src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import MCview.*;
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.io.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33 import jalview.util.GroupUrlLink;
  34 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  35 import jalview.util.UrlLink;
  36
  37 /**
  38  * DOCUMENT ME!
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision: 1.118 $
  42  */
  43 public class PopupMenu extends JPopupMenu
  44 {
  45   JMenu groupMenu = new JMenu();
  46
  47   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  48
  49   protected JRadioButtonMenuItem clustalColour = new JRadioButtonMenuItem();
  50
  51   protected JRadioButtonMenuItem zappoColour = new JRadioButtonMenuItem();
  52
  53   protected JRadioButtonMenuItem taylorColour = new JRadioButtonMenuItem();
  54
  55   protected JRadioButtonMenuItem hydrophobicityColour = new JRadioButtonMenuItem();
  56
  57   protected JRadioButtonMenuItem helixColour = new JRadioButtonMenuItem();
  58
  59   protected JRadioButtonMenuItem strandColour = new JRadioButtonMenuItem();
  60
  61   protected JRadioButtonMenuItem turnColour = new JRadioButtonMenuItem();
  62
  63   protected JRadioButtonMenuItem buriedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  64
  65   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  66
  67   protected JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  68
  69   protected JRadioButtonMenuItem PIDColour = new JRadioButtonMenuItem();
  70
  71   protected JRadioButtonMenuItem BLOSUM62Colour = new JRadioButtonMenuItem();
  72
  73   JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  74
  75   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
  76
  77   AlignmentPanel ap;
  78
  79   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
  80
  81   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
  82
  83   Sequence sequence;
  84
  85   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
  86
  87   JMenuItem outline = new JMenuItem();
  88
  89   JRadioButtonMenuItem nucleotideMenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  90
  91   JMenu colourMenu = new JMenu();
  92
  93   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
  94
  95   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
  96
  97   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
  98
  99   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 100
 101   JMenu editMenu = new JMenu();
 102
 103   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 104
 105   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 106
 107   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 108
 109   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 110
 111   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 112
 113   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 114
 115   JMenuItem pdbFromFile = new JMenuItem();
 116
 117   JMenuItem enterPDB = new JMenuItem();
 118
 119   JMenuItem discoverPDB = new JMenuItem();
 120
 121   JMenu outputMenu = new JMenu();
 122
 123   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 124
 125   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 126
 127   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 128
 129   JMenu structureMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenu viewStructureMenu = new JMenu();
 132
 133   // JMenu colStructureMenu = new JMenu();
 134   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 135
 136   // JMenuItem annotationMenuItem = new JMenuItem();
 137
 138   JMenu groupLinksMenu;
 139
 140   /**
 141    * Creates a new PopupMenu object.
 142    *
 143    * @param ap
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    * @param seq
 146    *          DOCUMENT ME!
 147    */
 148   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)
 149   {
 150     this(ap, seq, links, null);
 151   }
 152
 153   /**
 154    *
 155    * @param ap
 156    * @param seq
 157    * @param links
 158    * @param groupLinks
 159    */
 160   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links,
 161           Vector groupLinks)
 162   {
 163     // /////////////////////////////////////////////////////////
 164     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 165     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 166     //
 167     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 168     // ////////////////////////////////////////////////////////
 169     this.ap = ap;
 170     sequence = seq;
 171
 172     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();
 173     colours.add(noColourmenuItem);
 174     colours.add(clustalColour);
 175     colours.add(zappoColour);
 176     colours.add(taylorColour);
 177     colours.add(hydrophobicityColour);
 178     colours.add(helixColour);
 179     colours.add(strandColour);
 180     colours.add(turnColour);
 181     colours.add(buriedColour);
 182     colours.add(abovePIDColour);
 183     colours.add(userDefinedColour);
 184     colours.add(PIDColour);
 185     colours.add(BLOSUM62Colour);
 186
 187     for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 188     {
 189       JMenuItem item = new JMenuItem(
 190               jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 191
 192       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 193       {
 194         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 195         {
 196           outputText_actionPerformed(e);
 197         }
 198       });
 199
 200       outputMenu.add(item);
 201     }
 202
 203     try
 204     {
 205       jbInit();
 206     } catch (Exception e)
 207     {
 208       e.printStackTrace();
 209     }
 210
 211     if (seq != null)
 212     {
 213       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 214
 215       JMenuItem menuItem;
 216       if (seq.getDatasetSequence().getPDBId() != null
 217               && seq.getDatasetSequence().getPDBId().size() > 0)
 218       {
 219         java.util.Enumeration e = seq.getDatasetSequence().getPDBId()
 220                 .elements();
 221
 222         while (e.hasMoreElements())
 223         {
 224           final PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();
 225
 226           menuItem = new JMenuItem();
 227           menuItem.setText(pdb.getId());
 228           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 229           {
 230             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 231             {
 232                 // TODO re JAL-860: optionally open dialog or provide a menu entry allowing user to open just one structure per sequence
 233               new AppJmol(pdb, ap.av.collateForPDB(new PDBEntry[] { pdb })[0], null, ap);
 234               // new PDBViewer(pdb, seqs2, null, ap, AppletFormatAdapter.FILE);
 235             }
 236
 237           });
 238           viewStructureMenu.add(menuItem);
 239
 240           /*
 241            * menuItem = new JMenuItem(); menuItem.setText(pdb.getId());
 242            * menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {
 243            * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 244            * colourByStructure(pdb.getId()); } });
 245            * colStructureMenu.add(menuItem);
 246            */
 247         }
 248       }
 249       else
 250       {
 251         structureMenu.remove(viewStructureMenu);
 252         // structureMenu.remove(colStructureMenu);
 253       }
 254
 255       menuItem = new JMenuItem("Hide Sequences");
