src/jalview/gui/TreePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.beans.*;
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23 import java.util.List;
  24
  25 import javax.imageio.*;
  26
  27 import java.awt.*;
  28 import java.awt.event.*;
  29 import java.awt.image.*;
  30 import javax.swing.*;
  31
  32 import org.jibble.epsgraphics.*;
  33 import jalview.analysis.*;
  34 import jalview.commands.CommandI;
  35 import jalview.commands.OrderCommand;
  36 import jalview.datamodel.*;
  37 import jalview.io.*;
  38 import jalview.jbgui.*;
  39
  40 /**
  41  * DOCUMENT ME!
  42  *
  43  * @author $author$
  44  * @version $Revision$
  45  */
  46 public class TreePanel extends GTreePanel
  47 {
  48   String type;
  49
  50   String pwtype;
  51
  52   TreeCanvas treeCanvas;
  53
  54   NJTree tree;
  55
  56   AlignViewport av;
  57
  58   /**
  59    * Creates a new TreePanel object.
  60    *
  61    * @param av
  62    *          DOCUMENT ME!
  63    * @param seqVector
  64    *          DOCUMENT ME!
  65    * @param type
  66    *          DOCUMENT ME!
  67    * @param pwtype
  68    *          DOCUMENT ME!
  69    * @param s
  70    *          DOCUMENT ME!
  71    * @param e
  72    *          DOCUMENT ME!
  73    */
  74   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype)
  75   {
  76     super();
  77     initTreePanel(ap, type, pwtype, null, null);
  78
  79     // We know this tree has distances. JBPNote TODO: prolly should add this as
  80     // a userdefined default
  81     // showDistances(true);
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Creates a new TreePanel object.
  86    *
  87    * @param av
  88    *          DOCUMENT ME!
  89    * @param seqVector
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    * @param newtree
  92    *          DOCUMENT ME!
  93    * @param type
  94    *          DOCUMENT ME!
  95    * @param pwtype
  96    *          DOCUMENT ME!
  97    */
  98   public TreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
  99           NewickFile newtree)
 100   {
 101     super();
 102     initTreePanel(ap, type, pwtype, newtree, null);
 103   }
 104
 105   public TreePanel(AlignmentPanel av, String type, String pwtype,
 106           NewickFile newtree, AlignmentView inputData)
 107   {
 108     super();
 109     initTreePanel(av, type, pwtype, newtree, inputData);
 110   }
 111
 112   public AlignmentI getAlignment()
 113   {
 114     return treeCanvas.av.getAlignment();
 115   }
 116
 117   public AlignViewport getViewPort()
 118   {
 119     return treeCanvas.av;
 120   }
 121
 122   void initTreePanel(AlignmentPanel ap, String type, String pwtype,
 123           NewickFile newTree, AlignmentView inputData)
 124   {
 125
 126     av = ap.av;
 127     this.type = type;
 128     this.pwtype = pwtype;
 129
 130     treeCanvas = new TreeCanvas(this, ap, scrollPane);
 131     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);
 132
 133     PaintRefresher.Register(this, ap.av.getSequenceSetId());
 134
 135     buildAssociatedViewMenu();
 136
 137     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 138     {
 139       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 140       {
 141         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 142         {
 143           if (tree == null)
 144           {
 145             System.out.println("tree is null");
 146             // TODO: deal with case when a change event is received whilst a
 147             // tree is still being calculated - should save reference for
 148             // processing message later.
