src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.FeatureColourI;
  26 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  27 import jalview.api.SplitContainerI;
  28 import jalview.api.ViewStyleI;
  29 import jalview.controller.FeatureSettingsControllerGuiI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  33 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  34 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  35 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  36 import jalview.gui.Help.HelpId;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.io.JalviewFileView;
  39 import jalview.schemes.FeatureColour;
  40 import jalview.util.MessageManager;
  41 import jalview.util.Platform;
  42 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  43 import jalview.viewmodel.styles.ViewStyle;
  44 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  45 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  46 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
  47 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  48
  49 import java.awt.BorderLayout;
  50 import java.awt.Color;
  51 import java.awt.Component;
  52 import java.awt.Dimension;
  53 import java.awt.FlowLayout;
  54 import java.awt.Font;
  55 import java.awt.Graphics;
  56 import java.awt.GridLayout;
  57 import java.awt.Point;
  58 import java.awt.Rectangle;
  59 import java.awt.event.ActionEvent;
  60 import java.awt.event.ActionListener;
  61 import java.awt.event.ItemEvent;
  62 import java.awt.event.ItemListener;
  63 import java.awt.event.MouseAdapter;
  64 import java.awt.event.MouseEvent;
  65 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  66 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  67 import java.beans.PropertyChangeListener;
  68 import java.io.File;
  69 import java.io.FileInputStream;
  70 import java.io.FileOutputStream;
  71 import java.io.InputStreamReader;
  72 import java.io.OutputStreamWriter;
  73 import java.io.PrintWriter;
  74 import java.util.Arrays;
  75 import java.util.Comparator;
  76 import java.util.HashMap;
  77 import java.util.HashSet;
  78 import java.util.Hashtable;
  79 import java.util.Iterator;
  80 import java.util.List;
  81 import java.util.Map;
  82 import java.util.Set;
  83
  84 import javax.help.HelpSetException;
  85 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  86 import javax.swing.BorderFactory;
  87 import javax.swing.Icon;
  88 import javax.swing.JButton;
  89 import javax.swing.JCheckBox;
  90 import javax.swing.JColorChooser;
  91 import javax.swing.JDialog;
  92 import javax.swing.JInternalFrame;
  93 import javax.swing.JLabel;
  94 import javax.swing.JLayeredPane;
  95 import javax.swing.JMenuItem;
  96 import javax.swing.JPanel;
  97 import javax.swing.JPopupMenu;
  98 import javax.swing.JScrollPane;
  99 import javax.swing.JSlider;
 100 import javax.swing.JTable;
 101 import javax.swing.ListSelectionModel;
 102 import javax.swing.SwingConstants;
 103 import javax.swing.border.Border;
 104 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 105 import javax.swing.event.ChangeListener;
 106 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 107 import javax.swing.table.JTableHeader;
 108 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 109 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 110 import javax.swing.table.TableColumn;
 111 import javax.xml.bind.JAXBContext;
 112 import javax.xml.bind.JAXBElement;
 113 import javax.xml.bind.Marshaller;
 114 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
 115 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
 116
 117 public class FeatureSettings extends JPanel
 118         implements FeatureSettingsControllerI, FeatureSettingsControllerGuiI
 119 {
 120   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 121           .getString("label.sequence_feature_colours");
 122
 123   /*
 124    * column indices of fields in Feature Settings table
 125    */
 126   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 127
 128   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 129
 130   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 131
 132   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 133
 134   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 135
 136   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 137
 138   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 139
 140   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager.getString("label.click_to_edit");
 141
 142   final FeatureRenderer fr;
 143
 144   public final AlignFrame af;
 145
 146   /*
 147    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 148    */
 149   Object[][] originalData;
 150
 151   private float originalTransparency;
 152
 153   private ViewStyleI originalViewStyle;
 154
 155   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 156
 157   final JInternalFrame frame;
 158
 159   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 160
 161   JTable table;
 162
 163   JPanel groupPanel;
 164
 165   JSlider transparency = new JSlider();
 166
 167   /*
 168    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 169    */
 170   protected volatile boolean inConstruction = true;
 171
 172   int selectedRow = -1;
 173
 174   boolean resettingTable = false;
 175
 176   /*
 177    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 178    */
 179   private boolean handlingUpdate = false;
 180
 181   /*
 182    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 183    */
 184   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 185
 186   /**
 187    * Constructor
 188    *
 189    * @param af
 190    */
 191   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 192   {
 193     this.af = alignFrame;
 194     fr = af.getFeatureRenderer();
 195
 196     // save transparency for restore on Cancel
 197     originalTransparency = fr.getTransparency();
 198     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 199     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 200
 201     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 202     originalViewStyle = new ViewStyle(af.viewport.getViewStyle());
 203
 204     try
 205     {
 206       jbInit();
 207     } catch (Exception ex)
 208     {
 209       ex.printStackTrace();
 210     }
 211
 212     table = new JTable()
 213     {
 214       @Override
 215       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 216       {
 217         String tip = null;
 218         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 219         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 220
 221         switch (column)
 222         {
 223         case TYPE_COLUMN:
 224           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 225                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 226           break;
 227         case COLOUR_COLUMN:
 228           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 229                   column);
 230           tip = getColorTooltip(colour, true);
 231           break;
 232         case FILTER_COLUMN:
 233           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 234                   column);
 235           tip = o.isEmpty()
 236                   ? MessageManager
 237                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 238                   : o.toString();
 239           break;
 240         default:
 241           break;
 242         }
 243
 244         return tip;
 245       }
 246
 247       /**
 248        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 249        * current cell
 250        */
 251       @Override
 252       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 253       {
 254         Point point = e.getPoint();
 255         int column = table.columnAtPoint(point);
 256         int row = table.rowAtPoint(point);
 257         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 258         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 259         return loc;
 260       }
 261     };
 262     JTableHeader tableHeader = table.getTableHeader();
 263     tableHeader.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 264     tableHeader.setReorderingAllowed(false);
 265     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 266
 267     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 268     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 269
 270     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 271     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 272
 273     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 274             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 275     table.addColumn(colourColumn);
 276
 277     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 278             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 279     table.addColumn(filterColumn);
 280
 281     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 282
 283     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 284     {
 285       @Override
 286       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 287       {
 288         Point pt = evt.getPoint();
 289         selectedRow = table.rowAtPoint(pt);
