src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.FlowLayout;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.Point;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.ItemEvent;
  36 import java.awt.event.ItemListener;
  37 import java.awt.event.MouseAdapter;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  40 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  41 import java.beans.PropertyChangeListener;
  42 import java.io.File;
  43 import java.io.FileInputStream;
  44 import java.io.FileOutputStream;
  45 import java.io.InputStreamReader;
  46 import java.io.OutputStreamWriter;
  47 import java.io.PrintWriter;
  48 import java.util.Arrays;
  49 import java.util.Comparator;
  50 import java.util.HashMap;
  51 import java.util.HashSet;
  52 import java.util.Hashtable;
  53 import java.util.Iterator;
  54 import java.util.List;
  55 import java.util.Locale;
  56 import java.util.Map;
  57 import java.util.Set;
  58
  59 import javax.help.HelpSetException;
  60 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  61 import javax.swing.BorderFactory;
  62 import javax.swing.Icon;
  63 import javax.swing.JButton;
  64 import javax.swing.JCheckBox;
  65 import javax.swing.JInternalFrame;
  66 import javax.swing.JLabel;
  67 import javax.swing.JLayeredPane;
  68 import javax.swing.JMenuItem;
  69 import javax.swing.JPanel;
  70 import javax.swing.JPopupMenu;
  71 import javax.swing.JScrollPane;
  72 import javax.swing.JSlider;
  73 import javax.swing.JTable;
  74 import javax.swing.ListSelectionModel;
  75 import javax.swing.SwingConstants;
  76 import javax.swing.ToolTipManager;
  77 import javax.swing.border.Border;
  78 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  79 import javax.swing.event.ChangeListener;
  80 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  81 import javax.swing.table.JTableHeader;
  82 import javax.swing.table.TableCellEditor;
  83 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  84 import javax.swing.table.TableColumn;
  85 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  86 import javax.xml.bind.JAXBElement;
  87 import javax.xml.bind.Marshaller;
  88 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
  89 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
  90
  91 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  92 import jalview.api.AlignViewportI;
  93 import jalview.api.FeatureColourI;
  94 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  95 import jalview.api.SplitContainerI;
  96 import jalview.api.ViewStyleI;
  97 import jalview.controller.FeatureSettingsControllerGuiI;
  98 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  99 import jalview.datamodel.SequenceI;
 100 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
 101 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
 102 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
 103 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
 104 import jalview.gui.Help.HelpId;
 105 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
 106 import jalview.io.JalviewFileChooser;
 107 import jalview.io.JalviewFileView;
 108 import jalview.schemes.FeatureColour;
 109 import jalview.util.MessageManager;
 110 import jalview.util.Platform;
 111 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
 112 import jalview.viewmodel.styles.ViewStyle;
 113 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
 114 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
 115 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
 116 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
 117
 118 public class FeatureSettings extends JPanel
 119         implements FeatureSettingsControllerI, FeatureSettingsControllerGuiI
 120 {
 121   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 122           .getString("label.sequence_feature_colours");
 123
 124   /*
 125    * column indices of fields in Feature Settings table
 126    */
 127   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 128
 129   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 130
 131   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 132
 133   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 134
 135   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 136
 137   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 138
 139   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 140
 141   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager
 142           .getString("label.click_to_edit");
 143
 144   final FeatureRenderer fr;
 145
 146   public final AlignFrame af;
 147
 148   /*
 149    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 150    */
 151   Object[][] originalData;
 152
 153   private float originalTransparency;
 154
 155   private ViewStyleI originalViewStyle;
 156
 157   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 158
 159   final JInternalFrame frame;
 160
 161   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 162
 163   JTable table;
 164
 165   JPanel groupPanel;
 166
 167   JSlider transparency = new JSlider();
 168
 169   private JCheckBox showComplementOnTop;
 170
 171   private JCheckBox showComplement;
 172
 173   /*
 174    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 175    */
 176   protected volatile boolean inConstruction = true;
 177
 178   int selectedRow = -1;
 179
 180   boolean resettingTable = false;
 181
 182   /*
 183    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 184    */
 185   private boolean handlingUpdate = false;
 186
 187   /*
 188    * a change listener to ensure the dialog is updated if
 189    * FeatureRenderer discovers new features
 190    */
 191   private PropertyChangeListener change;
 192
 193   /*
 194    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 195    */
 196   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 197
 198   private void storeOriginalSettings()
 199   {
 200     // save transparency for restore on Cancel
 201     originalTransparency = fr.getTransparency();
 202
 203     updateTransparencySliderFromFR();
 204
 205     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 206     originalViewStyle = new ViewStyle(af.viewport.getViewStyle());
 207   }
 208
 209   private void updateTransparencySliderFromFR()
 210   {
 211     boolean incon = inConstruction;
 212     inConstruction = true;
 213
 214     int transparencyAsPercent = (int) (fr.getTransparency() * 100);
 215     transparency.setValue(100 - transparencyAsPercent);
 216     inConstruction = incon;
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Constructor
 221    *
 222    * @param af
 223    */
 224   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 225   {
 226     this.af = alignFrame;
 227     fr = af.getFeatureRenderer();
 228
 229     storeOriginalSettings();
 230
 231     try
 232     {
 233       jbInit();
 234     } catch (Exception ex)
 235     {
 236       ex.printStackTrace();
 237     }
 238
 239     table = new JTable()
 240     {
 241       @Override
 242       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 243       {
 244         String tip = null;
 245         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 246         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 247
 248         switch (column)
 249         {
 250         case TYPE_COLUMN:
 251           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 252                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 253           break;
 254         case COLOUR_COLUMN:
 255           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 256                   column);
 257           tip = getColorTooltip(colour, true);
 258           break;
 259         case FILTER_COLUMN:
 260           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 261                   column);
 262           tip = o.isEmpty()
 263                   ? MessageManager
 264                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 265                   : o.toString();
 266           break;
 267         default:
 268           break;
 269         }
 270
 271         return tip;
 272       }
 273
 274       /**
 275        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 276        * current cell
 277        */
 278       @Override
 279       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 280       {
 281         Point point = e.getPoint();
 282         int column = table.columnAtPoint(point);
 283         int row = table.rowAtPoint(point);
 284         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 285         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 286         return loc;
 287       }
 288     };
 289     JTableHeader tableHeader = table.getTableHeader();
 290     tableHeader.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 291     tableHeader.setReorderingAllowed(false);
 292     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 293     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 294     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor());
 295     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 296
 297     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor());
 298     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 299
 300     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 301             new ColorRenderer(), new ColorEditor());
 302     table.addColumn(colourColumn);
 303
 304     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 305             new FilterRenderer(), new FilterEditor());
 306     table.addColumn(filterColumn);
 307
 308     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 309
 310     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 311     {
 312       @Override
 313       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 314       {
 315         Point pt = evt.getPoint();
 316         selectedRow = table.rowAtPoint(pt);
 317         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 318         if (evt.isPopupTrigger())
 319         {
 320           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 321           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 322         }
