src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.gui.Help.HelpId;
  26 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  27 import jalview.io.BackupFiles;
  28 import jalview.io.FileFormatI;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.jbgui.GPreferences;
  32 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  35 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  36 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  37 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  38 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  39 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  40 import jalview.util.BrowserLauncher;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.util.Platform;
  43 import jalview.util.UrlConstants;
  44 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.io.File;
  55 import java.util.ArrayList;
  56 import java.util.List;
  57
  58 import javax.help.HelpSetException;
  59 import javax.swing.JComboBox;
  60 import javax.swing.JFileChooser;
  61 import javax.swing.JInternalFrame;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.ListSelectionModel;
  64 import javax.swing.RowFilter;
  65 import javax.swing.RowSorter;
  66 import javax.swing.SortOrder;
  67 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  68 import javax.swing.event.DocumentListener;
  69 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  70 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  71 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  72 import javax.swing.table.TableColumn;
  73 import javax.swing.table.TableModel;
  74 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  75
  76 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  77
  78 /**
  79  * DOCUMENT ME!
  80  *
  81  * @author $author$
  82  * @version $Revision$
  83  */
  84 @SuppressWarnings("serial")
  85 public class Preferences extends GPreferences
  86 {
  87   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
  88
  89   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
  90
  91   public static final String ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING = "ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING";
  92
  93   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
  94
  95   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
  96
  97   public static final String ANTI_ALIAS = "ANTI_ALIAS";
  98
  99   public static final String AUTO_CALC_CONSENSUS = "AUTO_CALC_CONSENSUS";
 100
 101   public static final String AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS = "AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS";
 102
 103   public static final String CENTRE_COLUMN_LABELS = "CENTRE_COLUMN_LABELS";
 104
 105   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 106
 107   public static final String DBREFFETCH_USEPICR = "DBREFFETCH_USEPICR";
 108
 109   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
 110
 111   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 112
 113   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
 114
 115   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
 116
 117   public static final String FIGURE_AUTOIDWIDTH = "FIGURE_AUTOIDWIDTH";
 118
 119   public static final String FIGURE_FIXEDIDWIDTH = "FIGURE_FIXEDIDWIDTH";
 120
 121   public static final String FOLLOW_SELECTIONS = "FOLLOW_SELECTIONS";
 122
 123   public static final String FONT_NAME = "FONT_NAME";
 124
 125   public static final String FONT_SIZE = "FONT_SIZE";
 126
 127   public static final String FONT_STYLE = "FONT_STYLE";
 128
 129   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 130
 131   public static final String GAP_SYMBOL = "GAP_SYMBOL";
 132
 133   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 134
 135   public static final String HIDE_INTRONS = "HIDE_INTRONS";
 136
 137   public static final String ID_ITALICS = "ID_ITALICS";
 138
 139   public static final String ID_ORG_HOSTURL = "ID_ORG_HOSTURL";
 140
 141   public static final String MAP_WITH_SIFTS = "MAP_WITH_SIFTS";
 142
 143   public static final String NOQUESTIONNAIRES = "NOQUESTIONNAIRES";
 144
 145   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 146
 147   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 148
 149   public static final String PAD_GAPS = "PAD_GAPS";
 150
 151   public static final String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = "PDB_DOWNLOAD_FORMAT";
 152
 153   public static final String QUESTIONNAIRE = "QUESTIONNAIRE";
 154
 155   public static final String RELAXEDSEQIDMATCHING = "RELAXEDSEQIDMATCHING";
 156
 157   public static final String RIGHT_ALIGN_IDS = "RIGHT_ALIGN_IDS";
 158
 159   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
 160
 161   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 162
 163   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 164
 165   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 166
 167   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 168
 169   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 170
 171   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 172
 173   public static final String SHOW_DBREFS_TOOLTIP = "SHOW_DBREFS_TOOLTIP";
 174
 175   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 176
 177   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 178
 179   public static final String SHOW_JVSUFFIX = "SHOW_JVSUFFIX";
 180
 181   public static final String SHOW_NPFEATS_TOOLTIP = "SHOW_NPFEATS_TOOLTIP";
 182
 183   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 184
 185   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 186
 187   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 188
 189   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 190
 191   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 192
 193   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 194
 195   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 196
 197   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 198
 199   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 200
 201   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 202
 203   public static final String STRUCTURE_DIMENSIONS = "STRUCTURE_DIMENSIONS";
 204
 205   public static final String UNIPROT_DOMAIN = "UNIPROT_DOMAIN";
 206
 207   public static final String USE_FULL_SO = "USE_FULL_SO";
 208
 209   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 210
 211   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 212
 213   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
 214
 215   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 216
 217
 218   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 219
 220   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 221
 222   /**
 223    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 224    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 225    */
 226   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks; // must be nonfinal for test
 227
 228   public final static UrlLinkTableModel dataModel;
 229
 230   /**
 231    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 232    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 233    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 234    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 235    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 236    */
 237
 238   public static final List<String> groupURLLinks; // not implemented
 239
 240   public static final String BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE = "BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE";
 241
 242   public static final String SHOW_IDENTITY = "SHOW_IDENTITY";
 243
 244   public static final String SHOW_FULLSCREEN = "SHOW_FULLSCREEN";
 245
 246   public static final Dimension DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS = new Dimension(
 247           600, 600);
 248
 249   static
 250   {
 251     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 252     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 253     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 254     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 255     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 256             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 257
