src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  40 {
  41
  42   AlignViewport av;
  43
  44   Vector sequences;
  45
  46   /**
  47    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  48    *
  49    * @param av
  50    *          DOCUMENT ME!
  51    */
  52   public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  53   {
  54     super();
  55     this.av = av;
  56
  57     sequences = new Vector();
  58
  59     SequenceI[] seqs;
  60     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  61
  62     if (av.getSelectionGroup() == null)
  63     {
  64       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  65     }
  66     else
  67     {
  68       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
  69     }
  70
  71     String type = (av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  72             : AlignSeq.PEP;
  73
  74     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  75     double totscore = 0;
  76     int count = seqs.length;
  77
  78     Sequence seq;
  79
  80     for (int i = 1; i < count; i++)
  81     {
  82       for (int j = 0; j < i; j++)
  83       {
  84
  85         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  86                 seqStrings[j], type);
  87
  88         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  89         {
  90           continue;
  91         }
  92
  93         as.calcScoreMatrix();
  94         as.traceAlignment();
  95
  96         as.printAlignment(System.out);
  97         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  98                 / (float) as.getASeq1().length;
  99         totscore = totscore + scores[i][j];
 100
 101         textarea.append(as.getOutput());
 102         seq = new Sequence(as.getAlignedSeq1().getName(), as.getAStr1(), as
 103                 .getAlignedSeq1().getStart(), as.getAlignedSeq1().getEnd());
 104         sequences.add(seq);
 105
 106         seq = new Sequence(as.getAlignedSeq2().getName(), as.getAStr2(), as
 107                 .getAlignedSeq2().getStart(), as.getAlignedSeq2().getEnd());
 108         sequences.add(seq);
 109       }
 110     }
 111
 112     if (count > 2)
 113     {
 114       System.out
 115               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 116
 117       for (int i = 0; i < count; i++)
 118       {
 119         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 120                 + seqs[i].getName());
 121       }
 122
 123       System.out.println("\n");
 124
 125       for (int i = 0; i < count; i++)
 126       {
 127         for (int j = 0; j < i; j++)
 128         {
 129           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 130                   / totscore);
 131         }
 132       }
 133
 134       System.out.println("\n");
 135     }
 136   }
 137
 138   /**
 139    * DOCUMENT ME!
 140    *
 141    * @param e
 142    *          DOCUMENT ME!
 143    */
 144   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 145   {
 146     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 147
 148     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 149     {
 150       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 151     }
 152
 153     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 154             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 155
 156     Desktop.addInternalFrame(af,
 157             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
 158             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 159   }
 160 }