src/jalview/gui/TreeCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.schemes.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.util.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 import java.awt.print.*;\r
  32 \r
  33 import java.util.*;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.*;\r
  36 \r
  37 \r
  38 /**\r
  39  * DOCUMENT ME!\r
  40  *\r
  41  * @author $author$\r
  42  * @version $Revision$\r
  43  */\r
  44 public class TreeCanvas extends JPanel implements MouseListener, Runnable,\r
  45     Printable\r
  46 {\r
  47     /** DOCUMENT ME!! */\r
  48     public static final String PLACEHOLDER = " * ";\r
  49     NJTree tree;\r
  50     JScrollPane scrollPane;\r
  51     AlignViewport av;\r
  52     Font font;\r
  53     FontMetrics fm;\r
  54     boolean fitToWindow = true;\r
  55     boolean showDistances = false;\r
  56     boolean showBootstrap = false;\r
  57     boolean markPlaceholders = false;\r
  58     int offx = 20;\r
  59     int offy;\r
  60     float threshold;\r
  61     String longestName;\r
  62     int labelLength = -1;\r
  63 \r
  64     //RubberbandRectangle rubberband;\r
  65     Vector listeners;\r
  66     Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  67     Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * Creates a new TreeCanvas object.\r
  71      *\r
  72      * @param av DOCUMENT ME!\r
  73      * @param tree DOCUMENT ME!\r
  74      * @param scroller DOCUMENT ME!\r
  75      * @param label DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     public TreeCanvas(AlignViewport av, JScrollPane scroller)\r
  78     {\r
  79         this.av = av;\r
  80         font = av.getFont();\r
  81         scrollPane = scroller;\r
  82         addMouseListener(this);\r
  83         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  84     }\r
  85 \r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * DOCUMENT ME!\r
  89      *\r
  90      * @param sequence DOCUMENT ME!\r
  91      */\r
  92     public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  93     {\r
  94         SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
  95 \r
  96         if (selected == null)\r
  97         {\r
  98             selected = new SequenceGroup();\r
  99             av.setSelectionGroup(selected);\r
 100         }\r
 101 \r
 102         selected.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 103         selected.addOrRemove(sequence, true);\r
 104 \r
 105         PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 106         repaint();\r
 107     }\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * DOCUMENT ME!\r
 111      *\r
 112      * @param tree DOCUMENT ME!\r
 113      */\r
 114     public void setTree(NJTree tree)\r
 115     {\r
 116         this.tree = tree;\r
 117         tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 118 \r
 119         // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 120         Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 121         boolean has_placeholders = false;\r
 122         longestName = "";\r
 123 \r
 124         for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 125         {\r
 126           SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);\r
 127 \r
 128           if (lf.isPlaceholder())\r
 129           {\r
 130             has_placeholders = true;\r
 131           }\r
 132 \r
 133           if (longestName.length() < ( (Sequence) lf.element()).getName()\r
 134               .length())\r
 135           {\r
 136             longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 137                 ( (Sequence) lf.element()).getName();\r
 138           }\r
 139         }\r
 140 \r
 141         setMarkPlaceholders(has_placeholders);\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @param g DOCUMENT ME!\r
 148      * @param node DOCUMENT ME!\r
 149      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 150      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 151      * @param width DOCUMENT ME!\r
 152      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 153      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 154      */\r
 155     public void drawNode(Graphics g, SequenceNode node, float chunk,\r
 156         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 157     {\r
 158         if (node == null)\r
 159         {\r
 160             return;\r
 161         }\r
 162 \r
 163         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 164         {\r
