src/jalview/gui/OverviewCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.renderer.OverviewRenderer;
  25 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.image.BufferedImage;
  31
  32 import javax.swing.JComponent;
  33
  34 public class OverviewCanvas extends JComponent
  35 {
  36   private static final Color TRANS_GREY = new Color(100, 100, 100, 25);
  37
  38   // This is set true if the alignment view changes whilst
  39   // the overview is being calculated
  40   private volatile boolean restart = false;
  41
  42   private volatile boolean updaterunning = false;
  43
  44   private BufferedImage miniMe;
  45
  46   private BufferedImage lastMiniMe = null;
  47
  48   // Can set different properties in this seqCanvas than
  49   // main visible SeqCanvas
  50   private SequenceRenderer sr;
  51
  52   private jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
  53
  54   private OverviewDimensions od;
  55
  56   private OverviewRenderer or = null;
  57
  58   private AlignViewportI av;
  59
  60   public OverviewCanvas(OverviewDimensions overviewDims,
  61           AlignViewportI alignvp)
  62   {
  63     od = overviewDims;
  64     av = alignvp;
  65
  66     sr = new SequenceRenderer(av);
  67     sr.renderGaps = false;
  68     // sr.forOverview = true;
  69     fr = new jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer(av);
  70   }
  71
  72   /**
  73    * Update the overview dimensions object used by the canvas (e.g. if we change
  74    * from showing hidden columns to hiding them or vice versa)
  75    *
  76    * @param overviewDims
  77    */
  78   public void resetOviewDims(OverviewDimensions overviewDims)
  79   {
  80     od = overviewDims;
  81   }
  82
  83   /**
  84    * Signals to drawing code that the associated alignment viewport has changed
  85    * and a redraw will be required
  86    */
  87   public boolean restartDraw()
  88   {
  89     synchronized (this)
  90     {
  91       if (updaterunning)
  92       {
  93         restart = true;
  94         if (or != null)
  95         {
  96           or.setRedraw(true);
  97         }
  98       }
  99       else
 100       {
 101         updaterunning = true;
 102       }
 103       return restart;
 104     }
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Draw the overview sequences
 109    *
 110    * @param showSequenceFeatures
 111    *          true if sequence features are to be shown
 112    * @param showAnnotation
 113    *          true if the annotation is to be shown
 114    * @param transferRenderer
 115    *          the renderer to transfer feature colouring from
 116    */
 117   public void draw(boolean showSequenceFeatures, boolean showAnnotation,
 118           FeatureRenderer transferRenderer)
 119   {
 120     miniMe = null;
 121
 122     if (showSequenceFeatures)
 123     {
 124       fr.transferSettings(transferRenderer);
 125     }
 126
 127     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 128
 129     or = new OverviewRenderer(fr, od, av.getAlignment(),
 130             av.getResidueShading());
 131     miniMe = or.draw(od.getRows(av.getAlignment()),
 132             od.getColumns(av.getAlignment()));
 133
 134     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 135
 136     if (showAnnotation)
 137     {
 138       mg.translate(0, od.getSequencesHeight());
 139       or.drawGraph(mg, av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 140               av.getCharWidth(), od.getGraphHeight(),
 141               od.getColumns(av.getAlignment()));
 142       mg.translate(0, -od.getSequencesHeight());
 143     }
 144     System.gc();
 145
 146     if (restart)
 147     {
 148       restart = false;
 149       draw(showSequenceFeatures, showAnnotation, transferRenderer);
 150     }
 151     else
 152     {
 153       updaterunning = false;
 154       lastMiniMe = miniMe;
 155     }
 156   }
 157
 158   @Override
 159   public void paintComponent(Graphics g)
 160   {
 161     if (restart)
 162     {
 163       if (lastMiniMe == null)
 164       {
 165         g.setColor(Color.white);
 166         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 167       }
 168       else
 169       {
 170         g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, getWidth(), getHeight(), this);
 171       }
 172       g.setColor(TRANS_GREY);
 173       g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 174     }
 175     else if (lastMiniMe != null)
 176     {
 177       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, this);
 178       if (lastMiniMe != miniMe)
 179       {
 180         g.setColor(TRANS_GREY);
 181         g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());
 182       }
 183     }
 184
 185     g.setColor(Color.red);
 186     od.drawBox(g);
 187   }
 188
 189 }