src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  29 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSPanel;
  30 import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
  31 import jalview.io.FileFormatI;
  32 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  33 import jalview.util.DBRefUtils;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.Platform;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.Arrays;
  46 import java.util.HashSet;
  47 import java.util.Iterator;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.JButton;
  51 import javax.swing.JCheckBox;
  52 import javax.swing.JComboBox;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.JLabel;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTextArea;
  58 import javax.swing.SwingConstants;
  59
  60 /**
  61  * A panel where the use may choose a database source, and enter one or more
  62  * accessions, to retrieve entries from the database.
  63  * <p>
  64  * If the selected source is Uniprot or PDB, a free text search panel is opened
  65  * instead to perform the search and selection.
  66  */
  67 @SuppressWarnings("serial")
  68 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  69 {
  70
  71   JLabel exampleAccession;
  72
  73   JComboBox<String> database;
  74
  75   JCheckBox replacePunctuation;
  76
  77   JButton okBtn;
  78
  79   JButton exampleBtn;
  80
  81   JButton closeBtn;
  82
  83   JButton backBtn;
  84
  85   JTextArea textArea;
  86
  87   JInternalFrame frame;
  88
  89   IProgressIndicator guiWindow;
  90
  91   AlignFrame alignFrame;
  92
  93   GFTSPanel parentSearchPanel;
  94
  95   IProgressIndicator progressIndicator;
  96
  97   volatile boolean _isConstructing = false;
  98
  99   /**
 100    * Constructor given a client to receive any status or progress messages
 101    * (currently either the Desktop, or an AlignFrame panel)
 102    *
 103    * @param guiIndic
 104    */
 105   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 106   {
 107     this(guiIndic, null, null);
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Constructor with specified database and accession(s) to retrieve
 112    *
 113    * @param guiIndic
 114    * @param selectedDb
 115    * @param queryString
 116    */
 117   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic,
 118           final String selectedDb, final String queryString)
 119   {
 120     this.progressIndicator = guiIndic;
 121
 122     this.guiWindow = progressIndicator;
 123
 124     if (progressIndicator instanceof AlignFrame)
 125     {
 126       alignFrame = (AlignFrame) progressIndicator;
 127     }
 128
 129     jbInit(selectedDb);
 130     textArea.setText(queryString);
 131
 132     frame = new JInternalFrame();
 133     frame.setContentPane(this);
 134     Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), true, 400,
 135                 Platform.isAMacAndNotJS() ? 240 : 180);
 136   }
 137
 138   private String getFrameTitle()
 139   {
 140     return ((alignFrame == null)
 141             ? MessageManager.getString("label.new_sequence_fetcher")
 142             : MessageManager
 143                     .getString("label.additional_sequence_fetcher"));
 144   }
 145
 146   private void jbInit(String selectedDb)
 147   {
 148     this.setLayout(new BorderLayout());
 149
 150     database = new JComboBox<>();
 151     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 152     database.setPrototypeDisplayValue("ENSEMBLGENOMES   ");
 153     String[] sources = jalview.ws.SequenceFetcher.getInstance()
 154             .getSupportedDb();
 155     Arrays.sort(sources, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 156     database.addItem(MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
 157     for (String source : sources)
 158     {
 159       database.addItem(source);
 160     }
 161     database.setSelectedItem(selectedDb);
 162     if (database.getSelectedIndex() == -1)
 163     {
 164       database.setSelectedIndex(0);
 165     }
 166     database.setMaximumRowCount(database.getItemCount());
 167     database.addActionListener(new ActionListener()
 168     {
 169       @Override
 170       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 171       {
 172         String currentSelection = (String) database.getSelectedItem();
 173         updateExampleQuery(currentSelection);
 174
 175         if ("pdb".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 176         {
 177           frame.dispose();
 178           new PDBFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 179         }
 180         else if ("uniprot".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 181         {
 182           frame.dispose();
 183           new UniprotFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 184         }
 185         else
 186         {
 187           otherSourceAction();
 188         }
 189       }
 190     });
 191
 192     exampleAccession = new JLabel("");