 290         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 291         if (evt.isPopupTrigger())
 292         {
 293           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 294           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 295                   evt.getY());
 296         }
 297         else if (evt.getClickCount() == 2
 298                 && table.columnAtPoint(pt) == TYPE_COLUMN)
 299         {
 300           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 301           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 302           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 303           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 304                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 305           fr.ap.av.sendSelection();
 306         }
 307       }
 308
 309       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 310       @Override
 311       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 312       {
 313         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 314         if (evt.isPopupTrigger())
 315         {
 316           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 317           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 318           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 319                   evt.getY());
 320         }
 321       }
 322     });
 323
 324     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 325     {
 326       @Override
 327       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 328       {
 329         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 330         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 331         {
 332           /*
 333            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 334            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 335            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 336            */
 337           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 338                   .getData();
 339           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 340           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 341           {
 342             Object[] temp = data[i];
 343             data[i] = data[i + direction];
 344             data[i + direction] = temp;
 345           }
 346           updateFeatureRenderer(data);
 347           table.repaint();
 348           selectedRow = newRow;
 349         }
 350       }
 351     });
 352     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 353     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 354     scrollPane.setViewportView(table);
 355
 356     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 357     {
 358       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 359     }
 360
 361     discoverAllFeatureData();
 362     final FeatureSettings fs = this;
 363     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 364     {
 365       @Override
 366       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 367       {
 368         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 369         {
 370           fs.handlingUpdate = true;
 371           fs.resetTable(null);
 372           // new groups may be added with new sequence feature types only
 373           fs.handlingUpdate = false;
 374         }
 375       }
 376
 377     });
 378     SplitContainerI splitframe = af.getSplitViewContainer();
 379     if (splitframe != null)
 380     {
 381       frame = null; // keeps eclipse happy
 382       splitframe.addFeatureSettingsUI(this);
 383     }
 384     else
 385     {
 386       frame = new JInternalFrame();
 387       frame.setContentPane(this);
 388       Rectangle bounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
 389       String title;
 390       if (af.getAlignPanels().size() > 1 || Desktop.getAlignmentPanels(
 391               af.alignPanel.av.getSequenceSetId()).length > 1)
 392       {
 393         title = MessageManager.formatMessage(
 394                 "label.sequence_feature_settings_for_view",
 395                 af.alignPanel.getViewName());
 396       }
 397       else
 398       {
 399         title = MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings");
 400       }
 401       if (bounds == null)
 402       {
 403         if (Platform.isAMac())
 404         {
 405           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 480);
 406         }
 407         else
 408         {
 409           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 450);
 410         }
 411       }
 412       else
 413       {
 414         Desktop.addInternalFrame(frame, title,
 415                 false, bounds.width, bounds.height);
 416         frame.setBounds(bounds);
 417         frame.setVisible(true);
 418       }
 419       frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 420
 421       frame.addInternalFrameListener(
 422               new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 423               {
 424                 @Override
 425                 public void internalFrameClosed(
 426                         javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 427                 {
 428                   featureSettings_isClosed();
 429                 };
 430               });
 431       frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 432     }
 433     inConstruction = false;
 434   }
 435
 436   PropertyChangeListener change;
 437
 438   @Override
 439   public AlignViewControllerGuiI getAlignframe()
 440   {
 441     return af;
 442   }
 443
 444   @Override
 445   public void featureSettings_isClosed()
 446   {
 447     fr.removePropertyChangeListener(change);
 448     change = null;
 449   }
 450
 451   protected void popupSort(final int rowSelected, final String type,
 452           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 453           int y)
 454   {
 455     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 456             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 457             { type }));
 458     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 459             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 460     men.add(scr);
 461     final FeatureSettings me = this;
 462     scr.addActionListener(new ActionListener()
 463     {
 464
 465       @Override
 466       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 467       {
 468         me.af.avc
 469                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 470                 { type }));
 471       }
 472
 473     });
 474     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 475             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 476     dens.addActionListener(new ActionListener()
 477     {
 478
 479       @Override
 480       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 481       {
 482         me.af.avc
 483                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 484                 { type }));
 485       }
 486
 487     });
 488     men.add(dens);
 489
 490     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 491             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 492     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 493     {
 494       @Override
 495       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 496       {
 497         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 498                 false, type);
 499         fr.ap.av.sendSelection();
 500       }
 501     });
 502     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 503             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 504     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 505     {
 506       @Override
 507       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 508       {
 509         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 510                 false, type);
 511         fr.ap.av.sendSelection();
 512       }
 513     });
 514     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 515             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 516     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 517     {
 518       @Override
 519       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 520       {
 521         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 522         fr.ap.av.sendSelection();
 523       }
 524     });
 525     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 526             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 527     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 528     {
 529       @Override
 530       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 531       {
 532         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 533         fr.ap.av.sendSelection();
 534       }
 535     });
 536     men.add(selCols);
 537     men.add(clearCols);
 538     men.add(hideCols);
 539     men.add(hideOtherCols);
 540     men.show(table, x, y);
 541   }
 542
 543   @Override
 544   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 545   {
 546     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 547     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 548
