src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import jalview.schemes.*;\r
  25 \r
  26 public class SequenceRenderer\r
  27 {\r
  28   AlignViewport av;\r
  29   FontMetrics fm;\r
  30   boolean renderGaps = true;\r
  31   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  32   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  33   Color resBoxColour;\r
  34   Graphics graphics;\r
  35 \r
  36   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  37   {\r
  38     this.av = av;\r
  39   }\r
  40 \r
  41   public void renderGaps(boolean b)\r
  42   {\r
  43     renderGaps = b;\r
  44   }\r
  45 \r
  46   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  47   {\r
  48     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  49 \r
  50     return resBoxColour;\r
  51   }\r
  52 \r
  53   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  54   {\r
  55     if (cs != null)\r
  56     {\r
  57       resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       resBoxColour = Color.white;\r
  62     }\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  66                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  67                            int height)\r
  68   {\r
  69     allGroups = sg;\r
  70 \r
  71     graphics = g;\r
  72 \r
  73     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  74 \r
  75     fm = g.getFontMetrics();\r
  76     drawText(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  77   }\r
  78 \r
  79   public void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
  80                         int width, int height)\r
  81   {\r
  82     int i = start;\r
  83     int length = seq.getLength();\r
  84 \r
  85     int curStart = -1;\r
  86     int curWidth = width;\r
  87 \r
  88     Color tempColour = null;\r
  89 \r
  90     while ( (i <= end) && (i < length))\r
  91     {\r
  92       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
  93       {\r
  94         if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  95         {\r
  96           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  97         }\r
  98         else\r
  99         {\r
 100           resBoxColour = Color.white;\r
 101         }\r
 102       }\r
 103       else if (av.getShowBoxes())\r
 104       {\r
 105         getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 106       }\r
 107       else\r
 108       {\r
 109         resBoxColour = Color.white;\r
 110       }\r
 111 \r
 112       if (resBoxColour != tempColour)\r
 113       {\r
 114         if (tempColour != null)\r
 115         {\r
 116           graphics.fillRect(x1 + (width * (curStart - start)), y1,\r
 117                             curWidth, height);\r
 118         }\r
 119 \r
 120         graphics.setColor(resBoxColour);\r
 121 \r
 122         curStart = i;\r
 123         curWidth = width;\r
 124         tempColour = resBoxColour;\r
 125       }\r
 126       else\r
 127       {\r
 128         curWidth += width;\r
 129       }\r
 130 \r
 131       i++;\r
 132     }\r
 133 \r
 134     graphics.fillRect(x1 + (width * (curStart - start)), y1, curWidth,\r
 135                       height);\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int x1, int y1,\r
 139                        int width, int height)\r
 140   {\r
 141     int pady = height / 5;\r
 142     int charOffset = 0;\r
 143     char s;\r
 144 \r
 145     // Need to find the sequence position here.\r
 146     String sequence = seq.getSequence();\r
 147 \r
 148     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 149     {\r
 150       graphics.setColor(Color.black);\r
 151 \r
 152       if (i < sequence.length())\r
 153       {\r
 154         s = sequence.charAt(i);\r
 155       }\r
 156       else\r
 157       {\r
 158         s = ' ';\r
 159       }\r
 160 \r
 161       if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 162       {\r
 163         continue;\r
 164       }\r
 165 \r
 166       if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 167       {\r
 168         if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 169         {\r
 170           continue;\r
 171         }\r
 172 \r
 173         if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 174         {\r
 175           getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 176           graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 177         }\r
 178       }\r
 179       else\r
 180       {\r
 181         if (!av.getShowText())\r
 182         {\r
 183           continue;\r
 184         }\r
 185 \r
 186         if (av.getColourText())\r
 187         {\r
 188           getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 189 \r
 190           if (av.getShowBoxes())\r
 191           {\r
 192             graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 193           }\r
 194           else\r
 195           {\r
 196             graphics.setColor(resBoxColour);\r
 197           }\r
 198         }\r
 199       }\r
 200 \r
 201       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 202       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 203                           charOffset + x1 + (width * (i - start)),\r
 204                           (y1 + height) - pady);\r
 205     }\r
 206   }\r
 207 \r
 208   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 209   {\r
 210     if (allGroups == null)\r
 211     {\r
 212       return false;\r
 213     }\r
 214 \r
 215     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 216     {\r
 217       if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 218           (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 219       {\r
 220         currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 221 \r
 222         return true;\r
 223       }\r
 224     }\r
 225 \r
 226     return false;\r
 227   }\r
 228 \r
 229   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end, int x1,\r
 230                                   int y1, int width, int height)\r
 231   {\r
 232     int pady = height / 5;\r
 233     int charOffset = 0;\r
 234     graphics.setColor(Color.BLACK);\r
 235     graphics.fillRect(x1, y1, width * (end - start + 1), height);\r
 236     graphics.setColor(Color.white);\r
 237 \r
 238     char s = '~';\r
 239 \r
 240     // Need to find the sequence position here.\r
 241     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 242     {\r
 243       if (i < seq.getLength())\r
 244       {\r
 245         s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 246       }\r
 247 \r
 248       charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
 249       graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 250                           charOffset + x1 + (width * (i - start)),\r
 251                           (y1 + height) - pady);\r
 252     }\r
 253   }\r
 254 }\r