 193     exampleAccession.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 194     JLabel jLabel1 = new JLabel(MessageManager
 195             .getString("label.separate_multiple_accession_ids"));
 196     jLabel1.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 197     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 198
 199     replacePunctuation = new JCheckBox(
 200             MessageManager.getString("label.replace_commas_semicolons"));
 201     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 202     replacePunctuation.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 203     okBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
 204     okBtn.addActionListener(new ActionListener()
 205     {
 206       @Override
 207       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 208       {
 209         ok_actionPerformed();
 210       }
 211     });
 212     JButton clear = new JButton(MessageManager.getString("action.clear"));
 213     clear.addActionListener(new ActionListener()
 214     {
 215       @Override
 216       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 217       {
 218         clear_actionPerformed();
 219       }
 220     });
 221
 222     exampleBtn = new JButton(MessageManager.getString("label.example"));
 223     exampleBtn.addActionListener(new ActionListener()
 224     {
 225       @Override
 226       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 227       {
 228         example_actionPerformed();
 229       }
 230     });
 231     closeBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 232     closeBtn.addActionListener(new ActionListener()
 233     {
 234       @Override
 235       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 236       {
 237         close_actionPerformed(e);
 238       }
 239     });
 240     backBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.back"));
 241     backBtn.addActionListener(new ActionListener()
 242     {
 243       @Override
 244       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 245       {
 246         parentSearchPanel.btn_back_ActionPerformed();
 247       }
 248     });
 249     // back not visible unless embedded
 250     backBtn.setVisible(false);
 251
 252     textArea = new JTextArea();
 253     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 254     textArea.setLineWrap(true);
 255     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 256     {
 257       @Override
 258       public void keyPressed(KeyEvent e)
 259       {
 260         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 261         {
 262           ok_actionPerformed();
 263         }
 264       }
 265     });
 266
 267     JPanel actionPanel = new JPanel();
 268     actionPanel.add(backBtn);
 269     actionPanel.add(exampleBtn);
 270     actionPanel.add(clear);
 271     actionPanel.add(okBtn);
 272     actionPanel.add(closeBtn);
 273
 274     JPanel databasePanel = new JPanel();
 275     databasePanel.setLayout(new BorderLayout());
 276     databasePanel.add(database, BorderLayout.NORTH);
 277     databasePanel.add(exampleAccession, BorderLayout.CENTER);
 278     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 279     jPanel2a.add(jLabel1, BorderLayout.NORTH);
 280     jPanel2a.add(replacePunctuation, BorderLayout.SOUTH);
 281     databasePanel.add(jPanel2a, BorderLayout.SOUTH);
 282
 283     JPanel idsPanel = new JPanel();
 284     idsPanel.setLayout(new BorderLayout(0, 5));
 285     JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 286     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 287     idsPanel.add(jScrollPane1, BorderLayout.CENTER);
 288
 289     this.add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 290     this.add(idsPanel, BorderLayout.CENTER);
 291     this.add(databasePanel, BorderLayout.NORTH);
 292   }
 293
 294   /**
 295    * Answers a semi-colon-delimited string with the example query or queries for
 296    * the selected database
 297    *
 298    * @param db
 299    * @return
 300    */
 301   protected String getExampleQueries(String db)
 302   {
 303     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 304     HashSet<String> hs = new HashSet<>();
 305     for (DbSourceProxy dbs : jalview.ws.SequenceFetcher.getInstance()
 306             .getSourceProxy(db))
 307     {
 308       String tq = dbs.getTestQuery();
 309       if (hs.add(tq)) // not a duplicate source
 310       {
 311         if (sb.length() > 0)
 312         {
 313           sb.append(";");
 314         }
 315         sb.append(tq);
 316       }
 317     }
 318     return sb.toString();
 319   }
 320
 321   /**
 322    * Action on selecting a database other than Uniprot or PDB is to enable or
 323    * disable 'Replace commas', and await input in the query field
 324    */
 325   protected void otherSourceAction()
 326   {
 327     try
 328     {
 329       String eq = exampleAccession.getText();
 330       // TODO this should be a property of the SequenceFetcher whether commas
 331       // are allowed in the IDs...
