src/jalview/gui/SliderPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.*;\r
  30 \r
  31 import javax.swing.*;\r
  32 import javax.swing.event.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class SliderPanel extends GSliderPanel\r
  42 {\r
  43     static JInternalFrame conservationSlider;\r
  44     static JInternalFrame PIDSlider;\r
  45     AlignmentPanel ap;\r
  46     boolean forConservation = true;\r
  47     ColourSchemeI cs;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Creates a new SliderPanel object.\r
  51      *\r
  52      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  53      * @param value DOCUMENT ME!\r
  54      * @param forConserve DOCUMENT ME!\r
  55      * @param cs DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,\r
  58         ColourSchemeI cs)\r
  59     {\r
  60         this.ap = ap;\r
  61         this.cs = cs;\r
  62         forConservation = forConserve;\r
  63         undoButton.setVisible(false);\r
  64         applyButton.setVisible(false);\r
  65 \r
  66         if (forConservation)\r
  67         {\r
  68             label.setText("Enter value to increase conservation visibility");\r
  69             slider.setMinimum(0);\r
  70             slider.setMaximum(50);\r
  71         }\r
  72         else\r
  73         {\r
  74             label.setText("Enter % identity above which to colour residues");\r
  75             slider.setMinimum(0);\r
  76             slider.setMaximum(100);\r
  77         }\r
  78 \r
  79         slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  80             {\r
  81                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  82                 {\r
  83                     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  84                     valueChanged(slider.getValue());\r
  85                 }\r
  86             });\r
  87 \r
  88         slider.setValue(value);\r
  89         valueField.setText(value + "");\r
  90     }\r
  91 \r
  92     /**\r
  93      * DOCUMENT ME!\r
  94      *\r
  95      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  96      * @param cs DOCUMENT ME!\r
  97      * @param source DOCUMENT ME!\r
  98      *\r
  99      * @return DOCUMENT ME!\r
 100      */\r
 101     public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,\r
 102         ColourSchemeI cs, String source)\r
 103     {\r
 104         SliderPanel sp = null;\r
 105 \r
 106         if (conservationSlider == null)\r
 107         {\r
 108             sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);\r
 109             conservationSlider = new JInternalFrame();\r
 110             conservationSlider.setContentPane(sp);\r
 111             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 112         }\r
 113         else\r
 114         {\r
 115             sp = (SliderPanel) conservationSlider.getContentPane();\r
 116             sp.cs = cs;\r
 117         }\r
 118 \r
 119         conservationSlider.setTitle("Conservation Colour Increment  (" +\r
 120             source + ")");\r
 121 \r
 122         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 123         {\r
 124             sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 125         }\r
 126         else\r
 127         {\r
 128             sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 129         }\r
 130 \r
 131         return sp.getValue();\r
 132     }\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * DOCUMENT ME!\r
 136      */\r
 137     public static void showConservationSlider()\r
 138     {\r
 139         try\r
 140         {\r
 141             PIDSlider.setClosed(true);\r
 142             PIDSlider = null;\r
 143         }\r
 144         catch (Exception ex)\r
 145         {\r
 146         }\r
 147 \r
 148         if (!conservationSlider.isVisible())\r
 149         {\r
 150             Desktop.addInternalFrame(conservationSlider,\r
 151                 conservationSlider.getTitle(), 420, 90, false);\r
 152             conservationSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 153                 {\r
 154                     public void internalFrameClosed(\r
 155                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 156                     {\r
 157                         conservationSlider = null;\r
 158                     }\r
 159                 });\r
 160             conservationSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 161         }\r
 162     }\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * DOCUMENT ME!\r
 166      *\r
 167      * @param ap DOCUMENT ME!\r
 168      * @param cs DOCUMENT ME!\r
 169      * @param source DOCUMENT ME!\r
 170      *\r
 171      * @return DOCUMENT ME!\r
 172      */\r
 173     public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,\r
 174         String source)\r
 175     {\r
 176         SliderPanel pid = null;\r
 177 \r
 178         int threshold = cs.getThreshold();\r
 179 \r
 180         if (PIDSlider == null)\r
 181         {\r
