src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  29
  30 import java.awt.BasicStroke;
  31 import java.awt.BorderLayout;
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.FontMetrics;
  34 import java.awt.Graphics;
  35 import java.awt.Graphics2D;
  36 import java.awt.RenderingHints;
  37 import java.awt.Shape;
  38 import java.awt.image.BufferedImage;
  39 import java.util.List;
  40
  41 import javax.swing.JComponent;
  42
  43 /**
  44  * DOCUMENT ME!
  45  *
  46  * @author $author$
  47  * @version $Revision$
  48  */
  49 public class SeqCanvas extends JComponent
  50 {
  51   final FeatureRenderer fr;
  52
  53   final SequenceRenderer sr;
  54
  55   BufferedImage img;
  56
  57   Graphics2D gg;
  58
  59   int imgWidth;
  60
  61   int imgHeight;
  62
  63   AlignViewport av;
  64
  65   boolean fastPaint = false;
  66
  67   int LABEL_WEST;
  68
  69   int LABEL_EAST;
  70
  71   int cursorX = 0;
  72
  73   int cursorY = 0;
  74
  75   /**
  76    * Creates a new SeqCanvas object.
  77    *
  78    * @param av
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  82   {
  83     this.av = ap.av;
  84     updateViewport();
  85     fr = new FeatureRenderer(ap);
  86     sr = new SequenceRenderer(av);
  87     setLayout(new BorderLayout());
  88     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  89     setBackground(Color.white);
  90   }
  91
  92   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  93   {
  94     return sr;
  95   }
  96
  97   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  98   {
  99     return fr;
 100   }
 101
 102   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 103
 104   private void updateViewport()
 105   {
 106     charHeight = av.getCharHeight();
 107     charWidth = av.getCharWidth();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @param g
 114    *          DOCUMENT ME!
 115    * @param startx
 116    *          DOCUMENT ME!
 117    * @param endx
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    * @param ypos
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    */
 122   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 123   {
 124     updateViewport();
 125     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 126             endx))
 127     {
 128       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 129       if (mpos < 0)
 130       {
 131         continue;
 132       }
 133       String mstring = mark.text;
 134
 135       if (mark.major)
 136       {
 137         if (mstring != null)
 138         {
 139           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 140         }
 141         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 142                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 143                 ypos - 2);
 144       }
 145     }
 146   }
 147
 148   /**
 149    * DOCUMENT ME!
 150    *
 151    * @param g
 152    *          DOCUMENT ME!
 153    * @param startx
 154    *          DOCUMENT ME!
 155    * @param endx
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    * @param ypos
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    */
 160   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 161   {
 162     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 163     ypos += charHeight;
 164
 165     if (av.hasHiddenColumns())
 166     {
 167       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 168       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 169     }
 170
 171     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 172     if (av.hasHiddenColumns())
 173     {
 174       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 175     }
 176
 177     // WEST SCALE
 178     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 179     {
 180       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 181       int index = startx;
 182       int value = -1;
 183
 184       while (index < endx)
 185       {
 186         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 187         {
 188           index++;
 189
 190           continue;
 191         }
 192
 193         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 194
 195         break;
 196       }
 197
 198       if (value != -1)
 199       {
 200         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 201                 - charWidth / 2;
 202         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 203                 - (charHeight / 5));
 204       }
 205     }
 206   }
 207
 208   /**
 209    * DOCUMENT ME!
 210    *
 211    * @param g
 212    *          DOCUMENT ME!
 213    * @param startx
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    * @param endx
 216    *          DOCUMENT ME!
 217    * @param ypos
 218    *          DOCUMENT ME!
