src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import javax.swing.event.*;\r
  28 import javax.swing.table.*;\r
  29 \r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 \r
  33 public class FeatureSettings\r
  34     extends JPanel\r
  35 {\r
  36   DasSourceBrowser dassourceBrowser;\r
  37   jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;\r
  38   JPanel settingsPane = new JPanel();\r
  39   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();\r
  40 \r
  41   final FeatureRenderer fr;\r
  42   public final AlignFrame af;\r
  43   Object[][] originalData;\r
  44   final JInternalFrame frame;\r
  45   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();\r
  46   JTable table;\r
  47   JPanel groupPanel;\r
  48   JSlider transparency = new JSlider();\r
  49 \r
  50   JPanel transPanel = new JPanel(new FlowLayout());\r
  51 \r
  52   public FeatureSettings(AlignFrame af)\r
  53   {\r
  54     this.af = af;\r
  55     fr = af.getFeatureRenderer();\r
  56 \r
  57     transparency.setMaximum(100 - (int) (fr.transparency * 100));\r
  58 \r
  59     try\r
  60     {\r
  61       jbInit();\r
  62     }\r
  63     catch (Exception ex)\r
  64     {\r
  65       ex.printStackTrace();\r
  66     }\r
  67 \r
  68     table = new JTable();\r
  69     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));\r
  70     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));\r
  71     table.setDefaultRenderer(Color.class,\r
  72                              new ColorRenderer());\r
  73 \r
  74     table.setDefaultEditor(Color.class,\r
  75                            new ColorEditor());\r
  76 \r
  77     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  78 \r
  79     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  80     {\r
  81       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  82       {\r
  83         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());\r
  84       }\r
  85     });\r
  86 \r
  87     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  88     {\r
  89       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  90       {\r
  91         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());\r
  92         if (newRow != selectedRow\r
  93             && selectedRow != -1\r
  94             && newRow != -1)\r
  95         {\r
  96           Object[] temp = new Object[3];\r
  97           temp[0] = table.getValueAt(selectedRow, 0);\r
  98           temp[1] = table.getValueAt(selectedRow, 1);\r
  99           temp[2] = table.getValueAt(selectedRow, 2);\r
 100 \r
 101           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 0), selectedRow, 0);\r
 102           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 1), selectedRow, 1);\r
 103           table.setValueAt(table.getValueAt(newRow, 2), selectedRow, 2);\r
 104 \r
 105           table.setValueAt(temp[0], newRow, 0);\r
 106           table.setValueAt(temp[1], newRow, 1);\r
 107           table.setValueAt(temp[2], newRow, 2);\r
 108 \r
 109           selectedRow = newRow;\r
 110         }\r
 111       }\r
 112     });\r
 113 \r
 114     scrollPane.setViewportView(table);\r
 115 \r
 116     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser();\r
 117     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);\r
 118 \r
 119     if (af.getViewport().featuresDisplayed == null || fr.renderOrder == null)\r
 120     {\r
 121       fr.findAllFeatures();\r
 122     }\r
 123 \r
 124     setTableData();\r
 125 \r
 126     frame = new JInternalFrame();\r
 127     frame.setContentPane(this);\r
 128     Desktop.addInternalFrame(frame, "Sequence Feature Settings", 400, 450);\r
 129     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 130   }\r
 131 \r
 132   synchronized public void setTableData()\r
 133   {\r
 134     if (fr.featureGroups == null)\r
 135     {\r
 136       fr.featureGroups = new Hashtable();\r
 137     }\r
 138 \r
 139     Vector allFeatures = new Vector();\r
 140     Vector allGroups = new Vector();\r
 141     SequenceFeature[] tmpfeatures;\r
 142     String group;\r
 143 \r
 144     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)\r
 145     {\r
 146       if (af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().\r
 147           getSequenceFeatures() == null)\r
 148       {\r
 149         continue;\r
 150       }\r
 151 \r
 152       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i).\r
 153           getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 154 \r
 155       int index = 0;\r
 156       while (index < tmpfeatures.length)\r
 157       {\r
 158         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)\r
 159         {\r
 160           index++;\r