 258     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 259     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 260     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 261     {
 262       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 263     }
 264     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 265             inMenuString, notInMenuString);
 266     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 267     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 268
 269     /**
 270      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 271      * .properties file as '|' separated strings
 272      */
 273
 274     groupURLLinks = new ArrayList<>(); // not implemented
 275   }
 276
 277   JInternalFrame frame;
 278
 279   private WsPreferences wsPrefs;
 280
 281   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 282           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 283           "Prompt each time");
 284
 285   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 286           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 287
 288   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 289           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 290
 291   /**
 292    * Creates a new Preferences object.
 293    */
 294   public Preferences()
 295   {
 296     super();
 297     frame = new JInternalFrame();
 298     frame.setContentPane(this);
 299     if (!Platform.isJS())
 300     /**
 301      * Java only
 302      *
 303      * @j2sIgnore
 304      */
 305     {
 306       wsPrefs = new WsPreferences();
 307       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 308     }
 309     int width = 700, height = 510; // BH 2019.07.12 added 60 to height and 40 to
 310                                    // width (for Visual check boxes and Links
 311                                    // "Double Click" header)
 312     // BH 2019.09.24 added 20 to width
 313     // (structure panel was too small anyway, and I added a default dimension
 314     // for Jmol
 315     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 316     {
 317       width = 570;
 318       height = 540; // BH 2019.07.12 added 30
 319     }
 320
 321     Desktop.addInternalFrame(frame,
 322             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 323     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 324
 325     /*
 326      * Set Visual tab defaults
 327      */
 328     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_JVSUFFIX, true));
 329     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault(RIGHT_ALIGN_IDS, false));
 330     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_FULLSCREEN, false));
 331     annotations.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_ANNOTATIONS, true));
 332
 333     conservation.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSERVATION, true));
 334     quality.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_QUALITY, true));
 335     identity.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_IDENTITY, true));
 336     openoverv.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OVERVIEW, false));
 337     showUnconserved
 338             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_UNCONSERVED, false));
 339     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 340     showGroupConsensus
 341             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSENSUS, false));
 342     showGroupConservation.setSelected(
 343             Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSERVATION, false));
 344     showConsensHistogram.setSelected(
 345             Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM, true));
 346     showConsensLogo
 347             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_LOGO, false));
 348     showNpTooltip
 349             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP, true));
 350     showDbRefTooltip
 351             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_DBREFS_TOOLTIP, true));
 352
 353     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 354             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 355     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 356     {
 357       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 358     }
 359
 360     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 361     {
 362       fontSizeCB.addItem(i + "");
 363     }
 364
 365     fontStyleCB.addItem("plain");
 366     fontStyleCB.addItem("bold");
 367     fontStyleCB.addItem("italic");
 368
 369     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_NAME, "SansSerif"));
 370     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(FONT_SIZE, "10"));
 371     fontStyleCB.setSelectedItem(
 372             Cache.getDefault(FONT_STYLE, Font.PLAIN + ""));
 373
 374     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault(ANTI_ALIAS, false));
 375     scaleProteinToCdna
 376             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 377
 378     idItalics.setSelected(Cache.getDefault(ID_ITALICS, true));
 379
 380     wrap.setSelected(Cache.getDefault(WRAP_ALIGNMENT, false));
 381
 382     gapSymbolCB.addItem("-");
 383     gapSymbolCB.addItem(".");
 384
 385     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault(GAP_SYMBOL, "-"));
 386
 387     sortby.addItem("No sort");
 388     sortby.addItem("Id");
 389     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 390     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault(SORT_ALIGNMENT, "No sort"));
 391
 392     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 393     sortAnnBy
 394             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 395     sortAnnBy
 396             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 397     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 398             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 399                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 400     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 401
 402     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 403     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 404     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 405     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 406             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 407     startupCheckbox
 408             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 409     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 410             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 411                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 412
 413     /*
 414      * Set Colours tab defaults
 415      */
 416     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 417     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 418     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 419     {
 420       String name = cs.getSchemeName();
 421       protColour.addItem(name);
 422       nucColour.addItem(name);
 423     }
 424     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 425             ResidueColourScheme.NONE);
 426     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 427     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 428     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 429     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 430     minColour.setBackground(
 431             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MIN, Color.orange));
 432     maxColour.setBackground(
 433             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MAX, Color.red));
 434
 435     /*
 436      * Set overview panel defaults
 437      */
 438     gapColour.setBackground(
 439             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 440                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 441     hiddenColour.setBackground(
 442             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 443                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 444     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 445     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 446     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 447     showHiddenAtStart
