2992         {
2993           return aps[panel].alignFrame;
2994         }
2995       }
2996     }
2997     return null;
2998   }
2999
3000   public VamsasApplication getVamsasApplication()
3001   {
3002     return v_client;
3003
3004   }
3005
3006   /**
3007    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
3008    */
3009   private boolean inBatchMode = false;
3010
3011   /**
3012    * check if jalview GUI is being operated programmatically
3013    *
3014    * @return inBatchMode
3015    */
3016   public boolean isInBatchMode()
3017   {
3018     return inBatchMode;
3019   }
3020
3021   /**
3022    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
3023    *
3024    * @param inBatchMode
3025    */
3026   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
3027   {
3028     this.inBatchMode = inBatchMode;
3029   }
3030
3031   public void startServiceDiscovery()
3032   {
3033     startServiceDiscovery(false);
3034   }
3035
3036   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
3037   {
3038     boolean alive = true;
3039     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
3040     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
3041     if (true)
3042     {
3043       // todo: changesupport handlers need to be transferred
3044       if (discoverer == null)
3045       {
3046         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
3047         // register PCS handler for desktop.
3048         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
3049       }
3050       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
3051       // until we phase out completely
3052       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
3053     }
3054
3055     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
3056     {
3057       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3058               .startDiscoverer(changeSupport);
3059     }
3060     Thread t3 = null;
3061     {
3062       // TODO: do rest service discovery
3063     }
3064     if (blocking)
3065     {
3066       while (alive)
3067       {
3068         try
3069         {
3070           Thread.sleep(15);
3071         } catch (Exception e)
3072         {
3073         }
3074         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
3075                 || (t3 != null && t3.isAlive())
3076                 || (t0 != null && t0.isAlive());
3077       }
3078     }
3079   }
3080
3081   /**
3082    * called to check if the service discovery process completed successfully.
3083    *
3084    * @param evt
3085    */
3086   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
3087   {
3088     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
3089     {
3090       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
3091               .getErrorMessages();
3092       if (ermsg != null)
3093       {
3094         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
3095         {
3096           if (serviceChangedDialog == null)
3097           {
3098             // only run if we aren't already displaying one of these.
3099             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
3100             {
3101               @Override
3102               public void run()
3103               {
3104
3105                 /*
3106                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
3107                  *
3108                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
3109                  * Auto-generated method stub
3110                  *
3111                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
3112                  * Auto-generated method stub
3113                  *
3114                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
3115                  * Auto-generated method stub
3116                  *
3117                  * } }; jd.initDialogFrame(new
3118                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
3119                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
3120                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
3121                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
3122                  * +
3123                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
3124                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
3125                  * 400);
3126                  *
3127                  * jd.waitForInput();
3128                  */
3129                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
3130                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
3131                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
3132                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
3133                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
3134                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
3135                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
3136                         "Web Service Configuration Problem",
3137                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
3138                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
3139                 serviceChangedDialog = null;
3140
3141               }
3142             });
3143           }
3144         }
3145         else
3146         {
3147           Cache.log.error(
3148                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
3149                           + ermsg);
3150         }
3151       }
3152     }
3153   }
3154
3155   private Runnable serviceChangedDialog = null;
3156
3157   /**
3158    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
3159    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
3160    * to open the URL.
3161    *
3162    * @param url
3163    */
3164   public static void showUrl(final String url)
3165   {
3166     showUrl(url, Desktop.instance);
3167   }
3168
3169   /**
3170    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
3171    *
3172    * @param url
3173    * @param progress
3174    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
3175    */
3176   public static void showUrl(final String url,
3177           final IProgressIndicator progress)
3178   {
3179     new Thread(new Runnable()
3180     {
3181       @Override
3182       public void run()
3183       {
3184         try
3185         {
3186           if (progress != null)
3187           {
3188             progress.setProgressBar(MessageManager
3189                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
3190                     { url }), this.hashCode());
3191           }
3192           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
3193         } catch (Exception ex)
3194         {
3195           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
3196                   MessageManager
3197                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
3198                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3199                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3200
3201           ex.printStackTrace();
3202         }
3203         if (progress != null)
3204         {
3205           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3206         }
3207       }
3208     }).start();
3209   }
3210
3211   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3212
3213   public static ParamManager getUserParameterStore()
3214   {
3215     if (wsparamManager == null)
3216     {
3217       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3218     }
3219     return wsparamManager;
3220   }
3221
3222   /**
3223    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3224    *
3225    * @param e
3226    */
3227   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3228   {
3229     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3230     {
3231       String url = null;
3232       try
3233       {
3234         url = e.getURL().toString();
3235         Desktop.showUrl(url);
3236       } catch (Exception x)
3237       {
3238         if (url != null)
3239         {
3240           if (Cache.log != null)
3241           {
3242             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3243           }
3244           else
3245           {
3246             System.err.println(
3247                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3248           }
3249         }
3250         // ignore any exceptions due to dud links.