 332
 333       boolean enablePunct = !(eq != null && eq.indexOf(",") > -1);
 334       replacePunctuation.setEnabled(enablePunct);
 335
 336     } catch (Exception ex)
 337     {
 338       exampleAccession.setText("");
 339       replacePunctuation.setEnabled(true);
 340     }
 341     repaint();
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Sets the text of the example query to incorporate the example accession
 346    * provided by the selected database source
 347    *
 348    * @param selectedDatabase
 349    * @return
 350    */
 351   protected String updateExampleQuery(String selectedDatabase)
 352   {
 353     String eq = getExampleQueries(selectedDatabase);
 354     exampleAccession.setText(MessageManager
 355             .formatMessage("label.example_query_param", new String[]
 356             { eq }));
 357     return eq;
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Action on clicking the 'Example' button is to write the example accession
 362    * as the query text field value
 363    */
 364   protected void example_actionPerformed()
 365   {
 366     String eq = getExampleQueries((String) database.getSelectedItem());
 367     textArea.setText(eq);
 368     repaint();
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Clears the query input field
 373    */
 374   protected void clear_actionPerformed()
 375   {
 376     textArea.setText("");
 377     repaint();
 378   }
 379
 380   /**
 381    * Action on Close button is to close this frame, and also (if it is embedded
 382    * in a search panel) to close the search panel
 383    *
 384    * @param e
 385    */
 386   protected void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 387   {
 388     try
 389     {
 390       frame.setClosed(true);
 391       if (parentSearchPanel != null)
 392       {
 393         parentSearchPanel.btn_cancel_ActionPerformed();
 394       }
 395     } catch (Exception ex)
 396     {
 397     }
 398   }
 399
 400   /**
 401    * Action on OK is to start the fetch for entered accession(s)
 402    */
 403   public void ok_actionPerformed()
 404   {
 405     /*
 406      * tidy inputs and check there is something to search for
 407      */
 408     String t0 = textArea.getText();
 409     String text = t0.trim();
 410     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 411     {
 412       text = text.replace(",", ";");
 413     }
 414     text = text.replaceAll("(\\s|[; ])+", ";");
 415     if (!t0.equals(text))
 416     {
 417           textArea.setText(text);
 418     }
 419     if (text.isEmpty())
 420     {
 421       // todo i18n
 422       showErrorMessage(
 423               "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)");
 424       resetDialog();
 425       return;
 426     }
 427     exampleBtn.setEnabled(false);
 428     textArea.setEnabled(false);
 429     okBtn.setEnabled(false);
 430     closeBtn.setEnabled(false);
 431     backBtn.setEnabled(false);
 432
 433     Thread worker = new Thread(this);
 434     worker.start();
 435   }
 436
 437   private void resetDialog()
 438   {
 439     exampleBtn.setEnabled(true);
 440     textArea.setEnabled(true);
 441     okBtn.setEnabled(true);
 442     closeBtn.setEnabled(true);
 443     backBtn.setEnabled(parentSearchPanel != null);
 444   }
 445
 446   @Override
 447   public void run()
 448   {
 449     boolean addToLast = false;
 450     List<String> aresultq = new ArrayList<>();
 451     List<String> presultTitle = new ArrayList<>();
 452     List<AlignmentI> presult = new ArrayList<>();
 453     List<AlignmentI> aresult = new ArrayList<>();
 454     List<DbSourceProxy> sources = jalview.ws.SequenceFetcher.getInstance()
 455             .getSourceProxy((String) database.getSelectedItem());
 456     Iterator<DbSourceProxy> proxies = sources.iterator();
 457     String[] qries = textArea.getText().trim().split(";");
 458     List<String> nextFetch = Arrays.asList(qries);
 459     Iterator<String> en = Arrays.asList(new String[0]).iterator();
 460     int nqueries = qries.length;
 461
 462     FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours = null;
 463     while (proxies.hasNext() && (en.hasNext() || nextFetch.size() > 0))
 464     {
 465       if (!en.hasNext() && nextFetch.size() > 0)
 466       {
 467         en = nextFetch.iterator();
 468         nqueries = nextFetch.size();
 469         // save the remaining queries in the original array
 470         qries = nextFetch.toArray(new String[nqueries]);
 471         nextFetch = new ArrayList<>();
 472       }
 473
