src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Font;
  24 import java.awt.Graphics;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.awt.event.KeyAdapter;
  28 import java.awt.event.KeyEvent;
  29 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  30 import java.beans.PropertyChangeListener;
  31 import java.io.File;
  32 import java.io.FileOutputStream;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36
  37 import javax.swing.ButtonGroup;
  38 import javax.swing.JMenuItem;
  39 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  40 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  41 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  42
  43 import org.jibble.epsgraphics.EpsGraphics2D;
  44
  45 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  46 import jalview.analysis.AverageDistanceTree;
  47 import jalview.analysis.NJTree;
  48 import jalview.analysis.TreeBuilder;
  49 import jalview.analysis.TreeModel;
  50 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  51 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  52 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  53 import jalview.bin.Cache;
  54 import jalview.bin.Console;
  55 import jalview.commands.CommandI;
  56 import jalview.commands.OrderCommand;
  57 import jalview.datamodel.Alignment;
  58 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  59 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  60 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  61 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  62 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  63 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  64 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  65 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  66 import jalview.datamodel.SequenceI;
  67 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  68 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  69 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  70 import jalview.io.JalviewFileView;
  71 import jalview.io.NewickFile;
  72 import jalview.jbgui.GTreePanel;
  73 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  74 import jalview.util.MessageManager;
  75 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  76
  77 /**
  78  * DOCUMENT ME!
  79  *
  80  * @author $author$
  81  * @version $Revision$
  82  */
  83 public class TreePanel extends GTreePanel
  84 {
  85   String treeType;
  86
  87   String scoreModelName; // if tree computed
  88
  89   String treeTitle; // if tree loaded
  90
  91   SimilarityParamsI similarityParams;
  92
  93   private TreeCanvas treeCanvas;
  94
  95   TreeModel tree;
  96
  97   private AlignViewport av;
  98
  99   /**
 100    * Creates a new TreePanel object.
 101    *
 102    * @param ap
 103    * @param type
 104    * @param modelName
 105    * @param options
 106    */
 107   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 108           SimilarityParamsI options)
 109   {
 110     super();
 111     this.setFrameIcon(null);
 112     this.similarityParams = options;
 113     initTreePanel(ap, type, modelName, null, null);
 114
 115     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
 116     // a userdefined default
 117     // showDistances(true);
 118   }
 119
 120   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile newtree,
 121           String theTitle, AlignmentView inputData)
 122   {
 123     super();
 124     this.setFrameIcon(null);
 125     this.treeTitle = theTitle;
 126     initTreePanel(alignPanel, null, null, newtree, inputData);
 127   }
 128
 129   /**
 130    * columnwise tree associated with positions in aa
 131    *
 132    * @param alignPanel
 133    * @param fin
 134    * @param title
 135    * @param aa
 136    */
 137   public TreePanel(AlignmentPanel alignPanel, NewickFile fin,
 138           AlignmentAnnotation aa, String title)
 139   {
 140     super();
 141     columnWise = true;
 142     assocAnnotation = aa;
 143     this.setFrameIcon(null);
 144     this.treeTitle = title;
 145     initTreePanel(alignPanel, null, null, fin, null);
 146   }
 147
 148   boolean columnWise = false;
 149
 150   AlignmentAnnotation assocAnnotation = null;
 151
 152   public boolean isColumnWise()
 153   {
 154     return columnWise;
 155   }
 156
 157   public AlignmentAnnotation getAssocAnnotation()
 158   {
 159     return assocAnnotation;
 160   }
 161
 162   public AlignmentI getAlignment()
 163   {
 164     return getTreeCanvas().getViewport().getAlignment();
 165   }
 166
 167   public AlignmentViewport getViewPort()
 168   {
 169     // @Mungo - Why don't we return our own viewport ???