 549     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 550     {
 551       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 552       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 553       {
 554         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 555         {
 556           allGroups.add(group);
 557           checkGroupState(group);
 558         }
 559       }
 560     }
 561
 562     resetTable(null);
 563
 564     validate();
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 569    *
 570    * @param group
 571    * @return true if group is visible
 572    */
 573   private boolean checkGroupState(String group)
 574   {
 575     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 576
 577     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 578     {
 579       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 580       {
 581         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 582         return visible;
 583       }
 584     }
 585
 586     final String grp = group;
 587     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 588     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 589     check.setToolTipText(group);
 590     check.addItemListener(new ItemListener()
 591     {
 592       @Override
 593       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 594       {
 595         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 596         resetTable(new String[] { grp });
 597         refreshDisplay();
 598       }
 599     });
 600     groupPanel.add(check);
 601     return visible;
 602   }
 603
 604   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 605   {
 606     if (resettingTable)
 607     {
 608       return;
 609     }
 610     resettingTable = true;
 611     typeWidth = new Hashtable<>();
 612     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 613     // rather than float
 614
 615     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 616     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 617
 618     /*
 619      * determine which feature types may be visible depending on
 620      * which groups are selected, and recompute average width data
 621      */
 622     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 623     {
 624
 625       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 626
 627       /*
 628        * get the sequence's groups for positional features
 629        * and keep track of which groups are visible
 630        */
 631       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 632       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 633       for (String group : groups)
 634       {
 635         if (group == null || checkGroupState(group))
 636         {
 637           visibleGroups.add(group);
 638         }
 639       }
 640       foundGroups.addAll(groups);
 641
 642       /*
 643        * get distinct feature types for visible groups
 644        * record distinct visible types, and their count and total length
 645        */
 646       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 647               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 648       for (String type : types)
 649       {
 650         displayableTypes.add(type);
 651         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 652         if (avWidth == null)
 653         {
 654           avWidth = new float[2];
 655           typeWidth.put(type, avWidth);
 656         }
 657         // todo this could include features with a non-visible group
 658         // - do we greatly care?
 659         // todo should we include non-displayable features here, and only
 660         // update when features are added?
 661         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 662         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 663       }
 664     }
 665
 666     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 667     int dataIndex = 0;
 668
 669     if (fr.hasRenderOrder())
 670     {
 671       if (!handlingUpdate)
 672       {
 673         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 674         // colourschemes. but don't
 675         // affect display
 676         // First add the checks in the previous render order,
 677         // in case the window has been closed and reopened
 678       }
 679       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 680       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 681       {
 682         String type = frl.get(ro);
 683
 684         if (!displayableTypes.contains(type))
 685         {
 686           continue;
 687         }
 688
 689         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 690         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 691         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 692         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 693                 ? new FeatureMatcherSet()
 694                 : featureFilter;
 695         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(
 696                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 697         dataIndex++;
 698         displayableTypes.remove(type);
 699       }
 700     }
 701
 702     /*
 703      * process any extra features belonging only to
 704      * a group which was just selected
 705      */
 706     while (!displayableTypes.isEmpty())
 707     {
 708       String type = displayableTypes.iterator().next();
 709       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 710
 711       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 712       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 713       {
 714         // "Colour has been updated in another view!!"
 715         fr.clearRenderOrder();
 716         return;
 717       }
 718       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 719       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 720               ? new FeatureMatcherSet()
 721               : featureFilter;
 722       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(true);
 723       dataIndex++;
 724       displayableTypes.remove(type);
 725     }
 726
 727     if (originalData == null)
 728     {
 729       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 730       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 731       {
 732         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 733       }
 734     }
 735     else
 736     {
 737       updateOriginalData(data);
 738     }
 739
 740     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 741     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 742
 743     groupPanel.setLayout(
 744             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 745     pruneGroups(foundGroups);
 746     groupPanel.validate();
 747
 748     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 749     resettingTable = false;
 750   }
 751
 752   /**
 753    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 754    * have been made outwith this dialog
 755    * <ul>
 756    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 757    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 758    * </ul>
 759    *
 760    * @param foundData
 761    */
 762   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 763   {
 764     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 765
 766     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 767             .getData();
 768     for (Object[] row : foundData)
 769     {
 770       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 771       boolean found = false;
 772       for (Object[] current : currentData)
 773       {
 774         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 775         {
 776           found = true;
 777           /*
 778            * currently dependent on object equality here;
 779            * really need an equals method on FeatureColour
 780            */
 781           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 782           {
 783             /*
 784              * feature colour has changed externally - update originalData
 785              */
 786             for (Object[] original : originalData)
 787             {
 788               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 789               {
 790                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 791                 break;
 792               }
 793             }
 794           }
 795           break;
 796         }
 797       }
 798       if (!found)
 799       {
 800         /*
 801          * new feature detected - add to original data (on top)
 802          */
 803         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 804                 + 1][COLUMN_COUNT];
 805         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 806         {
 807           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 808                   COLUMN_COUNT);
 809         }
 810         newData[0] = row;
 811         originalData = newData;
 812       }
 813     }
 814   }
 815
 816   /**
 817    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 818    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 819    * feature in that group is deleted.