 219    */
 220   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 221   {
 222     ypos += charHeight;
 223
 224     if (av.hasHiddenColumns())
 225     {
 226       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 227     }
 228
 229     SequenceI seq;
 230     // EAST SCALE
 231     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 232     {
 233       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 234       int index = endx;
 235       int value = -1;
 236
 237       while (index > startx)
 238       {
 239         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 240         {
 241           index--;
 242
 243           continue;
 244         }
 245
 246         value = seq.findPosition(index);
 247
 248         break;
 249       }
 250
 251       if (value != -1)
 252       {
 253         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 254                 - (charHeight / 5));
 255       }
 256     }
 257   }
 258
 259   boolean fastpainting = false;
 260
 261   /**
 262    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 263    * slider adjustment
 264    *
 265    * @param horizontal
 266    *          shift along
 267    * @param vertical
 268    *          shift up or down in repaint
 269    */
 270   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 271   {
 272     if (fastpainting || gg == null)
 273     {
 274       return;
 275     }
 276     fastpainting = true;
 277     fastPaint = true;
 278     updateViewport();
 279     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 280             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 281
 282     int sr = av.getStartRes();
 283     int er = av.getEndRes();
 284     int ss = av.getStartSeq();
 285     int es = av.getEndSeq();
 286     int transX = 0;
 287     int transY = 0;
 288
 289     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 290     {
 291       er++;
 292       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 293       sr = er - horizontal;
 294     }
 295     else if (horizontal < 0)
 296     {
 297       er = sr - horizontal - 1;
 298     }
 299     else if (vertical > 0) // scroll down
 300     {
 301       ss = es - vertical;
 302
 303       if (ss < av.getStartSeq())
 304       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 305         ss = av.getStartSeq();
 306       }
 307       else
 308       {
 309         transY = imgHeight - (vertical * charHeight);
 310       }
 311     }
 312     else if (vertical < 0)
 313     {
 314       es = ss - vertical;
 315
 316       if (es > av.getEndSeq())
 317       {
 318         es = av.getEndSeq();
 319       }
 320     }
 321
 322     gg.translate(transX, transY);
 323     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 324     gg.translate(-transX, -transY);
 325
 326     repaint();
 327     fastpainting = false;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 332    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 333    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 334    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 335    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 336    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 337    */
 338
 339   // Set this to false to force a full panel paint
 340   @Override
 341   public void paintComponent(Graphics g)
 342   {
 343     updateViewport();
 344     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 345     // img and call later.
 346     super.paintComponent(g);
 347
 348     if (lcimg != null
 349             && (fastPaint
 350                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 351                     .getClipBounds().height)))
 352     {
 353       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 354       fastPaint = false;
 355       return;
 356     }
 357
 358     // this draws the whole of the alignment
 359     imgWidth = getWidth();
 360     imgHeight = getHeight();
 361
 362     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 363     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 364
 365     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 366     {
 367       return;
 368     }
 369
 370     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 371             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 372     {
 373       try
 374       {
 375         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 376                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 377         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 378         gg.setFont(av.getFont());
 379       } catch (OutOfMemoryError er)
 380       {
 381         System.gc();
 382         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 383         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 384
 385         return;
 386       }
 387     }
 388
 389     if (av.antiAlias)
 390     {
 391       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 392               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 393     }
 394
 395     gg.setColor(Color.white);
 396     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 397
 398     if (av.getWrapAlignment())
 399     {
 400       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.getStartRes());
 401     }
 402     else
 403     {
 404       drawPanel(gg, av.getStartRes(), av.getEndRes(), av.getStartSeq(),
 405               av.getEndSeq(), 0);
 406     }
 407
 408     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 409
 410   }
 411
 412   /**
 413    * DOCUMENT ME!
 414    *
 415    * @param cwidth
 416    *          DOCUMENT ME!
 417    *
 418    * @return DOCUMENT ME!
 419    */
 420   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 421   {
 422     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 423
 424     LABEL_EAST = 0;
 425     LABEL_WEST = 0;
 426
 427     if (av.getScaleRightWrapped())
 428     {
 429       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 430     }
 431
 432     if (av.getScaleLeftWrapped())
 433     {
 434       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 435     }
 436
 437     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 438   }
 439
 440   /**
 441    * Generates a string of zeroes.
 442    *
 443    * @return String
 444    */
 445   String getMask()
 446   {
 447     String mask = "00";
 448     int maxWidth = 0;
 449     int tmp;
 450     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 451     {
 452       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 453       if (tmp > maxWidth)
 454       {
 455         maxWidth = tmp;
 456       }
 457     }
 458
 459     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 460     {
 461       mask += "0";
 462     }
 463     return mask;
 464   }
 465
 466   /**
 467    * DOCUMENT ME!
 468    *
 469    * @param g
 470    *          DOCUMENT ME!
 471    * @param canvasWidth
 472    *          DOCUMENT ME!
 473    * @param canvasHeight
 474    *          DOCUMENT ME!
 475    * @param startRes
 476    *          DOCUMENT ME!