 170     return getTreeCanvas().getViewport();
 171   }
 172
 173   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String modelName,
 174           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 175   {
 176
 177     av = ap.av;
 178     this.treeType = type;
 179     this.scoreModelName = modelName;
 180
 181     if (columnWise)
 182     {
 183       bootstrapMenu.setVisible(false);
 184       placeholdersMenu.setSelected(false);
 185       placeholdersMenu.setVisible(false);
 186       fitToWindow.setSelected(false);
 187       sortAssocViews.setVisible(false);
 188     }
 189
 190     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 191     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 192
 193     addKeyListener(new KeyAdapter()
 194     {
 195       @Override
 196       public void keyPressed(KeyEvent e)
 197       {
 198         switch (e.getKeyCode())
 199         {
 200         case 27: // escape
 201           treeCanvas.clearSelectedLeaves();
 202           e.consume();
 203           break;
 204
 205         }
 206
 207       }
 208     });
 209     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 210
 211     buildAssociatedViewMenu();
 212
 213     final PropertyChangeListener listener = addAlignmentListener();
 214
 215     /*
 216      * remove listener when window is closed, so that this
 217      * panel can be garbage collected
 218      */
 219     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 220     {
 221       @Override
 222       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 223       {
 224         if (av != null)
 225         {
 226           av.removePropertyChangeListener(listener);
 227         }
 228         releaseReferences();
 229       }
 230     });
 231
 232     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree, inputData);
 233     tl.start();
 234
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Ensure any potentially large object references are nulled
 239    */
 240   public void releaseReferences()
 241   {
 242     this.tree = null;
 243     this.treeCanvas.tree = null;
 244     this.treeCanvas.nodeHash = null;
 245     this.treeCanvas.nameHash = null;
 246   }
 247
 248   /**
 249    * @return
 250    */
 251   protected PropertyChangeListener addAlignmentListener()
 252   {
 253     final PropertyChangeListener listener = new PropertyChangeListener()
 254     {
 255       @Override
 256       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 257       {
 258         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 259         {
 260           if (tree == null)
 261           {
 262             System.out.println("tree is null");
 263             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 264             // tree is still being calculated - should save reference for
 265             // processing message later.
 266             return;
 267           }
 268           if (evt.getNewValue() == null)
 269           {
 270             System.out.println(
 271                     "new alignment sequences vector value is null");
 272           }
 273
 274           tree.updatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 275           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 276           // rectangles and leafnodes
 277           repaint();
 278         }
 279       }
 280     };
 281     av.addPropertyChangeListener(listener);
 282     return listener;
 283   }
 284
 285   @Override
 286   public void viewMenu_menuSelected()
 287   {
 288     buildAssociatedViewMenu();
 289   }
 290
 291   void buildAssociatedViewMenu()
 292   {
 293     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 294             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 295     if (aps.length == 1 && getTreeCanvas().getAssociatedPanel() == aps[0])
 296     {
 297       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 298       return;
 299     }
 300
 301     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 302
 303     if ((viewMenu
 304             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 305     {
 306       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 307     }
 308
 309     associateLeavesMenu.removeAll();
 310
 311     JRadioButtonMenuItem item;
 312     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 313     int i, iSize = aps.length;
 314     final TreePanel thisTreePanel = this;
 315     for (i = 0; i < iSize; i++)
 316     {
 317       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 318       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.getViewName(),
 319               ap == treeCanvas.getAssociatedPanel());
 320       buttonGroup.add(item);
 321       item.addActionListener(new ActionListener()
 322       {
 323         @Override
 324         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 325         {
 326           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 327           treeCanvas.setAssociatedPanel(ap);
 328           treeCanvas.setViewport(ap.av);
 329           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 330         }
 331       });
 332
 333       associateLeavesMenu.add(item);
 334     }
 335
 336     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 337             MessageManager.getString("label.all_views"));
 338     buttonGroup.add(itemf);
 339     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 340     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 341     {
 342       @Override
 343       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 344       {
 345         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 346       }
 347     });
 348     associateLeavesMenu.add(itemf);
 349
 350   }
 351
 352   class TreeLoader extends Thread