 820    *
 821    * @param foundGroups
 822    */
 823   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 824   {
 825     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 826     {
 827       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 828       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 829       {
 830         groupPanel.remove(checkbox);
 831       }
 832     }
 833   }
 834
 835   /**
 836    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 837    *
 838    * @param data
 839    */
 840   private void ensureOrder(Object[][] data)
 841   {
 842     boolean sort = false;
 843     float[] order = new float[data.length];
 844     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 845     {
 846       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 847       if (order[i] < 0)
 848       {
 849         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 850       }
 851       if (i > 1)
 852       {
 853         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 854       }
 855     }
 856     if (sort)
 857     {
 858       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 859     }
 860   }
 861
 862   /**
 863    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 864    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 865    */
 866   void load()
 867   {
 868     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 869             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 870     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 871     chooser.setDialogTitle(
 872             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 873     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 874
 875     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 876
 877     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 878     {
 879       File file = chooser.getSelectedFile();
 880       load(file);
 881     }
 882   }
 883
 884   /**
 885    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 886    *
 887    * @param file
 888    */
 889   void load(File file)
 890   {
 891     try
 892     {
 893       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 894               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 895
 896       JAXBContext jc = JAXBContext
 897               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 898       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 899       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 900               .createXMLStreamReader(in);
 901       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 902               JalviewUserColours.class);
 903       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 904
 905       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 906
 907       /*
 908        * load feature colours
 909        */
 910       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 911       {
 912         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 913         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 914                 .parseColour(newcol);
 915         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 916         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 917       }
 918
 919       /*
 920        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 921        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 922        */
 923       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 924       {
 925         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
 926         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 927         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
 928                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
 929         if (!filter.isEmpty())
 930         {
 931           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 932         }
 933       }
 934
 935       /*
 936        * update feature settings table
 937        */
 938       if (table != null)
 939       {
 940         resetTable(null);
 941         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 942                 .getData();
 943         ensureOrder(data);
 944         updateFeatureRenderer(data, false);
 945         table.repaint();
 946       }
 947     } catch (Exception ex)
 948     {
 949       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 950     }
 951   }
 952
 953   /**
 954    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 955    * and any filters to the selected file in XML format
 956    */
 957   void save()
 958   {
 959     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 960             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 961     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 962     chooser.setDialogTitle(
 963             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 964     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 965
 966     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 967
 968     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 969     {
 970       save(chooser.getSelectedFile());
 971     }
 972   }
 973
 974   /**
 975    * Saves feature colours and filters to the given file
 976    *
 977    * @param file
 978    */
 979   void save(File file)
 980   {
 981     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 982     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 983     try
 984     {
 985       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 986               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
 987
 988       /*
 989        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
 990        * to 1 (lowest)
 991        */
 992       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
 993       String[] sortedTypes = fr_colours
 994               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
 995       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
 996       {
 997         @Override
 998         public int compare(String type1, String type2)
 999         {
1000           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1001         }
1002       });
1003
1004       /*
1005        * save feature colours
1006        */
1007       for (String featureType : sortedTypes)
1008       {
1009         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1010         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1011                 fcol);
1012         ucs.getColour().add(col);
1013       }
1014
1015       /*
1016        * save any feature filters
1017        */
1018       for (String featureType : sortedTypes)
1019       {
1020         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1021         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1022         {
1023           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1024           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1025           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1026                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1027                   filter.isAnded());
1028           Filter filterModel = new Filter();
1029           filterModel.setFeatureType(featureType);
1030           filterModel.setMatcherSet(ms);
1031           ucs.getFilter().add(filterModel);
1032         }
1033       }
1034       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1035               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1036       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1037       jaxbMarshaller.marshal(
1038               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1039
1040       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1041       // marshaller.marshal(object);
1042       out.flush();
1043
1044       // ucs.marshal(out);
1045       out.close();
1046     } catch (Exception ex)
1047     {
1048       ex.printStackTrace();
1049     }
1050   }
1051
1052   public void invertSelection()
1053   {
1054     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1055     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1056     {