 323         else if (evt.getClickCount() == 2
 324                 && table.columnAtPoint(pt) == TYPE_COLUMN)
 325         {
 326           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 327           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 328           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 329           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 330                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 331           fr.ap.av.sendSelection();
 332         }
 333       }
 334
 335       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 336       @Override
 337       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 338       {
 339         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 340         if (evt.isPopupTrigger())
 341         {
 342           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 343           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 344           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 345         }
 346       }
 347     });
 348
 349     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 350     {
 351       @Override
 352       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 353       {
 354         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 355         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 356         {
 357           /*
 358            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 359            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 360            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 361            */
 362           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 363                   .getData();
 364           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 365           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 366           {
 367             Object[] temp = data[i];
 368             data[i] = data[i + direction];
 369             data[i + direction] = temp;
 370           }
 371           updateFeatureRenderer(data);
 372           table.repaint();
 373           selectedRow = newRow;
 374         }
 375       }
 376     });
 377     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 378     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 379     scrollPane.setViewportView(table);
 380
 381     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 382     {
 383       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 384     }
 385
 386     discoverAllFeatureData();
 387     final FeatureSettings fs = this;
 388     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 389     {
 390       @Override
 391       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 392       {
 393         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 394         {
 395           fs.handlingUpdate = true;
 396           fs.resetTable(null);
 397           // new groups may be added with new sequence feature types only
 398           fs.handlingUpdate = false;
 399         }
 400       }
 401
 402     });
 403
 404     SplitContainerI splitframe = af.getSplitViewContainer();
 405     if (splitframe != null)
 406     {
 407       frame = null; // keeps eclipse happy
 408       splitframe.addFeatureSettingsUI(this);
 409     }
 410     else
 411     {
 412       frame = new JInternalFrame();
 413       frame.setContentPane(this);
 414       frame.setFrameIcon(null);
 415       Rectangle bounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
 416       String title;
 417       if (af.getAlignPanels().size() > 1 || Desktop.getAlignmentPanels(
 418               af.alignPanel.av.getSequenceSetId()).length > 1)
 419       {
 420         title = MessageManager.formatMessage(
 421                 "label.sequence_feature_settings_for_view",
 422                 af.alignPanel.getViewName());
 423       }
 424       else
 425       {
 426         title = MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings");
 427       }
 428       if (bounds == null)
 429       {
 430         if (Platform.isAMacAndNotJS())
 431         {
 432           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 480);
 433         }
 434         else
 435         {
 436           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 450);
 437         }
 438       }
 439       else
 440       {
 441         Desktop.addInternalFrame(frame, title, false, bounds.width,
 442                 bounds.height);
 443         frame.setBounds(bounds);
 444         frame.setVisible(true);
 445       }
 446       frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 447
 448       frame.addInternalFrameListener(
 449               new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 450               {
 451                 @Override
 452                 public void internalFrameClosed(
 453                         javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 454                 {
 455                   featureSettings_isClosed();
 456                 };
 457               });
 458       frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 459     }
 460     inConstruction = false;
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Sets the state of buttons to show complement features from viewport
 465    * settings
 466    */
 467   private void updateComplementButtons()
 468   {
 469     showComplement.setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeatures());
 470     showComplementOnTop
 471             .setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeaturesOnTop());
 472   }
 473
 474   @Override
 475   public AlignViewControllerGuiI getAlignframe()
 476   {
 477     return af;
 478   }
 479
 480   @Override
 481   public void featureSettings_isClosed()
 482   {
 483     fr.removePropertyChangeListener(change);
 484     change = null;
 485   }
 486
 487   /**
 488    * Constructs and shows a popup menu of possible actions on the selected row
 489    * and feature type
 490    *
 491    * @param rowSelected
 492    * @param type
 493    * @param typeCol
 494    * @param pt
 495    */
 496   protected void showPopupMenu(final int rowSelected, final String type,
 497           final Object typeCol, final Point pt)
 498   {
 499     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 500             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 501             { type }));
 502
 503     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 504             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 505     men.add(scr);
 506     scr.addActionListener(new ActionListener()
 507     {
 508       @Override
 509       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 510       {
 511         sortByScore(Arrays.asList(new String[] { type }));
 512       }
 513     });
 514     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 515             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 516     dens.addActionListener(new ActionListener()
 517     {
 518       @Override
 519       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 520       {
 521         sortByDensity(Arrays.asList(new String[] { type }));
 522       }
 523     });
 524     men.add(dens);
 525
 526     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 527             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 528     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 529     {
 530       @Override
 531       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 532       {
 533         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 534                 false, type);
 535         fr.ap.av.sendSelection();
 536       }
 537     });
 538     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 539             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 540     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 541     {
 542       @Override
 543       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 544       {
 545         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 546                 false, type);
 547         fr.ap.av.sendSelection();
 548       }
 549     });
 550     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 551             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 552     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 553     {
 554       @Override
 555       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 556       {
 557         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 558         fr.ap.av.sendSelection();
 559       }
 560     });
 561     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 562             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 563     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 564     {
 565       @Override
 566       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 567       {
 568         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 569         fr.ap.av.sendSelection();
 570       }
 571     });
 572     men.add(selCols);
 573     men.add(clearCols);
 574     men.add(hideCols);
 575     men.add(hideOtherCols);
 576     men.show(table, pt.x, pt.y);
 577   }
 578
 579   /**
 580    * Sort the sequences in the alignment by the number of features for the given
 581    * feature types (or all features if null)
 582    *
 583    * @param featureTypes
 584    */
 585   protected void sortByDensity(List<String> featureTypes)
 586   {
 587     af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(featureTypes);
 588   }
 589
 590   /**
 591    * Sort the sequences in the alignment by average score for the given feature
 592    * types (or all features if null)
 593    *
 594    * @param featureTypes
 595    */
 596   protected void sortByScore(List<String> featureTypes)
 597   {
 598     af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(featureTypes);
 599   }
 600
 601   /**
 602    * Returns true if at least one feature type is visible. Else shows a warning
 603    * dialog and returns false.
