src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 /**
  36  * DOCUMENT ME!
  37  *
  38  * @author $author$
  39  * @version $Revision$
  40  */
  41 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  42 {
  43
  44   private static final String DASHES = "---------------------\n";
  45
  46   AlignViewportI av;
  47
  48   Vector<SequenceI> sequences;
  49
  50   /**
  51    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  52    *
  53    * @param viewport
  54    */
  55   public PairwiseAlignPanel(AlignViewportI viewport)
  56   {
  57     super();
  58     this.av = viewport;
  59
  60     sequences = new Vector<>();
  61
  62     SequenceGroup selectionGroup = viewport.getSelectionGroup();
  63     boolean isSelection = selectionGroup != null
  64             && selectionGroup.getSize() > 0;
  65     AlignmentView view = viewport.getAlignmentView(isSelection);
  66     // String[] seqStrings = viewport.getViewAsString(true);
  67     String[] seqStrings = view.getSequenceStrings(viewport
  68             .getGapCharacter());
  69
  70     SequenceI[] seqs;
  71     if (isSelection)
  72     {
  73       seqs = (SequenceI[]) view.getAlignmentAndHiddenColumns(viewport
  74               .getGapCharacter())[0];
  75     }
  76     else
  77     {
  78       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  79     }
  80
  81     String type = (viewport.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  82             : AlignSeq.PEP;
  83
  84     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  85     double totscore = 0D;
  86     int count = seqs.length;
  87     boolean first = true;
  88
  89     for (int i = 1; i < count; i++)
  90     {
  91       for (int j = 0; j < i; j++)
  92       {
  93         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  94                 seqStrings[j], type);
  95
  96         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  97         {
  98           continue;
  99         }
 100
 101         as.calcScoreMatrix();
 102         as.traceAlignment();
 103
 104         if (!first)
 105         {
 106           System.out.println(DASHES);
 107           textarea.append(DASHES);
 108         }
 109         first = false;
 110         as.printAlignment(System.out);
 111         scores[i][j] = as.getMaxScore()
 112                 / as.getASeq1().length;
 113         totscore = totscore + scores[i][j];
 114
 115         textarea.append(as.getOutput());
 116         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 117         sequences.add(as.getAlignedSeq2());
 118       }
 119     }
 120
 121     if (count > 2)
 122     {
 123       printScoreMatrix(seqs, scores, totscore);
 124     }
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Prints a matrix of seqi-seqj pairwise alignment scores to sysout
 129    *
 130    * @param seqs
 131    * @param scores
 132    * @param totscore
 133    */
 134   protected void printScoreMatrix(SequenceI[] seqs, float[][] scores,
 135           double totscore)
 136   {
 137     System.out
 138             .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 139
 140     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 141     {
 142       System.out.println(String.format("%3d %s", i + 1,
 143               seqs[i].getDisplayId(true)));
 144     }
 145
 146     /*
 147      * table heading columns for sequences 1, 2, 3...
 148      */
 149     System.out.print("\n ");
 150     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 151     {
 152       System.out.print(String.format("%7d", i + 1));
 153     }
 154     System.out.println();
 155
 156     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 157     {
 158       System.out.print(String.format("%3d", i + 1));
 159       for (int j = 0; j < i; j++)
 160       {
 161         /*
 162          * as a fraction of tot score, outputs are 0 <= score <= 1
 163          */
 164         System.out.print(String.format("%7.3f", scores[i][j] / totscore));
 165       }
 166       System.out.println();
 167     }
 168
 169     System.out.println("\n");
 170   }
 171
 172   /**
 173    * DOCUMENT ME!
 174    *
 175    * @param e
 176    *          DOCUMENT ME!
 177    */
 178   @Override
 179   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 180   {
 181     SequenceI[] seq = new SequenceI[sequences.size()];
 182
 183     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 184     {
 185       seq[i] = sequences.elementAt(i);
 186     }
 187
 188     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 189             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 190
 191     Desktop.addInternalFrame(af,
 192             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
 193             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 194   }
 195 }