src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  33 import jalview.datamodel.SearchResults;
  34 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  35 import jalview.datamodel.Sequence;
  36 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  40 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  41 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  42 import jalview.structure.SelectionListener;
  43 import jalview.structure.SelectionSource;
  44 import jalview.structure.SequenceListener;
  45 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  46 import jalview.structure.VamsasSource;
  47 import jalview.util.Comparison;
  48 import jalview.util.MappingUtils;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.util.Platform;
  51 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  52
  53 import java.awt.BorderLayout;
  54 import java.awt.Color;
  55 import java.awt.Font;
  56 import java.awt.FontMetrics;
  57 import java.awt.Point;
  58 import java.awt.event.MouseEvent;
  59 import java.awt.event.MouseListener;
  60 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  61 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  62 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.List;
  65
  66 import javax.swing.JPanel;
  67 import javax.swing.SwingUtilities;
  68 import javax.swing.ToolTipManager;
  69
  70 /**
  71  * DOCUMENT ME!
  72  *
  73  * @author $author$
  74  * @version $Revision: 1.130 $
  75  */
  76 public class SeqPanel extends JPanel
  77         implements MouseListener, MouseMotionListener, MouseWheelListener,
  78         SequenceListener, SelectionListener
  79 {
  80   /*
  81    * a class that holds computed mouse position
  82    * - column of the alignment (0...)
  83    * - sequence offset (0...)
  84    * - annotation row offset (0...)
  85    * where annotation offset is -1 unless the alignment is shown
  86    * in wrapped mode, annotations are shown, and the mouse is
  87    * over an annnotation row
  88    */
  89   static class MousePos
  90   {
  91     /*
  92      * alignment column position of cursor (0...)
  93      */
  94     final int column;
  95
  96     /*
  97      * index in alignment of sequence under cursor,
  98      * or nearest above if cursor is not over a sequence
  99      */
 100     final int seqIndex;
 101
 102     /*
 103      * index in annotations array of annotation under the cursor
 104      * (only possible in wrapped mode with annotations shown),
 105      * or -1 if cursor is not over an annotation row
 106      */
 107     final int annotationIndex;
 108
 109     MousePos(int col, int seq, int ann)
 110     {
 111       column = col;
 112       seqIndex = seq;
 113       annotationIndex = ann;
 114     }
 115
 116     boolean isOverAnnotation()
 117     {
 118       return annotationIndex != -1;
 119     }
 120
 121     @Override
 122     public boolean equals(Object obj)
 123     {
 124       if (obj == null || !(obj instanceof MousePos))
 125       {
 126         return false;
 127       }
 128       MousePos o = (MousePos) obj;
 129       boolean b = (column == o.column && seqIndex == o.seqIndex
 130               && annotationIndex == o.annotationIndex);
 131       // System.out.println(obj + (b ? "= " : "!= ") + this);
 132       return b;
 133     }
 134
 135     /**
 136      * A simple hashCode that ensures that instances that satisfy equals() have
 137      * the same hashCode
 138      */
 139     @Override
 140     public int hashCode()
 141     {
 142       return column + seqIndex + annotationIndex;
 143     }
 144
 145     /**
 146      * toString method for debug output purposes only
 147      */
 148     @Override
 149     public String toString()
 150     {
 151       return String.format("c%d:s%d:a%d", column, seqIndex,
 152               annotationIndex);
 153     }
 154   }
 155
 156   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 300;
 157
 158   public SeqCanvas seqCanvas;
 159
 160   public AlignmentPanel ap;
 161
 162   /*
 163    * last position for mouseMoved event
 164    */
 165   private MousePos lastMousePosition;
 166
 167   protected int lastres;
 168
 169   protected int startseq;
 170
 171   protected AlignViewport av;
 172
 173   ScrollThread scrollThread = null;
 174
 175   boolean mouseDragging = false;
 176
 177   boolean editingSeqs = false;
 178
 179   boolean groupEditing = false;
 180
 181   // ////////////////////////////////////////
 182   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 183   // ////////////////////////////////////////
 184   int oldSeq = -1;
 185
 186   boolean changeEndSeq = false;
 187
 188   boolean changeStartSeq = false;
 189
 190   boolean changeEndRes = false;
 191
 192   boolean changeStartRes = false;
 193
 194   SequenceGroup stretchGroup = null;
 195
 196   boolean remove = false;
 197
 198   Point lastMousePress;
 199
 200   boolean mouseWheelPressed = false;
 201
 202   StringBuffer keyboardNo1;
 203
 204   StringBuffer keyboardNo2;
 205
 206   java.net.URL linkImageURL;
 207
 208   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 209
 210   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 211
 212   String tmpString;
 213
 214   EditCommand editCommand;
 215
 216   StructureSelectionManager ssm;
 217
 218   SearchResultsI lastSearchResults;
 219
 220   /**
 221    * Creates a new SeqPanel object
 222    *
 223    * @param viewport
 224    * @param alignPanel
 225    */
 226   public SeqPanel(AlignViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
 227   {
 228     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 229     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 230     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 231     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 232     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 233     this.av = viewport;
 234     setBackground(Color.white);
 235
 236     seqCanvas = new SeqCanvas(alignPanel);
 237     setLayout(new BorderLayout());
 238     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 239
 240     this.ap = alignPanel;
 241
 242     if (!viewport.isDataset())
 243     {
 244       addMouseMotionListener(this);
 245       addMouseListener(this);
 246       addMouseWheelListener(this);
 247       ssm = viewport.getStructureSelectionManager();
 248       ssm.addStructureViewerListener(this);
 249       ssm.addSelectionListener(this);
 250     }
 251   }
 252
 253   int startWrapBlock = -1;
 254
 255   int wrappedBlock = -1;
 256
 257   /**
 258    * Computes the column and sequence row (and possibly annotation row when in
 259    * wrapped mode) for the given mouse position
 260    *
 261    * @param evt
 262    * @return
 263    */
 264   MousePos findMousePosition(MouseEvent evt)
 265   {
 266     int col = findColumn(evt);
 267     int seqIndex = -1;
 268     int annIndex = -1;
 269     int y = evt.getY();
 270
 271     int charHeight = av.getCharHeight();
 272     int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 273     if (av.getWrapAlignment())
 274     {
 275       int hgap = charHeight;
 276       if (av.getScaleAboveWrapped())
 277       {
 278         hgap += charHeight;
 279       }
 280
 281       final int alignmentHeightPixels = alignmentHeight * charHeight + hgap;
 282       final int annotationHeight = seqCanvas.getAnnotationHeight();
 283       final int cHeight = alignmentHeightPixels + annotationHeight
 284               + SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP;
 285
 286       int yOffsetPx = y % cHeight; // yPos below repeating width(s)
 287       if (yOffsetPx >= alignmentHeightPixels
 288               + SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP)
 289       {
 290         /*
 291          * mouse is over annotations; find annotation index, also
 292          * last sequence above (for backwards compatible behaviour)
 293          */
 294         AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment()
 295                 .getAlignmentAnnotation();
 296         int rowOffsetPx = yOffsetPx - alignmentHeightPixels
 297                 - SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP;
 298         annIndex = AnnotationPanel.getRowIndex(rowOffsetPx, anns);
 299         seqIndex = alignmentHeight - 1;
 300       }
 301       else
 302       {
 303         /*
 304          * mouse is over sequence (or the space above sequences)
 305          */
 306         yOffsetPx -= hgap;
 307         if (yOffsetPx >= 0)
 308         {
 309           seqIndex = Math.min(yOffsetPx / charHeight, alignmentHeight - 1);
 310         }
 311       }
 312     }
 313     else
 314     {
 315       seqIndex = Math.min((y / charHeight) + av.getRanges().getStartSeq(),
 316               alignmentHeight - 1);
 317     }
 318
 319     return new MousePos(col, seqIndex, annIndex);
 320   }
 321   /**
 322    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 323    * the closest visible one
 324    *
 325    * @param evt
 326    * @return
 327    */
 328   int findColumn(MouseEvent evt)
 329   {
 330     int res = 0;
 331     int x = evt.getX();
 332
 333     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 334     if (av.getWrapAlignment())
 335     {
 336
 337       int hgap = av.getCharHeight();
 338       if (av.getScaleAboveWrapped())
 339       {
 340         hgap += av.getCharHeight();
 341       }
 342