 604    *
 605    * @param title
 606    * @return
 607    */
 608   private boolean canSortBy(String title)
 609   {
 610     if (fr.getDisplayedFeatureTypes().isEmpty())
 611     {
 612       JvOptionPane.showMessageDialog(this,
 613               MessageManager.getString("label.no_features_to_sort_by"),
 614               title, JvOptionPane.OK_OPTION);
 615       return false;
 616     }
 617     return true;
 618   }
 619
 620   @Override
 621   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 622   {
 623     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 624     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 625
 626     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 627     {
 628       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 629       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 630       {
 631         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 632         {
 633           allGroups.add(group);
 634           checkGroupState(group);
 635         }
 636       }
 637     }
 638
 639     resetTable(null);
 640
 641     validate();
 642   }
 643
 644   /**
 645    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 646    *
 647    * @param group
 648    * @return true if group is visible
 649    */
 650   private boolean checkGroupState(String group)
 651   {
 652     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 653
 654     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 655     {
 656       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 657       {
 658         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 659         return visible;
 660       }
 661     }
 662
 663     final String grp = group;
 664     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 665     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 666     check.setToolTipText(group);
 667     check.addItemListener(new ItemListener()
 668     {
 669       @Override
 670       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 671       {
 672         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 673         resetTable(new String[] { grp });
 674         refreshDisplay();
 675       }
 676     });
 677     groupPanel.add(check);
 678     return visible;
 679   }
 680
 681   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 682   {
 683     if (resettingTable)
 684     {
 685       return;
 686     }
 687     resettingTable = true;
 688     typeWidth = new Hashtable<>();
 689     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 690     // rather than float
 691
 692     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 693     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 694
 695     /*
 696      * determine which feature types may be visible depending on
 697      * which groups are selected, and recompute average width data
 698      */
 699     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 700     {
 701
 702       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 703
 704       /*
 705        * get the sequence's groups for positional features
 706        * and keep track of which groups are visible
 707        */
 708       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 709       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 710       for (String group : groups)
 711       {
 712         if (group == null || checkGroupState(group))
 713         {
 714           visibleGroups.add(group);
 715         }
 716       }
 717       foundGroups.addAll(groups);
 718
 719       /*
 720        * get distinct feature types for visible groups
 721        * record distinct visible types, and their count and total length
 722        */
 723       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 724               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 725       for (String type : types)
 726       {
 727         displayableTypes.add(type);
 728         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 729         if (avWidth == null)
 730         {
 731           avWidth = new float[2];
 732           typeWidth.put(type, avWidth);
 733         }
 734         // todo this could include features with a non-visible group
 735         // - do we greatly care?
 736         // todo should we include non-displayable features here, and only
 737         // update when features are added?
 738         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 739         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 740       }
 741     }
 742
 743     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 744     int dataIndex = 0;
 745
 746     if (fr.hasRenderOrder())
 747     {
 748       if (!handlingUpdate)
 749       {
 750         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 751         // colourschemes. but don't
 752         // affect display
 753         // First add the checks in the previous render order,
 754         // in case the window has been closed and reopened
 755       }
 756       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 757       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 758       {
 759         String type = frl.get(ro);
 760
 761         if (!displayableTypes.contains(type))
 762         {
 763           continue;
 764         }
 765
 766         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 767         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 768         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 769         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 770                 ? new FeatureMatcherSet()
 771                 : featureFilter;
 772         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(
 773                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 774         dataIndex++;
 775         displayableTypes.remove(type);
 776       }
 777     }
 778
 779     /*
 780      * process any extra features belonging only to
 781      * a group which was just selected
 782      */
 783     while (!displayableTypes.isEmpty())
 784     {
 785       String type = displayableTypes.iterator().next();
 786       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 787
 788       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 789       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 790       {
 791         // "Colour has been updated in another view!!"