 353   {
 354     private NewickFile newtree;
 355
 356     private AlignmentView odata = null;
 357
 358     public TreeLoader(NewickFile newickFile, AlignmentView inputData)
 359     {
 360       this.newtree = newickFile;
 361       this.odata = inputData;
 362
 363       if (newickFile != null)
 364       {
 365         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 366         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 367         showBootstrap(newickFile.HasBootstrap());
 368         showDistances(newickFile.HasDistances());
 369       }
 370     }
 371
 372     @Override
 373     public void run()
 374     {
 375
 376       if (newtree != null)
 377       {
 378         tree = new TreeModel(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 379                 newtree);
 380         if (tree.getOriginalData() == null)
 381         {
 382           originalSeqData.setVisible(false);
 383         }
 384       }
 385       else
 386       {
 387         ScoreModelI sm = ScoreModels.getInstance().getScoreModel(
 388                 scoreModelName, treeCanvas.getAssociatedPanel());
 389         TreeBuilder njtree = treeType.equals(TreeBuilder.NEIGHBOUR_JOINING)
 390                 ? new NJTree(av, sm, similarityParams)
 391                 : new AverageDistanceTree(av, sm, similarityParams);
 392         tree = new TreeModel(njtree);
 393         showDistances(true);
 394       }
 395
 396       tree.reCount(tree.getTopNode());
 397       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 398       treeCanvas.setTree(tree);
 399       treeCanvas.repaint();
 400       av.setCurrentTree(tree);
 401       if (av.getSortByTree())
 402       {
 403         sortByTree_actionPerformed();
 404       }
 405     }
 406   }
 407
 408   public void showDistances(boolean b)
 409   {
 410     treeCanvas.setShowDistances(b);
 411     distanceMenu.setSelected(b);
 412   }
 413
 414   public void showBootstrap(boolean b)
 415   {
 416     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 417     bootstrapMenu.setSelected(b);
 418   }
 419
 420   public void showPlaceholders(boolean b)
 421   {
 422     placeholdersMenu.setState(b);
 423     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 424   }
 425
 426   /**
 427    * DOCUMENT ME!
 428    *
 429    * @return DOCUMENT ME!
 430    */
 431   public TreeModel getTree()
 432   {
 433     return tree;
 434   }
 435
 436   /**
 437    * DOCUMENT ME!
 438    *
 439    * @param e
 440    *          DOCUMENT ME!
 441    */
 442   @Override
 443   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 444   {
 445     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 446
 447     String newTitle = getPanelTitle();
 448
 449     NewickFile fout = new NewickFile(tree.getTopNode());
 450     try
 451     {
 452       cap.setText(fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 453               tree.hasRootDistance()));
 454       Desktop.addInternalFrame(cap, newTitle, 500, 100);
 455     } catch (OutOfMemoryError oom)
 456     {
 457       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 458       cap.dispose();
 459     }
 460
 461   }
 462
 463   /**
 464    * DOCUMENT ME!
 465    *
 466    * @param e
 467    *          DOCUMENT ME!
 468    */
 469   @Override
 470   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 471   {
 472     // TODO: JAL-3048 save newick file for Jalview-JS
 473     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 474             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 475     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 476     chooser.setDialogTitle(
 477             MessageManager.getString("label.save_tree_as_newick"));
 478     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 479
 480     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 481
 482     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 483     {
 484       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 485       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 486               chooser.getSelectedFile().getParent());
 487
 488       try
 489       {
 490         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 491                 tree.getTopNode());
 492         String output = fout.print(tree.hasBootstrap(), tree.hasDistances(),
 493                 tree.hasRootDistance());
 494         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 495                 new java.io.FileWriter(choice));
 496         out.println(output);
 497         out.close();
 498       } catch (Exception ex)
 499       {
 500         ex.printStackTrace();
 501       }
 502     }
 503   }
 504
 505   /**
 506    * DOCUMENT ME!
 507    *
 508    * @param e
 509    *          DOCUMENT ME!
 510    */
 511   @Override
 512   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 513   {
 514     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 515     treeCanvas.startPrinting();
 516   }
 517
 518   @Override
 519   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 520   {
 521     AlignmentView originalData = tree.getOriginalData();
 522     if (originalData == null)
 523     {
 524       Console.info(
 525               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 526       return;
 527     }
 528     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 529     // warrant a new window to be created
 530     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 531     // yields unaligned seqs)
 532     // or create a selection box around columns in alignment view
 533     // test Alignment(SeqCigar[])
 534     char gc = '-';
 535     try
 536     {
 537       // we try to get the associated view's gap character
 538       // but this may fail if the view was closed...
