src/jalview/gui/OverviewCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.renderer.OverviewRenderer;
  27 import jalview.renderer.OverviewResColourFinder;
  28 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  29
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.image.BufferedImage;
  34
  35 import javax.swing.JPanel;
  36
  37 @SuppressWarnings("serial")
  38 public class OverviewCanvas extends JPanel
  39 {
  40   private static final Color TRANS_GREY = new Color(100, 100, 100, 25);
  41
  42   // This is set true if the alignment view changes whilst
  43   // the overview is being calculated
  44   private volatile boolean restart = false;
  45
  46   private volatile boolean updaterunning = false;
  47
  48   private boolean disposed = false;
  49
  50   private BufferedImage lastMiniMe = null;
  51
  52   // Can set different properties in this seqCanvas than
  53   // main visible SeqCanvas
  54   private SequenceRenderer sr;
  55
  56   private jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
  57
  58   private OverviewDimensions od;
  59
  60   private OverviewRenderer or = null;
  61
  62   private AlignViewportI av;
  63
  64   private OverviewResColourFinder cf;
  65
  66   private ProgressPanel progressPanel;
  67
  68   private boolean showSequenceFeatures;
  69
  70   private boolean showAnnotation;
  71
  72   private jalview.api.FeatureRenderer featureRenderer;
  73
  74   private OverviewPanel panel;
  75
  76   private boolean showProgress;
  77
  78   public OverviewCanvas(OverviewPanel panel,
  79           OverviewDimensions overviewDims,
  80           AlignViewportI alignvp, ProgressPanel pp)
  81   {
  82     this.panel = panel;
  83     od = overviewDims;
  84     lastMiniMe = null;
  85     av = alignvp;
  86     progressPanel = pp;
  87     showProgress = (pp != null);
  88     sr = new SequenceRenderer(av);
  89     sr.renderGaps = false;
  90     fr = new jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer(av);
  91
  92     boolean useLegacy = Cache.getDefault(Preferences.USE_LEGACY_GAP, false);
  93     Color gapCol = Cache.getDefaultColour(Preferences.GAP_COLOUR,
  94             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
  95     Color hiddenCol = Cache.getDefaultColour(Preferences.HIDDEN_COLOUR,
  96             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
  97     cf = new OverviewResColourFinder(useLegacy, gapCol, hiddenCol);
  98
  99     setSize(od.getWidth(), od.getHeight());
 100     setPreferredSize(getSize()); // BH 2019.07.29 added
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Update the overview dimensions object used by the canvas (e.g. if we change
 105    * from showing hidden columns to hiding them or vice versa)
 106    *
 107    * @param overviewDims
 108    */
 109   public void resetOviewDims(OverviewDimensions overviewDims)
 110   {
 111     od = overviewDims;
 112     lastMiniMe = null;
 113   }
 114
 115   /**
 116    * Signals to drawing code that the associated alignment viewport has changed
 117    * and a redraw will be required
 118    */
 119   public boolean restartDraw()
 120   {
 121     synchronized (this)
 122     {
 123       if (updaterunning)
 124       {
 125         setRestart("restartDraw");
 126       }
 127       else
 128       {
 129         updaterunning = true;
 130         restart = false;
 131       }
 132       return restart;
 133     }
 134   }
 135
 136   private void setRestart(String why)
 137   {
 138     // System.out.println("OC restart true " + why);
 139     restart = true;
 140     if (or != null)
 141     {
 142       or.setRedraw(true);
 143     }
 144   }
 145
 146   /**
 147    * Draw the overview sequences
 148    *
 149    * @param showSequenceFeatures
 150    *          true if sequence features are to be shown
 151    * @param showAnnotation
 152    *          true if the annotation is to be shown
 153    * @param featureRenderer
 154    *          the renderer to transfer feature colouring from
 155    */
 156   public void draw(boolean showSequenceFeatures, boolean showAnnotation,
 157           jalview.api.FeatureRenderer featureRenderer)
 158   {
 159     this.showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
 160     this.showAnnotation = showAnnotation;
 161     this.featureRenderer = featureRenderer;
 162     if (showSequenceFeatures)
 163     {
 164       fr.transferSettings(featureRenderer);
 165     }
 166     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 167     AlignmentI al = av.getAlignment();
 168     or = new OverviewRenderer(panel.ap, fr, od, al, av.getResidueShading(),
 169             cf, showProgress);
 170     if (showProgress)
 171     {
 172       or.addPropertyChangeListener(progressPanel);
