src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.5)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import MCview.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  31 import java.io.File;
  32 import jalview.io.*;
  33 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  34 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  35 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Dimension;
  41
  42 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  43 {
  44   // ASequenceFetcher sfetch;
  45   JInternalFrame frame;
  46
  47   IProgressIndicator guiWindow;
  48
  49   AlignFrame alignFrame;
  50
  51   StringBuffer result;
  52
  53   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  54
  55   Hashtable sources = new Hashtable();
  56
  57   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  58
  59   private static String dasRegistry = null;
  60   private static boolean _initingFetcher=false;
  61   private static Thread initingThread=null;
  62   /**
  63    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  64    * SequenceFetcher client
  65    *
  66    * @param guiWindow
  67    *          - where the initialisation delay message should be shown
  68    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  69    */
  70   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  71           final IProgressIndicator guiWindow)
  72   {
  73     if (_initingFetcher && initingThread!=null && initingThread.isAlive())
  74     {
  75       if (guiWindow != null)
  76       {
  77         guiWindow.setProgressBar("Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  78                 Thread.currentThread().hashCode());
  79       }
  80       // initting happening on another thread - so wait around to see if it finishes.
  81       while (_initingFetcher && initingThread!=null && initingThread.isAlive())
  82       {
  83         try {Thread.sleep(10);} catch (Exception e){};
  84       }
  85       if (guiWindow != null)
  86       {
  87         guiWindow.setProgressBar("Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  88                 Thread.currentThread().hashCode());
  89       }
  90     }
  91     if (sfetch == null
  92             || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
  93     {
  94       _initingFetcher=true;
  95       initingThread=Thread.currentThread();
  96       /**
  97        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
  98        */
  99       if (guiWindow != null)
 100       {
 101         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 102                 Thread.currentThread().hashCode());
 103       }
 104       dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
 105       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 106       if (guiWindow != null)
 107       {
 108         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 109                 initingThread.hashCode());
 110       }
 111       sfetch = sf;
 112       _initingFetcher=false;
 113       initingThread=null;
 114     }
 115     return sfetch;
 116   }
 117
 118   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 119   {
 120     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
 121     final SequenceFetcher us = this;
 122     // launch initialiser thread
 123     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 124     {
 125
 126       public void run()
 127       {
 128         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 129         {
 130           us.initGui(guiWindow);
 131         }
 132         else
 133         {
 134           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 135           {
 136             public void run()
 137             {
 138               JOptionPane
 139                       .showInternalMessageDialog(
 140                               Desktop.desktop,
 141                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 142                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 143                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 144             }
 145           });
 146
 147           // raise warning dialog
 148         }
 149       }
 150     });
 151     sf.start();
 152   }
 153
 154   /**
 155    * called by thread spawned by constructor
 156    *
 157    * @param guiWindow
 158    */
 159   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 160   {
 161     this.guiWindow = guiWindow;
 162     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 163     {
 164       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 165     }
 166
 167     database.addItem(noDbSelected);
 168     /*
 169      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 170      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 171      * identical DB sources, and should be collapsed.
 172      */
 173
 174     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 175     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 176     {
 177       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 178       {
 179         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 180         // duplicate source names are thrown away, here.
 181         if (!sources.containsKey(name))
 182         {
 183           database.addItem(name);
 184         }
 185         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 186         sources.put(name, dbs[i]);
 187       }
 188     }
 189     try
 190     {
 191       jbInit();
 192     } catch (Exception ex)
 193     {
 194       ex.printStackTrace();
 195     }
 196
 197     frame = new JInternalFrame();
 198     frame.setContentPane(this);
 199     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 200     {
 201       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 202     }
 203     else
 204     {
 205       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 140);
 206     }
 207   }
 208
 209   private String getFrameTitle()
 210   {
 211     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 212             + "Sequence Fetcher";
 213   }
 214
 215   private void jbInit() throws Exception
 216   {
 217     this.setLayout(borderLayout2);
 218
 219     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 220     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 221     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 222     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 223     jLabel1
 224             .setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 225     ok.setText("OK");
 226     ok.addActionListener(new ActionListener()
 227     {
 228       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 229       {
 230         ok_actionPerformed();
 231       }
 232     });
 233     clear.setText("Clear");
 234     clear.addActionListener(new ActionListener()
 235     {
 236       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 237       {
 238         clear_actionPerformed();
 239       }
 240     });
 241
 242     example.setText("Example");
 243     example.addActionListener(new ActionListener()
 244     {
 245       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 246       {
 247         example_actionPerformed();
 248       }
 249     });
 250     close.setText("Close");
 251     close.addActionListener(new ActionListener()
 252     {
 253       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 254       {
 255         close_actionPerformed(e);
 256       }
 257     });
 258     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 259     textArea.setLineWrap(true);
 260     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 261     {
 262       public void keyPressed(KeyEvent e)
 263       {
 264         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 265           ok_actionPerformed();
 266       }
 267     });
 268     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 269     borderLayout1.setVgap(5);
 270     jPanel1.add(ok);
 271     jPanel1.add(example);
 272     jPanel1.add(clear);
 273     jPanel1.add(close);