3251       }
3252
3253     }
3254   }
3255
3256   /**
3257    * single thread that handles display of dialogs to user.
3258    */
3259   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
3260
3261   /**
3262    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3263    */
3264   private volatile boolean dialogPause = true;
3265
3266   /**
3267    * pause the queue
3268    */
3269   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3270
3271   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3272
3273   /**
3274    * add another dialog thread to the queue
3275    *
3276    * @param prompter
3277    */
3278   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3279   {
3280     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3281     {
3282       @Override
3283       public void run()
3284       {
3285         if (dialogPause)
3286         {
3287           try
3288           {
3289             block.acquire();
3290           } catch (InterruptedException x)
3291           {
3292           }
3293           ;
3294         }
3295         if (instance == null)
3296         {
3297           return;
3298         }
3299         try
3300         {
3301           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3302         } catch (Exception q)
3303         {
3304           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3305         }
3306       }
3307     });
3308   }
3309
3310   public void startDialogQueue()
3311   {
3312     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3313     // the current task to begin
3314     dialogPause = false;
3315     block.release();
3316   }
3317
3318   @Override
3319   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3320   {
3321     invalidate();
3322     File of;
3323     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(
3324             this, ImageMaker.TYPE.EPS, "View of Desktop", getWidth(),
3325             getHeight(), of = new File("Jalview_snapshot"
3326                     + System.currentTimeMillis() + ".eps"),
3327             "View of desktop", null, 0, false);
3328     try
3329     {
3330       paintAll(im.getGraphics());
3331       im.writeImage();
3332     } catch (Exception q)
3333     {
3334       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3335               q);
3336       return;
3337     }
3338     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3339             + of.getAbsolutePath());
3340   }
3341
3342   /**
3343    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3344    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3345    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3346    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3347    * 'exploding' frame.
3348    *
3349    * @param sf
3350    */
3351   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3352   {
3353     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3354     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3355     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3356             .getAlignPanels();
3357     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3358             .getAlignPanels();
3359     int viewCount = topPanels.size();
3360     if (viewCount < 2)
3361     {
3362       return;
3363     }
3364
3365     /*
3366      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3367      * not visible. I don't know why!
3368      */
3369     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3370     {
3371       /*
3372        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3373        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3374        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3375        * new split frames.
3376        *
3377        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3378        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3379        */
3380       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3381       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3382       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3383       newTopFrame.setVisible(true);
3384       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3385               .getExplodedGeometry();
3386       if (geometry != null)
3387       {
3388         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3389       }
3390
3391       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3392       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3393       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3394       newBottomFrame.setVisible(true);
3395       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3396               .getExplodedGeometry();
3397       if (geometry != null)
3398       {
3399         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3400       }
3401
3402       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3403       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3404       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3405               newBottomFrame);
3406       if (geometry != null)
3407       {
3408         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3409       }
3410       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3411     }
3412
3413     /*
3414      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3415      * before closing the old SplitFrame.
3416      */
3417     topPanels.clear();
3418     bottomPanels.clear();
3419     sf.close();
3420   }
3421
3422   /**
3423    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3424    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3425    * frames may themselves have multiple views.
3426    *
3427    * @param source
3428    */
3429   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3430   {
3431     /*
3432      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3433      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3434      * height) of the AlignFrame component
3435      */
3436     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3437     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3438     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3439             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3440     myBottomFrame.viewport
3441             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3442                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3443     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3444     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3445     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3446     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3447
3448     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3449     for (JInternalFrame frame : frames)
3450     {
3451       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3452       {
3453         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3454         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3455         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3456         boolean gatherThis = false;
3457         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3458         {
3459           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3460           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3461           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3462                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3463           {
3464             gatherThis = true;
3465             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3466             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3467             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3468                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3469             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3470                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3471             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3472             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3473           }
3474         }
3475
3476         if (gatherThis)
3477         {
3478           topFrame.getAlignPanels().clear();
3479           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3480           sf.close();
3481         }
3482       }
3483     }
3484
3485     /*
3486      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3487      */
3488     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3489   }
3490
3491   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3492   {
3493     return groovyConsole;
3494   }
3495
3496   /**
3497    * handles the payload of a drag and drop event.