 448             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 449
 450     /*
 451      * Set Structure tab defaults.
 452      */
 453     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 454     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 455     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 456     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 457     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 458     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 459     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 460     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 461     structViewer.setSelectedItem(
 462             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 463     Dimension d = Cache.getDefaultDim(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 464             DEFAULT_STRUCTURE_DIMENSIONS);
 465     String s = d.width + "," + d.height;
 466     structureDimensions.setText(s);
 467     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 468     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 469     {
 470       @Override
 471       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 472       {
 473         validateChimeraPath();
 474       }
 475     });
 476
 477     if (Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false))
 478     {
 479       siftsMapping.setSelected(true);
 480     }
 481     else
 482     {
 483       nwMapping.setSelected(true);
 484     }
 485
 486     SiftsSettings
 487             .setMapWithSifts(Cache.getDefault(MAP_WITH_SIFTS, false));
 488
 489     /*
 490      * Set Connections tab defaults
 491      */
 492
 493     // set up sorting
 494     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 495     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 496             linkUrlTable.getModel());
 497     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 498     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 499
 500     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 501     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 502             SortOrder.DESCENDING));
 503     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 504             SortOrder.DESCENDING));
 505     sortKeys.add(
 506             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 507
 508     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 509     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 510     // sorter.sort();
 511
 512     // set up filtering
 513     ActionListener onReset;
 514     onReset = new ActionListener()
 515     {
 516       @Override
 517       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 518       {
 519         filterTB.setText("");
 520         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 521       }
 522
 523     };
 524     doReset.addActionListener(onReset);
 525
 526     // filter to display only custom urls
 527     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 528     {
 529       @Override
 530       public boolean include(
 531               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 532       {
 533         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 534       }
 535     };
 536
 537     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 538             linkUrlTable.getModel());
 539     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 540
 541     ActionListener onCustomOnly;
 542     onCustomOnly = new ActionListener()
 543     {
 544       @Override
 545       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 546       {
 547         filterTB.setText("");
 548         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 549       }
 550     };
 551     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 552
 553     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 554     {
 555       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 556
 557       @Override
 558       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 559       {
 560         sorter.setRowFilter(RowFilter
 561                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 562       }
 563
 564       @Override
 565       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 566       {
 567         sorter.setRowFilter(RowFilter
 568                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 569       }
 570
 571       @Override
 572       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 573       {
 574         sorter.setRowFilter(RowFilter
 575                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 576       }
 577     });
 578
 579     // set up list selection functionality
 580     linkUrlTable.getSelectionModel()
 581             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 582
 583     // set up radio buttons
 584     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 585             .getPrimaryColumn();
 586     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 587     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 588             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 589     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 590             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 591
 592     // get boolean columns and resize those to min possible
 593     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 594     {
 595       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 596               .equals(Boolean.class))
 597       {
 598         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 599                 .getColumn(column);
 600         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 601
 602         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 603                 column);
 604         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 605         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 606                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 607         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 608
 609         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 610       }
 611     }
 612
 613     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 614     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 615     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 616     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 617
 618     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 619
 620     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 621     // note antisense here: default is true
 622     questionnaire
 623             .setSelected(Cache.getProperty(NOQUESTIONNAIRES) == null);
 624     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 625
 626     /*
 627      * Set Output tab defaults
 628      */
 629     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 630     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 631     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 632     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault(FIGURE_AUTOIDWIDTH, false));
 633     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 634     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 635     Integer wi = Cache.getIntegerProperty(FIGURE_FIXEDIDWIDTH);
 636     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 637     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 638     // for new flat file formats
 639     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 640     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 641     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 642     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 643     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 644     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 645     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 646     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 647     embbedBioJSON
 648             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 649
 650     /*
 651      * Set Editing tab defaults
