src/jalview/gui/WsJobParameters.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import java.awt.BorderLayout;
   4 import java.awt.Color;
   5 import java.awt.Component;
   6 import java.awt.Dimension;
   7 import java.awt.FlowLayout;
   8 import java.awt.Font;
   9 import java.awt.GridLayout;
  10 import java.awt.Rectangle;
  11 import java.awt.event.ActionEvent;
  12 import java.awt.event.ActionListener;
  13 import java.awt.event.ComponentEvent;
  14 import java.awt.event.ComponentListener;
  15 import java.awt.event.ContainerEvent;
  16 import java.awt.event.ContainerListener;
  17 import java.awt.event.ItemEvent;
  18 import java.awt.event.ItemListener;
  19 import java.awt.event.KeyEvent;
  20 import java.awt.event.KeyListener;
  21 import java.awt.event.MouseEvent;
  22 import java.awt.event.MouseListener;
  23 import java.awt.event.WindowEvent;
  24 import java.awt.event.WindowListener;
  25 import java.awt.event.WindowStateListener;
  26 import java.util.ArrayList;
  27 import java.util.EventObject;
  28 import java.util.HashSet;
  29 import java.util.Hashtable;
  30 import java.util.Iterator;
  31 import java.util.List;
  32 import java.util.Map;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 import javax.swing.JButton;
  36 import javax.swing.JCheckBox;
  37 import javax.swing.JComboBox;
  38 import javax.swing.JDialog;
  39 import javax.swing.JFrame;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JList;
  42 import javax.swing.JOptionPane;
  43 import javax.swing.JPanel;
  44 import javax.swing.JScrollPane;
  45 import javax.swing.JSlider;
  46 import javax.swing.JTable;
  47 import javax.swing.JTextArea;
  48 import javax.swing.JTextField;
  49 import javax.swing.ListSelectionModel;
  50 import javax.swing.SwingConstants;
  51 import javax.swing.SwingUtilities;
  52 import javax.swing.border.TitledBorder;
  53 import javax.swing.event.CellEditorListener;
  54 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  55 import javax.swing.event.ChangeListener;
  56 import javax.swing.table.*;
  57
  58 import compbio.metadata.Argument;
  59 import compbio.metadata.Option;
  60 import compbio.metadata.Parameter;
  61 import compbio.metadata.Preset;
  62 import compbio.metadata.PresetManager;
  63 import compbio.metadata.RunnerConfig;
  64 import compbio.metadata.ValueConstrain;
  65 import compbio.metadata.WrongParameterException;
  66 import compbio.metadata.ValueConstrain.Type;
  67
  68 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer;
  69 import jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.Jws2Instance;
  70
  71 public class WsJobParameters extends JPanel implements ItemListener,
  72         ActionListener
  73 {
  74   private static final int PARAM_WIDTH = 340, PARAM_HEIGHT = 150,PARAM_CLOSEDHEIGHT=80;
  75
  76   private static final int OPTSET_HEIGHT = 30;
  77
  78   JPanel setDetails = new JPanel();
  79
  80   JPanel settingsPanel = new JPanel();
  81
  82   JPanel jobOptions = new JPanel();
  83
  84   JScrollPane jobOptionsPane = new JScrollPane();
  85
  86   JPanel jobParameters = new JPanel();
  87
  88   JPanel paramButtons = new JPanel();
  89
  90   JPanel paramPanel = new JPanel();
  91
  92   JLabel modified = new JLabel();
  93
  94   JButton startjob = new JButton();
  95
  96   JButton canceljob = new JButton();
  97
  98   JButton exportParams = new JButton();
  99
 100   JButton importParams = new JButton();
 101
 102   JButton resetParams = new JButton();
 103
 104   JButton addParam = new JButton();
 105
 106   JButton removeParam = new JButton();
 107
 108   JButton editParam = new JButton();
 109
 110   JComboBox setName = new JComboBox();
 111
 112   JTextArea setDescr = new JTextArea();
 113
 114   JScrollPane paramPane = new JScrollPane();
 115
 116   // JList paramList = new JList();
 117   JPanel paramList = new JPanel();
 118
 119   RunnerConfig serviceOptions;
 120
 121   List<Parameter> availableParameters;
 122
 123   private BorderLayout jparamLayout;
 124
 125   WsJobParameters(Jws2Instance service)
 126   {
 127     this(service, null);
 128   }
 129
 130   public WsJobParameters(Jws2Instance service, Preset p)
 131   {
 132     this(null, service, p, null);
 133   }
 134
 135   /**
 136    *
 137    * @param desktop
 138    *          - if null, create new JFrame outside of desktop
 139    * @param service
 140    * @param p
 141    */
 142   public WsJobParameters(JFrame parent, Jws2Instance service, Preset p,
 143           List<Argument> jobArgset)
 144   {
 145     super();
 146     jbInit();
 147     argSetModified(false);
 148     // populate parameter table
 149     initForService(service, p, jobArgset);
 150     // display in new JFrame attached to parent.
