src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.jbgui.GTreePanel;\r
   6 import jalview.io.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.io.*;\r
  10 import jalview.util.*;\r
  11 import javax.swing.*;\r
  12 import java.awt.print.*;\r
  13 import java.awt.*;\r
  14 \r
  15 \r
  16 \r
  17 public class TreePanel extends GTreePanel\r
  18 {\r
  19   SequenceI[] seq;\r
  20   String type;\r
  21   String pwtype;\r
  22   AlignViewport av;\r
  23   int start;\r
  24   int end;\r
  25   TreeCanvas treeCanvas;\r
  26   NJTree tree;\r
  27 \r
  28   FileProperties       fp;\r
  29   PostscriptProperties pp;\r
  30 \r
  31   PrintWriter bw;\r
  32   PrintStream ps;\r
  33   boolean makeString = false;\r
  34   StringBuffer out;\r
  35 \r
  36 \r
  37 \r
  38   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type, String pwtype, int s, int e)\r
  39   {\r
  40     super();\r
  41 \r
  42     this.type = type;\r
  43     this.pwtype = pwtype;\r
  44 \r
  45     start = s;\r
  46     end = e;\r
  47 \r
  48     String longestName = "";\r
  49     seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  50     for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  51     {\r
  52       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  53       if(seq[i].getName().length()>longestName.length())\r
  54         longestName = seq[i].getName();\r
  55     }\r
  56 \r
  57     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  58     av.setCurrentTree(tree);\r
  59 \r
  60     propertiesInit();\r
  61 \r
  62     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  63 \r
  64     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  65     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  66     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
  67 \r
  68   }\r
  69 \r
  70 \r
  71 public void drawPostscript(PostscriptProperties pp) {\r
  72   try {\r
  73     int width = 0;\r
  74     int height = 0;\r
  75 \r
  76     printout("%!\n");\r
  77 \r
  78     printout("/" + pp.font + " findfont\n");\r
  79     printout(pp.fsize + " scalefont setfont\n");\r
  80 \r
  81     int offx = pp.xoffset;\r
  82     int offy = pp.yoffset;\r
  83 \r
  84     if (pp.orientation == PostscriptProperties.PORTRAIT) {\r
  85       width = PostscriptProperties.SHORTSIDE;\r
  86       height = PostscriptProperties.LONGSIDE;\r
  87     } else {\r
  88       height = PostscriptProperties.SHORTSIDE;\r
  89       width = PostscriptProperties.LONGSIDE;\r
  90       printout(height + " 0 translate\n90 rotate\n");\r
  91     }\r
  92     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
  93     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
  94 \r
  95     if (top.count == 0) {\r
  96         top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
  97     }\r
  98 \r
  99     float chunk = (float)(height-offy*2)/(((SequenceNode)top).count+1);\r
 100 \r
 101     drawPostscriptNode(top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 102 \r
 103     printout("showpage\n");\r
 104   } catch (java.io.IOException e) {\r
 105     System.out.println("Exception " + e);\r
 106   }\r
 107 }\r
 108 \r
 109 public void drawPostscriptNode(SequenceNode node, float chunk, float scale, int width, int offx, int offy) throws java.io.IOException {\r
 110   if (node == null) {\r
 111     return;\r
 112   }\r
 113 \r
 114   if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 115     // Drawing leaf node\r
 116 \r
 117     float height = node.height;\r
 118     float dist = node.dist;\r
 119 \r
 120     int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 121     int xend =   (int)(height*scale) + offx;\r
 122 \r
 123     int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 124 \r
 125     // g.setColor(Color.black);\r
 126     printout("\n" + new Format("%5.3f").form((double)node.color.getRed()/255) + " " +\r
 127              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getGreen()/255) + " " +\r
 128              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getBlue()/255) + " setrgbcolor\n");\r
 129 \r
 130     // Draw horizontal line\r
 131     //  g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 132     printout(xstart + " " + ypos + " moveto " + xend + " " + ypos + " lineto stroke \n");\r
 133 \r
 134     if (treeCanvas.showDistances && node.dist > 0) {\r
 135       //        g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 136       printout("(" + new Format("%5.2f").form(node.dist) + ") " + xstart + " " + (ypos+5) + " moveto show\n");\r
 137     }\r
 138     //g.drawString((String)node.element(),xend+20,ypos);\r
 139     printout("(" + (((SequenceI)node.element()).getName()) + ") " + (xend+20) + " " + (ypos) + " moveto show\n");\r
 140   } else {\r
 141     drawPostscriptNode((SequenceNode)node.left(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 142     drawPostscriptNode((SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 143 \r
 144 \r
 145     float height = node.height;\r
 146     float dist = node.dist;\r
 147 \r
 148     int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 149     int xend =   (int)(height*scale) + offx;\r
 150     int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 151 \r