 149             return;
 150           }
 151           if (evt.getNewValue() == null)
 152           {
 153             System.out
 154                     .println("new alignment sequences vector value is null");
 155           }
 156
 157           tree.UpdatePlaceHolders((List<SequenceI>) evt.getNewValue());
 158           treeCanvas.nameHash.clear(); // reset the mapping between canvas
 159           // rectangles and leafnodes
 160           repaint();
 161         }
 162       }
 163     });
 164
 165     TreeLoader tl = new TreeLoader(newTree);
 166     if (inputData != null)
 167     {
 168       tl.odata = inputData;
 169     }
 170     tl.start();
 171
 172   }
 173
 174   public void viewMenu_menuSelected()
 175   {
 176     buildAssociatedViewMenu();
 177   }
 178
 179   void buildAssociatedViewMenu()
 180   {
 181     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 182             .getSequenceSetId());
 183     if (aps.length == 1 && treeCanvas.ap == aps[0])
 184     {
 185       associateLeavesMenu.setVisible(false);
 186       return;
 187     }
 188
 189     associateLeavesMenu.setVisible(true);
 190
 191     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 192     {
 193       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 194     }
 195
 196     associateLeavesMenu.removeAll();
 197
 198     JRadioButtonMenuItem item;
 199     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 200     int i, iSize = aps.length;
 201     final TreePanel thisTreePanel = this;
 202     for (i = 0; i < iSize; i++)
 203     {
 204       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 205       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap == treeCanvas.ap);
 206       buttonGroup.add(item);
 207       item.addActionListener(new ActionListener()
 208       {
 209         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 210         {
 211           treeCanvas.applyToAllViews = false;
 212           treeCanvas.ap = ap;
 213           treeCanvas.av = ap.av;
 214           PaintRefresher.Register(thisTreePanel, ap.av.getSequenceSetId());
 215         }
 216       });
 217
 218       associateLeavesMenu.add(item);
 219     }
 220
 221     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 222     buttonGroup.add(itemf);
 223     itemf.setSelected(treeCanvas.applyToAllViews);
 224     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 225     {
 226       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 227       {
 228         treeCanvas.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 229       }
 230     });
 231     associateLeavesMenu.add(itemf);
 232
 233   }
 234
 235   class TreeLoader extends Thread
 236   {
 237     NewickFile newtree;
 238
 239     jalview.datamodel.AlignmentView odata = null;
 240
 241     public TreeLoader(NewickFile newtree)
 242     {
 243       this.newtree = newtree;
 244       if (newtree != null)
 245       {
 246         // Must be outside run(), as Jalview2XML tries to
 247         // update distance/bootstrap visibility at the same time
 248         showBootstrap(newtree.HasBootstrap());
 249         showDistances(newtree.HasDistances());
 250       }
 251     }
 252
 253     public void run()
 254     {
 255
 256       if (newtree != null)
 257       {
 258         if (odata == null)
 259         {
 260           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), newtree);
 261         }
 262         else
 263         {
 264           tree = new NJTree(av.getAlignment().getSequencesArray(), odata,
 265                   newtree);
 266         }
 267         if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 268         {
 269           allowOriginalSeqData(false);
 270         }
 271       }
 272       else
 273       {
 274         int start, end;
 275         SequenceI[] seqs;
 276         boolean selview=av
 277                 .getSelectionGroup() != null & av
 278                 .getSelectionGroup().getSize()>1;
 279         AlignmentView seqStrings = av.getAlignmentView(selview);
 280         if (!selview)
 281         {
 282           start = 0;
 283           end = av.getAlignment().getWidth();
 284           seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 285         }
 286         else
 287         {
 288           start = av.getSelectionGroup().getStartRes();
 289           end = av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1;
 290           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 291         }
 292
 293         tree = new NJTree(seqs, seqStrings, type, pwtype, start, end);
 294         showDistances(true);
 295       }
 296
 297       tree.reCount(tree.getTopNode());
 298       tree.findHeight(tree.getTopNode());
 299       treeCanvas.setTree(tree);
 300       treeCanvas.repaint();
 301       av.setCurrentTree(tree);
 302       if (av.getSortByTree())
 303       {
 304         sortByTree_actionPerformed(null);
 305       }
 306     }
 307   }
 308
 309   public void showDistances(boolean b)
 310   {
 311     treeCanvas.setShowDistances(b);
 312     distanceMenu.setSelected(b);
 313   }
 314
 315   public void showBootstrap(boolean b)
 316   {
 317     treeCanvas.setShowBootstrap(b);
 318     bootstrapMenu.setSelected(b);
 319   }
 320
 321   public void showPlaceholders(boolean b)
 322   {
 323     placeholdersMenu.setState(b);
 324     treeCanvas.setMarkPlaceholders(b);
 325   }
 326
 327   private void allowOriginalSeqData(boolean b)
 328   {
 329     originalSeqData.setVisible(b);
 330   }
 331
 332   /**
 333    * DOCUMENT ME!
 334    *
 335    * @return DOCUMENT ME!