 165             // Drawing leaf node\r
 166             float height = node.height;\r
 167             float dist = node.dist;\r
 168 \r
 169             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 170             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 171 \r
 172             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 173 \r
 174             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 175             {\r
 176                 if (((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
 177                 {\r
 178                     g.setColor(Color.black);\r
 179                 }\r
 180                 else\r
 181                 {\r
 182                     g.setColor(((SequenceI) ((SequenceNode) node).element()).getColor()\r
 183                                 .darker());\r
 184                 }\r
 185             }\r
 186             else\r
 187             {\r
 188                 g.setColor(Color.black);\r
 189             }\r
 190 \r
 191             // Draw horizontal line\r
 192             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 193 \r
 194             String nodeLabel = "";\r
 195 \r
 196             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 197             {\r
 198                 nodeLabel = new Format("%-.2f").form(node.dist);\r
 199             }\r
 200 \r
 201             if (showBootstrap)\r
 202             {\r
 203                 if (showDistances)\r
 204                 {\r
 205                     nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 206                 }\r
 207 \r
 208                 nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 209             }\r
 210 \r
 211             if (!nodeLabel.equals(""))\r
 212             {\r
 213                 g.drawString(nodeLabel, xstart+2, ypos - 2);\r
 214             }\r
 215 \r
 216             String name = (markPlaceholders && node.isPlaceholder())\r
 217                 ? (PLACEHOLDER + node.getName()) : node.getName();\r
 218 \r
 219             int charWidth = fm.stringWidth(name) + 3;\r
 220             int charHeight = font.getSize();\r
 221 \r
 222             Rectangle rect = new Rectangle(xend+10, ypos-charHeight/2,\r
 223                     charWidth, charHeight);\r
 224 \r
 225             nameHash.put((SequenceI) node.element(), rect);\r
 226 \r
 227             // Colour selected leaves differently\r
 228             SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
 229 \r
 230             if ((selected != null) &&\r
 231                     selected.getSequences(false).contains((SequenceI) node.element()))\r
 232             {\r
 233                 g.setColor(Color.gray);\r
 234 \r
 235                 g.fillRect(xend + 10, ypos-charHeight/2, charWidth,\r
 236                     charHeight);\r
 237                 g.setColor(Color.white);\r
 238             }\r
 239 \r
 240             g.drawString(name, xend + 10, ypos+fm.getDescent());\r
 241             g.setColor(Color.black);\r
 242         }\r
 243         else\r
 244         {\r
 245             drawNode(g, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width, offx,\r
 246                 offy);\r
 247             drawNode(g, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width, offx,\r
 248                 offy);\r
 249 \r
 250             float height = node.height;\r
 251             float dist = node.dist;\r
 252 \r
 253             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 254             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 255             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 256 \r
 257             g.setColor(((SequenceNode) node).color.darker());\r
 258 \r
 259             // Draw horizontal line\r
 260             g.drawLine(xstart, ypos, xend, ypos);\r
 261             g.fillRect(xend - 2, ypos - 2, 4, 4);\r
 262 \r
 263             int ystart = (int) (((SequenceNode) node.left()).ycount * chunk) +\r
 264                 offy;\r
 265             int yend = (int) (((SequenceNode) node.right()).ycount * chunk) +\r
 266                 offy;\r
 267 \r
 268             Rectangle pos = new Rectangle(xend - 2, ypos - 2, 5, 5);\r
 269             nodeHash.put(node, pos);\r
 270 \r
 271             g.drawLine((int) (height * scale) + offx, ystart,\r
 272                 (int) (height * scale) + offx, yend);\r
 273 \r
 274             if (showDistances && (node.dist > 0))\r
 275             {\r
 276                 g.drawString(new Format("%-.2f").form(node.dist).trim(), xstart+2,\r