 152     printout("\n" + new Format("%5.3f").form((double)node.color.getRed()/255) + " " +\r
 153              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getGreen()/255) + " " +\r
 154              new Format("%5.3f").form((double)node.color.getBlue()/255) + " setrgbcolor\n");\r
 155     //      g.setColor(Color.black);\r
 156     //      bw.append("\nblack setrgbcolor\n");\r
 157     // Draw horizontal line\r
 158     //      g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 159     printout(xstart + " " + ypos + " moveto " + xend + " " + ypos + " lineto stroke\n");\r
 160     int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()).ycount * chunk) + offy;\r
 161     int yend = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 162 \r
 163     //      g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 164     //           (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 165     printout\r
 166     (((int)(height*scale) + offx) + " " + ystart + " moveto " +  ((int)(height*scale) + offx) + " " +\r
 167      yend + " lineto stroke\n");\r
 168     if (treeCanvas.showDistances && node.dist > 0) {\r
 169       //        g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 170       printout("(" +new Format("%5.2f").form(node.dist) + ") " + (xstart) + " " + (ypos+5) + " moveto show\n");\r
 171     }\r
 172   }\r
 173 }\r
 174 \r
 175 public void printout(String s) throws IOException {\r
 176   if (bw != null) {\r
 177     bw.write(s);\r
 178   }\r
 179   if (ps != null) {\r
 180     ps.print(s);\r
 181   }\r
 182   if (makeString == true) {\r
 183     out.append(s);\r
 184   }\r
 185 }\r
 186 \r
 187 \r
 188 public PostscriptProperties getPostscriptProperties() {\r
 189   return pp;\r
 190 }\r
 191 \r
 192 public FileProperties getFileProperties() {\r
 193   return fp;\r
 194 }\r
 195 \r
 196 public void setPostscriptProperties(PostscriptProperties pp) {\r
 197   this.pp = pp;\r
 198 }\r
 199 \r
 200 public void setFileProperties(FileProperties fp) {\r
 201   this.fp = fp;\r
 202 }\r
 203 \r
 204 public String getText(String format) {\r
 205   return null;\r
 206 }\r
 207 \r
 208 public void getPostscript(PrintWriter bw) {\r
 209   this.bw = bw;\r
 210   drawPostscript(pp);\r
 211 \r
 212 }\r
 213 \r
 214 public void getPostscript(PrintStream bw) {\r
 215   this.ps = bw;\r
 216   drawPostscript(pp);\r
 217   bw.flush();\r
 218 }\r
 219 \r
 220 public StringBuffer getPostscript() {\r
 221   makeString = true;\r
 222   out = new StringBuffer();\r
 223   drawPostscript(pp);\r
 224   return out;\r
 225 }\r
 226 \r
 227 public void propertiesInit() {\r
 228   this.pp = new PostscriptProperties();\r
 229   this.fp = new FileProperties();\r
 230 }\r
 231 \r
 232 \r
 233   public void saveButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 234   {\r
 235 \r
 236     try{\r
 237       JFileChooser chooser = new JFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));\r
 238       chooser.setDialogTitle("Save Tree as postscript file");\r
 239       chooser.setToolTipText("Save");\r
 240       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 241       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 242       {\r
 243         String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 244         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);\r
 245 \r
 246         bw = new PrintWriter(new FileWriter(choice));\r
 247         getPostscript(bw);\r
 248         bw.close();\r
 249 \r
 250       }\r
 251 \r
 252     }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 253 \r
 254   }\r
 255 \r
 256 \r
 257   protected void saveMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 258   {\r
 259 \r
 260   }\r
 261 \r
 262   protected void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 263   {\r
 264 \r
 265     //Putting in a thread avoids Swing painting problems\r
 266     treeCanvas.startPrinting();\r
 267   }\r
 268 \r
 269   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 270   {\r
 271     if( treeCanvas==null )\r
 272      return;\r
 273 \r
 274    String size = fontSize.getText().substring( fontSize.getText().indexOf("-")+1);\r
 275 \r
 276    Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 277                                "Select font size",\r
 278                                "Font size",\r
 279                                JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 280                                null, new String[]{"1","2","4","6","8","10","12","14","16","18","20"}\r
 281                                ,"Font Size - "+size);\r
 282    if(selection!=null)\r
 283    {\r
 284      fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 285 \r
 286      int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 287      treeCanvas.setFontSize(i);\r
 288    }\r
 289     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 290 \r
 291   }\r
 292 \r
 293   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 294   {\r
 295     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());\r
 296   }\r
 297 \r
 298   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 299   {\r
 300     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());\r
 301   }\r
 302 \r
 303 \r
 304 }\r