src/jalview/io/BLCFile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.io;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 \r
  24 import java.io.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 public class BLCFile extends AlignFile {\r
  28 \r
  29   Vector titles;\r
  30 \r
  31   public BLCFile()\r
  32   {}\r
  33 \r
  34   public BLCFile(String inStr) {\r
  35     super(inStr);\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public void initData() {\r
  39     super.initData();\r
  40     titles = new Vector();\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public BLCFile(String inFile, String type) throws IOException {\r
  44     super(inFile,type);\r
  45   }\r
  46 \r
  47 \r
  48   public void parse()\r
  49   {\r
  50     boolean idsFound=false;\r
  51     Vector ids = new Vector();\r
  52     StringBuffer seqstrings [];\r
  53     Vector starts = new Vector();\r
  54     Vector ends = new Vector();\r
  55 \r
  56    String line=null;\r
  57    try{\r
  58      do{\r
  59       line = nextLine();\r
  60 \r
  61       // seek end of ids\r
  62       if (line.indexOf("*") > -1)\r
  63       {\r
  64         idsFound=true;\r
  65         break;\r
  66       }\r
  67 \r
  68       int abracket = line.indexOf(">");\r
  69 \r
  70       if (abracket > -1)\r
  71       {\r
  72 \r
  73         if(line.indexOf(" ")>-1)//\r
  74         {\r
  75           ///Colur it be this format?\r
  76           //>54402046         0             1   137   137:\r
  77           // or this??\r
  78           //     1   >L1H14       30539  343\r
  79           try{\r
  80             ids.addElement(line.substring(abracket + 1,\r
  81                                           line.indexOf(" ", abracket + 1)));\r
  82 \r
  83 \r
  84             // remove p Value\r
  85             line = line.substring(abracket + 1);\r
  86             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  87             line = line.trim();\r
  88             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  89             line = line.trim();\r
  90             int value = Integer.parseInt(line.substring(0, line.indexOf(" ")));\r
  91             starts.addElement(value+"");\r
  92             line = line.substring(line.indexOf(" ") + 1);\r
  93             line = line.trim();\r
  94             value = Integer.parseInt(line.substring(0, line.indexOf(" ")));\r
  95             ends.addElement(value+"");\r
  96 \r
  97           }catch(Exception ex)\r
  98           {\r
  99             System.err.println("Error during blockfile read.");\r
 100             ex.printStackTrace();\r
 101             starts.addElement("0");\r
 102             ends.addElement("0");\r
 103           }\r
 104 \r
 105         }\r
 106         else\r
 107         {\r
 108           ids.addElement( line.substring(abracket + 1, line.indexOf("/")));\r
 109           line = line.substring(line.indexOf("/") + 1);\r
 110           starts.addElement(line.substring(0, line.indexOf("-")));\r
 111           ends.addElement(line.substring(line.indexOf("-") + 1));\r
 112         }\r
 113       }\r
 114     }while(!idsFound);\r
 115 \r
 116     int starCol = line.indexOf("*");\r
 117     seqstrings = new StringBuffer[ids.size()];\r
 118     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 119     {\r
 120       if(seqstrings[i]==null)\r
 121         seqstrings[i] = new StringBuffer();\r
 122     }\r
 123 \r
 124     while ((line = nextLine()).indexOf("*")==-1)\r
 125     {\r
 126       for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 127       {\r
 128         if(line.length()>i+starCol)\r
 129           seqstrings[i].append(line.charAt(i + starCol));\r
 130       }\r
 131     }\r
 132 \r
 133     for(int i=0; i<ids.size(); i++)\r
 134     {\r
 135       Sequence newSeq = new Sequence(ids.elementAt(i).toString(),\r
 136                                      seqstrings[i].toString(),\r
 137                                      Integer.parseInt(starts.elementAt(i).toString()),\r
 138                                      Integer.parseInt(ends.elementAt(i).toString()));\r
 139       seqs.addElement(newSeq);\r
 140     }\r
 141 \r
 142    }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 143   }\r
 144 \r
 145   public String print() {\r
 146     return print(getSeqsAsArray());\r
 147   }\r
 148   public static String print(SequenceI[] s) {\r
 149     StringBuffer out = new StringBuffer();\r
 150 \r
 151     int i=0;\r
 152     int max = -1;\r
 153     while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 154       out.append(">" + s[i].getName() + "/" + s[i].getStart() + "-" + s[i].getEnd() + "\n");\r
 155       if (s[i].getSequence().length() > max) { max = s[i].getSequence().length();}\r
 156       i++;\r
 157     }\r
 158 \r
 159       out.append("* iteration 1\n");\r
 160       for (int j = 0; j < max; j++) {\r
 161         i=0;\r
 162         while (i < s.length && s[i] != null) {\r
 163           if(s[i].getSequence().length()>j )\r
 164             out.append(s[i].getSequence().substring(j,j+1));\r
 165           else\r
 166             out.append("-");\r
 167           i++;\r
 168         }\r
 169         out.append("\n");\r
 170       }\r
 171     out.append("*\n");\r
 172     return out.toString();\r
 173 \r
 174   }\r
 175 }\r