 277                     ypos - 2);\r
 278             }\r
 279         }\r
 280     }\r
 281 \r
 282     /**\r
 283      * DOCUMENT ME!\r
 284      *\r
 285      * @param x DOCUMENT ME!\r
 286      * @param y DOCUMENT ME!\r
 287      *\r
 288      * @return DOCUMENT ME!\r
 289      */\r
 290     public Object findElement(int x, int y)\r
 291     {\r
 292         Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 293 \r
 294         while (keys.hasMoreElements())\r
 295         {\r
 296             Object ob = keys.nextElement();\r
 297             Rectangle rect = (Rectangle) nameHash.get(ob);\r
 298 \r
 299             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 300                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 301             {\r
 302                 return ob;\r
 303             }\r
 304         }\r
 305 \r
 306         keys = nodeHash.keys();\r
 307 \r
 308         while (keys.hasMoreElements())\r
 309         {\r
 310             Object ob = keys.nextElement();\r
 311             Rectangle rect = (Rectangle) nodeHash.get(ob);\r
 312 \r
 313             if ((x >= rect.x) && (x <= (rect.x + rect.width)) && (y >= rect.y) &&\r
 314                     (y <= (rect.y + rect.height)))\r
 315             {\r
 316                 return ob;\r
 317             }\r
 318         }\r
 319 \r
 320         return null;\r
 321     }\r
 322 \r
 323     /**\r
 324      * DOCUMENT ME!\r
 325      *\r
 326      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 327      */\r
 328     public void pickNodes(Rectangle pickBox)\r
 329     {\r
 330         int width = getWidth();\r
 331         int height = getHeight();\r
 332 \r
 333         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 334 \r
 335         float wscale = (float) ((width * .8) - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 336 \r
 337         if (top.count == 0)\r
 338         {\r
 339             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 340                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 341         }\r
 342 \r
 343         float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;\r
 344 \r
 345         pickNode(pickBox, top, chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 346     }\r
 347 \r
 348     /**\r
 349      * DOCUMENT ME!\r
 350      *\r
 351      * @param pickBox DOCUMENT ME!\r
 352      * @param node DOCUMENT ME!\r
 353      * @param chunk DOCUMENT ME!\r
 354      * @param scale DOCUMENT ME!\r
 355      * @param width DOCUMENT ME!\r
 356      * @param offx DOCUMENT ME!\r
 357      * @param offy DOCUMENT ME!\r
 358      */\r
 359     public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk,\r
 360         float scale, int width, int offx, int offy)\r
 361     {\r
 362         if (node == null)\r
 363         {\r
 364             return;\r
 365         }\r
 366 \r
 367         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 368         {\r
 369             float height = node.height;\r
 370             float dist = node.dist;\r
 371 \r
 372             int xstart = (int) ((height - dist) * scale) + offx;\r
 373             int xend = (int) (height * scale) + offx;\r
 374 \r
 375             int ypos = (int) (node.ycount * chunk) + offy;\r
 376 \r
 377             if (pickBox.contains(new Point(xend, ypos)))\r
 378             {\r
 379                 if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 380                 {\r
 381                     SequenceI seq = (SequenceI) node.element();\r
 382                     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 383 \r
 384                     if (sg != null)\r
 385                     {\r
 386                         sg.addOrRemove(seq, true);\r
 387                     }\r
 388                 }\r
 389             }\r
 390         }\r
 391         else\r
 392         {\r
 393             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.left(), chunk, scale, width,\r
 394                 offx, offy);\r
 395             pickNode(pickBox, (SequenceNode) node.right(), chunk, scale, width,\r
 396                 offx, offy);\r
 397         }\r
 398     }\r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * DOCUMENT ME!\r
 402      *\r
 403      * @param node DOCUMENT ME!\r
 404      * @param c DOCUMENT ME!\r
 405      */\r
 406     public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 407     {\r
 408         if (node == null)\r
 409         {\r
 410             return;\r