 161           continue;\r
 162         }\r
 163 \r
 164         if (tmpfeatures[index].getFeatureGroup() != null)\r
 165         {\r
 166           group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 167           if (!allGroups.contains(group))\r
 168           {\r
 169             allGroups.addElement(group);\r
 170 \r
 171             boolean visible = true;\r
 172             if (fr.featureGroups.containsKey(group))\r
 173             {\r
 174               visible = ( (Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue();\r
 175             }\r
 176 \r
 177             if (groupPanel == null)\r
 178             {\r
 179               groupPanel = new JPanel();\r
 180             }\r
 181 \r
 182             boolean alreadyAdded = false;\r
 183             for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)\r
 184             {\r
 185               if ( ( (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g))\r
 186                   .getText().equals(group))\r
 187               {\r
 188                 alreadyAdded = true;\r
 189                 break;\r
 190               }\r
 191             }\r
 192 \r
 193             if (alreadyAdded)\r
 194             {\r
 195               continue;\r
 196             }\r
 197 \r
 198             fr.featureGroups.put(group, new Boolean(visible));\r
 199 \r
 200             final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);\r
 201             check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));\r
 202             check.addItemListener(new ItemListener()\r
 203             {\r
 204               public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 205               {\r
 206                 fr.featureGroups.put(check.getText(),\r
 207                                      new Boolean(check.isSelected()));\r
 208                 af.alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 209                 if (af.alignPanel.overviewPanel != null)\r
 210                 {\r
 211                   af.alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 212                 }\r
 213 \r
 214                 resetTable(true);\r
 215               }\r
 216             });\r
 217             groupPanel.add(check);\r
 218           }\r
 219         }\r
 220 \r
 221         if (!allFeatures.contains(tmpfeatures[index].getType()))\r
 222         {\r
 223           allFeatures.addElement(tmpfeatures[index].getType());\r
 224         }\r
 225         index++;\r
 226       }\r
 227     }\r
 228 \r
 229     resetTable(false);\r
 230 \r
 231     validate();\r
 232   }\r
 233 \r
 234   void resetTable(boolean groupsChanged)\r
 235   {\r
 236     SequenceFeature[] tmpfeatures;\r
 237     String group = null, type;\r
 238     Vector visibleChecks = new Vector();\r
 239 \r
 240     //Find out which features should be visible depending on which groups\r
 241     //are selected / deselected\r
 242     for (int i = 0; i < af.getViewport().alignment.getHeight(); i++)\r
 243     {\r
 244 \r
 245       tmpfeatures = af.getViewport().alignment.getSequenceAt(i).\r
 246           getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 247       if (tmpfeatures == null)\r
 248       {\r
 249         continue;\r
 250       }\r
 251 \r
 252       int index = 0;\r
 253       while (index < tmpfeatures.length)\r
 254       {\r
 255         group = tmpfeatures[index].featureGroup;\r
 256 \r
 257         if (tmpfeatures[index].begin == 0 && tmpfeatures[index].end == 0)\r
 258         {\r
 259           index++;\r
 260           continue;\r
 261         }\r
 262 \r
 263         if (group == null || fr.featureGroups.get(group) == null ||\r
 264             ( (Boolean) fr.featureGroups.get(group)).booleanValue())\r
 265         {\r
 266           type = tmpfeatures[index].getType();\r
 267           if (!visibleChecks.contains(type))\r
 268           {\r
 269             visibleChecks.addElement(type);\r
 270           }\r
 271         }\r
 272         index++;\r
 273       }\r
 274     }\r
 275 \r
 276     int fSize = visibleChecks.size();\r
 277     Object[][] data = new Object[fSize][3];\r
 278     int dataIndex = 0;\r
 279 \r
 280     if (fr.renderOrder != null)\r
 281     {\r
 282       //First add the checks in the previous render order,\r
 283       //in case the window has been closed and reopened\r
 284       for (int ro = fr.renderOrder.length - 1; ro > -1; ro--)\r
 285       {\r
 286         type = fr.renderOrder[ro];\r
 287 \r
 288         if (!visibleChecks.contains(type))\r
 289         {\r
 290           continue;\r
 291         }\r
 292 \r
 293         data[dataIndex][0] = type;\r
 294         data[dataIndex][1] = fr.getColour(type);\r