1057       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1058     }
1059     updateFeatureRenderer(data, true);
1060     table.repaint();
1061   }
1062
1063   public void orderByAvWidth()
1064   {
1065     if (table == null || table.getModel() == null)
1066     {
1067       return;
1068     }
1069     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1070     float[] width = new float[data.length];
1071     float[] awidth;
1072     float max = 0;
1073
1074     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1075     {
1076       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1077       if (awidth[0] > 0)
1078       {
1079         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1080         // weight - but have to make per
1081         // sequence, too (awidth[2])
1082         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1083       }
1084       else
1085       {
1086         width[i] = 0;
1087       }
1088       if (max < width[i])
1089       {
1090         max = width[i];
1091       }
1092     }
1093     boolean sort = false;
1094     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1095     {
1096       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1097       if (width[i] == 0)
1098       {
1099         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1100         if (width[i] < 0)
1101         {
1102           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1103                   i / data.length);
1104         }
1105       }
1106       else
1107       {
1108         width[i] /= max; // normalize
1109         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1110       }
1111       if (i > 0)
1112       {
1113         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1114       }
1115     }
1116     if (sort)
1117     {
1118       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1119       // update global priority order
1120     }
1121
1122     updateFeatureRenderer(data, false);
1123     table.repaint();
1124   }
1125
1126   public void close()
1127   {
1128     try
1129     {
1130       if (frame != null)
1131       {
1132         af.setFeatureSettingsGeometry(frame.getBounds());
1133         frame.setClosed(true);
1134       }
1135       else
1136       {
1137         SplitContainerI sc = af.getSplitViewContainer();
1138         sc.closeFeatureSettings(this, closeContainingFrame);
1139         af.featureSettings = null;
1140       }
1141     } catch (Exception exe)
1142     {
1143     }
1144
1145   }
1146
1147   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1148   {
1149     updateFeatureRenderer(data, true);
1150   }
1151
1152   /**
1153    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1154    * of visible features
1155    *
1156    * @param data
1157    * @param visibleNew
1158    */
1159   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1160   {
1161     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1162
1163     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1164     {
1165       refreshDisplay();
1166     }
1167   }
1168
1169   /**
1170    * Converts table data into an array of data beans
1171    */
1172   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1173   {
1174     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1175     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1176     {
1177       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1178       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1179       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1180       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1181       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1182               isShown);
1183     }
1184     return rowData;
1185   }
1186
1187   private void jbInit() throws Exception
1188   {
1189     this.setLayout(new BorderLayout());
1190
1191     JPanel settingsPane = new JPanel();
1192     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1193
1194     JPanel bigPanel = new JPanel();
1195     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1196
1197     groupPanel = new JPanel();
1198     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1199
1200     JButton invert = new JButton(
1201             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1202     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1203     invert.addActionListener(new ActionListener()
1204     {
1205       @Override
1206       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1207       {
1208         invertSelection();
1209       }
1210     });
1211
1212     JButton optimizeOrder = new JButton(
1213             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1214     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1215     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1216     {
1217       @Override
1218       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1219       {
1220         orderByAvWidth();
1221       }
1222     });
1223
1224     JButton sortByScore = new JButton(
1225             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1226     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1227     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1228     {
1229       @Override
1230       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1231       {
1232         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1233       }
1234     });
1235     JButton sortByDens = new JButton(
1236             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1237     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1238     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1239     {
1240       @Override
1241       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1242       {
1243         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1244       }
1245     });
1246
1247     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1248     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1249     help.addActionListener(new ActionListener()
1250     {
1251       @Override
1252       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1253       {
1254         try
1255         {
1256           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1257         } catch (HelpSetException e1)
1258         {
1259           e1.printStackTrace();
1260         }
1261       }
1262     });
1263
1264     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1265     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1266     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1267     {
1268       @Override
1269       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1270       {
1271         fr.setTransparency(originalTransparency);
1272         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1273         updateFeatureRenderer(originalData);
1274         af.getViewport().setViewStyle(originalViewStyle);
1275         close();
1276       }
1277     });
1278
1279     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1280     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1281     ok.addActionListener(new ActionListener()
1282     {
1283       @Override
1284       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1285       {
1286         close();
1287       }
1288     });
1289
1290     JButton loadColours = new JButton(
1291             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1292     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1293     loadColours.setToolTipText(
1294             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1295     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1296     {
1297       @Override
1298       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1299       {
1300         load();
1301       }
1302     });
1303
1304     JButton saveColours = new JButton(
1305             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1306     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1307     saveColours.setToolTipText(