 411         }\r
 412 \r
 413         if ((node.left() == null) && (node.right() == null))\r
 414         {\r
 415             node.color = c;\r
 416 \r
 417             if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 418             {\r
 419                 ((SequenceI) node.element()).setColor(c);\r
 420             }\r
 421         }\r
 422         else\r
 423         {\r
 424             node.color = c;\r
 425             setColor((SequenceNode) node.left(), c);\r
 426             setColor((SequenceNode) node.right(), c);\r
 427         }\r
 428     }\r
 429 \r
 430     /**\r
 431      * DOCUMENT ME!\r
 432      */\r
 433     void startPrinting()\r
 434     {\r
 435         Thread thread = new Thread(this);\r
 436         thread.start();\r
 437     }\r
 438 \r
 439     // put printing in a thread to avoid painting problems\r
 440     public void run()\r
 441     {\r
 442         PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();\r
 443         PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());\r
 444 \r
 445         printJob.setPrintable(this, pf);\r
 446 \r
 447         if (printJob.printDialog())\r
 448         {\r
 449             try\r
 450             {\r
 451                 printJob.print();\r
 452             }\r
 453             catch (Exception PrintException)\r
 454             {\r
 455                 PrintException.printStackTrace();\r
 456             }\r
 457         }\r
 458     }\r
 459 \r
 460     /**\r
 461      * DOCUMENT ME!\r
 462      *\r
 463      * @param pg DOCUMENT ME!\r
 464      * @param pf DOCUMENT ME!\r
 465      * @param pi DOCUMENT ME!\r
 466      *\r
 467      * @return DOCUMENT ME!\r
 468      *\r
 469      * @throws PrinterException DOCUMENT ME!\r
 470      */\r
 471     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)\r
 472         throws PrinterException\r
 473     {\r
 474         pg.setFont(font);\r
 475         pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());\r
 476 \r
 477         int pwidth = (int) pf.getImageableWidth();\r
 478         int pheight = (int) pf.getImageableHeight();\r
 479 \r
 480         int noPages = getHeight() / pheight;\r
 481 \r
 482         if (pi > noPages)\r
 483         {\r
 484             return Printable.NO_SUCH_PAGE;\r
 485         }\r
 486 \r
 487         if (pwidth > getWidth())\r
 488         {\r
 489             pwidth = getWidth();\r
 490         }\r
 491 \r
 492         if (fitToWindow)\r
 493         {\r
 494             if (pheight > getHeight())\r
 495             {\r
 496                 pheight = getHeight();\r
 497             }\r
 498 \r
 499             noPages = 0;\r
 500         }\r
 501         else\r
 502         {\r
 503             FontMetrics fm = pg.getFontMetrics(font);\r
 504             int height = fm.getHeight() * nameHash.size();\r
 505             pg.translate(0, -pi * pheight);\r
 506             pg.setClip(0, pi * pheight, pwidth, (pi * pheight) + pheight);\r
 507 \r
 508             // translate number of pages,\r
 509             // height is screen size as this is the\r
 510             // non overlapping text size\r
 511             pheight = height;\r
 512         }\r
 513 \r
 514         draw(pg, pwidth, pheight);\r
 515 \r
 516         return Printable.PAGE_EXISTS;\r
 517     }\r
 518 \r
 519     /**\r
 520      * DOCUMENT ME!\r
 521      *\r
 522      * @param g DOCUMENT ME!\r
 523      */\r
 524     public void paintComponent(Graphics g)\r
 525     {\r
 526         super.paintComponent(g);\r
 527         g.setFont(font);\r
 528 \r
 529         if(tree==null)\r
 530         {\r
 531           g.drawString("Calculating tree....", 20, getHeight()/2);\r
 532         }\r
 533         else\r
 534         {\r
 535           fm = g.getFontMetrics(font);\r
 536 \r
 537           if (nameHash.size() == 0)\r
 538           {\r
 539             repaint();\r
 540           }\r
 541 \r
 542           if (fitToWindow ||\r
 543               (!fitToWindow &&\r
 544                (scrollPane.getHeight() > ( (fm.getHeight() * nameHash.size()) +\r
 545                                           offy))))\r
 546           {\r
 547             draw(g, scrollPane.getWidth(), scrollPane.getHeight());\r
 548             setPreferredSize(null);\r
 549           }\r
 550           else\r
 551           {\r
 552             setPreferredSize(new Dimension(scrollPane.getWidth(),\r
 553                                            fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 554             draw(g, scrollPane.getWidth(), fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 555           }\r