 256       menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 257       {
 258         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 259         {
 260           hideSequences(false);
 261         }
 262       });
 263       add(menuItem);
 264
 265       if (ap.av.getSelectionGroup() != null
 266               && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 267       {
 268         menuItem = new JMenuItem("Represent Group with " + seq.getName());
 269         menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 270         {
 271           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 272           {
 273             hideSequences(true);
 274           }
 275         });
 276         sequenceMenu.add(menuItem);
 277       }
 278
 279       if (ap.av.hasHiddenRows)
 280       {
 281         final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);
 282
 283         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 284                 - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 285         {
 286           menuItem = new JMenuItem("Reveal Sequences");
 287           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 288           {
 289             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 290             {
 291               ap.av.showSequence(index);
 292               if (ap.overviewPanel != null)
 293               {
 294                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 295               }
 296             }
 297           });
 298           add(menuItem);
 299         }
 300
 301         menuItem = new JMenuItem("Reveal All");
 302         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 303         {
 304           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 305           {
 306             ap.av.showAllHiddenSeqs();
 307             if (ap.overviewPanel != null)
 308             {
 309               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 310             }
 311           }
 312         });
 313
 314         add(menuItem);
 315       }
 316
 317     }
 318
 319     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 320
 321     if (sg != null)
 322     {
 323       groupName.setText("Name: "+sg.getName());
 324       groupName.setText("Edit name and description of current group.");
 325
 326       if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)
 327       {
 328         zappoColour.setSelected(true);
 329       }
 330       else if (sg.cs instanceof TaylorColourScheme)
 331       {
 332         taylorColour.setSelected(true);
 333       }
 334       else if (sg.cs instanceof PIDColourScheme)
 335       {
 336         PIDColour.setSelected(true);
 337       }
 338       else if (sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 339       {
 340         BLOSUM62Colour.setSelected(true);
 341       }
 342       else if (sg.cs instanceof UserColourScheme)
 343       {
 344         userDefinedColour.setSelected(true);
 345       }
 346       else if (sg.cs instanceof HydrophobicColourScheme)
 347       {
 348         hydrophobicityColour.setSelected(true);
 349       }
 350       else if (sg.cs instanceof HelixColourScheme)
 351       {
 352         helixColour.setSelected(true);
 353       }
 354       else if (sg.cs instanceof StrandColourScheme)
 355       {
 356         strandColour.setSelected(true);
 357       }
 358       else if (sg.cs instanceof TurnColourScheme)
 359       {
 360         turnColour.setSelected(true);
 361       }
 362       else if (sg.cs instanceof BuriedColourScheme)
 363       {
 364         buriedColour.setSelected(true);
 365       }
 366       else if (sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)
 367       {
 368         clustalColour.setSelected(true);
 369       }
 370       else
 371       {
 372         noColourmenuItem.setSelected(true);
 373       }
 374
 375       if (sg.cs != null && sg.cs.conservationApplied())
 376       {
 377         conservationMenuItem.setSelected(true);
 378       }
 379       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 380       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 381       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 382       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 383       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 384       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 385       {
 386         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 387       }
 388       // Add a 'show all structures' for the current selection
 389       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe=new Hashtable<String,PDBEntry>();
 390       for (SequenceI sq: ap.av.getSequenceSelection())
 391       {
 392         Vector<PDBEntry> pes = (Vector<PDBEntry>) sq.getDatasetSequence().getPDBId();
 393         if (pes!=null) {
 394           for (PDBEntry pe: pes)
 395           {
 396             pdbe.put(pe.getId(),  pe);
 397           }
 398         }
 399       }
 400       if (pdbe.size()>0)
 401       {
 402         final PDBEntry[] pe = pdbe.values().toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]);
 403         final JMenuItem gpdbview;
 404         structureMenu.add(gpdbview=new JMenuItem("View "+pdbe.size()+" structures."));
 405         gpdbview.setToolTipText("Open a new Jmol view with all structures associated with the current selection and superimpose them using the alignment.");
 406         gpdbview.addActionListener(new ActionListener()
 407         {
 408
 409           @Override
 410           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 411           {
 412             new AppJmol(ap, pe, ap.av.collateForPDB(pe));
 413           }
 414         });
 415       }
 416     }
 417     else
 418     {
 419       groupMenu.setVisible(false);
 420       editMenu.setVisible(false);
 421     }
 422
 423     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 424     {
 425       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 426     }
 427
 428     if (seq == null)
 429     {
 430       sequenceMenu.setVisible(false);
 431       structureMenu.setVisible(false);
 432     }
 433
 434     if (links != null && links.size() > 0)
 435     {
 436
 437       JMenu linkMenu = new JMenu("Link");
 438       Vector linkset = new Vector();
 439       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 440       {
 441         String link = links.elementAt(i).toString();
 442         UrlLink urlLink = null;
 443         try
 444         {
 445           urlLink = new UrlLink(link);
 446         } catch (Exception foo)
 447         {
 448           jalview.bin.Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link
 449                   + "'", foo);
 450           continue;
 451         }
 452         ;
 453         if (!urlLink.isValid())
 454         {
 455           jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 456           continue;
 457         }
 458         final String label = urlLink.getLabel();
 459         if (urlLink.isDynamic())
 460         {
 461
 462           // collect matching db-refs
 463           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 464                   seq.getDBRef(), new String[]
 465                   { urlLink.getTarget() });
 466           // collect id string too
 467           String id = seq.getName();
 468           String descr = seq.getDescription();
 469           if (descr != null && descr.length() < 1)
 470           {
 471             descr = null;
 472           }