 792         fr.clearRenderOrder();
 793         return;
 794       }
 795       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 796       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 797               ? new FeatureMatcherSet()
 798               : featureFilter;
 799       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(true);
 800       dataIndex++;
 801       displayableTypes.remove(type);
 802     }
 803
 804     if (originalData == null)
 805     {
 806       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 807       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 808       {
 809         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 810       }
 811     }
 812     else
 813     {
 814       updateOriginalData(data);
 815     }
 816
 817     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 818     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 819
 820     groupPanel.setLayout(
 821             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 822     pruneGroups(foundGroups);
 823     groupPanel.validate();
 824
 825     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 826     resettingTable = false;
 827   }
 828
 829   /**
 830    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that
 831    * changes have been made outwith this dialog
 832    * <ul>
 833    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 834    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 835    * </ul>
 836    *
 837    * @param foundData
 838    */
 839   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 840   {
 841     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 842
 843     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 844             .getData();
 845     for (Object[] row : foundData)
 846     {
 847       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 848       boolean found = false;
 849       for (Object[] current : currentData)
 850       {
 851         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 852         {
 853           found = true;
 854           /*
 855            * currently dependent on object equality here;
 856            * really need an equals method on FeatureColour
 857            */
 858           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 859           {
 860             /*
 861              * feature colour has changed externally - update originalData
 862              */
 863             for (Object[] original : originalData)
 864             {
 865               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 866               {
 867                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 868                 break;
 869               }
 870             }
 871           }
 872           break;
 873         }
 874       }
 875       if (!found)
 876       {
 877         /*
 878          * new feature detected - add to original data (on top)
 879          */
 880         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 881                 + 1][COLUMN_COUNT];
 882         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 883         {
 884           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 885                   COLUMN_COUNT);
 886         }
 887         newData[0] = row;
 888         originalData = newData;
 889       }
 890     }
 891   }
 892
 893   /**
 894    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 895    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the
 896    * last feature in that group is deleted.
 897    *
 898    * @param foundGroups
 899    */
 900   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 901   {
 902     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 903     {
 904       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 905       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 906       {
 907         groupPanel.remove(checkbox);
 908       }
 909     }
 910   }
 911
 912   /**
 913    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 914    *
 915    * @param data
 916    */
 917   private void ensureOrder(Object[][] data)
 918   {
 919     boolean sort = false;
 920     float[] order = new float[data.length];
 921     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 922     {
 923       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 924       if (order[i] < 0)
 925       {
 926         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 927       }
 928       if (i > 1)
 929       {
 930         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 931       }
 932     }
 933     if (sort)
 934     {
 935       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 936     }
 937   }
 938
 939   /**
 940    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 941    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 942    */
 943   void load()
 944   {
 945     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 946             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 947     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 948     chooser.setDialogTitle(
 949             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 950     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 951     chooser.setResponseHandler(0, () -> {
 952       File file = chooser.getSelectedFile();
 953       load(file);
 954     });
 955     chooser.showOpenDialog(this);
 956   }
 957
 958   /**
 959    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 960    *
 961    * @param file
 962    */
 963   void load(File file)
 964   {
 965     try
 966     {
 967       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 968               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 969
 970       JAXBContext jc = JAXBContext
 971               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 972       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 973       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 974               .createXMLStreamReader(in);
 975       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 976               JalviewUserColours.class);
 977       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 978
 979       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 980
 981       /*
 982        * load feature colours
 983        */
 984       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 985       {
 986         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 987         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 988                 .parseColour(newcol);
 989         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 990         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 991       }
 992
 993       /*
 994        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 995        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 996        */
 997       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 998       {
 999         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
1000         String featureType = filterModel.getFeatureType();
1001         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
1002                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
1003         if (!filter.isEmpty())
1004         {
1005           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
1006         }
1007       }
1008
1009       /*
1010        * update feature settings table
1011        */
1012       if (table != null)
1013       {
1014         resetTable(null);
1015         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1016         ensureOrder(data);
1017         updateFeatureRenderer(data, false);
1018         table.repaint();
1019       }
1020     } catch (Exception ex)
1021     {
1022       jalview.bin.Console.outPrintln("Error loading User Colour File\n" + ex);
1023     }
1024   }
1025
1026   /**
1027    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1028    * and any filters to the selected file in XML format
1029    */
1030   void save()
1031   {
1032     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1033             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1034     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1035     chooser.setDialogTitle(
1036             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1037     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1038     int option = chooser.showSaveDialog(this);
1039     if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1040     {
1041       File file = chooser.getSelectedFile();
1042       save(file);
1043     }
1044   }
1045
1046   /**
1047    * Saves feature colours and filters to the given file
1048    *
1049    * @param file
1050    */
1051   void save(File file)
1052   {
1053     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1054     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1055     try
1056     {
1057       PrintWriter out = new PrintWriter(
1058               new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1059
1060       /*
1061        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1062        * to 1 (lowest)
1063        */
1064       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1065       String[] sortedTypes = fr_colours
1066               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1067       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1068       {
1069         @Override
1070         public int compare(String type1, String type2)
1071         {
1072           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1073         }
1074       });
1075
1076       /*
1077        * save feature colours
1078        */
1079       for (String featureType : sortedTypes)
1080       {
1081         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1082         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1083                 fcol);
1084         ucs.getColour().add(col);
1085       }
1086