 343       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 344               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 345
 346       int y = evt.getY();
 347       y = Math.max(0, y - hgap);
 348       x = Math.max(0, x - seqCanvas.getLabelWidthWest());
 349
 350       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 351       if (cwidth < 1)
 352       {
 353         return 0;
 354       }
 355
 356       wrappedBlock = y / cHeight;
 357       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 358       // allow for wrapped view scrolled right (possible from Overview)
 359       int startOffset = startRes % cwidth;
 360       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 361               + +Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 362     }
 363     else
 364     {
 365       /*
 366        * make sure we calculate relative to visible alignment,
 367        * rather than right-hand gutter
 368        */
 369       x = Math.min(x, seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth());
 370       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 371       res = Math.min(res, av.getRanges().getEndRes());
 372     }
 373
 374     if (av.hasHiddenColumns())
 375     {
 376       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 377               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 378     }
 379
 380     return res;
 381   }
 382
 383   /**
 384    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 385    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 386    */
 387   void endEditing()
 388   {
 389     try
 390     {
 391       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 392       {
 393         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 394         av.firePropertyChange("alignment", null,
 395                 av.getAlignment().getSequences());
 396       }
 397     } finally
 398     {
 399       /*
 400        * Tidy up come what may...
 401        */
 402       startseq = -1;
 403       lastres = -1;
 404       editingSeqs = false;
 405       groupEditing = false;
 406       keyboardNo1 = null;
 407       keyboardNo2 = null;
 408       editCommand = null;
 409     }
 410   }
 411
 412   void setCursorRow()
 413   {
 414     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 415     scrollToVisible(true);
 416   }
 417
 418   void setCursorColumn()
 419   {
 420     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 421     scrollToVisible(true);
 422   }
 423
 424   void setCursorRowAndColumn()
 425   {
 426     if (keyboardNo2 == null)
 427     {
 428       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 429     }
 430     else
 431     {
 432       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 433       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 434       scrollToVisible(true);
 435     }
 436   }
 437
 438   void setCursorPosition()
 439   {
 440     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 441
 442     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 443     scrollToVisible(true);
 444   }
 445
 446   void moveCursor(int dx, int dy)
 447   {
 448     seqCanvas.cursorX += dx;
 449     seqCanvas.cursorY += dy;
 450
 451     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 452
 453     if (av.hasHiddenColumns() && !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 454     {
 455       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 456       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 457
 458       if (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 459       {
 460         int visx = hidden.absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX - dx);
 461         int[] region = hidden.getRegionWithEdgeAtRes(visx);
 462
 463         if (region != null) // just in case
 464         {
 465           if (dx == 1)
 466           {
 467             // moving right
 468             seqCanvas.cursorX = region[1] + 1;
 469           }
 470           else if (dx == -1)
 471           {
 472             // moving left
 473             seqCanvas.cursorX = region[0] - 1;
 474           }
 475         }
 476         seqCanvas.cursorX = (seqCanvas.cursorX < 0) ? 0 : seqCanvas.cursorX;
 477       }
 478
 479       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 480               || !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 481       {
 482         seqCanvas.cursorX = original;
 483       }
 484     }
 485
 486     scrollToVisible(false);
 487   }
 488
 489   /**
 490    * Scroll to make the cursor visible in the viewport.
 491    *
 492    * @param jump
 493    *          just jump to the location rather than scrolling
 494    */
 495   void scrollToVisible(boolean jump)
 496   {
 497     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 498     {
 499       seqCanvas.cursorX = 0;
 500     }
 501     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 502     {
 503       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 504     }
 505
 506     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 507     {
 508       seqCanvas.cursorY = 0;
 509     }
 510     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 511     {
 512       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 513     }
 514
 515     endEditing();
 516
 517     boolean repaintNeeded = true;
 518     if (jump)
 519     {
 520       // only need to repaint if the viewport did not move, as otherwise it will
 521       // get a repaint
 522       repaintNeeded = !av.getRanges().setViewportLocation(seqCanvas.cursorX,
 523               seqCanvas.cursorY);
 524     }
 525     else
 526     {
 527       if (av.getWrapAlignment())
 528       {
 529         // scrollToWrappedVisible expects x-value to have hidden cols subtracted
 530         int x = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 531                 .absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX);
 532         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(x);
 533       }
 534       else
 535       {
 536         av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX,
 537                 seqCanvas.cursorY);
 538       }
 539     }
 540
 541     if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 542     {
 543       setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 544             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 545     }
 546
 547     if (repaintNeeded)
 548     {
 549       seqCanvas.repaint();
 550     }
 551   }
 552
 553
 554   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 555   {
 556     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 557
 558     if (av.getSelectionGroup() != null)
 559     {
 560       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 561       // Find the top and bottom of this group
 562       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 563       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 564       {
 565         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 566         if (index > max)
 567         {
 568           max = index;
 569         }
 570         if (index < min)
 571         {
 572           min = index;
 573         }
 574       }
 575
 576       max++;
 577
 578       if (topLeft)
 579       {
 580         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 581         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 582         {
 583           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 584         }
 585
 586         min = seqCanvas.cursorY;
 587       }
 588       else
 589       {
 590         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 591         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 592         {
 593           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 594         }
 595
 596         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 597       }
 598
 599       if (min > max)
 600       {
 601         // Only the user can do this
 602         av.setSelectionGroup(null);
 603       }
 604       else
 605       {
 606         // Now add any sequences between min and max
 607         sg.getSequences(null).clear();
 608         for (int i = min; i < max; i++)
 609         {
 610           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 611         }
 612       }
 613     }
 614
 615     if (av.getSelectionGroup() == null)
 616     {
 617       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 618       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 619       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 620       sg.addSequence(sequence, false);
 621       av.setSelectionGroup(sg);
 622     }
 623
 624     ap.paintAlignment(false, false);
 625     av.sendSelection();
 626   }
 627
 628   void insertGapAtCursor(boolean group)
 629   {
 630     groupEditing = group;
 631     startseq = seqCanvas.cursorY;
 632     lastres = seqCanvas.cursorX;
 633     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 634     endEditing();
 635   }
 636
 637   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 638   {
 639     groupEditing = group;
 640     startseq = seqCanvas.cursorY;
 641     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 642     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 643     endEditing();
 644   }
 645
 646   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 647   {
 648     // TODO not called - delete?