 274     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 275     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 276
 277     database.addActionListener(new ActionListener()
 278     {
 279
 280       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 281       {
 282         DbSourceProxy db = null;
 283         try
 284         {
 285           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 286                   .getSelectedItem()));
 287           dbeg.setText("Example query: " + db.getTestQuery());
 288         } catch (Exception ex)
 289         {
 290           dbeg.setText("");
 291         }
 292         jPanel2.repaint();
 293       }
 294     });
 295     dbeg.setText("");
 296     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 297     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 298     jPanel2.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 299     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 300     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 301     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 302     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 303     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 304     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 305
 306   }
 307
 308   protected void example_actionPerformed()
 309   {
 310     DbSourceProxy db = null;
 311     try
 312     {
 313       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 314               .getSelectedItem()));
 315       textArea.setText(db.getTestQuery());
 316     } catch (Exception ex)
 317     {
 318     }
 319     jPanel3.repaint();
 320   }
 321
 322   protected void clear_actionPerformed()
 323   {
 324     textArea.setText("");
 325     jPanel3.repaint();
 326   }
 327
 328   JLabel dbeg = new JLabel();
 329
 330   JComboBox database = new JComboBox();
 331
 332   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 333
 334   JButton ok = new JButton();
 335
 336   JButton clear = new JButton();
 337
 338   JButton example = new JButton();
 339
 340   JButton close = new JButton();
 341
 342   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 343
 344   JTextArea textArea = new JTextArea();
 345
 346   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 347
 348   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 349
 350   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 351
 352   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 353
 354   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 355
 356   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 357
 358   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 359
 360   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 361   {
 362     try
 363     {
 364       frame.setClosed(true);
 365     } catch (Exception ex)
 366     {
 367     }
 368   }
 369
 370   public void ok_actionPerformed()
 371   {
 372     database.setEnabled(false);
 373     textArea.setEnabled(false);
 374     ok.setEnabled(false);
 375     close.setEnabled(false);
 376
 377     Thread worker = new Thread(this);
 378     worker.start();
 379   }
 380
 381   private void resetDialog()
 382   {
 383     database.setEnabled(true);
 384     textArea.setEnabled(true);
 385     ok.setEnabled(true);
 386     close.setEnabled(true);
 387   }
 388
 389   public void run()
 390   {
 391     String error = "";
 392     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 393     {
 394       error += "Please select the source database\n";
 395     }
 396     // TODO: make this transformation optional and configurable
 397     com.stevesoft.pat.Regex empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 398             "(\\s|[,; ])+", ";"); // \\s+", "");
 399     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 400     // see if there's anthing to search with
 401     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 402             .getText()))
 403     {
 404       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 405     }
 406     if (error.length() > 0)
 407     {
 408       showErrorMessage(error);
 409       resetDialog();
 410       return;
 411     }
 412     AlignmentI aresult = null;
 413     Object source = database.getSelectedItem();
 414     Enumeration en = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 415     try
 416     {
 417       guiWindow.setProgressBar("Fetching Sequences from "
 418               + database.getSelectedItem(), Thread.currentThread()
 419               .hashCode());
 420       DbSourceProxy proxy = sfetch.getSourceProxy((String) sources
 421               .get(source));
 422       if (proxy.getAccessionSeparator() == null)
 423       {
 424         while (en.hasMoreElements())
 425         {
 426           String item = (String) en.nextElement();
 427           try
 428           {
 429             if (aresult != null)
 430             {
 431               try
 432               {
 433                 // give the server a chance to breathe
 434                 Thread.sleep(5);
 435               } catch (Exception e)
 436               {
 437                 //
 438               }
 439
 440             }
 441
 442             AlignmentI indres = null;
 443             try
 444             {
 445               indres = proxy.getSequenceRecords(item);
 446             } catch (OutOfMemoryError oome)
 447             {
 448               new OOMWarning(
 449                       "fetching " + item + " from "
 450                               + database.getSelectedItem(),oome,
 451                       this);
 452             }
 453             if (indres != null)
 454             {
 455               if (aresult == null)
 456               {
 457                 aresult = indres;
 458               }
 459               else
 460               {
 461                 aresult.append(indres);
 462               }
 463             }
 464           } catch (Exception e)
 465           {
 466             jalview.bin.Cache.log.info("Error retrieving " + item
 467                     + " from " + source, e);
 468           }
 469         }
 470       }
 471       else
 472       {
 473         StringBuffer multiacc = new StringBuffer();
 474         while (en.hasMoreElements())
 475         {
 476           multiacc.append(en.nextElement());
 477           if (en.hasMoreElements())
 478           {
 479             multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 480           }
 481         }
 482         try
 483         {
 484           aresult = proxy.getSequenceRecords(multiacc.toString());
 485         } catch (OutOfMemoryError oome)
 486         {
 487           new OOMWarning(
 488                   "fetching " + multiacc + " from "
 489                           + database.getSelectedItem(),oome,
 490                   this);
 491         }
 492
 493
 494       }
 495
 496     } catch (Exception e)
 497     {
 498       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 499               + database.getSelectedItem());
 500       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 501       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 502               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 503               + textArea.getText() + "'\n");
 504       e.printStackTrace();
 505     } catch (OutOfMemoryError e)
 506     {
 507       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 508       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 509               + textArea.getText()
 510               + " from "
 511               + database.getSelectedItem()
 512               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 513       e.printStackTrace();
 514     } catch (Error e)
 515     {
 516       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 517               + " from " + database.getSelectedItem());
 518       e.printStackTrace();
 519     }
 520     if (aresult != null)
 521     {
 522       parseResult(aresult, null, null);
 523     }
 524     // only remove visual delay after we finished parsing.