 151     validate();
 152   }
 153
 154   int response = -1;
 155
 156   JDialog frame = null;
 157
 158   public boolean showRunDialog()
 159   {
 160
 161     frame = new JDialog(Desktop.instance, true);
 162
 163     frame.setTitle("Edit parameters for " + service.getActionText());
 164     Rectangle deskr = Desktop.instance.getBounds();
 165     frame.setBounds(new Rectangle((int) (deskr.getCenterX() - 240),
 166             (int) (deskr.getCenterY() - 92), 380, 385));
 167     frame.setContentPane(this);
 168
 169     frame.setVisible(true);
 170
 171     if (response > 0)
 172     {
 173       return true;
 174     }
 175     return false;
 176   }
 177
 178   private void jbInit()
 179   {
 180     modified.setText("*");
 181     modified.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 182     modified.setForeground(Color.red);
 183     modified.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT);
 184
 185     exportParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 186     exportParams.setText("Export");
 187     exportParams.setToolTipText("Export parameters to a file");
 188     exportParams.addActionListener(new ActionListener()
 189     {
 190       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 191       {
 192         exportParams_actionPerformed(e);
 193       }
 194     });
 195     importParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 196     importParams.setText("Import");
 197     importParams.setToolTipText("Import parameters from a file");
 198     importParams.addActionListener(new ActionListener()
 199     {
 200       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 201       {
 202         importParams_actionPerformed(e);
 203       }
 204     });
 205     resetParams.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 206     resetParams.setText("Defaults");
 207     resetParams.setToolTipText("Reset to defaults");
 208     resetParams.addActionListener(new ActionListener()
 209     {
 210       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 211       {
 212         resetParams_actionPerformed(e);
 213       }
 214     });
 215     addParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 216     addParam.setText("Add");
 217     addParam.setToolTipText("Add new parameter");
 218     addParam.addActionListener(new ActionListener()
 219     {
 220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221       {
 222         addParam_actionPerformed(e);
 223       }
 224     });
 225     removeParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 226     removeParam.setText("Remove");
 227     removeParam.setToolTipText("Remove selected parameter");
 228     removeParam.addActionListener(new ActionListener()
 229     {
 230       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 231       {
 232         removeParam_actionPerformed(e);
 233       }
 234     });
 235     editParam.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 236     editParam.setText("Edit");
 237     editParam.setToolTipText("Edit selected parameter");
 238     editParam.addActionListener(new ActionListener()
 239     {
 240       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 241       {
 242         editParam_actionPerformed(e);
 243       }
 244     });
 245     startjob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 246     startjob.setText("Start");
 247     startjob.setToolTipText("Start Job");
 248     startjob.addActionListener(new ActionListener()
 249     {
 250       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 251       {
 252         startjob_actionPerformed(e);
 253       }
 254     });
 255     canceljob.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 10));
 256     canceljob.setText("Cancel");
 257     canceljob.setToolTipText("Cancel Job");
 258     canceljob.addActionListener(new ActionListener()
 259     {
 260       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 261       {
 262         canceljob_actionPerformed(e);
 263       }
 264     });
 265
 266     setDetails.setBorder(new TitledBorder("Details"));
 267     setDetails.setLayout(new BorderLayout());
 268     setDescr.setColumns(40);
 269     setDescr.setWrapStyleWord(true);
