src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.Graphics;
  27 import java.awt.event.ActionEvent;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.awt.print.PageFormat;
  30 import java.awt.print.Printable;
  31 import java.awt.print.PrinterException;
  32 import java.awt.print.PrinterJob;
  33
  34 import javax.swing.ButtonGroup;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  37 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  38 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  39
  40 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  41 import jalview.api.AlignViewportI;
  42 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  43 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  44 import jalview.bin.Console;
  45 import jalview.datamodel.Alignment;
  46 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  47 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  48 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  49 import jalview.datamodel.SequenceI;
  50 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  51 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  52 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  53 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  54 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  55 import jalview.util.ImageMaker;
  56 import jalview.util.MessageManager;
  57 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  58 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  59
  60 /**
  61  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  62  */
  63 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  64         implements Runnable, IProgressIndicator
  65 {
  66   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  67
  68   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  69
  70   private RotatableCanvas rc;
  71
  72   AlignmentPanel ap;
  73
  74   AlignmentViewport av;
  75
  76   private PCAModel pcaModel;
  77
  78   private int top = 0;
  79
  80   private IProgressIndicator progressBar;
  81
  82   private boolean working;
  83
  84   /**
  85    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  86    * name, and score calculation parameters
  87    *
  88    * @param alignPanel
  89    * @param modelName
  90    * @param params
  91    */
  92   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  93           SimilarityParamsI params)
  94   {
  95     super();
  96     this.setFrameIcon(null);
  97     this.av = alignPanel.av;
  98     this.ap = alignPanel;
  99     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 100
 101     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 102
 103     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 104     {
 105       @Override
 106       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 107       {
 108         close_actionPerformed();
 109       }
 110     });
 111
 112     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 113             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 114     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 115     SequenceI[] seqs;
 116     if (!selected)
 117     {
 118       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 119     }
 120     else
 121     {
 122       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 123     }
 124
 125     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 126             .getScoreModel(modelName, ap);
 127     setPcaModel(
 128             new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel, params));
 129     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 130
 131     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 132     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 133
 134     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 135     validate();
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 140    * nulled when the frame is closed
 141    */
 142   protected void close_actionPerformed()
 143   {
 144     setPcaModel(null);
 145     if (this.rc != null)
 146     {
 147       this.rc.sequencePoints = null;
 148       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 149       this.rc = null;
 150     }
 151   }
 152
 153   @Override
 154   protected void bgcolour_actionPerformed()
 155   {
 156     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 157     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 158     {
 159       @Override
 160       public void colourSelected(Color c)
 161       {
 162         rc.setBgColour(c);
 163         rc.repaint();
 164       }
 165     };
 166     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 167             listener);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * Calculates the PCA and displays the results
 172    */
 173   @Override
 174   public void run()
 175   {
 176     working = true;
 177     long progId = System.currentTimeMillis();
 178     IProgressIndicator progress = this;
 179     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 180     if (getParent() == null)
 181     {
 182       progress = ap.alignFrame;
 183       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 184     }
 185     progress.setProgressBar(message, progId);
 186     try
 187     {
 188       getPcaModel().calculate();
 189
 190       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 191       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 192       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 193
 194       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 195       // rc.invalidate();
 196       setTop(getPcaModel().getTop());
 197
 198     } catch (OutOfMemoryError er)
 199     {
 200       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 201       working = false;
 202       return;
 203     } finally
 204     {
 205       progress.setProgressBar("", progId);
 206     }
 207
 208     repaint();
 209     if (getParent() == null)
 210     {
 211       Desktop.addInternalFrame(this,
 212               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 213                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 214               475, 450);
 215       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 216     }
 217     working = false;
 218   }
 219
 220   /**
 221    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 222    * axis
 223    */
 224   @Override
 225   protected void doDimensionChange()
 226   {
 227     if (getTop() == 0)
 228     {
 229       return;
 230     }
 231
 232     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 233     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 234     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 235     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 236     getRotatableCanvas().resetView();
 237   }
 238
 239   /**
 240    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 241    * the given axis (X/Y/Z)
 242    *
 243    * @param index
 244    * @param axis
 245    */
 246   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 247   {
 248     switch (axis)
 249     {
 250     case X:
 251       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 252       break;
 253     case Y:
 254       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 255       break;
 256     case Z:
 257       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 258       break;
 259     default:
 260     }
 261   }
 262
 263   @Override
 264   protected void outputValues_actionPerformed()
 265   {
 266     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 267     try
 268     {
 269       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 270       Desktop.addInternalFrame(cap,
 271               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 272     } catch (OutOfMemoryError oom)
 273     {
 274       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 275       cap.dispose();
 276     }
 277   }
 278
 279   @Override
 280   protected void showLabels_actionPerformed()
 281   {
 282     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 283   }
 284
 285   @Override
 286   protected void print_actionPerformed()
 287   {
 288     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 289     printer.start();
 290   }
 291
 292   /**
 293    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 294    * alignment
 295    */
 296   @Override
 297   public void originalSeqData_actionPerformed()
 298   {
 299     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 300     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 301     {
 302       Console.info(
 303               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 304       return;
 305     }
 306     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 307     // warrant a new window to be created
 308     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 309     // yields unaligned seqs)
 310     // or create a selection box around columns in alignment view
 311     // test Alignment(SeqCigar[])
 312     char gc = '-';
 313     try
 314     {
 315       // we try to get the associated view's gap character
 316       // but this may fail if the view was closed...
