src/jalview/gui/WsParamSetManager.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.FileInputStream;
   5 import java.io.FileOutputStream;
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.InputStreamReader;
   8 import java.io.OutputStreamWriter;
   9 import java.io.PrintWriter;
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.Hashtable;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.StringTokenizer;
  14
  15 import javax.swing.JButton;
  16 import javax.swing.JOptionPane;
  17
  18 import jalview.bin.Cache;
  19 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  20 import jalview.ws.jws2.dm.JabaWsParamSet;
  21 import jalview.ws.params.ParamDatastoreI;
  22 import jalview.ws.params.ParamManager;
  23 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  24
  25 /**
  26  * store and retrieve web service parameter sets.
  27  *
  28  * @author JimP
  29  *
  30  */
  31 public class WsParamSetManager implements ParamManager
  32 {
  33   Hashtable<String, ParamDatastoreI> paramparsers = new Hashtable<String, ParamDatastoreI>();
  34
  35   @Override
  36   public WsParamSetI[] getParameterSet(String name, String serviceUrl,
  37           boolean modifiable, boolean unmodifiable)
  38   {
  39     String files = Cache.getProperty("WS_PARAM_FILES");
  40     if (files == null)
  41     {
  42       return null;
  43     }
  44     StringTokenizer st = new StringTokenizer(files, "|");
  45     String pfile = null;
  46     ArrayList<WsParamSetI> params = new ArrayList<WsParamSetI>();
  47     while (st.hasMoreTokens())
  48     {
  49       pfile = st.nextToken();
  50       try
  51       {
  52         WsParamSetI[] pset = parseParamFile(pfile);
  53         for (WsParamSetI p : pset)
  54         {
  55           boolean add = false;
  56           if (serviceUrl != null)
  57           {
  58             for (String url : p.getApplicableUrls())
  59             {
  60               if (url.equals(serviceUrl))
  61               {
  62                 add = true;
  63               }
  64             }
  65           }
  66           else
  67           {
  68             add = true;
  69           }
  70           add &= (modifiable == p.isModifiable() || unmodifiable == !p
  71                   .isModifiable());
  72           add &= name == null || p.getName().equals(name);
  73
  74           if (add)
  75           {
  76
  77             params.add(p);
  78           }
  79
  80         }
  81       } catch (IOException e)
  82       {
  83         Cache.log
  84                 .info("Failed to parse parameter file "
  85                         + pfile
  86                         + " (Check that all JALVIEW_WSPARAMFILES entries are valid!)",
  87                         e);
  88       }
  89     }
  90     return params.toArray(new WsParamSetI[0]);
  91   }
  92
  93   private WsParamSetI[] parseParamFile(String filename) throws IOException
  94   {
  95     List<WsParamSetI> psets = new ArrayList<WsParamSetI>();
  96     InputStreamReader is = new InputStreamReader(
  97             new java.io.FileInputStream(new File(filename)), "UTF-8");
  98
  99     jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet wspset = new jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet();
 100
 101     org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
 102             wspset);
 103     unmar.setWhitespacePreserve(true);
 104     try
 105     {
 106       wspset = (jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet) unmar
 107               .unmarshal(is);
 108     } catch (Exception ex)
 109     {
 110       throw new IOException(ex);
 111     }
 112     if (wspset != null && wspset.getParameters().length() > 0)
 113     {
 114       for (String url : wspset.getServiceURL())
 115       {
 116         ParamDatastoreI parser = paramparsers.get(url);
 117         if (parser != null)
 118         {
 119           WsParamSetI pset = parser.parseServiceParameterFile(
 120                   wspset.getName(), wspset.getDescription(),
 121                   wspset.getServiceURL(), wspset.getParameters());
 122           if (pset != null)
 123           {
 124             pset.setSourceFile(filename);
 125             psets.add(pset);
 126             break;
 127           }
 128         }
 129       }
 130     }
 131
 132     return psets.toArray(new WsParamSetI[0]);
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public void storeParameterSet(WsParamSetI parameterSet)
 137   {
 138     String filename = parameterSet.getSourceFile();
 139     File outfile = null;
 140     try
 141     {
 142       if (filename != null && !((outfile = new File(filename)).canWrite()))
 143       {
 144         Cache.log.info("Can't write to " + filename
 145                 + " - Prompting for new file to write to.");
 146         filename = null;
 147       }
 148     } catch (Exception e)
 149     {
 150       filename = null;
 151     }
 152
 153     ParamDatastoreI parser = null;
 154     for (String urls : parameterSet.getApplicableUrls())
 155     {
 156       if (parser == null)
 157       {
 158         parser = paramparsers.get(urls);
 159       }
 160     }
 161     if (parser == null)
 162     {
 163       throw new Error(
 164               "Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set");
