src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSPanel;
  30 import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
  31 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  32 import jalview.util.DBRefUtils;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.util.Platform;
  35 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.Arrays;
  46 import java.util.Iterator;
  47 import java.util.List;
  48
  49 import javax.swing.JButton;
  50 import javax.swing.JCheckBox;
  51 import javax.swing.JInternalFrame;
  52 import javax.swing.JLabel;
  53 import javax.swing.JOptionPane;
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.JScrollPane;
  56 import javax.swing.JTextArea;
  57 import javax.swing.SwingConstants;
  58 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  59
  60 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  61 {
  62   JLabel dbeg = new JLabel();
  63
  64   JDatabaseTree database;
  65
  66   JButton databaseButt;
  67
  68   JLabel jLabel1 = new JLabel();
  69
  70   JCheckBox replacePunctuation = new JCheckBox();
  71
  72   JButton ok = new JButton();
  73
  74   JButton clear = new JButton();
  75
  76   JButton example = new JButton();
  77
  78   JButton close = new JButton();
  79
  80   JPanel jPanel1 = new JPanel();
  81
  82   JTextArea textArea = new JTextArea();
  83
  84   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
  85
  86   JPanel jPanel2 = new JPanel();
  87
  88   JPanel jPanel3 = new JPanel();
  89
  90   JPanel jPanel4 = new JPanel();
  91
  92   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  93
  94   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
  95
  96   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
  97
  98   JInternalFrame frame;
  99
 100   IProgressIndicator guiWindow;
 101
 102   AlignFrame alignFrame;
 103
 104   StringBuffer result;
 105
 106   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
 107
 108   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
 109
 110   private static long lastDasSourceRegistry = -3;
 111
 112   private static DasSourceRegistryI dasRegistry = null;
 113
 114   private static boolean _initingFetcher = false;
 115
 116   private static Thread initingThread = null;
 117
 118   int debounceTrap = 0;
 119
 120   public JTextArea getTextArea()
 121   {
 122     return textArea;
 123   }
 124
 125   /**
 126    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
 127    * SequenceFetcher client
 128    *
 129    * @param guiWindow
 130    *          - where the initialisation delay message should be shown
 131    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
 132    */
 133   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
 134           final IProgressIndicator guiWindow)
 135   {
 136     if (_initingFetcher && initingThread != null && initingThread.isAlive())
 137     {
 138       if (guiWindow != null)
 139       {
 140         guiWindow
 141                 .setProgressBar(
 142                         MessageManager
 143                                 .getString("status.waiting_sequence_database_fetchers_init"),
 144                         Thread.currentThread().hashCode());
 145       }
 146       // initting happening on another thread - so wait around to see if it
 147       // finishes.
 148       while (_initingFetcher && initingThread != null
 149               && initingThread.isAlive())
 150       {
 151         try
 152         {
 153           Thread.sleep(10);
 154         } catch (Exception e)
 155         {
 156         }
 157         ;
 158       }
 159       if (guiWindow != null)
 160       {
 161         guiWindow
 162                 .setProgressBar(
 163                         MessageManager
 164                                 .getString("status.waiting_sequence_database_fetchers_init"),
 165                         Thread.currentThread().hashCode());
 166       }
 167     }
 168     if (sfetch == null
 169             || dasRegistry != Cache.getDasSourceRegistry()
 170             || lastDasSourceRegistry != (Cache.getDasSourceRegistry()
 171                     .getDasRegistryURL() + Cache
 172                     .getDasSourceRegistry().getLocalSourceString())
 173                     .hashCode())
 174     {
 175       _initingFetcher = true;
 176       initingThread = Thread.currentThread();
 177       /**
 178        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
 179        */
 180       if (guiWindow != null)
 181       {
 182         guiWindow.setProgressBar(MessageManager
 183                 .getString("status.init_sequence_database_fetchers"),
 184                 Thread.currentThread().hashCode());
 185       }
 186       dasRegistry = Cache.getDasSourceRegistry();
 187       dasRegistry.refreshSources();
 188
 189       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 190       if (guiWindow != null)
 191       {
 192         guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 193       }
 194       lastDasSourceRegistry = (dasRegistry.getDasRegistryURL() + dasRegistry
 195               .getLocalSourceString()).hashCode();
 196       sfetch = sf;
 197       _initingFetcher = false;
 198       initingThread = null;
 199     }
 200     return sfetch;
 201   }
 202
 203   private IProgressIndicator progressIndicator;
 204
 205   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 206   {
 207     this.progressIndicator = guiIndic;
 208     final SequenceFetcher us = this;
 209     // launch initialiser thread
