src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.io;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class BLCFile extends AlignFile\r
  35 {\r
  36     Vector titles;\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Creates a new BLCFile object.\r
  40      */\r
  41     public BLCFile()\r
  42     {\r
  43     }\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * Creates a new BLCFile object.\r
  47      *\r
  48      * @param inStr DOCUMENT ME!\r
  49      */\r
  50     public BLCFile(String inStr)\r
  51     {\r
  52         super(inStr);\r
  53     }\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Creates a new BLCFile object.\r
  57      *\r
  58      * @param inFile DOCUMENT ME!\r
  59      * @param type DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @throws IOException DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException\r
  64     {\r
  65         super(inFile, type);\r
  66     }\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * DOCUMENT ME!\r
  70      */\r
  71     public void initData()\r
  72     {\r
  73         super.initData();\r
  74         titles = new Vector();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * DOCUMENT ME!\r
  79      */\r
  80     public void parse()\r
  81     {\r
  82         boolean idsFound = false;\r
  83         Vector ids = new Vector();\r
  84         StringBuffer[] seqstrings;\r
  85         Vector starts = new Vector();\r
  86         Vector ends = new Vector();\r
  87 \r
  88         String line = null;\r
  89 \r
  90         try\r
  91         {\r
  92             do\r
  93             {\r
  94                 line = nextLine();\r
  95 \r
  96                 // seek end of ids\r
  97                 if (line.indexOf("*") > -1)\r
  98                 {\r
  99                     idsFound = true;\r
 100 \r
 101                     break;\r
 102                 }\r
 103 \r
 104                 int abracket = line.indexOf(">");\r
 105 \r
 106                 if (abracket > -1)\r
 107                 {\r
 108                     if (line.indexOf(" ") > -1) //\r
 109                     {\r
 110                         ///Colur it be this format?\r
 111                         //>54402046         0             1   137   137:\r
 112                         // or this??\r
 113                         //     1   >L1H14       30539  343\r
 114                         try\r
 115                         {\r
 116                             ids.addElement(line.substring(abracket + 1,\r
 117                                     line.indexOf(" ", abracket + 1)));\r
 118 \r
 119                             // remove p Value\r
 120                             line = line.substring(abracket + 1);\r
 121                             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
 122                             line = line.trim();\r
 123                             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
 124                             line = line.trim();\r
 125 \r
 126                             int value = Integer.parseInt(line.substring(0,\r
 127                                         line.indexOf(" ")));\r
 128                             starts.addElement(value + "");\r
 129                             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
 130                             line = line.trim();\r
 131                             value = Integer.parseInt(line.substring(0,\r
 132                                         line.indexOf(" ")));\r
 133                             ends.addElement(value + "");\r
 134                         }\r
 135                         catch (Exception ex)\r
 136                         {\r
 137                             System.err.println("Error during blockfile read.");\r
 138                             ex.printStackTrace();\r
 139                             starts.addElement("1");\r
 140                             ends.addElement("-1");\r
 141                         }\r
 142                     }\r
 143                     else\r
 144                     {\r
 145                         if (line.indexOf("/") > -1)\r
 146                         {\r
 147                             ids.addElement(line.substring(abracket + 1,\r
 148                                     line.indexOf("/")));\r
 149                             line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
 150                             starts.addElement(line.substring(0,\r
 151                                     line.indexOf("-")));\r
 152                             ends.addElement(line.substring(line.indexOf("-") +\r
 153                                     1));\r
 154                         }\r
 155                         else\r
 156                         {\r
 157                             ids.addElement(line.substring(abracket + 1));\r
 158                             starts.addElement("1");\r
 159                             ends.addElement("-1");\r
 160                         }\r
 161                     }\r
 162                 }\r
 163             }\r
 164             while (!idsFound);\r
 165 \r
 166             int starCol = line.indexOf("*");\r
 167             seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
 168 \r
 169             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 170             {\r
 171                 if (seqstrings[i] == null)\r
 172                 {\r
 173                     seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 174                 }\r
 175             }\r
 176 \r
 177             while ((line = nextLine()).indexOf("*") == -1)\r
 178             {\r
 179                 for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 180                 {\r
 181                     if (line.length() > (i + starCol))\r
 182                     {\r
 183                         seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 184                     }\r
 185                 }\r
 186             }\r
 187 \r
 188             for (int i = 0; i < ids.size(); i++)\r
 189             {\r
 190                 Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 191                         seqstrings[i].toString(),\r
 192                         Integer.parseInt(starts.elementAt(i).toString()),\r
 193                         Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 194                 seqs.addElement(newSeq);\r
 195             }\r
 196         }\r
 197         catch (Exception ex)\r
 198         {\r
 199             ex.printStackTrace();\r
 200         }\r
 201     }\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * DOCUMENT ME!\r
 205      *\r
 206      * @return DOCUMENT ME!\r
 207      */\r
 208     public String print()\r
 209     {\r
 210         return print(getSeqsAsArray());\r
 211     }\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * DOCUMENT ME!\r
 215      *\r
 216      * @param s DOCUMENT ME!\r
 217      *\r
 218      * @return DOCUMENT ME!\r
 219      */\r
 220     public static String print(SequenceI[] s)\r
 221     {\r
 222         StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 223 \r
 224         int i = 0;\r
 225         int max = -1;\r
 226 \r
 227         while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 228         {\r
 229             out.append(">" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" +\r
 230                 s[i].getEnd() + "\n");\r
 231 \r
 232             if (s[i].getSequence().length() > max)\r
 233             {\r
 234                 max = s[i].getSequence().length();\r
 235             }\r
 236 \r
 237             i++;\r
 238         }\r
 239 \r
 240         out.append("* iteration 1\n");\r
 241 \r
 242         for (int j = 0; j < max; j++)\r
 243         {\r
 244             i = 0;\r
 245 \r
 246             while ((i < s.length) && (s[i] != null))\r
 247             {\r
 248                 if (s[i].getSequence().length() > j)\r
 249                 {\r
 250                     out.append(s[i].getSequence().substring(j, j + 1));\r
 251                 }\r
 252                 else\r
 253                 {\r
 254                     out.append("-");\r
 255                 }\r
 256 \r
 257                 i++;\r
 258             }\r
 259 \r
 260             out.append("\n");\r
 261         }\r
 262 \r
 263         out.append("*\n");\r
 264 \r
 265         return out.toString();\r
 266     }\r
 267 }\r