 165     }
 166     if (filename == null)
 167     {
 168       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 169               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
 170               { "wsparams" }, new String[]
 171               { "Web Service Parameter File" },
 172               "Web Service Parameter File");
 173       chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
 174       chooser.setDialogTitle("Choose a filename for this parameter file");
 175       chooser.setToolTipText("Save");
 176       int value = chooser.showSaveDialog(Desktop.instance);
 177       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 178       {
 179         outfile = chooser.getSelectedFile();
 180         jalview.bin.Cache
 181                 .setProperty("LAST_DIRECTORY", outfile.getParent());
 182         filename = outfile.getAbsolutePath();
 183         if (!filename.endsWith(".wsparams"))
 184         {
 185           filename = filename.concat(".wsparams");
 186           outfile = new File(filename);
 187         }
 188       }
 189     }
 190     if (outfile != null)
 191     {
 192       String paramFiles = jalview.bin.Cache.getDefault("WS_PARAM_FILES",
 193               filename);
 194       if (paramFiles.indexOf(filename) == -1)
 195       {
 196         if (paramFiles.length() > 0)
 197         {
 198           paramFiles = paramFiles.concat("|");
 199         }
 200         paramFiles = paramFiles.concat(filename);
 201       }
 202       jalview.bin.Cache.setProperty("WS_PARAM_FILES", paramFiles);
 203
 204       jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet paramxml = new jalview.schemabinding.version2.WebServiceParameterSet();
 205
 206       paramxml.setName(parameterSet.getName());
 207       paramxml.setDescription(parameterSet.getDescription());
 208       paramxml.setServiceURL(parameterSet.getApplicableUrls().clone());
 209       paramxml.setVersion("1.0");
 210       try
 211       {
 212         paramxml.setParameters(parser
 213                 .generateServiceParameterFile(parameterSet));
 214         PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 215                 new FileOutputStream(outfile), "UTF-8"));
 216         paramxml.marshal(out);
 217         out.close();
 218         parameterSet.setSourceFile(filename);
 219       } catch (Exception e)
 220       {
 221         Cache.log.error("Couldn't write parameter file to " + outfile, e);
 222       }
 223     }
 224   }
 225
 226   /*
 227    *
 228    * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache
 229    * .getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jc" }, new String[] {
 230    * "Jalview User Colours" }, "Jalview User Colours"); chooser.setFileView(new
 231    * jalview.io.JalviewFileView());
 232    * chooser.setDialogTitle("Load colour scheme");
 233    * chooser.setToolTipText("Load");
 234    *
 235    * int value = chooser.showOpenDialog(this);
 236    *
 237    * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { File choice =
 238    * chooser.getSelectedFile(); jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 239    * choice.getParent()); String defaultColours = jalview.bin.Cache.getDefault(
 240    * "USER_DEFINED_COLOURS", choice.getPath()); if
 241    * (defaultColours.indexOf(choice.getPath()) == -1) { defaultColours =
 242    * defaultColours.concat("|") .concat(choice.getPath()); } (non-Javadoc)
 243    *
 244    * @see
 245    * jalview.ws.params.ParamManager#deleteParameterSet(jalview.ws.params.WsParamSetI
 246    * )
 247    */
 248   @Override
 249   public void deleteParameterSet(WsParamSetI parameterSet)
 250   {
 251     String filename = parameterSet.getSourceFile();
 252     if (filename == null || filename.trim().length() < 1)
 253     {
 254       return;
 255     }
 256     String paramFiles = jalview.bin.Cache.getDefault("WS_PARAM_FILES", "");
 257     if (paramFiles.indexOf(filename) > -1)
 258     {
 259       String nparamFiles = new String();
 260       StringTokenizer st = new StringTokenizer(paramFiles, "|");
 261       while (st.hasMoreElements())
 262       {
 263         String fl = st.nextToken();
 264         if (!fl.equals(filename))
 265         {
 266           nparamFiles = nparamFiles.concat("|").concat(fl);
 267         }
 268       }
 269       jalview.bin.Cache.setProperty("WS_PARAM_FILES", nparamFiles);
 270     }
 271
 272     try
 273     {
 274       File pfile = new File(filename);
 275       if (pfile.exists() && pfile.canWrite())
 276       {
 277         if (JOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.instance,
 278                 "Delete the preset's file, too ?", "Delete User Preset ?",
 279                 JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION) == JOptionPane.OK_OPTION)
 280         {
 281           pfile.delete();
 282         }
 283       }
 284     } catch (Exception e)
 285     {
 286       Cache.log
 287               .error("Exception when trying to delete webservice user preset: ",
 288                       e);
 289     }
 290   }
 291
 292   @Override
 293   public void registerParser(String hosturl, ParamDatastoreI paramdataStore)
 294   {
 295     paramparsers.put(hosturl, paramdataStore);
 296   }
 297
 298 }