3498    *
3499    * TODO refactor to desktop utilities class
3500    *
3501    * @param files
3502    *          - Data source strings extracted from the drop event
3503    * @param protocols
3504    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3505    * @param evt
3506    *          - the drop event
3507    * @param t
3508    *          - the payload from the drop event
3509    * @throws Exception
3510    */
3511   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3512           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3513           Transferable t) throws Exception
3514   {
3515
3516     // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from SwingJS
3517
3518 //    DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
3519 //    for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
3520 //      if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
3521 //              evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3522 //              List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
3523 //              for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
3524 //                      File file = (File) list.get(j);
3525 //                      byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
3526 //                      fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " + evt.getLocation());
3527 //                      JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget) evt.getSource()).getComponent();
3528 //                      target.setText(new String(data));
3529 //              }
3530 //              dtde.dropComplete(true);
3531 //              return;
3532 //      }
3533 //
3534
3535     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3536             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3537     try
3538     {
3539       urlFlavour = new DataFlavor(
3540               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3541     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3542     {
3543       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3544     }
3545
3546     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3547     {
3548
3549       try
3550       {
3551       java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3552         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3553         // means url may be null.
3554       if (url != null)
3555       {
3556         protocols.add(DataSourceType.URL);
3557         files.add(url.toString());
3558         Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3559                 + files.get(files.size() - 1));
3560           return;
3561         }
3562         else
3563         {
3564           if (Platform.isAMac())
3565           {
3566             System.err.println(
3567                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3568           }
3569           ;
3570       }
3571       } catch (Throwable ex)
3572       {
3573         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3574       }
3575     }
3576     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3577     {
3578       // Works on Windows and MacOSX
3579       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3580       for (Object file : (List) t
3581               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3582       {
3583         files.add(file);
3584         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3585       }
3586     }
3587     else
3588     {
3589       // Unix like behaviour
3590       boolean added = false;
3591       String data = null;
3592       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3593       {
3594         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3595         // This is used by Unix drag system
3596         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3597       }
3598       if (data == null)
3599       {
3600         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3601         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3602         // try text fallback
3603         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3604                 "text/plain;class=java.lang.String");
3605         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3606         {
3607           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3608         }
3609
3610         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3611                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3612
3613       }
3614       if (data != null)
3615       {
3616         while (protocols.size() < files.size())
3617         {
3618           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3619                   + files.get(protocols.size()));
3620           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3621         }
3622         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3623                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3624         {
3625           added = true;
3626           String s = st.nextToken();
3627           if (s.startsWith("#"))
3628           {
3629             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3630             continue;
3631           }
3632           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3633           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3634           {
3635             protocols.add(DataSourceType.URL);
3636             files.add(uri.toString());
3637           }
3638           else
3639           {
3640             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3641             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3642             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3643             files.add(file.toString());
3644           }
3645         }
3646       }
3647
3648       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3649       {
3650         if (data == null || !added)
3651         {
3652
3653           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3654                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3655           {
3656             Cache.log.debug(
3657                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3658             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3659             {
3660               Cache.log.debug(
3661                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3662               Object df = t.getTransferData(fl);
3663               if (df != null)
3664               {
3665                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3666               }
3667               else
3668               {
3669                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3670               }
3671             }
3672           }
3673           else
3674           {
3675             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3676                     + t.toString());
3677           }
3678         }
3679       }
3680     }
3681     if (Platform.isWindows())
3682
3683     {
3684       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3685
3686       // resolve any .lnk files in the file drop
3687       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3688       {
3689         String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
3690         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3691                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3692                         || source.endsWith(".site")))
3693         {
3694           try {
3695             Object obj = files.get(f);
3696             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj : new File((String) obj));
3697             // process link file to get a URL
3698             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3699             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3700             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3701             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3702             files.set(f, fullname);
3703             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3704                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3705           }
3706           catch (Exception ex)
3707           {
3708             Cache.log.error("Couldn't parse "+files.get(f)+" as a link file.",ex);
3709           }
3710         }
3711       }
3712     }
3713   }
3714
3715   /**
3716    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3717    * depending on the state of the controlling menu item
3718    */
3719   @Override
3720   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3721   {
3722     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3723   }
3724
3725   /**
3726    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3727    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3728    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3729    * specified alignment panel.
3730    *
3731    * @param apanel
3732    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3733    * @param structureViewerClass
3734    *          if not null, only return viewers of this class
3735    * @return
3736    */
3737   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3738           AlignmentPanel apanel,
3739           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3740   {
3741     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3742     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3743
3744     for (JInternalFrame frame : frames)
3745     {
3746       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3747       {
3748         if (structureViewerClass == null
3749                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3750         {
3751           if (apanel == null
3752                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3753           {
3754             result.add((StructureViewerBase) frame);
3755           }
3756         }
3757       }
3758     }
3759     return result;
3760   }
3761 }