1087       /*
1088        * save any feature filters
1089        */
1090       for (String featureType : sortedTypes)
1091       {
1092         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1093         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1094         {
1095           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers()
1096                   .iterator();
1097           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1098           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1099                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator, filter.isAnded());
1100           Filter filterModel = new Filter();
1101           filterModel.setFeatureType(featureType);
1102           filterModel.setMatcherSet(ms);
1103           ucs.getFilter().add(filterModel);
1104         }
1105       }
1106       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1107               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1108       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1109       jaxbMarshaller.marshal(
1110               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1111
1112       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1113       // marshaller.marshal(object);
1114       out.flush();
1115
1116       // ucs.marshal(out);
1117       out.close();
1118     } catch (Exception ex)
1119     {
1120       ex.printStackTrace();
1121     }
1122   }
1123
1124   public void invertSelection()
1125   {
1126     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1127     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1128     {
1129       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1130     }
1131     updateFeatureRenderer(data, true);
1132     table.repaint();
1133   }
1134
1135   public void orderByAvWidth()
1136   {
1137     if (table == null || table.getModel() == null)
1138     {
1139       return;
1140     }
1141     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1142     float[] width = new float[data.length];
1143     float[] awidth;
1144     float max = 0;
1145
1146     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1147     {
1148       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1149       if (awidth[0] > 0)
1150       {
1151         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1152         // weight - but have to make per
1153         // sequence, too (awidth[2])
1154         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1155       }
1156       else
1157       {
1158         width[i] = 0;
1159       }
1160       if (max < width[i])
1161       {
1162         max = width[i];
1163       }
1164     }
1165     boolean sort = false;
1166     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1167     {
1168       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1169       if (width[i] == 0)
1170       {
1171         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1172         if (width[i] < 0)
1173         {
1174           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1175                   i / data.length);
1176         }
1177       }
1178       else
1179       {
1180         width[i] /= max; // normalize
1181         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for
1182                                                                 // later
1183       }
1184       if (i > 0)
1185       {
1186         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1187       }
1188     }
1189     if (sort)
1190     {
1191       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1192       // update global priority order
1193     }
1194
1195     updateFeatureRenderer(data, false);
1196     table.repaint();
1197   }
1198
1199   /**
1200    * close ourselves but leave any existing UI handlers (e.g a CDS/Protein
1201    * tabbed feature settings dialog) intact
1202    */
1203   public void closeOldSettings()
1204   {
1205     closeDialog(false);
1206   }
1207
1208   /**
1209    * close the feature settings dialog (and any containing frame)
1210    */
1211   public void close()
1212   {
1213     closeDialog(true);
1214   }
1215
1216   private void closeDialog(boolean closeContainingFrame)
1217   {
1218     try
1219     {
1220       if (frame != null)
1221       {
1222         af.setFeatureSettingsGeometry(frame.getBounds());
1223         frame.setClosed(true);
1224       }
1225       else
1226       {
1227         SplitContainerI sc = af.getSplitViewContainer();
1228         sc.closeFeatureSettings(this, closeContainingFrame);
1229         af.featureSettings = null;
1230       }
1231     } catch (Exception exe)
1232     {
1233     }
1234
1235   }
1236
1237   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1238   {
1239     updateFeatureRenderer(data, true);
1240   }
1241
1242   /**
1243    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the
1244    * order of visible features
1245    *
1246    * @param data
1247    * @param visibleNew
1248    */
1249   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1250   {
1251     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1252
1253     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1254     {
1255       refreshDisplay();
1256     }
1257   }
1258
1259   /**
1260    * Converts table data into an array of data beans
1261    */
1262   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1263   {
1264     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1265     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1266     {
1267       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1268       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1269       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1270       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1271       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1272               isShown);
1273     }
1274     return rowData;
1275   }
1276
1277   private void jbInit() throws Exception
1278   {
1279     this.setLayout(new BorderLayout());
1280
1281     final boolean hasComplement = af.getViewport()
1282             .getCodingComplement() != null;
1283
1284     JPanel settingsPane = new JPanel();
1285     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1286
1287     JPanel bigPanel = new JPanel();
1288     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1289
1290     groupPanel = new JPanel();
1291     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1292
1293     JButton invert = new JButton(
1294             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1295     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1296     invert.addActionListener(new ActionListener()
1297     {
1298       @Override
1299       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1300       {
1301         invertSelection();
1302       }
1303     });
1304
1305     JButton optimizeOrder = new JButton(
1306             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1307     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1308     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1309     {
1310       @Override
1311       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1312       {
1313         orderByAvWidth();
1314       }
1315     });
1316
1317     final String byScoreLabel = MessageManager
1318             .getString("label.seq_sort_by_score");
1319     JButton sortByScore = new JButton(byScoreLabel);
1320     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1321     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1322     {
1323       @Override
1324       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1325       {
1326         if (canSortBy(byScoreLabel))
1327         {
1328           sortByScore(null);
1329         }
1330       }
1331     });
1332     final String byDensityLabel = MessageManager
1333             .getString("label.sequence_sort_by_density");
1334     JButton sortByDens = new JButton(byDensityLabel);
1335     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1336     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1337     {
1338       @Override
1339       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1340       {
1341         if (canSortBy(byDensityLabel))
1342         {
1343           sortByDensity(null);
1344         }
1345       }
1346     });
1347
1348     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1349     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1350     help.addActionListener(new ActionListener()
1351     {
1352       @Override
1353       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1354       {
1355         try
1356         {
1357           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1358         } catch (HelpSetException e1)
1359         {
1360           e1.printStackTrace();
1361         }
1362       }
1363     });
1364     // Cancel for a SplitFrame should just revert changes to the currently
1365     // displayed
1366     // settings. May want to do this for either or both - so need a splitview
1367     // feature settings cancel/OK.
1368     JButton cancel = new JButton(MessageManager
1369             .getString(hasComplement ? "action.revert" : "action.cancel"));
1370     cancel.setToolTipText(MessageManager.getString(hasComplement
1371             ? "action.undo_changes_to_feature_settings"
1372             : "action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog"));
1373     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1374     // TODO: disable cancel (and apply!) until current settings are different
1375     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1376     {
1377       @Override
1378       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1379       {
1380         revert();
1381         refreshDisplay();
1382         if (!hasComplement)
1383         {
1384           close();
1385         }
1386       }
1387     });
1388     // Cancel for the whole dialog should cancel both CDS and Protein.
