src/jalview/gui/UserDefinedColours.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.io.*;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 \r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import javax.swing.event.*;\r
  28 \r
  29 import jalview.datamodel.*;\r
  30 import jalview.io.*;\r
  31 import jalview.jbgui.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 \r
  34 public class UserDefinedColours\r
  35     extends GUserDefinedColours implements ChangeListener\r
  36 {\r
  37   AlignmentPanel ap;\r
  38   SequenceGroup seqGroup;\r
  39   JButton selectedButton;\r
  40   Vector oldColours = new Vector();\r
  41   ColourSchemeI oldColourScheme;\r
  42   JInternalFrame frame;\r
  43 \r
  44   public UserDefinedColours(AlignmentPanel ap, SequenceGroup sg)\r
  45   {\r
  46     super();\r
  47     frame = new JInternalFrame();\r
  48     frame.setContentPane(this);\r
  49     Desktop.addInternalFrame(frame, "User Defined Colours", 450, 530, false);\r
  50 \r
  51     if (System.getProperty("os.name").startsWith("Mac"))\r
  52     {\r
  53       frame.setSize(450, 560);\r
  54     }\r
  55 \r
  56     if (sg != null)\r
  57     {\r
  58       frame.setTitle(frame.getTitle() + " (" + sg.getName() + ")");\r
  59     }\r
  60 \r
  61     colorChooser.getSelectionModel().addChangeListener(this);\r
  62 \r
  63     this.ap = ap;\r
  64     seqGroup = sg;\r
  65 \r
  66     if (seqGroup != null)\r
  67     {\r
  68       oldColourScheme = seqGroup.cs;\r
  69     }\r
  70     else\r
  71     {\r
  72       oldColourScheme = ap.av.getGlobalColourScheme();\r
  73     }\r
  74 \r
  75     for (int i = 0; i < 20; i++)\r
  76     {\r
  77       makeButton(ResidueProperties.aa2Triplet.get(ResidueProperties.aa[i]) +\r
  78                  "", ResidueProperties.aa[i]);\r
  79     }\r
  80 \r
  81     makeButton("B", "B");\r
  82     makeButton("Z", "Z");\r
  83     makeButton("X", "X");\r
  84     makeButton("Gap", "'.','-',' '");\r
  85 \r
  86     if (jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR") != null)\r
  87     {\r
  88       loadColours(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR"));\r
  89     }\r
  90   }\r
  91 \r
  92   public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  93   {\r
  94     if (selectedButton != null)\r
  95     {\r
  96       selectedButton.setBackground(colorChooser.getColor());\r
  97     }\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void colourButtonPressed(MouseEvent e)\r
 101   {\r
 102     selectedButton = (JButton) e.getSource();\r
 103     colorChooser.setColor(selectedButton.getBackground());\r
 104   }\r
 105 \r
 106   void makeButton(String label, String aa)\r
 107   {\r
 108     final JButton button = new JButton();\r
 109     Color col = Color.white;\r
 110 \r
 111     try\r
 112     {\r
 113       col = oldColourScheme.findColour(aa, -1);\r
 114     }\r
 115     catch (Exception ex)\r
 116     {\r
 117     }\r
 118 \r
 119     button.setBackground(col);\r
 120     oldColours.addElement(col);\r
 121     button.setText(label);\r
 122     button.setForeground(col.darker().darker().darker());\r
 123     button.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 1, 10));\r
 124     button.addMouseListener(new java.awt.event.MouseAdapter()\r
 125     {\r
 126       public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 127       {\r
 128         colourButtonPressed(e);\r
 129       }\r
 130     });\r
 131 \r
 132     buttonPanel.add(button, null);\r
 133   }\r
 134 \r
 135   protected void okButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 136   {\r
 137     applyButton_actionPerformed(null);\r
 138 \r
 139     try\r
 140     {\r
 141       frame.setClosed(true);\r
 142     }\r
 143     catch (Exception ex)\r
 144     {\r
 145     }\r
 146   }\r
 147 \r
 148   protected void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 149   {\r
 150     Color[] newColours = new Color[24];\r
 151 \r
 152     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 153     {\r
 154       JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 155       newColours[i] = button.getBackground();\r
 156     }\r
 157 \r
 158     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 159     ucs.setThreshold(0);\r
 160 \r
 161     if (seqGroup != null)\r
 162     {\r
 163       seqGroup.cs = ucs;\r
 164       ap.repaint();\r
 165     }\r
 166     else\r
 167     {\r
 168       ap.alignFrame.changeColour(ucs);\r
 169     }\r
 170   }\r
 171 \r
 172   protected void loadbutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173   {\r
 174     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 175         getProperty(\r
 176             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 177         {"jc"},\r
 178         new String[]\r
 179         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");\r
 180     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 181     chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");\r
 182     chooser.setToolTipText("Load");\r
 183 \r
