src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  34 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  38 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  39
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Dimension;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.print.PageFormat;
  47 import java.awt.print.Printable;
  48 import java.awt.print.PrinterException;
  49 import java.awt.print.PrinterJob;
  50
  51 import javax.swing.ButtonGroup;
  52 import javax.swing.JColorChooser;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  57
  58 /**
  59  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  60  */
  61 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  62         implements Runnable, IProgressIndicator
  63 {
  64   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  65
  66   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  67
  68   private RotatableCanvas rc;
  69
  70   AlignmentPanel ap;
  71
  72   AlignmentViewport av;
  73
  74   private PCAModel pcaModel;
  75
  76   private int top = 0;
  77
  78   private IProgressIndicator progressBar;
  79
  80   private boolean working;
  81
  82   /**
  83    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  84    * name, and score calculation parameters
  85    *
  86    * @param alignPanel
  87    * @param modelName
  88    * @param params
  89    */
  90   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  91           SimilarityParamsI params)
  92   {
  93     super();
  94     this.av = alignPanel.av;
  95     this.ap = alignPanel;
  96     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  97
  98     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  99
 100     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 101     {
 102       @Override
 103       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 104       {
 105         close_actionPerformed();
 106       }
 107     });
 108
 109     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 110             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 111     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 112     SequenceI[] seqs;
 113     if (!selected)
 114     {
 115       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 116     }
 117     else
 118     {
 119       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 120     }
 121
 122     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 123             .getScoreModel(modelName, ap);
 124     setPcaModel(new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 125             params));
 126     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 127
 128     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 129     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 130
 131     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 132     validate();
 133
 134     this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 139    * nulled when the frame is closed
 140    */
 141   protected void close_actionPerformed()
 142   {
 143     setPcaModel(null);
 144   }
 145
 146   @Override
 147   protected void bgcolour_actionPerformed()
 148   {
 149     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 150             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 151             getRotatableCanvas().getBgColour());
 152
 153     if (col != null)
 154     {
 155       getRotatableCanvas().setBgColour(col);
 156     }
 157     getRotatableCanvas().repaint();
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Calculates the PCA and displays the results
 162    */
 163   @Override
 164   public void run()
 165   {
 166     working = true;
 167     long progId = System.currentTimeMillis();
 168     IProgressIndicator progress = this;
 169     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 170     if (getParent() == null)
 171     {
 172       progress = ap.alignFrame;
 173       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 174     }
 175     progress.setProgressBar(message, progId);
 176     try
 177     {
 178       getPcaModel().calculate();
 179
 180       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 181       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 182       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 183
 184       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 185       // rc.invalidate();
 186       setTop(getPcaModel().getTop());
 187
 188     } catch (OutOfMemoryError er)
 189     {
 190       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 191       working = false;
 192       return;
 193     } finally
 194     {
 195       progress.setProgressBar("", progId);
 196     }
 197
 198     repaint();
 199     if (getParent() == null)
 200     {
 201       Desktop.addInternalFrame(this,
 202               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 203                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 204               475, 450);
 205     }
 206     working = false;
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 211    * axis
 212    */
 213   @Override
 214   protected void doDimensionChange()
 215   {
 216     if (getTop() == 0)
 217     {
 218       return;
 219     }
 220
 221     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 222     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 223     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 224     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 225     getRotatableCanvas().resetView();
 226   }
 227
 228   /**
 229    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 230    * the given axis (X/Y/Z)
 231    *
 232    * @param index
 233    * @param axis
 234    */
 235   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 236   {
 237     switch (axis)
 238     {
 239     case X:
 240       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 241       break;
 242     case Y:
 243       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 244       break;
 245     case Z:
 246       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 247       break;
 248     default:
 249     }
 250   }
 251
 252   @Override
 253   protected void outputValues_actionPerformed()
 254   {
 255     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 256     try
 257     {
 258       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 259       Desktop.addInternalFrame(cap,
 260               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 261     } catch (OutOfMemoryError oom)
 262     {
 263       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 264       cap.dispose();
 265     }
 266   }
 267
 268   @Override
 269   protected void showLabels_actionPerformed()
 270   {
 271     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 272   }
 273
 274   @Override
 275   protected void print_actionPerformed()
 276   {
 277     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 278     printer.start();
 279   }
 280
 281   /**
 282    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 283    * alignment
 284    */
 285   @Override
 286   public void originalSeqData_actionPerformed()
 287   {
 288     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 289     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 290     {
 291       Cache.log.info(
 292               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 293       return;
 294     }
 295     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 296     // warrant a new window to be created
 297     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 298     // yields unaligned seqs)
 299     // or create a selection box around columns in alignment view
 300     // test Alignment(SeqCigar[])
 301     char gc = '-';
 302     try
 303     {
 304       // we try to get the associated view's gap character
 305       // but this may fail if the view was closed...