1389     // OK for an individual feature settings just applies changes, but dialog
1390     // remains open
1391     JButton ok = new JButton(MessageManager
1392             .getString(hasComplement ? "action.apply" : "action.ok"));
1393     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1394     ok.addActionListener(new ActionListener()
1395     {
1396       @Override
1397       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1398       {
1399         if (!hasComplement)
1400         {
1401           close();
1402         }
1403         else
1404         {
1405           storeOriginalSettings();
1406         }
1407       }
1408     });
1409
1410     JButton loadColours = new JButton(
1411             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1412     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1413     loadColours.setToolTipText(
1414             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1415     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1416     {
1417       @Override
1418       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1419       {
1420         load();
1421       }
1422     });
1423
1424     JButton saveColours = new JButton(
1425             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1426     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1427     saveColours.setToolTipText(
1428             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1429     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1430     {
1431       @Override
1432       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1433       {
1434         save();
1435       }
1436     });
1437     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1438     {
1439       @Override
1440       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1441       {
1442         if (!inConstruction)
1443         {
1444           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1445           refreshDisplay();
1446         }
1447       }
1448     });
1449
1450     transparency.setMaximum(70);
1451     transparency.setToolTipText(
1452             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1453
1454     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
1455     String text = MessageManager
1456             .formatMessage("label.show_linked_features",
1457                     nucleotide
1458                             ? MessageManager.getString("label.protein")
1459                                     .toLowerCase(Locale.ROOT)
1460                             : "CDS");
1461     showComplement = new JCheckBox(text);
1462     showComplement.addActionListener(new ActionListener()
1463     {
1464       @Override
1465       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1466       {
1467         af.getViewport()
1468                 .setShowComplementFeatures(showComplement.isSelected());
1469         refreshDisplay();
1470       }
1471     });
1472
1473     showComplementOnTop = new JCheckBox(
1474             MessageManager.getString("label.on_top"));
1475     showComplementOnTop.addActionListener(new ActionListener()
1476     {
1477       @Override
1478       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1479       {
1480         af.getViewport().setShowComplementFeaturesOnTop(
1481                 showComplementOnTop.isSelected());
1482         refreshDisplay();
1483       }
1484     });
1485
1486     updateComplementButtons();
1487
1488     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1489     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1490
1491     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1492     transbuttons.add(optimizeOrder);
1493     transbuttons.add(invert);
1494     transbuttons.add(sortByScore);
1495     transbuttons.add(sortByDens);
1496     transbuttons.add(help);
1497
1498     JPanel transPanelLeft = new JPanel(
1499             new GridLayout(hasComplement ? 4 : 2, 1));
1500     transPanelLeft.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1501     transPanelLeft.add(transparency);
1502     if (hasComplement)
1503     {
1504       JPanel cp = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1505       cp.add(showComplement);
1506       cp.add(showComplementOnTop);
1507       transPanelLeft.add(cp);
1508     }
1509     lowerPanel.add(transPanelLeft);
1510     lowerPanel.add(transbuttons);
1511
1512     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1513     buttonPanel.add(ok);
1514     buttonPanel.add(cancel);
1515     buttonPanel.add(loadColours);
1516     buttonPanel.add(saveColours);
1517     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1518     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1519     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1520     this.add(settingsPane);
1521   }
1522
1523   /**
1524    * Repaints alignment, structure and overview (if shown). If there is a
1525    * complementary view which is showing this view's features, then also
1526    * repaints that.
1527    */
1528   void refreshDisplay()
1529   {
1530     af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1531     AlignViewportI complement = af.getViewport().getCodingComplement();
1532     if (complement != null && complement.isShowComplementFeatures())
1533     {
1534       AlignFrame af2 = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
1535       af2.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1536     }
1537   }
1538
1539   /**
1540    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1541    *
1542    * @param fcol
1543    * @param withHint
1544    *          if true include 'click to edit' and similar text
1545    * @return
1546    */
1547   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1548           boolean withHint)
1549   {
1550     if (fcol == null)
1551     {
1552       return null;
1553     }
1554     if (fcol.isSimpleColour())
1555     {
1556       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1557     }
1558     String description = fcol.getDescription();
1559     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1560     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1561     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1562     if (withHint)
1563     {
1564       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1565     }
1566     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1567   }
1568
1569   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1570           int w, int h)
1571   {
1572     boolean thr = false;
1573     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1574
1575     if (gcol.isColourByAttribute())
1576     {
1577       tx.append(FeatureMatcher
1578               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1579     }
1580     else if (!gcol.isColourByLabel())
1581     {
1582       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1583     }
1584     tx.append(" ");
1585     if (gcol.isAboveThreshold())
1586     {
1587       thr = true;
1588       tx.append(">");
1589     }
1590     if (gcol.isBelowThreshold())
1591     {
1592       thr = true;
1593       tx.append("<");
1594     }
1595     if (gcol.isColourByLabel())
1596     {
1597       if (thr)
1598       {
1599         tx.append(" ");
1600       }
1601       if (!gcol.isColourByAttribute())
1602       {
1603         tx.append("Label");
1604       }
1605       comp.setIcon(null);
1606     }
1607     else
1608     {
1609       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1610       comp.setBackground(newColor);
1611       // jalview.bin.Console.errPrintln("Width is " + w / 2);
1612       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1613       comp.setIcon(ficon);
1614       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1615       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1616       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1617       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1618     }
1619     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1620     comp.setText(tx.toString());
1621   }
1622
1623   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1624   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1625   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1626   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1627   {
1628     private String[] columnNames = {
1629         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1630         MessageManager.getString("action.colour"),
1631         MessageManager.getString("label.configuration"),
1632         MessageManager.getString("label.show") };
1633
1634     private Object[][] data;
1635
1636     FeatureTableModel(Object[][] data)
1637     {
1638       this.data = data;
1639     }
1640
1641     public Object[][] getData()
1642     {
1643       return data;
1644     }
1645
1646     public void setData(Object[][] data)
1647     {
1648       this.data = data;
1649     }
1650
1651     @Override