 270     setDescr.setLineWrap(true);
 271     setDescr.setBackground(getBackground());
 272     setDescr.setEditable(false);
 273     JScrollPane setDescrView = new JScrollPane();
 274     // setDescrView.setPreferredSize(new Dimension(350, 200));
 275     setDescrView.getViewport().setView(setDescr);
 276     setName.setEditable(true);
 277     setName.addItemListener(this);
 278     setName.getEditor().addActionListener(this);
 279     modified.setPreferredSize(new Dimension(15, 15));
 280     JPanel SetNamePanel = new JPanel();
 281     SetNamePanel.setLayout(new BorderLayout());
 282     SetNamePanel.add(setName, BorderLayout.WEST);
 283     SetNamePanel.add(modified, BorderLayout.EAST);
 284     setDetails.add(SetNamePanel, BorderLayout.NORTH);
 285     setDetails.add(setDescrView, BorderLayout.CENTER);
 286     // setDetails.setPreferredSize(new Dimension(360, 100));
 287     jobParameters.setBorder(new TitledBorder("Parameters"));
 288     jobParameters.setLayout(jparamLayout = new BorderLayout());
 289     paramPane.setPreferredSize(new Dimension(360, 300));
 290     paramPane.getVerticalScrollBar().setUnitIncrement(20);
 291     // paramPanel.setPreferredSize(new Dimension(360, 300));
 292     paramButtons.setLayout(new GridLayout(2, 3));
 293     paramButtons.add(addParam);
 294     paramButtons.add(editParam);
 295     paramButtons.add(removeParam);
 296     // TODO: relayout buttons nicely
 297     paramButtons.add(exportParams);
 298     paramButtons.add(importParams);
 299     paramButtons.add(resetParams);
 300     paramPane.getViewport().setView(paramList);
 301     jobParameters.add(paramPane, BorderLayout.NORTH);
 302     // jobParameters.add(paramButtons, BorderLayout.SOUTH);
 303     settingsPanel.setLayout(new GridLayout(2,1));
 304     // settingsPanel.add(modified, BorderLayout.NORTH);
 305     JPanel jobOptionsPanel = new JPanel();
 306     jobOptionsPanel.setLayout(new BorderLayout());
 307     jobOptionsPanel.setBorder(new TitledBorder("Options"));
 308     jobOptionsPane.getViewport().setView(jobOptions);
 309     jobOptionsPanel.add(jobOptionsPane, BorderLayout.CENTER);
 310     settingsPanel.add(jobOptionsPanel);
 311     settingsPanel.add(jobParameters);
 312
 313     setLayout(new BorderLayout());
 314     // setPreferredSize(new Dimension(400, 600));
 315     // setSize(new Dimension(400, 600));
 316     add(setDetails, BorderLayout.NORTH);
 317     add(settingsPanel, BorderLayout.CENTER);
 318     JPanel dialogpanel = new JPanel();
 319     dialogpanel.add(startjob);
 320     dialogpanel.add(canceljob);
 321     add(dialogpanel, BorderLayout.SOUTH);
 322   }
 323
 324   protected void canceljob_actionPerformed(ActionEvent e)
 325   {
 326     response = 0;
 327     if (frame != null)
 328     {
 329       frame.setVisible(false);
 330     }
 331   }
 332
 333   protected void startjob_actionPerformed(ActionEvent e)
 334   {
 335     response = 1;
 336     if (frame != null)
 337     {
 338       frame.setVisible(false);
 339     }
 340   }
 341
 342   protected void editParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 343   {
 344     // TODO Auto-generated method stub
 345
 346   }
 347
 348   protected void removeParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 349   {
 350     // TODO Auto-generated method stub
 351
 352   }
 353
 354   protected void addParam_actionPerformed(ActionEvent e)
 355   {
 356     // TODO Auto-generated method stub
 357
 358   }
 359
 360   protected void resetParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 361   {
 362     // TODO Auto-generated method stub
 363
 364   }
 365
 366   protected void importParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 367   {
 368     // TODO Auto-generated method stub
 369
 370   }
 371
 372   protected void exportParams_actionPerformed(ActionEvent e)
 373   {
 374     // TODO Auto-generated method stub
 375
 376   }
 377
 378   Jws2Instance service;
 379
 380   void initForService(Jws2Instance service, Preset p,
 381           List<Argument> jobArgset)
 382   {
 383     this.service = service;
 384     serviceOptions = service.getRunnerConfig();
 385     // add any presets not already added.