 649     groupEditing = group;
 650     startseq = seqCanvas.cursorY;
 651     lastres = seqCanvas.cursorX;
 652     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 653     endEditing();
 654   }
 655
 656   void numberPressed(char value)
 657   {
 658     if (keyboardNo1 == null)
 659     {
 660       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 661     }
 662
 663     if (keyboardNo2 != null)
 664     {
 665       keyboardNo2.append(value);
 666     }
 667     else
 668     {
 669       keyboardNo1.append(value);
 670     }
 671   }
 672
 673   int getKeyboardNo1()
 674   {
 675     try
 676     {
 677       if (keyboardNo1 != null)
 678       {
 679         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 680         keyboardNo1 = null;
 681         return value;
 682       }
 683     } catch (Exception x)
 684     {
 685     }
 686     keyboardNo1 = null;
 687     return 1;
 688   }
 689
 690   int getKeyboardNo2()
 691   {
 692     try
 693     {
 694       if (keyboardNo2 != null)
 695       {
 696         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 697         keyboardNo2 = null;
 698         return value;
 699       }
 700     } catch (Exception x)
 701     {
 702     }
 703     keyboardNo2 = null;
 704     return 1;
 705   }
 706
 707   /**
 708    * DOCUMENT ME!
 709    *
 710    * @param evt
 711    *          DOCUMENT ME!
 712    */
 713   @Override
 714   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 715   {
 716     MousePos pos = findMousePosition(evt);
 717     if (pos.annotationIndex != -1)
 718     {
 719       // mouse is over annotation row in wrapped mode
 720       return;
 721     }
 722
 723     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 724     mouseDragging = false;
 725     mouseWheelPressed = false;
 726
 727     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 728     {
 729       showPopupMenu(evt, pos);
 730       evt.consume();
 731       return;
 732     }
 733
 734     if (!editingSeqs)
 735     {
 736       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 737       return;
 738     }
 739
 740     endEditing();
 741   }
 742
 743   /**
 744    * DOCUMENT ME!
 745    *
 746    * @param evt
 747    *          DOCUMENT ME!
 748    */
 749   @Override
 750   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 751   {
 752     lastMousePress = evt.getPoint();
 753     MousePos pos = findMousePosition(evt);
 754     if (pos.annotationIndex != -1)
 755     {
 756       // mouse is over an annotation row in wrapped mode
 757       return;
 758     }
 759
 760     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 761     {
 762       mouseWheelPressed = true;
 763       return;
 764     }
 765
 766     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 767     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 768     {
 769       editingSeqs = true;
 770       if (isControlDown)
 771       {
 772         groupEditing = true;
 773       }
 774     }
 775     else
 776     {
 777       doMousePressedDefineMode(evt, pos);
 778       return;
 779     }
 780
 781     int seq = pos.seqIndex;
 782     int res = pos.column;
 783
 784     if (seq < 0 || res < 0)
 785     {
 786       return;
 787     }
 788
 789     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 790             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 791     {
 792       startseq = seq;
 793       lastres = res;
 794     }
 795     else
 796     {
 797       startseq = -1;
 798       lastres = -1;
 799     }
 800
 801     return;
 802   }
 803
 804   String lastMessage;
 805
 806   @Override
 807   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 808   {
 809     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 810
 811     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 812     {
 813       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 814       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 815     }
 816     lastMessage = tmp;
 817   }
 818
 819   /**
 820    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 821    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 822    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 823    * the start of the highlighted region.
 824    */
 825   @Override
 826   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 827   {
 828     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 829     {
 830       return;
 831     }
 832     lastSearchResults = results;
 833
 834     boolean wasScrolled = false;
 835
 836     if (av.isFollowHighlight())
 837     {
 838       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 839       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 840       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 841       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 842       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 843       wasScrolled = ap.scrollToPosition(results, false);
 844       if (wasScrolled)
 845       {
 846         seqCanvas.revalidate();
 847       }
 848       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 849     }
 850
 851     boolean noFastPaint = wasScrolled && av.getWrapAlignment();
 852     if (seqCanvas.highlightSearchResults(results, noFastPaint))
 853     {
 854       setStatusMessage(results);
 855     }
 856   }
 857
 858   @Override
 859   public VamsasSource getVamsasSource()
 860   {
 861     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 862   }
 863
 864   @Override
 865   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 866   {
 867     System.out.println("update the seqPanel colours");
 868     // repaint();
 869   }
 870
 871   /**
 872    * Action on mouse movement is to update the status bar to show the current
 873    * sequence position, and (if features are shown) to show any features at the
 874    * position in a tooltip. Does nothing if the mouse move does not change
 875    * residue position.
 876    *
 877    * @param evt
 878    */
 879   @Override
 880   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 881   {
 882     if (editingSeqs)
 883     {
 884       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 885       // If control is down, other platforms will not.