 295         data[dataIndex][2] = new Boolean(af.getViewport().featuresDisplayed.\r
 296                                          containsKey(type));\r
 297         dataIndex++;\r
 298         visibleChecks.removeElement(type);\r
 299       }\r
 300     }\r
 301 \r
 302     fSize = visibleChecks.size();\r
 303     for (int i = 0; i < fSize; i++)\r
 304     {\r
 305       //These must be extra features belonging to the group\r
 306       //which was just selected\r
 307       type = visibleChecks.elementAt(i).toString();\r
 308       data[dataIndex][0] = type;\r
 309 \r
 310       data[dataIndex][1] = fr.getColour(type);\r
 311       if (data[dataIndex][1] == null)\r
 312       {\r
 313         //"Colour has been updated in another view!!"\r
 314         fr.renderOrder = null;\r
 315         return;\r
 316       }\r
 317 \r
 318       data[dataIndex][2] = new Boolean(true);\r
 319       dataIndex++;\r
 320     }\r
 321 \r
 322     if (originalData == null)\r
 323     {\r
 324       originalData = new Object[data.length][3];\r
 325       System.arraycopy(data, 0, originalData, 0, data.length);\r
 326     }\r
 327 \r
 328     table.setModel(new FeatureTableModel(data));\r
 329     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);\r
 330 \r
 331     if (groupPanel != null)\r
 332     {\r
 333       groupPanel.setLayout(\r
 334           new GridLayout(fr.featureGroups.size() / 4 + 1, 4));\r
 335 \r
 336       groupPanel.validate();\r
 337       bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);\r
 338     }\r
 339 \r
 340     updateFeatureRenderer(data);\r
 341 \r
 342   }\r
 343 \r
 344   void load()\r
 345   {\r
 346     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 347         getProperty(\r
 348             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 349         {"fc"},\r
 350         new String[]\r
 351         {"Sequence Feature Colours"}, "Sequence Feature Colours");\r
 352     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 353     chooser.setDialogTitle("Load Feature Colours");\r
 354     chooser.setToolTipText("Load");\r
 355 \r
 356     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 357 \r
 358     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 359     {\r
 360       File file = chooser.getSelectedFile();\r
 361 \r
 362       try\r
 363       {\r
 364         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 365             file), "UTF-8");\r
 366 \r
 367         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.\r
 368             JalviewUserColours();\r
 369         jucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) jucs.unmarshal(in);\r
 370 \r
 371         for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)\r
 372         {\r
 373           fr.setColour(jucs.getColour(i).getName(),\r
 374                        new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i).getRGB(),\r
 375                                                   16)));\r
 376         }\r
 377 \r
 378         setTableData();\r
 379         af.alignPanel.repaint();\r
 380       }\r
 381       catch (Exception ex)\r
 382       {\r
 383         System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);\r
 384       }\r
 385     }\r
 386   }\r
 387 \r
 388   void save()\r
 389   {\r
 390     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 391         getProperty(\r
 392             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 393         {"fc"},\r
 394         new String[]\r
 395         {"Sequence Feature Colours"}, "Sequence Feature Colours");\r
 396     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 397     chooser.setDialogTitle("Save Feature Colour Scheme");\r
 398     chooser.setToolTipText("Save");\r
 399 \r
 400     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 401 \r
 402     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 403     {\r
 404       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 405       jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.\r
 406           JalviewUserColours();\r
 407       ucs.setSchemeName("Sequence Features");\r
 408       try\r
 409       {\r
 410         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 411             new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 412 \r
 413         Enumeration e = fr.featureColours.keys();\r
 414         while (e.hasMoreElements())\r
 415         {\r
 416           jalview.binding.Colour col = new jalview.binding.Colour();\r
 417           col.setName(e.nextElement().toString());\r
 418           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(\r
 419               fr.getColour(col.getName())));\r
 420           ucs.addColour(col);\r
 421         }\r
 422 \r