 210     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 211     {
 212
 213       @Override
 214       public void run()
 215       {
 216         if (getSequenceFetcherSingleton(progressIndicator) != null)
 217         {
 218           us.initGui(progressIndicator);
 219         }
 220         else
 221         {
 222           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 223           {
 224             @Override
 225             public void run()
 226             {
 227               JOptionPane
 228                       .showInternalMessageDialog(
 229                               Desktop.desktop,
 230                               MessageManager
 231                                       .getString("warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client"),
 232                               MessageManager
 233                                       .getString("label.couldnt_create_sequence_fetcher"),
 234                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 235             }
 236           });
 237
 238           // raise warning dialog
 239         }
 240       }
 241     });
 242     sf.start();
 243   }
 244
 245   private class DatabaseAuthority extends DefaultMutableTreeNode
 246   {
 247
 248   };
 249
 250   private class DatabaseSource extends DefaultMutableTreeNode
 251   {
 252
 253   };
 254
 255   /**
 256    * called by thread spawned by constructor
 257    *
 258    * @param guiWindow
 259    */
 260   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 261   {
 262     this.guiWindow = guiWindow;
 263     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 264     {
 265       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 266     }
 267     database = new JDatabaseTree(sfetch);
 268     try
 269     {
 270       jbInit();
 271     } catch (Exception ex)
 272     {
 273       ex.printStackTrace();
 274     }
 275
 276     frame = new JInternalFrame();
 277     frame.setContentPane(this);
 278     if (Platform.isAMac())
 279     {
 280       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), false, 400, 240);
 281     }
 282     else
 283     {
 284       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), false, 400, 180);
 285     }
 286   }
 287
 288   private String getFrameTitle()
 289   {
 290     return ((alignFrame == null) ? MessageManager
 291             .getString("label.new_sequence_fetcher") : MessageManager
 292             .getString("label.additional_sequence_fetcher"));
 293   }
 294
 295   private void jbInit() throws Exception
 296   {
 297     this.setLayout(borderLayout2);
 298
 299     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 300     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 301     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 302     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 303     jLabel1.setText(MessageManager
 304             .getString("label.separate_multiple_accession_ids"));
 305
 306     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 307     replacePunctuation
 308             .setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 309     replacePunctuation.setText(MessageManager
 310             .getString("label.replace_commas_semicolons"));
 311     ok.setText(MessageManager.getString("action.ok"));
 312     ok.addActionListener(new ActionListener()
 313     {
 314       @Override
 315       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 316       {
 317         ok_actionPerformed();
 318       }
 319     });
 320     clear.setText(MessageManager.getString("action.clear"));
 321     clear.addActionListener(new ActionListener()
 322     {
 323       @Override
 324       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 325       {
 326         clear_actionPerformed();
 327       }
 328     });
 329
 330     example.setText(MessageManager.getString("label.example"));
 331     example.addActionListener(new ActionListener()
 332     {
 333       @Override
 334       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 335       {
 336         example_actionPerformed();
 337       }
 338     });
 339     close.setText(MessageManager.getString("action.close"));
 340     close.addActionListener(new ActionListener()
 341     {
 342       @Override
 343       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 344       {
 345         close_actionPerformed(e);
 346       }
 347     });
 348     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 349     textArea.setLineWrap(true);
 350     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 351     {
 352       @Override
 353       public void keyPressed(KeyEvent e)
 354       {
 355         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 356         {
 357           ok_actionPerformed();
 358         }
 359       }
 360     });
 361     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 362     borderLayout1.setVgap(5);
 363     jPanel1.add(ok);
 364     jPanel1.add(example);
 365     jPanel1.add(clear);
 366     jPanel1.add(close);
 367     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 368     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 369     databaseButt = database.getDatabaseSelectorButton();
 370     databaseButt.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 371     database.addActionListener(new ActionListener()
 372     {
 373       @Override
 374       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 375       {
 376         debounceTrap++;
 377         String currentSelection = database.getSelectedItem();
