src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.util.MessageManager;
  24 import jalview.util.Platform;
  25 import jalview.viewmodel.OverviewDimensions;
  26 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsHideHidden;
  27 import jalview.viewmodel.OverviewDimensionsShowHidden;
  28 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  29
  30 import java.awt.BorderLayout;
  31 import java.awt.Cursor;
  32 import java.awt.Dimension;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  36 import java.awt.event.ComponentEvent;
  37 import java.awt.event.MouseAdapter;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  40 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  41
  42 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  43 import javax.swing.JPanel;
  44 import javax.swing.JPopupMenu;
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46
  47 /**
  48  * Panel displaying an overview of the full alignment, with an interactive box
  49  * representing the viewport onto the alignment.
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable,
  55         ViewportListenerI
  56 {
  57   private OverviewDimensions od;
  58
  59   private OverviewCanvas oviewCanvas;
  60
  61   private AlignViewport av;
  62
  63   private AlignmentPanel ap;
  64
  65   private JCheckBoxMenuItem displayToggle;
  66
  67   private boolean showHidden = true;
  68
  69   private boolean draggingBox = false;
  70
  71   /**
  72    * Creates a new OverviewPanel object.
  73    *
  74    * @param alPanel
  75    *          The alignment panel which is shown in the overview panel
  76    */
  77   public OverviewPanel(AlignmentPanel alPanel)
  78   {
  79     this.av = alPanel.av;
  80     this.ap = alPanel;
  81
  82     od = new OverviewDimensionsShowHidden(av.getRanges(),
  83             (av.isShowAnnotation() && av
  84                     .getAlignmentConservationAnnotation() != null));
  85
  86     setSize(od.getWidth(), od.getHeight());
  87
  88     oviewCanvas = new OverviewCanvas(od, av);
  89     setLayout(new BorderLayout());
  90     add(oviewCanvas, BorderLayout.CENTER);
  91
  92     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  93
  94     addComponentListener(new ComponentAdapter()
  95     {
  96       @Override
  97       public void componentResized(ComponentEvent evt)
  98       {
  99         if ((getWidth() != od.getWidth())
 100                 || (getHeight() != (od.getHeight())))
 101         {
 102           updateOverviewImage();
 103           setBoxPosition();
 104         }
 105       }
 106     });
 107
 108     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 109     {
 110       @Override
 111       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 112       {
 113         if (!SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 114         {
 115           if (draggingBox)
 116           {
 117             // set the mouse position as a fixed point in the box
 118             // and drag relative to that position
 119             od.adjustViewportFromMouse(evt.getX(),
 120                     evt.getY(), av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 121                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 122           }
 123           else
 124           {
 125             od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(), av
 126                   .getAlignment().getHiddenSequences(), av.getAlignment()
 127                   .getHiddenColumns());
 128           }
 129         }
 130       }
 131
 132       @Override
 133       public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 134       {
 135         if (od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 136         {
 137           // display drag cursor at mouse position
 138           setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.MOVE_CURSOR));
 139         }
 140         else
 141         {
 142           // reset cursor
 143           setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR));
 144         }
 145       }
 146     });
 147
 148     addMouseListener(new MouseAdapter()
 149     {
 150       @Override
 151       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 152       {
 153         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 154         {
 155           if (!Platform.isAMac())
 156           {
 157             showPopupMenu(evt);
 158           }
 159         }
 160         else
 161         // if (!av.getWrapAlignment())
 162         {
 163           if (!od.isPositionInBox(evt.getX(), evt.getY()))
 164           {
 165             // don't do anything if the mouse press is in the overview's box
 166             // (wait to see if it's a drag instead)