 652      */
 653     autoCalculateConsCheck
 654             .setSelected(Cache.getDefault(AUTO_CALC_CONSENSUS, true));
 655     padGaps.setSelected(Cache.getDefault(PAD_GAPS, false));
 656     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault(SORT_BY_TREE, false));
 657
 658     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 659                                        // settings
 660
 661
 662     /*
 663      * Set Backups tab defaults
 664      */
 665     if (!Platform.isJS())
 666     {
 667       loadLastSavedBackupsOptions();
 668     }
 669
 670   }
 671
 672   /**
 673    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 674    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 675    *
 676    * @param comboBox
 677    * @param propertyKey
 678    */
 679   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 680           String propertyKey)
 681   {
 682     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 683     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 684     comboBox.addItem(textOpt);
 685
 686     /*
 687      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 688      */
 689     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 690             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 691     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 692     {
 693       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 694     }
 695     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 696     {
 697       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 698     }
 699     else
 700     {
 701       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 702     }
 703   }
 704
 705   /**
 706    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 707    * file.
 708    *
 709    * @param e
 710    */
 711   @Override
 712   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 713   {
 714     if (!validateSettings())
 715     {
 716       return;
 717     }
 718
 719     /*
 720      * Save Visual settings
 721      */
 722     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_JVSUFFIX,
 723             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 724     Cache.setPropertyNoSave(RIGHT_ALIGN_IDS,
 725             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 726     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_FULLSCREEN,
 727             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 728     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OVERVIEW,
 729             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 730     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_ANNOTATIONS,
 731             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 732     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION,
 733             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 734     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY,
 735             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 736     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_IDENTITY,
 737             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 738
 739     Cache.setPropertyNoSave(GAP_SYMBOL,
 740             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 741
 742     Cache.setPropertyNoSave(FONT_NAME,
 743             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 744     Cache.setPropertyNoSave(FONT_STYLE,
 745             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 746     Cache.setPropertyNoSave(FONT_SIZE,
 747             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 748
 749     Cache.setPropertyNoSave(ID_ITALICS,
 750             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 751     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED,
 752             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 753     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 754             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 755     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS,
 756             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 757     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION,
 758             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 759     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM,
 760             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 761     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_LOGO,
 762             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 763     Cache.setPropertyNoSave(ANTI_ALIAS,
 764             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 765     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 766             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 767     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_NPFEATS_TOOLTIP,
 768             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 769     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_DBREFS_TOOLTIP,
 770             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 771
 772     Cache.setPropertyNoSave(WRAP_ALIGNMENT,
 773             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 774
 775     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE", startupFileTextfield.getText());
 776     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 777             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 778
 779     Cache.setPropertyNoSave(SORT_ALIGNMENT,
 780             sortby.getSelectedItem().toString());
 781
 782     // convert description of sort order to enum name for save
 783     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 784             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 785     if (annSortOrder != null)
 786     {
 787       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS, annSortOrder.name());
 788     }
 789
 790     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 791     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 792             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 793
 794     /*
 795      * Save Colours settings
 796      */
 797     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 798             protColour.getSelectedItem().toString());
 799     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 800             nucColour.getSelectedItem().toString());
 801     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MIN,
 802             minColour.getBackground());
 803     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MAX,
 804             maxColour.getBackground());
 805
 806     /*
 807      * Save Overview settings
 808      */
 809     Cache.setColourProperty(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 810     Cache.setColourProperty(HIDDEN_COLOUR, hiddenColour.getBackground());
 811     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 812             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 813     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 814             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 815
 816     /*
 817      * Save Structure settings
 818      */
 819     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 820             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 821     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 822             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 823     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 824             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 825     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 826             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 827     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 828             structViewer.getSelectedItem().toString());
 829     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DIMENSIONS,
 830             structureDimensions.getText()); // BH 2019.07.12
 831     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 832     Cache.setPropertyNoSave(MAP_WITH_SIFTS,
 833             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 834     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 835
 836     /*
 837      * Save Output settings