 378         if (currentSelection == null)
 379         {
 380           close_actionPerformed(null);
 381         }
 382
 383         showPanel();
 384
 385         if (currentSelection.equalsIgnoreCase("pdb")
 386                 && (database.action == KeyEvent.VK_ENTER || ((debounceTrap % 2) == 0)))
 387         {
 388           pdbSourceAction();
 389         }
 390         else if (currentSelection.equalsIgnoreCase("uniprot")
 391                 && (database.action == KeyEvent.VK_ENTER || ((debounceTrap % 2) == 0)))
 392         {
 393           uniprotSourceAction();
 394         }
 395         else
 396         {
 397           otherSourceAction();
 398         }
 399         database.action = -1;
 400       }
 401     });
 402
 403     dbeg.setText("");
 404     jPanel2.add(databaseButt, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 405     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 406     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 407     jPanel2a.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 408     jPanel2a.add(replacePunctuation, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 409     jPanel2.add(jPanel2a, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 410     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 411     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 412     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 413     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 414     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 415     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 416
 417     /*
 418      * open the database tree
 419      */
 420     database.waitForInput();
 421   }
 422
 423   private void pdbSourceAction()
 424   {
 425     databaseButt.setText(database.getSelectedItem());
 426     new PDBFTSPanel(this);
 427     frame.dispose();
 428   }
 429
 430   private void uniprotSourceAction()
 431   {
 432     databaseButt.setText(database.getSelectedItem());
 433     new UniprotFTSPanel(this);
 434     frame.dispose();
 435   }
 436   private void otherSourceAction()
 437   {
 438     try
 439     {
 440       databaseButt.setText(database.getSelectedItem()
 441               + (database.getSelectedSources().size() > 1 ? " (and "
 442                       + database.getSelectedSources().size() + " others)"
 443                       : ""));
 444       String eq = database.getExampleQueries();
 445       dbeg.setText(MessageManager.formatMessage(
 446               "label.example_query_param", new String[] { eq }));
 447       boolean enablePunct = !(eq != null && eq.indexOf(",") > -1);
 448       for (DbSourceProxy dbs : database.getSelectedSources())
 449       {
 450         if (dbs instanceof jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSequenceSource)
 451         {
 452           enablePunct = false;
 453           break;
 454         }
 455       }
 456       replacePunctuation.setEnabled(enablePunct);
 457
 458     } catch (Exception ex)
 459     {
 460       dbeg.setText("");
 461       replacePunctuation.setEnabled(true);
 462     }
 463     jPanel2.repaint();
 464   }
 465
 466   protected void example_actionPerformed()
 467   {
 468     DbSourceProxy db = null;
 469     try
 470     {
 471       textArea.setText(database.getExampleQueries());
 472     } catch (Exception ex)
 473     {
 474     }
 475     jPanel3.repaint();
 476   }
 477
 478   protected void clear_actionPerformed()
 479   {
 480     textArea.setText("");
 481     jPanel3.repaint();
 482   }
 483
 484   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 485   {
 486     try
 487     {
 488       frame.setClosed(true);
 489     } catch (Exception ex)
 490     {
 491     }
 492   }
 493
 494   public void ok_actionPerformed()
 495   {
 496     databaseButt.setEnabled(false);
 497     example.setEnabled(false);
 498     textArea.setEnabled(false);
 499     ok.setEnabled(false);
 500     close.setEnabled(false);
 501
 502     Thread worker = new Thread(this);
 503     worker.start();
 504   }
 505
 506   private void resetDialog()
 507   {
 508     databaseButt.setEnabled(true);
 509     example.setEnabled(true);
 510     textArea.setEnabled(true);
 511     ok.setEnabled(true);
 512     close.setEnabled(true);
 513   }
 514
 515   @Override
 516   public void run()
 517   {
 518     String error = "";
 519     if (!database.hasSelection())
 520     {
 521       error += "Please select the source database\n";
 522     }
 523     // TODO: make this transformation more configurable
 524     com.stevesoft.pat.Regex empty;
 525     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 526     {
 527       empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 528       // replace commas and spaces with a semicolon
 529               "(\\s|[,; ])+", ";");
 530     }
 531     else
 532     {
 533       // just turn spaces and semicolons into single semicolons
 534       empty = new com.stevesoft.pat.Regex("(\\s|[; ])+", ";");
 535     }
 536     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 537     // see if there's anthing to search with
 538     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 539             .getText()))
 540     {
 541       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 542     }
 543     if (error.length() > 0)
 544     {
 545       showErrorMessage(error);
 546       resetDialog();
 547       return;
 548     }
 549     // TODO: Refactor to GUI independent code and write tests.