 477    */
 478   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 479           int canvasHeight, int startRes)
 480   {
 481     updateViewport();
 482     AlignmentI al = av.getAlignment();
 483
 484     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 485
 486     if (av.getScaleRightWrapped())
 487     {
 488       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 489     }
 490
 491     if (av.getScaleLeftWrapped())
 492     {
 493       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 494     }
 495
 496     int hgap = charHeight;
 497     if (av.getScaleAboveWrapped())
 498     {
 499       hgap += charHeight;
 500     }
 501
 502     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 503     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 504
 505     av.setWrappedWidth(cWidth);
 506
 507     av.setEndRes(av.getStartRes() + cWidth);
 508
 509     int endx;
 510     int ypos = hgap;
 511     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 512
 513     if (av.hasHiddenColumns())
 514     {
 515       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 516     }
 517
 518     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 519     {
 520       endx = startRes + cWidth - 1;
 521
 522       if (endx > maxwidth)
 523       {
 524         endx = maxwidth;
 525       }
 526
 527       g.setFont(av.getFont());
 528       g.setColor(Color.black);
 529
 530       if (av.getScaleLeftWrapped())
 531       {
 532         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 533       }
 534
 535       if (av.getScaleRightWrapped())
 536       {
 537         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 538         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 539         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 540       }
 541
 542       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 543
 544       if (av.getScaleAboveWrapped())
 545       {
 546         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 547       }
 548
 549       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 550       {
 551         g.setColor(Color.blue);
 552         int res;
 553         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 554                 .size(); i++)
 555         {
 556           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 557                   - startRes;
 558
 559           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 560           {
 561             continue;
 562           }
 563
 564           gg.fillPolygon(
 565                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 566                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 567                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 568                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 569                   3);
 570
 571         }
 572       }
 573
 574       // When printing we have an extra clipped region,
 575       // the Printable page which we need to account for here
 576       Shape clip = g.getClip();
 577
 578       if (clip == null)
 579       {
 580         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 581       }
 582       else
 583       {
 584         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 585                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 586       }
 587
 588       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 589
 590       if (av.isShowAnnotation())
 591       {
 592         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 593         if (annotations == null)
 594         {
 595           annotations = new AnnotationPanel(av);
 596         }
 597
 598         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 599                 startRes, endx + 1);
 600         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 601       }
 602       g.setClip(clip);
 603       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 604
 605       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 606
 607       startRes += cWidth;
 608     }
 609   }
 610
 611   AnnotationPanel annotations;
 612
 613   int getAnnotationHeight()
 614   {
 615     if (!av.isShowAnnotation())
 616     {
 617       return 0;
 618     }
 619
 620     if (annotations == null)
 621     {
 622       annotations = new AnnotationPanel(av);
 623     }
 624
 625     return annotations.adjustPanelHeight();
 626   }
 627
 628   /**
 629    * DOCUMENT ME!
 630    *
 631    * @param g1
 632    *          DOCUMENT ME!
 633    * @param startRes
 634    *          DOCUMENT ME!
 635    * @param endRes
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    * @param startSeq
 638    *          DOCUMENT ME!
 639    * @param endSeq
 640    *          DOCUMENT ME!
 641    * @param offset
 642    *          DOCUMENT ME!
 643    */
 644   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 645           int startSeq, int endSeq, int offset)
 646   {
 647     updateViewport();
 648     if (!av.hasHiddenColumns())
 649     {
 650       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 651     }
 652     else
 653     {
 654       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 655
 656       int screenY = 0;
 657       int blockStart = startRes;
 658       int blockEnd = endRes;
 659
 660       for (int[] region : regions)
 661       {
 662         int hideStart = region[0];
 663         int hideEnd = region[1];
 664
 665         if (hideStart <= blockStart)
 666         {
 667           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 668           continue;
 669         }
 670
 671         blockEnd = hideStart - 1;
 672
 673         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 674
 675         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 676
 677         if (av.getShowHiddenMarkers())
 678         {
 679           g1.setColor(Color.blue);
 680
 681           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 682                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 683                   (endSeq - startSeq) * charHeight + offset);
 684         }
 685
 686         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 687         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 688         blockStart = hideEnd + 1;
 689
 690         if (screenY > (endRes - startRes))
 691         {
 692           // already rendered last block
 693           return;
 694         }
 695       }
 696
 697       if (screenY <= (endRes - startRes))
 698       {
 699         // remaining visible region to render
 700         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 701         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 702         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 703
 704         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 705       }
 706     }
 707
 708   }
 709
 710   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 711   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 712   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 713           int endSeq, int offset)
 714   {
 715     g.setFont(av.getFont());
 716     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 717
 718     SequenceI nextSeq;
 719
 720     // / First draw the sequences
 721     // ///////////////////////////
 722     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 723     {
 724       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 725       if (nextSeq == null)
 726       {
 727         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 728         // empty
 729         continue;