 525     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 526     resetDialog();
 527   }
 528
 529   /*
 530    * result = new StringBuffer(); if
 531    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 532    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 533    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 534    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 535    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 536    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 537    *
 538    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 539    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch
 540    * = new EBIFetchClient(); String qry =
 541    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 542    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 543    *
 544    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 545    * reply.exists()) { efile =
 546    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null)
 547    * { for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 548    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 549    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 550    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 551    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 552    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 553    *
 554    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 555    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 556    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 557    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 558    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 559    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 560    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 561    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 562    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 563    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 564    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 565    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 566    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 567    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int
 568    * j=0;j<seqparts.length; i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; }
 569    * seqs=newseqs; } result.append("# Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); }
 570    * } if (seqs != null && seqs.length > 0) { if (parseResult(new
 571    * Alignment(seqs), null, null)!=null) { result.append( "# Successfully parsed
 572    * the PDB File Queries into an
 573    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 574    * try { result.append(new FastaFile(
 575    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 576    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 577    *
 578    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 579    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 580    * result = null; } }
 581    *
 582    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 583    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem());
 584    * }
 585    *
 586    * resetDialog(); return; }
 587    *
 588    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 589    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 590    *
 591    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 592    * dbref.getUniprotEntries(file);
 593    *
 594    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 595    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 596    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 597    *
 598    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 599    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 600    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 601    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 602    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 603    *
 604    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 605    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 606    *
 607    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 608    * "\n"); }
 609    *
 610    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 611    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 612    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 613    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 614    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 615    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 616    *
 617    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 618    *
 619    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 620    * (en2.hasMoreElements()) {
 621    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 622    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 623    *
 624    *
 625    *
 626    *
 627    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 628    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 629    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 630    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 631    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } }
 632    * }
 633    *
 634    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 635    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 636    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 637    *
 638    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 639    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file
 640    * == null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 641    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 642    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 643    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 644    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 645    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 646    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 647    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 648    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 649    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 650    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 651    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 652    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 653    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 654    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source
 655    * // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 656    * information DBRefEntry dbentry = new
 657    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 658    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 659    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 660    *
 661    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 662    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 663    * { jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 664    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 665    * null; }
 666    *
 667    *
 668    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 669    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 670    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 671    */
 672   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 673   {
 674     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 675     Alignment sequences = null;
 676     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 677     {
 678       sequences = null;
 679       try
 680       {
 681         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 682                 "Paste", format);
 683       } catch (Exception ex)
 684       {
 685       }
 686
 687       if (sequences != null)
 688       {
 689         return parseResult(sequences, title, format);
 690       }
 691     }
 692     else
 693     {
 694       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 695               + database.getSelectedItem());
 696     }
 697
 698     return null;
 699   }
 700
 701   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 702           String currentFileFormat)
 703   {
 704
 705     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 706     {
 707       if (alignFrame == null)
 708       {
 709         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 710                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 711         if (currentFileFormat != null)
 712         {
 713           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 714           // FORMAT FOR
 715           // NON-FormatAdapter Sourced
 716           // Alignments?
 717         }
 718
 719         if (title == null)
 720         {
 721           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 722         }
 723         SequenceFeature[] sfs = null;
 724         for (Enumeration sq = al.getSequences().elements(); sq
 725                 .hasMoreElements();)
 726         {
 727           if ((sfs = ((SequenceI) sq.nextElement()).getDatasetSequence()
 728                   .getSequenceFeatures()) != null)
 729           {
 730             if (sfs.length > 0)
 731             {
 732               af.setShowSeqFeatures(true);
 733               break;
 734             }
 735           }
 736
 737         }
 738         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 739                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 740
 741         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 742
 743         try
 744         {
 745           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 746                   false));
 747         } catch (Exception ex)
 748         {
 749         }
 750       }
 751       else
 752       {
 753         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 754         {
 755           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 756           // also
 757           // creates
 758           // dataset
 759           // sequence
 760           // entries
 761         }
 762         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 763                 .getHeight());
 764         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 765         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 766                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 767       }
 768     }
 769     return al;
 770   }
 771
 772   void showErrorMessage(final String error)
 773   {
 774     resetDialog();
 775     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 776     {
 777       public void run()
 778       {
 779         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 780                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 781       }
 782     });
 783   }
 784 }