 550     // indicate if successive sources should be merged into one alignment.
 551     boolean addToLast = false;
 552     List<String> aresultq = new ArrayList<String>();
 553     List<String> presultTitle = new ArrayList<String>();
 554     List<AlignmentI> presult = new ArrayList<AlignmentI>();
 555     List<AlignmentI> aresult = new ArrayList<AlignmentI>();
 556     Iterator<DbSourceProxy> proxies = database.getSelectedSources()
 557             .iterator();
 558     String[] qries;
 559     List<String> nextFetch = Arrays.asList(qries = textArea.getText()
 560             .split(";"));
 561     Iterator<String> en = Arrays.asList(new String[0]).iterator();
 562     int nqueries = qries.length;
 563
 564     FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours = null;
 565     while (proxies.hasNext() && (en.hasNext() || nextFetch.size() > 0))
 566     {
 567       if (!en.hasNext() && nextFetch.size() > 0)
 568       {
 569         en = nextFetch.iterator();
 570         nqueries = nextFetch.size();
 571         // save the remaining queries in the original array
 572         qries = nextFetch.toArray(new String[nqueries]);
 573         nextFetch = new ArrayList<String>();
 574       }
 575
 576       DbSourceProxy proxy = proxies.next();
 577       try
 578       {
 579         // update status
 580         guiWindow
 581                 .setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 582                         "status.fetching_sequence_queries_from",
 583                         new String[] {
 584                             Integer.valueOf(nqueries).toString(),
 585                             proxy.getDbName() }), Thread.currentThread()
 586                         .hashCode());
 587         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
 588         {
 589           /*
 590            * proxy only handles one accession id at a time
 591            */
 592           while (en.hasNext())
 593           {
 594             String acc = en.next();
 595             if (!fetchSingleAccession(proxy, acc, aresultq, aresult))
 596             {
 597               nextFetch.add(acc);
 598             }
 599           }
 600         }
 601         else
 602         {
 603           /*
 604            * proxy can fetch multiple accessions at one time
 605            */
 606           fetchMultipleAccessions(proxy, en, aresultq, aresult, nextFetch);
 607         }
 608       } catch (Exception e)
 609       {
 610         showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText()
 611                 + " from " + database.getSelectedItem());
 612         // error
 613         // +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 614         System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 615                 + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 616                 + textArea.getText() + "'\n");
 617         e.printStackTrace();
 618       } catch (OutOfMemoryError e)
 619       {
 620         showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 621                 + textArea.getText()
 622                 + " from "
 623                 + database.getSelectedItem()
 624                 + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 625         e.printStackTrace();
 626       } catch (Error e)
 627       {
 628         showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 629                 + " from " + database.getSelectedItem());
 630         e.printStackTrace();
 631       }
 632
 633       // Stack results ready for opening in alignment windows
 634       if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 635       {
 636         FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = proxy
 637                 .getFeatureColourScheme();
 638         if (proxyColourScheme != null)
 639         {
 640           preferredFeatureColours = proxyColourScheme;
 641         }
 642
 643         AlignmentI ar = null;
 644         if (proxy.isAlignmentSource())
 645         {
 646           addToLast = false;
 647           // new window for each result
 648           while (aresult.size() > 0)
 649           {
 650             presult.add(aresult.remove(0));
 651             presultTitle.add(aresultq.remove(0) + " "
 652                     + getDefaultRetrievalTitle());
 653           }
 654         }
 655         else
 656         {
 657           String titl = null;
 658           if (addToLast && presult.size() > 0)
 659           {
 660             ar = presult.remove(presult.size() - 1);
 661             titl = presultTitle.remove(presultTitle.size() - 1);
 662           }
 663           // concatenate all results in one window
 664           while (aresult.size() > 0)
 665           {
 666             if (ar == null)
 667             {
 668               ar = aresult.remove(0);
 669             }
 670             else
 671             {
 672               ar.append(aresult.remove(0));
 673             }
 674           }
 675           addToLast = true;
 676           presult.add(ar);
 677           presultTitle.add(titl);
 678         }
 679       }
 680       guiWindow.setProgressBar(MessageManager
 681               .getString("status.finshed_querying"), Thread.currentThread()
 682               .hashCode());
 683     }
 684     guiWindow.setProgressBar(
 685             (presult.size() > 0) ? MessageManager
 686                     .getString("status.parsing_results") : MessageManager
 687                     .getString("status.processing"), Thread.currentThread()
 688                     .hashCode());
 689     // process results
 690     while (presult.size() > 0)
 691     {
 692       parseResult(presult.remove(0), presultTitle.remove(0), null,
 693               preferredFeatureColours);
 694     }
 695     // only remove visual delay after we finished parsing.