 539       gc = av.getGapCharacter();
 540
 541     } catch (Exception ex)
 542     {
 543     }
 544
 545     Object[] alAndColsel = originalData.getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 546
 547     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 548     {
 549       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 550
 551       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 552       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 553               ? av.getAlignment().getDataset()
 554               : null;
 555       if (dataset != null)
 556       {
 557         al.setDataset(dataset);
 558       }
 559
 560       if (true)
 561       {
 562         // make a new frame!
 563         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 564                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 565
 566         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 567         // found!!<<<
 568         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 569
 570         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 571         // msaorder);
 572
 573         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 574                 "label.original_data_for_params", new Object[]
 575                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 576                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 577       }
 578     }
 579   }
 580
 581   /**
 582    * DOCUMENT ME!
 583    *
 584    * @param e
 585    *          DOCUMENT ME!
 586    */
 587   @Override
 588   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 589   {
 590     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 591     repaint();
 592   }
 593
 594   /**
 595    * sort the associated alignment view by the current tree.
 596    *
 597    * @param e
 598    */
 599   @Override
 600   public void sortByTree_actionPerformed()
 601   {
 602
 603     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 604     {
 605       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<>();
 606       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 607               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 608       {
 609         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 610       }
 611       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 612       {
 613
 614         @Override
 615         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 616         {
 617           for (CommandI tsort : commands)
 618           {
 619             tsort.undoCommand(views);
 620           }
 621         }
 622
 623         @Override
 624         public int getSize()
 625         {
 626           return commands.size();
 627         }
 628
 629         @Override
 630         public String getDescription()
 631         {
 632           return "Tree Sort (many views)";
 633         }
 634
 635         @Override
 636         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 637         {
 638
 639           for (CommandI tsort : commands)
 640           {
 641             tsort.doCommand(views);
 642           }
 643         }
 644       });
 645       for (AlignmentPanel ap : PaintRefresher
 646               .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId()))
 647       {
 648         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 649         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 650       }
 651     }
 652     else
 653     {
 654       treeCanvas.getAssociatedPanel().alignFrame.addHistoryItem(
 655               sortAlignmentIn(treeCanvas.getAssociatedPanel()));
 656     }
 657
 658   }
 659
 660   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 661   {
 662     // TODO: move to alignment view controller
 663     AlignmentViewport viewport = ap.av;
 664     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();
 665     AlignmentSorter.sortByTree(viewport.getAlignment(), tree);
 666     CommandI undo;
 667     undo = new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder, viewport.getAlignment());
 668
 669     ap.paintAlignment(true, false);
 670     return undo;
 671   }
 672
 673   /**
 674    * DOCUMENT ME!
 675    *
 676    * @param e
 677    *          DOCUMENT ME!
 678    */
 679   @Override
 680   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 681   {
 682     if (treeCanvas == null)
 683     {
 684       return;
 685     }
 686
 687     new FontChooser(this);
 688   }
 689
 690   public Font getTreeFont()
 691   {
 692     return treeCanvas.font;
 693   }
 694
 695   public void setTreeFont(Font f)
 696   {
 697     if (treeCanvas != null)
 698     {
 699       treeCanvas.setFont(f);
 700     }
 701   }
 702
 703   /**
 704    * DOCUMENT ME!
 705    *
 706    * @param e
 707    *          DOCUMENT ME!
 708    */
 709   @Override
 710   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 711   {
 712     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 713   }
 714
 715   /**
 716    * DOCUMENT ME!
 717    *
 718    * @param e
 719    *          DOCUMENT ME!
 720    */
 721   @Override
 722   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 723   {
 724     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 725   }
 726
 727   /**
 728    * DOCUMENT ME!
 729    *
 730    * @param e
 731    *          DOCUMENT ME!
 732    */
 733   @Override
 734   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 735   {
 736     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 737   }
 738
 739   /**
 740    * Outputs the Tree in image format (currently EPS or PNG). The user is
 741    * prompted for the file to save to, and for EPS (unless a preference is
 742    * already set) for the choice of Text or Lineart for character rendering.