 473
 474           if (dbr != null)
 475           {
 476             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 477             {
 478               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 479               {
 480                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 481                 // string with this link
 482                 id = null;
 483               }
 484               // create Bare ID link for this RUL
 485               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 486                       true);
 487               if (urls != null)
 488               {
 489                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 490                 {
 491                   if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 492                   {
 493                     linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 494                     addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u],
 495                             urls[u + 1]);
 496                   }
 497                 }
 498               }
 499             }
 500           }
 501           if (id != null)
 502           {
 503             // create Bare ID link for this RUL
 504             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 505             if (urls != null)
 506             {
 507               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 508               {
 509                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 510                 {
 511                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 512                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 513                 }
 514               }
 515             }
 516           }
 517           // Create urls from description but only for URL links which are regex
 518           // links
 519           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 520           {
 521             // create link for this URL from description where regex matches
 522             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 523             if (urls != null)
 524             {
 525               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 526               {
 527                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 528                 {
 529                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 530                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 531                 }
 532               }
 533             }
 534           }
 535         }
 536         else
 537         {
 538           if (!linkset.contains(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix()))
 539           {
 540             linkset.addElement(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix());
 541             // Add a non-dynamic link
 542             addshowLink(linkMenu, label, urlLink.getUrl_prefix());
 543           }
 544         }
 545       }
 546       if (sequence != null)
 547       {
 548         sequenceMenu.add(linkMenu);
 549       }
 550       else
 551       {
 552         add(linkMenu);
 553       }
 554     }
 555   }
 556
 557   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, Vector groupLinks)
 558   {
 559
 560     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 561     // menu appears asap
 562     // sequence only URLs
 563     // ID/regex match URLs
 564     groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
 565     JMenu[] linkMenus = new JMenu[]
 566     { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
 567         new JMenu("IDS and Sequences") }; // three types of url that might be
 568                                           // created.
 569     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
 570     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 571     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
 572     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 573     {
 574
 575       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()), end = seqs[sq]
 576               .findPosition(sg.getEndRes());
 577       // just collect ids from dataset sequence
 578       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 579       // current selection, too
 580       SequenceI sqi = seqs[sq];
 581       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 582       {
 583         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 584       }
 585       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRef();
 586       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 587       {
 588         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 589         {
 590           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 591           Object[] sarray = (Object[]) commonDbrefs.get(src);
 592           if (sarray == null)
 593           {
 594             sarray = new Object[2];
 595             sarray[0] = new int[]
 596             { 0 };
 597             sarray[1] = new String[seqs.length];
 598
 599             commonDbrefs.put(src, sarray);
 600           }
 601
 602           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 603           {
 604             if (!dbr[d].hasMap()
 605                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 606             {
 607               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 608               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 609             }
 610           }
 611         }
 612       }
 613     }
 614     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 615     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
 616                              // to user
 617     for (int i = 0; i < groupLinks.size(); i++)
 618     {
 619       String link = groupLinks.elementAt(i).toString();
 620       GroupUrlLink urlLink = null;
 621       try
 622       {
 623         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 624       } catch (Exception foo)
 625       {
 626         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link
 627                 + "'", foo);
 628         continue;
 629       }
 630       ;
 631       if (!urlLink.isValid())
 632       {
 633         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 634         continue;
 635       }
 636       final String label = urlLink.getLabel();
 637       boolean usingNames = false;
 638       // Now see which parts of the group apply for this URL
 639       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 640       Object[] idset = (Object[]) commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 641       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 642       if (idset != null)
 643       {
 644         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 645         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 646         seqstr = new String[numinput];
 647         ids = new String[numinput];
 648         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 649         {
 650           if (allids[sq] != null)
 651           {
 652             ids[idcount] = allids[sq];
 653             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 654           }
 655         }
 656       }
 657       else
 658       {
 659         // just use the id/seq set
 660         seqstr = idandseqs[1];
 661         ids = idandseqs[0];
 662         usingNames = true;
 663       }
 664       // and try and make the groupURL!