 182             pid = new SliderPanel(ap, threshold, false, cs);\r
 183             PIDSlider = new JInternalFrame();\r
 184             PIDSlider.setContentPane(pid);\r
 185             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 186         }\r
 187         else\r
 188         {\r
 189             pid = (SliderPanel) PIDSlider.getContentPane();\r
 190             pid.cs = cs;\r
 191         }\r
 192 \r
 193         PIDSlider.setTitle("Percentage Identity Threshold (" + source + ")");\r
 194 \r
 195         if (ap.av.alignment.getGroups() != null)\r
 196         {\r
 197             pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);\r
 198         }\r
 199         else\r
 200         {\r
 201             pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);\r
 202         }\r
 203 \r
 204         return pid.getValue();\r
 205     }\r
 206 \r
 207     /**\r
 208      * DOCUMENT ME!\r
 209      */\r
 210     public static void showPIDSlider()\r
 211     {\r
 212         try\r
 213         {\r
 214             conservationSlider.setClosed(true);\r
 215             conservationSlider = null;\r
 216         }\r
 217         catch (Exception ex)\r
 218         {\r
 219         }\r
 220 \r
 221         if (!PIDSlider.isVisible())\r
 222         {\r
 223             Desktop.addInternalFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(), 420, 90,\r
 224                 false);\r
 225             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 226             PIDSlider.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 227                 {\r
 228                     public void internalFrameClosed(\r
 229                         javax.swing.event.InternalFrameEvent e)\r
 230                     {\r
 231                         PIDSlider = null;\r
 232                     }\r
 233                 });\r
 234             PIDSlider.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 235         }\r
 236     }\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * DOCUMENT ME!\r
 240      *\r
 241      * @param i DOCUMENT ME!\r
 242      */\r
 243     public void valueChanged(int i)\r
 244     {\r
 245         if (cs == null)\r
 246         {System.out.println("cs is null");\r
 247             return;\r
 248         }\r
 249 \r
 250 \r
 251 \r
 252         ColourSchemeI toChange = null;\r
 253         Vector allGroups = null;\r
 254         int groupIndex = 0;\r
 255 \r
 256         if (allGroupsCheck.isSelected())\r
 257         {\r
 258             allGroups = ap.av.alignment.getGroups();\r
 259             groupIndex = allGroups.size() - 1;\r
 260         }\r
 261         else\r
 262         {\r
 263             toChange = cs;\r
 264         }\r
 265 \r
 266 \r
 267         while (groupIndex > -1)\r
 268         {\r
 269             if (allGroups != null)\r
 270             {\r
 271                 toChange = ((SequenceGroup) allGroups.get(groupIndex)).cs;\r
 272 \r
 273                 if (toChange == null)\r
 274                 {\r
 275                     groupIndex--;\r
 276 \r
 277                     continue;\r
 278                 }\r
 279             }\r
 280 \r
 281             if (forConservation)\r
 282             {\r
 283                 if (toChange.conservationApplied())\r
 284                 {\r
 285                     toChange.setConservationInc(i);\r
 286                 }\r
 287             }\r
 288             else\r
 289             {\r
 290                 toChange.setThreshold(i, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 291             }\r
 292 \r
 293             groupIndex--;\r
 294         }\r
 295 \r
 296         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 297     }\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * DOCUMENT ME!\r
 301      *\r
 302      * @param b DOCUMENT ME!\r
 303      */\r
 304     public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)\r
 305     {\r
 306         allGroupsCheck.setEnabled(b);\r
 307     }\r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * DOCUMENT ME!\r
 311      *\r
 312      * @param e DOCUMENT ME!\r
 313      */\r
 314     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 315     {\r
 316         try\r
 317         {\r
 318             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 319             slider.setValue(i);\r
 320         }\r
 321         catch (Exception ex)\r
 322         {\r
 323             valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 324         }\r
 325     }\r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * DOCUMENT ME!\r
 329      *\r
 330      * @param value DOCUMENT ME!\r
 331      */\r
 332     public void setValue(int value)\r
 333     {\r
 334         slider.setValue(value);\r
 335     }\r
 336 \r
 337     /**\r
 338      * DOCUMENT ME!\r
 339      *\r
 340      * @return DOCUMENT ME!\r
 341      */\r
 342     public int getValue()\r
 343     {\r
 344         return Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 345     }\r
 346 }\r