 317       gc = av.getGapCharacter();
 318     } catch (Exception ex)
 319     {
 320     }
 321
 322     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 323             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 324
 325     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 326     {
 327       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 328
 329       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 330       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 331               ? av.getAlignment().getDataset()
 332               : null;
 333       if (dataset != null)
 334       {
 335         al.setDataset(dataset);
 336       }
 337
 338       if (true)
 339       {
 340         // make a new frame!
 341         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 342                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 343
 344         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 345         // found!!<<<
 346         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 347
 348         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 349         // msaorder);
 350
 351         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 352                 "label.original_data_for_params", new String[]
 353                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 354                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 355       }
 356     }
 357     /*
 358      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 359      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 360      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 361      * "\n"); }
 362      *
 363      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 364      */
 365   }
 366
 367   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 368   {
 369     @Override
 370     public void run()
 371     {
 372       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 373       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 374       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 375
 376       if (defaultPage == pf)
 377       {
 378         /*
 379          * user cancelled
 380          */
 381         return;
 382       }
 383
 384       printJob.setPrintable(this, pf);
 385
 386       if (printJob.printDialog())
 387       {
 388         try
 389         {
 390           printJob.print();
 391         } catch (Exception PrintException)
 392         {
 393           PrintException.printStackTrace();
 394         }
 395       }
 396     }
 397
 398     @Override
 399     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 400             throws PrinterException
 401     {
 402       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 403
 404       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 405       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 406       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 407       {
 408         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 409       }
 410
 411       if (pi == 0)
 412       {
 413         return Printable.PAGE_EXISTS;
 414       }
 415       else
 416       {
 417         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 418       }
 419     }
 420   }
 421
 422   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 423   {
 424     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 425     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 426     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 427     {
 428       @Override
 429       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 430       {
 431         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 432         canvas.drawBackground(g);
 433         canvas.drawScene(g);
 434         if (canvas.drawAxes)
 435         {
 436           canvas.drawAxes(g);
 437         }
 438       }
 439     };
 440     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 441     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 442     try {
 443       exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 444     } catch (ImageOutputException ioex) {
 445       Console.error("Unexpected error whilst writing "+type.toString(),ioex);
 446     }
 447   }
 448
 449   @Override
 450   protected void viewMenu_menuSelected()
 451   {
 452     buildAssociatedViewMenu();
 453   }
 454
 455   /**
 456    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 457    * sequence data) to which the PCA may be linked
 458    */
 459   void buildAssociatedViewMenu()
 460   {
 461     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 462             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 463     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 464     {
 465       associateViewsMenu.setVisible(false);
 466       return;
 467     }
 468
 469     associateViewsMenu.setVisible(true);
 470
 471     if ((viewMenu
 472             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 473     {
 474       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 475     }
 476
 477     associateViewsMenu.removeAll();
 478
 479     JRadioButtonMenuItem item;
 480     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 481     int iSize = aps.length;
 482
 483     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 484     {
 485       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 486       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 487               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 488       buttonGroup.add(item);
 489       item.addActionListener(new ActionListener()
 490       {
 491         @Override
 492         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 493         {
 494           selectAssociatedView(panel);
 495         }
 496       });
 497
 498       associateViewsMenu.add(item);
 499     }
 500
 501     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 502             "All Views");
 503
 504     buttonGroup.add(itemf);
 505
 506     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 507     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 508     {
 509       @Override
 510       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 511       {
 512         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 513       }
 514     });
 515     associateViewsMenu.add(itemf);
 516
 517   }
 518
 519   /*
 520    * (non-Javadoc)
 521    *
 522    * @see
 523    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 524    * )
 525    */
 526   @Override
 527   protected void outputPoints_actionPerformed()
 528   {
 529     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 530     try
 531     {
 532       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 533               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 534               zCombobox.getSelectedIndex()));
 535       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 536               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 537               { this.getTitle() }), 500, 500);