 665
 666       Object[] urlset = null;
 667       try
 668       {
 669         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
 670                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
 671       } catch (UrlStringTooLongException e)
 672       {
 673       }
 674       if (urlset != null)
 675       {
 676         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 677         // System.out.println(urlLink.getGroupURLType()
 678         // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
 679         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 680         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 681         addshowLink(linkMenus[type], label
 682                 + (((type & 1) == 1) ? ("("
 683                         + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")") : ""),
 684                 urlLink, urlset);
 685         addMenu = true;
 686       }
 687     }
 688     if (addMenu)
 689     {
 690       groupLinksMenu = new JMenu("Group Links");
 691       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
 692       {
 693         if (linkMenus[m] != null
 694                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 695         {
 696           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
 697         }
 698       }
 699
 700       groupMenu.add(groupLinksMenu);
 701     }
 702   }
 703
 704   /**
 705    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 706    *
 707    * @param linkMenu
 708    * @param label
 709    *          - menu label string
 710    * @param url
 711    *          - url to open
 712    */
 713   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
 714   {
 715     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 716     item.setToolTipText("open URL: " + url);
 717     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 718     {
 719       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 720       {
 721         new Thread(new Runnable()
 722         {
 723
 724           public void run()
 725           {
 726             showLink(url);
 727           }
 728
 729         }).start();
 730       }
 731     });
 732
 733     linkMenu.add(item);
 734   }
 735
 736   /**
 737    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 738    *
 739    * @param linkMenu
 740    * @param label
 741    *          - menu label string
 742    * @param urlgenerator
 743    *          GroupURLLink used to generate URL
 744    * @param urlstub
 745    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 746    */
 747   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 748           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 749   {
 750     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 751     item.setToolTipText("open URL (" + urlgenerator.getUrl_prefix()
 752             + "..) (" + urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) + " seqs)"); // TODO:
 753                                                                              // put
 754                                                                              // in
 755                                                                              // info
 756                                                                              // about
 757                                                                              // what
 758                                                                              // is
 759                                                                              // being
 760                                                                              // sent.
 761     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 762     {
 763       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 764       {
 765         new Thread(new Runnable()
 766         {
 767
 768           public void run()
 769           {
 770             try
 771             {
 772               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 773             } catch (UrlStringTooLongException e)
 774             {
 775             }
 776           }
 777
 778         }).start();
 779       }
 780     });
 781
 782     linkMenu.add(item);
 783   }
 784
 785   /**
 786    * DOCUMENT ME!
 787    *
 788    * @throws Exception
 789    *           DOCUMENT ME!
 790    */
 791   private void jbInit() throws Exception
 792   {
 793     groupMenu.setText("Group");
 794     groupMenu.setText("Selection");
 795     groupName.setText("Name");
 796     groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 797     {
 798       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 799       {
 800         groupName_actionPerformed();
 801       }
 802     });
 803     sequenceMenu.setText("Sequence");
 804     sequenceName.setText("Edit Name/Description");
 805     sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 806     {
 807       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 808       {
 809         sequenceName_actionPerformed();
 810       }
 811     });
 812     PIDColour.setFocusPainted(false);
 813     unGroupMenuItem.setText("Remove Group");
 814     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 815     {
 816       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 817       {
 818         unGroupMenuItem_actionPerformed();
 819       }
 820     });
 821
 822     outline.setText("Border colour");
 823     outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 824     {
 825       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 826       {
 827         outline_actionPerformed();
 828       }
 829     });
 830     nucleotideMenuItem.setText("Nucleotide");
 831     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
 832     {
 833       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 834       {
 835         nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 836       }
 837     });
 838     colourMenu.setText("Group Colour");
 839     showBoxes.setText("Boxes");
 840     showBoxes.setState(true);
 841     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
 842     {
 843       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 844       {
 845         showBoxes_actionPerformed();
 846       }
 847     });
 848     showText.setText("Text");
 849     showText.setState(true);
 850     showText.addActionListener(new ActionListener()
 851     {
 852       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 853       {
 854         showText_actionPerformed();
 855       }
 856     });
 857     showColourText.setText("Colour Text");
 858     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
 859     {
 860       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 861       {
 862         showColourText_actionPerformed();
 863       }
 864     });
 865     displayNonconserved.setText("Show Nonconserved");
 866     displayNonconserved.setState(true);
 867     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
 868     {
 869       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 870       {
 871         showNonconserved_actionPerformed();
 872       }
 873     });
 874     editMenu.setText("Edit");
 875     cut.setText("Cut");
 876     cut.addActionListener(new ActionListener()
 877     {
 878       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 879       {
 880         cut_actionPerformed();
 881       }
 882     });
 883     upperCase.setText("To Upper Case");
 884     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
 885     {
 886       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 887       {
 888         changeCase(e);
 889       }
 890     });
 891     copy.setText("Copy");
 892     copy.addActionListener(new ActionListener()
 893     {
 894       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 895       {
 896         copy_actionPerformed();
 897       }
 898     });
 899     lowerCase.setText("To Lower Case");
 900     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
 901     {
 902       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 903       {
 904         changeCase(e);
 905       }
 906     });
 907     toggle.setText("Toggle Case");
 908     toggle.addActionListener(new ActionListener()
 909     {
 910       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 911       {
 912         changeCase(e);
 913       }
 914     });
 915     pdbMenu.setText("Associate Structure with Sequence");
 916     pdbFromFile.setText("From File");
 917     pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()
 918     {
 919       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 920       {
 921         pdbFromFile_actionPerformed();
 922       }
 923     });
 924     enterPDB.setText("Enter PDB Id");