 474       DbSourceProxy proxy = proxies.next();
 475       try
 476       {
 477         // update status
 478         guiWindow.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 479                 "status.fetching_sequence_queries_from", new String[]
 480                 { Integer.valueOf(nqueries).toString(),
 481                     proxy.getDbName() }),
 482                 Thread.currentThread().hashCode());
 483         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
 484         {
 485           /*
 486            * proxy only handles one accession id at a time
 487            */
 488           while (en.hasNext())
 489           {
 490             String acc = en.next();
 491             if (!fetchSingleAccession(proxy, acc, aresultq, aresult))
 492             {
 493               nextFetch.add(acc);
 494             }
 495           }
 496         }
 497         else
 498         {
 499           /*
 500            * proxy can fetch multiple accessions at one time
 501            */
 502           fetchMultipleAccessions(proxy, en, aresultq, aresult, nextFetch);
 503         }
 504       } catch (Exception e)
 505       {
 506         showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 507                 + database.getSelectedItem());
 508         // error
 509         // +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 510         System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 511                 + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 512                 + textArea.getText() + "'\n");
 513         e.printStackTrace();
 514       } catch (OutOfMemoryError e)
 515       {
 516         showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 517                 + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()
 518                 + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 519         e.printStackTrace();
 520       } catch (Error e)
 521       {
 522         showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 523                 + " from " + database.getSelectedItem());
 524         e.printStackTrace();
 525       }
 526
 527       // Stack results ready for opening in alignment windows
 528       if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 529       {
 530         FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = proxy
 531                 .getFeatureColourScheme();
 532         if (proxyColourScheme != null)
 533         {
 534           preferredFeatureColours = proxyColourScheme;
 535         }
 536
 537         AlignmentI ar = null;
 538         if (proxy.isAlignmentSource())
 539         {
 540           addToLast = false;
 541           // new window for each result
 542           while (aresult.size() > 0)
 543           {
 544             presult.add(aresult.remove(0));
 545             presultTitle.add(
 546                     aresultq.remove(0) + " " + getDefaultRetrievalTitle());
 547           }
 548         }
 549         else
 550         {
 551           String titl = null;
 552           if (addToLast && presult.size() > 0)
 553           {
 554             ar = presult.remove(presult.size() - 1);
 555             titl = presultTitle.remove(presultTitle.size() - 1);
 556           }
 557           // concatenate all results in one window
 558           while (aresult.size() > 0)
 559           {
 560             if (ar == null)
 561             {
 562               ar = aresult.remove(0);
 563             }
 564             else
 565             {
 566               ar.append(aresult.remove(0));
 567             }
 568           }
 569           addToLast = true;
 570           presult.add(ar);
 571           presultTitle.add(titl);
 572         }
 573       }
 574       guiWindow.setProgressBar(
 575               MessageManager.getString("status.finshed_querying"),
 576               Thread.currentThread().hashCode());
 577     }
 578     guiWindow
 579             .setProgressBar(
 580                     (presult.size() > 0)
 581                             ? MessageManager
 582                                     .getString("status.parsing_results")
 583                             : MessageManager.getString("status.processing"),
 584                     Thread.currentThread().hashCode());
 585     // process results
 586     while (presult.size() > 0)
 587     {
 588       parseResult(presult.remove(0), presultTitle.remove(0), null,
 589               preferredFeatureColours);
 590     }
 591     // only remove visual delay after we finished parsing.