 556 \r
 557           scrollPane.revalidate();\r
 558         }\r
 559     }\r
 560 \r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * DOCUMENT ME!\r
 564      *\r
 565      * @param fontSize DOCUMENT ME!\r
 566      */\r
 567     public void setFont(Font font)\r
 568     {\r
 569         this.font = font;\r
 570         repaint();\r
 571     }\r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * DOCUMENT ME!\r
 575      *\r
 576      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 577      * @param width DOCUMENT ME!\r
 578      * @param height DOCUMENT ME!\r
 579      */\r
 580     public void draw(Graphics g1, int width, int height)\r
 581     {\r
 582         Graphics2D g2 = (Graphics2D) g1;\r
 583         g2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 584             RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 585         g2.setColor(Color.white);\r
 586         g2.fillRect(0, 0, width, height);\r
 587 \r
 588         g2.setFont(font);\r
 589 \r
 590         offy = font.getSize()+10;\r
 591 \r
 592         fm = g2.getFontMetrics(font);\r
 593 \r
 594         labelLength = fm.stringWidth(longestName) + 20; //20 allows for scrollbar\r
 595 \r
 596         float wscale = (float) (width - labelLength - (offx * 2)) / tree.getMaxHeight();\r
 597 \r
 598         SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 599 \r
 600         if (top.count == 0)\r
 601         {\r
 602             top.count = ((SequenceNode) top.left()).count +\r
 603                 ((SequenceNode) top.right()).count;\r
 604         }\r
 605 \r
 606         float chunk = (float) (height - (offy)) / top.count;\r
 607 \r
 608         drawNode(g2, tree.getTopNode(), chunk, wscale, width, offx, offy);\r
 609 \r
 610         if (threshold != 0)\r
 611         {\r
 612             if (av.getCurrentTree() == tree)\r
 613             {\r
 614                 g2.setColor(Color.red);\r
 615             }\r
 616             else\r
 617             {\r
 618                 g2.setColor(Color.gray);\r
 619             }\r
 620 \r
 621             int x = (int) ((threshold * (float) (getWidth() - labelLength -\r
 622                 (2 * offx))) + offx);\r
 623 \r
 624             g2.drawLine(x, 0, x, getHeight());\r
 625         }\r
 626     }\r
 627 \r
 628     /**\r
 629      * DOCUMENT ME!\r
 630      *\r
 631      * @param e DOCUMENT ME!\r
 632      */\r
 633     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 634     {\r
 635     }\r
 636 \r
 637     /**\r
 638      * DOCUMENT ME!\r
 639      *\r
 640      * @param e DOCUMENT ME!\r
 641      */\r
 642     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 643     {\r
 644     }\r
 645 \r
 646     /**\r
 647      * DOCUMENT ME!\r
 648      *\r
 649      * @param e DOCUMENT ME!\r
 650      */\r
 651     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 652     {\r
 653     }\r
 654 \r
 655     /**\r
 656      * DOCUMENT ME!\r
 657      *\r
 658      * @param e DOCUMENT ME!\r
 659      */\r
 660     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 661     {\r
 662     }\r
 663 \r
 664     /**\r
 665      * DOCUMENT ME!\r
 666      *\r
 667      * @param e DOCUMENT ME!\r
 668      */\r
 669     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 670     {\r
 671         av.setCurrentTree(tree);\r
 672 \r
 673         int x = e.getX();\r
 674         int y = e.getY();\r
 675 \r
 676         Object ob = findElement(x, y);\r
 677 \r
 678         if (ob instanceof SequenceI)\r
 679         {\r
 680             TreeSelectionChanged((Sequence) ob);\r
 681             repaint();\r
 682 \r
 683             return;\r
 684         }\r
 685         else if (ob instanceof SequenceNode)\r
 686         {\r
 687             SequenceNode tmpnode = (SequenceNode) ob;\r
 688             tree.swapNodes(tmpnode);\r
 689             tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 690             tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 691         }\r
 692         else\r
 693         {\r
 694             // Find threshold\r
 695             if (tree.getMaxHeight() != 0)\r
 696             {\r
 697                 threshold = (float) (x - offx) / (float) (getWidth() -\r
 698                     labelLength - (2 * offx));\r
 699 \r
 700                 tree.getGroups().removeAllElements();\r
 701                 tree.groupNodes(tree.getTopNode(), threshold);\r