 386     String curname = (p == null ? "" : p.getName());
 387     PresetManager prman = service.getPresets();
 388     if (prman != null)
 389     {
 390       List prList = service.getPresets().getPresets();
 391       if (prList != null)
 392       {
 393         for (Object pr : prList)
 394         {
 395           if (p == null || !curname.equals(((Preset) pr).getName()))
 396           {
 397             setName.addItem(((Preset) pr).getName());
 398           }
 399         }
 400       }
 401     }
 402     updateTable(p, jobArgset);
 403   }
 404
 405   @SuppressWarnings("unchecked")
 406   private void updateTable(Preset p, List<Argument> jobArgset)
 407   {
 408     availableParameters = new ArrayList<Parameter>();
 409     List<Parameter> setargs = new ArrayList<Parameter>();
 410     // populate table from default parameter set.
 411     List<Argument> args = serviceOptions.getArguments();
 412
 413     // split to params and required arguments
 414     {
 415       for (Argument arg : args)
 416       {
 417         Argument myarg = (Argument) arg;
 418         // Ideally, Argument would implement isRequired !
 419         if (myarg instanceof Parameter)
 420         {
 421           Parameter parm = (Parameter) myarg;
 422           if (true) // parm.isRequired())
 423           {
 424             addParameter(parm);
 425           }
 426           else
 427           {
 428             availableParameters.add(parm);
 429           }
 430         }
 431         else
 432         {
 433           if (myarg instanceof Option)
 434           {
 435             Option opt = (Option) myarg;
 436             addOption(opt);
 437             if (opt.isRequired())
 438             {
 439               selectOption(opt, opt.getDefaultValue());
 440             }
 441           }
 442           else
 443           {
 444             System.err.println("Ignoring unknown service argument type "
 445                     + arg.getClass().getName());
 446           }
 447         }
 448       }
 449       args = null; // no more args to process.
 450     }
 451     if (p != null)
 452     {
 453       if (lastParmSet == null)
 454       {
 455         // initialise setname
 456         setName.addItem(p.getName());
 457       }
 458       setDescr.setText(p.getDescription());
 459       // TODO - URL link
 460       try
 461       {
 462         args = p.getArguments(serviceOptions);
 463       } catch (Exception e)
 464       {
 465         e.printStackTrace();
 466       }
 467       // TODO: check if args should be unselected prior to resetting using the
 468       // preset
 469       setargs.clear();
 470     }
 471     else
 472     {
 473       if (lastParmSet == null)
 474       {
 475         // first call - so create a dummy name
 476         setName.addItem("Defaults *");
 477       }
 478     }
 479     if (jobArgset != null)
 480     {
 481       argSetModified(true);
 482       args = jobArgset;
 483     }
 484     // get setargs from current object
 485     if (args != null)
 486     {
 487       for (Argument arg : args)
 488       {
 489         if (arg instanceof Parameter)
 490         {
 491           setargs.add((Parameter) arg);
 492         }
 493         else
 494         {
 495           if (arg instanceof Option)
 496           {
 497             selectOption((Option) arg, arg.getDefaultValue());
 498           }
 499         }
 500
 501       }
 502     }
 503
 504     // mdl.setData(setargs);
 505     // jobOptions.setLayout(new GridLayout(optSet.size() / 2 + 1, 2));
 506     jobOptions.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, optSet.size()
 507             * OPTSET_HEIGHT));
 508     jobOptions.setLayout(new GridLayout(optSet.size(), 1));
 509     refreshParamLayout();
 510     // paramPanel.setLayout(new GridLayout(paramSet.size(), 1));
 511     // paramList.va
 512     // paramPane.getViewport().validate();
 513     paramPane.validate();
 514     validate();
 515   }
 516
 517   private boolean isModified()
 518   {
 519     return modified.isVisible();
 520   }
 521
 522   private void argSetModified(boolean b)
 523   {
 524     modified.setVisible(b);
 525     /*
 526      * String setn = (String)setName.getSelectedItem(); if (setn==null) return;
 527      * int p = setName.getSelectedIndex(); if (b) { if (setn.length()<2 ||
 528      * setn.lastIndexOf(" *")!=setn.length()-2) { setn = setn+" *"; } } else {
 529      * if (setn.lastIndexOf(" *")==setn.length()-2) { setn =
 530      * setn.substring(0,setn.length()-2); } } // edit the list
 531      *
 532      * Object[] objects = new Object[setName.getItemCount()]; for (int
 533      * i=0;i<objects.length; i++) { objects[i] = setName.getItemAt(i); }
 534      * objects[p] = setn; setName.removeAllItems(); for (int
 535      * i=0;i<objects.length; i++) { setName.addItem(objects[i]); }
 536      * setName.setSelectedIndex(p);
 537      */
 538     validate();
 539   }
 540
 541   private void addParameter(Parameter parm)
 542   {
 543     ParamBox pb = paramSet.get(parm.getName());
 544     if (pb == null)
 545     {
 546       pb = new ParamBox(this, parm);
 547       paramSet.put(parm.getName(), pb);
 548       paramList.add(pb);
 549     }
 550   }
 551