 184     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 185 \r
 186     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 187     {\r
 188       File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 189       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 190       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOUR",\r
 191                                     choice.getPath());\r
 192 \r
 193       Color[] colors = loadColours(choice.getAbsolutePath());\r
 194 \r
 195       for (int i = 0; i < colors.length; i++)\r
 196       {\r
 197         JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 198         button.setBackground(colors[i]);\r
 199       }\r
 200     }\r
 201   }\r
 202 \r
 203   public static UserColourScheme loadDefaultColours()\r
 204   {\r
 205     if (jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR") != null)\r
 206     {\r
 207       return loadDefaultColours(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 208           "USER_DEFINED_COLOUR"));\r
 209     }\r
 210     else\r
 211     {\r
 212       return null;\r
 213     }\r
 214   }\r
 215 \r
 216   public static UserColourScheme loadDefaultColours(String file)\r
 217   {\r
 218     UserColourScheme ucs = null;\r
 219     Color[] cols = loadColours(file);\r
 220 \r
 221     if (cols != null)\r
 222     {\r
 223       ucs = new UserColourScheme(cols);\r
 224       ucs.setThreshold(0);\r
 225     }\r
 226 \r
 227     return ucs;\r
 228   }\r
 229 \r
 230   static Color[] loadColours(String file)\r
 231   {\r
 232     Color[] newColours = null;\r
 233 \r
 234     try\r
 235     {\r
 236       InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(\r
 237           file), "UTF-8");\r
 238 \r
 239       jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.\r
 240           JalviewUserColours();\r
 241       ucs = (jalview.binding.JalviewUserColours) ucs.unmarshal(in);\r
 242 \r
 243       newColours = new Color[ucs.getColourCount()];\r
 244 \r
 245       for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 246       {\r
 247         newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(\r
 248             ucs.getColour(i).getRGB(), 16));\r
 249       }\r
 250     }\r
 251     catch (Exception ex)\r
 252     {\r
 253       System.out.println("Error loading UserColourFile " + file);\r
 254     }\r
 255 \r
 256     return newColours;\r
 257   }\r
 258 \r
 259   protected void savebutton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 260   {\r
 261     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 262         getProperty(\r
 263             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 264         {"jc"},\r
 265         new String[]\r
 266         {"Jalview User Colours"}, "Jalview User Colours");\r
 267 \r
 268     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());\r
 269     chooser.setDialogTitle("Save colour scheme");\r
 270     chooser.setToolTipText("Save");\r
 271 \r
 272     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 273 \r
 274     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 275     {\r
 276       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 277       jalview.bin.Cache.setProperty("USER_DEFINED_COLOUR", choice);\r
 278 \r
 279       jalview.binding.JalviewUserColours ucs = new jalview.binding.\r
 280           JalviewUserColours();\r
 281 \r
 282       try\r
 283       {\r
 284         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(\r
 285             new FileOutputStream(choice), "UTF-8"));\r
 286 \r
 287         for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 288         {\r
 289           JButton button = (JButton) buttonPanel.getComponent(i);\r
 290           jalview.binding.Colour col = new jalview.binding.Colour();\r
 291           col.setName(button.getText());\r
 292           col.setRGB(jalview.util.Format.getHexString(\r
 293               button.getBackground()));\r
 294           ucs.addColour(col);\r
 295         }\r
 296 \r
 297         ucs.marshal(out);\r
 298         out.close();\r
 299       }\r
 300       catch (Exception ex)\r
 301       {\r
 302         ex.printStackTrace();\r
 303       }\r
 304     }\r
 305   }\r
 306 \r
 307   protected void cancelButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 308   {\r
 309     Color[] newColours = new Color[24];\r
 310 \r
 311     for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 312     {\r
 313       newColours[i] = (Color) oldColours.elementAt(i);\r
 314       buttonPanel.getComponent(i).setBackground(newColours[i]);\r
 315     }\r
 316 \r
 317     UserColourScheme ucs = new UserColourScheme(newColours);\r
 318 \r
 319     if (seqGroup != null)\r
 320     {\r
 321       seqGroup.cs = ucs;\r
 322     }\r
 323     else\r
 324     {\r
 325       ap.av.setGlobalColourScheme(ucs);\r
 326     }\r
 327 \r
 328     ap.repaint();\r
 329 \r
 330     try\r
 331     {\r
 332       frame.setClosed(true);\r
 333     }\r
 334     catch (Exception ex)\r
 335     {\r
 336     }\r
 337   }\r
 338 }\r