 336    */
 337   public NJTree getTree()
 338   {
 339     return tree;
 340   }
 341
 342   /**
 343    * DOCUMENT ME!
 344    *
 345    * @param e
 346    *          DOCUMENT ME!
 347    */
 348   public void textbox_actionPerformed(ActionEvent e)
 349   {
 350     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 351
 352     StringBuffer buffer = new StringBuffer();
 353
 354     if (type.equals("AV"))
 355     {
 356       buffer.append("Average distance tree using ");
 357     }
 358     else
 359     {
 360       buffer.append("Neighbour joining tree using ");
 361     }
 362
 363     if (pwtype.equals("BL"))
 364     {
 365       buffer.append("BLOSUM62");
 366     }
 367     else
 368     {
 369       buffer.append("PID");
 370     }
 371
 372     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 373             tree.getTopNode());
 374     try
 375     {
 376       cap.setText(fout.print(tree.isHasBootstrap(), tree.isHasDistances(),
 377               tree.isHasRootDistance()));
 378       Desktop.addInternalFrame(cap, buffer.toString(), 500, 100);
 379     } catch (OutOfMemoryError oom)
 380     {
 381       new OOMWarning("generating newick tree file", oom);
 382       cap.dispose();
 383     }
 384
 385   }
 386
 387   /**
 388    * DOCUMENT ME!
 389    *
 390    * @param e
 391    *          DOCUMENT ME!
 392    */
 393   public void saveAsNewick_actionPerformed(ActionEvent e)
 394   {
 395     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 396             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 397     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 398     chooser.setDialogTitle("Save tree as newick file");
 399     chooser.setToolTipText("Save");
 400
 401     int value = chooser.showSaveDialog(null);
 402
 403     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 404     {
 405       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 406       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 407               .getSelectedFile().getParent());
 408
 409       try
 410       {
 411         jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(
 412                 tree.getTopNode());
 413         String output = fout.print(tree.isHasBootstrap(),
 414                 tree.isHasDistances(), tree.isHasRootDistance());
 415         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 416                 new java.io.FileWriter(choice));
 417         out.println(output);
 418         out.close();
 419       } catch (Exception ex)
 420       {
 421         ex.printStackTrace();
 422       }
 423     }
 424   }
 425
 426   /**
 427    * DOCUMENT ME!
 428    *
 429    * @param e
 430    *          DOCUMENT ME!
 431    */
 432   public void printMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 433   {
 434     // Putting in a thread avoids Swing painting problems
 435     treeCanvas.startPrinting();
 436   }
 437
 438   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 439   {
 440     if (!tree.hasOriginalSequenceData())
 441     {
 442       jalview.bin.Cache.log
 443               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 444       return;
 445     }
 446     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 447     // warrant a new window to be created
 448     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 449     // yields unaligned seqs)
 450     // or create a selection box around columns in alignment view
 451     // test Alignment(SeqCigar[])
 452     char gc = '-';
 453     try
 454     {
 455       // we try to get the associated view's gap character
 456       // but this may fail if the view was closed...
 457       gc = av.getGapCharacter();
 458
 459     } catch (Exception ex)
 460     {
 461     }
 462     ;
 463     Object[] alAndColsel = tree.seqData.getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 464
 465     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 466     {
 467       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 468
 469       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 470       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 471               .getAlignment().getDataset() : null;
 472       if (dataset != null)
 473       {
 474         al.setDataset(dataset);
 475       }
 476
 477       if (true)
 478       {
 479         // make a new frame!
 480         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 481                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 482                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 483
 484         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 485         // found!!<<<
 486         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 487
 488         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 489         // msaorder);
 490
 491         Desktop.addInternalFrame(af, "Original Data for " + this.title,
 492                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 493       }
 494     }
 495   }
 496
 497   /**
 498    * DOCUMENT ME!
 499    *
 500    * @param e
 501    *          DOCUMENT ME!
 502    */
 503   public void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
 504   {
 505     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.isSelected();
 506     repaint();
 507   }
 508
 509   /**
 510    * sort the associated alignment view by the current tree.