 423         ucs.marshal(out);\r
 424         out.close();\r
 425       }\r
 426       catch (Exception ex)\r
 427       {\r
 428         ex.printStackTrace();\r
 429       }\r
 430     }\r
 431   }\r
 432 \r
 433   public void invertSelection()\r
 434   {\r
 435     for (int i = 0; i < table.getRowCount(); i++)\r
 436     {\r
 437       Boolean value = (Boolean) table.getValueAt(i, 2);\r
 438 \r
 439       table.setValueAt(\r
 440           new Boolean(!value.booleanValue()),\r
 441           i, 2);\r
 442     }\r
 443   }\r
 444 \r
 445   public void close()\r
 446   {\r
 447     try\r
 448     {\r
 449       frame.setClosed(true);\r
 450     }\r
 451     catch (Exception exe)\r
 452     {}\r
 453 \r
 454   }\r
 455 \r
 456   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)\r
 457   {\r
 458     fr.setFeaturePriority(data);\r
 459     af.alignPanel.repaint();\r
 460 \r
 461     if (af.alignPanel.overviewPanel != null)\r
 462     {\r
 463       af.alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 464     }\r
 465   }\r
 466 \r
 467   int selectedRow = -1;\r
 468   JTabbedPane tabbedPane = new JTabbedPane();\r
 469   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
 470   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();\r
 471   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();\r
 472   JPanel bigPanel = new JPanel();\r
 473   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();\r
 474   JButton invert = new JButton();\r
 475   JPanel buttonPanel = new JPanel();\r
 476   JButton cancel = new JButton();\r
 477   JButton ok = new JButton();\r
 478   JButton loadColours = new JButton();\r
 479   JButton saveColours = new JButton();\r
 480   JPanel dasButtonPanel = new JPanel();\r
 481   JButton fetchDAS = new JButton();\r
 482   JButton saveDAS = new JButton();\r
 483   JButton cancelDAS = new JButton();\r
 484   private void jbInit()\r
 485       throws Exception\r
 486   {\r
 487     this.setLayout(borderLayout1);\r
 488     settingsPane.setLayout(borderLayout2);\r
 489     dasSettingsPane.setLayout(borderLayout3);\r
 490     bigPanel.setLayout(borderLayout4);\r
 491     invert.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 492     invert.setText("Invert Selection");\r
 493     invert.addActionListener(new ActionListener()\r
 494     {\r
 495       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 496       {\r
 497         invertSelection();\r
 498       }\r
 499     });\r
 500     cancel.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 501     cancel.setText("Cancel");\r
 502     cancel.addActionListener(new ActionListener()\r
 503     {\r
 504       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 505       {\r
 506         updateFeatureRenderer(originalData);\r
 507         close();\r
 508       }\r
 509     });\r
 510     ok.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 511     ok.setText("OK");\r
 512     ok.addActionListener(new ActionListener()\r
 513     {\r
 514       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 515       {\r
 516         close();\r
 517       }\r
 518     });\r
 519     loadColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 520     loadColours.setText("Load Colours");\r
 521     loadColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 522     {\r
 523       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 524       {\r
 525         load();\r
 526       }\r
 527     });\r
 528     saveColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));\r
 529     saveColours.setText("Save Colours");\r
 530     saveColours.addActionListener(new ActionListener()\r
 531     {\r
 532       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 533       {\r
 534         save();\r
 535       }\r
 536     });\r
 537     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()\r
 538     {\r
 539       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
 540       {\r
 541         fr.setTransparency( (float) (100 - transparency.getValue()) / 100f);\r
 542         af.alignPanel.repaint();\r
 543       }\r
 544     });\r
 545 \r
 546     transparency.setMaximum(70);\r
 547     fetchDAS.setText("Fetch DAS Features");\r
 548     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()\r
 549     {\r
 550       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 551       {\r
 552         fetchDAS_actionPerformed(e);\r
 553       }\r
 554     });\r
 555     saveDAS.setText("Save as default");\r
 556     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()\r
 557     {\r
 558       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 559       {\r
 560         saveDAS_actionPerformed(e);\r
 561       }\r
 562     });\r