 886       mouseDragged(evt);
 887     }
 888
 889     final MousePos mousePos = findMousePosition(evt);
 890     if (mousePos.equals(lastMousePosition))
 891     {
 892       /*
 893        * just a pixel move without change of 'cell'
 894        */
 895       return;
 896     }
 897     lastMousePosition = mousePos;
 898
 899     if (mousePos.isOverAnnotation())
 900     {
 901       mouseMovedOverAnnotation(mousePos);
 902       return;
 903     }
 904     final int seq = mousePos.seqIndex;
 905
 906     final int column = mousePos.column;
 907     if (column < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 908     {
 909       lastMousePosition = null;
 910       setToolTipText(null);
 911       ap.alignFrame.statusBar.setText("");
 912       return;
 913     }
 914
 915     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 916
 917     if (column >= sequence.getLength())
 918     {
 919       return;
 920     }
 921
 922     /*
 923      * set status bar message, returning residue position in sequence
 924      */
 925     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 926     final int pos = setStatusMessage(sequence, column, seq);
 927     if (ssm != null && !isGapped)
 928     {
 929       mouseOverSequence(sequence, column, pos);
 930     }
 931
 932     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 933
 934     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 935     if (groups != null)
 936     {
 937       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 938       {
 939         if (groups[g].getStartRes() <= column
 940                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 941         {
 942           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 943                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 944           {
 945             tooltipText.append(groups[g].getName());
 946           }
 947
 948           if (groups[g].getDescription() != null)
 949           {
 950             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 951           }
 952         }
 953       }
 954     }
 955
 956     /*
 957      * add any features at the position to the tooltip; if over a gap, only
 958      * add features that straddle the gap (pos may be the residue before or
 959      * after the gap)
 960      */
 961     if (av.isShowSequenceFeatures())
 962     {
 963       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 964               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
 965       seqARep.appendFeatures(tooltipText, pos, features,
 966               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
 967     }
 968     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 969     {
 970       setToolTipText(null);
 971       lastTooltip = null;
 972     }
 973     else
 974     {
 975       if (tooltipText.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH) // constant
 976       {
 977         tooltipText.setLength(MAX_TOOLTIP_LENGTH);
 978         tooltipText.append("...");
 979       }
 980       String textString = tooltipText.toString();
 981       if (lastTooltip == null || !lastTooltip.equals(textString))
 982       {
 983         String formattedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 984                 textString);
 985         setToolTipText(formattedTooltipText);
 986         lastTooltip = textString;
 987       }
 988     }
 989   }
 990
 991   /**
 992    * When the view is in wrapped mode, and the mouse is over an annotation row,
 993    * shows the corresponding tooltip and status message (if any)
 994    *
 995    * @param pos
 996    * @param column
 997    */
 998   protected void mouseMovedOverAnnotation(MousePos pos)
 999   {
1000     final int column = pos.column;
1001     final int rowIndex = pos.annotationIndex;
1002
1003     if (!av.getWrapAlignment() || !av.isShowAnnotation() || rowIndex < 0)
1004     {
1005       return;
1006     }
1007     AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
1008
1009     String tooltip = AnnotationPanel.buildToolTip(anns[rowIndex], column,
1010             anns);
1011     setToolTipText(tooltip);
1012     lastTooltip = tooltip;
1013
1014     String msg = AnnotationPanel.getStatusMessage(av.getAlignment(), column,
1015             anns[rowIndex]);
1016     ap.alignFrame.statusBar.setText(msg);
1017   }
1018
1019   private Point lastp = null;
1020
1021   /*
1022    * (non-Javadoc)
1023    *
1024    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
1025    */
1026   @Override
1027   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
1028   {
1029     int x = event.getX(), w = getWidth();
1030     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
1031     // close to edge
1032     Point p = lastp;
1033     if (!event.isShiftDown() || p == null)
1034     {
1035       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6)
1036               ? new Point(event.getX() + wdth, event.getY() - 20)
1037               : null;
1038     }
1039     /*
1040      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
1041      */
1042     return lastp = p;
1043   }
1044
1045   String lastTooltip;
1046
1047   /**
1048    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
1049    * shading in overviews and structures to be recalculated. this could be
1050    * changed to a something more expressive that indicates what actually has
1051    * changed, so selective redraws can be applied (ie. only structures, only
1052    * overview, etc)
1053    */
1054   private boolean updateOverviewAndStructs = false; // TODO: refactor to avcontroller
1055
1056   /**
1057    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
1058    * alignment view, rather than a transient selection
1059    */
1060   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
1061   // avcontroller or viewModel
1062
1063   /**
1064    * Sets the status message in alignment panel, showing the sequence number
1065    * (index) and id, and residue and residue position if not at a gap, for the
1066    * given sequence and column position. Returns the residue position returned
1067    * by Sequence.findPosition. Note this may be for the nearest adjacent residue
1068    * if at a gapped position.
1069    *
1070    * @param sequence
1071    *          aligned sequence object
1072    * @param column
1073    *          alignment column
1074    * @param seqIndex
1075    *          index of sequence in alignment
1076    * @return sequence position of residue at column, or adjacent residue if at a
1077    *         gap
1078    */
1079   int setStatusMessage(SequenceI sequence, final int column, int seqIndex)
1080   {
1081     char sequenceChar = sequence.getCharAt(column);
1082     int pos = sequence.findPosition(column);
1083     setStatusMessage(sequence, seqIndex, sequenceChar, pos);
1084
1085     return pos;
1086   }
1087
1088   /**
1089    * Builds the status message for the current cursor location and writes it to
1090    * the status bar, for example
1091    *
1092    * <pre>
1093    * Sequence 3 ID: FER1_SOLLC
1094    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: THR (4)
1095    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: B (3)
1096    * Sequence 6 ID: O.niloticus.3 Nucleotide: Uracil (2)
1097    * </pre>
1098    *
1099    * @param sequence
1100    * @param seqIndex
1101    *          sequence position in the alignment (1..)
1102    * @param sequenceChar
1103    *          the character under the cursor
1104    * @param residuePos
1105    *          the sequence residue position (if not over a gap)
1106    */
1107   protected void setStatusMessage(SequenceI sequence, int seqIndex,
1108           char sequenceChar, int residuePos)
1109   {
1110     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
1111
1112     /*
1113      * Sequence number (if known), and sequence name.
1114      */
1115     String seqno = seqIndex == -1 ? "" : " " + (seqIndex + 1);
1116     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
1117             .append(sequence.getName());
1118
1119     String residue = null;
1120
1121     /*
1122      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
1123      */
1124     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequenceChar);
1125
1126     if (!isGapped)
1127     {
1128       boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
1129       String displayChar = String.valueOf(sequenceChar);
1130       if (nucleotide)
1131       {
1132         residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
1133       }
1134       else
1135       {
1136         residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
1137                 : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
1138                         : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
1139       }
1140       text.append(" ").append(nucleotide ? "Nucleotide" : "Residue")
1141               .append(": ").append(residue == null ? displayChar : residue);
1142
1143       text.append(" (").append(Integer.toString(residuePos)).append(")");
1144     }
1145     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
1146   }
1147
1148   /**
1149    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
1150    * search results.
