src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

   1     /*\r
   2     * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3     * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4     *\r
   5     * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6     * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7     * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8     * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9     *\r
  10     * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11     * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12     * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13     * GNU General Public License for more details.\r
  14     *\r
  15     * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16     * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17     * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18     */\r
  19     package jalview.io;\r
  20 \r
  21     import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23     import java.util.Vector;\r
  24 \r
  25 \r
  26     /**\r
  27      * DOCUMENT ME!\r
  28      *\r
  29      * @author $author$\r
  30      * @version $Revision$\r
  31      */\r
  32     public class AppletFormatAdapter\r
  33     {\r
  34         /** DOCUMENT ME!! */\r
  35         public static final Vector formats = new Vector();\r
  36 \r
  37         public static String INVALID_CHARACTERS = "Contains invalid characters";\r
  38 \r
  39         public static String SUPPORTED_FORMATS = "Formats currently supported are\n" +\r
  40                                                  "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM";\r
  41 \r
  42         static\r
  43         {\r
  44             formats.addElement("BLC");\r
  45             formats.addElement("CLUSTAL");\r
  46             formats.addElement("FASTA");\r
  47             formats.addElement("MSF");\r
  48             formats.addElement("PileUp");\r
  49             formats.addElement("PIR");\r
  50             formats.addElement("PFAM");\r
  51             formats.addElement("PDB");\r
  52         }\r
  53 \r
  54 \r
  55         public static String FILE = "File";\r
  56         public static String URL = "URL";\r
  57         public static String PASTE = "Paste";\r
  58         public static String CLASSLOADER = "ClassLoader";\r
  59 \r
  60         AlignFile afile = null;\r
  61         String inFile;\r
  62 \r
  63         /**\r
  64          * DOCUMENT ME!\r
  65          *\r
  66          * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  67          * @param type DOCUMENT ME!\r
  68          * @param format DOCUMENT ME!\r
  69          *\r
  70          * @return DOCUMENT ME!\r
  71          */\r
  72         public SequenceI[] readFile(String inFile, String type, String format)\r
  73             throws java.io.IOException\r
  74         {\r
  75             this.inFile = inFile;\r
  76             try\r
  77             {\r
  78               if (format.equals("FASTA"))\r
  79               {\r
  80                 afile = new FastaFile(inFile, type);\r
  81               }\r
  82               else if (format.equals("MSF"))\r
  83               {\r
  84                 afile = new MSFfile(inFile, type);\r
  85               }\r
  86               else if (format.equals("PileUp"))\r
  87               {\r
  88                 afile = new PileUpfile(inFile, type);\r
  89               }\r
  90               else if (format.equals("CLUSTAL"))\r
  91               {\r
  92                 afile = new ClustalFile(inFile, type);\r
  93               }\r
  94               else if (format.equals("BLC"))\r
  95               {\r
  96                 afile = new BLCFile(inFile, type);\r
  97               }\r
  98               else if (format.equals("PIR"))\r
  99               {\r
 100                 afile = new PIRFile(inFile, type);\r
 101               }\r
 102               else if (format.equals("PFAM"))\r
 103               {\r
 104                 afile = new PfamFile(inFile, type);\r
 105               }\r
 106               else if (format.equals("JnetFile"))\r
 107               {\r
 108                 afile = new JPredFile(inFile, type);\r
 109                 ( (JPredFile) afile).removeNonSequences();\r
 110               }\r
 111               else if (format.equals("PDB"))\r
 112               {\r
 113                 afile = new MCview.PDBfile(inFile, type);\r
 114               }\r
 115 \r
 116               return afile.getSeqsAsArray();\r
 117             }\r
 118             catch (Exception e)\r
 119             {\r
 120               e.printStackTrace();\r
 121               System.err.println("Failed to read alignment using the '" + format +\r
 122                                  "' reader.\n"+e);\r
 123 \r
 124               if(e.getMessage()!=null && e.getMessage().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 125                 throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 126 \r
 127               // Finally test if the user has pasted just the sequence, no id\r
 128               if(type.equalsIgnoreCase("Paste"))\r
 129               {\r
 130                 try{\r
 131                   // Possible sequence is just residues with no label\r
 132                   afile = new FastaFile(">UNKNOWN\n" + inFile, "Paste");\r
 133                   return afile.getSeqsAsArray();\r
 134                 }\r
 135                 catch(Exception ex)\r
 136                 {\r
 137                   if(ex.toString().startsWith(INVALID_CHARACTERS))\r
 138                     throw new java.io.IOException(e.getMessage());\r
 139 \r
 140                   ex.printStackTrace();\r
 141                 }\r
 142               }\r
 143 \r
 144               // If we get to this stage, the format was not supported\r
 145               throw new java.io.IOException(SUPPORTED_FORMATS);\r
 146             }\r
 147         }\r
 148 \r
 149 \r
 150         /**\r
 151          * DOCUMENT ME!\r
 152          *\r
 153          * @param format DOCUMENT ME!\r
 154          * @param seqs DOCUMENT ME!\r
 155          *\r
 156          * @return DOCUMENT ME!\r
 157          */\r
 158         public String formatSequences(String format,\r
 159                                       Vector seqs,\r
 160                                       boolean jvsuffix)\r
 161         {\r
 162             SequenceI[] s = new SequenceI[seqs.size()];\r
 163 \r
 164             for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
 165                 s[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
 166 \r
 167             try\r
 168             {\r
 169                 AlignFile afile = null;\r
 170 \r
 171                 if (format.equalsIgnoreCase("FASTA"))\r
 172                 {\r
 173                     afile = new FastaFile();\r
 174                 }\r
 175                 else if (format.equalsIgnoreCase("MSF"))\r
 176                 {\r
 177                     afile = new MSFfile();\r
 178                 }\r
 179                 else if (format.equalsIgnoreCase("PileUp"))\r
 180                 {\r
 181                     afile = new PileUpfile();\r
 182                 }\r
 183                 else if (format.equalsIgnoreCase("CLUSTAL"))\r
 184                 {\r
 185                     afile = new ClustalFile();\r
 186                 }\r
 187                 else if (format.equalsIgnoreCase("BLC"))\r
 188                 {\r
 189                     afile = new BLCFile();\r
 190                 }\r
 191                 else if (format.equalsIgnoreCase("PIR"))\r
 192                 {\r
 193                     afile = new PIRFile();\r
 194                 }\r
 195                 else if (format.equalsIgnoreCase("PFAM"))\r
 196                 {\r
 197                     afile = new PfamFile();\r
 198                 }\r
 199 \r
 200                 afile.addJVSuffix(jvsuffix);\r
 201 \r
 202                 afile.setSeqs(s);\r
 203 \r
 204                 return afile.print();\r
 205             }\r
 206             catch (Exception e)\r
 207             {\r
 208                 System.err.println("Failed to write alignment as a '" + format +\r
 209                     "' file\n");\r
 210                 e.printStackTrace();\r
 211             }\r
 212 \r
 213             return null;\r
 214         }\r
 215     }\r