 552   private void selectOption(Option opt, String string)
 553   {
 554     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 555     if (cb == null)
 556     {
 557       cb = addOption(opt);
 558     }
 559     if (string == null)
 560     {
 561       // no value specified.
 562       if (opt.isRequired())
 563       {
 564         // indicate option needs to be selected!
 565       }
 566       else
 567       {
 568         cb.enabled.setSelected(false);
 569       }
 570     }
 571     else
 572     {
 573       cb.enabled.setSelected(true);
 574
 575       if (opt.getPossibleValues().contains(string))
 576       {
 577         cb.val.setSelectedItem(string);
 578       }
 579       else
 580       {
 581         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + opt);
 582       }
 583
 584     }
 585   }
 586
 587   Map<String, ParamBox> paramSet = new Hashtable<String, ParamBox>();
 588
 589   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 590           ActionListener
 591   {
 592     JButton showDesc = new JButton();
 593
 594     JTextArea string = new JTextArea();
 595     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 596
 597     JSlider slider = null;
 598
 599     JTextField valueField = null;
 600
 601     ValueConstrain validator = null;
 602     JPanel settingPanel = new JPanel();
 603     JPanel controlPanel=new JPanel();
 604
 605     boolean integ = false;
 606
 607     boolean choice = false;
 608     boolean descisvisible=false;
 609     public ParamBox(final WsJobParameters pmlayout, Parameter parm)
 610     {
 611       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 612       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 613       setLayout(null);
 614       showDesc.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 615       showDesc.setText("?");
 616       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 617       string.setBackground(getBackground());
 618       // string.setSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, 80));
 619       string.setEditable(false);
 620       descPanel.getViewport().setView(string);
 621       //descPanel.setLocation(2,17);
 622       descPanel.setVisible(false);
 623       // string.setMinimumSize(new Dimension(140,80));
 624       // string.setMaximumSize(new Dimension(280,80));
 625       final ParamBox me=this;
 626       showDesc.addActionListener(new ActionListener() {
 627
 628         @Override
 629         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 630         {
 631           descisvisible=!descisvisible;
 632           descPanel.setVisible(descisvisible);
 633           me.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, (descisvisible) ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 634           me.validate();
 635           pmlayout.refreshParamLayout();
 636         }
 637       });
 638       string.setWrapStyleWord(true);
 639       string.setLineWrap(true);
 640       string.setColumns(32);
 641       string.setText(parm.getDescription());
 642       // name.setToolTipText(parm.getDescription());
 643       JPanel firstrow = new JPanel();
 644       firstrow.setLayout(null);
 645       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 646       controlPanel.setBounds(new Rectangle(39, 10, PARAM_WIDTH-70,PARAM_CLOSEDHEIGHT-50));
 647       showDesc.setBounds(new Rectangle(10,10,16,16));
 648       firstrow.add(showDesc);
 649       firstrow.add(controlPanel);
 650       firstrow.setBounds(new Rectangle(10,20,PARAM_WIDTH-30, PARAM_CLOSEDHEIGHT-30));
 651       add(firstrow);
 652       validator = parm.getValidValue();
 653       parameter = parm;
 654       if (validator != null)
 655       {
 656         integ = validator.getType() == Type.Integer;
 657       }
 658       else
 659       {
 660         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 661         {
 662           choice = true;
 663         }
 664       }
 665       updateControls(parm);
 666       descPanel.setBounds(new Rectangle(10,PARAM_CLOSEDHEIGHT+10, PARAM_WIDTH-20, PARAM_HEIGHT-PARAM_CLOSEDHEIGHT-30));
 667       add(descPanel);
 668       validate();
 669     }
 670
 671
 672     boolean adjusting = false;
 673
 674     Parameter parameter;
 675
 676     JComboBox choicebox;
 677     public int getBoxHeight()
 678     {
 679       return (descisvisible ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT);
 680     }
 681     public void updateControls(Parameter parm)
 682     {
 683       adjusting = true;
 684       boolean init = valueField == null;
 685       float fVal = 0f;
 686       int iVal = 0;
 687       if (init)
 688       {
 689         if (choice)
 690         {
 691           choicebox = new JComboBox();
 692           choicebox.addActionListener(this);
 693           controlPanel.add(choicebox,BorderLayout.CENTER);
 694         }
 695         else
 696         {
 697           slider = new JSlider();
 698           slider.addChangeListener(this);
 699           valueField = new JTextField();
 700           valueField.addActionListener(this);
 701           valueField.setPreferredSize(new Dimension(60, 25));
 702           controlPanel.add(slider,BorderLayout.WEST);