1151    *
1152    * @param results
1153    */
1154   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
1155   {
1156     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
1157     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
1158     if (sequenceIndex == -1)
1159     {
1160       return;
1161     }
1162     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
1163     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
1164     {
1165       SequenceI seq = m.getSequence();
1166       if (seq.getDatasetSequence() != null)
1167       {
1168         seq = seq.getDatasetSequence();
1169       }
1170
1171       if (seq == ds)
1172       {
1173         int start = m.getStart();
1174         setStatusMessage(seq, sequenceIndex, seq.getCharAt(start - 1),
1175                 start);
1176         return;
1177       }
1178     }
1179   }
1180
1181   /**
1182    * {@inheritDoc}
1183    */
1184   @Override
1185   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
1186   {
1187     MousePos pos = findMousePosition(evt);
1188     if (pos.isOverAnnotation())
1189     {
1190       // mouse is over annotation row in wrapped mode
1191       return;
1192     }
1193
1194     if (mouseWheelPressed)
1195     {
1196       boolean inSplitFrame = ap.av.getCodingComplement() != null;
1197       boolean copyChanges = inSplitFrame && av.isProteinFontAsCdna();
1198
1199       int oldWidth = av.getCharWidth();
1200
1201       // Which is bigger, left-right or up-down?
1202       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math
1203               .abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))
1204       {
1205         /*
1206          * on drag up or down, decrement or increment font size
1207          */
1208         int fontSize = av.font.getSize();
1209         boolean fontChanged = false;
1210
1211         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
1212         {
1213           fontChanged = true;
1214           fontSize--;
1215         }
1216         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
1217         {
1218           fontChanged = true;
1219           fontSize++;
1220         }
1221
1222         if (fontSize < 1)
1223         {
1224           fontSize = 1;
1225         }
1226
1227         if (fontChanged)
1228         {
1229           Font newFont = new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(),
1230                   fontSize);
1231           av.setFont(newFont, true);
1232           av.setCharWidth(oldWidth);
1233           ap.fontChanged();
1234           if (copyChanges)
1235           {
1236             ap.av.getCodingComplement().setFont(newFont, true);
1237             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1238                     .getSplitViewContainer();
1239             splitFrame.adjustLayout();
1240             splitFrame.repaint();
1241           }
1242         }
1243       }
1244       else
1245       {
1246         /*
1247          * on drag left or right, decrement or increment character width
1248          */
1249         int newWidth = 0;
1250         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
1251         {
1252           newWidth = av.getCharWidth() - 1;
1253           av.setCharWidth(newWidth);
1254         }
1255         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
1256         {
1257           newWidth = av.getCharWidth() + 1;
1258           av.setCharWidth(newWidth);
1259         }
1260         if (newWidth > 0)
1261         {
1262           ap.paintAlignment(false, false);
1263           if (copyChanges)
1264           {
1265             /*
1266              * need to ensure newWidth is set on cdna, regardless of which
1267              * panel the mouse drag happened in; protein will compute its
1268              * character width as 1:1 or 3:1
1269              */
1270             av.getCodingComplement().setCharWidth(newWidth);
1271             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1272                     .getSplitViewContainer();
1273             splitFrame.adjustLayout();
1274             splitFrame.repaint();
1275           }
1276         }
1277       }
1278
1279       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1280       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1281
1282       lastMousePress = evt.getPoint();
1283
1284       return;
1285     }
1286
1287     if (!editingSeqs)
1288     {
1289       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1290       return;
1291     }
1292
1293     int res = pos.column;
1294
1295     if (res < 0)
1296     {
1297       res = 0;
1298     }
1299
1300     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1301     {
1302       return;
1303     }
1304
1305     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1306     {
1307       // dragLeft, delete gap
1308       editSequence(false, false, res);
1309     }
1310     else
1311     {
1312       editSequence(true, false, res);
1313     }
1314
1315     mouseDragging = true;
1316     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1317     {
1318       scrollThread.setEvent(evt);
1319     }
1320   }
1321
1322   // TODO: Make it more clever than many booleans
1323   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1324           int startres)
1325   {
1326     int fixedLeft = -1;
1327     int fixedRight = -1;
1328     boolean fixedColumns = false;
1329     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1330
1331     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1332
1333     // No group, but the sequence may represent a group
1334     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1335     {
1336       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1337       {
1338         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1339         groupEditing = true;
1340       }
1341     }
1342
1343     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1344     if (groupEditing)
1345     {
1346       message.append("Edit group:");
1347       if (editCommand == null)
1348       {
1349         editCommand = new EditCommand(
1350                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1351       }
1352     }
1353     else
1354     {
1355       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1356       String label = seq.getName();
1357       if (label.length() > 10)
1358       {
1359         label = label.substring(0, 10);
1360       }
1361       if (editCommand == null)
1362       {
1363         editCommand = new EditCommand(MessageManager
1364                 .formatMessage("label.edit_params", new String[]
1365                 { label }));
1366       }
1367     }
1368
1369     if (insertGap)
1370     {
1371       message.append(" insert ");
1372     }
1373     else
1374     {
1375       message.append(" delete ");
1376     }
1377
1378     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1379     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1380
1381     // Are we editing within a selection group?
1382     if (groupEditing || (sg != null
1383             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq)))
1384     {
1385       fixedColumns = true;
1386
1387       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1388       // but the sequence represents a group
1389       if (sg == null)
1390       {
1391         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1392         {
1393           endEditing();
1394           return;
1395         }
1396         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1397       }
1398
1399       fixedLeft = sg.getStartRes();
1400       fixedRight = sg.getEndRes();
1401
1402       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1403               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1404               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1405               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1406       {
1407         endEditing();
1408         return;
1409       }
1410
1411       if (fixedLeft > startres)
1412       {
1413         fixedRight = fixedLeft - 1;
1414         fixedLeft = 0;
1415       }
1416       else if (fixedRight < startres)
1417       {
1418         fixedLeft = fixedRight;
1419         fixedRight = -1;
1420       }
1421     }
1422
1423     if (av.hasHiddenColumns())
1424     {
1425       fixedColumns = true;
1426       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1427               .getNextHiddenBoundary(true, startres);
1428       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1429               .getNextHiddenBoundary(false, startres);
1430
1431       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1432               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1433       {
1434         endEditing();
1435         return;
1436       }
1437
1438       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1439       // Selection spans a hidden region
1440       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1441       {
1442         if (startres >= y2)
1443         {
1444           fixedLeft = y2;
1445         }
1446         else
1447         {
1448           fixedRight = y2 - 1;
1449         }
1450       }
1451     }
1452
1453     if (groupEditing)
1454     {
1455       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1456       int g, groupSize = vseqs.size();
1457       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1458       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1459       {
1460         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1461       }
1462
1463       // drag to right
1464       if (insertGap)
1465       {
1466         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1467         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1468         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1469                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1470         {
1471           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1472           fixedRight = sg.getEndRes();
1473         }
1474
1475         // Is it valid with fixed columns??