1308             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1309     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1310     {
1311       @Override
1312       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1313       {
1314         save();
1315       }
1316     });
1317     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1318     {
1319       @Override
1320       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1321       {
1322         if (!inConstruction)
1323         {
1324           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1325           refreshDisplay();
1326         }
1327       }
1328     });
1329
1330     transparency.setMaximum(70);
1331     transparency.setToolTipText(
1332             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1333
1334     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
1335     String text = MessageManager.formatMessage("label.show_linked_features",
1336             nucleotide
1337                     ? MessageManager.getString("label.protein")
1338                             .toLowerCase()
1339                     : "CDS");
1340     JCheckBox showComplement = new JCheckBox(text);
1341     showComplement.setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeatures());
1342     showComplement.addActionListener(new ActionListener()
1343     {
1344       @Override
1345       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1346       {
1347         af.getViewport()
1348                 .setShowComplementFeatures(showComplement.isSelected());
1349         refreshDisplay();
1350       }
1351     });
1352
1353     JCheckBox showComplementOnTop = new JCheckBox(
1354             MessageManager.getString("label.on_top"));
1355     showComplementOnTop
1356             .setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeaturesOnTop());
1357     showComplementOnTop.addActionListener(new ActionListener()
1358     {
1359       @Override
1360       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1361       {
1362         af.getViewport().setShowComplementFeaturesOnTop(
1363                 showComplementOnTop.isSelected());
1364         refreshDisplay();
1365       }
1366     });
1367     // JButton viewComplementSettings = new JButton(MessageManager
1368     // .formatMessage("label.show_linked_feature_settings",
1369     // nucleotide
1370     // ? MessageManager.getString("label.protein")
1371     // .toLowerCase()
1372     // : "CDS"));
1373     // viewComplementSettings.addActionListener(new ActionListener()
1374     // {
1375     //
1376     // @Override
1377     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
1378     // {
1379     // AlignViewControllerGuiI complAf = af.getSplitViewContainer()
1380     // .getComplementAlignFrame(af);
1381     // FeatureSettings complFeatureSettings = (FeatureSettings) complAf
1382     // .getFeatureSettingsUI();
1383     // if (complFeatureSettings != null)
1384     // {
1385     // complFeatureSettings.frame.setVisible(true);
1386     // try
1387     // {
1388     // complFeatureSettings.frame.setSelected(true);
1389     // return;
1390     // } catch (Exception q)
1391     // {
1392     // }
1393     // }
1394     // {
1395     // complAf.showFeatureSettingsUI();
1396     // }
1397     // }
1398     // });
1399     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1400     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1401
1402     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1403     transbuttons.add(optimizeOrder);
1404     transbuttons.add(invert);
1405     transbuttons.add(sortByScore);
1406     transbuttons.add(sortByDens);
1407     transbuttons.add(help);
1408
1409     boolean hasComplement = af.getViewport().getCodingComplement() != null;
1410     JPanel transPanelLeft = new JPanel(
1411             new GridLayout(hasComplement ? 4 : 2, 1));
1412     transPanelLeft.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1413     transPanelLeft.add(transparency);
1414     if (hasComplement)
1415     {
1416       JPanel cp = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1417       cp.add(showComplement);
1418       cp.add(showComplementOnTop);
1419       transPanelLeft.add(cp);
1420     }
1421     lowerPanel.add(transPanelLeft);
1422     lowerPanel.add(transbuttons);
1423
1424     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1425     buttonPanel.add(ok);
1426     buttonPanel.add(cancel);
1427     buttonPanel.add(loadColours);
1428     buttonPanel.add(saveColours);
1429     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1430     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1431     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1432     this.add(settingsPane);
1433   }
1434
1435   /**
1436    * Repaints alignment, structure and overview (if shown). If there is a
1437    * complementary view which is showing this view's features, then also
1438    * repaints that.
1439    */
1440   void refreshDisplay()
1441   {
1442     af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1443     AlignViewportI complement = af.getViewport().getCodingComplement();
1444     if (complement != null && complement.isShowComplementFeatures())
1445     {
1446       AlignFrame af2 = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
1447       af2.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1448     }
1449   }
1450
1451   /**
1452    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1453    *
1454    * @param fcol
1455    * @param withHint
1456    *                   if true include 'click to edit' and similar text
1457    * @return
1458    */
1459   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1460           boolean withHint)
1461   {
1462     if (fcol == null)
1463     {
1464       return null;
1465     }
1466     if (fcol.isSimpleColour())
1467     {
1468       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1469     }
1470     String description = fcol.getDescription();
1471     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1472     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1473     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1474     if (withHint)
1475     {
1476       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1477     }
1478     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1479   }
1480
1481   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1482           int w, int h)
1483   {
1484     boolean thr = false;
1485     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1486
1487     if (gcol.isColourByAttribute())
1488     {
1489       tx.append(FeatureMatcher
1490               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1491     }
1492     else if (!gcol.isColourByLabel())
1493     {
1494       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1495     }
1496     tx.append(" ");
1497     if (gcol.isAboveThreshold())
1498     {
1499       thr = true;
1500       tx.append(">");
1501     }
1502     if (gcol.isBelowThreshold())
1503     {
1504       thr = true;
1505       tx.append("<");
1506     }
1507     if (gcol.isColourByLabel())
1508     {
1509       if (thr)
1510       {
1511         tx.append(" ");
1512       }
1513       if (!gcol.isColourByAttribute())
1514       {
1515         tx.append("Label");
1516       }
1517       comp.setIcon(null);
1518     }
1519     else
1520     {
1521       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1522       comp.setBackground(newColor);
1523       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1524       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1525       comp.setIcon(ficon);
1526       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1527       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1528       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1529       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1530     }
1531     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1532     comp.setText(tx.toString());
1533   }
1534
1535   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1536   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1537   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1538   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1539   {
