src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 import javax.swing.event.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.jbgui.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class SliderPanel\r
  32     extends GSliderPanel\r
  33 {\r
  34   static JInternalFrame conservationSlider;\r
  35   static JInternalFrame PIDSlider;\r
  36   AlignmentPanel ap;\r
  37   boolean forConservation = true;\r
  38   ColourSchemeI cs;\r
  39 \r
  40   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
  41                      ColourSchemeI cs)\r
  42   {\r
  43     this.ap = ap;\r
  44     this.cs = cs;\r
  45     forConservation = forConserve;\r
  46     undoButton.setVisible(false);\r
  47     applyButton.setVisible(false);\r
  48 \r
  49     if (forConservation)\r
  50     {\r
  51       label.setText("Enter value to increase conservation visibility");\r
  52       slider.setMinimum(0);\r
  53       slider.setMaximum(50);\r
  54     }\r
  55     else\r
  56     {\r
  57       label.setText("Enter % identity above which to colour residues");\r
  58       slider.setMinimum(0);\r
  59       slider.setMaximum(100);\r
  60     }\r
  61 \r
  62     slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  63     {\r
  64       public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  65       {\r
  66         valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  67         valueChanged(slider.getValue());\r
  68       }\r
  69     });\r
  70 \r
  71     slider.setValue(value);\r
  72     valueField.setText(value + "");\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,\r
  76                                           ColourSchemeI cs, String source)\r
  77   {\r
  78     SliderPanel sp = null;\r
  79     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) cs;\r
  80 \r
  81     if (conservationSlider == null)\r
  82     {\r
  83       sp = new SliderPanel(ap, ccs.inc, true, cs);\r
  84       conservationSlider = new JInternalFrame();\r
  85       conservationSlider.setContentPane(sp);\r
  86       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
  87     }\r
  88     else\r
  89     {\r
  90       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();\r
  91       sp.cs = cs;\r
  92     }\r
  93 \r
  94     conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +\r
  95                                 source + ")");\r
  96 \r
  97     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
  98     {\r
  99       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 100     }\r
 101     else\r
 102     {\r
 103       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 104     }\r
 105 \r
 106     return sp.getValue();\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public static void showConservationSlider()\r
 110   {\r
 111     try\r
 112     {\r
 113       PIDSlider.setClosed(true);\r
 114       PIDSlider = null;\r
 115     }\r
 116     catch (Exception ex)\r
 117     {\r
 118     }\r
 119 \r
 120     if (!conservationSlider.isVisible())\r
 121     {\r
 122       Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,\r
 123                                conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
 124       conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 125                                                   InternalFrameAdapter()\r
 126       {\r
 127         public void internalFrameClosed(\r
 128             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 129         {\r
 130           conservationSlider = null;\r
 131         }\r
 132       });\r
 133       conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 134     }\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 138                                        String source)\r
 139   {\r
 140     SliderPanel pid = null;\r
 141 \r
 142     int threshold = 50;\r
 143 \r
 144     if (cs instanceof ResidueColourScheme)\r
 145     {\r
 146       threshold = ( ( (ResidueColourScheme) cs).getThreshold());\r
 147     }\r
 148     else if (cs instanceof ScoreColourScheme)\r
 149     {\r
 150       threshold = ( ( (ScoreColourScheme) cs).getThreshold());\r
 151     }\r
 152 \r
 153     if (PIDSlider == null)\r
 154     {\r
 155       pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);\r
 156       PIDSlider = new JInternalFrame();\r
 157       PIDSlider.setContentPane(pid);\r
 158       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 159     }\r
 160     else\r
 161     {\r
 162       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();\r
 163       pid.cs = cs;\r
 164     }\r
 165 \r
 166     PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 167 \r
 168     if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 169     {\r
 170       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 171     }\r
 172     else\r
 173     {\r
 174       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 175     }\r
 176 \r
 177     return pid.getValue();\r
 178   }\r
 179 \r
 180   public static void showPIDSlider()\r
 181   {\r
 182     try\r
 183     {\r
 184       conservationSlider.setClosed(true);\r
 185       conservationSlider = null;\r
 186     }\r
 187     catch (Exception ex)\r
 188     {\r
 189     }\r
 190 \r
 191     if (!PIDSlider.isVisible())\r
 192     {\r
 193       Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,\r
 194                                false);\r
 195       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 196       PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.\r
 197                                          InternalFrameAdapter()\r
 198       {\r
 199         public void internalFrameClosed(\r
 200             javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 201         {\r
 202           PIDSlider = null;\r
 203         }\r
 204       });\r
 205       PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 206     }\r
 207   }\r
 208 \r
 209   public void valueChanged(int i)\r
 210   {\r
 211     if (cs == null)\r
 212     {\r
 213       return;\r
 214     }\r
 215 \r
 216     ColourSchemeI toChange = null;\r
 217     Vector allGroups = null;\r
 218     int groupIndex = 0;\r
 219 \r
 220     if (allGroupsCheck.isSelected())\r
 221     {\r
 222       allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 223       groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 224     }\r
 225     else\r
 226     {\r
 227       toChange = cs;\r
 228     }\r
 229 \r
 230     while (groupIndex > -1)\r
 231     {\r
 232       if (allGroups != null)\r
 233       {\r
 234         toChange = ( (SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;\r
 235         if(toChange==null)\r
 236         {\r
 237           groupIndex--;\r
 238           continue;\r
 239         }\r
 240       }\r
 241 \r
 242       if (forConservation)\r
 243       {\r
 244         if (toChange instanceof ConservationColourScheme)\r
 245         {\r
 246           ( (ConservationColourScheme) toChange).inc = i;\r
 247         }\r
 248       }\r
 249       else\r
 250       {\r
 251         ( (ResidueColourScheme) toChange).setThreshold(i);\r
 252       }\r
 253 \r
 254       groupIndex--;\r
 255     }\r
 256 \r
 257     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 258   }\r
 259 \r
 260   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 261   {\r
 262     allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 263   }\r
 264 \r
 265   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 266   {\r
 267     try\r
 268     {\r
 269       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 270       slider.setValue(i);\r
 271     }\r
 272     catch (Exception ex)\r
 273     {\r
 274       valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 275     }\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void setValue(int value)\r
 279   {\r
 280     slider.setValue(value);\r
 281   }\r
 282 \r
 283   public int getValue()\r
 284   {\r
 285     return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 286   }\r
 287 }\r