 703           controlPanel.add(valueField, BorderLayout.EAST);
 704
 705         }
 706       }
 707
 708       if (parm != null)
 709       {
 710         if (choice)
 711         {
 712           List vals = parm.getPossibleValues();
 713           for (Object val : vals)
 714           {
 715             choicebox.addItem(val);
 716           }
 717           if (parm.getDefaultValue() != null)
 718           {
 719             choicebox.setSelectedItem(parm.getDefaultValue());
 720           }
 721         }
 722         else
 723         {
 724           valueField.setText(parm.getDefaultValue());
 725         }
 726       }
 727       updateSliderFromValueField();
 728       adjusting = false;
 729     }
 730
 731     public Parameter getParameter()
 732     {
 733       try
 734       {
 735         if (choice)
 736         {
 737           parameter.setDefaultValue((String) choicebox.getSelectedItem());
 738         }
 739         else
 740         {
 741           parameter.setDefaultValue(valueField.getText());
 742         }
 743       } catch (WrongParameterException e)
 744       {
 745         e.printStackTrace();
 746         return null;
 747       }
 748       return parameter;
 749     }
 750
 751     public Object updateSliderFromValueField()
 752     {
 753       int iVal;
 754       float fVal;
 755       if (validator != null)
 756       {
 757         if (integ)
 758         {
 759           iVal = 0;
 760           try
 761           {
 762             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 763             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 764           } catch (Exception e)
 765           {
 766           }
 767           ;
 768           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 769           {
 770             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 771                     validator.getMin().intValue(),
 772                     validator.getMax().intValue(), true);
 773           }
 774           else
 775           {
 776             slider.setVisible(false);
 777           }
 778           return new int[]
 779           { iVal };
 780         }
 781         else
 782         {
 783           fVal = 0f;
 784           try
 785           {
 786             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 787           } catch (Exception e)
 788           {
 789           }
 790           ;
 791           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 792           {
 793             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 794                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 795                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 796           }
 797           else
 798           {
 799             slider.setVisible(false);
 800           }
 801           return new float[]
 802           { fVal };
 803         }
 804       }
 805       else
 806       {
 807         if (!choice)
 808         {
 809           slider.setVisible(false);
 810           return new String[]
 811           { valueField.getText().trim() };
 812         }
 813         else
 814         {
 815           return new String[]
 816           { (String) choicebox.getSelectedItem() };
 817         }
 818       }
 819
 820     }
 821
 822     @Override
 823     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 824     {
 825       if (!adjusting)
 826       {
 827         valueField.setText(""
 828                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 829                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 830       }
 831     }
 832
 833     @Override
 834     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 835     {
 836       if (choice)
 837       {
 838       }
 839       else if (!adjusting)
 840       {
 841         updateSliderFromValueField();
 842       }
 843       argSetModified(true);
 844     }
 845
 846   }
 847
 848   Map<String, OptionBox> optSet = new Hashtable<String, OptionBox>();
 849
 850   public class OptionBox extends JPanel implements ActionListener
 851   {
 852     JComboBox val = new JComboBox();
 853
 854     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
 855
 856     Option option;
 857
 858     public OptionBox(Option opt)
 859     {
 860       option = opt;
 861       setLayout(new BorderLayout());
 862       enabled.setSelected(opt.isRequired());
 863       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 864       enabled.setText(opt.getName());
 865       enabled.setToolTipText(opt.getDescription());
 866       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 867       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 868       {
 869         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 870         for (Object str : opt.getPossibleValues())
 871         {
 872           val.addItem((String) str);
 873         }
 874         val.setSelectedItem((String) opt.getDefaultValue());
 875         val.addActionListener(this);
 876         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 877       }
 878       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 879       // and to update list of parameters if an option is enabled
 880       // that takes a value.
