src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 import javax.imageio.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.awt.image.*;\r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import org.jibble.epsgraphics.*;\r
  31 import jalview.analysis.*;\r
  32 import jalview.datamodel.*;\r
  33 import jalview.io.*;\r
  34 import jalview.jbgui.*;\r
  35 \r
  36 public class TreePanel\r
  37     extends GTreePanel\r
  38 {\r
  39   SequenceI[] seq;\r
  40   String type;\r
  41   String pwtype;\r
  42   int start;\r
  43   int end;\r
  44   TreeCanvas treeCanvas;\r
  45   NJTree tree;\r
  46 \r
  47   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type,\r
  48                    String pwtype, int s, int e)\r
  49   {\r
  50     super();\r
  51 \r
  52     this.type = type;\r
  53     this.pwtype = pwtype;\r
  54 \r
  55     start = s;\r
  56     end = e;\r
  57 \r
  58     String longestName = "";\r
  59     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  60 \r
  61     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  62     {\r
  63       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  64 \r
  65       if (seq[i].getName().length() > longestName.length())\r
  66       {\r
  67         longestName = seq[i].getName();\r
  68       }\r
  69     }\r
  70 \r
  71     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  72 \r
  73     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  74     treeCanvas.setShowDistances(true); // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as a userdefined default\r
  75     setViewStateFromTreeCanvas(treeCanvas);\r
  76     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  77     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  78     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
  79   }\r
  80 \r
  81   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  82                    String type, String pwtype)\r
  83   {\r
  84     super();\r
  85 \r
  86     // These are probably only  arbitrary strings reflecting source of tree\r
  87     this.type = type;\r
  88     this.pwtype = pwtype;\r
  89 \r
  90     start = 0;\r
  91     end = seqVector.size();\r
  92 \r
  93     String longestName = "";\r
  94     seq = new Sequence[seqVector.size()];\r
  95 \r
  96     for (int i = 0; i < seqVector.size(); i++)\r
  97     {\r
  98       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  99     }\r
 100 \r
 101     // This constructor matches sequence names to treenodes and sets up the tree layouts.\r
 102     tree = new NJTree(seq, newtree);\r
 103 \r
 104     // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
 105     Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(), new Vector());\r
 106     boolean has_placeholders = false;\r
 107 \r
 108     for (int i = 0; i < leaves.size(); i++)\r
 109     {\r
 110       SequenceNode lf = (SequenceNode) leaves.elementAt(i);\r
 111 \r
 112       if (lf.isPlaceholder())\r
 113       {\r
 114         has_placeholders = true;\r
 115       }\r
 116 \r
 117       if (longestName.length() < ( (Sequence) lf.element()).getName()\r
 118           .length())\r
 119       {\r
 120         longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER +\r
 121             ( (Sequence) lf.element()).getName();\r
 122       }\r
 123     }\r
 124 \r
 125     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 126     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 127 \r
 128     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
 129     treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 130     treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 131     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 132     treeCanvas.setMarkPlaceholders(has_placeholders);\r
 133     setViewStateFromTreeCanvas(treeCanvas);\r
 134 \r
 135     // JBPNote TODO: preference for always marking placeholders in new associated tree\r
 136   }\r
 137 \r
 138   public NJTree getTree()\r
 139   {\r
 140     return tree;\r
 141   }\r
 142 \r
 143   private void setViewStateFromTreeCanvas(TreeCanvas tree)\r
 144   {\r
 145     // update view menu state from treeCanvas render state\r
 146     distanceMenu.setSelected(tree.showDistances);\r
 147     bootstrapMenu.setSelected(tree.showBootstrap);\r
 148     placeholdersMenu.setSelected(tree.markPlaceholders);\r
 149   }\r
 150 \r
 151   private void setTreeCanvasFromViewState(TreeCanvas tree)\r
 152   {\r
 153     // update view menu state from treeCanvas render state\r
 154     tree.showDistances = distanceMenu.isSelected();\r
 155     tree.showBootstrap = bootstrapMenu.isSelected();\r
 156     tree.markPlaceholders = placeholdersMenu.isSelected();\r
 157   }\r
 158 \r
 159   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 160   {\r
 161     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 162 \r
 163     StringBuffer buffer = new StringBuffer();\r
 164 \r
 165     if (type.equals("AV"))\r
 166     {\r
 167       buffer.append("Average distance tree using ");\r
 168     }\r
 169     else\r
 170     {\r
 171       buffer.append("Neighbour joining tree using ");\r
 172     }\r
 173 \r
 174     if (pwtype.equals("BL"))\r
 175     {\r
 176       buffer.append("BLOSUM62");\r
 177     }\r
 178     else\r
 179     {\r
 180       buffer.append("PID");\r
 181     }\r
 182 \r
 183     Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);\r
 184 \r
 185     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 186     cap.setText(fout.print(false, true));\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 190   {\r
 191     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 192         getProperty(\r
 193             "LAST_DIRECTORY"));\r
 194     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 195     chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");\r
 196     chooser.setToolTipText("Save");\r