 563     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());\r
 564     dasSettingsPane.setBorder(null);\r
 565     cancelDAS.setEnabled(false);\r
 566     cancelDAS.setText("Cancel Fetch");\r
 567     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()\r
 568     {\r
 569       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 570       {\r
 571         cancelDAS_actionPerformed(e);\r
 572       }\r
 573     });\r
 574     this.add(tabbedPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 575     tabbedPane.addTab("Feature Settings", settingsPane);\r
 576     tabbedPane.addTab("DAS Settings", dasSettingsPane);\r
 577     bigPanel.add(transPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 578     transPanel.add(transparency);\r
 579     transPanel.add(invert);\r
 580     buttonPanel.add(ok);\r
 581     buttonPanel.add(cancel);\r
 582     buttonPanel.add(loadColours);\r
 583     buttonPanel.add(saveColours);\r
 584     bigPanel.add(scrollPane, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 585     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 586     dasButtonPanel.add(fetchDAS);\r
 587     dasButtonPanel.add(cancelDAS);\r
 588     dasButtonPanel.add(saveDAS);\r
 589     settingsPane.add(bigPanel, java.awt.BorderLayout.CENTER);\r
 590     settingsPane.add(buttonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 591   }\r
 592 \r
 593   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 594   {\r
 595     fetchDAS.setEnabled(false);\r
 596     cancelDAS.setEnabled(true);\r
 597     Vector selectedSources = dassourceBrowser.getSelectedSources();\r
 598 \r
 599     SequenceI[] dataset, seqs;\r
 600     int iSize;\r
 601 \r
 602     if (af.getViewport().getSelectionGroup() != null\r
 603         && af.getViewport().getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
 604     {\r
 605       iSize = af.getViewport().getSelectionGroup().getSize();\r
 606       dataset = new SequenceI[iSize];\r
 607       seqs = af.getViewport().getSelectionGroup().\r
 608           getSequencesInOrder(\r
 609               af.getViewport().getAlignment());\r
 610     }\r
 611     else\r
 612     {\r
 613       iSize = af.getViewport().getAlignment().getHeight();\r
 614       seqs = af.getViewport().getAlignment().getSequencesArray();\r
 615     }\r
 616 \r
 617     dataset = new SequenceI[iSize];\r
 618     for (int i = 0; i < iSize; i++)\r
 619     {\r
 620       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();\r
 621     }\r
 622 \r
 623     dasFeatureFetcher =\r
 624         new jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher(\r
 625             dataset,\r
 626             this,\r
 627             selectedSources);\r
 628 \r
 629     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);\r
 630     af.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
 631   }\r
 632 \r
 633   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 634   {\r
 635     dassourceBrowser.saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 636   }\r
 637 \r
 638   public void complete()\r
 639   {\r
 640     fetchDAS.setEnabled(true);\r
 641     cancelDAS.setEnabled(false);\r
 642   }\r
 643 \r
 644   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 645   {\r
 646     dasFeatureFetcher.cancel();\r
 647     fetchDAS.setEnabled(true);\r
 648     cancelDAS.setEnabled(false);\r
 649   }\r
 650 \r
 651   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
 652   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html\r
 653   /////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
 654   class FeatureTableModel\r
 655       extends AbstractTableModel\r
 656   {\r
 657     FeatureTableModel(Object[][] data)\r
 658     {\r
 659       this.data = data;\r
 660     }\r
 661 \r
 662     private String[] columnNames =\r
 663         {\r
 664         "Feature Type", "Colour", "Display"};\r
 665     private Object[][] data;\r
 666 \r
 667     public Object[][] getData()\r
 668     {\r
 669       return data;\r
 670     }\r
 671 \r
 672     public void setData(Object[][] data)\r
 673     {\r
 674       this.data = data;\r
 675     }\r
 676 \r
 677     public int getColumnCount()\r
 678     {\r
 679       return columnNames.length;\r
 680     }\r
 681 \r
 682     public Object[] getRow(int row)\r
 683     {\r
 684       return data[row];\r
 685     }\r
 686 \r
 687     public int getRowCount()\r
 688     {\r
 689       return data.length;\r
 690     }\r
 691 \r
 692     public String getColumnName(int col)\r
 693     {\r
 694       return columnNames[col];\r
 695     }\r
 696 \r
 697     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 698     {\r
 699       return data[row][col];\r
 700     }\r
 701 \r
 702     public Class getColumnClass(int c)\r