 881     }
 882
 883     public Option getOptionIfEnabled()
 884     {
 885       if (!enabled.isSelected())
 886       {
 887         return null;
 888       }
 889       try
 890       {
 891         if (val.getSelectedItem() != null)
 892         {
 893           option.setDefaultValue((String) val.getSelectedItem());
 894         }
 895       } catch (WrongParameterException e)
 896       {
 897         e.printStackTrace();
 898         return null;
 899       }
 900       return option;
 901     }
 902
 903     @Override
 904     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 905     {
 906       argSetModified(true);
 907       enabled.setSelected(true);
 908     }
 909   }
 910
 911   private OptionBox addOption(Option opt)
 912   {
 913     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 914     if (cb == null)
 915     {
 916       cb = new OptionBox(opt);
 917       optSet.put(opt.getName(), cb);
 918       jobOptions.add(cb);
 919     }
 920     return cb;
 921   }
 922
 923   protected void refreshParamLayout()
 924   {
 925     int s=100;
 926     for (ParamBox pbox : paramSet.values()){
 927       s+=pbox.getBoxHeight();
 928     }
 929     paramList.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, s));
 930     paramList.setLayout(new FlowLayout());
 931     validate();
 932   }
 933
 934   /**
 935    * testing method - grab a service and parameter set and show the window
 936    *
 937    * @param args
 938    */
 939   public static void main(String[] args)
 940   {
 941     jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer disc = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer
 942             .getDiscoverer();
 943     int p = 0;
 944     if (args.length > 3)
 945     {
 946       Vector<String> services = new Vector<String>();
 947       services.addElement(args[p++]);
 948       Jws2Discoverer.setServiceUrls(services);
 949     }
 950     try
 951     {
 952       disc.run();
 953     } catch (Exception e)
 954     {
 955       System.err.println("Aborting. Problem discovering services.");
 956       e.printStackTrace();
 957       return;
 958     }
 959     Jws2Discoverer.Jws2Instance lastserv = null;
 960     for (Jws2Discoverer.Jws2Instance service : disc.getServices())
 961     {
 962       lastserv = service;
 963       if (p < args.length && service.serviceType.equalsIgnoreCase(args[p]))
 964       {
 965         break;
 966       }
 967     }
 968     if (lastserv != null)
 969     {
 970       List<Preset> prl = null;
 971       Preset pr = null;
 972       if (++p < args.length)
 973       {
 974         PresetManager prman = lastserv.getPresets();
 975         if (prman != null)
 976         {
 977           pr = prman.getPresetByName(args[p]);
 978           if (pr == null)
 979           {
 980             // just grab the last preset.