 838      */
 839     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 840             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 841     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 842             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 843     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 844             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 845
 846     if (!Platform.isJS())
 847     /**
 848      * @j2sNative
 849      */
 850     {
 851       // Java only
 852       // Save Connections settings
 853       Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 854       BrowserLauncher.resetBrowser();
 855     }
 856
 857     // save user-defined and selected links
 858     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 859     if (menuLinks.isEmpty())
 860     {
 861       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 862     }
 863     else
 864     {
 865       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS", menuLinks.toString());
 866     }
 867
 868     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 869     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 870     {
 871       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 872     }
 873     else
 874     {
 875       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS", nonMenuLinks.toString());
 876     }
 877
 878     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 879             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 880
 881     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 882             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 883
 884     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 885
 886     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 887
 888     if (useProxy.isSelected())
 889     {
 890       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 891       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 892     }
 893     else
 894     {
 895       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 896       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 897     }
 898     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 899             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 900     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 901     {
 902       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 903       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 904               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 905     }
 906     if (!questionnaire.isSelected())
 907     {
 908       Cache.setProperty(NOQUESTIONNAIRES, "true");
 909     }
 910     else
 911     {
 912       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 913       // by just adding the given line
 914       Cache.removeProperty(NOQUESTIONNAIRES);
 915     }
 916
 917     /*
 918      * Save Output settings
 919      */
 920     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 921             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 922     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 923             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 924     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 925             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 926     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 927             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 928     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 929             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 930     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 931             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 932     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 933             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 934     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 935             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 936     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 937             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 938     Cache.setPropertyNoSave(FIGURE_AUTOIDWIDTH,
 939             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 940     userIdWidth_actionPerformed();
 941     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH", userIdWidth.getText());
 942
 943     /*
 944      * Save Editing settings
 945      */
 946     Cache.setPropertyNoSave(AUTO_CALC_CONSENSUS,
 947             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 948     Cache.setPropertyNoSave(SORT_BY_TREE,
 949             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 950     Cache.setPropertyNoSave(PAD_GAPS,
 951             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 952
 953     if (!Platform.isJS())
 954     {
 955       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 956       /*
 957        * Save Backups settings
 958        */
 959       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.CONFIRM_DELETE_OLD,
 960               Boolean.toString(backupfilesConfirmDelete.isSelected()));
 961       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 962               Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 963       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NO_MAX,
 964               Boolean.toString(backupfilesKeepAll.isSelected()));
 965       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.REVERSE_ORDER,
 966               Boolean.toString(suffixReverse.isSelected()));
 967       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX, suffixTemplate.getText());
 968       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ROLL_MAX, Integer
 969               .toString(getSpinnerInt(backupfilesRollMaxSpinner, 4)));
 970       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX_DIGITS,
 971               Integer.toString(getSpinnerInt(suffixDigitsSpinner, 3)));
 972       Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET", Integer
 973               .toString(getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo)));
 974
 975     }
 976
 977     Cache.saveProperties();
 978     Desktop.getInstance().doConfigureStructurePrefs();
 979     try
 980     {
 981       frame.setClosed(true);
 982     } catch (Exception ex)
 983     {
 984     }
 985   }
 986
 987   public static void setAppletDefaults()
 988   {
 989
 990     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
 991
 992     // showConservation true or false Default is true.
 993     // showQuality true or false Default is true.
 994     // showConsensus true or false Default is true.
 995     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
 996     // startin
 997     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
 998     // bootstraps
 999     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
1000     // lengths
1001     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
1002     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
1003     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
1004     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
1005     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
1006     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
1007     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
1008     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
1009     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
1010     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
1011     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
1012     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
1013
1014     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
1015     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
1016     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
1017     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED, "false");
1018     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION, "false");
1019     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS, "false");
1020
1021     // TODO -- just a start here
1022   }
1023
1024   /**
1025    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
1026    * first tab which fails validation.