1476         // Find the next gap before the end
1477         // of the visible region boundary
1478         boolean blank = false;
1479         for (; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1480         {
1481           blank = true;
1482
1483           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1484           {
1485             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1486             {
1487               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1488               {
1489                 blank = false;
1490                 break;
1491               }
1492             }
1493           }
1494           if (blank)
1495           {
1496             break;
1497           }
1498         }
1499
1500         if (!blank)
1501         {
1502           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1503           {
1504             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1505                     .getHiddenColumns()
1506                     .getNextHiddenBoundary(false, startres)))
1507             {
1508               endEditing();
1509               return;
1510             }
1511
1512             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1513             if (av.hasHiddenRows())
1514             {
1515               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1516                       .getWidth();
1517               if (hwidth > alWidth)
1518               {
1519                 alWidth = hwidth;
1520               }
1521             }
1522             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1523             // contains all the sequences
1524             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1525             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1526           }
1527           else
1528           {
1529             endEditing();
1530             return;
1531           }
1532         }
1533       }
1534
1535       // drag to left
1536       else if (!insertGap)
1537       {
1538         // / Are we able to delete?
1539         // ie are all columns blank?
1540
1541         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1542         {
1543           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1544           {
1545             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1546             {
1547               continue;
1548             }
1549
1550             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1551             {
1552               // Not a gap, block edit not valid
1553               endEditing();
1554               return;
1555             }
1556           }
1557         }
1558       }
1559
1560       if (insertGap)
1561       {
1562         // dragging to the right
1563         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1564         {
1565           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1566           {
1567             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1568           }
1569         }
1570         else
1571         {
1572           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1573                   startres - lastres);
1574         }
1575       }
1576       else
1577       {
1578         // dragging to the left
1579         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1580         {
1581           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1582           {
1583             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1584           }
1585         }
1586         else
1587         {
1588           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1589                   lastres - startres);
1590         }
1591
1592       }
1593     }
1594     else
1595     // ///Editing a single sequence///////////
1596     {
1597       if (insertGap)
1598       {
1599         // dragging to the right
1600         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1601         {
1602           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1603           {
1604             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1605           }
1606         }
1607         else
1608         {
1609           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1610                   startres - lastres);
1611         }
1612       }
1613       else
1614       {
1615         if (!editSeq)
1616         {
1617           // dragging to the left
1618           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1619           {
1620             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1621             {
1622               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1623               {
1624                 endEditing();
1625                 break;
1626               }
1627               deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1628             }
1629           }
1630           else
1631           {
1632             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1633             int max = 0;
1634             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1635             {
1636               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1637               {
1638                 break;
1639               }
1640               max++;
1641             }
1642
1643             if (max > 0)
1644             {
1645               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[] { seq },
1646                       startres, max);
1647             }
1648           }
1649         }
1650         else
1651         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1652           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1653           {
1654             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1655             {
1656               insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1657             }
1658           }
1659           else
1660           {
1661             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1662                     startres - lastres);
1663           }
1664         }
1665       }
1666     }
1667
1668     lastres = startres;
1669     seqCanvas.repaint();
1670   }
1671
1672   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1673   {
1674     int blankColumn = fixedColumn;
1675     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1676     {
1677       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1678       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1679
1680       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1681       {
1682         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1683         {
1684           // Theres a space, so break and insert the gap
1685           break;
1686         }
1687       }
1688
1689       if (blankColumn <= j)
1690       {
1691         blankColumn = fixedColumn;
1692         endEditing();
1693         return;
1694       }
1695     }
1696
1697     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1698
1699     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1700
1701   }
1702
1703   /**
1704    * Helper method to add and perform one edit action.
1705    *
1706    * @param action
1707    * @param seq
1708    * @param pos
1709    * @param count
1710    */
1711   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1712           int count)
1713   {
1714
1715     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1716             av.getAlignment().getGapCharacter());
1717
1718     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1719   }
1720
1721   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1722   {
1723
1724     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1725
1726     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1727   }
1728
1729   /**
1730    * DOCUMENT ME!
1731    *
1732    * @param e
1733    *          DOCUMENT ME!
1734    */
1735   @Override
1736   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1737   {
1738     if (oldSeq < 0)
1739     {
1740       oldSeq = 0;
1741     }
1742
1743     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1744     {
1745       scrollThread.stopScrolling();
1746       scrollThread = null;
1747     }
1748   }
1749
1750   /**
1751    * DOCUMENT ME!
1752    *
1753    * @param e
1754    *          DOCUMENT ME!
1755    */
1756   @Override
1757   public void mouseExited(MouseEvent e)
1758   {
1759     if (av.getWrapAlignment())
1760     {
1761       return;
1762     }
1763
1764     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1765     {
1766       scrollThread = new ScrollThread();
1767     }
1768   }
1769
1770   /**
1771    * Handler for double-click on a position with one or more sequence features.
1772    * Opens the Amend Features dialog to allow feature details to be amended, or
1773    * the feature deleted.
1774    */
1775   @Override
1776   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1777   {
1778     SequenceGroup sg = null;
1779     MousePos pos = findMousePosition(evt);
1780     if (pos.isOverAnnotation())
1781     {
1782       // mouse is over annotation label in wrapped mode
1783       return;
1784     }
1785
1786     if (evt.getClickCount() > 1)
1787     {
1788       sg = av.getSelectionGroup();
1789       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1790               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1791       {
1792         av.setSelectionGroup(null);
1793       }
1794
1795       int column = pos.column;
1796
1797       /*
1798        * find features at the position (if not gapped), or straddling
1799        * the position (if at a gap)
1800        */
1801       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(pos.seqIndex);// findSeq(evt));
1802       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1803               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
1804
1805       if (!features.isEmpty())
1806       {
1807         /*
1808          * highlight the first feature at the position on the alignment
1809          */
1810         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1811         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1812                 .get(0).getEnd());
1813         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight, false);
1814
1815         /*
1816          * open the Amend Features dialog; clear highlighting afterwards,
1817          * whether changes were made or not
1818          */
1819         List<SequenceI> seqs = Collections.singletonList(sequence);
1820         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs, features, false,
1821                 ap);
1822         av.setSearchResults(null); // clear highlighting
1823         seqCanvas.repaint(); // draw new/amended features
1824       }
1825     }
1826   }
1827
1828   @Override
1829   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1830   {
1831     e.consume();
1832     double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
1833     if (wheelRotation > 0)
1834     {
1835       if (e.isShiftDown())
1836       {
1837         av.getRanges().scrollRight(true);
1838
1839       }
1840       else
1841       {
1842         av.getRanges().scrollUp(false);
1843       }
1844     }
1845     else if (wheelRotation < 0)
1846     {
1847       if (e.isShiftDown())
1848       {
1849         av.getRanges().scrollRight(false);
1850       }
1851       else
1852       {
1853         av.getRanges().scrollUp(true);
1854       }
1855     }
1856
1857     /*
1858      * update status bar and tooltip for new position
1859      * (need to synthesize a mouse movement to refresh tooltip)
1860      */
1861     mouseMoved(e);
1862     ToolTipManager.sharedInstance().mouseMoved(e);
1863   }
1864
1865   /**
1866    * DOCUMENT ME!