1652     public int getColumnCount()
1653     {
1654       return columnNames.length;
1655     }
1656
1657     public Object[] getRow(int row)
1658     {
1659       return data[row];
1660     }
1661
1662     @Override
1663     public int getRowCount()
1664     {
1665       return data.length;
1666     }
1667
1668     @Override
1669     public String getColumnName(int col)
1670     {
1671       return columnNames[col];
1672     }
1673
1674     @Override
1675     public Object getValueAt(int row, int col)
1676     {
1677       return data[row][col];
1678     }
1679
1680     /**
1681      * Answers the class of column c of the table
1682      */
1683     @Override
1684     public Class<?> getColumnClass(int c)
1685     {
1686       switch (c)
1687       {
1688       case TYPE_COLUMN:
1689         return String.class;
1690       case COLOUR_COLUMN:
1691         return FeatureColour.class;
1692       case FILTER_COLUMN:
1693         return FeatureMatcherSet.class;
1694       default:
1695         return Boolean.class;
1696       }
1697     }
1698
1699     @Override
1700     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1701     {
1702       return col == 0 ? false : true;
1703     }
1704
1705     @Override
1706     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1707     {
1708       data[row][col] = value;
1709       fireTableCellUpdated(row, col);
1710       updateFeatureRenderer(data);
1711     }
1712
1713   }
1714
1715   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1716   {
1717     Border unselectedBorder = null;
1718
1719     Border selectedBorder = null;
1720
1721     public ColorRenderer()
1722     {
1723       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1724       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1725       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1726     }
1727
1728     @Override
1729     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1730             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1731     {
1732       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1733       setOpaque(true);
1734       setBackground(tbl.getBackground());
1735       if (!cellColour.isSimpleColour())
1736       {
1737         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1738         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1739                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1740       }
1741       else
1742       {
1743         this.setText("");
1744         this.setIcon(null);
1745         setBackground(cellColour.getColour());
1746       }
1747       if (isSelected)
1748       {
1749         if (selectedBorder == null)
1750         {
1751           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1752                   tbl.getSelectionBackground());
1753         }
1754         setBorder(selectedBorder);
1755       }
1756       else
1757       {
1758         if (unselectedBorder == null)
1759         {
1760           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1761                   tbl.getBackground());
1762         }
1763         setBorder(unselectedBorder);
1764       }
1765
1766       return this;
1767     }
1768   }
1769
1770   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1771   {
1772     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1773
1774     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1775
1776     public FilterRenderer()
1777     {
1778       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1779       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1780       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1781     }
1782
1783     @Override
1784     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1785             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1786             int column)
1787     {
1788       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1789       setOpaque(true);
1790       String asText = theFilter.toString();
1791       setBackground(tbl.getBackground());
1792       this.setText(asText);
1793       this.setIcon(null);
1794
1795       if (isSelected)
1796       {
1797         if (selectedBorder == null)
1798         {
1799           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1800                   tbl.getSelectionBackground());
1801         }
1802         setBorder(selectedBorder);
1803       }
1804       else
1805       {
1806         if (unselectedBorder == null)
1807         {
1808           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1809                   tbl.getBackground());
1810         }
1811         setBorder(unselectedBorder);
1812       }
1813
1814       return this;
1815     }
1816   }
1817
1818   /**
1819    * update comp using rendering settings from gcol
1820    *
1821    * @param comp
1822    * @param gcol
1823    */
1824   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1825   {
1826     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1827     if (w < 20)
1828     {
1829       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1830       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1831       if (w < 20)
1832       {
1833         w = 80;
1834         h = 12;
1835       }
1836     }
1837     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1838   }
1839
1840   @SuppressWarnings("serial")
1841   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1842           implements TableCellEditor, ActionListener
1843   {
1844     FeatureColourI currentColor;
1845
1846     FeatureTypeSettings chooser;
1847
1848     String type;
1849
1850     JButton button;
1851
1852     protected static final String EDIT = "edit";
1853
1854     int rowSelected = 0;
1855
1856     public ColorEditor()
1857     {
1858       // Set up the editor (from the table's point of view),
1859       // which is a button.
1860       // This button brings up the color chooser dialog,
1861       // which is the editor from the user's point of view.
1862       button = new JButton();
1863       button.setActionCommand(EDIT);
1864       button.addActionListener(this);
1865       button.setBorderPainted(false);
1866     }
1867
1868     /**
1869      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1870      * dialog's OK button
1871      */
1872     @Override
1873     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1874     {
1875       if (button == e.getSource())
1876       {
1877         if (currentColor.isSimpleColour())
1878         {
1879           /*
1880            * simple colour chooser
1881            */
1882           String ttl = MessageManager
1883                   .formatMessage("label.select_colour_for", type);
1884           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1885           {
1886             @Override
1887             public void colourSelected(Color c)
1888             {
1889               currentColor = new FeatureColour(c);
1890               table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1891               fireEditingStopped();
1892             }
1893
1894             @Override
1895             public void cancel()
1896             {
1897               fireEditingStopped();
1898             }
1899           };
1900           JalviewColourChooser.showColourChooser(button, ttl,
1901                   currentColor.getColour(), listener);
1902         }
1903         else
1904         {
1905           /*
1906            * variable colour and filters dialog
1907            */
1908           chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
1909           if (!Platform.isJS())
1910           /**
1911            * Java only
1912            *
1913            * @j2sIgnore
1914            */
1915           {
1916             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1917             chooser.requestFocus();
1918           }
1919           chooser.addActionListener(this);
1920           fireEditingStopped();
1921         }
1922       }
1923       else
1924       {
1925         /*
1926          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1927          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1928          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1929          */
1930         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1931         FeatureMatcherSetI currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
1932         if (currentFilter == null)
1933         {
1934           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1935         }
1936         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1937                 .getData()[rowSelected];
1938         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1939         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1940         fireEditingStopped();
1941         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
1942         // rather than relying upon no validation having
1943         // occurred since the stopEditing call was made.