 167             // otherwise update the viewport
 168             od.updateViewportFromMouse(evt.getX(), evt.getY(),
 169                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 170                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 171           }
 172           else
 173           {
 174             draggingBox = true;
 175             od.setDragPoint(evt.getX(), evt.getY(),
 176                     av.getAlignment().getHiddenSequences(),
 177                     av.getAlignment().getHiddenColumns());
 178           }
 179         }
 180       }
 181
 182       @Override
 183       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 184       {
 185         if (draggingBox)
 186         {
 187           draggingBox = false;
 188         }
 189       }
 190
 191       @Override
 192       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 193       {
 194         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 195         {
 196           showPopupMenu(evt);
 197         }
 198       }
 199     });
 200
 201     updateOverviewImage();
 202   }
 203
 204   /*
 205    * Displays the popup menu and acts on user input
 206    */
 207   private void showPopupMenu(MouseEvent e)
 208   {
 209     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 210     ActionListener menuListener = new ActionListener()
 211     {
 212       @Override
 213       public void actionPerformed(ActionEvent event)
 214       {
 215         // switch on/off the hidden columns view
 216         toggleHiddenColumns();
 217         displayToggle.setSelected(showHidden);
 218       }
 219     };
 220     displayToggle = new JCheckBoxMenuItem(
 221             MessageManager.getString("label.togglehidden"));
 222     displayToggle.setEnabled(true);
 223     displayToggle.setSelected(showHidden);
 224     popup.add(displayToggle);
 225     displayToggle.addActionListener(menuListener);
 226     popup.show(this, e.getX(), e.getY());
 227   }
 228
 229   /*
 230    * Toggle overview display between showing hidden columns and hiding hidden columns
 231    */
 232   private void toggleHiddenColumns()
 233   {
 234     if (showHidden)
 235     {
 236       showHidden = false;
 237       od = new OverviewDimensionsHideHidden(av.getRanges(),
 238               (av.isShowAnnotation() && av
 239                       .getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 240     }
 241     else
 242     {
 243       showHidden = true;
 244       od = new OverviewDimensionsShowHidden(av.getRanges(),
 245               (av.isShowAnnotation() && av
 246                       .getAlignmentConservationAnnotation() != null));
 247     }
 248     oviewCanvas.resetOviewDims(od);
 249     updateOverviewImage();
 250     setBoxPosition();
 251   }
 252
 253   /**
 254    * Updates the overview image when the related alignment panel is updated
 255    */
 256   public void updateOverviewImage()
 257   {
 258     if (oviewCanvas == null)
 259     {
 260       /*
 261        * panel has been disposed
 262        */
 263       return;
 264     }
 265
 266     if ((getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))
 267     {
 268       od.setWidth(getWidth());
 269       od.setHeight(getHeight());
 270     }
 271
 272     setPreferredSize(new Dimension(od.getWidth(), od.getHeight()));
 273
 274     if (oviewCanvas.restartDraw())
 275     {
 276       return;
 277     }
 278
 279     Thread thread = new Thread(this);
 280     thread.start();
 281     repaint();
 282   }
 283
 284   @Override
 285   public void run()
 286   {
 287     oviewCanvas.draw(av.isShowSequenceFeatures(),
 288             (av.isShowAnnotation() && av
 289                     .getAlignmentConservationAnnotation() != null), ap
 290                     .getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer());
 291     setBoxPosition();
 292   }
 293
 294   /**
 295    * Update the overview panel box when the associated alignment panel is
 296    * changed
 297    *
 298    */
 299   private void setBoxPosition()
 300   {
 301     od.setBoxPosition(av.getAlignment().getHiddenSequences(), av
 302             .getAlignment().getHiddenColumns());
 303     repaint();
 304   }
 305
 306   @Override
 307   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 308   {
 309     setBoxPosition();
 310   }
 311
 312   /**
 313    * Removes this object as a property change listener, and nulls references
 314    */
 315   protected void dispose()
 316   {
 317     try
 318     {
 319       av.getRanges().removePropertyChangeListener(this);
 320     } finally
 321     {
 322       av = null;
 323       oviewCanvas = null;
 324       ap = null;
 325       od = null;
 326     }
 327   }
 328 }