 592     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 593     if (nextFetch.size() > 0)
 594     {
 595       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 596       sb.append("Didn't retrieve the following "
 597               + (nextFetch.size() == 1 ? "query"
 598                       : nextFetch.size() + " queries")
 599               + ": \n");
 600       int l = sb.length(), lr = 0;
 601       for (String s : nextFetch)
 602       {
 603         if (l != sb.length())
 604         {
 605           sb.append("; ");
 606         }
 607         if (lr - sb.length() > 40)
 608         {
 609           sb.append("\n");
 610         }
 611         sb.append(s);
 612       }
 613       showErrorMessage(sb.toString());
 614     }
 615     resetDialog();
 616   }
 617
 618   /**
 619    * Tries to fetch one or more accession ids from the database proxy
 620    *
 621    * @param proxy
 622    * @param accessions
 623    *          the queries to fetch
 624    * @param aresultq
 625    *          a successful queries list to add to
 626    * @param aresult
 627    *          a list of retrieved alignments to add to
 628    * @param nextFetch
 629    *          failed queries are added to this list
 630    * @throws Exception
 631    */
 632   void fetchMultipleAccessions(DbSourceProxy proxy,
 633           Iterator<String> accessions, List<String> aresultq,
 634           List<AlignmentI> aresult, List<String> nextFetch) throws Exception
 635   {
 636     StringBuilder multiacc = new StringBuilder();
 637     List<String> tosend = new ArrayList<>();
 638     while (accessions.hasNext())
 639     {
 640       String nel = accessions.next();
 641       tosend.add(nel);
 642       multiacc.append(nel);
 643       if (accessions.hasNext())
 644       {
 645         multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 646       }
 647     }
 648
 649     try
 650     {
 651       String query = multiacc.toString();
 652       AlignmentI rslt = proxy.getSequenceRecords(query);
 653       if (rslt == null || rslt.getHeight() == 0)
 654       {
 655         // no results - pass on all queries to next source
 656         nextFetch.addAll(tosend);
 657       }
 658       else
 659       {
 660         aresultq.add(query);
 661         aresult.add(rslt);
 662         if (tosend.size() > 1)
 663         {
 664           checkResultForQueries(rslt, tosend, nextFetch, proxy);
 665         }
 666       }
 667     } catch (OutOfMemoryError oome)
 668     {
 669       new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 670               + database.getSelectedItem(), oome, this);
 671     }
 672   }
 673
 674   /**
 675    * Query for a single accession id via the database proxy
 676    *
 677    * @param proxy
 678    * @param accession
 679    * @param aresultq
 680    *          a list of successful queries to add to
 681    * @param aresult
 682    *          a list of retrieved alignments to add to
 683    * @return true if the fetch was successful, else false
 684    */
 685   boolean fetchSingleAccession(DbSourceProxy proxy, String accession,
 686           List<String> aresultq, List<AlignmentI> aresult)
 687   {
 688     boolean success = false;
 689     try
 690     {
 691       if (aresult != null)
 692       {
 693         try
 694         {
 695           // give the server a chance to breathe
 696           Thread.sleep(5);
 697         } catch (Exception e)
 698         {
 699           //
 700         }
 701       }
 702
 703       AlignmentI indres = null;
 704       try
 705       {
 706         indres = proxy.getSequenceRecords(accession);
 707       } catch (OutOfMemoryError oome)
 708       {
 709         new OOMWarning(
 710                 "fetching " + accession + " from " + proxy.getDbName(),
 711                 oome, this);
 712       }
 713       if (indres != null)
 714       {
 715         aresultq.add(accession);
 716         aresult.add(indres);
 717         success = true;
 718       }
 719     } catch (Exception e)
 720     {
 721       Cache.log.info("Error retrieving " + accession + " from "
 722               + proxy.getDbName(), e);
 723     }
 724     return success;
 725   }
 726
 727   /**
 728    * Checks which of the queries were successfully retrieved by searching the
 729    * DBRefs of the retrieved sequences for a match. Any not found are added to
 730    * the 'nextFetch' list.