 981             prl = prman.getPresets();
 982           }
 983         }
 984       }
 985       Iterator<Preset> en = (prl == null) ? null : prl.iterator();
 986       while (true)
 987       {
 988         if (en != null)
 989         {
 990           if (!en.hasNext())
 991           {
 992             en = prl.iterator();
 993           }
 994           pr = en.next();
 995         }
 996         WsJobParameters pgui = new WsJobParameters(lastserv, pr);
 997         JFrame jf = new JFrame("Parameters for " + lastserv.getActionText());
 998         JPanel cont = new JPanel();
 999         jf.setPreferredSize(new Dimension(600, 800));
1000         cont.add(pgui);
1001         jf.add(cont);
1002         final Thread thr = Thread.currentThread();
1003         jf.addWindowListener(new WindowListener()
1004         {
1005
1006           @Override
1007           public void windowActivated(WindowEvent e)
1008           {
1009             // TODO Auto-generated method stub
1010
1011           }
1012
1013           @Override
1014           public void windowClosed(WindowEvent e)
1015           {
1016           }
1017
1018           @Override
1019           public void windowClosing(WindowEvent e)
1020           {
1021             thr.interrupt();
1022
1023           }
1024
1025           @Override
1026           public void windowDeactivated(WindowEvent e)
1027           {
1028             // TODO Auto-generated method stub
1029
1030           }
1031
1032           @Override
1033           public void windowDeiconified(WindowEvent e)
1034           {
1035             // TODO Auto-generated method stub
1036
1037           }
1038
1039           @Override
1040           public void windowIconified(WindowEvent e)
1041           {
1042             // TODO Auto-generated method stub
1043
1044           }
1045
1046           @Override
1047           public void windowOpened(WindowEvent e)
1048           {
1049             // TODO Auto-generated method stub
1050
1051           }
1052
1053         });
1054         jf.setVisible(true);
1055         boolean inter = false;
1056         while (!inter)
1057         {
1058           try
1059           {
1060             Thread.sleep(10000);
1061           } catch (Exception e)
1062           {
1063             inter = true;
1064           }
1065           ;
1066         }
1067         jf.dispose();
1068       }
1069     }
1070   }
1071
1072   public List<Argument> getJobParams()
1073   {
1074     List<Argument> argSet = new ArrayList<Argument>();
1075     // recover options and parameters from GUI
1076     for (OptionBox opts : optSet.values())
1077     {
1078       Option opt = opts.getOptionIfEnabled();
1079       if (opt != null)
1080       {
1081         argSet.add(opt);
1082       }
1083     }
1084     for (ParamBox parambox : paramSet.values())
1085     {
1086       Parameter parm = parambox.getParameter();
1087       if (parm != null)
1088       {
1089         argSet.add(parm);
1090       }
1091     }
1092
1093     return argSet;
1094   }
1095
1096   String lastParmSet = null;
1097
1098   Hashtable<String, Object[]> editedParams = new Hashtable<String, Object[]>();
1099
1100   @Override
1101   public void itemStateChanged(ItemEvent e)
1102   {
1103     if (e.getSource() == setName)
1104     {
1105       String setname = (String) setName.getSelectedItem();
1106       if (setname == null)
1107       {
1108         return;
1109       }
1110       // if modified - warn user - or at least save current edited set.
1111       if (lastParmSet != null)
1112       {
1113         // save current state
1114         Object[] pset;
1115         editedParams.put(lastParmSet, pset = new Object[3]);
1116         pset[0] = lastParmSet;
1117         pset[1] = setDescr.getText();
1118         pset[2] = getJobParams();
1119       }
1120       Object[] pset = editedParams.get(setname);
1121       if (pset != null)
1122       {
1123         setDescr.setText((String) pset[1]);
1124         updateTable(null, (List<Argument>) pset[2]);
1125         lastParmSet = setname;
1126         validate();
1127       }
1128       else
1129       {
1130         // must be a default preset from service
1131         Preset p = null;
1132         try
1133         {
1134           PresetManager prman = service.getPresets();
1135           if (prman!=null)
1136           {
1137             p = prman.getPresetByName(setname);
1138           }
1139         } catch (Exception ex)
1140         {
1141           ex.printStackTrace();
1142         }
1143         if (p != null)
1144         {
1145           updateTable(p, null);
1146           validate();
1147           lastParmSet = setname;
1148         }
1149       }
1150
1151     }
1152   }
1153
1154   @Override
1155   public void actionPerformed(ActionEvent e)
1156   {
1157     if (e.getSource() == setName)
1158     {
1159       // rename any existing records we know about for this set.
1160       String newname = (String) setName.getSelectedItem();
1161       System.err.println("Command " + newname + " : "
1162               + e.getActionCommand());
1163     }
1164   }
1165 }