 703     {\r
 704       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 705     }\r
 706 \r
 707     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 708     {\r
 709       return col == 0 ? false : true;\r
 710     }\r
 711 \r
 712     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 713     {\r
 714       data[row][col] = value;\r
 715       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 716       updateFeatureRenderer(data);\r
 717     }\r
 718 \r
 719   }\r
 720 \r
 721   class ColorRenderer\r
 722       extends JLabel implements TableCellRenderer\r
 723   {\r
 724     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;\r
 725     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;\r
 726 \r
 727     public ColorRenderer()\r
 728     {\r
 729       setOpaque(true); //MUST do this for background to show up.\r
 730     }\r
 731 \r
 732     public Component getTableCellRendererComponent(\r
 733         JTable table, Object color,\r
 734         boolean isSelected, boolean hasFocus,\r
 735         int row, int column)\r
 736     {\r
 737       Color newColor = (Color) color;\r
 738       setBackground(newColor);\r
 739       if (isSelected)\r
 740       {\r
 741         if (selectedBorder == null)\r
 742         {\r
 743           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,\r
 744               table.getSelectionBackground());\r
 745         }\r
 746         setBorder(selectedBorder);\r
 747       }\r
 748       else\r
 749       {\r
 750         if (unselectedBorder == null)\r
 751         {\r
 752           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,\r
 753               table.getBackground());\r
 754         }\r
 755         setBorder(unselectedBorder);\r
 756       }\r
 757 \r
 758       setToolTipText("RGB value: " + newColor.getRed() + ", "\r
 759                      + newColor.getGreen() + ", "\r
 760                      + newColor.getBlue());\r
 761       return this;\r
 762     }\r
 763   }\r
 764 }\r
 765 \r
 766 class ColorEditor\r
 767     extends AbstractCellEditor implements TableCellEditor,\r
 768     ActionListener\r
 769 {\r
 770   Color currentColor;\r
 771   JButton button;\r
 772   JColorChooser colorChooser;\r
 773   JDialog dialog;\r
 774   protected static final String EDIT = "edit";\r
 775 \r
 776   public ColorEditor()\r
 777   {\r
 778     //Set up the editor (from the table's point of view),\r
 779     //which is a button.\r
 780     //This button brings up the color chooser dialog,\r
 781     //which is the editor from the user's point of view.\r
 782     button = new JButton();\r
 783     button.setActionCommand(EDIT);\r
 784     button.addActionListener(this);\r
 785     button.setBorderPainted(false);\r
 786     //Set up the dialog that the button brings up.\r
 787     colorChooser = new JColorChooser();\r
 788     dialog = JColorChooser.createDialog(button,\r
 789                                         "Select new Colour",\r
 790                                         true, //modal\r
 791                                         colorChooser,\r
 792                                         this, //OK button handler\r
 793                                         null); //no CANCEL button handler\r
 794   }\r
 795 \r
 796   /**\r
 797    * Handles events from the editor button and from\r
 798    * the dialog's OK button.\r
 799    */\r
 800   public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 801   {\r
 802 \r
 803     if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))\r
 804     {\r
 805       //The user has clicked the cell, so\r
 806       //bring up the dialog.\r
 807       button.setBackground(currentColor);\r
 808       colorChooser.setColor(currentColor);\r
 809       dialog.setVisible(true);\r
 810 \r
 811       //Make the renderer reappear.\r
 812       fireEditingStopped();\r
 813 \r
 814     }\r
 815     else\r
 816     { //User pressed dialog's "OK" button.\r
 817       currentColor = colorChooser.getColor();\r
 818     }\r
 819   }\r
 820 \r
 821   //Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.\r
 822   public Object getCellEditorValue()\r
 823   {\r
 824     return currentColor;\r
 825   }\r
 826 \r
 827   //Implement the one method defined by TableCellEditor.\r
 828   public Component getTableCellEditorComponent(JTable table,\r
 829                                                Object value,\r
 830                                                boolean isSelected,\r
 831                                                int row,\r
 832                                                int column)\r
 833   {\r
 834     currentColor = (Color) value;\r
 835     return button;\r
 836   }\r
 837 }\r