 306       gc = av.getGapCharacter();
 307     } catch (Exception ex)
 308     {
 309     }
 310
 311     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 312             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 313
 314     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 315     {
 316       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 317
 318       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 319       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 320               ? av.getAlignment().getDataset()
 321               : null;
 322       if (dataset != null)
 323       {
 324         al.setDataset(dataset);
 325       }
 326
 327       if (true)
 328       {
 329         // make a new frame!
 330         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 331                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 332
 333         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 334         // found!!<<<
 335         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 336
 337         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 338         // msaorder);
 339
 340         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 341                 "label.original_data_for_params", new String[]
 342                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 343                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 344       }
 345     }
 346     /*
 347      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 348      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 349      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 350      * "\n"); }
 351      *
 352      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 353      */
 354   }
 355
 356   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 357   {
 358     @Override
 359     public void run()
 360     {
 361       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 362       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 363       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 364
 365       if (defaultPage == pf)
 366       {
 367         /*
 368          * user cancelled
 369          */
 370         return;
 371       }
 372
 373       printJob.setPrintable(this, pf);
 374
 375       if (printJob.printDialog())
 376       {
 377         try
 378         {
 379           printJob.print();
 380         } catch (Exception PrintException)
 381         {
 382           PrintException.printStackTrace();
 383         }
 384       }
 385     }
 386
 387     @Override
 388     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 389             throws PrinterException
 390     {
 391       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 392
 393       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 394       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 395       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 396       {
 397         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 398       }
 399
 400       if (pi == 0)
 401       {
 402         return Printable.PAGE_EXISTS;
 403       }
 404       else
 405       {
 406         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 407       }
 408     }
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Handler for 'Save as EPS' option
 413    */
 414   @Override
 415   protected void eps_actionPerformed()
 416   {
 417     makePCAImage(ImageMaker.TYPE.EPS);
 418   }
 419
 420   /**
 421    * Handler for 'Save as PNG' option
 422    */
 423   @Override
 424   protected void png_actionPerformed()
 425   {
 426     makePCAImage(ImageMaker.TYPE.PNG);
 427   }
 428
 429   void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 430   {
 431     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 432     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 433
 434     ImageMaker im;
 435
 436     switch (type)
 437     {
 438     case PNG:
 439       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.PNG,
 440               "Make PNG image from PCA", width, height, null, null, null, 0,
 441               false);
 442       break;
 443     case EPS:
 444       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
 445               "Make EPS file from PCA", width, height, null,
 446               this.getTitle(), null, 0, false);
 447       break;
 448     default:
 449       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.SVG,
 450               "Make SVG file from PCA", width, height, null,
 451               this.getTitle(), null, 0, false);
 452     }
 453
 454     if (im.getGraphics() != null)
 455     {
 456       getRotatableCanvas().drawBackground(im.getGraphics());
 457       getRotatableCanvas().drawScene(im.getGraphics());
 458       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 459       {
 460         getRotatableCanvas().drawAxes(im.getGraphics());
 461       }
 462       im.writeImage();
 463     }
 464   }
 465
 466   @Override
 467   protected void viewMenu_menuSelected()
 468   {
 469     buildAssociatedViewMenu();
 470   }
 471
 472   /**
 473    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 474    * sequence data) to which the PCA may be linked
 475    */
 476   void buildAssociatedViewMenu()
 477   {
 478     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 479             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 480     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 481     {
 482       associateViewsMenu.setVisible(false);
 483       return;
 484     }
 485
 486     associateViewsMenu.setVisible(true);
 487
 488     if ((viewMenu
 489             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 490     {
 491       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 492     }
 493
 494     associateViewsMenu.removeAll();
 495
 496     JRadioButtonMenuItem item;
 497     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 498     int iSize = aps.length;
 499
 500     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 501     {
 502       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 503       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 504               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 505       buttonGroup.add(item);
 506       item.addActionListener(new ActionListener()
 507       {
 508         @Override
 509         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 510         {
 511           getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 512           getRotatableCanvas().av = panel.av;
 513           getRotatableCanvas().ap = panel;
 514           PaintRefresher.Register(PCAPanel.this,
 515                   panel.av.getSequenceSetId());
 516         }
 517       });
 518
 519       associateViewsMenu.add(item);
 520     }
 521
 522     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 523             "All Views");
 524
 525     buttonGroup.add(itemf);
 526
 527     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 528     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 529     {
 530       @Override
 531       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 532       {