1867    *
1868    * @param pos
1869    *          DOCUMENT ME!
1870    */
1871   protected void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt, MousePos pos)
1872   {
1873     if (pos.isOverAnnotation())
1874     {
1875       // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1876       // MessageManager.getString(
1877       // "label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1878       // MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1879       // JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1880       return;
1881     }
1882
1883     final int res = pos.column;
1884     final int seq = pos.seqIndex;
1885     oldSeq = seq;
1886     updateOverviewAndStructs = false;
1887
1888     startWrapBlock = wrappedBlock;
1889
1890     if (seq < 0 || res < 0)
1891     {
1892       return;
1893     }
1894
1895     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1896
1897     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1898     {
1899       return;
1900     }
1901
1902     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1903
1904     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1905     {
1906       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1907       if (stretchGroup != null)
1908       {
1909         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1910         // focus on
1911         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1912       }
1913     }
1914
1915     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1916     {
1917       showPopupMenu(evt, pos);
1918       return;
1919     }
1920
1921     /*
1922      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1923      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1924      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1925      */
1926     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1927     {
1928       return;
1929     }
1930
1931     if (av.cursorMode)
1932     {
1933       seqCanvas.cursorX = res;
1934       seqCanvas.cursorY = seq;
1935       seqCanvas.repaint();
1936       return;
1937     }
1938
1939     if (stretchGroup == null)
1940     {
1941       createStretchGroup(res, sequence);
1942     }
1943
1944     if (stretchGroup != null)
1945     {
1946       stretchGroup.addPropertyChangeListener(seqCanvas);
1947     }
1948
1949     seqCanvas.repaint();
1950   }
1951
1952   private void createStretchGroup(int res, SequenceI sequence)
1953   {
1954     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1955     // define a new group here
1956     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1957     sg.setStartRes(res);
1958     sg.setEndRes(res);
1959     sg.addSequence(sequence, false);
1960     av.setSelectionGroup(sg);
1961     stretchGroup = sg;
1962
1963     if (av.getConservationSelected())
1964     {
1965       SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1966               ap.getViewName());
1967     }
1968
1969     if (av.getAbovePIDThreshold())
1970     {
1971       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1972               ap.getViewName());
1973     }
1974     // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
1975     // or is there a threading issue here?
1976     if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1977     {
1978       // Edit end res position of selected group
1979       changeEndRes = true;
1980     }
1981     else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1982     {
1983       // Edit end res position of selected group
1984       changeStartRes = true;
1985     }
1986     stretchGroup.getWidth();
1987
1988   }
1989
1990   /**
1991    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
1992    *
1993    * @param evt
1994    * @param pos
1995    */
1996   void showPopupMenu(MouseEvent evt, MousePos pos)
1997   {
1998     final int column = pos.column;
1999     final int seq = pos.seqIndex;
2000     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
2001     List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
2002             .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
2003
2004     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, features);
2005     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
2006   }
2007
2008   /**
2009    * Update the display after mouse up on a selection or group
2010    *
2011    * @param evt
2012    *          mouse released event details
2013    * @param afterDrag
2014    *          true if this event is happening after a mouse drag (rather than a
2015    *          mouse down)
2016    */
2017   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
2018   {
2019     if (stretchGroup == null)
2020     {
2021       return;
2022     }
2023
2024     stretchGroup.removePropertyChangeListener(seqCanvas);
2025
2026     // always do this - annotation has own state
2027     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
2028     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
2029     updateOverviewAndStructs |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
2030             && afterDrag;
2031     if (stretchGroup.cs != null)
2032     {
2033       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
2034               av.getHiddenRepSequences());
2035
2036       ResidueShaderI groupColourScheme = stretchGroup
2037               .getGroupColourScheme();
2038       String name = stretchGroup.getName();
2039       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
2040       {
2041         SliderPanel.setConservationSlider(ap, groupColourScheme, name);
2042       }
2043       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
2044       {
2045         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, groupColourScheme, name);
2046       }
2047     }
2048     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2049     // TODO: structure colours only need updating if stretchGroup used to or now
2050     // does contain sequences with structure views
2051     ap.paintAlignment(updateOverviewAndStructs, updateOverviewAndStructs);
2052     updateOverviewAndStructs = false;
2053     changeEndRes = false;
2054     changeStartRes = false;
2055     stretchGroup = null;
2056     av.sendSelection();
2057   }
2058
2059   /**
2060    * DOCUMENT ME!
2061    *
2062    * @param evt
2063    *          DOCUMENT ME!
2064    */
2065   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
2066   {
2067     MousePos pos = findMousePosition(evt);
2068     if (pos.isOverAnnotation())
2069     {
2070       // mouse is over annotation in wrapped mode
2071       return;
2072     }
2073
2074     int res = pos.column;
2075     int y = pos.seqIndex;
2076
2077     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
2078     {
2079       return;
2080     }
2081
2082     if (stretchGroup == null)
2083     {
2084       return;
2085     }
2086
2087     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
2088     {
2089       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
2090     }
2091
2092     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
2093     {
2094       // Edit end res position of selected group
2095       changeEndRes = true;
2096     }
2097     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
2098     {
2099       // Edit start res position of selected group
2100       changeStartRes = true;
2101     }
2102
2103     if (res < av.getRanges().getStartRes())
2104     {
2105       res = av.getRanges().getStartRes();
2106     }
2107
2108     if (changeEndRes)
2109     {
2110       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
2111       {
2112         stretchGroup.setEndRes(res);
2113         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2114       }
2115     }
2116     else if (changeStartRes)
2117     {
2118       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
2119       {
2120         stretchGroup.setStartRes(res);
2121         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2122       }
2123     }
2124
2125     int dragDirection = 0;
2126
2127     if (y > oldSeq)
2128     {
2129       dragDirection = 1;
2130     }
2131     else if (y < oldSeq)
2132     {
2133       dragDirection = -1;
2134     }
2135
2136     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
2137             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
2138     {
2139       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
2140       // selection is quite slow.