 511    *
 512    * @param e
 513    */
 514   public void sortByTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 515   {
 516
 517     if (treeCanvas.applyToAllViews)
 518     {
 519       final ArrayList<CommandI> commands = new ArrayList<CommandI>();
 520       for (AlignmentPanel ap: PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 521               .getSequenceSetId()))
 522       {
 523         commands.add(sortAlignmentIn(ap.av.getAlignPanel()));
 524       }
 525       av.getAlignPanel().alignFrame.addHistoryItem(new CommandI()
 526       {
 527
 528         @Override
 529         public void undoCommand(AlignmentI[] views)
 530         {
 531           for (CommandI tsort:commands)
 532           {
 533             tsort.undoCommand(views);
 534           }
 535         }
 536
 537         @Override
 538         public int getSize()
 539         {
 540           return commands.size();
 541         }
 542
 543         @Override
 544         public String getDescription()
 545         {
 546           return "Tree Sort (many views)";
 547         }
 548
 549         @Override
 550         public void doCommand(AlignmentI[] views)
 551         {
 552
 553           for (CommandI tsort:commands)
 554           {
 555             tsort.doCommand(views);
 556           }
 557         }
 558       });
 559       for (AlignmentPanel ap: PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 560               .getSequenceSetId()))
 561       {
 562         // ensure all the alignFrames refresh their GI after adding an undo item
 563         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 564       }
 565     } else {
 566       treeCanvas.ap.alignFrame.addHistoryItem(sortAlignmentIn(treeCanvas.ap));
 567     }
 568
 569   }
 570   public CommandI sortAlignmentIn(AlignmentPanel ap)
 571   {
 572     AlignViewport av = ap.av;
 573     SequenceI[] oldOrder = av.getAlignment().getSequencesArray();
 574     AlignmentSorter.sortByTree(av.getAlignment(), tree);
 575     CommandI undo;
 576     undo=new OrderCommand("Tree Sort", oldOrder,
 577           av.getAlignment());
 578
 579     ap.paintAlignment(true);
 580     return undo;
 581   }
 582   /**
 583    * DOCUMENT ME!
 584    *
 585    * @param e
 586    *          DOCUMENT ME!
 587    */
 588   public void font_actionPerformed(ActionEvent e)
 589   {
 590     if (treeCanvas == null)
 591     {
 592       return;
 593     }
 594
 595     new FontChooser(this);
 596   }
 597
 598   public Font getTreeFont()
 599   {
 600     return treeCanvas.font;
 601   }
 602
 603   public void setTreeFont(Font font)
 604   {
 605     if (treeCanvas != null)
 606     {
 607       treeCanvas.setFont(font);
 608     }
 609   }
 610
 611   /**
 612    * DOCUMENT ME!
 613    *
 614    * @param e
 615    *          DOCUMENT ME!
 616    */
 617   public void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 618   {
 619     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.isSelected());
 620   }
 621
 622   /**
 623    * DOCUMENT ME!
 624    *
 625    * @param e
 626    *          DOCUMENT ME!
 627    */
 628   public void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 629   {
 630     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.isSelected());
 631   }
 632
 633   /**
 634    * DOCUMENT ME!
 635    *
 636    * @param e
 637    *          DOCUMENT ME!
 638    */
 639   public void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 640   {
 641     treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.isSelected());
 642   }
 643
 644   /**
 645    * DOCUMENT ME!
 646    *
 647    * @param e
 648    *          DOCUMENT ME!
 649    */
 650   public void epsTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 651   {
 652     boolean accurateText = true;
 653
 654     String renderStyle = jalview.bin.Cache.getDefault("EPS_RENDERING",
 655             "Prompt each time");
 656
 657     // If we need to prompt, and if the GUI is visible then
 658     // Prompt for EPS rendering style
 659     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("Prompt each time")
 660             && !(System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 661                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 662     {
 663       EPSOptions eps = new EPSOptions();
 664       renderStyle = eps.getValue();
 665
 666       if (renderStyle == null || eps.cancelled)
 667       {
 668         return;
 669       }
 670
 671     }
 672
 673     if (renderStyle.equalsIgnoreCase("text"))
 674     {
 675       accurateText = false;
 676     }
 677
 678     int width = treeCanvas.getWidth();
 679     int height = treeCanvas.getHeight();
 680
 681     try
 682     {
 683       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 684               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 685               { "eps" }, new String[]
 686               { "Encapsulated Postscript" }, "Encapsulated Postscript");
 687       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 688       chooser.setDialogTitle("Create EPS file from tree");
 689       chooser.setToolTipText("Save");
 690
 691       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 692
 693       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 694       {
 695         return;
 696       }
 697
 698       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 699               .getSelectedFile().getParent());
 700
 701       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 702       EpsGraphics2D pg = new EpsGraphics2D("Tree", out, 0, 0, width, height);
 703
 704       pg.setAccurateTextMode(accurateText);
 705
 706       treeCanvas.draw(pg, width, height);
 707
 708       pg.flush();
 709       pg.close();
 710     } catch (Exception ex)
 711     {
 712       ex.printStackTrace();
 713     }
 714   }
 715
 716   /**
 717    * DOCUMENT ME!