 925     enterPDB.addActionListener(new ActionListener()
 926     {
 927       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 928       {
 929         enterPDB_actionPerformed();
 930       }
 931     });
 932     discoverPDB.setText("Discover PDB ids");
 933     discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()
 934     {
 935       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 936       {
 937         discoverPDB_actionPerformed();
 938       }
 939     });
 940     outputMenu.setText("Output to Textbox...");
 941     sequenceFeature.setText("Create Sequence Feature");
 942     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
 943     {
 944       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 945       {
 946         sequenceFeature_actionPerformed();
 947       }
 948     });
 949     textColour.setText("Text Colour");
 950     textColour.addActionListener(new ActionListener()
 951     {
 952       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 953       {
 954         textColour_actionPerformed();
 955       }
 956     });
 957     jMenu1.setText("Group");
 958     structureMenu.setText("Structure");
 959     viewStructureMenu.setText("View Structure");
 960     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
 961     editSequence.setText("Edit Sequence...");
 962     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
 963     {
 964       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 965       {
 966         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
 967       }
 968     });
 969     /*
 970      * annotationMenuItem.setText("By Annotation");
 971      * annotationMenuItem.addActionListener(new ActionListener() { public void
 972      * actionPerformed(ActionEvent actionEvent) {
 973      * annotationMenuItem_actionPerformed(actionEvent); } });
 974      */
 975
 976     add(groupMenu);
 977
 978     add(sequenceMenu);
 979     this.add(structureMenu);
 980     groupMenu.add(editMenu);
 981     groupMenu.add(outputMenu);
 982     groupMenu.add(sequenceFeature);
 983     groupMenu.add(jMenu1);
 984     sequenceMenu.add(sequenceName);
 985     colourMenu.add(textColour);
 986     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 987     colourMenu.add(clustalColour);
 988     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 989     colourMenu.add(PIDColour);
 990     colourMenu.add(zappoColour);
 991     colourMenu.add(taylorColour);
 992     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 993     colourMenu.add(helixColour);
 994     colourMenu.add(strandColour);
 995     colourMenu.add(turnColour);
 996     colourMenu.add(buriedColour);
 997     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 998     colourMenu.add(userDefinedColour);
 999
1000     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)
1001     {
1002       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours
1003               .getUserColourSchemes().keys();
1004
1005       while (userColours.hasMoreElements())
1006       {
1007         JMenuItem item = new JMenuItem(userColours.nextElement().toString());
1008         item.addActionListener(new ActionListener()
1009         {
1010           public void actionPerformed(ActionEvent evt)
1011           {
1012             userDefinedColour_actionPerformed(evt);
1013           }
1014         });
1015         colourMenu.add(item);
1016       }
1017     }
1018
1019     colourMenu.addSeparator();
1020     colourMenu.add(abovePIDColour);
1021     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1022     // colourMenu.add(annotationMenuItem);
1023     editMenu.add(copy);
1024     editMenu.add(cut);
1025     editMenu.add(editSequence);
1026     editMenu.add(upperCase);
1027     editMenu.add(lowerCase);
1028     editMenu.add(toggle);
1029     pdbMenu.add(pdbFromFile);
1030     pdbMenu.add(enterPDB);
1031     pdbMenu.add(discoverPDB);
1032     jMenu1.add(groupName);
1033     jMenu1.add(unGroupMenuItem);
1034     jMenu1.add(colourMenu);
1035     jMenu1.add(showBoxes);
1036     jMenu1.add(showText);
1037     jMenu1.add(showColourText);
1038     jMenu1.add(outline);
1039     jMenu1.add(displayNonconserved);
1040     structureMenu.add(pdbMenu);
1041     structureMenu.add(viewStructureMenu);
1042     // structureMenu.add(colStructureMenu);
1043     noColourmenuItem.setText("None");
1044     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1045     {
1046       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1047       {
1048         noColourmenuItem_actionPerformed();
1049       }
1050     });
1051
1052     clustalColour.setText("Clustalx colours");
1053     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1054     {
1055       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1056       {
1057         clustalColour_actionPerformed();
1058       }
1059     });
1060     zappoColour.setText("Zappo");
1061     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1062     {
1063       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1064       {
1065         zappoColour_actionPerformed();
1066       }
1067     });
1068     taylorColour.setText("Taylor");
1069     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1070     {
1071       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1072       {
1073         taylorColour_actionPerformed();
1074       }
1075     });
1076     hydrophobicityColour.setText("Hydrophobicity");
1077     hydrophobicityColour
1078             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1079             {
1080               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1081               {
1082                 hydrophobicityColour_actionPerformed();
1083               }
1084             });
1085     helixColour.setText("Helix propensity");
1086     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1087     {
1088       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1089       {
1090         helixColour_actionPerformed();
1091       }
1092     });
1093     strandColour.setText("Strand propensity");
1094     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1095     {
1096       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1097       {
1098         strandColour_actionPerformed();
1099       }
1100     });
1101     turnColour.setText("Turn propensity");
1102     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1103     {
1104       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1105       {
1106         turnColour_actionPerformed();
1107       }
1108     });
1109     buriedColour.setText("Buried Index");
1110     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1111     {
1112       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1113       {
1114         buriedColour_actionPerformed();
1115       }
1116     });
1117     abovePIDColour.setText("Above % Identity");
1118     abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1119     {
1120       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1121       {
1122         abovePIDColour_actionPerformed();
1123       }
1124     });
1125     userDefinedColour.setText("User Defined...");
1126     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1127     {
1128       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1129       {
1130         userDefinedColour_actionPerformed(e);
1131       }
1132     });
1133     PIDColour.setText("Percentage Identity");
1134     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1135     {
1136       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1137       {
1138         PIDColour_actionPerformed();
1139       }
1140     });
1141     BLOSUM62Colour.setText("BLOSUM62");
1142     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1143     {
1144       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1145       {
1146         BLOSUM62Colour_actionPerformed();
1147       }
1148     });
1149     conservationMenuItem.setText("Conservation");
1150     conservationMenuItem
1151             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1152             {
1153               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1154               {
1155                 conservationMenuItem_actionPerformed();
1156               }
1157             });
1158   }
1159
1160   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1161   {
1162     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1163     refresh();
1164   }
1165
1166   /**
1167    * call to refresh view after settings change
1168    */
1169   void refresh()
1170   {
1171     ap.updateAnnotation();
1172     ap.paintAlignment(true);
1173
1174     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1175   }
1176
1177   /**
1178    * DOCUMENT ME!