1027    *
1028    * @return
1029    */
1030   private boolean validateSettings()
1031   {
1032     if (!validateStructure())
1033     {
1034       structureTab.requestFocusInWindow();
1035       return false;
1036     }
1037     return true;
1038   }
1039
1040   @Override
1041   protected boolean validateStructure()
1042   {
1043     return validateChimeraPath();
1044
1045   }
1046
1047   /**
1048    * DOCUMENT ME!
1049    */
1050   @Override
1051   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
1052   {
1053     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1054     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1055     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1056             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1057     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1058     chooser.setDialogTitle(
1059             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
1060
1061     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1062
1063     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1064     {
1065       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1066       if (format != null)
1067       {
1068         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT",
1069                 format.getName());
1070       }
1071       startupFileTextfield
1072               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1073     }
1074   }
1075
1076   /**
1077    * DOCUMENT ME!
1078    *
1079    * @param e
1080    *          DOCUMENT ME!
1081    */
1082   @Override
1083   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1084   {
1085     try
1086     {
1087       if (!Platform.isJS())
1088       {
1089         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1090         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1091       }
1092       frame.setClosed(true);
1093     } catch (Exception ex)
1094     {
1095     }
1096   }
1097
1098   /**
1099    * DOCUMENT ME!
1100    *
1101    * @param e
1102    *          DOCUMENT ME!
1103    */
1104   @Override
1105   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1106   {
1107     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1108     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1109     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1110     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1111     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1112     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1113     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1114             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1115     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1116             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1117   }
1118
1119   @Override
1120   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1121   {
1122     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1123     boolean valid = false;
1124     while (!valid)
1125     {
1126       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1127               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1128               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1129               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1130       {
1131         if (link.checkValid())
1132         {
1133           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1134                   .isUniqueName(link.getName()))
1135           {
1136             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1137                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1138             valid = true;
1139           }
1140           else
1141           {
1142             link.notifyDuplicate();
1143             continue;
1144           }
1145         }
1146       }
1147       else
1148       {
1149         break;
1150       }
1151     }
1152   }
1153
1154   @Override
1155   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1156   {
1157     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1158
1159     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1160     if (index == -1)
1161     {
1162       // button no longer enabled if row is not selected
1163       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1164       return;
1165     }
1166
1167     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1168             .getNameColumn();
1169     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1170             .getUrlColumn();
1171     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1172     link.setName(oldName);
1173     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1174
1175     boolean valid = false;
1176     while (!valid)
1177     {
1178       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1179               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1180               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1181               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1182       {
1183         if (link.checkValid())
1184         {
1185           if ((oldName.equals(link.getName()))
1186                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1187                           .isUniqueName(link.getName())))
1188           {
1189             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1190             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1191             valid = true;
1192           }
1193           else
1194           {
1195             link.notifyDuplicate();
1196             continue;
1197           }
1198         }
1199       }
1200       else
1201       {
1202         break;
1203       }
1204     }
1205   }
1206
1207   @Override
1208   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1209   {
1210     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1211     int modelIndex = -1;
1212     if (index == -1)
1213     {
1214       // button no longer enabled if row is not selected
1215       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1216       return;
1217     }
1218     else
1219     {
1220       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1221     }
1222
1223     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1224     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1225   }
1226
1227   @Override
1228   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1229   {
1230     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1231     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1232     /**
1233      * Java only
1234      *
1235      * @j2sIgnore
1236      */
1237     {
1238       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1239       chooser.setDialogTitle(
1240               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1241
1242       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1243
1244       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1245       {
1246         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1247       }
1248     }
1249   }
1250
1251   /*
1252    * (non-Javadoc)
1253    *
1254    * @see
1255    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1256    * .ActionEvent)
1257    */
1258   @Override
1259   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1260   {
1261     // TODO Auto-generated method stub
1262     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1263   }
1264
1265   /**
1266    * not implemented -- returns empty list
1267    *
1268    * @return
1269    */
1270   public static List<String> getGroupURLLinks()
1271   {
1272     return groupURLLinks;
1273   }
1274