 197 \r
 198     int value = chooser.showSaveDialog(null);\r
 199 \r
 200     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 201     {\r
 202       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 203       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 204                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 205 \r
 206       try\r
 207       {\r
 208         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 209         String output = fout.print(false, true); // distances only\r
 210         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(new java.io.\r
 211             FileWriter(\r
 212                 choice));\r
 213         out.println(output);\r
 214         out.close();\r
 215       }\r
 216       catch (Exception ex)\r
 217       {\r
 218         ex.printStackTrace();\r
 219       }\r
 220     }\r
 221   }\r
 222 \r
 223   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 224   {\r
 225     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 226     treeCanvas.startPrinting();\r
 227   }\r
 228 \r
 229   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 230   {\r
 231     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();\r
 232     repaint();\r
 233   }\r
 234 \r
 235   public void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 236   {\r
 237     if (treeCanvas == null)\r
 238     {\r
 239       return;\r
 240     }\r
 241 \r
 242     String size = fontSize.getText().substring(fontSize.getText().indexOf("-") +\r
 243                                                1);\r
 244 \r
 245     Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 246         "Select font size", "Font size", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 247         null,\r
 248         new String[]\r
 249         {\r
 250         "1", "2", "4", "6", "8", "10", "12", "14", "16", "18", "20"\r
 251     }, "Font Size - " + size);\r
 252 \r
 253     if (selection != null)\r
 254     {\r
 255       fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 256 \r
 257       int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 258       treeCanvas.setFontSize(i);\r
 259     }\r
 260 \r
 261     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 262   }\r
 263 \r
 264   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 265   {\r
 266     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());\r
 267   }\r
 268 \r
 269   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 270   {\r
 271     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());\r
 272   }\r
 273 \r
 274   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 275   {\r
 276     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());\r
 277   }\r
 278 \r
 279   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 280   {\r
 281     int width = treeCanvas.getWidth();\r
 282     int height = treeCanvas.getHeight();\r
 283 \r
 284     try\r
 285     {\r
 286       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 287           jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 288               "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 289           {"eps"},\r
 290           new String[]\r
 291           {"Encapsulated Postscript"},\r
 292           "Encapsulated Postscript");\r
 293       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 294       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from tree");\r
 295       chooser.setToolTipText("Save");\r
 296 \r
 297       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 298 \r
 299       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 300       {\r
 301         return;\r
 302       }\r
 303 \r
 304       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 305                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 306 \r
 307       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 308       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,\r
 309                                            height);\r
 310 \r
 311       treeCanvas.draw(pg, width, height);\r
 312 \r
 313       pg.flush();\r
 314       pg.close();\r
 315     }\r
 316     catch (Exception ex)\r
 317     {\r
 318       ex.printStackTrace();\r
 319     }\r
 320   }\r
 321 \r
 322   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 323   {\r
 324     int width = treeCanvas.getWidth();\r
 325     int height = treeCanvas.getHeight();\r
 326 \r
 327     try\r
 328     {\r
 329       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(\r
 330           jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 331               "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 332           {"png"},\r
 333           new String[]\r
 334           {"Portable network graphics"},\r
 335           "Portable network graphics");\r
 336 \r
 337       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 338       chooser.setDialogTitle("Create PNG image from tree");\r
 339       chooser.setToolTipText("Save");\r
 340 \r
 341       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 342 \r
 343       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 344       {\r
 345         return;\r
 346       }\r
 347 \r
 348       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 349                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 350 \r
 351       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());\r
 352 \r
 353       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,\r
 354                                            BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 355       Graphics png = bi.getGraphics();\r
 356 \r
 357       treeCanvas.draw(png, width, height);\r
 358 \r
 359       ImageIO.write(bi, "png", out);\r
 360       out.close();\r
 361     }\r
 362     catch (Exception ex)\r
 363     {\r
 364       ex.printStackTrace();\r
 365     }\r
 366   }\r
 367 }\r