1944         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
1945         table.validate();
1946         table.repaint();
1947       }
1948     }
1949
1950     /**
1951      * Override allows access to this method from anonymous inner classes
1952      */
1953     @Override
1954     protected void fireEditingStopped()
1955     {
1956       super.fireEditingStopped();
1957     }
1958
1959     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1960     @Override
1961     public Object getCellEditorValue()
1962     {
1963       return currentColor;
1964     }
1965
1966     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1967     @Override
1968     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
1969             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
1970     {
1971       currentColor = (FeatureColourI) value;
1972       this.rowSelected = row;
1973       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1974       button.setOpaque(true);
1975       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
1976       if (!currentColor.isSimpleColour())
1977       {
1978         JLabel btn = new JLabel();
1979         btn.setSize(button.getSize());
1980         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1981         button.setBackground(btn.getBackground());
1982         button.setIcon(btn.getIcon());
1983         button.setText(btn.getText());
1984       }
1985       else
1986       {
1987         button.setText("");
1988         button.setIcon(null);
1989         button.setBackground(currentColor.getColour());
1990       }
1991       return button;
1992     }
1993   }
1994
1995   /**
1996    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1997    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible
1998    * abbreviated as display text). On click in the cell, opens the Feature
1999    * Display Settings dialog at the Filters tab.
2000    */
2001   @SuppressWarnings("serial")
2002   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
2003           implements TableCellEditor, ActionListener
2004   {
2005
2006     FeatureMatcherSetI currentFilter;
2007
2008     Point lastLocation;
2009
2010     String type;
2011
2012     JButton button;
2013
2014     protected static final String EDIT = "edit";
2015
2016     int rowSelected = 0;
2017
2018     public FilterEditor()
2019     {
2020       button = new JButton();
2021       button.setActionCommand(EDIT);
2022       button.addActionListener(this);
2023       button.setBorderPainted(false);
2024     }
2025
2026     /**
2027      * Handles events from the editor button
2028      */
2029     @Override
2030     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2031     {
2032       if (button == e.getSource())
2033       {
2034         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type);
2035         chooser.addActionListener(this);
2036         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2037         chooser.requestFocus();
2038         if (lastLocation != null)
2039         {
2040           // todo open at its last position on screen
2041           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
2042                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
2043           chooser.validate();
2044         }
2045         fireEditingStopped();
2046       }
2047       else if (e.getSource() instanceof Component)
2048       {
2049
2050         /*
2051          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
2052          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
2053          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2054          */
2055         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
2056         currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
2057         if (currentFilter == null)
2058         {
2059           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
2060         }
2061
2062         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
2063                 .getData()[rowSelected];
2064         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
2065         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
2066         fireEditingStopped();
2067         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
2068         // rather than relying upon no validation having
2069         // occurred since the stopEditing call was made.
2070         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
2071         table.validate();
2072         table.repaint();
2073       }
2074     }
2075
2076     @Override
2077     public Object getCellEditorValue()
2078     {
2079       return currentFilter;
2080     }
2081
2082     @Override
2083     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
2084             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
2085     {
2086       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2087       this.rowSelected = row;
2088       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2089       button.setOpaque(true);
2090       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
2091       button.setText(currentFilter.toString());
2092       button.setIcon(null);
2093       return button;
2094     }
2095   }
2096
2097   public boolean isOpen()
2098   {
2099     if (af.getSplitViewContainer() != null)
2100     {
2101       return af.getSplitViewContainer().isFeatureSettingsOpen();
2102     }
2103     return frame != null && !frame.isClosed();
2104   }
2105
2106   @Override
2107   public void revert()
2108   {
2109     fr.setTransparency(originalTransparency);
2110     fr.setFeatureFilters(originalFilters);
2111     updateFeatureRenderer(originalData);
2112     af.getViewport().setViewStyle(originalViewStyle);
2113     updateTransparencySliderFromFR();
2114     updateComplementButtons();
2115     refreshDisplay();
2116   }
2117 }
2118
2119 class FeatureIcon implements Icon
2120 {
2121   FeatureColourI gcol;
2122
2123   Color backg;
2124
2125   boolean midspace = false;
2126
2127   int width = 50, height = 20;
2128
2129   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2130
2131   Color mpcolour = Color.white;
2132
2133   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2134   {
2135     gcol = gfc;
2136     backg = bg;
2137     width = w;
2138     height = h;
2139     midspace = mspace;
2140     if (midspace)
2141     {
2142       s1 = width / 3;
2143       e1 = s1 * 2;
2144     }
2145     else
2146     {
2147       s1 = width / 2;
2148       e1 = s1;
2149     }
2150   }
2151
2152   @Override
2153   public int getIconWidth()
2154   {
2155     return width;
2156   }
2157
2158   @Override
2159   public int getIconHeight()
2160   {
2161     return height;
2162   }
2163
2164   @Override
2165   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2166   {
2167
2168     if (gcol.isColourByLabel())
2169     {
2170       g.setColor(backg);
2171       g.fillRect(0, 0, width, height);
2172       // need an icon here.
2173       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2174
2175       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2176
2177       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2178       // AffineTransform.getScaleInstance(
2179       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2180       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2181
2182       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2183
2184     }
2185     else
2186     {
2187       Color minCol = gcol.getMinColour();
2188       g.setColor(minCol);
2189       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2190       if (midspace)
2191       {
2192         g.setColor(Color.white);
2193         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2194       }
2195       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2196       // g.fillRect(0, e1, width - e1, height); // BH 2018
2197       g.fillRect(e1, 0, width - e1, height);
2198     }
2199   }
2200 }