 743    */
 744   @Override
 745   public void writeTreeImage(TYPE imageFormat)
 746   {
 747     int width = treeCanvas.getWidth();
 748     int height = treeCanvas.getHeight();
 749     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 750     {
 751       @Override
 752       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 753       {
 754         treeCanvas.draw(g, width, height);
 755       }
 756     };
 757     String tree = MessageManager.getString("label.tree");
 758     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, imageFormat,
 759             tree);
 760     exporter.doExport(null, this, width, height,
 761             tree.toLowerCase(Locale.ROOT));
 762   }
 763
 764   /**
 765    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 766    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 767    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 768    * TransformFunction)};
 769    *
 770    * @param labelClass
 771    */
 772   public void changeNames(final String labelClass)
 773   {
 774     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 775     {
 776
 777       @Override
 778       public void transform(BinaryNode node)
 779       {
 780         if (node instanceof SequenceNode
 781                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 782                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 783         {
 784           String newname = null;
 785           SequenceI sq = (SequenceI) ((BinaryNode) node).element();
 786           if (sq != null)
 787           {
 788             // search dbrefs, features and annotation
 789             List<DBRefEntry> refs = jalview.util.DBRefUtils
 790                     .selectRefs(sq.getDBRefs(), new String[]
 791                     { labelClass.toUpperCase(Locale.ROOT) });
 792             if (refs != null)
 793             {
 794               for (int i = 0, ni = refs.size(); i < ni; i++)
 795               {
 796                 if (newname == null)
 797                 {
 798                   newname = new String(refs.get(i).getAccessionId());
 799                 }
 800                 else
 801                 {
 802                   newname += "; " + refs.get(i).getAccessionId();
 803                 }
 804               }
 805             }
 806             if (newname == null)
 807             {
 808               List<SequenceFeature> features = sq.getFeatures()
 809                       .getPositionalFeatures(labelClass);
 810               for (SequenceFeature feature : features)
 811               {
 812                 if (newname == null)
 813                 {
 814                   newname = feature.getDescription();
 815                 }
 816                 else
 817                 {
 818                   newname = newname + "; " + feature.getDescription();
 819                 }
 820               }
 821             }
 822           }
 823           if (newname != null)
 824           {
 825             // String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 826             // TODO : save oldname in the undo object for this modification.
 827             ((BinaryNode) node).setName(newname);
 828           }
 829         }
 830       }
 831     });
 832   }
 833
 834   /**
 835    * Formats a localised title for the tree panel, like
 836    * <p>
 837    * Neighbour Joining Using BLOSUM62
 838    * <p>
 839    * For a tree loaded from file, just uses the file name
 840    *
 841    * @return
 842    */
 843   public String getPanelTitle()
 844   {
 845     if (treeTitle != null)
 846     {
 847       return treeTitle;
 848     }
 849
 850     /*
 851      * i18n description of Neighbour Joining or Average Distance method
 852      */
 853     String treecalcnm = MessageManager.getString(
 854             "label.tree_calc_" + treeType.toLowerCase(Locale.ROOT));
 855
 856     /*
 857      * short score model name (long description can be too long)
 858      */
 859     String smn = scoreModelName;
 860
 861     /*
 862      * put them together as <method> Using <model>
 863      */
 864     final String ttl = MessageManager.formatMessage("label.calc_title",
 865             treecalcnm, smn);
 866     return ttl;
 867   }
 868
 869   /**
 870    * Builds an EPS image and writes it to the specified file.
 871    *
 872    * @param outFile
 873    * @param textOption
 874    *          true for Text character rendering, false for Lineart
 875    */
 876   protected void writeEpsFile(File outFile, boolean textOption)
 877   {
 878     try
 879     {
 880       int width = treeCanvas.getWidth();
 881       int height = treeCanvas.getHeight();
 882
 883       FileOutputStream out = new FileOutputStream(outFile);
 884       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width,
 885               height);
 886       pg.setAccurateTextMode(!textOption);
 887       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 888
 889       pg.flush();
 890       pg.close();
 891     } catch (Exception ex)
 892     {
 893       System.err.println("Error writing tree as EPS");
 894       ex.printStackTrace();
 895     }
 896   }
 897
 898   public AlignViewport getViewport()
 899   {
 900     return av;
 901   }
 902
 903   public void setViewport(AlignViewport av)
 904   {
 905     this.av = av;
 906   }
 907
 908   public TreeCanvas getTreeCanvas()
 909   {
 910     return treeCanvas;
 911   }
 912 }