 696     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 697     if (nextFetch.size() > 0)
 698     {
 699       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 700       sb.append("Didn't retrieve the following "
 701               + (nextFetch.size() == 1 ? "query" : nextFetch.size()
 702                       + " queries") + ": \n");
 703       int l = sb.length(), lr = 0;
 704       for (String s : nextFetch)
 705       {
 706         if (l != sb.length())
 707         {
 708           sb.append("; ");
 709         }
 710         if (lr - sb.length() > 40)
 711         {
 712           sb.append("\n");
 713         }
 714         sb.append(s);
 715       }
 716       showErrorMessage(sb.toString());
 717     }
 718     resetDialog();
 719   }
 720
 721   /**
 722    * Tries to fetch one or more accession ids from the database proxy
 723    *
 724    * @param proxy
 725    * @param accessions
 726    *          the queries to fetch
 727    * @param aresultq
 728    *          a successful queries list to add to
 729    * @param aresult
 730    *          a list of retrieved alignments to add to
 731    * @param nextFetch
 732    *          failed queries are added to this list
 733    * @throws Exception
 734    */
 735   void fetchMultipleAccessions(DbSourceProxy proxy,
 736           Iterator<String> accessions, List<String> aresultq,
 737           List<AlignmentI> aresult, List<String> nextFetch)
 738           throws Exception
 739   {
 740     StringBuilder multiacc = new StringBuilder();
 741     List<String> tosend = new ArrayList<String>();
 742     while (accessions.hasNext())
 743     {
 744       String nel = accessions.next();
 745       tosend.add(nel);
 746       multiacc.append(nel);
 747       if (accessions.hasNext())
 748       {
 749         multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 750       }
 751     }
 752
 753     try
 754     {
 755       String query = multiacc.toString();
 756       AlignmentI rslt = proxy.getSequenceRecords(query);
 757       if (rslt == null || rslt.getHeight() == 0)
 758       {
 759         // no results - pass on all queries to next source
 760         nextFetch.addAll(tosend);
 761       }
 762       else
 763       {
 764         aresultq.add(query);
 765         aresult.add(rslt);
 766         if (tosend.size() > 1)
 767         {
 768           checkResultForQueries(rslt, tosend, nextFetch, proxy);
 769         }
 770       }
 771     } catch (OutOfMemoryError oome)
 772     {
 773       new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 774               + database.getSelectedItem(), oome, this);
 775     }
 776   }
 777
 778   /**
 779    * Query for a single accession id via the database proxy
 780    *
 781    * @param proxy
 782    * @param accession
 783    * @param aresultq
 784    *          a list of successful queries to add to
 785    * @param aresult
 786    *          a list of retrieved alignments to add to
 787    * @return true if the fetch was successful, else false
 788    */
 789   boolean fetchSingleAccession(DbSourceProxy proxy, String accession,
 790           List<String> aresultq, List<AlignmentI> aresult)
 791   {
 792     boolean success = false;
 793     try
 794     {
 795       if (aresult != null)
 796       {
 797         try
 798         {
 799           // give the server a chance to breathe
 800           Thread.sleep(5);
 801         } catch (Exception e)
 802         {
 803           //
 804         }
 805       }
 806
 807       AlignmentI indres = null;
 808       try
 809       {
 810         indres = proxy.getSequenceRecords(accession);
 811       } catch (OutOfMemoryError oome)
 812       {
 813         new OOMWarning("fetching " + accession + " from "
 814                 + proxy.getDbName(), oome, this);
 815       }
 816       if (indres != null)
 817       {
 818         aresultq.add(accession);
 819         aresult.add(indres);
 820         success = true;
 821       }
 822     } catch (Exception e)
 823     {
 824       Cache.log.info(
 825               "Error retrieving " + accession
 826               + " from " + proxy.getDbName(), e);
 827     } finally
 828     {
 829       return success;
 830     }
 831   }
 832
 833   /**
 834    * Checks which of the queries were successfully retrieved by searching the
 835    * DBRefs of the retrieved sequences for a match. Any not found are added to
 836    * the 'nextFetch' list.