 730       }
 731       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 732               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 733
 734       if (av.isShowSequenceFeatures())
 735       {
 736         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 737                 + ((i - startSeq) * charHeight));
 738       }
 739
 740       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 741       // ////////////////////////////////////////////////////////
 742       if (av.hasSearchResults())
 743       {
 744         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 745                 startRes, endRes);
 746         if (visibleResults != null)
 747         {
 748           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 749           {
 750             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 751                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 752                             * charWidth, offset
 753                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 754           }
 755         }
 756       }
 757
 758       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 759               && cursorX <= endRes)
 760       {
 761         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 762                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 763       }
 764     }
 765
 766     if (av.getSelectionGroup() != null
 767             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 768     {
 769       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 770     }
 771
 772   }
 773
 774   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 775           int startSeq, int endSeq, int offset)
 776   {
 777     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 778     //
 779     // ///////////////////////////////////
 780     // Now outline any areas if necessary
 781     // ///////////////////////////////////
 782     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 783
 784     int sx = -1;
 785     int sy = -1;
 786     int ex = -1;
 787     int groupIndex = -1;
 788     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 789
 790     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 791     {
 792       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 793       groupIndex = 0;
 794     }
 795
 796     if (group != null)
 797     {
 798       do
 799       {
 800         int oldY = -1;
 801         int i = 0;
 802         boolean inGroup = false;
 803         int top = -1;
 804         int bottom = -1;
 805
 806         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 807         {
 808           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 809           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 810           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 811
 812           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 813           {
 814             continue;
 815           }
 816
 817           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 818                   && group.getSequences(null).contains(
 819                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 820           {
 821             if ((bottom == -1)
 822                     && !group.getSequences(null).contains(
 823                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 824             {
 825               bottom = sy + charHeight;
 826             }
 827
 828             if (!inGroup)
 829             {
 830               if (((top == -1) && (i == 0))
 831                       || !group.getSequences(null).contains(
 832                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 833               {
 834                 top = sy;
 835               }
 836
 837               oldY = sy;
 838               inGroup = true;
 839
 840               if (group == av.getSelectionGroup())
 841               {
 842                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 843                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 844                         0f));
 845                 g.setColor(Color.RED);
 846               }
 847               else
 848               {
 849                 g.setStroke(new BasicStroke());
 850                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 851               }
 852             }
 853           }
 854           else
 855           {
 856             if (inGroup)
 857             {
 858               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 859               {
 860                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 861               }
 862
 863               if (sx + ex < visWidth)
 864               {
 865                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 866               }
 867
 868               if (sx < 0)
 869               {
 870                 ex += sx;
 871                 sx = 0;
 872               }
 873
 874               if (sx + ex > visWidth)
 875               {
 876                 ex = visWidth;
 877               }
 878
 879               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 880               {
 881                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 882               }
 883
 884               if (top != -1)
 885               {
 886                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 887                 top = -1;
 888               }
 889
 890               if (bottom != -1)
 891               {
 892                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 893                 bottom = -1;
 894               }
 895
 896               inGroup = false;
 897             }
 898           }
 899         }
 900
 901         if (inGroup)
 902         {
 903           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 904           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 905           {
 906             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 907           }
 908
 909           if (sx + ex < visWidth)
 910           {
 911             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 912           }
 913
 914           if (sx < 0)
 915           {
 916             ex += sx;
 917             sx = 0;
 918           }
 919
 920           if (sx + ex > visWidth)
 921           {
 922             ex = visWidth;
 923           }
 924           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 925           {
 926             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 927           }
 928
 929           if (top != -1)
 930           {
 931             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 932             top = -1;
 933           }
 934
 935           if (bottom != -1)
 936           {
 937             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 938             bottom = -1;
 939           }
 940
 941           inGroup = false;
 942         }
 943
 944         groupIndex++;
 945
 946         g.setStroke(new BasicStroke());
 947
 948         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 949         {
 950           break;
 951         }
 952
 953         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 954
 955       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 956
 957     }
 958
 959   }
 960
 961   /**
 962    * DOCUMENT ME!
 963    *
 964    * @param results
 965    *          DOCUMENT ME!
 966    */
 967   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 968   {
 969     img = null;
 970
 971     av.setSearchResults(results);
 972
 973     repaint();
 974   }
 975 }