src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.jbgui.*;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  38 {
  39
  40   AlignViewport av;
  41
  42   Vector sequences;
  43
  44   /**
  45    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  46    *
  47    * @param av
  48    *          DOCUMENT ME!
  49    */
  50   public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  51   {
  52     super();
  53     this.av = av;
  54
  55     sequences = new Vector();
  56
  57     SequenceI[] seqs;
  58     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  59
  60     if (av.getSelectionGroup() == null)
  61     {
  62       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  63     }
  64     else
  65     {
  66       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
  67     }
  68
  69     String type = (av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  70             : AlignSeq.PEP;
  71
  72     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  73     double totscore = 0;
  74     int count = seqs.length;
  75
  76     Sequence seq;
  77
  78     for (int i = 1; i < count; i++)
  79     {
  80       for (int j = 0; j < i; j++)
  81       {
  82
  83         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  84                 seqStrings[j], type);
  85
  86         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  87         {
  88           continue;
  89         }
  90
  91         as.calcScoreMatrix();
  92         as.traceAlignment();
  93
  94         as.printAlignment(System.out);
  95         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  96                 / (float) as.getASeq1().length;
  97         totscore = totscore + scores[i][j];
  98
  99         textarea.append(as.getOutput());
 100         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
 101                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
 102         sequences.add(seq);
 103
 104         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
 105                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
 106         sequences.add(seq);
 107       }
 108     }
 109
 110     if (count > 2)
 111     {
 112       System.out
 113               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 114
 115       for (int i = 0; i < count; i++)
 116       {
 117         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 118                 + seqs[i].getName());
 119       }
 120
 121       System.out.println("\n");
 122
 123       for (int i = 0; i < count; i++)
 124       {
 125         for (int j = 0; j < i; j++)
 126         {
 127           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 128                   / totscore);
 129         }
 130       }
 131
 132       System.out.println("\n");
 133     }
 134   }
 135
 136   /**
 137    * DOCUMENT ME!
 138    *
 139    * @param e
 140    *          DOCUMENT ME!
 141    */
 142   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 143   {
 144     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 145
 146     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 147     {
 148       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 149     }
 150
 151     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 152             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 153
 154     Desktop.addInternalFrame(af,
 155             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
 156             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 157   }
 158 }