1275   @Override
1276   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1277   {
1278     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1279             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1280             panel);
1281   }
1282
1283   @Override
1284   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1285   {
1286     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1287             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1288             panel);
1289   }
1290
1291   @Override
1292   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1293   {
1294     if (!useLegacyGap.isSelected())
1295     {
1296       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1297               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1298               gap);
1299     }
1300   }
1301
1302   @Override
1303   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1304   {
1305     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1306             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1307             hidden);
1308   }
1309
1310   @Override
1311   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1312   {
1313     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1314     if (enabled)
1315     {
1316       gapColour.setBackground(
1317               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1318     }
1319     else
1320     {
1321       gapColour.setBackground(
1322               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1323     }
1324     gapColour.setEnabled(!enabled);
1325     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1326   }
1327
1328   @Override
1329   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1330   {
1331     useLegacyGap.setSelected(false);
1332     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1333     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1334     hiddenColour.setBackground(
1335             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1336   }
1337
1338   @Override
1339   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1340   {
1341     try
1342     {
1343       String val = userIdWidth.getText().trim();
1344       if (val.length() > 0)
1345       {
1346         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1347         if (iw.intValue() < 12)
1348         {
1349           throw new NumberFormatException();
1350         }
1351         userIdWidth.setText(iw.toString());
1352       }
1353     } catch (NumberFormatException x)
1354     {
1355       userIdWidth.setText("");
1356       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1357               MessageManager
1358                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1359               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1360               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1361     }
1362   }
1363
1364   @Override
1365   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1366   {
1367     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1368     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1369   }
1370
1371   /**
1372    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1373    * dialog.
1374    */
1375   protected boolean validateChimeraPath()
1376   {
1377     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1378     {
1379       File f = new File(chimeraPath.getText());
1380       if (!f.canExecute())
1381       {
1382         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1383                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1384                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1385                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1386         return false;
1387       }
1388     }
1389     return true;
1390   }
1391
1392   /**
1393    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1394    * path, if not show a warning/help dialog.
1395    */
1396   @Override
1397   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1398   {
1399     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1400     {
1401       return;
1402     }
1403     boolean found = false;
1404
1405     /*
1406      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1407      */
1408     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1409     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1410     for (String path : paths)
1411     {
1412       if (new File(path.trim()).canExecute())
1413       {
1414         found = true;
1415         break;
1416       }
1417     }
1418     if (!found)
1419     {
1420       String[] options = { "OK", "Help" };
1421       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1422               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1423                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1424               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1425               null, options, options[0]);
1426       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1427       {
1428         try
1429         {
1430           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1431         } catch (HelpSetException e)
1432         {
1433           e.printStackTrace();
1434         }
1435       }
1436     }
1437   }
1438
1439   public class OptionsParam
1440   {
1441     private String name;
1442
1443     private String code;
1444
1445     public OptionsParam(String name, String code)
1446     {
1447       this.name = name;
1448       this.code = code;
1449     }
1450
1451     public String getName()
1452     {
1453       return name;
1454     }
1455
1456     public void setName(String name)
1457     {
1458       this.name = name;
1459     }
1460
1461     public String getCode()
1462     {
1463       return code;
1464     }
1465
1466     public void setCode(String code)
1467     {
1468       this.code = code;
1469     }
1470
1471     @Override
1472     public String toString()
1473     {
1474       return name;
1475     }
1476
1477     @Override
1478     public boolean equals(Object that)
1479     {
1480       if (!(that instanceof OptionsParam))
1481       {
1482         return false;
1483       }
1484       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1485     }
1486
1487     @Override
1488     public int hashCode()
1489     {
1490       return name.hashCode() + code.hashCode();
1491     }
1492   }
1493
1494   protected class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1495   {
1496
1497     @Override
1498     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1499     {
1500       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1501
1502       int index = lsm.getMinSelectionIndex();
1503       if (index == -1)
1504       {
1505         // no selection, so disable delete/edit buttons
1506         editLink.setEnabled(false);
1507         deleteLink.setEnabled(false);
1508         return;
1509       }
1510       int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1511
1512       // enable/disable edit and delete link buttons
1513       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1514               .isRowDeletable(modelIndex))
1515       {
1516         deleteLink.setEnabled(true);
1517       }
1518       else
1519       {
1520         deleteLink.setEnabled(false);
1521       }
1522
1523       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1524               .isRowEditable(modelIndex))
1525       {
1526         editLink.setEnabled(true);
1527       }
1528       else
1529       {
1530         editLink.setEnabled(false);
1531       }
1532     }
1533   }
1534 }