2141       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2142
2143       oldSeq += dragDirection;
2144
2145       if (oldSeq < 0)
2146       {
2147         break;
2148       }
2149
2150       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2151
2152       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
2153       {
2154         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
2155         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2156       }
2157       else
2158       {
2159         if (seq != null)
2160         {
2161           stretchGroup.addSequence(seq, false);
2162         }
2163
2164         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
2165         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2166       }
2167     }
2168
2169     if (oldSeq < 0)
2170     {
2171       oldSeq = -1;
2172     }
2173
2174     mouseDragging = true;
2175
2176     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2177     {
2178       scrollThread.setEvent(evt);
2179     }
2180   }
2181
2182   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
2183   {
2184     if (evt == null)
2185     {
2186       if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2187       {
2188         scrollThread.stopScrolling();
2189         scrollThread = null;
2190       }
2191       mouseDragging = false;
2192     }
2193     else
2194     {
2195       if (scrollThread == null)
2196       {
2197         scrollThread = new ScrollThread();
2198       }
2199
2200       mouseDragging = true;
2201       scrollThread.setEvent(evt);
2202     }
2203
2204   }
2205
2206   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
2207   class ScrollThread extends Thread
2208   {
2209     MouseEvent evt;
2210
2211     private volatile boolean threadRunning = true;
2212
2213     public ScrollThread()
2214     {
2215       start();
2216     }
2217
2218     public void setEvent(MouseEvent e)
2219     {
2220       evt = e;
2221     }
2222
2223     public void stopScrolling()
2224     {
2225       threadRunning = false;
2226     }
2227
2228     public boolean isRunning()
2229     {
2230       return threadRunning;
2231     }
2232
2233     @Override
2234     public void run()
2235     {
2236       while (threadRunning)
2237       {
2238         if (evt != null)
2239         {
2240           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0)
2241                   && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
2242           {
2243             av.getRanges().scrollUp(true);
2244           }
2245
2246           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) && (av
2247                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
2248           {
2249             av.getRanges().scrollUp(false);
2250           }
2251
2252           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
2253           {
2254             av.getRanges().scrollRight(false);
2255           }
2256           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
2257           {
2258             av.getRanges().scrollRight(true);
2259           }
2260         }
2261
2262         try
2263         {
2264           Thread.sleep(20);
2265         } catch (Exception ex)
2266         {
2267         }
2268       }
2269     }
2270   }
2271
2272   /**
2273    * modify current selection according to a received message.
2274    */
2275   @Override
2276   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
2277           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
2278   {
2279     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
2280     // handles selection messages...
2281     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
2282     // shared between viewports.
2283     boolean iSentTheSelection = (av == source
2284             || (source instanceof AlignViewport
2285                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
2286                             .equals(av.getSequenceSetId())));
2287
2288     if (iSentTheSelection)
2289     {
2290       // respond to our own event by updating dependent dialogs
2291       if (ap.getCalculationDialog() != null)
2292       {
2293         ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2294       }
2295
2296       return;
2297     }
2298
2299     // process further ?
2300     if (!av.followSelection)
2301     {
2302       return;
2303     }
2304
2305     /*
2306      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
2307      */
2308     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
2309     {
2310       return;
2311     }
2312
2313     /*
2314      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
2315      * complement.
2316      */
2317     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
2318     {
2319       return;
2320     }
2321
2322     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
2323     // suspect)
2324     /*
2325      * only copy colsel if there is a real intersection between
2326      * sequence selection and this panel's alignment
2327      */
2328     boolean repaint = false;
2329     boolean copycolsel = false;
2330
2331     SequenceGroup sgroup = null;
2332     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
2333     {
2334       if (av.getAlignment() == null)
2335       {
2336         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
2337                 + " ViewId=" + av.getViewId()
2338                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
2339         return;
2340       }
2341       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
2342               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
2343       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
2344       {
2345         copycolsel = true;
2346       }
2347     }
2348     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2349     {
2350       av.setSelectionGroup(sgroup);
2351     }
2352     else
2353     {
2354       av.setSelectionGroup(null);
2355     }
2356     av.isSelectionGroupChanged(true);
2357     repaint = true;
2358
2359     if (copycolsel)
2360     {
2361       // the current selection is unset or from a previous message
2362       // so import the new colsel.
2363       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2364       {
2365         if (av.getColumnSelection() != null)
2366         {
2367           av.getColumnSelection().clear();
2368           repaint = true;
2369         }
2370       }
2371       else
2372       {
2373         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2374         if (av.getColumnSelection() == null)
2375         {
2376           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2377         }
2378         else
2379         {
2380           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
2381                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
2382         }
2383       }
2384       av.isColSelChanged(true);
2385       repaint = true;
2386     }
2387
2388     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
2389             && (av.getAlignment().getHiddenColumns() == null))
2390     {
2391       System.err.println("Bad things");
2392     }
2393     if (repaint) // always true!
2394     {
2395       // probably finessing with multiple redraws here
2396       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2397       // ap.paintAlignment(false);
2398     }
2399
2400     // lastly, update dependent dialogs
2401     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2402     {
2403       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2404     }
2405
2406   }
2407
2408   /**
2409    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2410    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2411    * returns false.
2412    *
2413    * @param seqsel
2414    * @param colsel
2415    * @param source
2416    */
2417   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2418           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
2419           SelectionSource source)
2420   {
2421     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2422     {
2423       return false;
2424     }
2425     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2426     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2427             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2428     {
2429       return false;
2430     }
2431
2432     /*
2433      * Map sequence selection
2434      */
2435     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2436     av.setSelectionGroup(sg);
2437     av.isSelectionGroupChanged(true);
2438
2439     /*
2440      * Map column selection
2441      */
2442     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2443     // av);
2444     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
2445     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
2446     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
2447     av.setColumnSelection(cs);
2448     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
2449
2450     // lastly, update any dependent dialogs
2451     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2452     {
2453       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2454     }
2455
2456     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2457
2458     return true;
2459   }
2460
2461   /**
2462    *
2463    * @return null or last search results handled by this panel
2464    */
2465   public SearchResultsI getLastSearchResults()
2466   {
2467     return lastSearchResults;
2468   }
2469 }