1179    *
1180    * @param e
1181    *          DOCUMENT ME!
1182    */
1183   protected void clustalColour_actionPerformed()
1184   {
1185     SequenceGroup sg = getGroup();
1186     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
1187             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
1188             ap.av.alignment.getWidth());
1189     refresh();
1190   }
1191
1192   /**
1193    * DOCUMENT ME!
1194    *
1195    * @param e
1196    *          DOCUMENT ME!
1197    */
1198   protected void zappoColour_actionPerformed()
1199   {
1200     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1201     refresh();
1202   }
1203
1204   /**
1205    * DOCUMENT ME!
1206    *
1207    * @param e
1208    *          DOCUMENT ME!
1209    */
1210   protected void taylorColour_actionPerformed()
1211   {
1212     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1213     refresh();
1214   }
1215
1216   /**
1217    * DOCUMENT ME!
1218    *
1219    * @param e
1220    *          DOCUMENT ME!
1221    */
1222   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1223   {
1224     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1225     refresh();
1226   }
1227
1228   /**
1229    * DOCUMENT ME!
1230    *
1231    * @param e
1232    *          DOCUMENT ME!
1233    */
1234   protected void helixColour_actionPerformed()
1235   {
1236     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1237     refresh();
1238   }
1239
1240   /**
1241    * DOCUMENT ME!
1242    *
1243    * @param e
1244    *          DOCUMENT ME!
1245    */
1246   protected void strandColour_actionPerformed()
1247   {
1248     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1249     refresh();
1250   }
1251
1252   /**
1253    * DOCUMENT ME!
1254    *
1255    * @param e
1256    *          DOCUMENT ME!
1257    */
1258   protected void turnColour_actionPerformed()
1259   {
1260     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1261     refresh();
1262   }
1263
1264   /**
1265    * DOCUMENT ME!
1266    *
1267    * @param e
1268    *          DOCUMENT ME!
1269    */
1270   protected void buriedColour_actionPerformed()
1271   {
1272     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1273     refresh();
1274   }
1275
1276   /**
1277    * DOCUMENT ME!
1278    *
1279    * @param e
1280    *          DOCUMENT ME!
1281    */
1282   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1283   {
1284     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1285     refresh();
1286   }
1287
1288   /**
1289    * DOCUMENT ME!
1290    *
1291    * @param e
1292    *          DOCUMENT ME!
1293    */
1294   protected void abovePIDColour_actionPerformed()
1295   {
1296     SequenceGroup sg = getGroup();
1297     if (sg.cs == null)
1298     {
1299       return;
1300     }
1301
1302     if (abovePIDColour.isSelected())
1303     {
1304       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1305               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1306               sg.getEndRes() + 1));
1307
1308       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1309               .getName());
1310
1311       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1312
1313       SliderPanel.showPIDSlider();
1314     }
1315     else
1316     // remove PIDColouring
1317     {
1318       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1319     }
1320
1321     refresh();
1322   }
1323
1324   /**
1325    * DOCUMENT ME!
1326    *
1327    * @param e
1328    *          DOCUMENT ME!
1329    */
1330   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)
1331   {
1332     SequenceGroup sg = getGroup();
1333
1334     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))
1335     {
1336       new UserDefinedColours(ap, sg);
1337     }
1338     else
1339     {
1340       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours
1341               .getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());
1342
1343       sg.cs = udc;
1344     }
1345     refresh();
1346   }
1347
1348   /**
1349    * DOCUMENT ME!
1350    *
1351    * @param e
1352    *          DOCUMENT ME!
1353    */
1354   protected void PIDColour_actionPerformed()
1355   {
1356     SequenceGroup sg = getGroup();
1357     sg.cs = new PIDColourScheme();
1358     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1359             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1360             sg.getEndRes() + 1));
1361     refresh();
1362   }
1363
1364   /**
1365    * DOCUMENT ME!
1366    *
1367    * @param e
1368    *          DOCUMENT ME!
1369    */
1370   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1371   {
1372     SequenceGroup sg = getGroup();
1373
1374     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1375
1376     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1377             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1378             sg.getEndRes() + 1));
1379
1380     refresh();
1381   }
1382
1383   /**
1384    * DOCUMENT ME!
1385    *
1386    * @param e
1387    *          DOCUMENT ME!
1388    */
1389   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1390   {
1391     getGroup().cs = null;
1392     refresh();
1393   }
1394
1395   /**
1396    * DOCUMENT ME!
1397    *
1398    * @param e
1399    *          DOCUMENT ME!