 538     } catch (OutOfMemoryError oom)
 539     {
 540       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 541       cap.dispose();
 542     }
 543   }
 544
 545   /*
 546    * (non-Javadoc)
 547    *
 548    * @see
 549    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 550    * .ActionEvent)
 551    */
 552   @Override
 553   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 554   {
 555     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 556     try
 557     {
 558       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 559               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 560               zCombobox.getSelectedIndex()));
 561       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 562               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 563               { this.getTitle() }), 500, 500);
 564     } catch (OutOfMemoryError oom)
 565     {
 566       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 567       cap.dispose();
 568     }
 569   }
 570
 571   /*
 572    * (non-Javadoc)
 573    *
 574    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 575    */
 576   @Override
 577   public void setProgressBar(String message, long id)
 578   {
 579     progressBar.setProgressBar(message, id);
 580     // if (progressBars == null)
 581     // {
 582     // progressBars = new Hashtable();
 583     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 584     // }
 585     //
 586     // JPanel progressPanel;
 587     // Long lId = Long.valueOf(id);
 588     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 589     // if (progressBars.get(lId) != null)
 590     // {
 591     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 592     // statusPanel.remove(progressPanel);
 593     // progressBars.remove(lId);
 594     // progressPanel = null;
 595     // if (message != null)
 596     // {
 597     // statusBar.setText(message);
 598     // }
 599     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 600     // {
 601     // progressBarHandlers.remove(lId);
 602     // }
 603     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 604     // }
 605     // else
 606     // {
 607     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 608     //
 609     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 610     // progressBar.setIndeterminate(true);
 611     //
 612     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 613     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 614     //
 615     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 616     // statusPanel.add(progressPanel);
 617     //
 618     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 619     // }
 620     // // update GUI
 621     // // setMenusForViewport();
 622     // validate();
 623   }
 624
 625   @Override
 626   public void registerHandler(final long id,
 627           final IProgressIndicatorHandler handler)
 628   {
 629     progressBar.registerHandler(id, handler);
 630     // if (progressBarHandlers == null ||
 631     // !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 632     // {
 633     // throw new
 634     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 635     // }
 636     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 637     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 638     // if (handler.canCancel())
 639     // {
 640     // JButton cancel = new JButton(
 641     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 642     // final IProgressIndicator us = this;
 643     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 644     // {
 645     //
 646     // @Override
 647     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 648     // {
 649     // handler.cancelActivity(id);
 650     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 651     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 652     // }
 653     // });
 654     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 655     // }
 656   }
 657
 658   /**
 659    *
 660    * @return true if any progress bars are still active
 661    */
 662   @Override
 663   public boolean operationInProgress()
 664   {
 665     return progressBar.operationInProgress();
 666   }
 667
 668   @Override
 669   protected void resetButton_actionPerformed()
 670   {
 671     int t = getTop();
 672     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 673     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 674     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 675     setTop(t);
 676     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 677   }
 678
 679   /**
 680    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 681    *
 682    * @return
 683    */
 684   public boolean isWorking()
 685   {
 686     return working;
 687   }
 688
 689   /**
 690    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 691    * Z axis of the display
 692    *
 693    * @param axis
 694    * @return
 695    */
 696   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 697   {
 698     switch (axis)
 699     {
 700     case X:
 701       return xCombobox.getSelectedIndex();
 702     case Y:
 703       return yCombobox.getSelectedIndex();
 704     default:
 705       return zCombobox.getSelectedIndex();
 706     }
 707   }
 708
 709   public void setShowLabels(boolean show)
 710   {
 711     showLabels.setSelected(show);
 712   }
 713
 714   /**
 715    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 716    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 717    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 718    *
 719    * @param data
 720    */
 721   public void setInputData(AlignmentView data)
 722   {
 723     getPcaModel().setInputData(data);
 724     originalSeqData.setVisible(data != null);
 725   }
 726
 727   public AlignViewportI getAlignViewport()
 728   {
 729     return av;
 730   }
 731
 732   public PCAModel getPcaModel()
 733   {
 734     return pcaModel;
 735   }
 736
 737   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 738   {
 739     this.pcaModel = pcaModel;
 740   }
 741
 742   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 743   {
 744     return rc;
 745   }
 746
 747   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 748   {
 749     this.rc = rc;
 750   }
 751
 752   public int getTop()
 753   {
 754     return top;
 755   }
 756
 757   public void setTop(int top)
 758   {
 759     this.top = top;
 760   }
 761
 762   /**
 763    * set the associated view for this PCA.
 764    *
 765    * @param panel
 766    */
 767   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 768   {
 769     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 770
 771     ap = panel;
 772     av = panel.av;
 773
 774     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 775     getRotatableCanvas().ap = panel;
 776     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 777   }
 778 }