1540     private String[] columnNames = {
1541         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1542         MessageManager.getString("action.colour"),
1543         MessageManager.getString("label.configuration"),
1544         MessageManager.getString("label.show") };
1545
1546     private Object[][] data;
1547
1548     FeatureTableModel(Object[][] data)
1549     {
1550       this.data = data;
1551     }
1552
1553     public Object[][] getData()
1554     {
1555       return data;
1556     }
1557
1558     public void setData(Object[][] data)
1559     {
1560       this.data = data;
1561     }
1562
1563     @Override
1564     public int getColumnCount()
1565     {
1566       return columnNames.length;
1567     }
1568
1569     public Object[] getRow(int row)
1570     {
1571       return data[row];
1572     }
1573
1574     @Override
1575     public int getRowCount()
1576     {
1577       return data.length;
1578     }
1579
1580     @Override
1581     public String getColumnName(int col)
1582     {
1583       return columnNames[col];
1584     }
1585
1586     @Override
1587     public Object getValueAt(int row, int col)
1588     {
1589       return data[row][col];
1590     }
1591
1592     /**
1593      * Answers the class of column c of the table
1594      */
1595     @Override
1596     public Class<?> getColumnClass(int c)
1597     {
1598       switch (c)
1599       {
1600       case TYPE_COLUMN:
1601         return String.class;
1602       case COLOUR_COLUMN:
1603         return FeatureColour.class;
1604       case FILTER_COLUMN:
1605         return FeatureMatcherSet.class;
1606       default:
1607         return Boolean.class;
1608       }
1609     }
1610
1611     @Override
1612     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1613     {
1614       return col == 0 ? false : true;
1615     }
1616
1617     @Override
1618     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1619     {
1620       data[row][col] = value;
1621       fireTableCellUpdated(row, col);
1622       updateFeatureRenderer(data);
1623     }
1624
1625   }
1626
1627   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1628   {
1629     Border unselectedBorder = null;
1630
1631     Border selectedBorder = null;
1632
1633     public ColorRenderer()
1634     {
1635       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1636       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1637       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1638     }
1639
1640     @Override
1641     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1642             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1643     {
1644       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1645       setOpaque(true);
1646       setBackground(tbl.getBackground());
1647       if (!cellColour.isSimpleColour())
1648       {
1649         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1650         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1651                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1652       }
1653       else
1654       {
1655         this.setText("");
1656         this.setIcon(null);
1657         setBackground(cellColour.getColour());
1658       }
1659       if (isSelected)
1660       {
1661         if (selectedBorder == null)
1662         {
1663           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1664                   tbl.getSelectionBackground());
1665         }
1666         setBorder(selectedBorder);
1667       }
1668       else
1669       {
1670         if (unselectedBorder == null)
1671         {
1672           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1673                   tbl.getBackground());
1674         }
1675         setBorder(unselectedBorder);
1676       }
1677
1678       return this;
1679     }
1680   }
1681
1682   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1683   {
1684     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1685
1686     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1687
1688     public FilterRenderer()
1689     {
1690       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1691       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1692       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1693     }
1694
1695     @Override
1696     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1697             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1698             int column)
1699     {
1700       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1701       setOpaque(true);
1702       String asText = theFilter.toString();
1703       setBackground(tbl.getBackground());
1704       this.setText(asText);
1705       this.setIcon(null);
1706
1707       if (isSelected)
1708       {
1709         if (selectedBorder == null)
1710         {
1711           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1712                   tbl.getSelectionBackground());
1713         }
1714         setBorder(selectedBorder);
1715       }
1716       else
1717       {
1718         if (unselectedBorder == null)
1719         {
1720           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1721                   tbl.getBackground());
1722         }
1723         setBorder(unselectedBorder);
1724       }
1725
1726       return this;
1727     }
1728   }
1729
1730   /**
1731    * update comp using rendering settings from gcol
1732    *
1733    * @param comp
1734    * @param gcol
1735    */
1736   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1737   {
1738     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1739     if (w < 20)
1740     {
1741       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1742       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1743       if (w < 20)
1744       {
1745         w = 80;
1746         h = 12;
1747       }
1748     }
1749     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1750   }
1751
1752   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1753           implements TableCellEditor, ActionListener
1754   {
1755     FeatureSettings me;
1756
1757     FeatureColourI currentColor;
1758
1759     FeatureTypeSettings chooser;
1760
1761     String type;
1762
1763     JButton button;
1764
1765     JColorChooser colorChooser;
1766
1767     JDialog dialog;
1768
1769     protected static final String EDIT = "edit";
1770
1771     int rowSelected = 0;
1772
1773     public ColorEditor(FeatureSettings me)
1774     {
1775       this.me = me;
1776       // Set up the editor (from the table's point of view),
1777       // which is a button.
1778       // This button brings up the color chooser dialog,
1779       // which is the editor from the user's point of view.
1780       button = new JButton();
1781       button.setActionCommand(EDIT);
1782       button.addActionListener(this);
1783       button.setBorderPainted(false);
1784       // Set up the dialog that the button brings up.
1785       colorChooser = new JColorChooser();
1786       dialog = JColorChooser.createDialog(button,
1787               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
1788               colorChooser, this, // OK button handler
1789               null); // no CANCEL button handler
1790     }
1791
1792     /**
1793      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
1794      */
1795     @Override
1796     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1797     {
1798       // todo test e.getSource() instead here
1799       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
1800       {
1801         // The user has clicked the cell, so
1802         // bring up the dialog.
1803         if (currentColor.isSimpleColour())
1804         {
1805           // bring up simple color chooser
1806           button.setBackground(currentColor.getColour());
1807           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
1808           dialog.setVisible(true);
1809         }
1810         else
1811         {
1812           // bring up graduated chooser.