1400    */
1401   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()
1402   {
1403     SequenceGroup sg = getGroup();
1404     if (sg.cs == null)
1405     {
1406       return;
1407     }
1408
1409     if (conservationMenuItem.isSelected())
1410     {
1411       Conservation c = new Conservation("Group",
1412               ResidueProperties.propHash, 3,
1413               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1414               sg.getEndRes() + 1);
1415
1416       c.calculate();
1417       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
1418
1419       sg.cs.setConservation(c);
1420
1421       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1422       SliderPanel.showConservationSlider();
1423     }
1424     else
1425     // remove ConservationColouring
1426     {
1427       sg.cs.setConservation(null);
1428     }
1429
1430     refresh();
1431   }
1432
1433   public void annotationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1434   {
1435     SequenceGroup sg = getGroup();
1436     if (sg == null)
1437     {
1438       return;
1439     }
1440
1441     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(
1442             sequence.getAnnotation()[0], null,
1443             AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
1444
1445     acg.predefinedColours = true;
1446     sg.cs = acg;
1447
1448     refresh();
1449   }
1450
1451   /**
1452    * DOCUMENT ME!
1453    *
1454    * @param e
1455    *          DOCUMENT ME!
1456    */
1457   protected void groupName_actionPerformed()
1458   {
1459
1460     SequenceGroup sg = getGroup();
1461     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1462             sg.getDescription(), "       Group Name ",
1463             "Group Description ", "Edit Group Name/Description",
1464             ap.alignFrame);
1465
1466     if (!dialog.accept)
1467     {
1468       return;
1469     }
1470
1471     sg.setName(dialog.getName());
1472     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1473     refresh();
1474   }
1475
1476   /**
1477    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1478    *
1479    * @return sequence group to operate on
1480    */
1481   SequenceGroup getGroup()
1482   {
1483     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1484     // this method won't add a new group if it already exists
1485     if (sg != null)
1486     {
1487       ap.av.alignment.addGroup(sg);
1488     }
1489
1490     return sg;
1491   }
1492
1493   /**
1494    * DOCUMENT ME!
1495    *
1496    * @param e
1497    *          DOCUMENT ME!
1498    */
1499   void sequenceName_actionPerformed()
1500   {
1501     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1502             sequence.getDescription(), "       Sequence Name ",
1503             "Sequence Description ", "Edit Sequence Name/Description",
1504             ap.alignFrame);
1505
1506     if (!dialog.accept)
1507     {
1508       return;
1509     }
1510
1511     if (dialog.getName() != null)
1512     {
1513       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1514       {
1515         JOptionPane.showMessageDialog(ap,
1516                 "Spaces have been converted to \"_\"",
1517                 "No spaces allowed in Sequence Name",
1518                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1519       }
1520
1521       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1522       ap.paintAlignment(false);
1523     }
1524
1525     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1526
1527     ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1528             .getSequences());
1529
1530   }
1531
1532   /**
1533    * DOCUMENT ME!
1534    *
1535    * @param e
1536    *          DOCUMENT ME!
1537    */
1538   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1539   {
1540     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1541     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
1542     ap.av.setSelectionGroup(null);
1543     refresh();
1544   }
1545
1546   /**
1547    * DOCUMENT ME!
1548    *
1549    * @param e
1550    *          DOCUMENT ME!
1551    */
1552   protected void outline_actionPerformed()
1553   {
1554     SequenceGroup sg = getGroup();
1555     Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Outline Colour",
1556             Color.BLUE);
1557
1558     if (col != null)
1559     {
1560       sg.setOutlineColour(col);
1561     }
1562
1563     refresh();
1564   }
1565
1566   /**
1567    * DOCUMENT ME!
1568    *
1569    * @param e
1570    *          DOCUMENT ME!
1571    */
1572   public void showBoxes_actionPerformed()
1573   {
1574     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
1575     refresh();
1576   }
1577
1578   /**
1579    * DOCUMENT ME!
1580    *
1581    * @param e
1582    *          DOCUMENT ME!
1583    */
1584   public void showText_actionPerformed()
1585   {
1586     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
1587     refresh();
1588   }
1589
1590   /**
1591    * DOCUMENT ME!
1592    *
1593    * @param e
1594    *          DOCUMENT ME!
1595    */
1596   public void showColourText_actionPerformed()
1597   {
1598     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
1599     refresh();
1600   }
1601
1602   public void showLink(String url)
1603   {
1604     try
1605     {
1606       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
1607     } catch (Exception ex)
1608     {
1609       JOptionPane
1610               .showInternalMessageDialog(
1611                       Desktop.desktop,
1612                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
1613                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
1614                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1615
1616       ex.printStackTrace();
1617     }
1618   }
1619
1620   void hideSequences(boolean representGroup)
1621   {
1622     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1623     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1624     {
1625       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1626       { sequence });
1627       return;
1628     }
1629
1630     ap.av.setSelectionGroup(null);
1631
1632     if (representGroup)
1633     {
1634       ap.av.hideRepSequences(sequence, sg);
1635
1636       return;
1637     }
1638
1639     int gsize = sg.getSize();
1640     SequenceI[] hseqs;
1641
1642     hseqs = new SequenceI[gsize];
1643
1644     int index = 0;
1645     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1646     {
1647       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1648     }
1649
1650     ap.av.hideSequence(hseqs);
1651     // refresh(); TODO: ? needed ?