 702                 setColor(tree.getTopNode(), Color.black);\r
 703 \r
 704                 av.setSelectionGroup(null);\r
 705                 av.alignment.deleteAllGroups();\r
 706 \r
 707                 for (int i = 0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 708                 {\r
 709                     Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
 710                             (int) (Math.random() * 255),\r
 711                             (int) (Math.random() * 255));\r
 712                     setColor((SequenceNode) tree.getGroups().elementAt(i),\r
 713                         col.brighter());\r
 714 \r
 715                     Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode) tree.getGroups()\r
 716                                                                   .elementAt(i),\r
 717                             new Vector());\r
 718 \r
 719                     Vector sequences = new Vector();\r
 720 \r
 721                     for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 722                     {\r
 723                         SequenceI s1 = (SequenceI) ((SequenceNode) l.elementAt(j)).element();\r
 724 \r
 725                         if (!sequences.contains(s1))\r
 726                         {\r
 727                             sequences.addElement(s1);\r
 728                         }\r
 729                     }\r
 730 \r
 731                     ColourSchemeI cs = null;\r
 732 \r
 733                     if (av.getGlobalColourScheme() != null)\r
 734                     {\r
 735                       if (av.getGlobalColourScheme() instanceof UserColourScheme)\r
 736                       {\r
 737                         cs = new UserColourScheme(\r
 738                             ( (UserColourScheme) av.getGlobalColourScheme()).getColours());\r
 739 \r
 740                       }\r
 741                       else\r
 742                         cs = ColourSchemeProperty.getColour(sequences,\r
 743                                                             av.alignment.getWidth(),\r
 744                                                             ColourSchemeProperty.getColourName(\r
 745                                                                 av.getGlobalColourScheme()));\r
 746 \r
 747                         cs.setThreshold(av.getGlobalColourScheme().getThreshold(),\r
 748                                                              av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 749                     }\r
 750 \r
 751 \r
 752                     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(sequences,\r
 753                             "TreeGroup", cs, true, true, false, 0,\r
 754                             av.alignment.getWidth()-1);\r
 755 \r
 756 \r
 757                     if (  av.getGlobalColourScheme()!=null\r
 758                        && av.getGlobalColourScheme().conservationApplied())\r
 759                     {\r
 760                         Conservation c = new Conservation("Group",\r
 761                                 ResidueProperties.propHash, 3,\r
 762                                 sg.getSequences(false),\r
 763                                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
 764 \r
 765                         c.calculate();\r
 766                         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 767                         sg.cs.setConservation(c);\r
 768                     }\r
 769 \r
 770                     av.alignment.addGroup(sg);\r
 771                 }\r
 772             }\r
 773         }\r
 774 \r
 775         PaintRefresher.Refresh(this, av.alignment);\r
 776         repaint();\r
 777     }\r
 778 \r
 779     /**\r
 780      * DOCUMENT ME!\r
 781      *\r
 782      * @param state DOCUMENT ME!\r
 783      */\r
 784     public void setShowDistances(boolean state)\r
 785     {\r
 786         this.showDistances = state;\r
 787         repaint();\r
 788     }\r
 789 \r
 790     /**\r
 791      * DOCUMENT ME!\r
 792      *\r
 793      * @param state DOCUMENT ME!\r
 794      */\r
 795     public void setShowBootstrap(boolean state)\r
 796     {\r
 797         this.showBootstrap = state;\r
 798         repaint();\r
 799     }\r
 800 \r
 801     /**\r
 802      * DOCUMENT ME!\r
 803      *\r
 804      * @param state DOCUMENT ME!\r
 805      */\r
 806     public void setMarkPlaceholders(boolean state)\r
 807     {\r
 808         this.markPlaceholders = state;\r
 809         repaint();\r
 810     }\r
 811 }\r