 731    *
 732    * @param rslt
 733    * @param queries
 734    * @param nextFetch
 735    * @param proxy
 736    */
 737   void checkResultForQueries(AlignmentI rslt, List<String> queries,
 738           List<String> nextFetch, DbSourceProxy proxy)
 739   {
 740     SequenceI[] rs = rslt.getSequencesArray();
 741
 742     for (String q : queries)
 743     {
 744         // BH 2019.01.25 dbr is never used.
 745 //      DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();
 746 //      dbr.setSource(proxy.getDbSource());
 747 //      dbr.setVersion(null);
 748       String accId = proxy.getAccessionIdFromQuery(q);
 749 //      dbr.setAccessionId(accId);
 750       boolean rfound = false;
 751       for (int r = 0, nr = rs.length; r < nr; r++)
 752       {
 753         if (rs[r] != null)
 754         {
 755           List<DBRefEntry> found = DBRefUtils.searchRefs(rs[r].getDBRefs(),
 756                   accId);
 757           if (!found.isEmpty())
 758           {
 759             rfound = true;
 760             break;
 761           }
 762         }
 763       }
 764       if (!rfound)
 765       {
 766         nextFetch.add(q);
 767       }
 768     }
 769   }
 770
 771   /**
 772    *
 773    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 774    *         selected source and settings
 775    */
 776   public String getDefaultRetrievalTitle()
 777   {
 778     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 779   }
 780
 781   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 782           FileFormatI currentFileFormat,
 783           FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours)
 784   {
 785
 786     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 787     {
 788       if (title == null)
 789       {
 790         title = getDefaultRetrievalTitle();
 791       }
 792       if (alignFrame == null)
 793       {
 794         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 795                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 796         if (currentFileFormat != null)
 797         {
 798           af.currentFileFormat = currentFileFormat;
 799         }
 800
 801         List<SequenceI> alsqs = al.getSequences();
 802         synchronized (alsqs)
 803         {
 804           for (SequenceI sq : alsqs)
 805           {
 806             if (sq.getFeatures().hasFeatures())
 807             {
 808               af.setShowSeqFeatures(true);
 809               break;
 810             }
 811           }
 812         }
 813
 814         if (preferredFeatureColours != null)
 815         {
 816           af.getViewport().applyFeaturesStyle(preferredFeatureColours);
 817         }
 818         if (Cache.getDefault("HIDE_INTRONS", true))
 819         {
 820           af.hideFeatureColumns(SequenceOntologyI.EXON, false);
 821         }
 822         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 823                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 824
 825         af.setStatus(MessageManager
 826                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 827
 828         try
 829         {
 830           af.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 831         } catch (Exception ex)
 832         {
 833         }
 834       }
 835       else
 836       {
 837         alignFrame.viewport.addAlignment(al, title);
 838       }
 839     }
 840     return al;
 841   }
 842
 843   void showErrorMessage(final String error)
 844   {
 845     resetDialog();
 846     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 847     {
 848       @Override
 849       public void run()
 850       {
 851         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(), error,
 852                 MessageManager.getString("label.error_retrieving_data"),
 853                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 854       }
 855     });
 856   }
 857
 858   public IProgressIndicator getProgressIndicator()
 859   {
 860     return progressIndicator;
 861   }
 862
 863   public void setProgressIndicator(IProgressIndicator progressIndicator)
 864   {
 865     this.progressIndicator = progressIndicator;
 866   }
 867
 868   /**
 869    * Hide this panel (on clicking the database button to open the database
 870    * chooser)
 871    */
 872   void hidePanel()
 873   {
 874     frame.setVisible(false);
 875   }
 876
 877   public void setQuery(String ids)
 878   {
 879     textArea.setText(ids);
 880   }
 881
 882   /**
 883    * Called to modify the search panel for embedding as an alternative tab of a
 884    * free text search panel. The database choice list is hidden (since the
 885    * choice has been made), and a Back button is made visible (which reopens the
 886    * Sequence Fetcher panel).
 887    *
 888    * @param parentPanel
 889    */
 890   public void embedIn(GFTSPanel parentPanel)
 891   {
 892     database.setVisible(false);
 893     backBtn.setVisible(true);
 894     parentSearchPanel = parentPanel;
 895   }
 896 }