1652     ap.av.sendSelection();
1653   }
1654
1655   public void copy_actionPerformed()
1656   {
1657     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
1658   }
1659
1660   public void cut_actionPerformed()
1661   {
1662     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
1663   }
1664
1665   void changeCase(ActionEvent e)
1666   {
1667     Object source = e.getSource();
1668     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1669
1670     if (sg != null)
1671     {
1672       int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(sg.getStartRes(),
1673               sg.getEndRes() + 1);
1674
1675       String description;
1676       int caseChange;
1677
1678       if (source == toggle)
1679       {
1680         description = "Toggle Case";
1681         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
1682       }
1683       else if (source == upperCase)
1684       {
1685         description = "To Upper Case";
1686         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
1687       }
1688       else
1689       {
1690         description = "To Lower Case";
1691         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
1692       }
1693
1694       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
1695               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
1696               caseChange);
1697
1698       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
1699
1700       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1701               .getSequences());
1702
1703     }
1704   }
1705
1706   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
1707   {
1708     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1709     cap.setForInput(null);
1710     Desktop.addInternalFrame(cap,
1711             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
1712
1713     String[] omitHidden = null;
1714
1715     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
1716     // or we simply trust the user wants
1717     // wysiwig behaviour
1718     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1719     ColumnSelection csel = new ColumnSelection(ap.av.getColumnSelection());
1720     omitHidden = ap.av.getViewAsString(true);
1721     Alignment oal = new Alignment(ap.av.getSequenceSelection());
1722     AlignmentAnnotation[] nala = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
1723     if (nala != null)
1724     {
1725       for (int i = 0; i < nala.length; i++)
1726       {
1727         AlignmentAnnotation na = nala[i];
1728         oal.addAnnotation(na);
1729       }
1730     }
1731     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),
1732             oal, omitHidden, csel, sg));
1733     oal = null;
1734   }
1735
1736   public void pdbFromFile_actionPerformed()
1737   {
1738     jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
1739             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1740     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
1741     chooser.setDialogTitle("Select a PDB file for "+sequence.getDisplayId(false));
1742     chooser.setToolTipText("Load a PDB file and associate it with sequence '"+sequence.getDisplayId(false)+"'");
1743
1744     int value = chooser.showOpenDialog(null);
1745
1746     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1747     {
1748       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1749       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);
1750       new AssociatePdbFileWithSeq().associatePdbWithSeq(choice, jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE, sequence, true);
1751     }
1752
1753   }
1754
1755   public void enterPDB_actionPerformed()
1756   {
1757     String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
1758             "Enter PDB Id", "Enter PDB Id", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
1759
1760     if (id != null && id.length() > 0)
1761     {
1762       PDBEntry entry = new PDBEntry();
1763       entry.setId(id.toUpperCase());
1764       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
1765     }
1766   }
1767
1768   public void discoverPDB_actionPerformed()
1769   {
1770
1771     final SequenceI[] sequences = ((ap.av.selectionGroup == null) ? new Sequence[]
1772     { sequence }
1773             : ap.av.selectionGroup.getSequencesInOrder(ap.av.alignment));
1774     Thread discpdb = new Thread(new Runnable()
1775     {
1776       public void run()
1777       {
1778
1779         new jalview.ws.DBRefFetcher(sequences, ap.alignFrame)
1780                 .fetchDBRefs(false);
1781       }
1782
1783     });
1784     discpdb.start();
1785   }
1786
1787   public void sequenceFeature_actionPerformed()
1788   {
1789     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1790     if (sg == null)
1791     {
1792       return;
1793     }
1794
1795     int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
1796     SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
1797     SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
1798
1799     for (int i = 0; i < gSize; i++)
1800     {
1801       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
1802       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
1803       if (start <= end)
1804       {
1805         seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
1806         features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
1807                 "Jalview");
1808         rsize++;
1809       }
1810     }
1811     rseqs = new SequenceI[rsize];
1812     tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
1813     System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
1814     System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
1815     features = tfeatures;
1816     seqs = rseqs;
1817     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
1818             features, true, ap))
1819     {
1820       ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
1821       ap.highlightSearchResults(null);
1822     }
1823   }
1824
1825   public void textColour_actionPerformed()
1826   {
1827     SequenceGroup sg = getGroup();
1828     if (sg != null)
1829     {
1830       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
1831     }
1832   }
1833
1834   public void colourByStructure(String pdbid)
1835   {
1836     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager().colourSequenceFromStructure(
1837                     sequence, pdbid);
1838
1839     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
1840             "Coloured by " + pdbid, anots);
1841
1842     ap.av.alignment.addAnnotation(an);
1843     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
1844     // an.adjustForAlignment();
1845     ap.av.alignment.setAnnotationIndex(an, 0);
1846
1847     ap.adjustAnnotationHeight();
1848
1849     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
1850
1851   }
1852
1853   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1854   {
1855     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1856
1857     if (sg != null)
1858     {
1859       if (sequence == null)
1860         sequence = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
1861
1862       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
1863               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
1864                       sg.getEndRes() + 1), null, "Edit Sequence ", null,
1865               "Edit Sequence", ap.alignFrame);
1866
1867       if (dialog.accept)
1868       {
1869         EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
1870                 EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
1871                         ap.av.getGapCharacter()),
1872                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
1873                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
1874
1875         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
1876
1877         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1878                 .getSequences());
1879       }
1880     }
1881   }
1882
1883 }