1813           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1814           /**
1815            * @j2sNative
1816            */
1817           {
1818             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1819             chooser.requestFocus();
1820           }
1821           chooser.addActionListener(this);
1822           // Make the renderer reappear.
1823           fireEditingStopped();
1824         }
1825       }
1826       else
1827       {
1828         if (currentColor.isSimpleColour())
1829         {
1830           /*
1831            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
1832            */
1833           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
1834           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1835         }
1836         else
1837         {
1838           /*
1839            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1840            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1841            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1842            */
1843           currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1844           FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1845           if (currentFilter == null)
1846           {
1847             currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1848           }
1849           Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1850                   .getData()[rowSelected];
1851           data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1852           data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1853         }
1854         fireEditingStopped();
1855         me.table.validate();
1856       }
1857     }
1858
1859     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1860     @Override
1861     public Object getCellEditorValue()
1862     {
1863       return currentColor;
1864     }
1865
1866     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1867     @Override
1868     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1869             boolean isSelected, int row, int column)
1870     {
1871       currentColor = (FeatureColourI) value;
1872       this.rowSelected = row;
1873       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1874       button.setOpaque(true);
1875       button.setBackground(me.getBackground());
1876       if (!currentColor.isSimpleColour())
1877       {
1878         JLabel btn = new JLabel();
1879         btn.setSize(button.getSize());
1880         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1881         button.setBackground(btn.getBackground());
1882         button.setIcon(btn.getIcon());
1883         button.setText(btn.getText());
1884       }
1885       else
1886       {
1887         button.setText("");
1888         button.setIcon(null);
1889         button.setBackground(currentColor.getColour());
1890       }
1891       return button;
1892     }
1893   }
1894
1895   /**
1896    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1897    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1898    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1899    * dialog at the Filters tab.
1900    */
1901   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1902           implements TableCellEditor, ActionListener
1903   {
1904     FeatureSettings me;
1905
1906     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1907
1908     Point lastLocation;
1909
1910     String type;
1911
1912     JButton button;
1913
1914     protected static final String EDIT = "edit";
1915
1916     int rowSelected = 0;
1917
1918     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1919     {
1920       this.me = me;
1921       button = new JButton();
1922       button.setActionCommand(EDIT);
1923       button.addActionListener(this);
1924       button.setBorderPainted(false);
1925     }
1926
1927     /**
1928      * Handles events from the editor button
1929      */
1930     @Override
1931     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1932     {
1933       if (button == e.getSource())
1934       {
1935         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1936         chooser.addActionListener(this);
1937         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1938         chooser.requestFocus();
1939         if (lastLocation != null)
1940         {
1941           // todo open at its last position on screen
1942           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1943                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1944           chooser.validate();
1945         }
1946         fireEditingStopped();
1947       }
1948       else if (e.getSource() instanceof Component)
1949       {
1950
1951         /*
1952          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1953          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1954          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1955          */
1956         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1957         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1958         if (currentFilter == null)
1959         {
1960           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1961         }
1962         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1963                 .getData()[rowSelected];
1964         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1965         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1966         fireEditingStopped();
1967         me.table.validate();
1968       }
1969     }
1970
1971     @Override
1972     public Object getCellEditorValue()
1973     {
1974       return currentFilter;
1975     }
1976
1977     @Override
1978     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1979             boolean isSelected, int row, int column)
1980     {
1981       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1982       this.rowSelected = row;
1983       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1984       button.setOpaque(true);
1985       button.setBackground(me.getBackground());
1986       button.setText(currentFilter.toString());
1987       button.setIcon(null);
1988       return button;
1989     }
1990   }
1991 }
1992
1993 class FeatureIcon implements Icon
1994 {
1995   FeatureColourI gcol;
1996
1997   Color backg;
1998
1999   boolean midspace = false;
2000
2001   int width = 50, height = 20;
2002
2003   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2004
2005   Color mpcolour = Color.white;
2006
2007   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2008   {
2009     gcol = gfc;
2010     backg = bg;
2011     width = w;
2012     height = h;
2013     midspace = mspace;
2014     if (midspace)
2015     {
2016       s1 = width / 3;
2017       e1 = s1 * 2;
2018     }
2019     else
2020     {
2021       s1 = width / 2;
2022       e1 = s1;
2023     }
2024   }
2025
2026   @Override
2027   public int getIconWidth()
2028   {
2029     return width;
2030   }
2031
2032   @Override
2033   public int getIconHeight()
2034   {
2035     return height;
2036   }
2037
2038   @Override
2039   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2040   {
2041
2042     if (gcol.isColourByLabel())
2043     {
2044       g.setColor(backg);
2045       g.fillRect(0, 0, width, height);
2046       // need an icon here.
2047       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2048
2049       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2050
2051       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2052       // AffineTransform.getScaleInstance(
2053       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2054       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2055
2056       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2057
2058     }
2059     else
2060     {
2061       Color minCol = gcol.getMinColour();
2062       g.setColor(minCol);
2063       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2064       if (midspace)
2065       {
2066         g.setColor(Color.white);
2067         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2068       }
2069       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2070       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
2071     }
2072   }
2073 }