 173     }
 174     or.drawMiniMe();
 175   }
 176
 177   synchronized void finalizeDraw(BufferedImage miniMe)
 178   {
 179
 180     if (or == null)
 181     {
 182       System.out.println("OC or is null");
 183     }
 184     else if (showProgress)
 185     {
 186       or.removePropertyChangeListener(progressPanel);
 187     }
 188     if (restart)
 189     {
 190       or = null;
 191       restart = false;
 192       if (!disposed)
 193       {
 194         draw(showSequenceFeatures, showAnnotation, featureRenderer);
 195       }
 196     }
 197     else
 198     {
 199       if (showAnnotation)
 200       {
 201         or.drawGraph(av.getAlignmentConservationAnnotation());
 202       }
 203       or = null;
 204       updaterunning = false;
 205       lastMiniMe = miniMe;
 206       repaint();
 207     }
 208   }
 209
 210   @Override
 211   public void paintComponent(Graphics g)
 212   {
 213
 214     int w = getWidth();
 215     int h = getHeight();
 216     if (w == 0 || od.getBoxWidth() <= 0)
 217     {
 218       // BH 2019.07.27 removes two unnecessary paints, since boxwidth can be -1
 219       // or 0 during early-stage painting
 220       return;
 221     }
 222
 223     boolean drawMe = (lastMiniMe != null);
 224     if (restart)
 225     {
 226       if (drawMe)
 227       {
 228         g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, w, h, this);
 229       }
 230       else
 231       {
 232         g.setColor(Color.white);
 233         g.fillRect(0, 0, w, h);
 234       }
 235       g.setColor(TRANS_GREY);
 236       g.fillRect(0, 0, w, h);
 237       drawMe = false;
 238     }
 239     else if (drawMe)
 240     {
 241       // is this a resize?
 242       if (w != od.getWidth() || h != od.getHeight())
 243       {
 244
 245         lastMiniMe = null;
 246         return;
 247         // // if there is annotation, scale the alignment and annotation
 248         // // separately
 249         // if (od.getGraphHeight() <= 0 && od.getSequencesHeight() <= 0)
 250         // {
 251         // od.setWidth(w);
 252         // od.setHeight(h);
 253         // return;
 254         // }
 255         // try
 256         // {
 257         // BufferedImage topImage = lastMiniMe.getSubimage(0, 0,
 258         // od.getWidth(), od.getSequencesHeight());
 259         //
 260         // BufferedImage bottomImage = lastMiniMe.getSubimage(0,
 261         // od.getSequencesHeight(), od.getWidth(),
 262         // od.getGraphHeight());
 263         //
 264         // // must be done at this point as we rely on using old width/height
 265         // // above, and new width/height below
 266         // od.setWidth(w);
 267         // od.setHeight(h);
 268         //
 269         // // stick the images back together so lastMiniMe is consistent in the
 270         // // event of a repaint - BUT probably not thread safe
 271         //
 272         // // right -- this fails with fast user action.
 273         //
 274         // lastMiniMe = new BufferedImage(w, h, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 275         // Graphics lg = lastMiniMe.getGraphics();
 276         // lg.drawImage(topImage, 0, 0, w, od.getSequencesHeight(), null);
 277         // lg.drawImage(bottomImage, 0, od.getSequencesHeight(), w,
 278         // od.getGraphHeight(), this);
 279         // lg.dispose();
 280         //
 281         // } catch (RasterFormatException e)
 282         // {
 283         // System.out.println("OC Raster Exception " + lastMiniMe.getWidth()
 284         // + "/" + w + "," + lastMiniMe.getHeight() + "/" + h + " "
 285         // + od.getSequencesHeight() + " " + od.getGraphHeight());
 286         // }
 287         // BH 2019: removed -- this is now taken care of using vpbox in
 288         // OverviewDimension
 289         // // make sure the box is in the right place
 290         // od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 291         // av.getAlignment().getHiddenColumns());
 292       }
 293     }
 294
 295     if (drawMe)
 296     {
 297       g.drawImage(lastMiniMe, 0, 0, w, h, this);
 298     }
 299     // draw the box
 300     g.setColor(Color.red);
 301     // System.out.println("OC paintComponent nd=" + ndraw + " nr=" + nrepaint
 302     // + " np=" + ++npaint);
 303     od.drawBox(g);
 304   }
 305
 306   private int ndraw, npaint, nrepaint;
 307
 308   // @Override
 309   // public void repaint()
 310   // {
 311   // System.out.println("OC repaint " + (++nrepaint));
 312   // super.repaint();
 313   // }
 314
 315   public void dispose()
 316   {
 317     disposed = true;
 318     od = null;
 319     lastMiniMe = null;
 320     synchronized (this)
 321     {
 322       setRestart("dispose");
 323     }
 324   }
 325
 326 }