 837    *
 838    * @param rslt
 839    * @param queries
 840    * @param nextFetch
 841    * @param proxy
 842    */
 843   void checkResultForQueries(AlignmentI rslt, List<String> queries,
 844           List<String> nextFetch, DbSourceProxy proxy)
 845   {
 846     SequenceI[] rs = rslt.getSequencesArray();
 847
 848     for (String q : queries)
 849     {
 850       DBRefEntry[] found = null;
 851       DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();
 852       dbr.setSource(proxy.getDbSource());
 853       dbr.setVersion(null);
 854       String accId = proxy.getAccessionIdFromQuery(q);
 855       dbr.setAccessionId(accId);
 856       boolean rfound = false;
 857       for (int r = 0; r < rs.length; r++)
 858       {
 859         if (rs[r] != null)
 860         {
 861           found = DBRefUtils.searchRefs(rs[r].getDBRefs(), accId);
 862           if (found != null && found.length > 0)
 863           {
 864             rfound = true;
 865             break;
 866           }
 867         }
 868       }
 869       if (!rfound)
 870       {
 871         nextFetch.add(q);
 872       }
 873     }
 874   }
 875
 876   /**
 877    *
 878    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 879    *         selected source and settings
 880    */
 881   public String getDefaultRetrievalTitle()
 882   {
 883     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 884   }
 885
 886   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 887           String currentFileFormat,
 888           FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours)
 889   {
 890
 891     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 892     {
 893       if (title == null)
 894       {
 895         title = getDefaultRetrievalTitle();
 896       }
 897       if (alignFrame == null)
 898       {
 899         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 900                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 901         if (currentFileFormat != null)
 902         {
 903           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 904           // FORMAT FOR
 905           // NON-FormatAdapter Sourced
 906           // Alignments?
 907         }
 908
 909         SequenceFeature[] sfs = null;
 910         List<SequenceI> alsqs;
 911         synchronized (alsqs = al.getSequences())
 912         {
 913           for (SequenceI sq : alsqs)
 914           {
 915             if ((sfs = sq.getSequenceFeatures()) != null)
 916             {
 917               if (sfs.length > 0)
 918               {
 919                 af.setShowSeqFeatures(true);
 920                 break;
 921               }
 922             }
 923
 924           }
 925         }
 926
 927         if (preferredFeatureColours != null)
 928         {
 929           af.getViewport().applyFeaturesStyle(preferredFeatureColours);
 930         }
 931         if (Cache.getDefault("HIDE_INTRONS", true))
 932         {
 933           af.hideFeatureColumns(SequenceOntologyI.EXON, false);
 934         }
 935
 936         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 937                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 938
 939         af.statusBar.setText(MessageManager
 940                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 941
 942         try
 943         {
 944           af.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 945                   false));
 946         } catch (Exception ex)
 947         {
 948         }
 949       }
 950       else
 951       {
 952         alignFrame.viewport.addAlignment(al, title);
 953       }
 954     }
 955     return al;
 956   }
 957
 958   void showErrorMessage(final String error)
 959   {
 960     resetDialog();
 961     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 962     {
 963       @Override
 964       public void run()
 965       {
 966         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 967                 MessageManager.getString("label.error_retrieving_data"),
 968                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 969       }
 970     });
 971   }
 972
 973   public IProgressIndicator getProgressIndicator()
 974   {
 975     return progressIndicator;
 976   }
 977
 978   public void setProgressIndicator(IProgressIndicator progressIndicator)
 979   {
 980     this.progressIndicator = progressIndicator;
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Make this panel visible (after a selection has been made in the database
 985    * chooser)
 986    */
 987   void showPanel()
 988   {
 989     frame.setVisible(true);
 990   }
 991 }