 718    *
 719    * @param e
 720    *          DOCUMENT ME!
 721    */
 722   public void pngTree_actionPerformed(ActionEvent e)
 723   {
 724     int width = treeCanvas.getWidth();
 725     int height = treeCanvas.getHeight();
 726
 727     try
 728     {
 729       jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
 730               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 731               { "png" }, new String[]
 732               { "Portable network graphics" }, "Portable network graphics");
 733
 734       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 735       chooser.setDialogTitle("Create PNG image from tree");
 736       chooser.setToolTipText("Save");
 737
 738       int value = chooser.showSaveDialog(this);
 739
 740       if (value != jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 741       {
 742         return;
 743       }
 744
 745       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 746               .getSelectedFile().getParent());
 747
 748       FileOutputStream out = new FileOutputStream(chooser.getSelectedFile());
 749
 750       BufferedImage bi = new BufferedImage(width, height,
 751               BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 752       Graphics png = bi.getGraphics();
 753
 754       treeCanvas.draw(png, width, height);
 755
 756       ImageIO.write(bi, "png", out);
 757       out.close();
 758     } catch (Exception ex)
 759     {
 760       ex.printStackTrace();
 761     }
 762   }
 763
 764   /**
 765    * change node labels to the annotation referred to by labelClass TODO:
 766    * promote to a datamodel modification that can be undone TODO: make argument
 767    * one case of a generic transformation function ie { undoStep = apply(Tree,
 768    * TransformFunction)};
 769    *
 770    * @param labelClass
 771    */
 772   public void changeNames(final String labelClass)
 773   {
 774     tree.applyToNodes(new NodeTransformI()
 775     {
 776
 777       public void transform(BinaryNode node)
 778       {
 779         if (node instanceof SequenceNode
 780                 && !((SequenceNode) node).isPlaceholder()
 781                 && !((SequenceNode) node).isDummy())
 782         {
 783           String newname = null;
 784           SequenceI sq = (SequenceI) ((SequenceNode) node).element();
 785           if (sq != null)
 786           {
 787             // search dbrefs, features and annotation
 788             DBRefEntry[] refs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 789                     sq.getDBRef(), new String[]
 790                     { labelClass.toUpperCase() });
 791             if (refs != null)
 792             {
 793               for (int i = 0; i < refs.length; i++)
 794               {
 795                 if (newname == null)
 796                 {
 797                   newname = new String(refs[i].getAccessionId());
 798                 }
 799                 else
 800                 {
 801                   newname = newname + "; " + refs[i].getAccessionId();
 802                 }
 803               }
 804             }
 805             if (newname == null)
 806             {
 807               SequenceFeature sf[] = sq.getSequenceFeatures();
 808               for (int i = 0; sf != null && i < sf.length; i++)
 809               {
 810                 if (sf[i].getType().equals(labelClass))
 811                 {
 812                   if (newname == null)
 813                   {
 814                     newname = new String(sf[i].getDescription());
 815                   }
 816                   else
 817                   {
 818                     newname = newname + "; " + sf[i].getDescription();
 819                   }
 820                 }
 821               }
 822             }
 823           }
 824           if (newname != null)
 825           {
 826             String oldname = ((SequenceNode) node).getName();
 827             // TODO : save in the undo object for this modification.
 828             ((SequenceNode) node).setName(newname);
 829           }
 830         }
 831       }
 832     });
 833   }
 834 }