 533         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 534       }
 535     });
 536     associateViewsMenu.add(itemf);
 537
 538   }
 539
 540   /*
 541    * (non-Javadoc)
 542    *
 543    * @see
 544    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 545    * )
 546    */
 547   @Override
 548   protected void outputPoints_actionPerformed()
 549   {
 550     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 551     try
 552     {
 553       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 554               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 555               zCombobox.getSelectedIndex()));
 556       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 557               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 558               { this.getTitle() }), 500, 500);
 559     } catch (OutOfMemoryError oom)
 560     {
 561       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 562       cap.dispose();
 563     }
 564   }
 565
 566   /*
 567    * (non-Javadoc)
 568    *
 569    * @see
 570    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 571    * .ActionEvent)
 572    */
 573   @Override
 574   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 575   {
 576     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 577     try
 578     {
 579       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 580               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 581               zCombobox.getSelectedIndex()));
 582       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 583               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 584               { this.getTitle() }), 500, 500);
 585     } catch (OutOfMemoryError oom)
 586     {
 587       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 588       cap.dispose();
 589     }
 590   }
 591
 592   /*
 593    * (non-Javadoc)
 594    *
 595    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 596    */
 597   @Override
 598   public void setProgressBar(String message, long id)
 599   {
 600     progressBar.setProgressBar(message, id);
 601     // if (progressBars == null)
 602     // {
 603     // progressBars = new Hashtable();
 604     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 605     // }
 606     //
 607     // JPanel progressPanel;
 608     // Long lId = new Long(id);
 609     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 610     // if (progressBars.get(lId) != null)
 611     // {
 612     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 613     // statusPanel.remove(progressPanel);
 614     // progressBars.remove(lId);
 615     // progressPanel = null;
 616     // if (message != null)
 617     // {
 618     // statusBar.setText(message);
 619     // }
 620     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 621     // {
 622     // progressBarHandlers.remove(lId);
 623     // }
 624     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 625     // }
 626     // else
 627     // {
 628     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 629     //
 630     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 631     // progressBar.setIndeterminate(true);
 632     //
 633     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 634     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 635     //
 636     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 637     // statusPanel.add(progressPanel);
 638     //
 639     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 640     // }
 641     // // update GUI
 642     // // setMenusForViewport();
 643     // validate();
 644   }
 645
 646   @Override
 647   public void registerHandler(final long id,
 648           final IProgressIndicatorHandler handler)
 649   {
 650     progressBar.registerHandler(id, handler);
 651     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 652     // {
 653     // throw new
 654     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 655     // }
 656     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 657     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 658     // if (handler.canCancel())
 659     // {
 660     // JButton cancel = new JButton(
 661     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 662     // final IProgressIndicator us = this;
 663     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 664     // {
 665     //
 666     // @Override
 667     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 668     // {
 669     // handler.cancelActivity(id);
 670     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 671     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 672     // }
 673     // });
 674     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 675     // }
 676   }
 677
 678   /**
 679    *
 680    * @return true if any progress bars are still active
 681    */
 682   @Override
 683   public boolean operationInProgress()
 684   {
 685     return progressBar.operationInProgress();
 686   }
 687
 688   @Override
 689   protected void resetButton_actionPerformed()
 690   {
 691     int t = getTop();
 692     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 693     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 694     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 695     setTop(t);
 696     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 697   }
 698
 699   /**
 700    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 701    *
 702    * @return
 703    */
 704   public boolean isWorking()
 705   {
 706     return working;
 707   }
 708
 709   /**
 710    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 711    * Z axis of the display
 712    *
 713    * @param axis
 714    * @return
 715    */
 716   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 717   {
 718     switch (axis)
 719     {
 720     case X:
 721       return xCombobox.getSelectedIndex();
 722     case Y:
 723       return yCombobox.getSelectedIndex();
 724     default:
 725       return zCombobox.getSelectedIndex();
 726     }
 727   }
 728
 729   public void setShowLabels(boolean show)
 730   {
 731     showLabels.setSelected(show);
 732   }
 733
 734   /**
 735    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 736    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 737    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 738    *
 739    * @param data
 740    */
 741   public void setInputData(AlignmentView data)
 742   {
 743     getPcaModel().setInputData(data);
 744     originalSeqData.setVisible(data != null);
 745   }
 746
 747   public AlignViewportI getAlignViewport()
 748   {
 749     return av;
 750   }
 751
 752   public PCAModel getPcaModel()
 753   {
 754     return pcaModel;
 755   }
 756
 757   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 758   {
 759     this.pcaModel = pcaModel;
 760   }
 761
 762   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 763   {
 764     return rc;
 765   }
 766
 767   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 768   {
 769     this.rc = rc;
 770   }
 771
 772   public int getTop()
 773   {
 774     return top;
 775   }
 776
 777   public void setTop(int top)
 778   {
 779     this.top = top;
 780   }
 781 }